赖朝之死
赖朝为了培养、保存自己的势力，处事谨慎、巧妙。为了将平家赶出京都，他利用了义仲；为了讨伐义仲，又利用了义经；为了将平家全部歼灭，也利用了义经；为了打倒义经，又利用了藤原泰衡。文治五年（1189）闰四月三十日，泰衡剿灭了义经。义经的首级被送到了镰仓。据说人们看到义经的首级都纷纷流泪，湿了衣袖。接下来，赖朝要去攻打泰衡，朝廷没有准许，但赖朝不等敕许下来就决定出兵。但这次已经没有能担当大将军的人了，赖朝就亲自出阵做指挥。在翻越白河的关卡时，赖朝叫来梶原景时的儿子景季说：“此时正值初秋，让人想起了能因法师的歌呀。”
都をば 霞とともに たちしかど
秋風ぞ吹く 白河の関
（春霞起，我离开了京都。来到这白河关，却已经到了秋风阵阵的时节。）
这首能因法师的歌被选入《后拾遗和歌集》，非常有名。赖朝想起的就是这首歌，而景季作了下面这首歌来回应赖朝。
秋風に 草木の露を 払はせて
君が越ゆれば 関守もなし
（秋风吹散草木上的露水。您一越过这关卡，守关人就完成了任务，退回里面去了。）
泰衡战败，回到了平泉，却也没能在那里待太久，就放火烧了宅邸逃走了，最后被自己的家臣给杀了，时年文治五年（1189）九月三日。
正像景季所吟的那样，而今的赖朝所向披靡，无人能挡。接下来，赖朝开始第一次上京。建久元年（1190）十月三日，以畠山重忠为先阵、千叶介常胤为预备队，从镰仓出发，途中在尾张国野间庄郑重祭拜了父亲义朝，十一月七日来到京都，进入在六波罗新建的宅邸。九日，赖朝先拜见了后白河法皇，然后晋谒后鸟羽天皇，得封权大纳言；十一日，参拜石清水八幡宫，在神前彻夜祈祷；后来又得封右大将，几次晋谒后，十二月十四日，踏上了归途。赖朝从京都被流放到伊豆的时候年仅十四岁；如今率精兵上洛、接受恩典时值四十四岁。回顾三十年前的事情，赖朝一定感慨万千吧。
建久六年（1195），赖朝再次上京。奈良东大寺被平重衡烧毁后，终于得以重建，赖朝就是去出席供养仪式的。这次，其妻子和儿子也都同行，旅途轻松。这个时候估计是赖朝最平静的时光吧。三年后，建久九年（1198）十二月二十七日，相模川的桥修建完毕，赖朝前去供养。在回来的路上，赖朝从马上摔了下来，受了重伤，于次年的正治元年（1199）正月十三日离开人世，时年五十三岁。
北条氏的抬头
赖朝在少年的时候就吃尽苦头，度过了二十年的隐忍岁月，再加上天生的性格，他常常考虑得非常长远，习惯小心行事。因为这习惯太根深蒂固，他就会把将来有可能成为自己竞争对手的人尽早铲除，觉得要维护天下的治安，就有必要保证自己地位的安全，所以他打倒了木曾义仲，打倒了义经，打倒了行家，打倒了范赖。平家已灰飞烟灭，在源氏的天下里，没有源氏以外的人能和赖朝竞争。在源氏里都打倒了这么多人，已经不会有谁能和他抗衡。赖朝确信，自己的子孙一定能在没有竞争对手的世界里，作为镰仓之主，掌控天下的兵马大权。他终于安心了。
在赖朝这一代还没有什么大碍，但赖朝一死，形势大变。赖朝信任的重臣一个个被打倒，就连继承赖朝位子的二代将军赖家，做了镰仓之主也不过才五年，建仁三年（1203）秋就被赶到伊豆的修禅寺，次年就被杀害了，时年二十三岁。按照长子继承的原则，此时应是赖家的长子一幡来即位，而这一幡在父亲死去的一年前，就被北条氏烧死了，时年六岁。
现在只剩下赖朝的次子，也就是赖家的弟弟实朝。二代将军赖家被赶走的时候，实朝十二岁。之后的十七年中，他成为镰仓之主，被人们称作将军。可是实朝并没有实力，手中也没有实权。在赖家的那一代里，梶原景时一家都被灭，比企能员的一族也被打倒了。到了实朝这一代，先是畠山重忠，然后是和田义盛的一族被剿灭。在这些人里面，最重要的人物就是和田。刚才也说到，和田义盛是侍所的别当，通俗点说就相当于陆军的长官。和田、三浦一族，勇士辈出，在关东武士中威望重大。他倒下之后，接替他成为侍所别当的是北条义时。
北条原本是平氏，时政看到了赖朝的潜力，支持他，还把女儿嫁给了他。时政作为赖朝最信任的亲属，赖朝万事都与其商量。二代将军赖家和三代将军实朝都相当于时政的孙子、义时的外甥，北条本应善待他们，可并非如此。北条逐渐削减源氏的势力，扩大北条的权力。赖朝以来的老将重臣逐渐衰老死去，比企、畠山，特别是和田与三浦被灭亡以后，已经没有人能够干涉北条了。结果，承久元年（1219）正月，实朝在鹤冈八幡宫前被赖家的儿子公晓杀死，而公晓之后不久也被北条派的人斩杀。至此，源氏的嫡系全部断绝。从赖朝掌握天下兵权的文治元年（1185），到实朝被杀的承久元年（1219），大约三十年。平家的骄奢很短暂，但源氏的繁荣也没有持续太久。这是因为赖朝把义经和范赖都打倒了，失去了一切能够成为羽翼或者藩屏来支援自己的势力，这就给了擅长阴谋的北条为所欲为的机会。
赖朝出现的意义
除了前面说的那些，若将源氏三代的三十五年做个总结，他们还有一个重大的功绩。只要有了这一点，就算源氏是只撑了三十五年，赖朝出现的意义依旧巨大。那就是源氏对日本的国体，也就是国家政权有着很高的自觉性，尊重朝廷，把对朝廷的奉公当作理所当然的事，是无上的喜悦。
在屋岛和坛之浦进攻平家的时候，最担心和平家待在一起的安德天皇的安危，还恳切地指示前方部队一定要把天皇平安无事地迎回来的是赖朝。他给范赖写的信中这样说：“此次公事，实在令人担忧。无论如何，定要小心行事。”还反复地训示说，“此次公事事关重大，定要小心行事。”这里的“公事”指的是天皇，在这里说的就是安德天皇的事情。
文治元年（1185）的夏天，在尾张国有个叫玉井四郎助重的人，本来就是个扰民的蛮横之人，现在违背了敕命，被朝廷召唤过去但他不仅不接受召唤，还诽谤朝廷。听了这件事的详细报告之后，你们想，赖朝是什么反应？“既然违背纶命，就不应再住日域。忽绪关东，则不必来镰仓。马上驱逐！”
“纶命”就是敕命，“日域”就是日本，“忽绪”指不放在眼里。也就是说，既然违背了敕命，就不能再居住在日本，不遵从幕府的指示，就不能来镰仓寻求庇护，即刻出日本国去，这就是宣告要将其赶出日本。这是多么鲜明，多么痛快的裁决。这不只嘴上说教，而是掌握天下大权的人之言。这话一出就会得到执行，违者首级必将不保。所以这事情对人们所造成的影响一定是巨大的。
对待那些对朝廷无礼的人，赖朝下达了如此严厉的判决。而对待朝廷的命令，赖朝恭恭敬敬地接受，就算是再难的事情也在所不辞。文治五年（1189）的春天，朝廷下达命令，要求献上修建内里的费用。赖朝回复“遵旨”，又说道：“常常接旨行事，赖朝绝无推辞之意。只要朝廷需要，不管多少次，赖朝都会遵旨行事。只要力所能及，赖朝都会义不容辞。”
按照规矩，伊势大神宫每二十年就要修建一次。建久二年（1191）春，有地头不交纳相关费用。朝廷方面把消息告知了镰仓，赖朝回答说：“不仅这次的事情，只要是违反朝廷命令的人，都请依法处分，抑或交给赖朝处分。就算是赖朝自身违反，也请教训。更何况是赖朝的家臣，请不必多虑。”
这时，日本国的命运都是赖朝一人承担。天下的人民都仰视、注目着他的思想、信念和一举一动。若他不懂尊重国家的政体，对朝廷傲慢，对伊势大神宫不敬，武士都会效仿他，后果严重。然而赖朝，恭恭敬敬地下跪接受敕命，发誓说，不管遇到什么样的困难，只要是敕命，一定会完成。对待不遵守敕命的武士，赖朝严厉地叱骂说：“离开日本！”这一句话就能安定国家，国家不会有丝毫动摇。这种约束力不仅限于源氏三代，还覆盖了整个镰仓幕府，不仅如此，足利和德川都以赖朝为楷模，不敢越过赖朝。从大局来说，室町幕府和江户幕府都受到了赖朝的指导和约束，而幕府，虽然说是一种变形，但是也没有能改变日本国的本质。可以说，这全靠了赖朝这一句精彩的话。