行幸船上山
元弘三年（1333）春，镰仓幕府最担心的是大塔宫与楠木正成的动向。于是派出大军，想尽快铲除他们两人。《太平记》里说是三军一共八十万骑，这是夸张了。根据可靠的记录，如之前所述，三军里有二十六国的士兵，再加上担任大番的关东兵，估计超过了三十国。如此多的军队，虽然攻下了吉野山，却未能捉住大塔宫。虽然发动全部兵力攻打正成，却受阻于千早山的天险和正成的谋略，动弹不得。正成兵微将寡，虽不能出城迎战，击垮贼军，但也以城为据点，成功地将贼军困在此处。能做到这点就已经足够了。将贼军困在此处的话，贼军在其他地方的防备就会变弱，这就让心归顺于朝廷的人们有了加入官军、奋起反击的机会。事实上，在这段时间里，伊予和播磨都有官军揭竿而起。
重要的是，后醍醐天皇从隐岐回来了。当时，幕府对天皇的警戒心是非常重的，但是连担当警卫的守护佐佐木清高都对天皇的盛德感激不尽，其族人义纲还主动为脱逃的天皇带路。天皇一行在元弘三年（1333）闰二月二十三日夜晚到次日清晨，成功脱逃。海上天气恶劣，天皇的船在第五日抵达伯耆的大坂。伯耆的名族名和长高出来相迎。他一把火烧了自己的居所，即刻登上船上山，以此为行在所，把整山作为城郭加紧防守。关于天皇的逃脱等事情，事先没有人联系过名和氏，名和氏面对天皇的突然到来却能这样处理，真是了不起。
登上船上山是闰二月二十八日，贼军也早早攻了过来。名和氏奋起迎战，击退了敌人。天皇非常高兴，召来名和长高说：“长高二字听起来太危险，改名叫长年吧！”并且封其为左卫门尉，进而任命其为伯耆守。经过三天的激战，贼军败了下来，官军就以船上山为根据地，积极地着手反攻。三月十七日，官军的军队向京都进发，准备夺回京都。千种忠显担任大将军，军奉行由名和长年的两个弟弟担任。但是，六波罗军队的防守坚固，播磨的守护赤松的进攻也无济于事。千种忠显的军队也没能打赢。天皇行幸船上山，对幕府来说是非常严重的事情，幕府便任命名越高家和足利高氏为大将，率领大军，计划从京都兵分两路，高家从山阳道，高氏从山阴道前进，两面夹击船上山。四月二十七日，两人从京都出发，兵分左右。然而分开后不久，高家就战死了，其手下的军队因为失去将领，丧失了斗志，便打道回京了。而高氏这边，来到丹波的筱村后就按兵不动了。他在这里向官军倒戈，与各方面联络，以求呼应。四月二十九日，足利高氏在筱村八幡宫献上愿文。他写道“愿我家族再得繁荣”，可见高氏的本心是带功利性的。
镰仓幕府灭亡
足利氏如今作为官军，攻向京都。于是，南边是千种，西南是赤松，西北是足利，六波罗军队经不住来自三面的激烈进攻，最终放弃京都，从东边溃逃，带着后醍醐天皇被流放隐岐后他们自己拥立的光严院。六波罗实际上就是幕府在京都的“办事处”，其长官称为探题，南北各一人。南方的探题是北条时益，在逃跑途中战死。剩下的北方探题越后守北条仲时，当时二十八岁，率领着败军归向镰仓，来到了番场的宿驿。这里地处山中，是洼地，战术上来说是非常不利的。在前方，有一面御旗，五六千人的军队驻守要塞之地等着北条仲时一行。这是后醍醐天皇的叔父五辻宫率领的官军。筋疲力尽的六波罗军已无力突破此关，仲时见此，面对将士们说道：“镰仓命数已尽，北条一族灭亡之时也即将到来，而你们却不改志向追随我们。对此我感激不尽！要报此厚意，已经没有别的路子，我愿奉上性命。请将我的首级拿去，投降官军。”
话音未落，仲时已脱去盔甲，切腹自尽。随军的将士们见此，感动不已，一齐当场自尽。莲华寺的住持想方设法弄清将士们的姓名，记入过去账，为他们念菩提。据过去账元弘三年（1333）五月七日的记载，自尽总人数为四百三十多人，其中年少者有：隐岐守护佐佐木清高的次子泰高，时年十八岁；清高三男高秀，时年十七岁；清高四男永寿丸，时年十四岁；隅田能近，时年十六岁；隅田国近，时年十七岁；问注所阿子光丸，时年十四岁；斋藤阿子丸，时年十六岁；高桥元时，时年十七岁；御器所经伦，时年十七岁；陶山真清，时年十七岁；等等。
六波罗军于五月七日全军覆没。接下来就到镰仓了，攻下镰仓的是新田义贞。新田是源氏。八幡太郎义家的三男义国有两子，哥哥叫义重，以上野国的新田为领地，称为新田氏之祖；弟弟义康，住在下野国的足利，称作足利氏。本来这两家是兄弟，按理应是新田得到器重，但是新田不愿讨好镰仓幕府，而足利则与北条有姻缘关系，于是新田就被疏远，足利得到了重用，两家自然变得不合了。
新田义贞先前作为大番来到京都，然后在幕府的强制下，作为从背后进攻金刚山的部队，被编入大和方面军队。这时，新田接到了大塔宫的旨令，高兴万分，赶紧回到国里做准备。他举旗之日是五月八日（六波罗全军覆没的次日），新田一行很快进入武蔵，十一日在小手指原，十二日在久米川展开战斗，十五、十六日两天在分倍河原的战斗中，击败高时的弟弟泰家的大军，以排山倒海之势持续进攻，逼近镰仓。镰仓竭尽全力展开防守，自五月十八日起连续五日，不分昼夜地激战。二十一日的黎明，大将义贞亲自前往极乐寺口，将大刀扔进海中，进行祈祷。海水立刻退到了海上，稻村崎的二十多町地一下子就干了。义贞即刻杀入镰仓，放火进攻。事已至此，北条高时也已经竭尽全力，就逃到东胜寺去切腹自尽了，时年三十一岁。北条一族之中有两百八十多人随他而死，在战斗中自尽的将士达八百七十余人。这一天是元弘三年（1333）五月二十二日。源赖朝以来一百五十年间，统率天下兵马，让无数人胆战心惊的镰仓幕府在这一天灭亡。
正成的无私与纯真
与此同时，北国、九州、长门，全国各地的幕府“办事处”都不约而同地灭亡了。然而后醍醐天皇并没有理会这些，六波罗军已被驱逐，京都已被夺回的消息一到，五月十八日，他就从船上山出发回京都。
天皇一行的前阵是伯耆守名和长年。到了兵库后，赤松圆心就来拜见天皇。天皇离开兵库后，楠木正成就率兵肃然相迎。在打倒幕府、重兴朝廷这件事上，正成是第一功臣。正成把幕府军牵制在金刚山的附近，把他们弄得团团转了半年，而且，正成还把大塔宫的旨令传达到全国。正因为这些，形势才大逆转。幕府也是深知这一点，才悬赏、召集能拿下正成的人。天皇对此也是了解的，因此在五月三日敕定的军法中写道：“加急向金刚山派军，追击此前发起进攻之人，救回正成。”天皇之所以这样说，就是因为承认回天伟业是依靠着这个人的力量完成的。而正成现在也来迎接天皇回京。天皇高高挽起凤辇的帘子，召正成到跟前说道：“这次的成功，完全得力于你忠心耿耿的征战。”正成恭恭敬敬地回答：“这全靠陛下的大德。我等之人又能成何事呢？”
六月四日，天皇到达东寺，次日回到宫中，之后就是论功行赏。大塔宫被封为征夷大将军，楠木正成为河内、摄津、和泉三国的长官，而名和长年得伯耆、因幡，新田义贞得上野、越后和播磨，足利高氏得武蔵、下总、常陆，其弟弟直义得相模、远江，北畠显家得陆奥。另外，为审议各方面的功绩来进行奖赏，成立了一个十八人的委员，其中就有藤原藤房、四条隆资、五条赖元、楠木正成、名和长年、结城亲光等人。正成和长年也加入了记录所。谁得到了后醍醐天皇的信任，在中兴的政权中谁在权力的中心，大抵从上可知。
当时棘手的是论功行赏。两个极端上分别是楠木正成和足利高氏。正成是这样向朝廷主张的：“在灭幕府一事上，立功者无数，这些人都在世。然而，奉敕命献上自己生命的是肥后的菊池武时，请将武时作为第一等的立功者来审议。”
菊池武时，是在蒙古袭来时英勇奋战的武房之孙。元弘三年（1333）三月十三日，武时奉敕命举兵，在博多进攻九州探题北条英时，在激战中死去。正成恐怕是没有见过这个人的。幕府即将毁灭之时，谁都要成为官军，然而在幕府还强大的时候，不是真心忠义之人，是不会敢为天下先，率兵而起的。正成就是看到了这一点，将武时推举为一等功者。不得不说，正成的无私、纯真之心，实在令人感动。
高氏的谋反
与其形成鲜明对比的是足利高氏，高氏并不是出于忠义才举兵的。据足利的重臣今川贞世所写，高氏的祖父家时希望能夺取天下，却没有时机，便祈祷通过缩减自己的性命，换来一族在三代之内能夺取天下。如此看来，足利氏代代都有夺取天下的野心，现在到了高氏这代，看到镰仓幕府大势已去，便倒戈加入官军。关于这点，从六波罗军被赶出京都之后他做了什么就可以看出来。官军夺回京都是在五月七日。这个时候，有三个要解决的问题：第一，讨伐镰仓；第二，把后醍醐天皇迎入京都；第三，将正成从大军的包围中救出。而这三件事情，足利高氏一件也没有做。第一，竭尽全力讨伐镰仓的是新田义贞。关于第二，尽力去做的是名和长年，而且正成也到了兵库相迎，从那以后都陪在天皇左右。而关于第三，是天皇特别命令官军去做的，但后来贼军听到六波罗军的败北，也都四处逃散了，也就是说正成是靠自己出来的。那么当时高氏到底做了什么？他在京都，自作主张地设立了奉行所，和全国各地联络，记录武士们的动向，给人一种总管、指挥者而实际上是镰仓幕府的替代者的印象。他到筱村八幡宫祈祷是四月二十九日的事情，而在那天的前两日，他就早早向全国发送书信，取得联系。二十七日是和高氏一起进攻船上山的名越高家的战死之日，也是高氏刚刚加入官军的日子。也就是说，元弘三年（1333）四月二十七日，看起来是高氏倒戈加入官军的一天，实际上在这一天，他就踏出了建立幕府、争夺天下的第一步。
早早就感觉到了这些的是大塔宫。那时大塔宫也向全国发号施令，所以很快也明白了足利的动向。他打算尽早铲除高氏，于是在六月初天皇回到京都之后，就在大和的信贵山召集兵士。而这是被朝廷的方针禁止的，同时，朝廷也把大塔宫奉为征夷大将军，以此稳住大塔宫，此事暂时得到缓解。次年，也就是建武元年，六月，大塔宫再次想要讨伐高氏，还和义贞、正成、长年等人商量。局势变得复杂起来，天皇也对如何处置此事为难，就将大塔宫流放到镰仓。建武二年（1335）七月，北条高时的儿子时行，在信浓举兵攻入镰仓。足利直义迎战，但战败，就弃镰仓而逃。趁着混乱，直义把大塔宫杀了。因为要建立足利幕府，大塔宫是第一个障碍。
高氏当时在京都，他向天皇请求让他讨伐时行，同时求封征夷大将军。朝廷拒绝了，然而高氏不等朝廷的许可就出发了。他夺回镰仓，在原来的幕府被烧毁的遗迹上建立居所入驻，还自作主张号称征夷大将军，以讨伐新田义贞为名，召集兵士。
于是朝廷决定讨伐高氏，任命新田义贞为大将军。十二月十二日，在箱根、竹下之战中，大友氏向足利氏一方倒戈，官军战败，回到京都。足利氏追击到京都，还一时将京城占领。但官军诸将协力讨伐，足利氏落荒奔逃到九州。
在九州迎击高氏的是菊池武敏。武敏是正成推荐的一等功者武时的儿子。他听到高氏逃到九州，就立刻准备迎击。延元元年（1336）二月，他占领太宰府，攻陷少贰的大本营有智山城，三月一日在多多良滨和高氏决战。刚开始足利方处于极度劣势，高氏打算切腹，其弟弟直义还要替哥哥去死，局势被官军的锐气所压。然而地势和风向都变得对官军非常不利，菊池武敏不得不撤退。这样，菊池一败，九州已无力阻挡足利，高氏率领岛津、大友、少贰等大军，再次攻入京都。官军在摄津迎击，但义贞战败回到京都，正成在凑川战死，时值延元元年五月二十五日。天皇登上比叡山，让义贞带皇太子恒良亲王到越前，伺机东山再起。同时，天皇暂时回到京都，后来悄悄转移到了吉野山。
天皇从隐岐的岛上回到京都是在元弘三年（1333）的六月。次年是建武元年（1334），接下来是建武二年（1335）、延元元年（1336）。延元元年的五月，正成战死，十二月，天皇进入吉野山。虽说是建武中兴，却是极其短暂的时间。仔细一查就会知道，足利氏不是在中兴之后才谋反的，可以说在中兴的同时，足利就已经谋反了。