幕府权威的丧失
安政大狱无论从哪个方面来说都过分严酷，不过其中幕府最为痛恨、打压力度最大的对象，则是水户藩。被这种严酷的镇压激发起斗志的水户藩志士们，开始秘密进行联络，以等待时机。在万延元年（1860）三月三日清晨，纷纷扬扬的大雪之中，志士们于樱田门外突袭了正要前往江户城的井伊大老，经过激烈的战斗之后斩杀大老，枭首示众。参加这次袭击行动的人，包括以关铁之介为首的水户藩士十七名，以及萨摩藩士有村次左卫门。防卫一方的彦根藩士达六十名，也都是能征惯战之人，因此战斗非常激烈，但是袭击还是在一瞬之间就尘埃落定了。
井伊大老遇刺身亡一事的影响极大。安政大狱之前，忧心于国事的仁人志士，基本上都是考虑如何帮助德川幕府，促进其进行改革。而看到安政大狱的残酷之后，人们就开始转变为思考不得不推翻德川幕府了。水野筑后守所言“井伊大老处死桥本左内一事，便足以使德川氏江山灭亡”，就是其中一例。然而对于历经二百数十余年所积累起威势的德川幕府，究竟能不能被推翻这一点，人们是存在疑问的。可是事到如今，井伊大老被推翻了。井伊直弼乃是彦根藩三十五万石的藩主，作为幕府的高级官僚而自命为江户城溜之间幕僚之首席，当时还作为大老身兼将军代行之职务，原本人们认为在如此权威面前一切都将如草芥一般而倒，可是这样的权威之人却在明明白昼之中、堂堂阵列随行之内，于江户城之大门口，遭受攻击并就此丧命。自此以后，忧国志士们终于获得了推翻幕府的自信。井伊直弼为了提升幕府的权威，使幕府政权能够天长地久，而持续地采取专断和镇压的政策，结果反而造成了幕府寿命的锐减。
然而从井伊被刺杀，到幕府最终宣告终结之间，还经过了七年的时间。在这七年的时间里，幕府为了能够延续下去，做出了所能做到的一切努力。樱田门事件的主谋者金子孙二郎和高桥多一郎以及其他人，在全国之内遭到广泛地搜查直至被俘处死，就是其中的一项努力。另外，为了缓和与朝廷之间的对立关系，向朝廷请愿，将孝明天皇皇妹和宫降嫁于将军家茂，并最终获得敕许，也是其中的一项努力。
这一系列的政策，都是以老中安藤对马守为核心而得到推行的，因此志士们为了反抗这些政策，于文久二年（1862）正月十五日，在江户坂下门对安藤进行了袭击。有鉴于井伊的先例，安藤对此十分警惕，因此本人仅仅是背上挨了一刀得以活命，而发动袭击的志士，即水户的平山兵介、下野的河野显三等六人则全部被杀。大桥讷庵是这些人的指导者并受到他们尊敬，因此就在坂下门之变发生之前，幕府将大桥抓获并投入狱中。讷庵在狱中生病，出狱之后没过多久就病死了。在这样的情势之下，安藤本人的声望一落千丈，只好辞任老中，幕府的权威也一点点地消失殆尽。
与幕府的权威破产呈现鲜明对比的是长州毛利氏和萨摩岛津氏两大雄藩势力的抬头。长州藩根据藩士长井雅乐所制定的方案，实行缓和朝廷（公）与幕府（武）之间的对立，即“公武一和”、开国进取的政策，对此幕府也表示欢迎。可是由于藩内志士们的反对，这一政策最终失败。萨摩藩的岛津久光也秉持“公武合体”的方针，取代长州藩进行活动，于四月二十三日在京都伏见的寺田屋对主张强硬讨伐幕府的有马新七等人发动袭击，造成大量伤亡。随后，岛津氏的政策演变为改造幕府，并尊奉朝廷旨意。岛津氏亲自上京向朝廷提出了上述建议。依此，朝廷任命大原重德为敕使，在岛津的护卫下东下江户。敕使传达给幕府的内容无疑是最令幕府痛苦的事情，即“任命一桥庆喜为将军辅政职，松平庆永为政事总裁职，即实质意义上的大老”。幕府对此纠结不定，回复的时间晚了足足二十天，不过最后还是做出了尊奉天皇敕令的回答。安政五年因反对井伊直弼而遭受处分的人们，在文久二年，站在了幕府政治的中心，变成了幕府的主导力量。而同时，像这样依照朝廷的敕令行事的状态，也是幕府重新回到最初原本的形态，即作为朝廷治下机构之一的切实证据。在二百数十年间，对一切事务独断专行，将朝廷置于可有可无之地的幕府，也到了实力丧失殆尽的地步。
孝明天皇之御德
幕府之所以会丧失实力并沦落到一切听命于朝廷的地步，主要是因为仰仗孝明天皇的御德。孝明天皇在弘化三年（1846）以十六岁继位成为天皇，而就在他继位没过多久，美国的军舰就来到了浦贺。天皇听闻这件事之后，向幕府下达了“虽小国而不可侮，虽大敌亦不可惧，须琢磨善策，以无瑕瑾于国体为要，慎处置之”的敕谕。
嘉永四年，天皇二十一岁。这一年三月，依照天皇敕命，和气清麻吕作为神得到祭祀，获赠“护王大明神”之神号与正一位之品位。曾经道义坠地，国家濒临革命边缘之时，清麻吕“身入险境，英勇壮烈以尽诚心”，这次敕命便是天皇对于上述行为的追赏。国学者、和歌家佐久良东雄获悉此事之后感激之情难以言表，立刻冒雨登上高雄山，叩拜于护王大明神之神位前，咏颂俳句：
皇まもる 神のまします 高雄山
あかき心の みゆる紅葉
（尊皇封神高雄山，赤心可鉴枫叶红）
嘉永六年六月，从佩里来到浦贺开始，幕府陷入了异常的动荡，而天皇则授意伊势神宫为四海之静谧与国体之安全而行祈祷法事，随后降旨要求以热田神宫为首的诸大社行祈祷法事，“以神明之冥助使神州得以不污，人民得以不损，国体安稳，天下太平”。
另外，天皇还叹息历代天皇之御陵荒废已久，为进行修复工作而于文久二年十月十日任命正亲町实爱与野宫定功等人为“御用”负责人，而幕府也因此深受感动，派宇都宫藩主户田越前守的代表户田忠至上京，听凭朝廷差遣。于是朝廷任命忠至为山陵奉行，随即又提拔其为大和守。对于数百年间荒废之御陵，水户光圀叹惜过，野宫定基叹惜过，松下见林叹惜过，柴野栗山叹惜过，可都只能叹息而无能为力。如今在孝明天皇的御德之下，御陵一举得到了修理。而且这还是在文久、元治、庆应年间，国家处于内忧外患的动荡之际，在全国范围内将百余处御陵重新修复，这实在是令人惊叹的事情。在这次御修理事件中效力的宇都宫藩主户田越前守，在之后因故得咎而被幕府处以减封移邑的处罚之时，天皇的敕命使其得以免除此项处罚。另外，在御陵修理工作完成之时，朝廷授予将军家茂从一位品位，这些事情全都明确地显示出，现在日本国的中心已经是朝廷了，赏罚之大全亦在天皇这一事实。
孝明天皇所作之御歌，国民们无意间听到之后都难以抑制自己感动的心情。
朝夕に 民安かれと 思ふ身の
心にかかる 異國の船
（朝夕民安连身心，异国之船甚挂牵。）
国安く 民のかまどの 賑ひを
見も聞きたきぞ 我が思なる
（国安民泰炊烟起，吾思愿见亦愿闻。）
日々日々の 書につけても 国民の
安き文字こそ 見まくほしけれ
（日复一日书几笔，惟愿所写皆安民。）
感动于天皇如此之御德，在安政大狱中殉难的梅田云滨作歌曰：
君が代を 思ふ心の ひとすぢに
吾が身ありとも おもはざりけり
（皇运久长心一齐，我身俱献思社稷。）
同样因为安政大狱遭到追讨，逃至萨摩海边溺死的僧人月照则歌曰：
大君の 為には何か 惜しからむ
薩摩の瀬戸に 身は沈むとも
（但为大君何所惜，身赴萨摩濑海中。）
作为樱田门外之变的关联者而客死狱中的佐久良东雄亦作歌曰：
わが為に 何祈るべき さいはひも
君がためにと 思ひこそすれ
（为我何所祈无妨，但思为君求幸福。）
蛤御门之战
在孝明天皇的御德之下，朝廷的威严日渐增加，这样一来无论是想要推翻幕府之人，还是希望维持幕府之人，都需要上奏以得到朝廷的支持。在这样的情势下，最先发生的事件是文久三年（1863）八月十八日的政变。当时在京都主张尊王攘夷的势力尤其强盛，朝廷内部以三条实美为中心，诸藩则以长州藩为统领，全国诸藩志士汇聚于此，决定以五月十五日为迫使幕府攘夷之预定日期。而就在快到这一天的时候，长州藩于下关与美国以及法国的舰队交战，将幕府推到了非常尴尬的地步，以至于庆喜和庆永都不得不辞职。以此为契机，天皇陛下于八月十三日下达旨意，计划进行大和行幸，参拜神武天皇之御陵，随后行幸伊势神宫，并安排为攘夷进行祈祷的内容。在这一情况下，虽然表面上是为了“攘夷”，强硬派却将其理解为了“倒幕”的意思。
当时反对这一行幸，并且最为强烈地希望幕府继续存在，同时提高将军权威的，是会津藩。会津藩主松平容保从上述立场出发，对于之前一桥庆喜担任将军辅政职务一事直到最后都加以反对；而此时容保被任命为京都守护职，领兵驻守京都。在文久三年八月十八日清晨，以会津和萨摩藩兵突然开始担任御所守卫工作这样的武力行动为背景，朝廷上下的气氛为之一变，大和行幸计划被迫中止，三条实美等人被禁止出席朝中活动，长州藩被解除宫门警备职务，取而代之由萨摩藩来担当。也就是说主张尊王攘夷之人（实际上是计划讨伐幕府之人）都被从朝廷之中清除了出去。这样大规模的变革竟然是在鹰司关白浑然不知的情况下进行的，因此对于三条与长州藩士们来说，也犹如晴天霹雳一般，然而无可奈何之下，三条等七位公卿只好与长州藩士们一起西下长州。这就是有名的“七卿落”事件。
在这之后很快，尊攘派也就是讨幕派陷入了极端困苦的境地。文久三年八月，在大和国举兵的“天诛组”藤本铁石、吉村寅太郎、松本奎堂、伴林光平等人，以及在但马国生野起事的平野国臣等人的行动全都以失败告终。不仅如此，就连长州藩倾尽全力并聚集诸国有志之士以期打开局面的、元治元年（1864）七月十九日的上京行动，也没能打败由会津、萨摩、越前、桑名、彦根以及其他诸藩的防御力量，在激战之后败退而走。这一事件被称为“蛤御门之战”或“禁门之变”。在这场战斗中，久坂玄瑞、入江九一等吉田松阴的门人都战死，作为全军总指挥的真木和泉守也在天王山自决。
真木和泉守保臣乃是日本的历史上切不可被遗忘的一位英杰。他原本是久留米地方水天宫的神官，然而在弘化元年三十二岁的时候，远赴水户面见了会泽正志斋 [1] ，通过这个人接触到了水户学，受到了极大的冲击。嘉永五年四十岁的时候，真木因为受到久留米藩内部纷争的牵连被要求禁止外出，因此从这时起直到文久二年他五十岁那年的春天，在这十年的时间里，真木一直被软禁在久留米城郊外水田的寒村之中。安政大狱几乎将天下的英杰一网打尽，而真木得以幸免也正是因为被软禁而无法进行活动。虽说这样，但是真木在软禁期间从未在学问上有所懈怠，一直忧心于天下之事而构思出了种种相关计划，也在暗地里对外进行过很多联系。真木特别尊崇楠木正成，每年五月二十五日都一定要祭拜正成，感慕正成之忠诚节义。而且需要特别加以强调的是，真木的这种感动之情，与其说是针对建武中兴得以成功的那部分，倒不如说更是缘于在悲惨的命运到来之际，每家每户纷纷舍弃生命以坚守大义的这一点。在遭到软禁十年之后，文久二年二月，真木因为国家面临重大事件而从水田逃到萨摩，并辗转前往京都。在这之后，或是被抓获，或是被赦免，几经辗转最终在元治元年，真木与长州藩的藩兵一起大举上京，然一战而败北，五十二年的人生画上了句号。他于天王山上自行了断之时，与追随他的十六个人一起，先是朝向皇居的方向遥拜之后，留下一首绝命歌：
大山の 峰の岩根に 埋めにけり
我が年月の 大和魂
（崇山峻岭岩根下，葬我此生大和魂。）
咏罢，慨然切腹。
真木和泉守虽然自杀，但是他所怀之日本中兴计划已经通过建白的方式传达到了宫中，最终为明治天皇所采纳。其主要纲领如下：第一，重振神武天皇创业之精神；第二，破除积弊；第三，设公、侯、伯、子、男五等爵位；第四，以神位祭祀有忠诚功勋之人，或追赠其官位；第五，设亲兵卫队；第六，收土地人民之权；第七，应行迁都之事；第八，采用皇纪纪年；第九，减轻租税；等等。
萨长联合
在京都倡导尊王攘夷大业的长州藩，文久四年因为八月的政变被逐出京都，次年元治元年七月再败于蛤御门之战，逐渐背负上逆贼之名而陷入困苦的境地。就在这时，同样在关东地区提倡尊王攘夷的水户藩也发生了很大的混乱，武田耕云斋、藤田小四郎等人与志同道合之人一起聚居于筑波山，可是为了上京向一桥庆喜建议尊王攘夷、听凭朝廷差遣之计策，大约八百余人由中山道向京都进发，不过中途遭遇幕府的拦截而受阻，遂于大雪之中翻越重山进入越前，行至敦贺终于精疲力竭，遂向幕府军投降，这发生在元治元年的岁末。幕府对这些人的处罚极其严苛冷酷，首先领头的二十四人全部被斩首，而斩首人数进一步扩大至三百五十二人，一百四十人被流放，一百八十七人被追放，水户藩内甚至这些人的家族人员包括幼儿在内都被施以刑罚。这实在太过悲惨，而面对如此苛刻的处罚，有两个藩因为此种刑罚违背日本之道义而拒绝执行幕府之命令。其中一个是福井藩，当幕府发来将这些人斩首的命令之时，以处分不当的理由予以拒绝。另一个就是萨摩藩，对于幕府做出的将部分人流放远岛的命令，西乡隆盛作为藩的代表，以如此过分的处刑违背武士道精神予以回绝。
那么既然蛤御门之战长州藩败北撤退，反对派就得到了将其作为朝敌而进行讨伐的绝好机会，他们下令鸟取、松江、冈山、广岛等二十一个藩出兵，以尾张的德川庆胜为统兵总督。这一大军很快兵临长州，长州藩当局倾向于和平解决，遂命令蛤御门之战的主要负责人福原越后守（五十岁）、益田右卫门介（三十二岁）、国司信浓守（二十四岁）三位家老切腹自尽，将穴户左马介、佐久间佐兵卫等四位参谋官斩首以为谢罪，由此征讨军在理解谢罪行为之上收兵。这是元治元年十二月的事情。
吉田松阴的门人高杉晋作，当年二十七岁。他见到上述情形激愤不已，与伊藤博文、山县有朋等人以下关为据点举兵，与藩内的和平派交战并取得胜利，并在桂小五郎（木户孝允）、广泽真臣、前原一诚、井上馨等人的协作之下掌握全藩大政，力求一雪之前的耻辱。因此幕府于庆应元年四月，决定再次征伐长州；然而此时的幕府已是极端衰弱、半身不遂的状态，已然顾不上认真思考行事之进退了。
在这期间萨摩与长州之间达成了相互谅解，也就是萨长之联合确立。长州藩代表木户孝允与萨摩藩代表西乡隆盛，两人都是历经危难而得以死里逃生的人。木户在元治元年六月京都三条大桥附近的池田屋中遭受新撰组袭击的时候，千钧一发之际死里逃生，随后在七月的蛤御门之战中，也是不可思议地与死神擦肩而过；西乡隆盛在安政大狱开始之时，得僧人月照的帮助逃回萨摩，但是因为藩当局想要将月照处死，重情重义的西乡遂于安政五年十一月十五日傍晚与月照一起打算投海自尽，然而还是被船长救起，月照不幸未能生还，唯独西乡不可思议地一息尚存、活了下来。木户孝允与西乡隆盛二人，在土佐的坂本龙马从中协调之下，达成了萨长同盟的约定。这是庆应二年正月的事情。对于仅一个长州藩尚且没法处罚而十分苦恼的幕府来说，萨长同盟的达成，与其说是让未来变得更加危险，不如说是让幕府完全陷入了绝望的境地。在这样一种悲凉的运势之中，庆应二年七月，将军家茂病逝，之后一桥庆喜继位成为将军。虽然庆喜是以英明而闻名于世的人物，可是那是在安政大狱之前，而时至今日，庆喜即便是出任将军一职，也已然无计可施了。然而上天还是降下大任于此人，要他来完成一项重要的工作，那就是大政奉还。
然而，就在事情朝着这一方向推进的时候，庆应二年十二月，日本遭受了非常重大的不幸，那就是孝明天皇的驾崩，享年三十六岁。天皇陛下享祚凡二十一年，适逢内外多事之秋，多灾多难，几乎没有过一天安稳无事的日子；可是天皇时常为国体之安全与国民之幸福进行祈祷，对他如此宏大之心胸，全国上下无不感激涕零，尊仰爱戴以图报其大恩，正是如此才使得朝廷的威仪日益增加。
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[1] 即会泽安，水户藩士，儒生。——译者注