当托马斯·费尔法克斯爵士和奥利弗·克伦威尔在前方与以查理一世名义召集起来的军队作战时，议会又一次与查理一世展开谈判。尽管议会于1648年1月17日通过了“不发表任何讲话”的投票，但1648年4月还没结束，两院就计划重启谈判。伦敦一次次传来请愿书，要求与查理一世签订私人条约。上议院响应了这一要求。当詹姆斯·汉密尔顿公爵和苏格兰人入侵英格兰时，上议院强烈要求讲和，拒绝与下议院联合宣布入侵者为敌人。下议院则谨慎许多，他们坚持认为查理一世应该在签约谈判前接受某些初步条款，并拒绝让查理一世来伦敦签约。最后两院做出让步，达成一致。1648年8月1日，双方同意在怀特岛与查理一世签订私人条约。1648年9月8日，在奥利弗·克伦威尔进入苏格兰前的几天，议会专员在纽波特与查理一世会面。查理一世同意废除之前针对议会的声明，并承认议会发动战争是“公正合法的防御”，承诺在三年内建立长老会制度，随后再建立有限的主教制度。他甚至提出要交出民兵团二十年的控制权，并以议会认为最好的方式解决爱尔兰问题。虽然对于这些让步是否足以成为持久和平的基础，现代历史学家与当时的政治家看法各异，但可以肯定的是，查理一世的这些让步并非出自真心。查理一世在给一个朋友的信中写道：“为了自由地与您在一起，我今天做出的巨大让步——教会、民兵和爱尔兰——仅仅是为了脱身……我唯一的希望是，现在他们相信我不敢再拒绝他们了，这样就不会对我严加看管了。”长老派领袖们争论不休，希望长老会获得永久地位，但他们忽略了一个问题，即查理一世是否会受任何条约的束缚。
与此同时，一种危险的躁动正在军队中蔓延。长老派和保王派达成的协议让独立派军队惶恐不安。条约带来的结果首先将是全面解散军队。士兵们都在做最坏的猜测：几个先令就将他们解散了，后续欠饷得不到保障，战争期间的行为也得不到豁免。如果为议会而战的非教会派曾经期望议会允许信仰自由，那么1648年5月通过的反异教和亵渎神明法案就彻底打破了他们的幻想。在主教制度和长老会制度中，无论谁占上风，只要他们一放下武器，宗教宽容就到此结束。此外，士兵们坚信正在讨论的条约没有保障国家的政治自由。一旦国王的权威恢复，查理一世就会通过武力或阴谋的方式摆脱条约强加的限制，重新建立专制主义制度，而这一制度是经过六年的浴血奋战才推翻的。战争的重新爆发加深了士兵们对查理一世的不信任和敌意。如果第一次内战归咎于查理一世的邪恶谋士，第二次内战的责任则落在了查理一世自己身上。军官们说，正是在查理一世的鼓动下，失败的敌人重新拿起武器，老战友背叛原则，外国军队入侵英格兰。在各自奔赴战场前，士兵们在温莎举行了一次大型祷告会，发誓要向查理一世追究一切责任。其中有人写道：“我们已经达成明确的决议，如果耶和华使我们平安归来，我们有责任让那个叫查理·斯图亚特的刽子手血债血偿，为他造成的巨大伤害付出代价。他背叛了主，背叛了处在水深火热中的人民。”他们同样下定决心要惩罚查理一世的帮凶。第一次内战结束时，军队表现出比议会更仁慈的一面，但第二次内战使军队变得凶猛无情，睚眦必报。托马斯·费尔法克斯爵士处决了在科尔切斯特抓获的保王派领袖查尔斯·卢卡斯爵士和乔治·莱尔爵士，“部分是为了报复他们造成的无辜流血事件”。这表明军队的性情发生了变化。
奥利弗·克伦威尔对第二次内战的始作俑者怀有同样的报复心。在接手彭布罗克时，他将某些人排除在投降条款之外，留待将来惩罚。奥利弗·克伦威尔在给议会的信中写道：
这些被排除在外的人，他们曾经为议会正义的事业服务，如今却背叛了信仰。我宁可豁免那些一直效忠查理一世的人，也不愿意豁免他们。因为他们犯了双重的罪恶：他们沐浴圣光却内心邪恶，辜负了上帝的启示，也辜负了他们曾经参与的光辉事业。
奥利弗·克伦威尔对煽动苏格兰入侵的英格兰人同样感到愤怒。他说：
这种背叛比以往的任何背叛都更令人震惊。此前的争端是让部分英格兰人凌驾于其他英格兰人之上，而这次背叛是让我们做别国的奴隶。他们在今年夏天所犯下的罪行是第一次内战中所犯罪行的两倍，是上帝见证下的同样罪孽的重复。
奥利弗·克伦威尔从普雷斯顿的胜利中得到的教训是，议会应该保护各个派别中热爱和平的基督教教徒，不管他们持什么信仰，同时惩罚各阶层扰乱和平的人。他告诉议会：
鼓起勇气，执行上帝交给你们的任务，完成你们的行政目标，为这片土地寻求和平和福祉。宽容那些热爱和平的人，消灭那些给国家制造麻烦的人。你们如果勇往直前，主必赐福于你们，好人必支持你。你们虽树立了敌人，上帝必赐你们荣耀，国家也因你们得福。
从苏格兰回来后，奥利弗·克伦威尔发现议会正准备扶持查理一世重回王位，只准备驱逐十几个保王派领导人。托马斯·费尔法克斯爵士军队中的兵团向各自的将军提交了反对条约的请愿书，要求惩罚战争的始作俑者。奥利弗·克伦威尔名下的部队也纷纷效仿，向托马斯·费尔法克斯爵士递交请愿书，奥利弗·克伦威尔表示完全赞同手下士兵的行为。他写道：
处决查尔斯·卢卡斯爵士
处决乔治·莱尔爵士
我在军官们身上发现了一种非常伟大的观念……对这个多灾多难的国家所遭受的痛苦，他们都抱有极大的热情，要秉公行事，惩治一切罪人。我发自内心地支持他们。我真诚地相信，这是上帝的意旨。
1648年11月20日，南方军队向议会提交《抗议宣言》，要求放弃谈判，惩罚查理一世，并称他是“我们所有麻烦的最大制造者”。奥利弗·克伦威尔赞同这一宣言，他告诉托马斯·费尔法克斯爵士：“宣言里一片忠心，倡议者都是正直之士。”奥利弗·克伦威尔认为，最好等到条约缔结后再提出抗议，但既然现在已经提出抗议，他就准备全力支持。在奥利弗·克伦威尔看来，《纽波特条约》是对查理一世的彻底屈服。奥利弗·克伦威尔后来说：“议会就要将我们所争取的一切都交还给查理一世，而我们所有的保障将因此成为一张废纸。”没有人比奥利弗·克伦威尔更清楚，仅靠抗议是阻止不了议会的，因此他准备在必要时使用武力。在给朋友罗伯特·哈蒙德的信中，奥利弗·克伦威尔充分阐述了使用武力的正当理由，试图说服罗伯特·哈蒙德摆脱顾虑。
人民的安全不是最高法律吗？这个条约会毁掉战争让我们获得的一切，甚至会让生活变得比战前的情况更糟，这不是确定无疑的吗？如果反抗权威合法，那么反对议会不是和反对查理一世一样合法吗？
奥利弗·克伦威尔敦促道：
你想一想，这支军队是否是上帝基于上述理由召唤来对抗查理一世的合法力量？正是为了实现这些目标，军队才具备力量，才能支持任何追求这些共同目标的权威。因为军队抗议的合法性并非来自外在权威机构的召集，而是因为它本身就合法。
这些只是“世俗的推理”，除此之外还有更高尚的论点。“让我们看看天意，必然会有什么启示。一系列天意紧密相连，反复预示，清晰可见。”
上帝赐予的胜利不能以这样一个“虚伪的毁灭性协议”而告终，因为这牺牲了上帝的事业和子民。“用心想想，天意会是这样的结局吗？”军队阻止条约的决心也是上帝的旨意。“你想想，天意怎么会如此弃上帝子民的心意于不顾吗？我们相信，上帝让我们如此思考，如此行动，必然也会与我们同在。”他们面临的困难很多，敌人也不少，并且“有着统一的名字、头衔和权力”，然而，他们毫不畏惧：“我们只愿意敬畏上帝。我们没有违背上帝的旨意。”
简单来说，奥利弗·克伦威尔的观点是，军队的胜利和虔诚信徒的信仰完全证明了上帝意志的存在，理所当然应该被当作一种义务去遵守。这个推理非常危险，而世俗和政治动机与宗教热情的高度吻合也同样危险。类似的观点不仅可以证明军队的临时干预是正当的，还可以证明军队对英格兰政府的长期掌控是正当的。务实的理性和保守的性格阻止了奥利弗·克伦威尔将这个理论推向极端。然而，对大多数人来说，一旦狂热主义的逻辑成立，就不会有所顾忌。
议会无视军队的抗议，继续进行谈判。军队决定使用武力。1648年12月1日，托马斯·费尔法克斯爵士派来的军官在纽波特抓获查理一世，并将他转移到汉普郡的赫斯特城堡。1648年12月2日，托马斯·费尔法克斯爵士率领部队占领了伦敦。下议院没有被吓倒，以一百二十九票对八十三票通过表决，认为查理一世的答复是解决王国问题的基础。当天晚上，军队指挥官和议会少数派领导人举行会议，讨论下一步行动。在向伦敦挺进的路上，军官们已经宣布要解散长期议会的意向，并且计划在新议会开会之前由忠实的少数派组成临时政府。但现在，为了满足议会中同盟的意愿，他们决定将长老会多数派驱逐出下议院，而让独立派少数党拥有议会的名义和权力。为此，1648年12月6日，托马斯·普赖德上校和一群火枪手包围下议院的大门，抓捕了试图闯入的议员，并用武力将其他议员赶了回去。这样的行动持续到1648年12月7日，最终有四十五名议员被捕，另有九十六名议员被驱逐。
托马斯·普赖德上校驱赶议员
“荣誉大清洗”开始后的当晚，奥利弗·克伦威尔抵达伦敦。1648年12月8日，奥利弗·克伦威尔与其他五六十名留任的议员一起出席了议会。和其他军官一样，奥利弗·克伦威尔也曾经考虑过强行解散议会，召集新议会。当看到朋友们采取了一个不同的计划，奥利弗·克伦威尔毫不犹豫地接受了。据奥利弗·克伦威尔说，他事先并不知道这个计划，但既然计划实施了，他也很满意，并会极力支持这一行动。
在处理查理一世的问题上，奥利弗·克伦威尔和大部分军官之间的意见很快就出现了分歧。奥利弗·克伦威尔赞成他们将查理一世抓起来，认为将查理一世送上法庭是正义的。但如果有更令人满意的权宜之计来保障国民权利的话，他对审判并惩治查理一世的政策表示怀疑。也许废黜查理一世就足够了，也许查理一世最终会改变心意做出让步。在之后的三个星期，外界对军官会议上进行的讨论内容知之甚少。谣传他们之间出现了很大的分歧，一方坚决要求惩罚查理一世，另一方觉得废黜查理一世或者对他实施监禁就够了。从奥利弗·克伦威尔与律师和法官就国家组建问题进行协商的只言片语中，我们发现他最后曾经尝试与查理一世达成协议。奥利弗·克伦威尔认为，如果查理一世接受现在的条件，放他一条生路也是可以的。但所有的折中办法都失败了。查理一世宁愿舍弃性命，也不愿意放弃王权。然而，除非查理一世妥协，否则宪法问题无法得到解决。因此，军事革命在发展过程中虽然一度受阻，但仍然不可避免地向前推进，而奥利弗·克伦威尔也随着潮流前进。
1648年12月23日，查理一世被带到温莎。奥利弗·克伦威尔在给温莎总督的信中写道：“愿上帝与你同在，为这伟大的任务赐福于你。”随信寄去一份详细的看守查理一世的注意事项。同一天，下议院任命了一个委员会“来考虑如何对查理一世进行正义的审判”。据说奥利弗·克伦威尔说：“如果有人故意设计这样的审判，他将是世上最可怕的叛徒。然而，‘上帝的旨意’将这个任务交给了他们。”
五天后，下议院颁布了一项法令，设立了审判查理一世的法庭。法庭陪审团由三名法官和一百五十名委员组成。1649年1月2日，一项决议与这条法令被同时提交到上议院。决议宣布：“根据英格兰基本法，查理一世向议会和英格兰王国发动战争是叛国行为。”这条法令遭到了上议院的一致反对，而下议院还发现法官可能会拒绝接受审判任务，但他们没有退缩。他们又通过了一项法令，设立了一个由一百三十五名委员组成的法庭，这些委员既是法官又是陪审团，因此省去了三名法官。新的决议宣布人民是一切正义权力的源头，而下议院是国家的最高权力机关。下议院通过的法律即使没有经过国王或上议院同意也一样具有约束力。1649年1月6日，这项法案获得通过，因此现在改称为法令。这个法令指出查理一世的三项罪名。首先，查理一世的邪恶意图完全颠覆了这个国家古老的基本法，取而代之的是专制残暴的政府。其次，查理一世发起并主导了与议会和王国的残酷战争。最后，第二次内战是由于议会疏于对他的起诉而造成的。因此，为了在将来“不再有任何最高将领和行政长官胆敢策划任何奴役或摧毁英格兰的阴谋，或是幻想阴谋败落后会免于惩罚”，谨任命法令所列人员对查理一世进行审判。1649年1月19日，查理一世被从温莎转移到圣詹姆斯宫，由骑兵连看守。
1649年的奥利弗·克伦威尔
绘厅
从1648年1月8日开始，审判查理一世的委员们就一直在绘厅开会，讨论审判程序。但近一半的被提名人员拒绝接受委任。一些人担心自身安全，另一些人持政治异议，其他人则反对审判法庭的构成和权威。阿尔杰农·西德尼告诉同僚，有两个原因导致他不能参加这个诉讼。首先，查理一世不能由这个法庭审判；其次，这个法庭也不能审判任何人。奥利弗·克伦威尔带着他特有的对宪法准则的蔑视回答道：“我告诉你，我们要将查理一世的脑袋连同王冠一起砍下来。”
阿尔杰农·西德尼
然而，法庭是否权威取决于这个法庭遵循什么原则。如果后来流传的这帮弑君者受审时说法正确的话，那么在1649年1月20日上午，当审判开始时，委员们仍然对审判准则一无所知。他们在绘厅就座后，有消息传来称查理一世正从河边的台阶上岸。
奥利弗·克伦威尔跑到窗前，看着查理一世从花园里走过来。奥利弗·克伦威尔的脸变得像墙一样白……然后转向委员们说：“先生们，他来了，他来了。现在我们正在进行一项全国瞩目的伟大工作。在查理一世到来之前，我们要做出决定，我们应当如何回答他的问题，因为他问我们的第一个问题将是我们以什么样的权力和名义审判他。”一时间，无人回答。过了一会儿，亨利·马滕站起来说：“以下议院和英格兰所有善良人民的名义。”
1649年1月20日13时左右，法庭休会，转到威斯敏斯特大厅。在大厅靠南的地方，用一个新建的木制平台覆盖了原来由大法官法庭和国王法庭占据的所有空间。一个高出平台地面约三英尺的木隔板将法庭分隔开来。平台隔板的那一边有一个用木栅栏围起来的宽阔的过道。穿过整个大厅，还有一条同样的过道沿着大厅一直通向大门。在过道两旁，一排火枪手和长矛兵背对栅栏站着，军官在过道中间来回巡视。观众都站在大厅两侧及过道之间的栅栏围起来的地方。在大厅两边的上方有两层小游廊，留给特殊观众。法庭后端靠近大窗户的地方有四五层铺着朱红色毯子的板凳，七十名审判官就坐在那里。他们穿着常服。奥利弗·克伦威尔和亨利·马滕坐在后排，座位的标牌两边刻着共和国徽章。法庭审判长萨金特·约翰·布拉德肖坐在前排中间的一张垫高的桌子前，他的助手约翰·莱尔和威廉·赛伊坐在两侧，他们都身穿黑色律师服。在法庭的中间有一张桌子，两名办事员坐在那里，桌子上放着国家权杖和剑。在法庭的前面，平台的边缘有三个隔间，有点像靠背长椅，背面是由分隔法庭和大厅的隔板做的。中间的那个隔间里放着一张淡红色天鹅绒的圈椅，还有一张铺着土耳其毯子的小桌子，桌上放着一瓶墨水和一张纸，查理一世就坐在这里。查理一世右边的隔板边上坐着三名律师，他们是共和国的法律顾问。查理一世的脸转向了审判长，背对着大厅里的人群。由于法庭的地板比大厅的地板高，观众们好像是站在剧院的下沉观众席里。隔墙多少挡住了他们看向法庭内部的视线，但他们可以看到露出隔板外的查理一世的头和肩膀。
查理一世一直戴着帽子，对法庭不屑一顾。官方记录中写道：
在宣读对他的指控时，他坐在椅子上，有时看向法官，有时望向走廊，有时站起来，转身看向卫队和观众。坐下之后，他看上去很严厉，面容不为所动，直到听到宣判书中“查理·斯图亚特是一个暴君”、叛徒及诸如此类的话，他坐在法庭前面大笑起来。
正如法官们所预料的那样，在整个审判过程中，查理一世拒绝承认法庭的审判权。他出现在法庭的三天里，即1649年1月20日、22日和23日，每次都抱着拒绝申辩的态度。1629年，查理一世曾经发表一份声明说：“君主不必对上帝以外的任何人交代自己的行为。”现在查理一世一再重申：“世上再高的权力也不能审判国王。”然而，更容易激起同情的是，他将臣民的权利与自己的权利联系在一起，并声称要捍卫这两种权利，从而对抗军队的专断。查理一世说：
这不是我一个人的问题，而是英格兰人民的自由和解放问题。你们尽管假装代表人民，但我更支持他们的自由。如果未经法律许可的权力机关可以制定法律和随意改变王国的基本法，我不知道英格兰臣民中还有谁能确定拥有生命安全及其他任何东西。
1649年1月23日星期二，查理一世第三次拒绝申辩。法庭休会，转到绘厅。态度坚决的一些人决定宣布查理一世蔑视法庭，进而继续宣判他有罪，而另一些人则反对这一做法。接下来的两天中，他们在绘厅的私人会议上听取证据，也是为扭转法庭反对派的态度争取时间。许多证人一个接一个地作证说，他们看见查理一世拿起武器反对议会。一个人说他看到诺丁汉竖起了皇家旗帜；另一个人说他在纽伯里见过查理一世，查理一世全副武装并拔出剑，告诫一个骑兵团最好支持查理一世，因为他的王冠统治着军队；第三个人发誓他听说查理一世在攻陷莱斯特城后，鼓励士兵剥光囚犯的衣服殴打他们。接着，证明查理一世邀请外国军队入侵英格兰的文件也呈了上来。最后，1649年1月25日星期四的晚上，法庭投票通过了对查理一世的死刑判决。1649年1月26日早上，六十二名委员批准了委员会制定的判决条款。不过，他们还是决定将查理一世带到法庭去听候判决，而不是让他缺席审判。这无疑是为了给他一个申辩的机会，以防他后悔蔑视法庭。
审判查理一世
1649年1月27日星期六下午，在萨金特·约翰·布拉德肖的带领下，六十七名委员在威斯敏斯特大厅就座。为宣布判决，萨金特·约翰·布拉德肖这次穿上了红色的法官服。查理一世又一次拒绝申辩并提出请求：在宣判之前，他希望召集上下议院来绘厅听他讲话。他宣称自己有话要说，“这对王国的福祉和臣民的自由至关重要……我相信，这非常值得一听”。后来有谣传说，他打算提出退位，并以双方都同意的条件让他的儿子继承王位。简短的审议后，法庭拒绝了这一请求。萨金特·约翰·布拉德肖先是陈述了犯人的罪行并劝他悔改，接着命令书记员宣读判决。查理一世仍然想争取发言，但萨金特·约翰·布拉德肖回应说，“您的时代已经过去了”，并命令书记员继续宣读。判决宣读完毕后，所有的委员都起立表示同意。查理一世又一次竭力争取发言。“先生，判决之后，您就没机会讲话了。”他仍然挣扎着要说话。审判长命令道：“卫兵，将囚犯带走！”查理一世叫道：“连我都不被允许说话！还能期待别人会得到什么公正！”
萨金特·约翰·布拉德肖
法庭对查理一世进行宣判
查理一世被带出法庭
当查理一世被带出法庭时，士兵们高呼：“处死！处死！”据说当查理一世走过时，有人辱骂他并将烟草的烟雾喷到他脸上。但当查理一世从威斯敏斯特走向白厅的时候，街道上“商店的小摊和窗户上挤满了人，许多人流下了眼泪，为查理一世祈祷的声音传到外面”。很明显，人民是偏向查理一世的。即使不考虑其他，就这一点也很可能会促使军队领导人在最后时刻退缩。但即使他们这么想，军队也不会允许他们这么做。此外，在整个审判过程中，奥利弗·克伦威尔从来没有过丝毫的动摇和犹豫。在他的影响下，弑君者们团结一致。后来，轮到审判查理一世的法官受审时，一些人竭力将自己的行为描绘成被迫行事。有人说奥利弗·克伦威尔和亨利·艾尔顿控制了他并强迫他坐在法庭上；其他人则称奥利弗·克伦威尔强迫不听话的法官签署死刑令，并压制那些希望宣判后让查理一世讲话的少数派。理查德·印戈尔兹比上校直接宣称奥利弗·克伦威尔抓住他的手指诱使他签字，尽管事实上理查德·印戈尔兹比上校的签名没有显示出任何强制的迹象。当时的文学作品中流传着许多这样的传说，虽然这些传说本身是虚构的，但都证明了一种有根据的普遍现象。奥利弗·克伦威尔下定决心，查理一世必须死。而他一旦下定决心，绝不会改变。在如此坚定的意志下，所有拯救查理一世的努力都是徒劳的。威尔士亲王查理向托马斯·费尔法克斯爵士提交了申请，尽管托马斯·费尔法克斯爵士本人坚决拒绝参加审判，但在其他方面，他仍然是军官委员会手中被动的工具。荷兰大使向议会上诉，但这时留在议会的人不是爱莫能助就是异常顽固。
苏格兰议会的委员们公开表示抗议，并私下向军队领导人发出呼吁。他们向奥利弗·克伦威尔抗辩说，《神圣盟约》要求两国保护查理一世的人身安全，而对查理一世采取极端手段就是破坏英格兰和苏格兰的联盟。作为答复，奥利弗·克伦威尔发表了一篇关于王权本质的谈话，声称查理一世的背信弃义理应受到比其他任何罪行更严厉的惩罚。而《神圣盟约》的目的是捍卫真正的宗教，如果查理一世是建立真正宗教的最大障碍，他们就没有义务保护他。他还说：“《神圣盟约》保证要将所有煽动者和敌人都绳之以法，难道窃钩者诛，窃国者却要被释放吗？”
与此同时，1649年1月28日和29日，查理一世准备赴死。他花了很长时间和威廉·朱克森主教一起祈祷，烧毁文件，安排存留不多的个人财产并与孩子们道别。查理一世担心军队会让格洛斯特公爵亨利·斯图亚特当国王，用简单的语言命令他不要“夺走兄长的王位”。查理一世将孩子抱到膝上，说道：
“我的宝贝，现在他们要砍掉你父亲的脑袋了。”听到这话，孩子盯着他。“听着，孩子，我说的是：他们会砍掉我的头，也许还会让你当国王。但记住我所说的话，只要你的哥哥查理和詹姆斯还活着，你就不能当国王。因为如果他们抓住了你的两个哥哥，就会将他们的脑袋砍下来，最后会将你的脑袋也砍下来。所以我要叮嘱你，不要让他们立你为国王。”
孩子们被带来见查理一世
查理一世抱起格洛斯特公爵亨利·斯图亚特放在膝盖上
听了这些话，那孩子叹了一口气说：“我会首先被撕成碎片。”查理一世跟女儿伊丽莎白·斯图亚特说的话，后来伊丽莎白·斯图亚特自己写道：
他希望我不要为他难过，不要因他折磨自己，因为他的死是光荣的，是为了这个国家的法律和自由，为了维护真正的新教。他告诉我他已经原谅了所有的敌人，希望上帝也能原谅他们，并命令我和其他兄弟姐妹原谅他们。他叫我告诉母亲，他的心一刻也没有离开过她，他的爱始终如一。
伊丽莎白·斯图亚特
为了安慰伊丽莎白·斯图亚特，查理一世叫她，不要为他悲伤。他为道义献身，毫不怀疑主会将王位传给他的儿子。而我们都应该幸福地活着，比他在世时还要快乐。
1649年1月29日晚，查理一世在圣詹姆斯宫安歇。1649年1月30日，距天亮还有两个小时他就起床了。查理一世招呼仆人托马斯·赫伯特，让他仔细地给他穿衣。查理一世说：“让我比平常多穿一件衬衫吧。这个季节太冷，我可能会发抖，观刑的人可能会误以为我是由于害怕而发抖。我不接受这样的污名，我不怕死。死对我来说并不可怕。感谢上帝，我准备好了。”
托马斯·赫伯特
1649年1月30日10时左右，丹尼尔·哈克上校过来将查理一世带往白厅。托马斯·赫伯特和威廉·朱克森主教陪着他穿过圣詹姆斯公园。一队戟兵围住了他，一队步兵位列在他两侧。“鼓声震天，都听不到彼此说话的声音。”这是一个寒冷的早晨，查理一世像往常一样走得很快，并“以轻快的语气”叫卫兵加快步伐。到达白厅后，查理一世在卧室里等了两三个小时，可能是为了给议会时间通过一项禁止承认任何新国王的法令。在这段时间，查理一世和威廉·朱克森主教一起祈祷。在主教的敦促下，他吃了一口面包，喝了一杯红葡萄酒。1649年1月30日13时30分，丹尼尔·哈克上校来通知查理一世上断头台。查理一世跟随他穿过陈列室和宴会厅，男男女女都站在那里看着查理一世走过。查理一世经过他们的时候，“听到围观的人为查理一世祈祷，士兵们没有责备他们。士兵们默不作声，一脸沮丧，显然认为这个工作十分痛苦而不是解气”。
威廉·朱克森主教
查理一世被押赴刑场的路上
从宴会厅中间的落地窗，查理一世走上刑台。他从头到脚都穿着黑衣服，但不是丧服。他还戴着乔治勋章和嘉德骑士绶带。断头台用黑布罩着，周围的栏杆有半人高，黑色的帘子垂了下来。在断头台的中央，放着一个台子，“一小块木台，底部是平的，大约有一英尺半长，约六英寸高”。在木台旁边放着“一把明亮的斧子，是用来处决罪大恶极的囚犯的”。这把斧子是从伦敦塔带来的，很可能就是那把砍过斯特拉福德伯爵托马斯·温特沃斯脑袋的斧子。木台边站着两个蒙面人，他们都穿着紧身的连身衣。一个观众说他们像水手，而另一个则说他们像屠夫。两个蒙面人中有一个戴着灰色的假发，胡子花白，看起来是个老人。就在断头台脚下，站着成排的士兵、骑兵和步兵，而他们后面是一大群男男女女。其他观刑的人挤在窗户边和周围房子的屋顶上。
查理一世被押上断头台
发现声音无法传到人们耳中，查理一世对断头台上的十四五人发表了讲话。查理一世说，作为一个人、一个国王和一个基督教教徒，他必须证明自己是清白的。他从来没有想过要侵犯人民的自由。这场令人不悦的战争是由议会而不是由他发动的。查理一世想起斯特拉福德伯爵托马斯·温特沃斯，继续说道：“但尽管如此，上帝的判断是公正的。我曾经实施的不公正判决现在通过另一个不公正判决惩罚到我头上来了。”
然后，查理一世原谅了那些导致他获判死刑的人，用几句话解释了他的死因。
至于人民，我和任何人一样渴望人民的自由和解放。但我必须告诉你们，人民的自由和解放在于政府，在于确保他们生命和财产安全的法律。这不是说要让他们成为政府的一分子，那对他们来说无关紧要……如果我曾经容许让剑来改变一切，我就不会站到这里。我祈求上帝不要让你们承担这个责任，所以我告诉你们，我是人民的殉道者。
说完，在威廉·朱克森主教和那个戴面具的花白胡子男人的帮助下，查理一世将长发挽在帽子下面，和威廉·朱克森主教说了几句话。查理一世脱下斗篷和紧身上衣，将乔治勋章交给威廉·朱尔森主教，并吩咐刽子手将木台固定住。然后，查理一世站在那里，举起双手，抬起双眼，对自己说了两三句话。接着，他弯下腰，将脖子放在木台上。他趴着祈祷了一会儿，双眼闪闪发光。一个决观刑的人说，他从来没有见过这样的生机和活力。突然，查理一世伸出双手，那个花白胡子男人一下就将他的头砍了下来。另一个观刑的人注意到，这时正好是14时4分。
查理一世与威廉·朱克森主教对话
查理一世被处决
另一个蒙面人拿着查理一世的头，一言不发地举到人们面前。断头台周围成千上万的人发出了呻吟。菲利普·亨利写道：“这样的呻吟是我从来没有听到过的。我希望再也不会听到了。”接着，菲利普·亨利看见两队骑兵连，一队朝威斯敏斯特方向，一队朝查令十字街方向，粗鲁地驱散着人群。他很高兴能平安无事地回到了家。
菲利普·亨利
查理一世的遗体被安放在一个普通的木头棺材里，棺材上盖着一块黑天鹅绒的布。经过防腐处理后，遗体被装在一个铅制的外棺里，运到了圣詹姆斯宫。托马斯·赫伯特想将查理一世葬在威斯敏斯特亨利七世的礼拜堂里，和他的祖先葬在一起，但遭到了拒绝，因为“这会吸引无数各色人等到那里去，既不安全，又不方便”。温莎城堡似乎比较安全。议会批准托马斯·赫伯特将查理一世葬在那里，并给他拨了五百英镑的丧葬费。里士满公爵詹姆斯·斯图亚特、南安普敦伯爵托马斯·赖奥斯利和另外两名贵族获准参加葬礼。他们在圣乔治小礼拜堂亨利八世和简·西摩陵园旁边选了一个墓穴。1649年2月1日星期五，他们为查理一世送葬。没有念任何祈祷文，因为温莎总督不允许威廉·朱克森主教使用《祈祷书》中的仪式，说《指南》中的仪式是唯一获得议会授权的。然而，对悼念者来说，上天似乎给了死去的君主一个无罪的象征。托马斯·赫伯特写道：
里士满公爵詹姆斯·斯图亚特
南安普敦伯爵托马斯·赖奥斯利
当时的情景令人难以忘怀。当查理一世的遗体被从圣乔治大厅抬出来的时候，还是碧空万里，但不久就下起了雪，而且下得很大。等送葬队伍抵达皇家礼拜堂的西端时，黑色的天鹅绒棺罩被厚厚的雪覆盖着，变成白色，纯洁无瑕。
英格兰在哀悼，但军队和他们的党派却欢欣鼓舞。最后，内战中流的血终于因为始作俑者之死而得到补偿。埃德蒙·勒德洛说：“血玷污了这片土地。除非让造成流血的人流血，否则这片土地上的血无法被清除干净。”对大多数人来说，对查理一世形式化的公开审理似乎是对正义的侮辱和嘲弄。而对弑君者来说，这本身就是狂喜的源泉。托马斯·斯科特说，“我们既没有暗杀，也没有私下处死。我们是在上帝和众人面前行刑的。”查理一世的遗体被从断头台抬到白厅。坊间传言当天晚上奥利弗·克伦威尔去白厅看了看查理一世的遗体，他掀开棺盖，盯着那张脸看了一会儿，喃喃地说：“太残忍了，但不得不如此。”这件事有当时的故事佐证。一位保王派诗人将奥利弗·克伦威尔临死前的情形描述成被殉道君主的“苍白形象”所困扰的样子。文学作品需要这样，但历史对奥利弗·克伦威尔是否忏悔毫无记载。他一直是党内最不愿意承认查理一世非死不可的人之一，但同时又说服自己这是一种必要的正义行为，并不需要悔恨。在他看来，英格兰已经从暴君手中解放出来，而“这必将让未来的基督教教徒崇敬景仰，让世上所有的暴君颤抖恐惧”。
奥利弗·克伦威尔查看查理一世的遗体