在阿盖尔侯爵阿奇博德·坎贝尔和独立派之间，奥利弗·克伦威尔建立的同盟由于查理一世被处决而遭到破坏。阿盖尔侯爵阿奇博德·坎贝尔很乐意继续与英格兰结盟，但他的权力来自神职人员和中产阶级的支持。这些人对胆敢杀害苏格兰国王的教派深恶痛绝。查理一世被处决的消息传到爱丁堡的第二天，他们就宣布查理二世为国王，并承认查理二世不仅是苏格兰的国王，还是大不列颠和爱尔兰的国王。苏格兰驻英格兰使节对这次革命表示抗议，强烈谴责宗教宽容制度和国家基本法改革，并要求查理二世“应两个王国的政党要求”，继承父亲的王位。作为反击，长期议会驱逐了苏格兰使节，宣称他们的抗议为“一场新的血腥战争奠定了基础”。因此，这场战争有了新的特点：这不再是一场宪法上的对决，而是一场全国的争夺。同爱尔兰一样，苏格兰也试图对英格兰的政府组织发号施令。因此，英格兰争取自治的革命不可避免地扩大为争夺大不列颠诸岛霸权的战争。
苏格兰和英格兰之间开战的唯一障碍就是查理二世和苏格兰人之间很难达成协议。对长老会而言，除非他们的条件得到满足，否则他们不会为查理二世而战。对查理二世而言，除非他没有其他办法夺回王位，不然他也不会接受长老派的条件。
苏格兰议会要求查理二世接受《盟约》和苏格兰长老会制度，同时要求他在英格兰和爱尔兰建立长老会制度。1649年5月，查理二世拒绝不经过爱尔兰和英格兰的议会同意就在两国推行长老会制度，双方谈判破裂。查理二世准备加入爱尔兰的奥蒙德伯爵詹姆斯·巴特勒阵营。蒙特罗斯侯爵詹姆斯·格雷汉姆奉命再次号召苏格兰保王派武装起来。
1649年9月，查理二世前往爱尔兰，中途停靠泽西岛，但他的前进计划被奥利弗·克伦威尔的胜利阻止了。
到1649年年末，前景已经十分明朗。查理二世想要复辟，就只能靠苏格兰人帮忙。1650年2月，查理二世回到荷兰，别无选择。从泽西岛回来的一个苏格兰特使写道：“他确实已经穷途末路。他和仆人食不果腹，他们兄弟俩身无分文。”1650年3月，双方在布雷达重新开始谈判。苏格兰人要求查理二世遵守《盟约》，在英格兰和爱尔兰建立长老会制度，并否认奥蒙德伯爵詹姆斯·巴特勒和蒙特罗斯侯爵詹姆斯·格雷汉姆的行为合法。查理二世竭力争取修改这些条件，直到他真正踏上行程时才签署了条约。他希望抵达苏格兰时，他的出现会逼迫盟约派让步，在他周围会簇拥一批保王派。然而，他发现自己被当作一个俘虏，而不是国王。苏格兰人驱逐了从荷兰追随查理二世而来的英格兰保王派，将苏格兰保王派与查理二世的军队和宫廷隔开。当他抵达爱丁堡时，看到蒙特罗斯侯爵詹姆斯·格雷汉姆刚刚被砍下的头颅高悬在托尔斯波特的塔楼上。
17世纪50年代的查理二世
查理二世牺牲了他最可贵的支持者。查理二世不但没有在谈判结束前阻止蒙特罗斯侯爵詹姆斯·格雷汉姆的军事行为，反而敦促他立即采取行动。查理二世写道：“你的积极行动将会是一个遏制他们的极佳手段……这将为我们的事业建立一个全国联盟。”在布雷达谈判期间，苏格兰使节曾经要求查理二世放弃蒙特罗斯侯爵詹姆斯·格雷汉姆。查理二世同意命令蒙特罗斯侯爵詹姆斯·格雷汉姆解散军队，同时秘密承诺赦免他。但这个命令下得太迟了。虽然蒙特罗斯侯爵詹姆斯·格雷汉姆得知查理二世在和盟约者签订条约，自己时刻会背上抗命的罪名，但他仍然决定为查理二世献出生命。1650年3月，蒙特罗斯侯爵詹姆斯·格雷汉姆带着一小群丹麦和德意志雇佣兵来到奥克尼斯。1650年4月，他带着大约一千两百名步兵和四十名骑兵，穿过凯斯内斯来到萨瑟兰南部。1650年4月2日，他南行至卡比斯代尔，阿奇博德·斯特拉坎少校带着大卫·莱斯利的二百五十名训练有素的骑士向他扑来，驱散了他的小群骑兵，将他的外国步兵团打得四处溃散。蒙特罗斯侯爵詹姆斯·格雷汉姆从溃败中逃出来，在山间游荡，直到饥饿迫使他寻求庇护。阿森特的尼尔·麦克劳德将他交给了苏格兰政府。1650年5月2日，蒙特罗斯侯爵詹姆斯·格雷汉姆在爱丁堡高街的墨卡特十字座被绞死。
押解蒙特罗斯侯爵詹姆斯·格雷汉姆前往刑场
蒙特罗斯侯爵詹姆斯·格雷汉姆被执行绞刑
几乎就在蒙特罗斯侯爵詹姆斯·格雷汉姆被绞死的同时，奥利弗·克伦威尔回到英格兰。在这之前，议会已经投票通过了一项决议，派遣托马斯·费尔法克斯爵士和奥利弗·克伦威尔共同指挥军队对抗苏格兰人，托马斯·费尔法克斯爵士任上将，奥利弗·克伦威尔继续担任中将。得知国务委员会打算入侵苏格兰，托马斯·费尔法克斯爵士拒绝接受任命。有说法称，为了取代托马斯·费尔法克斯爵士的地位，奥利弗·克伦威尔试图削弱他的势力。实际上，他努力说服托马斯·费尔法克斯爵士接受任命。奥利弗·克伦威尔说，从道义上苏格兰人肯定会入侵英格兰，战争在所难免。“阁下，您很快就必须决定是在别国国土还是在自己国土上开战。”但托马斯·费尔法克斯爵士十分抵制进攻性战争，不会轻易被说服。托马斯·费尔法克斯爵士重申，对人性的猜测不足以成为向苏格兰开战的理由。事实上，长期以来，革命道路上发生的各种事件让托马斯·费尔法克斯爵士的地位越发重要，而他一直对革命的结果不甚满意。因此，托马斯·费尔法克斯爵士一直为退隐寻找各种合理的借口。由于托马斯·费尔法克斯爵士一再坚持，议会接受了他的辞呈。1650年6月26日，议会通过了一项法案，授予奥利弗·克伦威尔上将军衔，任命他为英格兰共和国军队总司令。奥利弗·克伦威尔在给一位朋友的信中写道：“这不是我的追求。主将这些荣誉赋予了我，或许主是想让可怜软弱的仆人能更好地执行他的旨意。”
1650年7月月末，奥利弗·克伦威尔率领大军进入苏格兰，共有步兵一万零五百名，骑兵五千五百名。他曾经的老战友大卫·莱斯利由苏格兰任命为总司令，率领着一万八千名步兵和八千名骑兵前来迎战。由于苏格兰士兵的素质较差，大卫·莱斯利决定采取守势。奥利弗·克伦威尔沿着海岸进军，主要从英格兰舰队获得补给。他发现苏格兰军队在利斯和卡尔顿山之间盘踞。一个月过去了，奥利弗·克伦威尔在爱丁堡周围游荡，与苏格兰军发生了一些小规模冲突，但局势几乎没有进展。他试图将苏格兰军队引出坚固的堡垒，对方却不为所动。大卫·莱斯利从不贸然出击，巧妙地化解了对方每一次军事行动。1650年8月月末，英格兰军营里食物短缺，疾病蔓延。奥利弗·克伦威尔只好带着这支“支离破碎、饥饿、气馁的疲弱军队”退回到邓巴，打算将这个城镇作为存储武器和军事行动的基地，同时等待伯威克的增援。大卫·莱斯利在后方紧追不舍，占据了杜恩山，俯瞰着邓巴，扼住了邓巴和伯威克之间的通道。大卫·莱斯利十分熟悉当地地形，又占据了优势，因此苏格兰人吹嘘说，比起当年在康沃尔败在查理一世手下的埃塞克斯伯爵罗伯特·德弗罗，如今奥利弗·克伦威尔陷入的困境更糟糕。
大卫·莱斯利
奥利弗·克伦威尔意识到了巨大的危险。他写道：
我们处境不妙。敌人在科珀斯帕斯的关口挡住了我们的去路。除非奇迹发生，我们根本无法突围。敌人占据了山头，我们不知道他们是怎么不费力气就翻上去的。而我们困在这里，士兵病得厉害，每天都有人死去。
奥利弗·克伦威尔的一万六千名士兵现在只剩下一万一千名。一些军官建议用舰队将步兵运出去，而让骑兵设法冲出一条血路。然而，他们的上将仍然如他自己所言“镇定自若，对上帝充满希望”。
起初，大卫·莱斯利计划在奥利弗·克伦威尔突围前往伯威克时攻击他的后翼，但苏格兰军营的议会委员命令他下山，阻断奥利弗·克伦威尔的路线。大卫·莱斯利发现奥利弗·克伦威尔没有继续行进，以为奥利弗·克伦威尔是在运送枪支，或者是为了逃跑而运送部分步兵。因此，1650年9月2日，大卫·莱斯利将军队从杜恩山转移到山脚下的缓坡，打算第二天发动进攻。他的左侧和部分前侧是一段陡峭的峡谷，峡谷下的布罗克河从山上顺流而下，流向大海，将两军的阵地分割开来。他将步兵部署在中部，背对着山坡。右边的地面更平坦开阔，他将三分之二的骑士连集结在这里。大卫·莱斯利的军队有两万两千人，而奥利弗·克伦威尔只有一万一千人，他激励士兵说，到第二天早上，英格兰军队要么战死，要么被活捉。
当奥利弗·克伦威尔审视苏格兰人的新阵地时，发现自己的机会终于来了。大卫·莱斯利的左翼被卡在小山和峡谷之间，几乎没有什么用处，而中路被后面的小山压迫着，几乎没有回旋的余地。奥利弗·克伦威尔和约翰·兰伯特少将都认为，如果苏格兰右翼被击败，他们的整支军队就会受到威胁。
1650年9月2日晚，为了回应大卫·莱斯利的军事变动，奥利弗·克伦威尔在峡谷沿线和布罗克斯茅斯庄园附近集结兵力，好像他的唯一目的就是防守。夜里一阵狂风暴雨。一两声警报过后，苏格兰人确信奥利弗·克伦威尔无意进攻。黎明之前，奥利弗·克伦威尔下令大队骑兵和步兵穿过峡谷，假装进攻敌方左路。在此掩护下，他集结了所有的兵力攻击敌方的右路和中路。约翰·兰伯特少将和乔治·弗利特伍德带着六个兵团的骑兵向苏格兰右翼发起进攻，乔治·蒙克带着大约三四千步兵进攻敌方中路，奥利弗·克伦威尔则从峡谷的另一边用炮火掩护，支援乔治·蒙克。苏格兰人措手不及，但他们一投入战斗便秩序井然。苏格兰长矛兵借着山势向下冲锋，冲垮了约翰·兰伯特少将的一个兵团。乔治·蒙克分队被击退，退出战场。在这个关键时刻，奥利弗·克伦威尔带着由三个兵团的步兵和骑兵组成的后备部队冲了上来。奥利弗·克伦威尔的骑兵团攻击苏格兰骑兵连的侧翼，约翰·兰伯特少将的骑兵则再次冲锋。经过一场短暂而激烈的战斗，苏格兰军队的右翼节节败退。与此同时，奥利弗·克伦威尔和托马斯·普赖德上校的步兵团猛烈攻击前进中的苏格兰步兵，“用长矛击退了敌人最强大的军团”。整个英格兰步兵团的战线继续向前推进，逼得苏格兰军连连败退。大卫·莱斯利的一些步兵仍然顽强地坚守战场，英格兰骑兵部队攻击他们暴露在外的侧翼，苏格兰步兵彻底溃败。在奥利弗·克伦威尔的指挥下，侧翼攻击越来越猛烈，英格兰军将苏格兰军的中路赶到左边，挤成一团。苏格兰的步兵团被困在小山和峡谷之间的三角地带，插翅难飞，一片混乱，无法投入战斗。奥利弗·克伦威尔的一个军官写道：
邓巴战场上的奥利弗·克伦威尔的军队
奥利弗·克伦威尔在邓巴战场指挥议会军作战
我们的骑兵和步兵在山上左右冲杀，苏格兰人却一片混乱。太阳从海上升起了，我听到诺尔说：“现在让上帝显灵吧，主的敌人将一败涂地。”我们缓慢前进，我听见他说：“我敢说他们会逃跑。”然后苏格兰军队秩序大乱，左翼、右翼和中路全面失守，四下逃散。我们击溃苏格兰军队右翼后，他们就接连溃败了。
在战斗中，苏格兰军有三千人阵亡，一万人被俘。大卫·莱斯利在斯特灵收拾残军时，奥利弗·克伦威尔占领了苏格兰低地的所有东部地区及爱丁堡和利斯。爱丁堡城堡挺住了，低地的西南部仍然武装抵抗。
邓巴之战后，奥利弗·克伦威尔的首要愿望不是征服苏格兰，而是就恢复两国之间的和平达成协议。他在给苏格兰阶层委员会的信中写道：
满足英格兰的愿望，给予英格兰安全，让英格兰与你们和平共处，这是我们的正当要求。我们的敌人对我们充满敌意，你们却强迫我们接受敌人的主张。
战役开始时，奥利弗·克伦威尔发表过几次宣言，抗议英格兰对苏格兰的偏爱，指责苏格兰人支持斯图亚特王朝的立场错误。独立派领袖认为这是一场自相残杀的战争，敦促奥利弗·克伦威尔修正这些言论。亨利·艾尔顿表示非常担心奥利弗·克伦威尔不够宽容，急于求成。老练的奥利弗·圣约翰将苏格兰人和爱尔兰人区分开。他提醒奥利弗·克伦威尔，爱尔兰人是无神论者和教皇主义者，需要用棍棒镇压，而苏格兰人仍然是上帝的孩子，需要对他们施予春风般的温暖。奥利弗·克伦威尔仍然对“苏格兰的敬虔”心存希望。如今他开始了一套新的规劝方式，尤其是针对那些极具影响力的牧师。正是这些牧师使他的和平呼吁无法向苏格兰人民传达。奥利弗·克伦威尔指责他们假宗教改革之名，扩大自己的实力，谋求世俗权力；又指责他们违背《盟约》，获取世俗利益；还指责他们宣称自己的教义是绝对正确的，而这与教皇没有什么区别。奥利弗·克伦威尔只用一句话就否定了牧师宣称的控制民事政府的权力：“我们将牧师看作是上帝子民的帮手，而不是主人。”对于苏格兰教会为防止异端邪说而压制不信奉国教者的行为，奥利弗·克伦威尔同样予以激烈的反驳：
爱丁堡
爱丁堡城堡
你们声称担心人们会犯错而禁止人们不信奉国教，就像害怕喝醉而全国禁酒一样。如果因为担心一个人会滥用自由，就剥夺他的全部自由，这是狭隘愚蠢的行为。如果发现有人滥用自由，就交给法律裁决。
最后，奥利弗·克伦威尔指责苏格兰教会虚伪而盲目。“假装反对一切恶意分子，却又接受并扶持恶意分子的头目，用他的名义治理基督教王国。”这难道不是虚伪吗？对这次战役的失败视而不见，难道不是盲目吗？在邓巴，上帝已经对他们的争议做出了裁决，他们却拒绝接受。“你们不是庄严地请求祈祷吗？我们不也同样如此吗？面对这次神的异象显示出的巨大威力，我们难道不应该一起战战兢兢，对上帝之手充满敬畏吗？”
战事的变化和奥利弗·克伦威尔的呼吁在苏格兰阵营产生了积极影响。虔诚的长老会教徒中有人开始自省，而军队中也出现了巨大分歧。严格的盟约者否定了世俗联盟，拒绝顺从一个邪恶的君主。吉尔伯特·克尔上校说：“我希望忠实地为国王服务，但条件是国王必须服从万王之王。”在与奥利弗·克伦威尔谈判了几轮后，阿奇博尔德·斯特拉坎上校辞去了职位。吉尔伯特·克尔上校带着三四千人加入了西部的辉格党，拒绝服从苏格兰阶层委员会，试图独立作战。1650年12月1日，在拉纳克郡的汉密尔顿，吉尔伯特·克尔上校突袭约翰·兰伯特少将失败后被俘。吉尔伯特·克尔上校军队溃散，整个苏格兰西南部地区都落入了奥利弗·克伦威尔手中。
教会人士之间的分裂更持久。以帕特里克·吉莱斯皮和詹姆斯·古斯里为首的一个政党发表了一份抗议书，表示除非查理二世能证明自己适合做一个盟约国国王，否则就不该为他而战。他们还谴责那些对查理二世的虚情假意视而不见的人。这个党派被称为抗议者，他们宣称既不会与恶意分子结盟，也不会与协约者结盟。另一个党派的要求更宽松。比起宗教感情，他们受民族情感的影响更多，愿意接受国家做必要的妥协。苏格兰议会通过了一项决议：即使是主要的恶意分子和协约者，只要在入伍前进行一个简单的忏悔仪式，也可以被允许加入国家军队。在1650年到1660年，决议者和抗议者的纷争构成了苏格兰教会的历史。
奥利弗·克伦威尔曾经预想过邓巴之战的政治后果。他预测道：“可以确定，教会可能已经做出了决定。我想他们的国王现在要自食其果了。”这个预言现在应验了。自抵达苏格兰以来，查理二世遭受了极大的屈辱。他答应了所有的条件，发了各种各样的誓言，甚至被迫为父亲查理一世对宗教改革的敌意和母亲对偶像崇拜的热爱而公开道歉。查理二世眼睁睁地看着苏格兰军队清洗保王派，却不被允许接近用他的名义参战的军队。最后，随着事态的发展，苏格兰议会同意了他的政策。1651年1月1日，查理二世在斯昆加冕。从此，他成了苏格兰真正意义上的国王。阿盖尔侯爵阿奇博德·坎贝尔之所以同意查理二世的政策，一方面是出于需要，因为教会的分裂使他失去了最强大的支持者；另一方面则是出于希望，因为查理二世提出娶他的女儿。随着事态的发展，阿盖尔侯爵阿奇博德·坎贝尔的影响力逐步削弱。起初，他必须与詹姆斯·汉密尔顿公爵及其党羽分享权力。随后，《阶级法案》的废除彻底使他丧失了权力，甚至连蒙特罗斯侯爵詹姆斯·格雷汉姆的追随者都可以掌握政权。
查理二世登陆苏格兰后的一年内，成功将保王派和长老派联合起来支持他的事业。复辟的希望空前高涨，长老派和保王派之间的联盟似乎可以在英格兰国土上复制。1651年3月，英格兰政府发现了兰开夏郡起义的阴谋，而苏格兰军队将呼应这一起义。诺福克郡和卡迪根郡分别在1650年12月和1651年6月爆发独立起义，这证实了合谋的真实性。一旦苏格兰军队进入英格兰，1648年保王派全面起义的历史就会重演，甚至还会带来其他问题。
1651年的战役开始得很晚。1650年冬天，英格兰军已经占领黑暗城堡和坦特伦城堡。1651年2月，斯特灵此前的军事行动一直因暴风雨而无法推进，而这时有了新进展。1651年春天，奥利弗·克伦威尔因病推迟了军事行动。爱尔兰的艰苦战役让他的健康状况大不如前。邓巴之战后的第二天，奥利弗·克伦威尔在给妻子的信中写道：“我年事已高，身体日渐衰弱。”但他从来没有放弃自己。1651年2月，奥利弗·克伦威尔总是间歇性高烧。病情接连三次的复发将他推到了死亡的边缘。议会惊慌失措，派来两名当时最好的医生。医生建议他回到英格兰换换空气。1651年6月，奥利弗·克伦威尔完全恢复了元气，重新回到战场。他发现大卫·莱斯利的军队驻扎在斯特灵南部的山上。奥利弗·克伦威尔写道：“除非大卫·莱斯利愿意，或者我们历经艰险找到他，否则我们无法主动与他作战。他的驻守位置太好了，占据了极佳优势。”
黑暗城堡
坦特伦城堡
奥利弗·克伦威尔既无法攻击大卫·莱斯利，也无法引诱他下山应战，于是决定绕过他。英格兰舰队控制着大海，轻易就将约翰·兰伯特少将带领的四千人通过弗斯河运到法夫。大卫·莱斯利派约翰·布朗爵士带领同等兵力对抗约翰·兰伯特少将。1651年7月2日，约翰·兰伯特少将在因弗凯辛消灭了约翰·布朗爵士的部队。奥利弗·克伦威尔派遣更多的军队越过这片水域，最终共有一万四千名士兵抵达法夫。随后，他亲自指挥这支部队向珀斯进军。1651年8月2日，在经过二十四小时的围攻后，奥利弗·克伦威尔的部队占领珀斯。
因弗凯辛战役
虽然珀斯的沦陷切断了大卫·莱斯利的补给，也切断了他与苏格兰北部的联系，但通往英格兰的道路是开放的。查理二世相信英格兰保王派会拥护他，于是带领整个军队向边境进发。奥利弗·克伦威尔预见了他们的行动计划，很清楚这可能会惊动英格兰政府。他清醒而自信地解释自己的行动计划：
我们是经过周密判断后做出这个决定的。我们知道，如果不这样做，战事势必还要延续一个寒冬。这会折损我们的士兵，而即便是苏格兰人也很难忍受这个艰苦的冬天。漫长的战事还会掏空英格兰的财力。也许我们可以安插在大卫·莱斯利的军队和英格兰之间从而阻止敌人。虽然我相信我们能做得到，但我们不知道如何将大卫·莱斯利的军队从他们据守的山上引下来，除非我们在弗斯河两岸都有一支军队可供调遣。此外，我也不知道如何避免上述提到的不便。
奥利弗·克伦威尔请求英格兰政府鼓起士气，集合一切力量阻止苏格兰人前进。
由于耶和华的眷顾，我们已经有类似经验，主已经让我们的敌人丧失信心。我们相信，我们每一次面对敌人时，耶和华必将挫败他们愚妄的图谋。在英格兰动荡不安的时候，敌人有一支更庞大的军队曾经长驱直入，而我们在普雷斯顿只有一股孱弱的兵力进行抵抗。经过慎重考虑，我们决定安插在敌军和苏格兰之间。我们不能忘记上帝是如何护佑我们的。
查理二世经由卡莱尔进入英格兰，穿过兰开夏郡，沿着威尔士边境行军。他希望在行经地区招募新兵。奥利弗·克伦威尔安排乔治·蒙克留守苏格兰，派约翰·兰伯特少将和托马斯·哈里森少将率领骑兵追击查理二世，自己则亲自带领步兵团跟在后面穿过约克郡。一路上经过的各郡军队都加入了奥利弗·克伦威尔的队伍。整个英格兰新组建的民兵团都涌过来加入军队。因为无论多么痛恨共和国，英格兰人都不愿意帮助苏格兰侵略者。
在兰开夏郡，虽然长老派不信任恶意分子，不愿意支持他们，但德比伯爵詹姆斯·斯坦利还是在保王派中征集了一小支军队。1651年8月22日，查理二世带着不到一万六千名士兵来到伍斯特。长途行军让他们疲惫不堪。他们于是停下来休整，从而集合更多追随者。一些忠心耿耿的绅士向查理二世进发，但普通大众无动于衷。1651年8月25日，德比伯爵詹姆斯·斯坦利的军队在维冈被罗伯特·利尔伯恩上校击溃。这时，查理二世已经被合围了。奥利弗·克伦威尔与约翰·兰伯特少将和托马斯·哈里森少将成功会师，他们共有三万人。他们在伊夫舍姆建立了新的据点，封锁了通往伦敦的道路。奥利弗·克伦威尔在人数上的优势使他能够分散兵力，两面夹击伍斯特。约翰·兰伯特少将和乔治·弗利特伍德中将带着一万一千名士兵，越过塞文河西岸，阻止保王派撤退到威尔士。而奥利弗·克伦威尔带领大部分军队留在东岸，向伍斯特城逼近。1651年9月3日，邓巴之战胜利一周年的日子，乔治·弗利特伍德中将的军队从西南向伍斯特挺进。乔治·弗利特伍德中将的军队和伍斯特之间隔着蒂姆河。蒂姆河是塞文河的一个支流，由保王派军队的一个分队控制，河上的桥已经被摧毁。奥利弗·克伦威尔将船连在一起，在蒂姆河口的塞文河上架起了一座桥，带领四支最卓越的兵团扑向苏格兰军的侧翼。“奥利弗·克伦威尔上将亲自打头阵，第一个踏上敌军阵地。”在奥利弗·克伦威尔的进攻掩护下，乔治·弗利特伍德中将在蒂姆河上也架起了一座类似的桥。步兵涌过来与奥利弗·克伦威尔并肩作战。苏格兰军人数处于劣势，但顽强抵抗，然而，最终还是投降了。奥利弗·克伦威尔写道：“我们一直追在敌人后面攻击，直到将他们打进伍斯特城。”
德比伯爵詹姆斯·斯坦利
维冈战役
查理二世在教堂塔顶观察了这场战斗。他看到奥利弗·克伦威尔的大部分军队都在西岸作战，于是召集一切士兵向东岸发起进攻。战斗持续了三个小时。起初，苏格兰军占据了优势。但奥利弗·克伦威尔亲自担当前锋，从河对岸杀了回来，将苏格兰军冲得七零八落。混乱中，苏格兰军回到了城里。奥利弗·克伦威尔的士兵紧随其后，冲进了苏格兰军的“皇家要塞”。“奥利弗·克伦威尔上将自己冒着极大的危险，在炮火中策马穿行。他亲自骑马紧追敌方的步兵，一路攻打，敦促对方投降。敌人拒绝了，回枪射击。”最后，苏格兰军残余的步兵放下了武器，骑兵则从北门夺路而逃，往苏格兰方向去了。然而，没有一个步兵团和骑兵连能顺利回到家乡。英格兰民兵团占领了桥梁和公路，抓了几百名逃犯。乡民们残忍地追捕那些掉队的士兵。苏格兰半数贵族都成了阶下囚。
奥利弗·克伦威尔在伍斯特战场
伍斯特战役
年轻的国王查理二世是少数逃出来的人之一。议会威胁说凡是窝藏包庇查理二世的人将被判叛国罪，同时悬赏一千英镑捉拿查理二世。骑警们在道路上四处搜寻，所有港口的官员也都接到警告，要注意“一个身高在两码以上，深棕色接近黑色头发的人”。然而，尽管英格兰人不愿意为查理二世而战，但也不愿背叛他。除了少数人，查理二世也不相信任何人。他有时躲在橡树上，有时则躲在“神父的藏身洞里”。他有时伪装成一个乡下人，穿着破旧的皮背心和绿马裤；有时又伪装成一个仆人，穿着灰色的土布衣服。查理二世在西南部游荡，寻找合适的船。最后，他在布赖顿找到了一艘船。1651年10月22日，查理二世在法兰西安全登陆。
查理二世在一位夫人的掩护下逃避议会军的追捕
查理二世装扮成仆人
对苏格兰而言，奥利弗·克伦威尔的胜利标志着苏格兰独立的结束。大卫·莱斯利的军队陷在英格兰，而苏格兰本土已经没有任何军队能够抵挡乔治·蒙克的六千名老兵，也没有任何堡垒能抵挡住他的炮火。1651年8月4日，乔治·蒙克攻陷了斯特灵。1651年8月28日，他攻克了位于埃利斯的苏格兰阶层委员会，解散了苏格兰国家防御指挥部，摧毁了苏格兰国家政府的最后一点儿痕迹。1651年9月1日，邓迪在乔治·蒙克的猛烈攻击下迅速沦陷。蒙特罗斯、阿伯丁、因弗内斯和其他城镇未经一战就投降了。1652年2月，奥克尼群岛被占领。1652年5月，最后坚守的堡垒邓诺特城堡投降。阿盖尔侯爵阿奇博德·坎贝尔拒绝跟随查理二世进入英格兰，试图在西部高地保持独立。然而，1652年8月，他也被迫屈服于英格兰政府。对苏格兰的征服就这样完成了。英格兰在利斯、艾尔、因弗内斯和因弗洛奇建立了坚固的堡垒，由一万两千到一万四千名英格兰士兵驻守，从此牢牢控制住了这个被征服的国家。尽管苏格兰人普遍感到不满，但摆脱英格兰枷锁的任何努力都没有成功的希望。1653年，与荷兰的战争使高地人再次鼓起勇气。他们拿起武器，纷纷起义。起义军首先是由格伦凯恩伯爵威廉·坎宁安领导，然后是约翰·米德尔顿将军。虽然起义军不时突袭低地，但没有发展壮大起来。起义军内部的纷争让他们无法完成大业。1654年5月，乔治·蒙克回到苏格兰，用枪火刀剑扫荡了苏格兰高地峡谷，击败了约翰·米德尔顿将军。1654年年末，平叛结束。
邓诺特城堡
格伦凯恩伯爵威廉·坎宁安
长期议会和奥利弗·克伦威尔对苏格兰的政策与对爱尔兰的政策相似。他们的目标都是使被征服的国家成为大不列颠帝国不可分割的一部分。然而，为了实现这个目标，对两国采取的措施却大相径庭。在苏格兰，既没有全面没收被征服者的土地，社会结构也没有发生重大变化。而对待苏格兰保王派的方式与对待英格兰保王派一样。长期议会没收了1648年和1651年入侵英格兰的人的财产，但奥利弗·克伦威尔采取了更温和的政策，仅没收了二十四名领导人的财产，而对其余从犯只处以罚款。虽然一些英格兰军官获得了被没收的土地，但大部分被没收的财产被用于公共用途。因此，苏格兰的土地没收措施虽然消灭了许多贵族和绅士，却没有影响到这个国家的大部分人。
苏格兰的国家宗教仍然予以保留，但国家教会失去了一部分独立权力，被剥夺了一切能够影响和控制公民政府的权力。苏格兰宗教大会曾被一位长老会牧师称为“我们的教会在世上的荣耀和力量”。然而，1653年，苏格兰宗教大会被强制解散，但允许举行地方宗教会议和长老会会议。英格兰政府剥夺了教会法庭对非教会成员的强制司法权，保护独立教会的成长。英格兰政府任命专员督察大学，惩罚宣扬反英格兰政府思想的牧师，裁决关于填补职位空缺的争论。英格兰政府对教会的内部事务干涉极少，并用宽容的态度维持抗议者和决议者之间的平衡。苏格兰教会虽然被剥夺了政治权力和大部分独立性，但并没有一蹶不振。罗伯特·布莱尔说：“上帝对他忠实仆人的辛勤劳动给予了极大的祝福，因而这些苦水也变甜了，而更有效的伟大之门向许多人敞开着。”
与爱尔兰一样，独立的苏格兰国家议会关闭了，取而代之的是苏格兰在大不列颠议会的代表权。联合王国经过詹姆斯一世的粗略尝试、长期议会的立法讨论，在护国制时期终于实现了。1652年，长期议会派来的专员勉强同意了两国联合的原则，但直到奥利弗·克伦威尔成为护国主时，联合王国组建的细节仍然没有确定。根据《政府文书》，苏格兰在大不列颠议会中有三十个议员配额。随后，奥利弗·克伦威尔下达了几条法令，完成了议会席位的分配工作。英格兰政治家将两国联合看作是一种慷慨的让步。这是议会的意图，埃德蒙·勒德洛说：
议会想说服苏格兰人，他们设想的初衷是希望政府管辖下的所有人都幸福富裕。苏格兰人极其明智，欣然接受这些设想。他们很清楚，对议会来说，允许一个被征服的民族参与立法是非常可贵的妥协。
然而，实际上，教会和民族感情都反对联合王国的设想。罗伯特·布莱尔说：“让苏格兰与英格兰联合，就像让可怜的鸟与吃掉它的老鹰联合。”除了少数人，所有阶级都对联合王国心怀敌意和厌恶。
奥利弗·克伦威尔希望通过附带的物质利益让苏格兰融入联合王国。他承诺实现两国之间绝对的贸易自由，按配额征税并完善司法制度。这些都不是空话。包括分封制、劳役制和世袭司法权在内的土地终身使用权被废除。联合王国成立人民法庭，引入英格兰治安法官制度，减少法庭收费，新任命的法官也用不偏不倚的态度执行法律，甚至苏格兰人也承认司法管理有所改善。吉尔伯特·伯内特说：“正义得到了伸张。”约翰·尼科尔补充道：“说实话，英格兰人对苏格兰人更宽容、更仁慈，比苏格兰人对自己的同胞和邻居更好。在很多方面，英格兰人的公正都超过了苏格兰人的。”
起初，苏格兰民政掌握在议会专员手中。1655年后，由奥利弗·克伦威尔任命的苏格兰九人委员会接管苏格兰民政。在这九名委员中，有两名苏格兰人。在他们强有力的统治下，苏格兰出现了前所未有的井然秩序。英格兰驻军驯服了苏格兰高地，边境的流寇也被捉拿归案。一名英格兰官员夸口说，一个人只要口袋里揣着一百英镑，手里拿着一根鞭子，就可以策马走遍苏格兰。
从这些改革中受益最大的是中产阶级。乔治·蒙克在给奥利弗·克伦威尔的信中写道：“通常，城镇居民是这个国家里对我们最忠诚的人。”1658年，奥利弗·克伦威尔向英格兰议会描述苏格兰的状况，并为英格兰统治带来的进步欢欣鼓舞。
在你们的治理下，那些穷苦人的生活还和以前在大领主统治下一样，他们的生活不比法兰西的农民更好，未来他们或许能生活得好一些。我发誓我所说的任何事情都真实地反映了那个国家的真实状况。然而，中产阶级在成长壮大。虽说他们的生活将来还能更好，但现在已经非常安逸了。
在描述奥利弗·克伦威尔在苏格兰的政权时，吉尔伯特·伯内特甚至说：“我们通常认为他夺权的这八年是一段非常和平昌盛的时期。”这种说法过于夸张。长期战争带来的破坏和损失造成了广泛的贫困。奥利弗·克伦威尔承认：“我的确认为，就物质生活而言，我曾经向你们提到的其他民族遭受的苦难，正是苏格兰民族此刻遭受的。我也确实认为这是一个非常破败的国家。”在苏格兰维持如此庞大的军队必然造成沉重的税收，这是英格兰统治的弱点。罗伯特·拜利的信中充满了对赋税负担的抱怨：“庞大的驻军压在我们的头上，所有的阶级都极度贫穷。苛捐杂税繁多，贸易量却小。如果金钱的极度匮乏不会很快带来一场灾难，这简直就是奇迹。”起初，英格兰政府每月向苏格兰征收一万英镑的土地税，然而，实际征收十分困难，最终减少到六千英镑。奥利弗·克伦威尔去世的那年，英格兰不得不免除苏格兰十四万英镑的进贡，而该费用是用于维持对苏格兰的军事控制的。
苏格兰人普遍认为，英格兰统治带来的利益是以沉重的税收和国家的独立为代价的。在爱尔兰，无论是福是祸，奥利弗·克伦威尔的征服都在历史上留下了不可磨灭的印记。而在苏格兰，奥利弗·克伦威尔所做的和试图做的一切，包括联盟、法律改革和贸易自由，在复辟后都烟消云散了。然而，他的政策目标公平、正义，因此后来的政治家才愿意追随他的领导。1707年，不列颠联合王国成立，实现了贸易自由。1746年，世袭制被废除。