第二次内战蔓延到爱尔兰。1648年5月，因奇奎恩男爵穆罗·奥布莱恩和明斯特的新教教徒反叛议会，升起了皇家旗帜。1648年9月，奥蒙德伯爵詹姆斯·巴特勒再次回到爱尔兰。1649年1月，奥蒙德伯爵詹姆斯·巴特勒将盎格鲁-爱尔兰保王派和天主教同盟联合起来，对抗议会的支持者。教廷大使乔万尼·里努西尼抵制联盟失败。奥蒙德伯爵詹姆斯·巴特勒建立的联盟承诺给予天主教自由和平等，同时给予爱尔兰议会独立。这吸引了许多人，神职人员也表示支持。他们号召爱尔兰士兵在他的旗帜下为上帝和恺撒而战，并号召人们为他旗下的两万军队提供支持。1649年2月，乔万尼·里努西尼离开爱尔兰。
因奇奎恩男爵穆罗·奥布莱恩
对查理一世的处决进一步增强了保王派的势力。阿尔斯特长老会的一部分人公开宣布支持奥蒙德伯爵詹姆斯·巴特勒，承认查理二世，其余的人也都宣布不再服从议会。只有欧文·罗伊和爱尔兰的阿尔斯特人对条约的一些条款不满，因此不愿意加入联盟。他们先是与奥蒙德伯爵詹姆斯·巴特勒谈判，后来又与议会官员谈判，在一段时间内保持中立。在伦敦德里，查尔斯·库特爵士仍然支持议会，乔治·蒙克上校则坚守邓多克，而迈克尔·琼斯上校始终保持警惕和实力，据守都柏林。1647年6月，当奥蒙德伯爵詹姆斯·巴特勒将都柏林转交给议会接管时，迈克尔·琼斯上校曾经被议会任命为都柏林总督。1647年8月，他在邓根山取得了一场大胜，可以肯定他会战斗到最后。除非英格兰及时援助，否则这些最后的据点也只能持续几个月。
查尔斯·库特爵士
乔治·蒙克上校
保王派手中的爱尔兰肯定会被当作攻击英格兰的基地，因此当前的问题不仅仅是爱尔兰是否应该与英格兰分离。年轻的查理二世传来消息说他将迅速前往爱尔兰，万事俱备，只缺资金。鲁珀特亲王已经在明斯特港集结了一支由八艘战船组成的中队。1649年3月15日，在这关键时刻，国务委员会提名奥利弗·克伦威尔率军前往爱尔兰。1649年3月22日，奥利弗·克伦威尔发表演讲，表达他对危机的理解。他说：“你们的旧仇敌又联合起来攻击你们了。”苏格兰已经宣布承认查理二世。英格兰的一个大党派时刻准备与苏格兰人合作；爱尔兰各党派已经联合起来“铲除英格兰利益，拥立威尔士亲王”。“如果我们不及时维护自身利益，不仅会使我们在爱尔兰的利益遭受损失，而且爱尔兰人会在短时间内入侵英格兰，给我们制造麻烦。”一想到苏格兰或爱尔兰的干涉，英格兰人的民族自豪感就油然而生。奥利弗·克伦威尔继续说：
我承认我经常有一些世俗和愚蠢的想法。如果非要做选择，我宁可让保王派得势，其次是苏格兰，然后才是爱尔兰。因为我认为爱尔兰得势是最危险的……一旦他们得逞，这里的人将成为世上最悲惨的人，因为爱尔兰人的野蛮举世共知……这次争端已经到达事态的临界点。对于我们是坚决拒绝回到之前的暴政之下，还是迎回国王，臣服于苏格兰王国和爱尔兰王国治下，所有的英格兰人该有所觉醒。
实际上，正如奥利弗·克伦威尔所说，这场争端是一场事关民族命运的斗争。问题的关键在于，英格兰的自由发展是否应该受爱尔兰人和苏格兰人的遏制。这二者为了自己的利益，意图扶持失势的斯图亚特王朝重新掌权。然而，只要军队团结一致，王朝复辟的概率就不大。“比起外敌入侵，内部不和造成的风险更大……我深信只要我们恪尽职守，静候耶和华，主必将我们护于铜墙铁壁之中，直至我们完成主交予我们的使命。”尽管奥利弗·克伦威尔对主的帮助充满信心，但他没有低估重新征服爱尔兰的困难程度，并着手进行胜利所需的一切准备工作。
1649年3月3日，在确保得到政府的足够支持后，奥利弗·克伦威尔才接受了议会命令，并等到军队领到饷银后才率军渡海。议会授予他爱尔兰总督和总司令的双重职务，为期三年。两个职务的年薪总和是一万三千镑左右。议会还交给他一支一万两千人的军队。这支军队配备精良，军备完善。军队的纪律松散、运送军队的船集合不起来，更重要的是筹集维持军队的资金困难，使他的起航时间推迟了四个多月。直到1649年8月3日，奥利弗·克伦威尔才在都柏林登陆。
如果奥蒙德伯爵詹姆斯·巴特勒的指挥才能更卓越，或者欧文·罗伊在1649年3月而不是1649年8月放弃中立，那么在奥利弗·克伦威尔到来之前，英格兰驻防可能早就被全部攻克了。1649年7月，奥蒙德伯爵詹姆斯·巴特勒的副将因奇奎恩男爵穆罗·奥布莱恩占领了邓多克和德罗赫达，而奥蒙德伯爵詹姆斯·巴特勒在都柏林封锁了迈克尔·琼斯上校。奥利弗·克伦威尔带来的三个英格兰兵团增援都柏林。1649年8月2日，都柏林的守军突袭了奥蒙德伯爵詹姆斯·巴特勒在拉斯敏斯的营地，致使奥蒙德伯爵詹姆斯·巴特勒溃败，损失了五千人。奥利弗·克伦威尔写道：“上帝的仁慈伟大而及时，对他们而言，我们就像从天而降。”奥蒙德伯爵詹姆斯·巴特勒已经无法召集一支足以在战场上与奥利弗·克伦威尔相抗衡的军队，只好依靠堡垒阻止奥利弗·克伦威尔的军队，等待新的兵力集结。德罗赫达首先受到威胁，奥蒙德伯爵詹姆斯·巴特勒抛下军队落荒而逃。1649年9月10日，奥利弗·克伦威尔对德罗赫达发动进攻，将保卫德罗赫达的两千八百名士兵打得七零八落。他写道：“据我推测，全军逃跑的人不超过三十个。”然后，他派遣一支小分队驰援伦敦德里，自己则带领大军向南进发。1649年10月11日，奥利弗·克伦威尔突袭并占领韦克斯福德。大约有一千五百个当地驻军和居民陈尸街头和市场。和在德罗赫达一样，每一个落入胜利者手中的教士都被立即处死。
欧文·罗伊
拉斯敏斯战役中的议会军
第一次进攻德罗赫达被击退后，奥利弗·克伦威尔特意下达命令，要求不放过任何武装人员。而韦克斯福德的屠杀则是突发状况，并不是出自奥利弗·克伦威尔事先的命令。奥利弗·克伦威尔对这次流血事件毫不后悔。他憎恶当时许多英格兰指挥官在爱尔兰所犯下的无差别暴力，但同时他也比任何一个将军都更谨慎地保护平民和非战斗人员免受掠夺和暴力。他向天主教神父挑衅说：“自我到爱尔兰以来，你们找不出一个手无寸铁的平民被屠杀或放逐的例子。他们遭到屠杀或放逐是因为他们在这之前的行为没有受到正义的审判，这是他们应得的。”但当城镇被突袭并占领时，战争法允许保留城镇驻军的性命。基于这一点，奥利弗·克伦威尔从军事和政治两方面为他在德罗赫达和韦克斯福德的行为辩护。他不仅以征服者的身份来到爱尔兰，而且以法官的身份“要求对1641年叛乱中的无辜流血事件做出解释”，“惩罚太阳底下最野蛮的屠杀”。关于德罗赫达的屠杀，奥利弗·克伦威尔写道：
我相信这是上帝对那些野蛮人的正义审判，将防止未来发生更多的流血事件，因为他们的双手沾满了许多无辜平民的鲜血。这为我们的行动提供了令人满意的解释，否则只能使人感到懊悔和遗憾。
关于韦克斯福德的屠杀，奥利弗·克伦威尔说：
上帝以难以预料的天意和公平的正义对他们进行了审判，使那些曾经毁灭了许多家庭的人落入我们的士兵手里，用他们的鲜血偿还那些可怜的新教教徒曾经遭受的迫害。
简而言之，用托马斯·卡莱尔的话说，奥利弗·克伦威尔认为自己是“上帝正义的使者，对上帝的敌人执行上帝的审判”。只有狂热分子才能认同这个观点。他的正义是凡间的正义，不分青红皂白，更谈不上完美，掺杂着太多的复仇成分。正如圣詹姆斯所说，愤怒不能作为上帝的正义。在政治上，这些屠杀是一个错误。关于屠杀造成的仇恨现在仍然横亘在奥利弗·克伦威尔希望实现团结的两个民族之间。然而，在军事上，这些屠杀迅速产生了奥利弗·克伦威尔希望的效果，也避免了更多的流血事件。奥蒙德伯爵詹姆斯·巴特勒写道：
议会军与保王派军队在德罗赫达交战
德罗赫达大屠杀
简直难以想象，叛军的胜利给这个国家的人民造成了多么大的威慑！人们都麻木了，我很难说服他们像真正的男子汉一样保护自己。
特里奇和邓多克的驻军弃城而逃，罗斯的城墙刚被攻破一个缺口驻军就打开城门，奥蒙德伯爵詹姆斯·巴特勒的英格兰保王派军队大量逃亡。然而，1649年11月，奥利弗·克伦威尔在攻打沃特福德时，胜利魔咒被打破了。守军顽强抵抗，再加上冬天的暴风酷寒天气，迫使奥利弗·克伦威尔开展围城战。艰苦的爱尔兰战事使参战士兵数量减少，大部分士兵应该“待在医院而不是奔赴战场”。奥利弗·克伦威尔的副统帅迈克尔·琼斯死于高烧，而奥利弗·克伦威尔自己也病倒了。
与此同时，奥蒙德伯爵詹姆斯·巴特勒建立的联合政府也暴露出其内在弱点。1648年，因奇奎恩男爵穆罗·奥布莱恩曾经诱使明斯特的新教教徒宣布支持国王查理二世，但如今这些新教教徒和爱尔兰天主教之间产生了巨大分歧，而这是任何暂时的政治协议都无法解决的。在离开英格兰前，奥利弗·克伦威尔曾经与明斯特的一些指挥官进行秘密谈判。现在计谋起效了。1649年10月，科克驱逐了奥蒙德伯爵詹姆斯·巴特勒的驻军。1649年11月，在尤格尔、金赛尔、班登和几个更小的地方升起了英格兰国旗。因此，到1649年年末，从伦敦德里到克利尔角的整个爱尔兰海沿线地区，除了沃特福德，都掌握在奥利弗·克伦威尔手中。奥利弗·克伦威尔写道：“现在整条海岸线都在我们手中，但我们无法深入腹地。”
因此，战争的下一个任务是将英格兰的控制深入到内地。在明斯特港口过冬后，奥利弗·克伦威尔率领军队攻打明斯特内陆的堡垒。1650年2月，卡西尔、卡希尔和许多城堡陷落。1650年3月月末，爱尔兰天主教联盟所在地基尔肯尼有条件投降。
这场战争逐渐演变成凯尔特人和英格兰人之间纯粹的民族战争。因奇奎恩男爵穆罗·奥布莱恩手下的最后一批新教教徒军官与奥利弗·克伦威尔达成协议。然而，欧文·罗伊的阿尔斯特军队不再中立。尽管欧文·罗伊于1649年11月去世，但他手下的凯尔特士兵依然以无与伦比的勇气和献身精神为自己的民族自由而战。欧文·罗伊的外甥休·奥尼尔在克伦梅尔击退了奥利弗·克伦威尔的进攻，而自己也损失惨重。尽管连铁甲军自己都承认，克伦梅尔的守军是他们“在爱尔兰遇到过的最顽强的敌人”，但克伦梅尔守军还是在一个精心策划的夜间撤离。1650年5月10日，克伦梅尔被迫投降。
这时，英格兰和苏格兰之间的战争迫在眉睫。1650年1月，议会投票召回奥利弗·克伦威尔。克伦梅尔陷落两周后，奥利弗·克伦威尔乘船前往英格兰，留下几个副将征服爱尔兰。亨利·艾尔顿继续担任明斯特的总督和总司令，在1650年8月10日占领了沃特福德，但对利默里克的进攻失败了。1650年6月21日，北方的查尔斯·库特爵士在斯卡里夫霍利斯击败了欧文·罗伊曾经统率的军队。战场上的爱尔兰军都被消灭干净了，这场战争变成了一场攻城略地的战争。1650年底，奥蒙德伯爵詹姆斯·巴特勒绝望地离开了爱尔兰。继任者克兰卡德侯爵乌利克·伯克和奥蒙德伯爵詹姆斯·巴特勒一样不得人心，毫无威望，既不能团结爱尔兰各派系进行最后一战，也不能整合那些仍然在沼泽和山地坚守的分散兵力。贵族们依然忠于斯图亚特家族，而神职人员向天主教势力寻求帮助。宗教人士提出，如果洛林公爵查理四世愿意带领军队保卫爱尔兰，他们将立他为爱尔兰护国主。1651年6月，亨利·艾尔顿再次率军围攻利默里克。经过五个月的围攻，利默里克陷入饥荒和内乱，被迫投降。1651年11月，亨利·艾尔顿死于鼠疫热。他的继任者埃德蒙·勒德洛和乔治·弗利特伍德完成了对爱尔兰的征服。1652年5月，最后一个城市戈尔韦向查尔斯·库特爵士投降。这一年，最后一批爱尔兰指挥官有条件投降了，他们的士兵进入西班牙或法兰西服役。
利默里克
克兰卡德侯爵乌利克·伯克
持续了十二年的战争就这样结束了。虽然这场战争是不对等的，但爱尔兰人之所以没能重新获得独立，不仅是因为英格兰的实力更强，也更富裕，而且还因为爱尔兰的内部分裂。正如当时的一名爱尔兰诗人写的：
盖尔人已经被抛弃，伤痕累累，
他们被征服、杀戮和毁灭于
瘟疫、饥荒、战争、迫害。
他们被奴役是上帝的裁决，
他们没有团结并肩，同仇敌忾。
爱尔兰被彻底摧毁，有三分之一人在这场战争中丧生。一个英格兰军官说，瘟疫和饥荒席卷全国，在某些地方，“你可以穿行二三十英里而看不到一个生物，无论是人、野兽，还是鸟”。另一个军官说：“穷苦的普通百姓是天底下最可怜的人。”
对奥利弗·克伦威尔和英格兰共和国来说，征服这样一个四分五裂的国家并不难，但接下来的任务很难。他们必须制定一个解决方案，确保秩序，恢复繁荣，防止未来的叛乱，消除民族和信仰的纷争。英格兰共和国的最后几年及护国制时期，在爱尔兰总督乔治·弗利特伍德和之后的亨利·克伦威尔的统治下，爱尔兰政府进行了重组。奥利弗·克伦威尔执政时期的爱尔兰解决方案的主要路线是长期议会制定的。从本质上说，议会对爱尔兰的政策不过是回归传统政策。自都铎王朝结束以来，所有的英格兰政府或多或少都在执行这一政策。殖民爱尔兰、转换爱尔兰人的信仰和在爱尔兰实现司法公正是奥利弗·克伦威尔的目标，也曾经是斯特拉福德伯爵托马斯·温特沃斯的目标。
因此，解决方案的基础是没收爱尔兰土地，用英格兰地主取代爱尔兰地主。1642年，议会就宣布了这一政策。在这之前，“冒险家”曾经为重新征服爱尔兰事业预付了战争资金。为偿还这部分债务，当时议会通过投票决定预留出两百五十万英亩的爱尔兰土地。用同样的方法，就可以筹集资金雇佣士兵征讨爱尔兰人，并偿还为军队提供粮草和其他生活必需品的商人。到1653年，议会欠这三类债权人的债务超过三百五十万英镑。因此，1652年8月，议会通过了一项法案，没收所有参与叛乱的天主教地主的财产。叛乱的首领和发起者将失去所有土地，而其他叛乱者则根据罪行程度没收财产的三分之二或三分之一。沃特福德、基尔肯尼和其他大城市富裕的天主教市议员面临同样的命运，但1648年起义的明斯特新教教徒只被判罚两年的收入。1653年，共和国法令规定，即使是理论上应该保有部分财产的人也应该迁到康诺特，在那里分得应有比例的土地。在大多数情况下，他们得到的是劣质土地，甚至在一些情况下什么也得不到。而只要是搬迁势必会带来巨大的痛苦。一段时间内，议会甚至考虑一项全面搬迁所有阶级的爱尔兰本地人的计划，但最终除了土地所有者，几乎没有人真正搬迁。工匠和工人被允许留在原地，部分是因为他们的罪行较轻，部分是因为他们难以迁走，还有部分是因为“他们的服务是土地的新主人所需要的”。最后，共和国对没收的土地进行评估并划分了不同等级，在士兵和政府债权人间进行了抽签分配。
到1656年，分配手续已完成。爱尔兰三分之二的土地被移交给了新主人。
奥利弗·克伦威尔本人完全赞同没收土地和殖民政策。他质问道：“难道不应该没收这些麻烦制造者的财产来支付解决麻烦的费用吗？”在宣布攻克韦克斯福德时，奥利弗·克伦威尔告诉议会，“我希望有诚实的民族迁来这里开垦种植园”。因此，他写信给新英格兰，邀请“虔诚的人民和牧师”离开他们在美洲的家园，定居爱尔兰。但关于护国制期间所实施的土地殖民的具体措施，奥利弗·克伦威尔几乎不予过问，尽管有时他会介入保护那些受到爱尔兰政府粗暴对待的人。他没有让诗人埃德蒙·斯宾塞的孙子佩莱格林·斯宾塞移民爱尔兰，不是因为埃德蒙·斯宾塞的《仙后》，而是因为《关于爱尔兰现状的对话》。更大程度上则是因为奥利弗·克伦威尔本人将全面迁移计划改为更温和的政策。
爱尔兰人
埃德蒙·斯宾塞
奥利弗·克伦威尔和清教徒的教会政策延续了英格兰的传统政策，即镇压爱尔兰天主教，宣传新教。不同之处在于这一政策现在正积极实施。在斯图亚特王朝，虽然法律禁止天主教礼拜仪式，但政府经常默许这种行为。在与议会的斗争中，查理一世向天主教教徒有时许诺宽容的对待，有时许诺平等的权利。一到爱尔兰，奥利弗·克伦威尔就宣布将严格执行原来的法律。他宣称，天主教在爱尔兰根本没有存在的基础。天主教神父是纯粹的入侵者，他们为了一己之私煽动叛乱，又用“虚假邪恶的反基督教教义与实践”毒害爱尔兰民众。爱尔兰天主教教徒可以享有最狭隘意义的良心自由。虽然不会强迫他们参加新教教会，但除了良心自由他们什么也没有。奥利弗·克伦威尔在给罗斯城总督的信中写道：“我不干涉任何人的良心。但如果你所说的良心自由是指对群众宣讲教义的自由，我认为最好的做法是简单干脆地让你尝尝英格兰议会权力的厉害，然后你就会知道这是不被允许的。”他说：“至于这里的人民，我无法得知他们心中信仰什么宗教，但如果他们诚实守信、和平共处，我认为我有责任保护他们。”因此，在奥利弗·克伦威尔执政期间，神父要么被逮捕，要么被监禁，要么被流放。一些神父被运到西班牙，另一些则被运到巴巴多斯群岛。此外，在茵尼斯伯菲岛上建有某种形式的刑事犯定居点。
从奥利弗·克伦威尔坚持不懈的镇压措施及对新教的积极宣传来看，奥利弗·克伦威尔希望爱尔兰人信奉新教。他甚至认为在战争期间就看到了这种迹象。他写道：“我发现人们非常渴望加入新教，成群结队地参加新教的集会，他们对英格兰人的偏见在很大程度上是因为他们将英格兰人当作陌生人。我提醒你们，这是一个良好的迹象，虽然这还不是我们期待的美好结果。”在护国制时期，英格兰驻爱尔兰总督不遗余力地宣传新教。大部分大城市都成立了独立的教会，并请来牧师。1654年，政府委员们呼吁新英格兰派遣牧师。他们写信说：“先生，为了在这个贫穷的国家传达耶稣的福音，开展主的事业，我们急需人手。我们知道是耶和华让您忠诚地胜任这项工作，我们在此希望您过来帮助我们。”
奥利弗·克伦威尔说，“勤布道，施仁政，提高人民生活质量，平等对待持不同意见者”最终会使爱尔兰人信奉新教。政府也对普及教育寄予厚望。1650年，议会将都柏林大主教辖区与圣帕特里克教堂分会和主持牧师的土地授予了三一学院，并对三一学院进行重组，增加了许多独立派神学家。一些教授的任命、公共图书馆的建立和第二所学院的建立也提上了日程。当詹姆斯·厄谢尔大主教去世时，爱尔兰军队的军官买下他的书籍，作为计划建设图书馆的镇馆之宝。
都柏林三一学院
都柏林三一学院纹章
和斯特拉福德伯爵托马斯·温特沃斯一样，奥利弗·克伦威尔相信公正的司法将使爱尔兰人民成为良好的臣民，并服从英格兰的统治。奥利弗·克伦威尔写道：
我们面临着一个极佳的机会，为这些可怜人建立一个正义的机制。长久以来，地主、大人物和其他原本应该公正对待他们的人向他们施加暴政和压迫，对此他们早已习惯。这个机制的正义性和便利性想必能很快赢得他们的心，因为我对信奉基督教的人们充满信心……如果在这里广泛公正地实施正义，他们之前所面临的黑暗和腐败会将正义映衬得更光辉绚丽，从而赢得更多民心。
法律改革在英格兰举步维艰，然而，在这个新征服的国家——爱尔兰实施起来却容易得多。奥利弗·克伦威尔说：“爱尔兰就像一张干净的白纸，能够接受符合正义的法律的管辖。在爱尔兰实施的公正无私的管理模式，即使对英格兰来说都可能是一个很好的先例。”
法律改革确实是一种进步。奥利弗·克伦威尔任命的爱尔兰法官诚实能干，大法官之一约翰·库克是一位热心的法律改革家。然而，在法律管理上的任何改进都不能使爱尔兰人接受英格兰的统治。再说，法律本身也没那么“符合正义”。伴随着财产没收和人权剥夺再加上法律的不平等，法律改革不过是毫无治愈效果的法律乌托邦。
约翰·库克
改变爱尔兰信仰的尝试一样收效甚微。与英格兰的斗争使爱尔兰的民族性与天主教教义合二为一。一种与巧取豪夺和征服相关的信仰无法深入被征服者的内心。奥利弗·克伦威尔的宗教改革热情唯一持久的结果是爱尔兰新教中非国教教徒的增加，这制造了一些名义上脱离了天主教的教徒。一些地主为了逃脱迁徙厄运，获得稍微喘息的机会，自称是新教教徒。为了逃避针对士兵和天主教徒通婚的法律制裁，许多与英格兰士兵通婚的爱尔兰妇女采用了新教教徒的身份。但这些新的信奉者通常会重拾原来的信仰。这两者的结合，受益的通常是天主教而非新教。改变信仰政策的失败也导致了殖民政策的部分失败。在没收土地上建立起来的大地主家庭仍然是英格兰新教教徒。至于成为自耕农的退役士兵和小农场主这样的小地主家庭则在信仰上倾向于天主教，在感情上倾向于爱尔兰。1697年，一个时事评论册子的作家哀叹道：“奥利弗·克伦威尔手下有许多士兵留在了爱尔兰，他们的孩子连一个英语单词都不会说。这就是娶了爱尔兰女人而不是英格兰女人的后果。”
总的来说，奥利弗·克伦威尔的爱尔兰政策遵循的路线，正是都铎王朝和斯图亚特王朝的政治家们所制定的。然而，与此同时，他比前任和继任都更有独创性，也更开明。斯特拉福德伯爵托马斯·温特沃斯的经济政策旨在使爱尔兰实现富裕，但同时也使爱尔兰在经济上受制于英格兰，防止爱尔兰的制造业和产品与英格兰竞争。而奥利弗·克伦威尔的政策并不排挤爱尔兰的贸易。他的政策的基本原则是，英格兰殖民不过就是让一部分英格兰人在爱尔兰定居，与定居在英格兰的英格兰人享有同等权利。1657年，一位议会发言人说：“我不会让我们自己的人民因为住在爱尔兰而受到压迫。”因此，在对这三个国家征收任何普通税赋时，都特别注意平摊份额，爱尔兰的关税和消费税与英格兰相同，爱尔兰在对外贸易和殖民贸易方面也享有同等权利。然而，由于被排除在商业和制造业中心的工业城镇外，当地的爱尔兰人和天主教教徒几乎无法从这种贸易中获利，反而是英格兰殖民者坐拥绝大部分好处。奥利弗·克伦威尔的目标是确保他所谓的“刚在爱尔兰扎根的英格兰利益”繁荣昌盛。如果税赋过重或者其他压力过大，“英格兰种植园主必然会退出这个国家”。那么，就会像他警告护国制的第二届议会那样，“我们付出了许多鲜血和财富才拿到手的地方会成为什么样子？难道让英格兰人四处行乞，而让爱尔兰人重新掌权吗”？
除了自由贸易，奥利弗·克伦威尔还给爱尔兰的英格兰殖民者在三国议会中留有席位。长期议会制定了英格兰、苏格兰和爱尔兰的立法联盟，并确定了各自的代表人数，而奥利弗·克伦威尔召集了首次联合议会。《政府文书》给爱尔兰分配了三十个议员份额，由奥利弗·克伦威尔决定这些议员的具体选区。爱尔兰的三十名代表分别出席了1654年、1656年和1659年的议会。由于天主教教徒和参与叛乱的人无权投票，爱尔兰的议员完全由代表英格兰殖民地的军官和政府官员组成。1659年，其中一名议员说道：“我在这里不是为爱尔兰说话的，而是为爱尔兰的英格兰人说话的。”
除了新殖民者，很少有人真心支持英格兰和爱尔兰的议会联盟。较早一批英格兰人在爱尔兰的殖民地希望为爱尔兰设立一个独立的议会。1659年，主张这个政策的一位发言人说，如果爱尔兰人要到英格兰去寻求英格兰议会的支持，那就不可能解决他们的问题。“我祈祷他们在自己的国土能有代表倾听他们的不满，因为在英格兰没有。”1659年，理查德·克伦威尔议会中的共和党反对派发现爱尔兰的议员都是顽固的克伦威尔分子，极其震惊，敦促议会将爱尔兰议员赶出下议院。亨利·韦恩爵士认为，爱尔兰只是一个省，因此在宗主国政府中没有发言权。“他们只是一个省的代表，但你不仅授权他们自己制定法律，还授权他们为这个国家制定法律。不，甚至让他们有权为你们所有的法律投票。”1659年，驱逐爱尔兰议员的计划失败。但在复辟时期，首先废除的就是与爱尔兰的立法联盟，而且不需要任何法律支持。因为国王从来没有表示同意，也没有人站出来辩护。英格兰的保守主义和爱尔兰的地方主义都太强了，而奥利弗·克伦威尔的帝国主义计划太具前瞻性，因此被这一代人搁置一旁。
终止立法联盟的后果必然是随之而来的商业平等的丧失。英格兰殖民者不再被视为定居在爱尔兰的英格兰人，而是被视为陌生人和对手。查理二世的《航海法案》将爱尔兰排除在美洲和其他殖民地贸易之外，随后又有两项法案禁止爱尔兰牲畜和食品出口到英格兰。最终，在威廉三世时期，爱尔兰的羊毛制造业被摧毁，爱尔兰的商业和农业也彻底垮掉了。
威廉三世
当然，被推翻的只是奥利弗·克伦威尔关于英格兰在爱尔兰的殖民政策，而对当地爱尔兰人的政策仍然有效。只要他的政策与英格兰对爱尔兰的传统政策吻合，就会被保留下来，而更明智、更有开创性的政策则被抛弃。托马斯·卡莱尔想象过，如果“曾经受祝福的复辟”没有“彻底摧毁”奥利弗·克伦威尔的制度，爱尔兰将会是怎样一幅图景。托马斯·卡莱尔认为：“在这种制度下，爱尔兰人可能会成长为一个理智、勤奋、虔诚的民族，很可能会逐渐信仰某种加尔文主义的新教。”这是一个毫无根据的幻想。即使在奥利弗·克伦威尔的有生之年，他改变爱尔兰人信仰的计划也注定会失败。在他死后，对天主教的限制和试图强迫人民接受新教的无望尝试仍然在继续，直到1829年才被解除。奥利弗·克伦威尔扶持的新地主仍然控制着爱尔兰。复辟时期，在被没收的地产中，只有三分之一甚至更少被还给了原主。因此，奥利弗·克伦威尔的土地政策幸存了下来，成为他最永久的丰碑。但正如威廉·莱基所写，奥利弗·克伦威尔的土地政策也是“土地所有者和佃户之间深刻而持久的分裂的基础，是爱尔兰政治和社会罪恶的罪魁祸首”。