讨伐光秀
就在明智出乎意料地谋反将信长打倒的时候，信长部下的诸将领，却都在信长的命令下分散在各地进行着远征，没有一个人能够火速赶来营救。柴田胜家、佐佐成政正在越中与上杉军对峙；森长可正自信浓进兵越后；泷川一益在上野国对阵后北条氏；发兵阿波国的织田信孝刚刚经过堺市；织田信澄、丹羽长秀、堀秀政驻扎在大阪，正做着征伐四国的准备；细川、池田、中川等人也都因为受命西征而在各自的领国进行着战备工作。在这些分散于各地的人中，距离京都最远、面对的敌人最强劲、面临的局面最艰难的人，无疑就是羽柴筑前守秀吉了。
秀吉本是织田信秀麾下走卒之子，身份低微，年幼丧父，度过了充满苦难的少年时光。秀吉还一度流浪他乡，不过永禄年间开始追随信长，其才识器量得到了认可，逐渐得以出人头地。秀吉最初名曰木下藤吉郎，但是在领略了柴田胜家和丹羽长秀卓越的才能之后，遂改名羽柴秀吉以表明效法二人之心，自称羽柴筑前守。天正元年近江浅井氏覆灭之后，秀吉受封其旧领，入居小谷城，之后又在长浜筑城并移居至此；天正八年移居姬路，并以此为根据地，为平定中国地区 [1] 而努力。正好在这一时期，毛利氏跨山阳山阴两道，统辖十国之地，正在将势力向播磨国渗透，因此秀吉自然就与毛利氏发生了正面的冲突。然而秀吉干净漂亮地将其击败，随即征服因幡、伯耆二国，甚至进一步攻取备前，侵入备中，围困了高松城。
高松虽是平城 [2] ，但周围尽是沼泽地，马匹难以前进，仅有几条细细的小路可以利用，因此即使大军压境也很难展开攻势。守将清水宗治是一介刚直之人，抱定死守之心毫不动摇。秀吉见此情景，便阻塞河川，引水成湖，打算用这湖水将困于中央的城郭淹没。毛利发大军五万前来救援，秀吉虽然只有三万兵力，却通过巧妙地布阵使得毛利大军无法展开救援。水面每时每刻都在上升，高松城危在旦夕。毛利氏毫无办法，只得提出讲和。秀吉提出两个条件：第一，毛利方让出备中、备后、出云、伯耆、美作五国；第二，高松守将清水宗治自杀献城。毛利方面表示，第一条可以接受，但是第二条难以接受，和谈陷入僵局。就在此时，六月三日深夜至四日清晨，本能寺之变的消息传到了秀吉这里。秀吉一边封锁这一消息，不透露给其他人，另一边特地平心静气地巡视军阵，巧妙地与敌军展开交涉。结果清水宗治驾一小船而出，在敌我双方众目睽睽之下慨然引刀切腹。秀吉见此情形，遂对于讲和的第一条要求进行妥协，将出云、备后以及其他地区让给了毛利氏，火速完成了讲和。此时，六月四日白天刚过。是夜，秀吉就自高松出发，全速回奔姬路；六月八日到达姬路之后，立刻发出命令准备好各个方面，并将自己所有的金银粮草悉数散发下去。由此可见，秀吉已经做好了这一战胜则进取天下，败则死无葬身之地的觉悟。八日夜晚做好了出阵的准备之后，九日黎明，秀吉全军乘势而动，十三日与明智军会战于山崎，经过激烈的战斗最终将其击溃。当晚，光秀打算逃往坂本城，但其在途中的小栗栖被杀，终年五十五岁。
织田氏诸将领之中，勇武之名冠天下者不在少数，然而听闻本能寺之变以后，都不过是震惊而已，未有人能够迅速出兵讨伐明智者，更有如河尻肥后守一般，因为失误而一命呜呼之辈。家臣之中，唯有秀吉能够游刃有余地与毛利氏完成和议，并抽调军力返回，一口气击败光秀，替主君报得大仇，这说起来简直就是英雄般的壮举。因此一举，秀吉于是得以超过柴田胜家和丹羽长秀这些前辈大将，实际上作为信长的继承者，站到了政权的正中心，就连信长的同盟军德川家康也不放在眼里了。
与胜家的决战
然而，表面上如何先不说，在心里，胜家也好家康也罢，都没有就此居于秀吉下风、接受其指挥差遣的意思。此时的情形是，秀吉无论如何都必须要与他们各自一战，并用实力来决定胜负。很快，与胜家进行决战的机会，过了一年不到就早早地到来了。胜家联络了将据点设在岐阜的织田信孝和退守伊势的泷川一益，计划四面夹击秀吉。不过知晓了这一计划的秀吉，赶在胜家因为北陆积雪过深而无法出兵发动攻击之前，率先于天正十年十二月进攻岐阜，迫使信孝提出讲和并予以同意；次年正月于伊势击败泷川一益，并占据龟山城。三月雪化，胜家终于得以出兵近江。秀吉自长浜进兵贱岳，但是见到胜家的排兵布阵之后，并未急着与其交战，而是在修筑好二十四个营寨作为守备之后，奔赴大垣去镇压再次叛变的信孝。秀吉在观察了胜家军的防御阵线之后，认识到难以攻取获胜，于是自己也扎营安寨、力主防御。而同时，胜家军中，胜家在看到秀吉构筑的二十四个营寨之后同样意识到了进攻的风险巨大，于是打算严阵以待，等待攻击的时机。但是胜家军得知秀吉已经领兵出岐阜、主将不在营寨中的消息，又从秀吉军方面投降而来之人口中得到情报，说二十四个营寨之中，唯独大岩山和岩崎山两个营寨远离其他，乃是守备最空虚、最薄弱之处。于是，胜家的外甥佐久间玄蕃盛政请缨，打算对其发动攻击。胜家认为这种攻击需要深入敌阵腹地，过于危险，所以最初是反对的，无奈盛政几次三番强烈请求，实在难以拒绝，于是在与之约定“攻下两座营寨之后须立即收兵回营”的条件之后，准许了其发动攻击的请求。
佐久间于四月十九日深夜，统领八千兵马开始行动，从余吴湖迂回而过，至二十日黎明突袭大岩山营寨。驻守此处的中川清秀，在之前的山崎合战中与高山右近一起作为秀吉军先锋征讨光秀军，是一位建立过功勋的勇将。山崎一战中虽是作为先锋出阵，此次于贱岳，中川负责大岩山，高山负责岩崎山，两人都位于秀吉军主力的后方。在前线尚未交战的情况下，竟然在此处遭遇敌军，实在出乎所有人的预料。中川手下千人，高山手下千人，兵员很少，营寨也是紧急修建而成的，所以十分脆弱，此时遭受猛烈攻击，高山军很快就撤退了。但是中川清秀则毫不惧怕地留在原地，激战数小时直至壮烈战死，终年四十二岁。收到胜利报告的胜家，向盛政下达了立即收兵的命令，然而年方三十正是血气方刚，并且初战告捷的盛政，并未听从叔父的命令，而是就地在野外扎营布阵，折腾了一夜的时间。
贱岳之战
山上的碉堡守卫牢固，呈掎角之势相互照应，想要攻取并非易事，唯有等待柴田军从防御工事中出来，一直在等待这一机会的秀吉，听到佐久间盛政如今终于从大岩山出兵的报告之后，知道绝好的机会已经到来，不由得欢喜雀跃，立即回马直奔贱岳而来。秀吉得知报告的时间是二十日午后二时，地点在大垣。从大垣到贱岳有十三古里（五十二公里），秀吉于午后四时从大垣出发，至夜晚八时至九时之间已经抵达木本，开始排兵布阵。秀吉在撤离之前早已准备好了返回的计划，沿路安排下替换的马匹，故而能够马不停蹄地疾驰而回。
沉醉在胜利之中，布阵于郊野，刚刚满心欢喜入睡的盛政，很快就被告知对方阵地后方不断出现无数松明，明白过来这是秀吉亲率的一万五千人大军赶到了。盛政慌作一团，于十一时左右开始撤退。
柴田军已战至疲惫，再加上受到出乎意料的打击而被迫撤退；而羽柴军方面则以逸待劳地对其穷追猛打，因此柴田军方面遭受惨败，死伤人数相当之多，甚至连胜家也做好了战死的准备，不过在家臣毛受胜介的强谏之下撤军北之庄（福井），胜介本人则与兄长茂左卫门尉一起守卫着象征胜家所在的马印——金御币，佯装胜家本人进行殿后作战的样子来阻挡秀吉军，随后共同壮烈战殁。
在进行这次追击战之时，秀吉允许其身边随从的小姓诸将可以自行作战以建功立业，而他们就是有名的“贱岳七本枪”：
福岛 市松（正则），二十三岁；
加藤虎之介（清正），二十三岁；
加藤 孙六（嘉明），二十一岁；
胁坂 甚内（安治），三十岁；
片桐 助作（且元），二十八岁；
平野 权平（长泰），二十五岁；
以及槽屋助右卫门尉。
四月二十三日，秀吉进逼北之庄。是夜，胜家在城中举行诀别之宴，犒赏部下兵将之军功，表示部下想要离开、出城都可以，但部下八十余人全部愿意追随胜家一起赴死，于是他们在二十四日午后一同自尽。胜家的夫人小谷之方，是织田信长的妹妹，是十分有名的美女，虽然胜家劝说她逃离，但她拒绝，与丈夫一同自杀。不过她的三个孩子则由秀吉代为养育。三人都是她和前夫浅井长政之间所出，在小谷城诞下的女儿。长女此时十三岁，就是之后的淀君；次女十一岁，之后成为京极高次夫人；三女九岁，后来成为德川二代将军秀忠的夫人、三代将军家光的母亲。
佐久间盛政悲愤交加，在与胜家之子权六一道悄悄地返回北之庄的途中，腿脚受伤无法前行而藏身于百姓家中休养，然而想要获得奖赏的百姓们聚集起来，将盛政用绳子捆起来押送到了秀吉军前。秀吉和他们说：
我要给百姓们褒奖，参与过抓捕的百姓都出来吧。
这时候，纷纷表示自己参与此事的人一共十二人。将他们集合在一起后，秀吉说了这样的话：
胜败乃兵家常事，今天发生在别人身上的事，明天说不定就发生在我身上了，你们的所作所为不是身为百姓所应该做的事情，为了惩前毖后，作为褒赏我就将你们处以磔刑吧。
说完，就将上述百姓处以了极刑。
权六是敌军主将胜家之子，时年十四岁，因此虽然尚未元服成人，仍旧堂堂正正地被斩首。盛政时年三十岁，秀吉爱惜其勇武，表示如果能归附自己的话就赐予其一国领地，然而盛政拒绝归顺，最终像男子汉一样被斩首。
秀吉在惋惜盛政的同时，也十分哀悼因为盛政而战死的中川清秀，于是将盛政之女嫁与清秀之子秀成，并立其为一方大名，延续近三百年的丰后国冈（竹田）七万石的中川藩即源于此。
关白太政大臣
与胜家的对战，是秀吉命运的转折点。虽然秀吉曾经立过讨伐明智光秀的大功，但如果败给胜家的话也会身败名裂，即便不至于身死家灭，也将再不可能掌握武力优势。秀吉正是因为非常清楚这一战的重要性，才会从大垣到贱岳、从贱岳到北之庄马不停蹄、片刻无休地持续进逼，发动猛烈的攻势。秀吉自己在当时的书信中写道：
秀吉自知，柴田若获喘息之机，必将东山再起。日本平定与否在此一举，纵然令其士卒同死阵前，筑前（秀吉）亦不应有所大意，就此抛却常识，二十四日寅时攻取本城，午刻入城，将其悉数斩首。
通过这一战的胜利，秀吉不仅证明了自己具有统一日本全国的实力，也用其名誉做出了统一日本的承诺。确定这一点的不是别人，正是秀吉自己。“日本之治世，自赖朝伊始，至今亦应有所增也。”说出这样的话的，正是秀吉本人。若论取得这一胜利的原因，秀吉巧妙地把握胜利的机会、一口气攻城略地这一点自然是毋庸置疑的，不过秀吉的前辈丹羽长秀自山崎合战以来，一直高度评价秀吉的功劳及其政治手腕，无论怎样都对其施以援助、护佑这一点的作用也是十分巨大的。因此秀吉作为感谢，在胜家灭亡之后的领地处置过程中，将越前一国和加贺半国送给了长秀，其余的加贺半国则交给了前田利家。
此前秀吉的本城是姬路城，但为达成天下统一，大阪的位置更好，于是天正十一年十一月，秀吉命令三十余国的大名开始大规模的筑城工程，至次年八月，秀吉早早地入住新城。以这一雄伟庞大的大阪城为中心，都市大阪随即发展繁荣起来。
在朝廷方面，秀吉凭借最先平定明智叛乱之功，获赐五位官位，并获任少将官职；消灭柴田胜家则使其晋升参议；十二年升从三位权大纳言，十三年升正二位内大臣，并很快晋升为从一位关白，而在十四年，秀吉晋升为关白太政大臣；在作为人臣的荣誉达到最顶点的同时，从朝廷那里获赐新姓“丰臣”。奉天皇以号令天下这一信长的理想，如今由秀吉继承，并一步步得到了实现。
九州平定
虽然政治大势是如此发展的，不过想要真的实现统一天下、号令天下的目标，还有几个非仔细解决不可的难题。第一是德川家康，第二是九州的岛津，第三则是关东的北条，他们无论哪个都具有强大的实力，并不是简简单单就会臣服的对象。天正十二年春，家康为支援织田信雄，打算与秀吉一战，为此秀吉计划了宏伟的包围攻击计划。小牧、长久手合战由此而起。这一回在局部的合战上家康获得了胜利，在大局的压制上秀吉保持优势，但总而言之，家康无法击败秀吉，秀吉也很难击溃家康，双方都认识到对方是不那么容易对付的大敌，于是在这一年年底，两军讲和，自此之后家康不再妨碍秀吉的天下统一大业，转而协助这一事业的推行。
与棘手的对手家康之间的矛盾得以解决之后，秀吉如同乘上了顺风船一般，其势力向全国四方不断扩张。天正十三年三月讨伐根来、杂贺佣兵团，平定纪伊；六月进攻长曾我部元亲并将其降服，由此平定四国；八月进攻佐佐成政并将其降服，没收其领地并赐予前田利家。
这一时期，九州的岛津氏实力强大，屡次击败大友氏，并让龙造寺氏苦不堪言。鉴于此，天正十三年十月，秀吉奉敕命 [3] 向岛津义久发出书状，言明天皇陛下希望敌我双方终止战斗，因此要求义久照此圣命执行，如若“不遵守此旨意，则将即刻施以惩处”。之后由于并未看到岛津氏有恭顺的态度，秀吉遂于十四年八月指挥黑田、毛利及其他大名先行出征，至十五年正月自己亲率大军讨伐。此次兵力总数约十万，在九州造成了巨大的恐慌。秀吉很快攻入萨摩，五月三日于太平寺安营扎寨。岛津义久见无论如何也难以抵抗，于是选择投降，不过秀吉却热情地接受了他的降服，并取下自己佩戴的宝刀赠予义久。就在这时酒被端了出来，义久怀疑秀吉是不是在酒里下了毒，就在他犹豫要不要喝的时候，秀吉表示即使不喝也行，只要把酒杯拿起来就可以，而降服仪式也就此结束。秀吉还同意岛津氏如原来一样领有萨摩、大隅、日向三国，义久因此非常感激秀吉。
岛津氏已然降伏，九州已平定，秀吉于是将丰后国赐予大友氏，将小早川氏安排到筑前国，肥前国归龙造寺氏，丰前国归黑田氏，而将佐佐成政封于肥后国，之后引兵返回。然而由于佐佐氏大行苛政，其领内叛乱四起，骚动甚嚣尘上，秀吉于是严厉斥责成政以至于最后令其自尽，并将肥后国一分为二，将熊本赐予加藤清正，宇土赐予小西行长。
自九州收兵之际，秀吉命令复兴博多。博多过去曾经是九州探题所在之地，从政治上来讲也很重要；不过更为特殊的是，此地乃是依托海洋而商业贸易繁荣兴旺的场所，却因为战乱而焚烧殆尽。秀吉见此情景，便命令黑田与小西复兴博多。
在从九州归来之际，秀吉做出的另外一项重大决定则是对基督教的禁止。此禁令于天正十五年六月十九日发出，在第一条中写到，日本乃神国之所，由基督教国家传授邪法之事，必不以允许。第二条中则提到传教士引诱地方的有实力者毁坏神社佛阁之事，实乃前代未闻，今后日本国的大方针将决不允许这样的事情发生。第三条中提到因为传教士违犯日本的基本方针，今后将禁止其居留日本，传教士必须于当日起二十天内离境归国。接下来第四条和第五条允许与基督教传教无关系者的贸易和往来自由。想来，秀吉停留在九州期间，与以大友、有马、大村为首的诸大名中信仰基督教的大名之间进行了很多书信往来，大概是因为意识到日本的风俗传统恐怕要染上变革的色彩，才做出如此重大的决定的吧。
统一天下
天正十五年七月，秀吉返抵大阪。后来的小田原征伐战开始于十八年三月，因此秀吉在这期间有两年半的休整时间。无论是山崎合战还是贱岳之战，秀吉都以疾风迅雷般令敌人毫无喘息之机的猛烈攻击为主，不过自小牧、长久手以来，秀吉的作战方针转变为在作战中尽量减少己方的伤亡，通过对大局的掌控让对手丧失战斗意志。于是在这两年半的时间里，秀吉在考虑对关东和东北进行各种处置的同时，在中央以推行和平事业的方式来安定天下人心。
首先是北野的大茶汤 [4] ，天正十五年十月初一到初十，天气合适的时候在北野举办。秀吉发出公告：自己会把私人收藏的知名茶具毫无保留地拿出来展示，只要是喜好饮茶之人，无论身份如何卑贱都没有关系，带着一口烧水釜、一只装水瓶和一份茶叶来吧，因为是在野外举行，所以随身带着两帖榻榻米来吧，难得秀吉招待大家来饮茶，如果连这样的茶会都不来参加的心里有鬼的人，那么今后饮茶这种事也就没必要再干了。传说当时在北野的松原地区，还因此建起了八百多个饮茶小屋。
其次是天皇行幸聚乐第。秀吉从十四年开始在京都的“内野”地区开始建造极为华丽的大宅邸，该宅邸于十五年的九月竣工，并被命名为聚乐第。秀吉与信长一样，最为尊崇皇室，因此这座宅邸刚刚落成，秀吉便恭请天皇行幸于此。天正十六年四月十四日，后阳成天皇行幸，在他“御出”之时，关白秀吉亲自为天皇提裾，并奏请陪同其左右。很多朝廷公卿也陪同左右，武家诸大名也加入陪同行列之中，各自所着的装束 [5] 都独具匠心，围观的人们看到之后都非常激动。最初计划停留三日，不过天皇对此行非常满意，将停留时间延长到了五天。秀吉对此欢喜异常，不仅向宫中进献了“御料所”，还向织田信雄、德川家康、宇喜多秀家、前田利家等数十位大名下达命令，要求他们感谢皇恩浩荡，发誓永远保证皇室“御料”不受侵犯。秀吉经常提起“赖朝之后就是自己”这样的话，不过无论在以武力威扫天下这一点上，还是在拥戴天皇、严命武士勤王这一点上，秀吉都可以说是与赖朝比肩的“双璧”了。
此外秀吉还在京都东山地区修建方广寺，在此铸造大佛。以铸造大佛殿所需之名义，秀吉于天正十六年七月下达刀狩之令，其中包括“诸国百姓等，持有大刀、胁差短刀、弓、长枪、铁炮以及其他种种武器之行为，应严格废止”等内容，也就是说百姓应该专心于耕种田地等自己的本职工作，持有武器是有害无益的行为。
终于到了天正十八年三月，征战的时机逐步成熟，秀吉决定征伐小田原。秀吉进逼小田原城是在四月三日，其军力总数达三十万。关东诸城相继被攻占，小田原城被孤立、陷入重围之中，因此七月十一日，北条氏政、氏照兄弟终于开城请降，并在城外切腹自尽。同时伊达政宗等奥羽地区的豪族势力也大多赶来小田原归顺秀吉，东北一带不战而定，日本在历经漫长的纷乱之后，终于再次归于统一。此时是天正十八年（1590），秀吉五十五岁。
北条氏一灭亡，秀吉立刻将德川家康转封于关八州，家康则于八月一日入驻江户城。对于家康的旧领地三河、远江、骏河、甲斐、信浓五国，秀吉将其收归自己所有之后，又分别交给了自己所信赖的人来管理。
出兵朝鲜
从这时起至秀吉去世的八年时间里，最大的问题在于出兵海外。此事于日本几乎没有任何好处，对朝鲜则有极大困扰，也就是说这是一件对双方来说都很不幸的事件。秀吉此人，当真是极其杰出的英雄人物；然而他将这一英雄本质发挥得最为淋漓尽致的表现，是对于明智和柴田氏的征伐。后来，秀吉的私生活靡乱，其政治判断也出现了很多脱离正轨的情况。之前的信长，就是在强敌消失之后疏忽大意，最终死于非命。虽然目睹了这样悲壮的先例，但如今秀吉也同样骄横了起来。人生在世，无论谁都尤其应该在其全盛之时保持审慎的态度。秀吉就是在日益骄横、不再谨慎行事之时，决定出兵海外，这实在是令人遗憾。不过希望向海外扩张这一点，不仅是秀吉从很早开始就萌发的想法，而且除了秀吉之外，其他人似乎也有这样的想法。天正五年的时候，秀吉就向信长进言，表示希望信长可以赏赐给自己大陆的领地；天正十年，秀吉封龟井兹矩为琉球守，随后又任命其为台州守，这两件事情就都是源于这种希望。于是从天正十四、十五年开始，秀吉就明确地表达了其试图收服唐（即指中国）与南蛮的希望和计划。大概是因为日本过去时常收到来自蒙古的无礼文书，之后还遭受了前后两次蒙古大军的侵略，而这其中汉人的军队，以及朝鲜的军队都参与了对日本的侵略战争，日本由此产生的敌对仇恨情绪，顽固地长期延续了下来，通过这样一个机会被表达了出来。秀吉本来计划借道朝鲜直接攻入明朝，但由于朝鲜的抵抗，故而转变方针首先与朝鲜交战，之后与明朝大军作战。出兵分为前后两次，第一次是文禄元年（1592）四月，十五万八千名士兵渡海，五月二日攻入朝鲜京城（首尔），六月十日抵达平壤，之后进兵咸镜道的加藤清正还抓获了朝鲜二王子，并以庄重而温和的方式对其加以照顾。这之后与明朝之间的和谈开始，本以为短时间里得以恢复和平，然而庆长二年（1597）春，日本再次出兵，十四万士兵渡海，并在战略要地筑城；但由于次年庆长三年八月秀吉病故，根据其遗言，渡海军队全部撤军。这期间还发生了碧蹄馆之战（小早川隆景与立花宗茂）、蔚山守卫战（加藤清正与浅野幸长）、泗川之战（岛津义弘）等战果辉煌的事件，在这里就不一一详尽叙述了。
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[1] 日本本州岛西部的山阳与山阴地区的合称，因与古代畿内（京都）地区的距离位于近国与远国之间而获名。——译者注
[2] 在平原地带建筑的城堡，不依托山岭等自然险要。——译者注
[3] 由天皇授意，通过朝廷公家代为传达的命令。——译者注
[4] 民众大量参与的饮茶会。——译者注
[5] 装束为日本古代礼服的一种，是高品级公武两家在最庄重礼仪场合穿着的衣物样式。——译者注