迁都福原
源三位赖政一家在宇治平等院全军覆没。从结果来看，这是彻底的败战，然而赖政他们奋战的样子令人吃惊。为了让皇子逃到奈良，赖政仅靠五十骑兵抵挡平家的大军，不畏死亡，全体奋战，让敌人丧了胆。特别是赖政的次子兼纲，他射箭歼敌数量最多。平家虽然获胜了，但看到源氏一族如今还是如此英勇，大吃一惊。逃到了奈良的高仓宫以仁王，受到了兴福寺僧兵的迎接，却在最后一刻中敌流矢而亡。然而因为此事被严格保密，故平家未能确认皇子是否去世，为此头疼不已。
保元、平治之乱后，存活在京中唯一的源氏就是赖政。而这赖政一家，在治承四年（1180）五月二十六日，全部丧命于宇治。说起源氏一族还剩下谁，赖朝被流放到了伊豆，义仲躲到了木曾，义经藏身在平泉，主要就剩这三人，其余只有范赖等赖朝的几个弟弟，失散在全国各地。这些人都是平治之乱的漏网之鱼，临危捡回一条性命，逃避在各个地方。即便如此，平家还是深切感受到了源氏一族的强大，觉得不得不防。如果比叡山、三井寺，再加上兴福寺的众僧徒和源氏联合起来，事情就大大不妙了。于是平家决定把都城迁到福原去。
福原从前就有清盛的别墅。说起福原，大家可能不太熟悉，其实就是神户。清盛以前担任过安艺守，修了严岛神社，建了壮观的社殿，还曾在这里迎接过天皇。他特别热衷于和大宋进行贸易，非常青睐船只来往频繁的神户。而今，如果源氏和僧兵举兵，便可从比叡山和奈良轻易攻打到京都。清盛认为，若要避免这种情况发生，干脆就迁都到福原去。此时的右大臣是藤原兼实，关于迁都一事，清盛却完全没有找兼实商量过。这一切都是由清盛入道一个人决定的，而且事发突然，大家都没来得及做准备，立刻就决定行动了。六月二日，安德天皇、后白河法皇、高仓上皇，从京都乘车前往福原。天皇前往赖盛的住宅，上皇到了清盛的别墅，法皇则去了教盛的宅邸，然而侍从们没有住处，头疼不已。
赖朝举兵
平家的注意力都集中在迁都上，福原因都市规划而一团糟，而此时，各国的源氏都在准备举兵，其中势力最强的当属赖朝。赖朝虽然是义朝的第三个儿子，但其气量胜过了哥哥义平和朝长，所以父亲也就特别宠爱他，把八幡太郎义家以来只传家族继承人的盔甲“产衣”和大刀“须切”给了赖朝。平治之乱时，赖朝十三岁，穿着这盔甲，佩戴着这大刀，骑着栗色的马出阵。前面已经说过，赖朝战败逃亡到东国的时候，由于疲惫而和父亲一行走散，落到了平家的手中，但因清盛的继母池禅尼得救一命，被流放到了伊豆。
被流放到伊豆后，赖朝待在蛭之小岛上，离韭山颇近。这一带大概因为狩野川经常泛滥，地形变化，中洲一带芦苇繁茂，把被流放的人放在这里是为了让周围的豪族监视吧。赖朝安顿在这里是永历元年（1160）的事情，那时他十四岁，到现在已经二十年了。他忍受着贫苦和侮辱，韬光养晦。治承四年（1180）四月二十七日，源行家意外来访，带来了高仓宫以仁王的令旨。赖朝整理衣装，遥拜男山八幡宫，接下了令旨。而行家还要赶去联络甲斐、信浓各国的源氏族人，即刻离去了。
赖朝当时和北条时政的女儿政子成了亲，住在北条。他接到令旨后，就先找了时政商量。这期间他收到了在京都的三善康信的联系：“宇治一战之后，平家有计划要讨伐全国各地的源氏，请多注意！”既然如此，就在敌人攻来之前举兵吧。赖朝派藤九郎盛长作为使者，召集源氏世代的御家人。八月十七日晚上，赖朝首先歼灭了山木兼隆，二十日，离开伊豆前往相模国的土肥，二十三日到达石桥山。此时，赖朝聚集了北条、土肥、冈崎、佐佐木等共约三百骑，三浦那边的人已经出发了，但还没到达。赖朝的兵还没完全到齐，大庭景亲等平家三千多骑精兵已经很快攻到了石桥山。战斗在二十三日夜晚的风雨中进行。源氏的兵力仅是平家的几分之一，终于还是败下阵来，赖朝逃到了山里面。平家的追击非常迅速，然而，梶原景时明明知道赖朝的藏身之地，却巧妙地把景亲引到了别的地方去，使赖朝得以脱险。此时梶原尚属平家阵营，后来追随源氏，并得到重用，就是因为这次事情。
八月二十日，赖朝乘小舟，从土肥的真鹤崎渡海，在安房上陆，然后派使者去命令关东的豪族们迅速来助。见到使者的千叶介常胤，激动不已，喜极而泣，率领一族前去相迎。石桥山战败后，险中捡得一命的赖朝得到了千叶介的相迎，手下兵士达到了三百。
这时候，上总介广常带着两万大军前来。赖朝见之，非但不喜，反而责备其来得太迟，甚为恼怒，这令广常大为吃惊。按现在这形势，平家全盛，赖朝是被流放之人。一个被流放的人要举兵去和全盛的清盛对决，如果不是气量超群、古今无双的英雄，是不可能成功的。广常心想着，先探探赖朝是个怎样的人物，如果是凡夫俗子一个，就马上把他杀了献给平家。然而赖朝对着这两万大军，既不高兴，也不害怕，还训斥广常说：“为何如此磨蹭，来得这么迟？”广常吃了一惊，佩服赖朝是个了不起的武将，这才对赖朝服服帖帖。
赖朝出发来到了武藏，迎接他的是丰岛清光、葛西清重、足立远元等人。八月还跟随平家的畠山重忠、河越重赖、江户重长，也变成了源氏一方的人，迎接赖朝。赖朝派畠山打头阵，进入相模国的镰仓，在此修建宅邸。
这时，赖朝率领的千叶介常胤、上总介广常、畠山重忠，原皆在平氏麾下。不单如此，就连赖朝最大的靠山北条时政、三浦义澄、梶原景时，也曾效忠平氏。这些豪族都效劳过赖朝的祖先赖义，还有其儿子义家，都敬慕源氏的武略和为人，成为他们的家臣。正因为如此，赖朝才能指挥、号令这些平氏的豪族。也因为有这些渊源，千叶介常胤在迎接赖朝派来的使者的时候，才会感动得泣不成声，说不出话来。
赖朝选镰仓作为根据地，是因为此地自赖义和义家始便与源氏有着很深的渊源，父亲义朝也曾在这里建过宅邸。赖义将石清水八幡宫迎到此地，在镰仓的由比建造了神殿，义家也修复过这神殿。赖朝来到镰仓后，马上把这八幡宫迁移到小高山上庄重地祭祀，这就是所谓的鹤冈八幡宫。
十月十五日，赖朝入住刚建好的邸宅，十六日参拜了鹤冈八幡宫，即日就向骏河出发了。这是因为得到消息说，平维盛领着大军，攻向了东海道。这平家到底都在忙些什么？宇治一战是五月份的事情，石桥山之战是八月，而赖朝在九月就控制了房总半岛，十月上旬来到了武藏，向相模进军。而平家就这样眼睁睁地错过了这一切，九月中旬任命追讨使，让清盛的嫡孙少将维盛担任总指挥，派萨摩守忠度和三河守知度辅佐其左右，率五千多骑大军从福原出发，这是九月二十一日的事。他们二十三日进入京中，又待了好些日子，二十九日的早上从京出发，十月十八日来到富士川。不得不说这样的应战极为迟钝，行动极为缓慢。若是乘着石桥山的胜利追击，关东的过半豪族都会跟随平家吧。然而，就在这两个多月，源氏的势力变得决定性地强大起来。有句话叫兵贵神速，而身为追讨使的平维盛的行动却与这话恰恰相反。
富士川的合战
源平两军隔着富士川对阵。平家的侍大将上总守忠清，抓了从常陆来的源氏的下人，问他源氏有多少兵。这下人回答说：“七八日之间，这山野河海，一下子全都是武者。昨日在黄濑川听人说，源氏一共有二十万骑。”
忠清听了，悲叹道：“唉！真悲惨。京中的大将军 [1] 悠闲自在，出手缓慢，真是可惜了！要是早一日下手，大庭兄弟和畠山等人，肯定会来加入我军的。只要他们加入，伊豆骏河的人也都会来助阵。”
总司令官维盛，召来斋藤别当实盛，问道：“关东有多少像你这样的强弓手精兵？”实盛说：“我这样的根本不算什么，比我厉害的强弓手大有人在。一般称得上大名的，手下基本不会少于五百强弓手。”他又道：“关东武士只要上了马就不怕摔下来。即使奔驰在险峻之地，马也不会倒下。只要战斗开始，就算父亲被击倒，儿子被击倒，也全然不顾，只会越过那尸骸，继续战斗。”
听到这些后，平家的士兵都战战兢兢。就这样，平家的阵营里弥漫着胆怯之风。就在这时，十月十八日的夜里，甲斐源氏武田信义在绕到平家阵营的后面的时候，惊到了富士川的水鸟，水鸟一时全部飞了起来。本来就害怕得不行的平家士兵看到水鸟飞了起来，误以为是敌人的夜袭，都争先恐后地逃走了。
兵士们陷入了极度恐慌。拿弓的人丢了箭，拿箭的人丢了弓，自己的马被别人骑了，就骑上了别人的马。有的马是连着一起的，就只能一圈圈地绕着马嚼子打转。
源氏攻打过来的时候，据说平家的阵营里面一个人都没有。维盛出征的时候带领的五千多骑都散得七零八落，只剩不过十骑回到京里。清盛听到后大发雷霆：“既然身为追讨使，就应该献身给君主与国家，战死不丢人，不知廉耻地跑回来才是耻辱！早早地在半路去哪里都好，决不能回京！”不愧是身经百战的武将，说的话都不一样。
清盛之死
清盛嘴上说着硬话，气势却下去了。富士川战败一个月后，清盛放弃迁都福原，又回到了京都。十二月十八日，他把政权交还给了后白河法皇。
治承四年六月初的时候，平清盛独断地从京都迁都到福原。人们内心都是强烈反对的，但因为惧怕平家，虽不情愿也只能迁去了福原。《平家物语》中有这样的描写：
户户紧挨的人家日渐荒废。房屋拆卸后被扔到贺茂川 [2] 和桂川，绑在筏上，家里的财物堆到了船上，运往福原。花之都就这样完全变成了一副乡下模样，真是可悲。不知道是谁，在旧都内里的柱子上写下了两首歌：
百年を 四返りまでに 過ぎ来にし
おたぎの里の 荒れや果てなん
（四次百年轮回，一直是首都的故里爱宕，现今要荒废了吧。）
咲き出づる 花の都を ふりすてて
風ふくはらの 末ぞ危なき
（舍弃这花之都，而将首都迁到凄风阵阵的福原，未来让人担忧。）
这生动地再现了那时的状况。八月中旬的时候，左大将德大寺实定为了看到旧都的明月，从福原回到了京都。《平家物语》也描写了当时的情景：
一切都变了样。偶尔见到有人家，门前的杂草很深，庭院被露水打湿了。杂草长得如同杣山一样，白茅长成了原野，荒凉的好似鸟的栖息之地，幽怨的虫声阵阵，已经变成了黄菊紫兰 [3] 的原野。能让人依稀回忆起昔日都城的影子的，只剩近卫河原御所里的大宫 [4] 。大将前往其御所。（中略）怀旧许久，天也渐渐亮了起来。看着这旧都的荒凉之景，大将唱起了今样 [5] ：
旧き都を 来て見れば
浅茅が原とぞ 荒れにける
月の光は 隈なくて
秋風のみぞ 身にはしむ
（来到这旧都一看，白茅已长成原野，一片荒凉。月光遍地，秋风渗入身里。）
从这一描述大抵可以推测京中是多么荒凉。京都的荒废，全都是清盛一手造成的。人们埋怨，愤怒。这一切清盛也一定有所耳闻。于是，十一月初的时候，清盛看到被富士川的水鸟惊吓的维盛带着不到十骑的人垂头丧气地回来，便放弃了在福原建都的想法，决定把都城迁回京都，以缓和世人的不满，并在十一月二十六日就行动了。然而京都却已经荒废得厉害，人们在感到喜悦的同时，也愤愤不平。
清盛先是在治承三年（1179）十一月的时候，不满后白河法皇的院政，把法皇幽禁在鸟羽殿，废除了院政。然而他的擅自执政非但不顺利，还演变成巨大的失败，只好请求法皇像以前那样实行院政，这是治承四年十二月的事情。清盛本人也许觉得自己的责任轻了一些，然而他的罪过没有消失，问题愈发严重了。
接下来发生的是火攻奈良。奈良有兴福寺和东大寺两个大寺院，其武力可与比叡山和三井寺相比。自从奉高仓宫之命讨伐平家，源三位赖政战死之后，这两个寺院的态度也丝毫没有改变，反抗的声势越来越高涨。于是，治承四年年末，清盛派头中将（中将，被任命为蔵人头）重衡做大将军，讨伐兴福寺和东大寺。重衡是清盛的第五个儿子，重盛和宗盛的弟弟。重盛一年前病逝，现在还活着的兄弟中，重衡是优秀的人物，在攻打奈良时，英勇奋战，击退僧兵，攻下了两座城池。到这为止一切还是顺利的，然而到了夜里，因为太暗，重衡下令点起火，兵士们就向民家放了火。正当那时刮起了强风，火被风煽动烧了许多寺院。兴福寺起火了，东大寺也起火了。更严重的是，东大寺的大佛殿也烧了起来，大佛的头都给烧掉了。这可不单单是寺院被烧了。人们觉得寺院里面安全，就跑进来避难，结果和寺院一同化为灰烬。
一算这在火焰中丧生的人数，大佛殿的二楼上有一千七百多人，山阶寺（兴福寺）有八百多人，某间堂里有五百多人，另一间堂里又有三百多人。全部算下来，有三千五百多人。
这发生在治承四年（1180）十二月二十八日的夜晚。重衡战胜归京，然而高兴的只有清盛一人。
开年便是养和元年（1181）。全国各地都人心惶惶。平家不知道应该先进攻哪里，彷徨不决。正当此时，作为关键人物的平清盛却病倒了。他自二月底以来一直发高烧，痛苦不已。闰二月四日，清盛去世，时年六十四岁，他临终之前留下遗言：
我自保元、平治以来，为后白河效忠，多次镇压朝敌，受到无上的赏赐。身为天子的外戚，诚惶诚恐。升及大臣，子孙荣华。现今已无奢无求，但有一事未了，没能看到被流放到伊豆的赖朝的首级，实在遗憾！我死后，无须建立堂塔，无须祭奠。即刻派兵，将赖朝首级提来我墓前！这就是最好的祭奠。
木曾义仲
很快，源行家带着尾张和三河的兵封锁了东海道。平重衡、维盛、通盛等人一起进攻行家，三月十日在墨股河合战中击退源氏。牛若丸的哥哥乙若丸，出家后叫作义圆，在这场战斗中阵亡。平家难得打胜一次，却没有追击，而是回到了京中。
这时，北陆风云骤变，木曾义仲攻向京都。义仲是源义朝的弟弟义贤的儿子，相当于赖朝和义经的堂兄弟。两岁的时候，父亲被外甥恶源太义平杀害，义仲也一时生命垂危。这时，斋藤别当实盛把他藏了起来，送到了信浓的木曾，请求中原兼远保护义仲。义仲渐渐长大成人，悲叹源氏的衰退，对平家的专横感到愤怒。治承四年，义仲收到了高仓宫以仁王的令旨，非常高兴地举兵了。他引领信浓、甲斐、上野、下野的源氏，攻入越后，以破竹之势进攻北陆道。
平家任命清盛的嫡孙维盛做大将军，维盛就是那位在富士川被水鸟给吓跑的人，但不管怎么说他也是平家一族的嫡系，就重新被任命为大将军，通盛、经正、忠度、知度等人作为副将军辅佐他，共约四万多骑兵。他们平定了越前和加贺，进军越中。寿永二年（1183）五月，决战地点在砺波山。义仲带领五千多骑迎战，故意采取放箭的打法，拖到天黑，然后就攻入敌人后方，呐喊起来。趁着平家受惊之时，义仲的主力军配合着呐喊声，发动进攻。《平家物语》中这样描述道：
在源氏大军的叫喊声中，山河似乎就要即刻崩裂。（中略）平家的大军争先恐后地跳入身后的俱梨迦罗谷。（中略）父亲进去了，儿子也跟着进去。哥哥进去了，弟弟也跟着进去。主人进去了，家子郎等 [6] 们也跟着进去了。马的上面是人，人的上面是马，重重掉了下去。如此深的俱梨迦罗谷，就被平家大军七万多骑给填满了。
忠纲、景高、秀国等平家的侍大将，据说都葬身在谷底。这样一来，平家不得已撤退了，扎阵在加贺国的筱原。义仲继续进攻。平家节节败退，只有一骑停留下来作战。那人穿着红锦直垂，负着萌黄威盔甲，戴着犄角形的头盔，佩戴金钱大刀，骑着连钱芦毛的马，配着金覆轮的马鞍，一看就是身份高贵的人，然而没有家臣跟随。手塚太郎与其对战：“报上名来！”对方靠近说：“吾心中有数，无须报。”手塚的手下们被砍死了，而手塚趁机刺中对方，终于砍下他的首级，拿到木曾的面前。木曾以为是斋藤别当，然而这黑胡须也太奇怪了，胡须一洗就变白了。原来是实盛，他已做好这是最后一战的觉悟，向宗盛请求，特许穿上锦直垂，把胡须染了，让人无法分辨年龄。实盛若是报上姓名，源氏就会知道这是义仲的大恩人，说不定就会救他一命，正因如此实盛才隐瞒了姓名。木曾主仆们知道后，悲伤不已，流下了眼泪。
平家吃了大败仗，回到京里。四万多骑兵，回来时佩戴头盔盔甲的才四五骑，其余的人据说都把装备扔了，逃了回来。木曾追击，逼近京都。京中流传着四面八方的源氏都全部起兵了的消息，大家都惶惶不安。寿永二年（1183）七月二十五日，终于，平家逃离京都。六波罗、四条、八条，所有豪宅都被放火烧成了灰烬，一处不留。烟雾之中，平家全族离开了京都，再也没能回来。
黎明来了，七月二十五日，银河清晰可见的天空很早就亮了，云朵拉得很长，漂浮在东山那边。这时的月亮白得清澈，阵阵鸡鸣传来。事到如今，真是做梦也想不到。那年迁都到福原，匆匆忙忙地离开了京都。现在想起来，那就是今日之事的前兆。
这就是《平家物语》对当时的记录。
平家不单逃离了京都，在福原也只度过了一夜，翌日就放火烧掉宅邸，离去了。
春季，有赏花的冈之御所；秋季，有观月的滨之御所、泉殿、松阴殿、马场殿、两层的栈敷殿，还有观雪的御所、萱之御所，此外还有人们的宅邸。
清盛入道的所有荣华富贵都化成了灰烬。从那之后，平家乘船逃到了西边的海上。
昨日在逢坂山的关卡，十万多骑人马牵着辔头。今日来到这西海的海上的不过七千多人。云朵如海般沉静，暮色降临。晚雾笼罩着孤零零漂浮着的岛，月亮升起在海上。这海滨荒无人烟，船只穿梭在波浪中，顺着潮汐流淌，划着划着，仿佛要消失在空中的云里。就这样，几日过后，京都已远隔在山川之外，在那遥远的云端。千里迢迢来到了此地，唯有泪水流不尽。
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[1] 指平宗盛。——译者注
[2] 即鸭川。——译者注
[3] 即秋七草。——译者注
[4] 指太皇太后多子，实定的妹妹。——译者注
[5] 平安末期大为流行的一种诗歌类型。——译者注
[6] 家の子郎等（いえのころうどう）。一般来说，家子是指和主人有血缘关系的侍从，郎等是没有血缘关系的侍从，表达相对于“主”而言的“仆”时就可以用这个词总括。——译者注