明治天皇
明治天皇降生在嘉永五年九月二十二日（后换算为太阳历的话是11月3日）。从很早之前就一直祈祷顺产的佐久良东雄，在得知天皇平安无恙的时候，感激涕零地咏歌如下：
天照らす 日嗣の皇子の 命ぞと
深く思へば 涙し流る
（天照日嗣皇子命，深思若此泪双流。）
这位“日嗣”的皇子，在庆应二年十二月二十五日其父皇孝明天皇驾崩之后继承大统，于次年庆应三年正月九日行践祚大礼，登基为第一百二十二代天皇，其时圣年十六岁。
孝明天皇与明治天皇父子二人之间，在心系守卫国体、安定国民的这一神圣精神方面一以贯之、毫无变化。不过此时时势已经发生了变化。到孝明天皇在位之时为止，在相当漫长的时间里，政治都是由幕府进行独裁专断的。况且还不仅如此，就连朝廷做任何事情也都不得不受到幕府的干涉。比如说修学院的离宫，也就是天皇陛下的别墅，但是天皇陛下去那里行幸，幕府还要附加上两个条件。其一是行幸次数仅限于春、秋各一次，其二是幕府的派出机构所司代需要陪同前往，不符合这两个条件的情况下天皇就没法自由地行幸。而直到享保十年幕府才终于又追加了一次，天皇可以每年行幸三次。而就是在这样一种状态下，孝明天皇自打登基之后，便深深忧虑于外交问题的严重，遂向幕府传达了必须正确予以处理的旨意。这一行为在二百数十年的时间里堪称破天荒的一次。而在孝明天皇持续二十一年的治世之中，虽然最初仅仅针对对外问题进行笼统的指导，不过之后则变为具体性地指导幕府的人事，以至于推举庆喜为将军的辅政职，通过冠以政事总裁职一名赋予庆永大老之职权等。原本一直受到幕府束缚的朝廷，在孝明天皇这一代中，终于回到了高高居于幕府之上，并对其进行指导的方正姿态。这于国体之上原本是理所当然的，不过时势的这种激荡变换，说起来也的确令人震惊。
对于这种局势，孝明天皇已经龙颜甚悦，并未有过进一步推翻幕府的想法。这是孝明天皇对于外交问题深感忧虑，并不希望国内社会动荡；同时，这也是公卿之中有很多人希望幕府继续存在，主张讨幕之人遭到了排挤的结果。然而等到第二次长州征伐的时候，人们在认识上有了重要的变化。那就是事情到了幕府的命令完全没办法执行，就连选定征伐的总督也没有人肯担当的地步，也就是说幕府已经半身不遂，失去了处理危难困局的能力。
大政奉还
明治天皇登基之后，在这之前被排挤的人们纷纷被召回了朝廷。于是，到了春天的时候，以有栖川宫、山阶宫为首的四十余名公卿得以解除幽闭处罚而回归朝廷；到年末，三条实美等遭到驱逐的七卿众人纷纷回京。其中尤为重要的一位是一直蛰居于岩仓村的岩仓具视，他此前只被允许三个月返回京都一次，到十一月的时候终于获准在其京都宅邸居住。从今以后国家的重大事件都是以这个人为中心做出判断、进行策划的，以他为中心达成协议，并将协议予以推进的众人，包括萨摩的大久保利通、西乡隆盛，长州的广泽真臣、品川弥二郎等人，他们主张彻底的讨幕政策。还有同样主张大改革，并与上述人物保持沟通的土佐藩与安艺藩众人，不过比起武力讨伐来说他们更倾向于和平解决幕府问题。不管怎么说，在“国无二王，家无二主，政权应归一君”以及“并无以将军一职理天下万机之道理”这一点上，大家是一致的。之后到十月十四日，讨伐幕府的密敕，以及惩处会津、桑名两藩主的“御沙汰”书被下达给萨、长两藩，长州的广泽、福田、品川，萨摩的小松、西乡、大久保六人，代表两藩拜受敕书，还在回复敕旨的“御请书”中，特地添上了感激涕零无以复加的话语。
见此情形，土佐的山内容堂，紧急向幕府进言大政奉还之策，安艺的浅野也随之效仿，越前的松平庆永也随即思考这一政策，并将其作为提案上呈了。由此将军庆喜也最终下定决心，于庆应三年（1867）十月十四日上奏朝廷，表达了“更改从来之旧习，奉政权复归朝廷，广进天下之公议，仰仗天皇圣断，同心协力，共同保护皇国”之宗旨。这一奏书次日得到了朝廷敕许，“大政奉还”之事由此决定了下来。
于是朝廷开始广泛召集诸侯，命令诸藩速速上京以便对今后之政务进行协议；然而实际上应召而来的只有萨摩、安艺、尾张、福井、彦根以及京都周围的小藩而已，剩下的大多诸藩，或是还没有做出该如何是好的决断，或是念及德川氏的恩义而表明了拒绝朝廷召唤的态度。在这巨大的危机之时，萨、长二藩应召率大军上京，加上尾张、福井、安艺三藩之兵，合五藩之武力拱卫京都，由此朝廷之决断才得以施行。十二月九日，朝廷下达“王政复古”的大号令，废除以往的摄政、关白、幕府，新设总裁、议定、参与三职，以此打理政务万机。号令表明了全部以神武天皇创业伊始之政策为基础，文武无上下之别，以遂行公议之大方针，任命炽仁亲王为总裁，晃亲王、纯仁亲王、中山忠能、正亲町三条实爱、中御门经之、尾张的德川庆胜、越前的松平庆永、安艺的浅野茂勋、萨摩的岛津茂久为议定，另外任命大原重德、岩仓具视等公卿五人为参与，尾张、越前、安艺、土佐、萨摩各藩士之中各选出三人分别任职。
对于此番决定，土佐的山内容堂表示出了极大的不满。就在当夜前往天皇小御所，总裁、议定与参与们召开会议之时，容堂提议也应该让德川庆喜参加会议，在大原重德对此表示反对之时，容堂则大声言道，此番变革艰险如此，须以彰显武力才得以进行，然拥戴幼小之天子、听凭调遣的又是谁？对此，岩仓具视严厉叱责了容堂的无礼，容堂也因为失言而认错。此事虽然就此结束，但是尾州、越前、安艺等藩的人们也大多都与容堂的意见很接近，一时间议论纷然不决，不过最终还是得出了要求庆喜先辞退官位、归还领地作为表鉴忠诚的证据，然后再召其来议论政事的决定。有名的“小御所会议”，说的就是这个时候的事情。
德川幕府的末路
当时庆喜就住在京都的二条城，而王政复古的大号令下达之后，朝廷不仅废除幕府，而且要求庆喜辞退官职与返还领地的消息就暗暗传开了。驻扎在二条城的幕府兵也好，在京的会津、桑名的藩兵也好，全都激愤不已，庆喜预感说不定会就此发生暴动，于是在十二日的夜里从二条城出发，次日进入大阪城。
辞退官职尚在其次，关于领地的返还则有很多非议。在这个问题上，为了在朝廷和大阪之间进行交涉妥协工作，尾张和越前两藩奔走活动。在这期间，萨、长两藩与德川氏之间的主战论甚嚣尘上。而就在妥协工作总算完成，庆喜就要再次上京的时候，京都、大阪之间已经是战云密布。明治元年正月三日，德川方一万五千人，分兵鸟羽、伏见两处朝京都进兵。萨长联军合计一千五百人以为防御。战事一触即发，然而德川一方虽然拥有大军，却很快败退了下来。庆喜最初并无战意，即使在老中板仓伊贺守劝其进行决战的时候，也是反问“此时哪里还有能与西乡、大久保对抗之人”，伊贺守回答道“并无”，庆喜则告诫其曰“那么虽战亦是败北而已，故绝不可主张开战”，在鸟羽、伏见之战的时候庆喜也闭居于大阪城内。等到听闻战事明朗、德川兵败，庆喜不由得悲叹自己无缘无故就背负了逆贼的名声，此时会津藩士神保修理劝其火速返回江户，于是正月六日夜里，庆喜在会津、桑名两藩主和酒井、板仓两老中的陪伴下秘密出城，乘上军舰开阳号返回江户，二月十二日从江户城出发，到在上野的东叡山谨慎蛰居。
鸟羽、伏见一战，德川氏被赋予贼名，讨伐就变得容易了。于是总裁有栖川宫任东征大总督，西乡、广泽等任参谋，率领大军东下江户。江户城之中，主战派虽是多数，但陆军总裁胜安房守 [1] 看出庆喜的本意是归顺朝廷，于是压下了主战派的舆论。率领精锐卫队的山冈铁太郎通过胜海舟的引介，艰难地穿过讨伐官军的封锁线，于三月九日赶赴骏府（静冈），面见西乡隆盛告知庆喜的本意，请求其做出稳妥的处理方法，西乡则马上答应了下来。于是西乡随后进入江户，胜海舟在三月十四日与其会面进行交涉，其结果是西乡决定从第二天开始停止攻击江户城，由此江户得以免于战火摧残。
终于到了四月十一日，这一天是值得纪念的一天。就在这一天黎明未明之时，前将军庆喜自东叡山出发到水户隐退；到黎明之时，江户城被交托到了官军的手中。天正十八年八月朔日，家康入城以来，至此二百七十八年，作为德川家的大本营而睥睨天下的江户城，从这一天开始彻底与德川氏脱离了关系。
对于幕府的废止感到不满，认为这是萨、长两藩的肆意所为而加以戒备的众人，在江户城内、关东各地以及奥羽地区等地纷纷举兵想要进行抵抗。然而前将军庆喜已经彻底归顺之后，这些抵抗也就相继遭到了镇压。坚守上野的彰义队于五月十五日遭到讨伐，以仙台、米泽为中心结成的奥羽二十五藩同盟也在六月到七月之间相继崩溃，抵抗最为顽固的会津也在四面楚歌的状况下于八月投降，旧幕兵最后的据点箱馆（函馆）的五棱郭也于明治二年五月十八日在榎本武扬与大岛圭介等人投降之后告破，所有的抵抗由此最终结束。
在会津攻城战中官军攻入城中之时，发生了两件将永远引人泪下的悲剧。一件就是白虎队的自尽。这是全部由十六七岁的少年组成的部队，在战斗中死伤惨重败退下来，幸存的二十名队员在打算进城而登上饭盛山的时候，俯瞰到遭到炮火轰击、被浓烟包围的会津城，以为城已失守，于是一齐向城中跪拜之后，或是切腹自尽，或是互相刺杀而亡。另一件则是妇女们的自尽。官军的男人们手执武器进入城内，留在家中的妇女们感到羞耻异常而纷纷自尽。会津家老西乡赖母家中，老母五十八岁，妻子三十四岁，妹妹二人分别为二十六岁和二十三岁，女儿五位分别是十六岁、十三岁、九岁、四岁、两岁，上述九人，加上寄居于此的亲戚十二人，一共二十一人全都自尽。这是最知名的例子，除此之外妇女们自尽的事情在其他家里面也有很多。
箱馆之战中，值得注意的是中岛三郎助父子的赴死一事。中岛是在佩里来航的时候，真正意义上最早登上军舰进行应对的第一人，是日本最早操练海军之人，是就连木户孝允也敬重佩服的英杰人物，然而他“未能忘却德川家至大之御恩泽”，与长男（二十二岁）、次男（十九岁）二人共同奋战，直至英勇赴死。这件事与奉行川路左卫门尉在听说明治元年三月十五日江户被移交给官军之时慨然自尽这一知名事件一起，成为德川幕府最后的一抹亮色。
五条誓文
上节将幕府的末路整理陈述至此，现在开始回到主题内容，说说朝廷令人拍手叫绝的新政。明治天皇于明治元年正月十五日十七之时元服成人，其后于三月十四日，率百官出紫宸殿，立国家大政方针五条，向天神地祇宣御誓，这被称作“五条誓文”，内容如下：
一、广开会议，万机决于公论。
一、上下一心，盛展经纶。
一、官武一体，以至庶民，各遂其志，毋使人心倦怠。
一、破除旧有之陋习，一本天地之公道。
一、求知识于世界，大振皇国之基业。
在宣布上述五条誓言的同时，明治天皇还向群臣下达了御笔宸翰，其主旨在于，自中世以来，人们虽然表面上尊奉朝廷，实则对其敬而远之，故而君臣之间相隔甚远，并未有君临天下之意；如今适逢朝政一新之时，国民之中但凡有一人未能得其所，便是天皇之罪过，故而天皇苦心孤诣以思策行良政；诸位大臣可认真领悟此方针，去除私见，以用公义，辅助天皇，保全神州，以此告慰历代天皇之神灵。这篇御笔宸翰，与五条誓文一样，乃是非常重要的文献，特别是其中有“天下亿兆，一人未能得其处之时，皆乃朕之罪过”之御笔，此乃外国所未曾见者，皇国政治之尊严也由此可见一斑。
四月二十一日，朝廷依照敕命修建凑川神社，开始祭祀楠木正成。这既是承袭了之前孝明天皇尊祭和气清麻吕一事，又成为之后相继尊祭新田义贞、菊池武、名和长年、北畠亲房以及同姓显家等人的先例。将这些往日的忠臣神格化加以祭祀，或是追赠官位等，让之后来到日本的拉夫卡迪奥·赫恩（Lafcadio Hearn，后称小泉八云）发出了由衷的感叹。
至五月，由于庆喜让位，德川本家由家达作为当主。天皇封本家于骏府（静冈），并授七十五万石。过去号称八百万石的德川本家，至此也只不过比御三家的尾州家仅仅高出一点而已。
八月二十七日，明治天皇在紫宸殿中依照古来仪轨，举行了即位仪式；九月八日，改年号为明治。在此之前一直称庆应四年，从这以后则上溯回推，将这一年定为明治元年。另外，在此之前每位天皇一代之中会使用数个年号，此时明治天皇针对这一点做出决定，从此之后一代只使用一个年号。
到九月二十日，天皇自京都出发，到十月十三日抵达东京，以江户城为皇居，并决定将其更名为东京城。江户改名为东京，并确立为帝国首都一事 [2] ，乃是在七月十七日的诏书之中已经决定了的事情，但是关东地区无论是镰仓还是江户，在漫长的时间里都是武家的大本营，京都方面对此十分抗拒；但是在打倒了幕府的同时，决定要将江户作为帝都以号令天下一事，其实是朝廷断然执行圣意的表现，并且还为全国百姓提供了身心一新的机会，乃是非常重要的事件。
废藩置县
虽然如上述一般各种改革在逐步进行，不过主要都是针对幕府所进行的，除此之外的大名则还残留着原来的模样。他们在大约两三百年的时间里领有固定的土地，土地及其人民都作为他们的私有财产一样的形式而存在。于是，有心之人从很早以前就开始提倡“版籍奉还”的必要性。版就是指土地，籍则是指人民。土地与人民并不归大名私有，因此有必要上交归还给朝廷，这便是版籍奉还的主张。不久之后，在明治二年正月，萨、长、土、肥四藩首先明确了这一意向，闻听此事的诸藩也相继提出建议，于是在六月十七日朝廷允许诸藩版籍奉还。朝廷让藩主成为藩知事，按照与从前一样的方式在当地行使行政权。这一时期成为藩知事的有二百七十六名。
全国土地全部归天皇所有，藩知事不过是根据天皇的任命而掌管行政的官吏而已，虽然朝廷已就此向民众进行了说明，但是土地也好人民也好，在几百年间固定并紧密地依附着大名，因此从实质上看还是大名的权威更高，并不能形成中央集权。朝廷如果要实行真正意义上的王政复古、百事一新的政治，就有必要革除全部的藩，在全国推行直辖管理。有感于这种必要性的人们虽然有很多，但是就在事情本身过于重大而难以说出口的当时，岛尾小弥太与野村靖等商量之后拜访山县有朋，向他说明废藩置县的必要性并获得其同意，此外又说服了井上馨。而如果想要将其施行，则必须得到木户与西乡两位参议的认可，首先山县去游说西乡。西乡默默地听完山县的话，最后回答道“好吧，如果木户君同意的话”。而跑去找木户的井上在说完之后，也得到了木户“赞成，只要得到西乡君的理解的话”这样的回复。六个人达成了一致。于是在明治四年七月九日的傍晚，除了西乡、大久保、山县、井上之外，还有西乡从道、大山严等人，聚集到位于九段的木户宅邸进行商谈，秘密地进行准备，在得到了敕许之后，七月十四日将藩知事一同召来，在天皇面前，传达了罢免知事的命令。以萨、长、土、肥为首，藩知事一同伏地拜受敕命。木户见此情形感慨不已，甚至不自觉地潸然泪下。令人惊叹的明治四年（1871）七月十四日，数百年间形成的割据之势，本以为难以废除难以更改的近三百藩，以此日为限统统废除，全国统归朝廷直属。而且这一政策居然是在毫无抵抗、无人不满的情况下顺利推行的。当时的英国公使帕克斯（Parkes）见到这一情况，惊叹道：“如果这是发生在欧洲的话，必然会导致持续数年的战乱吧。”
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[1] 即后文的胜海舟。——译者注
[2] 日本至今从未明确规定过首都的定义以及东京的首都地位。——译者注