军队和议会之争
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查理一世躲进苏格兰军营——杰出的传道者理查德·巴克斯特——议会中宽容派的势力大增——苏格兰人将查理一世移交给英格兰议会——查理一世接受议会所提要求——军队的要求——查理一世出逃
查理一世要想保全自己，就得立即向议会承诺今后不会再滥用王权了。但事实上，他不会忍辱含垢地去做这种跌份的事。他习惯了无视身边其他人的思想情感，认为英格兰的任何派系都离不开他，而他则可以利用各派之间的矛盾，挑唆各派斗争，自己坐收渔利。与议会多次谈判无果后，查理一世最终决定投靠苏格兰人。1646年5月5日，查理一世躲进了驻扎于纽瓦克的苏格兰军营。或许为了确保查理一世的安全，或许为了与英格兰人做交易，苏格兰人将他带到了纽卡斯尔。
纽卡斯尔
其他情况先不说，苏格兰人肯定希望查理一世能支持长老派的事业。查理一世因此动起了歪脑筋，想挑起苏格兰人与新模范军之间的矛盾。新模范军将士比以往任何时候都痛恨长老派，痛恨长老派拒不接受宗教宽容政策。杰出的传道者理查德·巴克斯特对教派独立与分裂的思想深恶痛绝，对新模范军的情况了如指掌。他在一份报告中说：“大部分普通士兵和军官冷静诚实，尊奉正教；还有一些将士正直驯良，乐于倾听真理；但有少数高傲自负、头脑发热之人深得奥利弗·克伦威尔的赏识，他们个个身居高位，是军队的灵魂人物，其狂热言行影响了所有将士。他们说：‘除了征服者威廉的上校，谁还能受封为勋爵？除了他的少校，谁还能受封为男爵？除了他的上尉，谁还能受封为骑士？’他们这是在明白无误地告诉我，他们正在按上帝的旨意争做教会和王国的征服者。”
理查德·巴克斯特
上述最后几句话决定了英格兰未来的政治走向。不过，那些人未暴露各自的生活，以便在争取不到自由时能全身而退。议会必须结束长老派专制的局面，否则就会自食恶果。在该问题上，虽然奥利弗·克伦威尔言辞温和，但其态度极其坚决。他从未对长老派怀有如此强的敌意。他写道：“在这里，长老派、独立派及所有其他派别有着相同的信仰、相同的祈愿和相同的诉求。在这里，我们达成了共识，尽管其他方面的分歧仍然存在。同仁们，我们追求的是光明和理性，不是要强迫他人弃异求同。”与普通士兵简单粗暴的要求相比，奥利弗·克伦威尔这番温和的言辞更具说服力。
整个1645年，英格兰议会都忙着调整长老派议员的工作。1645年年底，议会中宽容派的势力大增。之后，英格兰进行了新一届议员选举，主要目的是削弱长老派议员在议会中的势力。不过，在给查理一世提谈判条件这一问题上，长老派仍然拥有决定权。1645年7月14日，一份提议递交到在纽卡斯尔的查理一世手里。提议要求：他必须在今后的二十年内将民兵指挥权交给议会；他必须信奉长老会教义才能继续做英格兰国王；他必须遵守《神圣盟约》，支持长老会制的新教会秩序。然而，查理一世根本就不想接受这些条件，在给亨利埃塔·玛丽亚王后的信中，他写道：“我要尽可能拖着不给议会答复，等新的派别出现。”换言之，他在等长老派与独立派闹矛盾，那样的形势对他有利。
但两派势力并未让查理一世如愿以偿。因此，六个月来，查理一世一直拒绝对议会的提议做任何答复。最后，苏格兰人认为查理一世已无价值，便向英格兰议会表明，他们愿意交出查理一世，然后返回苏格兰。他们现在只想让英格兰议会为他们结清总计四十万英镑的战争费。英格兰议会非常痛快地向苏格兰人支付了这笔钱。1647年1月30日，苏格兰人从纽卡斯尔撤离，将查理一世移交给了英格兰议会。
被囚禁在霍尔姆比庄园的查理一世
查理一世被囚禁到北安普顿郡的霍尔姆比庄园。人们在表面上比较尊重他。查理一世一直期待的事情似乎就要发生了——军队和议会起了矛盾。
下议院中占多数席位的长老派议员深知军队会给他们带来危险，于是便建议议会马上解散军队。这是一支非常奇怪的军队：军中所有人均可自由表达观点，士兵们在闲暇时不在板球场上打球，也不在娱乐场所消遣，而是纷纷加入了神学讨论课或《圣经》讲习班。占据议会多数席位的长老派对军队的表现非常反感，就像当时威廉·劳德难以忍受长老派的教义一样。一位长老派议员就说：“我们无法做到像波斯人那样崇拜太阳、月亮或者桌子上的锡壶。”
但这支军队并非普通意义上的军队。它不仅在为议会的最高权力而战，还在为自身的思想自由而战。在自由未能得到保证前，这支军队是不会解散的。它自视为决定英格兰命运的一支力量，事实上也的确如此。
当查理一世和长老派议员相互勾结时，军队就更加不愿解散了。1647年5月12日，查理一世终于接受了议会所提要求，不过对某些条款做了重大修改。查理一世承诺三年内会支持长老派的教义，而他自己的信仰可不受影响。于是，军队决定采取行动了。1647年6月3日晚，一个叫科内特·乔伊斯的将领率领一支骑兵来到霍尔姆比庄园，说是奉命来接查理一世的。1647年6月4日一早，查理一世问科内特·乔伊斯是谁派他来的。科内特·乔伊斯指着窗外站着的士兵说：“他们！”查理一世没来得及反抗就被士兵们控制了，随后被押往纽马克特。
科内特·乔伊斯
军队开始提要求了，要求议会将十一位长老派领导人全部排除。这十一人没有军权，最终被迫退出了议会。伦敦市的长老派势力比议会中的长老派势力更强，一群长老派暴民冲入议会，要求下议院对军队抗争到底。军队以此为借口迅速向伦敦进发，并于1647年8月7日成功控制了伦敦。十一名长老派领导人随即被赶出了议会。许多长老派议员纷纷主动放弃了在议会的席位。
威廉·莎士比亚在戏剧《理查二世》和《亨利八世》中告诉我们革命成功的条件和结果是什么。只关注手中权力而忽视整个国家利益的查理一世实属无能之辈，注定会威严扫地。英格兰确实需要一位善于治国理政的新统治者来取代查理一世。不过，任何暴力革命都会受到相应的惩罚。虽然被动服从的旧习惯已被打破，但通过武力推行的新规则每天都遭受着人们的质疑，甚至公开批判。任何反叛，无论其一开始的理由多么正当，最终会滋生出一系列的叛乱来，有些叛乱甚至偏离了初衷。英格兰目前的情况就是如此。刺倒查理一世的剑这次指向了下议院。与立法机构对立的行为非同小可，这是明摆着要用武力手段取代议事模式！不过，既然过去能用武力解决问题，现在为什么就不可以？奉行议事模式的议会一直在想方设法压制言论自由，这让坚持言论自由的军队忍无可忍。如果没有思想和言论的自由，拥有最高权力的议会和独裁专制的国王又有什么区别呢？
当然，军队非常清楚，挥舞刀剑的手终归是无法控制权杖的。于是，军队领袖们立即召集来一些善于表达意见的将士，起草了一份提案后，呈递给了查理一世。提案要求除罗马天主教徒外，所有英格兰人都应该享有宗教信仰的自由。人们可选择服从主教的管制，也可选择接受长老的管束；既不入圣公会也不入长老会的人也不应该受到任何处罚。
科内特乔伊斯走到查理一世面前
该提案向查理一世和长老派议员均提出了合理诉求，全面且不失明智。不过，查理一世和议会都没有将该提案付诸实施的意愿。军队领袖们只得撤回提案，希望能再加入一些宗教宽容方面的合理要求。狡诈的查理一世认为挑唆议会和军队内斗的机会来了，岂料双方很快便妥协了，联手讨伐他。一天深夜，被逼无奈的查理一世骑着马狼狈地向南方逃去，最终躲到了怀特岛。他在卡里斯布鲁克城堡给议会和军队写了一封信，表达了重回谈判桌的愿望，承诺会在三年内接受长老会制度并采取适当的宗教宽容政策。