恺撒和庞培分别在亚得里亚海两岸集结军队，准备开战。此次备战在当时来说是规模最大的，引发了当时欧罗巴各地的密切关注。恺撒征服、统治整个罗马共和国西部地区期间，庞培竭尽所能，集结东部军队，扩充军力，并将全部兵力集中在布林迪西对面的马其顿和希腊沿海，因为他知道恺撒要从布林迪西横渡亚得里亚海。地面上遍布庞培的军营、分遣队、弓箭手、投石手及骑兵，各个口岸都有士兵把守。海岸线上布满投石车，海面上的战船已经就绪。对岸的恺撒率领大军抵达布林迪西，不仅要面对海岸上敌军的顽强抵抗，还要面对亚得里亚海狂风巨浪的考验。严冬的暴风雨在宽阔的亚得里亚海海面上肆虐，掀起的狂风巨浪有吞噬一切之势。
恺撒没有战船，因为庞培将一切有助于他过海的物资全部占为己有或毁掉了。不过，经过多方努力，恺撒最终成功筹得部分战船。这些战船可以运送部分兵力，但只能满足运送人员的需求，无法满足运送军用物资、行囊等的需求。于是，他召集军队，发表演讲，声称危险和辛苦的征程已经接近尾声，即将面对与大敌的最终对决。此刻，将士们无须携带奴隶、行囊、备用物资等过海，因为他们一定会战胜敌人，能够从敌人手中获取充足的补给。
将士们听了恺撒的讲话，深受鼓舞，士气大涨。先遣队起航入海。在冰冷刺骨、波涛汹涌的海面上颠簸了一夜后，先遣队乘坐的战船停靠在了离庞培预计的北部区域一段距离的地方。在北部区域，庞培的战船正在等着他们的到来。恺撒登陆的地方，临海环山，暗礁岩石和岬角突兀，崎岖、危险。他和先遣队在此成功登陆，然后派战船返回去接剩余士兵。
恺撒渡海的消息很快传遍沿岸各地。庞培立即召集战船和军队，朝恺撒登陆之地进发。战争拉开了序幕。恺撒战船在返回去接剩余士兵的途中，遭到了庞培一个海军将领的拦截。多数战船连同士兵或者被俘，或者葬身大海。但这使恺撒的将士更加坚定。恺撒带领登陆的军队，沿着海岸线向前挺进，紧跟庞培军队，征服了一个又一个城镇。整个地区陷入一片恐怖之中，焦虑不安。此时，对岸余部无法渡海，一方面是因为海上波涛汹涌，战船不足，庞培加强了警戒；另一方面是因为恺撒不在，他的将领无法用他那不顾一切、但冷静沉稳的胆识鼓舞士气。剩余士兵滞留在意大利海岸，焦虑悲观。与此同时，恺撒沿着马其顿海岸向前挺进，将庞培的军队追至内陆，切断了庞培的战船与陆地的联系。庞培战船上的士兵饥渴难耐，急需物资补给和淡水。为避免渴死，他们只能收集甲板上的露水解渴。恺撒的军队也深陷困厄之中。在海上，庞培的战船切断了恺撒军队的一切补给，把他们围困在陆地一侧。最后，庞培连同麾下大军，因危险逼近而惊慌失措。然而，他没能料到命运之神如此无情—他很快就被打垮了。
冬天过去了，局势却毫无进展。如前所述，双方轮番较量，彼此都焦虑不堪，经受着交战带来的痛苦。一直无法与滞留意大利海岸的余部会师，恺撒焦躁不安。鼓励、敦促的信息已经传递，余部却迟迟不来。最后，在一个夜色如墨、风雨交加的夜晚，恺撒认为狂风暴雨、惊涛骇浪会迫使虎视眈眈的敌人躲进避风港，不会继续守卫，于是，他决定亲自渡海，带回迟迟未能渡海的余部。他命手下准备一艘战船，上战船后遮住面容，不让战船上一起渡海的军官和船员知晓自己的计划。船员遵照命令，驶离海岸。他们奋起抵抗狂风恶浪，但成效甚微。惊涛骇浪带来的危机使他们恐慌不已。他们拒绝继续前进。最后，军官下令返航。此时，恺撒站了出来，摘掉面罩，对他们说：“朋友们，别怕！恺撒与你们同在！”
大家深受鼓舞，但一切只是枉然。海上困难重重，难以逾越。为避免船毁人亡，恺撒被迫返航。
滞留的余部听闻恺撒为了他们亲自渡海的事。尽管这一行为徒劳无果，但他们深受鼓舞。敦促的命令再次传来、做好最后的安排后，他们立即登船起航。虽然一路上历经千难万险，但他们最后安全登陆。这样，恺撒兵力大增，开始规划开春的战事。
双方多次努力，试图谈判。但他们彼此仇恨、对抗激烈，都给彼此带来了痛苦。他们互不信任，以至于指派的专员或者特使连普通交流都难以实现。虽然也有过一两次谈判，但毫无成效。当时的投射武器的投射距离较短，投射最远的也只有几英里。因此，敌对双方的交战距离很近。这为双方近距离谈判创造了条件。有一次，庞培战船中的一些船靠近海岸，同恺撒驻扎此地的一两个副手会谈。还有一次，两军只隔了一条河。双方将士来到河边，隔水大声呼喊，频繁交流。双方通过这种方式达成协议：召开正式会谈，确定开会时间和地点，由双方自己选定的专员举行谈判。双方确实举行了正式会谈，但都带着大量侍从。果不其然，谈判结果并不理想—双方爆发冲突。最终，会谈以暴力、混乱告终。双方还相互指责，指控对方违背应该遵守的信义。
双方战事缓慢、战况不明，持续了数月也没有取得任何决定性战果。其间，也发生过暴力冲突、围追堵截，但多为简短的局部战斗，没有爆发任何大规模具有决定性意义的战役。双方你来我往，交替进退。恺撒一度遭庞培率军围困，物资供应被切断，士兵们饱受缺粮之苦。后来，士兵们挖出树根，晒干，研磨成粉，做成吃食。他们向恺撒表示，宁愿吃树皮，也不愿放弃恺撒的大业。一次，庞培的士兵靠近恺撒占领的城墙，发现他们食物匮乏，对他们极尽嘲笑、挖苦、戏弄之能事。作为回应，恺撒的士兵扔出大量吃食，暗示他们物资充裕。
不久，幸运之神开始眷顾恺撒。历经多次巧妙的调遣部署和行动，恺撒成功脱困。随即，他开始率军围堵庞培，使庞培物资短缺，饱受窘迫之苦。他切断庞培与外界的一切交流，将溪流改道，避免溪流流经庞培占领的地区。庞培四五万人的大军，还有随行的大量骡马牲畜，需要大量水源。一旦物资匮乏，甚至水源缺乏，就会面临灭顶之灾。虽然他们挖井取水，但收效甚微，水源依然不足。大批牲畜死亡，尸体随即腐烂，污染了空气，致使传染病蔓延。庞培麾下的军队因此遭受重创，伤亡惨重。其他士兵也萎靡不振，心灰意冷。
这些战事中，没有一次决定性的大规模战役。恺撒和庞培都非常清楚，大战惨败造成的毁灭性打击无法弥补，不可逆转。两个独立国家交战时，无论任何一方取得多么彻底的胜利，战争也很难终结。因为战败方身后有整个国家，经此一败仍有可能休养生息，东山再起。即便最终战败，指挥官也不会因此满盘皆输，招致毁灭，而是可能会通过和平谈判，安全回归故土。如果公民认为他的失败并非因为指挥官指挥失败，而是受到不可抗力因素的影响，那么他还可以安度余生，享受荣华富贵。而恺撒和庞培之间的战争不属此类。战败就是叛国、篡位，会成为国家公敌。战争输赢决定了今后他们的归宿，正是所谓“成王败寇”。战胜者的权力将合法化，并确立权位，成为九五至尊；战败者将惨遭歼灭，或被迫流亡，无家可归。这样的较量是你死我活的较量。因此，较量双方都很慎重，不到万不得已不会将对手逼入绝境。
因遭恺撒军队的围困，庞培深陷绝境，缺粮少水，窘迫不堪。最后，他孤注一掷，经过一系列攻击，突破了恺撒防线，成功突围脱逃。双方大军退回内陆，在彼此驻地附近徘徊不前，宛如两只猛禽在空中盘旋，争抢食物，不断攻击对方，竞相争夺有利地势，或者围困对手。就这样，他们走过平原、跨过河流、爬过大山，直到最后抵达帖撒利亚的腹地。双方在此驻扎休整，准备决战。
这次决定性战役在法萨卢斯平原打响。法萨卢斯平原也因这次战役名垂千古。庞培实力雄厚，远超恺撒，在此前的局部战争中占尽优势。由此，他认为自己必能取胜。他命令军队沿河岸构筑一条防线，将一翼布置在河岸边，避免腹背受敌。这一翼被分成不同的战斗小组，一直延伸到平原上的另一翼。他的另一翼由骁勇善战的骑兵、投石手和弓弩手组成。他们严阵以待，备足武器装备，防止恺撒从侧翼包抄。据恺撒描述，他的兵力只有庞培兵力的一半。他说道，庞培兵力近五万人，而自己仅有两万多人。很多将帅一般会低估自己的实力，而高估对手的实力，因此，恺撒此话可信度不高。至于庞培，此战之后，他及他麾下的追随者被消灭了，我们也无法从另一个角度了解这场战役。
庞培的防线延伸到平原后方。这里是安营扎寨之地。驻守营地的士兵都被拉出去准备作战了。昨夜的营火逐渐熄灭，因为这是一个温暖的夏日清晨。一圈有士兵把守的战壕围着营地，营地上一排排的营帐里几乎空无一人。中间那个华丽的营帐是统帅之所，装饰极尽奢华。整个营地上，侍从们进进出出，忙忙碌碌。他们有的重新打理因士兵突然上岗拿武器留下的混乱；有的为凯旋的士兵准备食物。庞培的营帐里正在准备一场盛大的宴席。桌子上摆满各种各样的奢侈品，餐柜里装满各式各样的盘子。各类器皿及黄金、白银装饰品，将整个营帐映衬得富丽堂皇。
庞培及其将帅胸有成竹，认为胜利指日可待。不过，这些人相处得并不和谐。因为多日以来，他们一直喋喋不休，争论打败恺撒后，罗马要职的分配事宜。他们认为打败恺撒近在眼前。正因如此，争权夺利的时间非常有限。再过几天，他们将统治整个罗马共和国，对即将到来的战利品的瓜分各持己见，个个急不可耐、贪得无厌。
为确保万无一失，庞培下令暂停前进，不要前去迎敌。他命令将士们在两军中间地带严阵以待，静待恺撒出击。
最终的决战时刻终于来临。随着号角的吹响，进攻开始。恺撒的军队喊声震天，冲向庞培麾下的军队。战斗持续数日，战况惨烈。最后，庞培的军队节节败退。尽管庞培事先有所准备，部署了延伸至陆地的侧翼军队，但恺撒还是成功地攻破侧翼，击退庞培麾下骑兵，消灭弓弩手、投石手，最后以精锐兵力直逼庞培后方。庞培麾下的军队随即全面溃逃。骇人的混战和屠杀接踵而来。局部的胜利总会唤起疯狂，恺撒麾下的士兵曾因为愤怒陷入狂热，现在又因胜利在望而兴奋不已。他们紧追惊慌失措的庞培麾下士兵。这些士兵要么互相推挤踩踏，要么被追击者的刺刀刺穿身体而倒下。空气中到处回荡着痛苦的哀号和尖叫声。然而，现场的恐怖血腥非但没有使恺撒麾下的士兵停止攻击，反倒使他们杀红了眼。他们不断地、凶猛地攻击敌人。时间一分一秒地过去了，他们还在继续屠戮对手。场面恐怖惨烈，未睹之人难以想象，目睹之人终生难忘。
庞培意识到败局已定，匆忙逃离战场。他十分惊慌失措。士兵们则早已溃不成军，四散逃窜。有的逃进军营，徒劳地寻求避难；有的逃至其他驻地，慌不择路，期望躲避残酷的追杀。庞培本能地逃回营地。进入营门时，他焦躁惶恐地命令营门守卫拼死抵抗、坚守营门，声称自己要去其他营门御敌。之后，他便匆匆离开了。庞培内心无助、绝望，放弃了抵御的想法，心情沉重地经过营地，一路看到惊慌失措、混乱不堪充斥着整个军营。他找到自己的营帐，冲进去，瘫倒在地。满目的奢华与排场，全是为迎接胜利而安排的，现在他却陷入了六神无主、彻底绝望的境地。