六国史
神武天皇的国家建设对于日本而言，确实是一件非常伟大而又重要的事件，然而关于这么重要的一件事情，我们却还无法正确而详细地知道其中很多具体内容，这是因为当时的历史没有留下记录。而要说为什么没能留下记录的话，很不幸的是当时的日本还没有文字。当时的日本人还没有发明出文字，也没有从外国引入文字。
在中国，使用文字的历史很悠久，早在数千年前就已有书籍。汉字首先传到朝鲜，然后经由朝鲜进入日本，此时正值应神天皇在位。阿直歧、王仁、阿知使主先后在应神天皇十五年、十六年、二十年来到日本定居，将学问传到日本。王仁是汉高祖的子孙、西文氏的祖先，而阿知使主则是东汉灵帝的子孙、东文氏的祖先。他们以学问出仕朝廷，此后不久日本的历史开始被记录下来，在此之前的事情都是靠口口相传流传下来的。现在我们说起口头传说，会觉得非常靠不住，但这是因为现在的人们可以依赖文字记录，记忆力反而衰退了。即使是现在，在那些不怎么依赖文字的人里，仍然有记忆力强大得令人震惊的人存在，更不用说古时候的人了。而且在太古时代，有一群叫作语部的人，他们的本职工作就是把故事背下来并传给后代，因此即使没有当时的文字记录，上古时代事情的大致经过仍然能够流传下来。这些事情从应神天皇的时代开始，逐渐被文字记录下来。第一次整理这些记录并编纂日本历史的人是圣德太子，他在推古天皇二十八年的时候编纂了《天皇记》《国记》和其他历史书。这些书籍由苏我氏保管，但苏我氏在皇极天皇在位时的大化改新中灭亡了，《天皇记》《国记》等书籍也在那时被付之一炬，只有其中一小部分被抢救出来，回到了朝廷手中。然而毕竟这部分记录十分片面，而且各家的记录也有许多谬误，于是在第四十代的神武天皇时，朝廷将这些记录重新整理了一遍，并对之前各家口头传说中的谬误也进行了修正，然后将这些内容全部交给一个名叫稗田阿礼的人，让他背诵。接受这道敕命的稗田阿礼时年二十八岁，是个十分聪明、有着过目不忘之才的人。然而人的寿命总有尽头，第四十三代的元明天皇命令拥有深厚汉文教养的太安万吕，将稗田阿礼背诵的东西全部用文字记录了下来。太安万吕花了几个月的时间，最终在和铜五年（712）正月完成了全文并将它献给天皇，这就是有名的《古事记》，它分为上、中、下三卷。
《古事记》是根据旧来的口头传说编写的书籍，与此不同，自圣德太子以来，朝廷就在推进一个编纂日本历史的计划，希望通过历史学家们的不懈努力，参考外国的历史记载，整理各家的记录，由此补充口述历史中缺乏的年月记录，进而编纂一部集大成的日本历史书。这项计划最终在第四十四代元正天皇养老四年（720）五月完成，由担任总编的舍人亲王献给天皇，这就是《日本书纪》。《日本书纪》的内容更为详细，共有三十卷。这是日本的第一部正史，当时就非常受到重视，此后日本接连编纂了它的续篇，依次是《续日本纪》《日本后纪》《续日本后纪》《文德实录》《三代实录》，这五本正史与《日本书纪》并称“六国史”。
纪年混乱
如前所述，现存日本编纂的第一本历史书是《古事记》，在此之后的是《日本书纪》，然而《古事记》是在第四十三代元明天皇时代成书的，《日本书纪》的成书时间则是第四十四代元正天皇时代，那时距离第一代神武天皇时代，已经过去了四十几代，以年月来计算的话则至少过去了一千年左右的时间。即使我们假设从应神天皇时代起，日本就逐渐开始以汉字记载历史，而这些记录也在此后成为《古事记》和《日本书纪》的材料，但是应神天皇也已经是第十五代天皇了，离神武天皇还有十几代人的距离。这十几代人的历史没有文字记录，完全靠着口述流传下来，关于建国时的事情，因为不同人的口述而产生一些差异，这也是没有办法的事情。因此关于神武天皇的东征，《古事记》里记载他在安芸国（现广岛县）停留了七年、在吉备国（现冈山县）停留了八年，而《日本书纪》里则将前者的时间记为约七十天，而后者的时间也不过三年，两者之间出现了巨大的差异。不过，虽然在这些细节上存在这样那样的差异，但关于事件大体经过的记录都是一致的，例如关于天皇东征道路和停留区域的记载都相吻合，因此我们可以认为神武天皇东征的事情确实曾经发生过。
然而有一件事情非常麻烦。《古事记》里虽然记录了历代天皇的名字以及他们在位期间发生过的事情，却没有记载这件事情发生在什么时候，也没有记载这件事情和下一件事情之间隔了多久的时间。也就是说，虽然《古事记》作为一部故事集很有趣，但是想要列一个年表，用时间顺序整理其中记载的事情，却是一件不可能的事情。相对地，《日本书纪》则明确地记载了年份，时间的经过与事件的发生可以一一对应。尤其是明确地记载了神武天皇即位于辛酉年春正月朔日，日本的纪年就以此为元年，由此算出的纪年称为皇纪。以皇纪来计算的话，昭和四十五年（1970）相当于皇纪2630年。
然而，《日本书纪》的纪年也有一个问题，那就是在古代有许多长寿的人。如果说长寿只是八九十岁的话可能还可以理解，但是动辄百余岁甚至二百余岁的人还在继续活动，这就不得不说十分可疑了。这样的问题同样也发生在不重视纪年的《古事纪》里，因此我们可以知道在《古事记》和《日本书纪》编纂之前，就产生了年代记述上的混乱，因而对两者的记载产生了影响。也有人对于《古事记》与《日本书纪》过分崇敬，以至于完全相信两者中明显不实的记述，这一点并不可取。例如神武天皇，据《古事记》来计算他的岁数是一百三十七岁，据《日本书纪》算来也有一百二十七岁；同样地，第十代崇神天皇，据《古事记》他的年龄高达一百六十八岁，而《日本书纪》中记载他也有一百二十岁。即使我们都相信前述的年龄，还有完全无法解释的问题，那就是第十四代的仲哀天皇。仲哀天皇是日本武尊之子，然而如果完全相信《日本书纪》的记载的话，仲哀天皇的诞生是在日本武尊去世三十六年之后。这件事情无论如何都无法解释，因此我们可以明确地说，《日本书纪》中的纪年有很大的问题，而这个问题也同样影响到了《古事记》的记载。由此可见，在这两部著作成书很久以前，就已经发生了纪年的混乱，或者说出现了明显过长的纪年，这一点是毫无疑问的。