《伯夷传》
山崎暗斋经历了从印度到中国，从中国到日本的思想上的大转变，很早地树立了日本学的标识，不献媚于幕府，不出仕于诸侯，一门心思放在教导后学上，其结果是经过了一两百年的漫长时光，终于锻造出了为数众多的俊秀之才。而说到其不足之处的话，首先应该说是日语知识的欠缺。补充这一不足的，就是日本国学了。对于日语的研究，契冲首先有了令人惊叹的发现，而在荷田东丸以“古语不通则古义不明焉，古义不明则古学不复焉”一语道破以来，贺茂真渊、本居宣长之雄伟业绩和其弟子们的活跃更是显著地开拓了日语、日文，甚至进一步到日本国学的研究领域。不过这些方面的学者们急切地言说古来之道，对现实的批判则非常不足。不过还存在一种将上述两种路径同时吸收，并且树立起另外一种学风的地方，而这并非别处，就是水户。
水户藩初代藩主德川赖房，是家康的第十一子。赖房之子光圀，六岁之时依照将军家光的命令取代其兄长成为水户家的继承人。他九岁元服，可是从十二三岁起就脱离正轨，放弃学问，开始肆意游乐，态度不端，完全变成了堕落青年，属于令人担心的类型。然而在正保二年（1645）光圀读到《史记》的《伯夷传》，感到非常吃惊。若问到为何吃惊，因为伯夷和叔齐是孤竹地方的大名之子，伯夷为长子，叔齐是三子，而父亲偏爱三子打算让他作为继承人，而父亲死后，叔齐则提出兄长伯夷才应该是继承人于是要拥立伯夷，伯夷则坚持父亲的意志是要将继承人让给三子，所以要拥立叔齐，于是伯夷离家出走，叔齐也离家出走，结果毫无办法，于是国中之人拥立了次子为继承人。之后伯夷、叔齐仰慕周之西伯德行之高而前往投奔的时候，正好赶上西伯去世，其子武王兴兵讨伐纣王，二人进谏道：“父死不葬，爰及干戈，可谓孝乎？以臣弑君，可谓仁乎？”可是武王未采纳其谏言而讨伐殷商，夺取了政权。因此伯夷、叔齐以依赖周政权为耻，隐居西山，采薇为生，最终饿死。光圀所吃惊的就是伯夷、叔齐二人的言行。
《伯夷传》的内容分为前后两段，第一段是讲家族继承问题，第二段则是讲君臣大义，乃严格反对革命的学说。首先打动光圀的大概是第一段内容吧，原因在于，光圀就是越过他的兄长赖重继承水户家的，尽管这是违反兄弟之间道德规范的，不过光圀到这时为止一直都没有意识到，而是随随便便地处理了这件事。而看到了伯夷、叔齐对待此事的态度，光圀感到自己对兄长做出了无法原谅的事情而深感羞愧。于是光圀很快下定决心，后来把兄长的儿子收为养子，并在自己六十三岁隐居的时候把家督之位让与了兄长之子纲条。从自己的境遇出发，光圀想必为之所动，而在对此感到惊讶而继续阅读《伯夷传》时，他应该马上就接触到了第二段更为深刻的部分。也就是说君臣之间的道德是绝对的，即使君主做出了很多不德之事，身为臣属而征讨主君，进而夺取政权这样的事是不被允许的；与其在犯下这样反逆革命行为之人手底下生活，不如饿死要好得多，而这种事在过去曾经发生过，也就是伯夷、叔齐的故事。感动于第一段内容的光圀，是不会不被第二段所感动的。结果光圀自己也在晚年的时候移居西山，自称“西山隐士”。
光圀读到《史记》而受到感动，是在他十八岁的时候。以这种感动为基础，将兄长的儿子收为养子，是在他三十四岁的时候。将藩主的地位让给养子后隐退，是在他六十三岁的时候。光圀仰慕伯夷、叔齐的故事而进入太田的西山，住在西山庄之时六十四岁，在西山庄故去则是在七十三岁那年的年底。由此可以清楚地看出，十八岁时青年的感动，持续了五十五年漫长的岁月，他的一生都由这种感动所决定。对青年纯情之时重要的感动记忆犹新，大概是很多人都有的经历吧。可是对大多数人来说，这种感动只会持续一时，终将渐渐消失。而对于光圀来说，这种感动一生都没有泯灭，这种感动决定了他的一生。
彰考馆
不，还并不只是如此。光圀感动于《史记》的《伯夷传》的同时，又想到自己能够这样了解到如此伟大人物的精神和行为，全都是《史记》的功劳，如果司马迁没有写下《史记》的话，自己可能就没办法知道伯夷、叔齐的言行了，所以书写并保存下正确的历史，对于后世而言是很必要的，因此光圀立下了编纂大日本史的想法。而历史编修这样的事，与家督继承和国体问题不同，没有必要保密，所以光圀从十八岁的时候就立即开始进行准备，收集古书文献，在十二年后的明历三年（1657）于藩邸中开设修史局。就在这一年的正月，江户发生大火，江户城的本丸烧毁，损失非常惨重，林罗山甚至因为书库烧毁而惊愕异常以至于溘然长逝，可以想见古书的搜集和史实的调查变成了当务之急。此修史局在十五年后定名为彰考馆，彰往考来，即探明过去的历史，以此思考将来应行之前途。很多优秀的学者汇集于此，人见卜斋、佐佐宗淳、丸山可澄、鹈饲炼斋、力石忠一、安积澹泊、安藤年山、栗山潜锋、三宅观澜等人，都是光圀在世之时所录用的人才，其中既有林罗山流派出身的，也有山崎暗斋门下之人，还有国学方面的人物。从能够把这些人物自由地加以利用来整理大日本史这一点上，可以看到光圀超群的统率能力。
协助彰考馆进行研究的人物之中，大放异彩的是朱舜水和契冲。舜水是中国的儒者，明朝灭亡之后耻于仕清故来到日本，光圀恭迎并厚待之。契冲的事情前文已经提到，不过光圀最初招揽他的时候，契冲是拒绝的，不过取而代之，契冲写下《万叶代匠记》交给了彰考馆。
就研究方法而言，派人前往各地收集古书旧记，对于重要的文献则收集数种写本进行比照，检查其中有无文字抄写上的错误，乃是十分科学的忠实原著的方法。比如对于《太平记》等书籍，彰考馆就整合了十个种类的异本，并参照其他记录，在元禄四年的时候出版了《参考太平记》四十一册；之后更是一口气在元禄六年出版了《参考保元物语》九册、《参考平治物语》六册。除此之外，他们还对以《日本书纪》为首的六国史加以严格地校订。这样科学的研究方法，甚至比有名的清朝校勘学还要早一步开始，可以说是光圀的独创。
通过这样严密的科学研究方法，大量的古书得以恢复其本来的面貌，以正确的形式出版。另外，与大日本史的研究相关的，比如《扶桑拾叶集》三十卷、《礼仪类典》五百一十卷等数目众多的书籍、文献得到编纂，因此《大日本史》本身也就不断地被改订和增补，渐渐地变得难以完成。在这期间，元禄十三年（1700）十二月六日，光圀以七十三岁辞世，谥号“义公”，称水户黄门（黄门就是中纳言）。这位受到后人无限尊敬的英杰，虽然在修纂事业的中道亡故，但所幸这一事业得以继续，最终于嘉永二年（1849）出版本纪、列传一百七十三册，至明治三十九年（1906）志、表出版结束，终于完成了包括本纪七十三卷，列传一百七十卷，志一百二十六卷，表二十八卷在内，全部三百九十七卷，外加目录五卷，合计四百零二卷的巨著。自明历三年开馆算起历时二百五十年，自正保二年立志修纂算起则有二百六十二年。可以说《大日本史》是耗时长达二百六十二年才完成的作品。一部作品历经二百六十二年的编著，一种精神贯穿其中未曾中断，在全世界的历史中都难见与之相似的例子。
《大日本史》的编纂方针
光圀并未看到《大日本史》的完成而中途去世，不过其内容的主体思路是光圀了解并由他决断和指示的。比如对记事采取一条一条地标注出典、不掺杂一点想象和妄断地加以展现的这一极具科学性的方法，就是光圀的指示。有些很有名的由光圀裁定大方针，鲜明地体现了光圀的思想，并对后世产生了巨大影响的内容包括：第一，将《日本书纪》中列为“御一代”的神功皇后从本纪中去掉，收录在皇妃传之中；第二，承认大友皇子即位天皇，作为“御一代”列入本纪；第三，关于所谓南北朝，将吉野朝廷的历代天皇作为正统天子，作为“御一代”列入本纪，而对于所谓北朝，则作以《后小松天皇本纪》为首的北朝五主纪以为附载。上述三点可以说是《大日本史》中三大特色之笔，这三点都是非常严肃敏感的问题，不过光圀自己承担了全部的责任做出上述裁决，将之确立为《大日本史》编纂的大方针，其后明治天皇陛下也采用了上述学说。
这里有一个重要的问题，那就是有一种无妄之说，即日本的创立者来自中国，也就是说皇室的“御先祖”是吴之泰伯。林罗山之子鹅峰大概是相信这样说法的，他在宽文六年写就的《东国通鉴》序文中明确地提出这一说法。惺窝和罗山非常尊崇中国，甚至于到了痛苦于自己没有生在中国而是生在日本这一事实，因此他们认为如果日本的先祖是吴泰伯的话，对于日本的名誉可以有进一步的提高，因此大概是满心欢喜地采用了这一无妄之说吧。而鹅峰在幕府的命令下写作《本朝通鉴》之时，也是以这一说法为始的，光圀看到之后非常惊讶，立即提醒其注意并要求其重写。因此，就摆脱自卑自屈的态度，以正确的事实为基础堂堂正正、充满自信地书写日本历史这一点，在近世时期，水户光圀的功劳不可谓不大。文化七年，《大日本史》本纪、列传完成之时，由水户藩主进献给朝廷，当时呈上的《上表文》中，有“伏惟，太阳攸照，率土莫匪日域；皇化所被，环海咸仰天朝”之句。光圀与罗山和鹅峰相比较，简直是云泥之差。
光圀的首要功绩便是编修《大日本史》。不过在编修工作进行的过程中，他还做了很多重要的事情。其中之一是于元禄五年在摄津凑川立“呜呼忠臣楠子之墓”，悼念楠木正成忠义殉死，将其表彰于天下。到当时为止，凑川并无坟墓，人们对于正成的尊信也很不够。对此，光圀提出，较之其卓越的军事才能正成的本质中更为重要的是其乃纯粹的忠臣这一点，遂托词于呜呼之感叹以表达无限尊敬之热情，立石碑以记之。同时他又将足利高氏指定为逆贼，并批判足利幕府，进而要求德川幕府也进行反省。
还有一件事，他在元禄七年的时候，悲伤于神武天皇的御陵之荒废，感到不得不向幕府请求建立神社以祭祀建国始祖，并打算为此公开上书。虽然光圀根据当时的时势判断这一点不可能实现，所以并未公开上书，不过这一点最终成了与明治维新关系密切的重要事件。