在威尔士，第二次内战爆发了。军官和士兵率先发动了起义。第一次内战期间，他们为议会积极战斗。1648年2月，彭布罗克城堡的约翰·波耶上校拒绝将岗位交给托马斯·费尔法克斯爵士指定接替的军官。1648年3月，约翰·波耶上校公开宣布支持查理一世。随后，罗兰·拉法恩上校的部队也加入了约翰·波耶上校的部队。1648年4月，苏格兰人开始集结军队入侵英格兰的消息传到伦敦。1648年4月月末，在苏格兰的帮助下，英格兰保王派占领了伯威克和卡莱尔。为了应付来自威尔士和苏格兰的危险，托马斯·费尔法克斯爵士派奥利弗·克伦威尔镇压威尔士的叛乱分子，而自己则准备亲自北上攻打苏格兰。
彭布罗克城堡
1648年5月月初，奥利弗·克伦威尔带着两个骑兵团和三个步兵团离开伦敦。约翰·波耶上校赢得了几次小规模的胜利，信心倍增。约翰·波耶上校告诉手下说将与奥利弗·克伦威尔在战场上一决雌雄，而他必将成为第一个战胜铁甲军的人。他还说，即使奥利弗·克伦威尔“有钢铸的背脊、铁铸的胸膛，自己也敢发出挑战”。然而，1648年5月8日，在奥利弗·克伦威尔到达威尔士前，托马斯·霍顿上校就在圣帕甘击败自夸的约翰·波耶上校。奥利弗·克伦威尔抵达威尔士后，战争转为围城战。1648年5月25日，契普斯托遭到了艾萨克·尤尔上校的袭击。1648年5月月末，坦比向托马斯·霍顿上校投降。但彭布罗克城堡不仅城墙十分坚固，而且守军拼死抵抗，坚持了六个多星期。奥利弗·克伦威尔没有携带重炮。虽然“拼凑了”少量火炮，打开了一个缺口，进攻还是被挫败了。威尔士乡民的敌意和粮食的短缺增加了攻城的难度。奥利弗·克伦威尔在给托马斯·费尔法克斯爵士的信中写道：“在这样的情况下，我们能让士兵团结在一起，真是上帝的仁慈。大部分情况下，步兵仅有面包和水。”然而，围城里面的士兵状况更糟。1648年7月11日，约翰·波耶上校和罗兰·拉法恩上校因饥饿向“仁慈的议会投降”，交出彭布罗克市镇和城堡。
罗兰·拉法恩上校
1648年7月8日，在彭布罗克沦陷前三天，詹姆斯·汉密尔顿公爵率领苏格兰军队越过了边境，但托马斯·费尔法克斯爵士没有在边境迎战。为此伦敦方面十分不满，伦敦和东部各郡发生骚乱。来自埃塞克斯郡、肯特郡和萨里郡的大规模请愿团要求议会与查理一世达成协议，解散军队。1648年5月月末，保王派在肯特郡发动起义，唐斯舰队也宣布支持查理一世。
托马斯·费尔法克斯爵士召集了八九千人向肯特郡出发。1648年6月1日，托马斯·费尔法克斯爵士强行进入梅德斯通，而此地已经由肯特郡的保王派的主力驻守。在街垒重重的街道上苦战一场后，托马斯·费尔法克斯爵士控制了梅德斯通。部分溃败的军队在年迈的诺威奇伯爵乔治·戈林的带领下向伦敦进发，却发现城门紧闭，只好四散而去。诺威奇伯爵乔治·戈林自己则带着五六百名骑兵，跨过泰晤士河，召集埃塞克斯郡的保王派武装起来。没过多久，诺威奇伯爵乔治·戈林自己就召集了四千人。托马斯·费尔法克斯爵士留下几个小分队去征服肯特郡，而自己急忙赶到埃塞克斯郡去镇压这支新召集的军队。诺威奇伯爵乔治·戈林奔赴科尔切斯特，在郊区同托马斯·费尔法克斯爵士的军队进行了一场血战。保王派的新兵浴血奋战，以巨大的代价击退了托马斯·费尔法克斯爵士的老兵。托马斯·费尔法克斯爵士发现不能通过突袭夺取城镇，只好展开常规的攻城战。最终，攻城演变成全面的封锁。议会军在科尔切斯特周围建起堡垒，用壕沟作为连接，同时切断城内所有补给，防止保王派军队逃跑。萨福克郡和埃塞克斯郡的民兵团赶来支援，从而使托马斯·费尔法克斯爵士小规模的正规军顺利完成围城。虽然保王派军队的反围攻打得很顽强，并发动了多次猛烈的进攻，但在没有外援的情况下，失败在所难免。在围城开始阶段，本来可以指望外援。英格兰各地不断掀起小规模地方起义，除非立即镇压，否则很可能发展成大规模的战乱。1648年6月，北威尔士郡、北安普敦郡和诺丁汉郡都发生了起义。1648年7月月初，霍兰德伯爵亨利·里奇和年轻的第二代白金汉公爵乔治·维利尔斯在金斯顿召集了大约六百名保王派军队，希望能减轻科尔切斯特的压力。但他们被托马斯·费尔法克斯爵士的骑兵一路追杀，四处躲藏，根本没办法在任何地方停留足够长的时间来召集游击队。1648年7月10日，在亨廷顿郡的圣尼茨，已经召集起来的几支游击队被抓。1648年7月月末，威尔士亲王查理和保王派军队的舰队封锁泰晤士河，希望通过切断伦敦贸易迫使伦敦支持查理一世。但区区一支舰队并不能为科尔切斯特解围。托马斯·费尔法克斯爵士已经占领了默西岛，阻断科尔切斯特与大海的联系。此外，伦敦方面仍然拒绝表态。虽然城里的长老派占据了上风，但也不希望看到查理一世无条件地恢复王权。因此，科尔切斯特困军的唯一希望在于詹姆斯·汉密尔顿公爵和苏格兰军队的推进。
议会军围攻科尔切斯特
第二代白金汉公爵乔治·维利尔斯
在英格兰北部，议会派没有足够阻止苏格兰军南下的强大兵力。约翰·兰伯特少将是北方各郡的总司令，率领着三四个兵团的正规骑兵及约克郡和兰开夏郡的地方兵。他以少胜多击败了马默杜克·兰代尔爵士和菲利普·马斯格雷夫爵士领导下的英格兰保王派军队，使卡莱尔的守军陷入绝境。由于詹姆斯·汉密尔顿公爵前去解救盟军，约翰·兰伯特少将只能后撤，一路顽强地进行小规模战斗，退到北约克郡，让苏格兰人占领了坎伯兰郡和北部地区。他的撤退还受到了后方叛乱的干扰。1648年6月月初，保王派突袭了庞蒂弗拉克特城堡。1648年6月月末，斯卡伯勒宣布支持查理一世。1648年7月8日，虽然詹姆斯·汉密尔顿公爵进入英格兰时只带了一万一千人左右，但随后不断有队伍加入，其中包括马默杜克·兰代尔和菲利普·马斯格雷夫领导下的英格兰保王派军队。到了1648年8月，詹姆斯·汉密尔顿公爵的军队大约有两万四千人。詹姆斯·汉密尔顿公爵行军缓慢，一方面是为了让增援部队赶上来，另一方面围攻阿普尔比和其他北方城堡也花了一些时间。因此，直到1648年8月中旬，詹姆斯·汉密尔顿公爵才重新开始向前推进。他决定穿过兰开夏郡直奔南部。
约翰·兰伯特少将
庞蒂弗拉克特城堡
与此同时，奥利弗·克伦威尔正赶往北方协助约翰·兰伯特少将。在彭布罗克陷落之前，奥利弗·克伦威尔就已经派部分骑兵前往北方。彭布罗克一投降，奥利弗·克伦威尔立刻带着其余的骑兵和步兵出发。他手下的士兵已经几个月没有领到军饷了，但纪律严明，禁止抢劫。大部分步兵都没穿鞋，衣衫褴褛，但莱斯特郡为他们准备了靴子。奥利弗·克伦威尔取道葛洛斯特，穿过中部地区，于1648年8月1日到达莱斯特，接着在1648年8月5日到达诺丁汉，最终于1648年8月12日星期六在西里丁的克纳斯伯勒附近与约翰·兰伯特少将会合。在这之前，奥利弗·克伦威尔不得不留下几个团围攻庞蒂弗拉克特和斯卡伯勒，因此这时他们的联合部队只有八千五百人，其中包括大约三千名骑兵。但这支军队中老兵占了四分之三。正如奥利弗·克伦威尔的一位军官写道，这是一支“训练有素、灵活机动、骁勇善战的军队”。
奥利弗·克伦威尔一直以为苏格兰军会穿过约克郡，在途中救援庞蒂弗拉克特，然后径直向伦敦进军。现在他才发现詹姆斯·汉密尔顿公爵走的是兰开夏郡的路线，而且已经在路上了。因此，1648年8月13日星期日，奥利弗·克伦威尔出发穿过兰开夏郡和约克郡边界山脉去攻打保王派军队。1648年8月14日晚，奥利弗·克伦威尔在斯基普顿扎营。1648年8月15日晚，奥利弗·克伦威尔驻扎在吉斯本。1648年8月16日，奥利弗·克伦威尔沿着里布尔河河谷进军兰开夏郡。现在奥利弗·克伦威尔面前有两条进军路线。他可以通过霍德桥到里布尔河的南岸，安扎在南下路线的某个地方，从而阻止詹姆斯·汉密尔顿公爵向南挺进。同时，他也可以沿着河的北岸和詹姆斯·汉密尔顿公爵在普雷斯顿附近的某个地方交战。奥利弗·克伦威尔选择了第二条路线。他知道这个选择的重要性。奥利弗·克伦威尔写道，“我们的任务是将敌人卷入战斗”。首先，直接向普雷斯顿挺进更有可能引发一场战斗，因为詹姆斯·汉密尔顿公爵很可能会坚守普雷斯顿阵地。其次，如果他驻扎在詹姆斯·汉密尔顿公爵的南部，一旦詹姆斯·汉密尔顿公爵被击败，会掉头回到威斯特摩兰寻求支援，也有可能回到苏格兰。而如果在普雷斯顿击败詹姆斯·汉密尔顿公爵，奥利弗·克伦威尔可能会将詹姆斯·汉密尔顿公爵赶到南部，将他与援军隔开，切断他的退路。这样的话，一次胜利就足以毁灭苏格兰军，而不仅仅是迫使军队退回苏格兰。正是由于这些原因，奥利弗·克伦威尔采用了第二条线路，而这并非偶然。几年后他解释说：“经过多方建议，我们选择安插在保王派军队和苏格兰之间。”因此，1648年8月16日，他继续沿里布尔河北岸行军，当晚在离普雷斯顿九英里的斯托尼赫斯特扎营。
然而，这时詹姆斯·汉密尔顿公爵的军队毫无戒备，正不紧不慢地穿过兰开夏郡，仿佛奥利弗·克伦威尔还远在五十英里开外。詹姆斯·汉密尔顿公爵本人带着一万名步兵和大约一千五百名骑兵待在普雷斯顿。卡伦德伯爵詹姆斯·利文斯顿和约翰·米德尔顿将军带着大部分苏格兰骑兵待在维冈，而步兵待在他们后方十五英里外的地方。再向后三十英里，在位于威斯特摩兰的柯比朗斯代尔则驻扎着乔治·蒙罗少将率领的三千名苏格兰骑兵和步兵。这些经验丰富的士兵是从阿尔斯特抽调过来的。菲利普·马斯格雷夫爵士率领的两三千英格兰保王派军队也驻扎在柯比朗斯代尔。在奥利弗·克伦威尔和普雷斯顿之间，由马默杜克·兰代尔爵士率领的英格兰保王派军队奉命掩护詹姆斯·汉密尔顿公爵侧翼。这支军队包括三千名步兵和六百名骑兵。马默杜克·兰代尔爵士曾经警告过詹姆斯·汉密尔顿公爵，说奥利弗·克伦威尔的军队已经逼近，但詹姆斯·汉密尔顿公爵不相信这个情报，认为那不过是一些兰开夏郡的民兵部队。
卡伦德伯爵詹姆斯·利文斯顿
1648年8月17日星期四凌晨，奥利弗·克伦威尔对马默杜克·兰代尔率领的部队发起猛攻，将马默杜克·兰代尔率领的步兵一路赶到普雷斯顿。马默杜克·兰代尔爵士向詹姆斯·汉密尔顿公爵紧急求援，但詹姆斯·汉密尔顿公爵非但没有给予充分支援，反倒抛下马默杜克·兰代尔爵士，将苏格兰的步兵从普雷斯顿拉到里布尔河南部跟维冈的骑兵会合。詹姆斯·汉密尔顿公爵只留下几个旅的步兵和约一千五百名至一千六百名卫队骑兵防守普雷斯顿。面对分散的兵力，奥利弗·克伦威尔的进攻势如破竹。1648年8月17日傍晚，奥利弗·克伦威尔攻克普雷斯顿，占领了城镇、里布尔河桥和一英里外的达尔温河桥。他的整个军队牢牢地安插在詹姆斯·汉密尔顿公爵和苏格兰之间。马默杜克·兰代尔爵士的部队已经被消灭，詹姆斯·汉密尔顿公爵的两个步兵旅也几乎无人幸免于难。士兵中有一千名阵亡，四千名被俘虏。詹姆斯·汉密尔顿公爵的骑兵逃往兰开斯特，而奥利弗·克伦威尔的骑兵在后面追赶了十英里。
苏格兰军的营地里一片混乱，士气低迷。詹姆斯·汉密尔顿公爵的军队在士兵数量上仍然超过奥利弗·克伦威尔。除了约翰·米德尔顿将军和维冈的骑兵先头部队，在里布尔河南岸他还有六七千名苏格兰步兵。詹姆斯·汉密尔顿公爵虽然极具个人勇气，但在军事议会中毫无主见，优柔寡断。威廉·拜利少将指挥着詹姆斯·汉密尔顿公爵的步兵，请求他在约翰·米德尔顿将军和骑兵回来加入大军前都待在原地。卡伦德伯爵詹姆斯·利文斯顿是詹姆斯·汉密尔顿公爵的副手，提议天一黑步兵就出发加入约翰·米德尔顿将军的部队。詹姆斯·汉密尔顿公爵接受了卡伦德伯爵詹姆斯·利文斯顿的提议，这意味着让詹姆斯·汉密尔顿公爵放弃补给车队，因为他们已经没有马来拉车了。除了士兵随身携带的弹药，其余弹药都落入了奥利弗·克伦威尔手中。苏格兰步兵团连夜行军。一个士兵说：“我们的行军十分痛苦，道路非常陡峭，士兵们浑身湿透了，又饿又累，所有人都认为这次任务已经失败了一半。”当他们到达维冈时，许多人掉队了。1648年8月18日星期五早晨，奥利弗·克伦威尔让兰开夏郡的民兵守着普雷斯顿和俘虏，自己则带着三千名步兵和两千五百名骑兵出发追赶詹姆斯·汉密尔顿公爵。星期五的战斗主要是两军骑兵之间的战斗。当苏格兰步兵团前往维冈加入约翰·米德尔顿将军的部队时，约翰·米德尔顿将军正前往普雷斯顿与苏格兰步兵团会合。由于他们走了不同的路线，两军没有相遇。当约翰·米德尔顿将军到达步兵营地时，只发现一些丢弃的火把和掉队的士兵，于是他掉头沿着詹姆斯·汉密尔顿公爵的路线回到维冈。奥利弗·克伦威尔的骑兵一路紧追不舍，“杀伤无数”，而奥利弗·克伦威尔的先锋弗朗西斯·索恩豪上校也被一名苏格兰长矛兵杀死。
约翰·米德尔顿将军
当约翰·米德尔顿将军的骑兵赶到维冈时，詹姆斯·汉密尔顿公爵的军队正在维冈以北的荒原集结，似乎准备战斗。但考虑到战场不利，在奥利弗·克伦威尔抵达前，詹姆斯·汉密尔顿公爵又撤回城里。奥利弗·克伦威尔说：“那天晚上，我们躺在地上，离敌人很近，又脏又累，走了十二英里路。我从来没有在这样的路面骑马行军过。这路面在白天都是潮湿的。”维冈的苏格兰人却没有休息。他们的指挥官决定再次连夜行军至沃灵顿然后拆桥，让默西横亘在他们和追军之间。1648年8月19日星期六，奥利弗·克伦威尔的骑兵发现苏格兰步兵团的安扎之处在距沃灵顿约三英里的温威克，地势对己方非常有利。奥利弗·克伦威尔写道：
在我们的军队出现前，他们一直疲于奔命。他们以极大的决心占据了通道好几个小时。双方军队用长矛进行近距离搏斗，我们被迫退了下来。但在上帝的保佑下，我们的人马稳住阵脚，发动猛攻，打得他们溃不成军。我们杀了对方约一千人，俘虏了约两千人。
这是苏格兰步兵团南下后的最后一战。1648年8月19日晚，当奥利弗·克伦威尔到达沃灵顿时，威廉·拜利少将和其他苏格兰步兵团作为战俘投降了。詹姆斯·汉密尔顿公爵和卡伦德伯爵詹姆斯·利文斯顿带着两三千名骑兵逃到柴郡，打算投靠效忠查理一世的拜伦男爵约翰·拜伦，但失败不可避免。奥利弗·克伦威尔派约翰·兰伯特少将率领四个团的骑兵一路追击，并号召邻近郡县召集所有骑兵追捕苏格兰步兵团。
骑在马上的詹姆斯·汉密尔顿公爵
他们筋疲力尽，而且混乱不堪，只要我方骑兵跟在他们后面跑一阵，就能将他们全都抓获。但我们也太累了，除了跟着他们走，几乎什么也做不了。我们的骑兵已经筋疲力尽，而且我们手中有一万俘虏。
詹姆斯·汉密尔顿公爵一路逃到斯塔福德郡，与乡下武装和当地民兵的小冲突沿途不断。途中詹姆斯·汉密尔顿公爵的追随者一群群地脱离了大部队，有的投降，有的乔装改扮逃跑了。1648年8月25日星期五，詹姆斯·汉密尔顿公爵带着余部在尤托克塞特向约翰·兰伯特少将有条件投降。1648年8月28日星期一，科尔切斯特向托马斯·费尔法克斯爵士投降。第二次内战实际上已经结束。
在沃灵顿有条件投降后，奥利弗·克伦威尔的士兵短暂休整，随后又一次向北行军。由于还没有解决乔治·蒙罗少将和他的六千士兵，奥利弗·克伦威尔担心他们会袭击普雷斯顿的部队。拉尔夫·阿什顿上校是普雷斯顿的指挥官，他手下的囚犯人数比士兵还多，奥利弗·克伦威尔仿效亨利五世在阿金库尔战役中的做法，留下命令让拉尔夫·阿什顿上校在遭到攻击时处死囚犯。但乔治·蒙罗少将一心只想向前挺进。普雷斯顿战败的消息一传来，乔治·蒙罗少将立即撤退，穿过杜伦回到苏格兰，留下士兵驻守伯威克和卡莱尔。奥利弗·克伦威尔一赶到伯威克和卡莱尔就召见这些驻军，但他们拒绝投降。奥利弗·克伦威尔向苏格兰阶层委员会提交正式申请，要求收复伯威克和卡莱尔。为了增加这一要求的威慑力，奥利弗·克伦威尔率军穿过特维德河，声称他进入苏格兰领土不是针对苏格兰人民，而是为了推翻策划这次入侵的党派：
我们目前无意伤害饱受苦难的苏格兰人民。我们一如既往地在上帝面前宣称，我们将采取一切手段惩罚那些策划此次入侵的阴谋家和决策者，而不是针对可怜的无辜群众。我们可怜的俘虏已经供诉，你们是被迫执行这次行动的。
苏格兰的革命推动了奥利弗·克伦威尔策略的实施。在苏格兰西部，刻板的长老会教徒不希望圣公会教徒与保王派有任何联系。他们对苏格兰教会的关心多于对查理一世的关心，于是发动武装起义占领了爱丁堡。阿盖尔侯爵阿奇博德·坎贝尔和他所属的苏格兰高地人支持长老会的起义。1648年9月26日，詹姆斯·汉密尔顿公爵领导的党派，也是苏格兰阶层委员会的委员，同意将乔治·蒙罗少将的军队遣返爱尔兰，解散手中的军队，并将权力移交给阿盖尔侯爵阿奇博德·坎贝尔一派。阿盖尔侯爵阿奇博德·坎贝尔一派非常乐意与奥利弗·克伦威尔达成协议，从而获得奥利弗·克伦威尔军队的支持，以对抗詹姆斯·汉密尔顿公爵，直到自己能够组织起一支强大的军队。他们下令立即交出卡莱尔和伯威克。奥利弗·克伦威尔来到爱丁堡与阿盖尔侯爵阿奇博德·坎贝尔签署协议。奥利弗·克伦威尔要求说：“请保证您不会容许任何人积极参加或资助针对英格兰的活动，而任何公共部门和信托机构也拒绝雇用此类人员。这是我要求的最低安全保障。”对方很爽快地接受了这一要求。苏格兰议会通过了一项法案，将詹姆斯·汉密尔顿公爵的支持者称为“协约者”，并永久地将之排除在政治权力之内。
为确保新政府的安全，奥利弗·克伦威尔带着大部分军队返回英格兰，留下三个团在苏格兰继续驻守三个星期。斯卡伯勒和庞蒂弗拉克特还没有攻下来，但第二次内战已经结束。独立派领袖中的一些支持者指责奥利弗·克伦威尔与阿盖尔侯爵阿奇博德·坎贝尔，认为新通过的法案让一个顽固的长老会派系在爱丁堡占主导地位，这对英格兰的安全毫无益处。他们认为奥利弗·克伦威尔要么为英格兰获取更多实质性的和平保障，要么在苏格兰两党之间平分权力。这样两党就能彼此制衡，不会对英格兰造成伤害。奥利弗·克伦威尔回答说，两国间未来和平的唯一希望在于让英格兰独立派和苏格兰长老会建立良好的沟通。而他选择的正是这样一条唯一能带来和平的道路。
我衷心地希望虔诚的人民之间——苏格兰人、英格兰人、犹太人、外邦人、长老派、重浸派、所有人能团结起来，互相理解。我为此祈祷，我等待着这一天的降临。我们的苏格兰弟兄——真诚的长老会教徒曾经是我们最大的敌人。主已经向他们证明了我们的正义，让我们以德报怨，让他们从国家到个人都承认我们的正义。上天作证，这是确定无疑的……待之以礼，示之以爱，以理服人，消除偏见，令其思过自省，彼此坦诚相对，这难道不是最令人满意的相处方式吗？我们已经仁至义尽，但在我们眼前还有一项更光荣的工作，远甚于劫掠坚固的爱丁堡，从特维德河征服到奥凯德。我们可以说，通过上帝，我们给他们留下了慈悲。如果不能立竿见影，那是因为这些可怜的人与教会和政府捆绑得太紧，而他们的信念无疑会适时结出果实。
奥利弗·克伦威尔满怀信心地回到英格兰，希望从此以后与苏格兰不会再起硝烟。