这以后又经过种种曲折，庆喜终于就任将军。庆喜所创继任德川家业，而非继位将军的奇妙理论，似乎这个世界只有他一家之事，弄得宫廷或幕阁在现实状况上产生许多困扰，结果，朝廷与幕府都不得不一致说服庆喜，而庆喜最后也只得屈服在他们的请求下。不过，这种情势的造成，也是在庆喜默认下，由他的谋臣原市之进在幕后大力推动。
──我不喜欢当将军！
这种话，庆喜一而再，再而三地向世人表示，也该算是一种演技，他每次采取任何新的行动，总是又替自己留下退路。现在，他四处表示自己不想当将军，当有任何事情在身边发生，他便可减轻责任，拔腿离去。庆喜的眼光总是看得很远，所以他的任何动作、言语，都仿佛在演戏地别有用意。
但另一方面他心中又很有自信，相信自己终必成为将军，谨愼与大胆自信，便很复杂地交杂在这一个人的人格中。庆喜终于成为第十五代将军，正确的称号应该是：征夷大将军，正二位、权大讷言兼右近卫大将源氏之氏之长者、两院之别当。敇命宣达是在十二月五日，距离前将军家茂逝世已隔一百五十多日，在这段将军空位期间，幕府几乎就等于灭亡了。
紧接著就是庆喜与德川家的不幸，庆喜就任将军后不过二十几天，孝明天皇就得病去世了。
得知孝明天皇的死讯，庆喜心想：幕府也快完了！这时正是尊王主义的流行期，然而谁也比不上孝明天皇更像个佐幕家，孝明天皇一直支持幕府，对在京都实现幕府威望的会津藩十分赏识，甚至用该藩藩主松平容保担任京都守护职，对他也比近侍公卿更信任喜爱。
佐幕派的人有孝明天皇当靠山，所以都很放心；在佐幕派与尊王派之外的公武合体派，也以此为理论根据，然而，这位天皇竟在此时去世了。
幼帝继位了。此幼帝的生母庆子，出身于中山前大纳会家，他的外祖父中山忠能很自然的成为公认的幼帝保护者，颁发敕命的玉玺便由这位老公卿保管，因而在宫廷中，一些阴谋不轨的人便开始笼络他，请他同意“幕府为朝廷敌人，据此讨伐”的敇命。
这些阴谋家包括被先皇放逐的前中将岩仓具视，及与岩仓合作，在京城内部策动的萨摩藩大久保一藏。这批人在先皇去世后的第十个月，便由岩仓的秘书玉松操起草“萨、长两藩主讨幕的密敕”，让中山老公卿握著幼帝之手盖下御玺同意，而大久保更到西阵织制作了出征的锦旗，非常秘密地做好讨幕的凖备工作。
而庆喜便是各种阴谋所指的箭靶。
他必须片刻也不可疏忽地防备这些阴谋家的计策，所有看得到、看不到的都得提防。有人舞刀，有人接招，庆喜就任后的历史就是不断如此，庆喜担任将军仅有一年，这段期间，他身在二条城却必须时时提防腹背受敌，对庆喜而言，执政的这一年确实也够长的了，如果日子再久一点，即使他是个超人，他的精神与体力恐怕也会受不了。
庆喜是个很奇特的将军。
不论是大名或公卿，没有一个能在言语议论上赢得过庆喜，也因此庆喜在召开诸侯会议时，便与以前请来当装饰品的将军大不相同，这位征夷大将军不但亲自担任主席，也当议事提案者，议事说明者，另外，他更是击倒反对派意见最有力的说客。
甚至，他还在议场中主动接待来宾，照顾出席者。
这段日子，京都政界为了兵库开港的问题而争执不休，不过这个案子刚开始并非是太大的政治事件，而是萨摩的大久保一藏打算要用反对兵库开港案来整倒幕府，便去跟英国公使馆的翻译官阿南斯特·赛德串通，说这是英国公使与萨人合作顚覆幕府的最后机会，这个英国使馆员也一直是不喜欢幕府的。
大概在一年前，列强的使臣们曾责问幕府，为何签了条约，却不开放兵库港，幕府起先只能推诿就快要开了，当他们再要求时，幕府又无话可说了，最后，幕府只得老实说因为没有敕命允许。
列强听后，都嘲笑幕府说：“我们本来以为德川幕府是日本唯一公认的政府，难道他上面还有另一个政府吗？”这句话也正指出幕府对外的弱点，而且使臣们还接著表示，他们无法跟没有实权的政府谈判，他们要直接上京拜见天皇。这么一来，果然弄得幕府十分狼狈难堪，如果让这批人直接跟朝廷交涉的话，等于在国际社会上放弃代表日本政府的资格，没多久在国内的地位恐怕也难保，所以这点绝不能答应。
然而朝廷却不给敕命，大久保对那些愚笨没见识的公卿说，长崎或横滨的开港已经是很不得已了，靠京都这么近的兵库一旦开港，成为洋人的城市，对朝廷的威胁更是严重，而且不许开港，是先皇的遗志，因此那些公卿都一致反对开港。当初，幕府的大老井伊直弼竟然缔结没有敕命允许的条约，已被群起而攻之，一旦幕府敢开港，届时登高一呼，就可结合诸侯对付朝敌的幕府，讨幕的大事便可轰轰烈烈展开。
庆喜继位将军后，势必就得解决这个难题，就在这年（庆应三年）三月下旬，他在大阪城接见英、法、荷、美四国公使，明确地吿诉他们兵库要开港！公使们都被幕府这种明确的态度吓了一跳，由于日本的国情是如此复杂，庆喜又如何能给他们这么明快的回答呢？知道情势的阿南斯特·赛德不太相信，他便对府中老中说：“这番话，我将使它刊载在横滨及我国的报纸上。”没想到传到庆喜耳中，他的回答更爽快。
最后，连亲萨的赛德，对庆喜都留下很好的印象，在他的回忆录中写著：“将军是我所见的日本人中，最具有贵族风采的人，容颜秀丽、额头极高、鼻梁很挺，实在是十分具有绅士魅力的男士。”
这个问题，庆喜心中早有打算，先前，他曾召开四贤侯会议，现在的四贤侯是指土佐山内容堂、越前福井松平春岳、伊予宇和岛伊达宗城及萨摩的岛津久光
他们的意见也十分分歧，特别是岛津久光，早经谋臣大久保的指点而提出：如果要谈兵库的问题，不如先原谅长州，从长州把幕府军队都撤回来再说。久光以此话题，一再阻挠兵库开港问题的讨论。
对这种局势，庆喜又展开他滔滔辩才，而他的政敌岛津久光原来是一个没有口才的人，此时的表现，却像一个被人在幕后操纵的傀儡似的，时时退到别室接受他谋臣的意见后，再回到会议上跟庆喜辩驳，这样的会议当然什么结论也没有地结束了。
五天以后，庆喜再度召贤侯们到二条城，土佐的容堂因为生病而未能出席，只有其他三位到场。这个会议从正午开到下午六点，都是庆喜一个人在发表意见，不过庆喜所用的语汇，并非将军上对下的吩咐口气，而多半对他们采用同辈的郑重语气，这是生病的容堂给他的忠吿，特别是这样做对岛津久光会有安抚的作用。
贤侯们谒见庆喜时，他就拿起烟盒，对他们说：“请随意抽烟！”又为了使在座的气氛轻松些，他还命人准备点心，庆喜一面招呼贤侯们吃点心，一面自己也拿起点心吃，这种情形如果被在天之灵的其他十四位将军看到，一定不敢相信自己的眼睛，而且那十四位将军在公开场合发言量全部加起来，恐怕也比不上今天庆喜所说的多。
疲劳轰炸过三位贤侯后，庆喜宣布稍作休息，然后就带领众人来到庭院中，请他们一起拍照留念。
摄影术刚传到日本不久，在长崎出现开业的摄影师也不过是近五年的事，喜好各种西方事物的庆喜，当然也很热衷摄影，法国曾赠送他一套皇帝穿的军服，他就穿著骑在马上，留下相片中的英姿。那天，他为了三贤候，而特地在庭院中布置了一个拍照场景，先是四人一起拍照，而后每个人单独坐在掎子上留影。春岳摆出一辐温和柔弱的样子，两手并拢在膝上，中规中矩地照相；岛津久光则两脚大剌剌地张开，上身挺直，也不看镜头，皍扬地表现出大萨摩藩指挥者的神采；宇和岛的伊达宗城则拉长了一张脸坐著拍照。
不过，这天的会议，岛津久光仍然力持反对态度，庆喜终于认输，又是什么结论也没有。
庆喜实在是很累了。
他那么努力的奋斗著，但始终都是一人独撑大局，江户的幕臣只等著看在京都的庆喜能演出什么好戏，昔日的同志像容堂或春岳，在种种雄藩竞逐的复杂背景下，也离他越来越远，甚至以前对德川家忠心耿耿的会津侯松平容保，在看见庆喜的许多权谋作为言语后，也觉得他很恐怖而不可信任。庆喜的确是很孤独，他是从古至今，少见的有才能的将军，但也是少见的孤独将军。
然而，时势就像暗流汹涌的流沙，庆喜一面孤独卖力地跳著舞，而砂子眼看就从脚尖开始要呑没他了。
庆喜每夜仍要妇人陪宿，其实这不单是肉体的需要，更是因为他心灵的寂寞。在众妻妾中，江户消防队长新门辰五郎的女儿芳子最受他宠爱，芳子略黑的肤色，矮小的个子跟粗脖子，加上她像个消防工人女儿的豪爽个性及江户口音，庆喜跟她在一起才可略解乡愁，而且庆喜只有对这个女子才透露自己的真意。
庆喜这天对芳子说：“即使能有千百种计策，也是不能战胜时势的！”他想到岛津久光不可一世的样子，便脱口而出这句话。因为久光总是持反对意见，若把这个人当成对手，即使庆喜口才再好，说得出千百种论点，也还是莫可奈何的。久光的位置走向正是大势所趋，虽然庆喜觉得久光是个无能的人，然而时势却在他背后给他撑腰，无论庆喜在他面前变什么把戏，久光都置之不理。
“不顺势是不行的吧！”有远见的庆喜的这句话，真的是出自肺腑的感叹，像这个资质鲁钝，见解固陋保守的岛津久光竟能凌驾庆喜之上，让庆喜拿他没办法，所有的原因就在于庆喜是一个将军，没落幕府的将军。
庆喜仍然得面对兵库的问题，他干脆在反对开港的大本营朝廷上召开会议，让高级公卿与有力的诸侯们同席，一举击败这些反对派，庆喜势必要让此案付诸实行。
那天，久光因为大久保的建言而缺席不来；持观望态度的宇和岛伊达宗城也因此借故不来；春岳也已对幕府的前途失望，他觉得庆喜的这些行动不过是越陷越深，春岳迟早会跟别的藩一样，摆开德川家的束缚，建立自己一藩独立的体制，以应付未来天下的变局，春岳打算要早日离开庆喜，否则越前福井三十二万石的命运也会被连累。
不过这个温和的人，终于还是拗不过庆喜的劝说，还是勉强前去赴会了。
那天在公卿方面，以二条摄政为主，另外还有左右大臣，前关白二人、大讷言五人，和其他二人，会议场所则是在御所虎之间。日子是在酷暑的旧历五月二十三日，时间是依御所的惯例订在日落后，也就是晚上八点开始。
彻夜举行的会议，终了时刻已是第二天深夜十一点，几乎等于一天半，中间只有一点点休息的时间，不过，身为主席的庆喜已表示：为了国家大事，是不应该想休息的。其实庆喜心中早就盘算好，只有将这些公卿、大名聚集在一起，跟他们竞赛体力之外，别无他法。
在会议中几乎有二十个小时，都只听到庆喜的声音，其他的人根本无法辩驳，终于都闭口不说，到最后甚至听得都头昏脑涨，也不再有力气反对了，终于就在第二天夜里十一点，全部都屈服在庆喜的高论之下，同意兵库开港。
幕府因此而有惊无险的渡过此次危机，才反能苟延残喘地多延长了一些寿命。那些暗中计划讨幕者都非常不高兴，而且觉得很悲观，对庆喜也更加忌惮了。
（这个人实在很恐怖，不杀了他的话，幼帝的将来会很危险。）
萨摩的西鄕吉之助便如此认为，也因此要加紧布署攻击江户城的计划。而长州藩的军师木户凖一郎（孝允·桂小五郎）的感触比西鄕更深了，他认为：庆喜的胆识谋略几乎等于家康再世，如果要正面与他为敌，恐怕萨摩或长州都不是他的对手。
木户更觉得：庆喜从此将使关东的政令一新，军事制度也将大幅改革，幕府便会振衰起敝，又可再度勃兴，其实，这个评价是太高估庆喜了。总之，庆喜成功地使兵库顺利开港，反而成为武力讨幕阴谋的导火线，岩仓具视等京都朝廷中的一些人，更加紧进行前面所说的讨幕密敕工作，他们都担心如果再慢一点，庆喜就会日益坐大，反幕派便再无机会了。