乱后的处分
保元之乱的战斗只持续四五个小时就结束了，但这战斗所留下的伤痕是巨大的。之所以这么说，是因为人伦，即为人之道已遭到破坏。人伦是怎么被破坏的，道德又是如何被践踏的？第一，这乱是崇德上皇和兄弟后白河天皇的斗争。尽管有着各种内幕，天皇和上皇争斗，哥哥和弟弟争斗，实在令人遗憾。
第二，这乱是藤原忠通与其弟弟赖长的兄弟之争。哥哥是关白，弟弟是左大臣，尽管如此，父亲疼爱弟弟，憎恨哥哥，从哥哥的手中夺走“氏之长者”的地位给了弟弟。藤原氏一家的内讧和皇室内部的对立掺杂在一起，最终引发了大乱。若是没有藤原氏的内讧，皇室内就算有感情上的对立，也不可能发展到战乱这种地步。
第三，源氏一族的父子兄弟，分成了两派而战。一方是义朝，他已是源氏一门的头领，手下家臣也多。而另一方的为义，尽管是义朝父亲，但已将头领的地位让给了长子义朝，也就是说已经隐居，手下家臣不多。但义朝之外的孩子们都跟随父亲为义，四郎赖贤、五郎赖仲、六郎为宗、七郎为成、八郎为朝都跟随着父亲，守卫上皇的御所，与哥哥义朝作战。
第四，平家一族也分为两派作战。守卫上皇御所的是右马助平忠正，率子长盛和正纲等人，成为一方的大将。而攻打他们的是清盛。对清盛来说，忠正是叔叔，长盛和正纲等人是堂兄弟，他们也是分裂成敌我作战。
就这样，父子之间、兄弟之间、叔侄之间的战斗，本来已是不道德，更过分的是战后的处分，这更加酿下大错。战斗的胜负一分，朝廷就把崇德上皇流放到了赞岐。左大臣赖长遭乱箭射死，其子兼长被流放到出云，师长被流放到土佐，隆长被流放到伊豆，已经出家的范长被流放到安艺。另外，加入了上皇一方的公卿们也都被流放到各方，这些都是无可奈何的事情。上面说的大错不是指这些，而是说对于武士的处分实在是残忍至极、惨绝人寰。朝廷逮捕了平忠正父子，让清盛将他们斩首，又逮捕了源为义父子，让义朝将他们斩首。
作为武士，本来就该有战败后被捕被斩首的觉悟。然而，让儿子去斩首，让外甥去斩首，让堂兄弟去斩首，这是多么残酷又让人意想不到的处罚。朝廷的命令是错的，遵照命令去实行的人也是错的。
其中最恶毒的是源义朝，他不仅斩了父亲为义，斩了弟弟赖贤、赖仲等人，还把和战乱没有任何关系的幼小的弟弟也斩了。乙若丸十三岁，龟若丸十一岁，鹤若丸九岁，天王丸七岁，都被义朝斩了。
负责战后处分的是少纳言入道信西，而义朝遵照命令斩了父亲与弟弟，清盛斩了叔父和堂兄弟。这些人都必须为此行为负责，遭受报应。报应不会来得太慢，分别在三年后、四年后、二十多年后，信西、义朝、清盛都遭到了可怕的报应。
乱世
《保元物语》中记载，嵯峨天皇的时代以来，朝廷很久都没有执行过死刑，尽管有依法该判死罪的人，但通常都是对其减罪一等判为流放。天皇二十六代共三百四十七年的岁月中，一直都没有实行过死刑，而今却斩了源家和平家七十多人，实在是让人遗憾。物语感慨道：“让义朝去斩首自己父亲，简直是前所未闻，这是朝廷的过失。”
京中天皇和上皇之间发生了战斗，多人因此丧命。事情演变到这一步，虽然平安京这一名称还在，但平安时代就此结束。比起公卿，武家更有权势，世间因此变得野蛮，让人无可奈何。
嵯峨天皇时代的弘仁元年（810），发生了藤原仲成之乱，之后一直到保元元年（1156），这期间的三百四十六年中，朝廷基本没有执行过死刑。所谓“基本”是指比如像将门和纯友这样的叛乱，还有奥羽地区的战争，都要算作例外。一般来说，朝廷逮捕了人，尽管确认是死刑，而一上奏天皇，天皇就会开恩，降罪一等，改判流放。比如淳和天皇时候的天长五年（828），大中臣春继杀了萩原王，却没被判死罪，而是被流放到伊豆。仁明天皇时候的承和九年（842），伴健岑和橘逸势等人计划谋反，但也因天皇开恩免了死刑，被流放到隐岐或伊豆。清和天皇时候的贞观八年（866），伴善男等十三人烧了应天门，本应判斩首，也天皇开恩降罪一等，判了流放。像这样的例子还有很多，这是平安时代的特征。不，这不单单是一个时代的特征，还是日本的特色。
生活在平安时代，习惯了天皇慈悲仁爱的人，就会觉得这是理所应当的，到了这武力横行的时代，回顾过去，一定会觉得延喜、天历的时代就好比春日一般温暖。
村上天皇时，清凉殿前的梅树枯萎了，天皇就让人去寻找替代的良木。奉旨之人寻遍京中，却找不到良木。好不容易在西京的某户人家中找到了一株形态美妙的梅树，就把它挖了起来，带到御所。这人家的主人，将某样东西绑在树上，说道：“请就这样拿回去。”这东西让天皇看到了，天皇拿到手中一看，是一女子写的歌：
勅なれば いとも畏し うぐひすの
宿はと問はば いかが答へむ
（既然是敕命，只能恭恭敬敬献上这梅树。只是，如果莺儿来问，它的落脚之处去了哪里，我该怎么回答呢？）
天皇让人去调查这是哪户人家，原来是纪贯之女儿住的地方。“我做了这无心之事，让人受罪了”，天皇后悔不已。这是《大镜》中的故事。为了装饰庭院，从各方收集良木美石，这样的事情后来在足利将军的时代也曾有过，但那是没有半分情义的强取豪夺。天皇的执政和武家的做法之间有着极大的差异。从温和的政治突然跃入充满暴力武断的世界，就是因为保元元年的大乱。北畠亲房在《神皇正统记》中对此大乱感慨道：
自保元之乱起，世态开始紊乱，时运衰退。
还道：
义朝身为代代侍奉君主之武士，不舍这保元之功勋。然而，命家臣斩父亲之首级，此乃大错。古今未闻，和汉也无此先例。或用功勋抵过，或辞退官职，怎无救其父性命之路？不尽本分，又怎能保全其身？义朝灭亡亦是天理。
最后亲房总结说：
而今世上不太平，只因名行已毁。
亲房说的“名行”，是指君、臣、父、子、兄、弟，都有着与各自之名相当的责任，只有负起这责任才是有道德之人。君臣相战，父子相争，最终演变成子斩父，这完全破坏了人伦秩序，从今往后，乱世拉开帷幕。