当我们考虑到前面提到的著作《论世界灵魂》的完整标题时，与费希特的整体关联以及那种补充的方式就同时显明了。《论世界灵魂，关于更高的物理学的一种假说，以澄清一般有机论（Organismus）。附及对自然之中的实在之物与观念之物之间的关系，或基于重力与光的原则之上的自然哲学之诸首要原理的发展的一种探讨》（1798）。
这里要重视三重问题：（1）关于一般有机论的理念；（2）自然（“非我”）之中实在之物与观念之物之间的关系；（3）关于更高的物理学的假说。
第二个问题
我们从（2）出发，因为那里有某种众所周知的东西，这种关系正好是知识学的难题。知识学依照它在原则方面的发端方向，将这种关系看作了设置与对立设置之间的这样一种关系，或者更准确地说，看作它们的综合。简言之：实在之物与观念之物之间的关系作为应当在自身中包含了整个实在性的自我之中的这样一种关系[133]。如今关注的则是：在自然之中的实在之物与观念之物之间的关系。由此就有了完全不同的一种发端方向。看起来知识学的起点和维度被放弃了。考察完全走出了自我之外；它对非自我性事物本身设身处地，虽说它从未将后者理解成多于非我性事物的东西（因而总是在与自我的关联中理解它），而是仅限于如此理解它。
如今甚至完全没有涉及如下问题，即这种做法在多大程度上成功了，以及它的成功使得知识学及其账册（Buch）都被放弃了，而仅仅致力于阐明这种提问方式的意图。
这种提问方式希望将“考察”提高到“作为一个整体的自然的理念”。[134]此处表明，无机自然与有机自然之间的对立应当在这种考察中被否弃。长久以来阻碍了自然科学之进步的、机械论与有机论之间的那种对立，应当被抹掉了。依据谢林的看法，这是通过一般有机论概念而发生的。
第一个问题
机械论一般而言没有任何自为地持存的东西，而仅仅是对有机论的否定。在没有任何有机论的地方，也就没有任何机械论。相应地就产生了一项任务，即规定一般有机体（Organisation）的理念。
谢林说：“我认为有机体一般而言无非是被截断的原因与结果之洪流。只有在自然没有阻断这条洪流的地方，后者才（按照直线）奔涌向前。在自然阻断了它的地方，它就（按照圆形）回到其自身之内。因而并非原因与结果的一切相续都被有机论概念排除了；这个概念仅仅指这样一种相续，它在某些界限之内闭合地回流到其自身之内了。”[135]
谢林从原因与结果的某种连续出发，因而他这里还是存在着在某种意义上从形式上看很机械的自然概念：当不受阻断地沿着直线往前流动时，就是机械论；当被阻断并转回自身之内时，就是一种有机论。这种自然概念由此并未将原因与结果的一切相续都排除掉，这就是说，它绝不与机械论相矛盾。有机论是某一种特定的相续：在某些界限之内闭合，回流到其自身之内。
但这里首先显明的却是谢林想要得到的东西——一般有机论——的反面。因为有机论如今恰恰是机械论的一种特例：那种被阻断的、回流到自身之内的机械论。
但谢林说，要从哲学上证明，要无限地推进某种一般的机械论是不可能的；一种不受限制的机械论将在某种彻底失败（schlechthinnigen Mißlingens）的意义上自行毁灭，这就是说，只要没有了任何规定性与限制，就一无所成。世界只有在其有限性中才成为无限的。“世界”——自然之整体——必须被阻断，这就是说，它是一种一般有机物，并且如此一来，其本身就成了机械论的条件，因此也就成了机械论的肯定性因素。同一种原则将无机自然与有机自然连接起来。“生命”“就是有机物谋求其同一性的一场持续的斗争”。[136]古人的说法就是：作为“世界灵魂”。（重力与光。对生命的洞察——从内部来看是对立相向的——从外部来看[？] 是黑暗。[137]）在这个原则下对自然的呈现，其主导思想乃是一种对立：吸引和排斥，否定——肯定。这个原则呈现出处在统一与冲突之中的奋进之力（die strebende Kraft）。——比较康德《自然科学的形而上学基础》（1786年）：一般的自然之学是存在论；特殊的自然之学（四个主要部分）包括运动学（Phoronomie）、动力学（Dynamik）（吸引力与反作用力）、力学（Mechanik）、现象学（Phänomenologie）（作为现象的运动之被给予性[Gegebenheit]）。
要表明下面这一点，无需进行什么广泛的讨论：这里谢林是将知识学的形式构架（das formale Gerüst）置于自然中了；很明显，谢林的自我-概念具有的形式结构就是设置——对立设置（设置——否定），而且这种结构并未被推进到无限，成为无规定的，而是受到了规定和限制。自我本身被它那种受到限制的、与非[我]的关联驱回到其自身之中去了。自我的统一性与同一性——同调性与冲突。（自然本身越是成为对立面，依照这种建构的可能性来看，下面这个问题就越是不会凸显出来，那就是，即便当对“自我”的解释很合理、也很必要时，这种解释是否充分，这种解释本身是否不仅仅是“逻辑的”。此在本身并不是完全由存在者支配的。既不是非我，也不是自在（Ansich）；只有再对传统的那种对立进行反思：思维之物——广延之物。）
从根本上讲，这一点是值得留意的，因为这种处理方式乃是谢林自然哲学的特征。更准确地说：谢林没有看到，即便在非常轻描淡写和大而化之的情况下，他是如何从费希特的自我概念的一种完全确定的、逻辑的（正如我们所知的）特征中，取来了作为有机物的自然之整个结构的。
第三个问题
谢林希望以这种建构赢获了更高的自然本身，而且是从这种建构本身之中赢获来的。在方法方面的比较之下，这就意味着：正如凭借知识学的第一个原理，整个自我性的本质从一开始就如此这般地被设置下来了一样，自然也应当在自身之内、且从自身出发而被规定。[138]
但这首先只是出于下面这种不确定的预感，而被设想为对费希特的必要的补充：在知识学中，实在之物明显没有得到它本应得到的、充分的重视。在没有弄清楚知识学特有的那种问题格局的情况下，自然——谢林以为是在自己的意义上——在生产性的想象力中被建构起来。“补充”意味着：观念论不应该被否弃。（尽管已经在某个方向上进行某种批判了，正如费希特本人也试图说明“自然”那样——即“自然法权”著作，谢林将这些著作称为“最荒诞的胡话”。[139]换句话说：人的哲学（Philosophie des Menschen）不同于知识学。可以比较《一种自然哲学的理念》（1797）。——根本性、批判性的评论。自然与此在，超越性，主体-客体。）
自我类事物（Ich-Wesen）的活动（Tätigkeit），如今就成了自然本身的运动（Bewegung）。只要自然是非自我性之物，它就不能行动（handeln），但仍然有所作为（tun）；只要它的作为不是原因与结果的任何单纯的序列，而是回灌到自身之中（“塑造”），那么由此就可以产生出某种东西：活动和运动不是行动，而是创造（Schöpfung）。
谢林试图将那时的自然科学的一些新知识以及浪漫派自然哲学中出现的一些观念充实到这个图式（Schema）中去，或者更准确地说，用它们与这种图式一道来建构自然之整体。起初，他还完全运行在康德的两极图式之中（诸种对立乃是本质因素），直到后来，关于综合的追问变得越来越显眼了，而自然体系的形式结构同样采用了像费希特知识学中的自我-结构那样的三分模式。（重力、电、化学反应过程——正题、反题、合题，而且一切都是从作为诸一般对立之间的同一性的整个产物[Gesamtprodukt]出发而来的。这种似乎还没有发展出来的同一性被化解到诸种对立中去了，不是被化解到个别产物中，而是被化解到生产性过程的双重性[Duplizität]中去了。）
但恰恰由此，即凭借对首要的同一性与统一性的追问，谢林被推出了最初的立场之外。他越来越多地使自然哲学向知识学（先验哲学，或者更准确地说，自我哲学）对齐。自我的各种行为（它们的活动与整体关联展现了知识学），乃是一些在自然中实存着的行为。“自然只[是]对于我们的知性而言才可见的有机物。”[140]不仅实在之物是通过观念之物而为人所知的，而且“观念之物又[必须]从实在之物中产生出来，并从实在之物出发而被说明”[141]。两种科学为一，而且它们只是被对立设置的两个方向而已。[142]
但事情甚至没有停留于此；并行（Gleichordnung）随即走向了先验哲学对自然哲学的从属（Unterordnung）。自我类事物（Ich-Wesen）本身只是整个有机体（Organisation）内部的一种有机物（Organismus）而已。因此，观念论之所以有理，乃是因为自我类事物的进程（这个进程是由自我类事物展现出来的）奠基于自然本身之中。观念论建构具有的规律性（Gesetzlichkeit）并非被附加于自然之上的、与自然并列的某种东西，而是作为自然之最本己的有机体的规律的、从自然本身中生长出来的东西。莱布尼茨！（就自然进行哲学运思=创造自然，将它设置到生成过程中去，而自我本身则只是这个生成过程的一个产物。——但要注意必然性与自由。）
由此首先得以显明的，就是谢林那里的发端方式（Ansatzes）充分起作用了。机械论已经在根本上被从这种发端方式中排除出去，而一种形而上学的唯物主义（metaphysischen Materialismus）也被排除了，然而此时这种将自我化解到自然之中的做法却令人踌躇（自由——命运）；有某种违背谢林本人的基本看法的因素出现了，尽管他起初完全为一种完整的自然建构而心醉神迷。
在谢林那里，自然的问题极其强有力地生发出来，然而它在本质上却又发生在费希特知识学和先验哲学这个相反的方向上。[143]他还在同时代人的框架内，在他不得不从中成长过、目前正在其中成长着的那个范围内，在应当被排斥的东西的范围内，进行哲学运思。他那里最原初的和本质的因素总是已经在那里了，然而还不自由。（燃烧之点是：同一性问题，同调性！绝对者！）
只有卡洛琳（Caroline）才使他找到了他的自我，亦即在他之中开解了哲学运思之整体。这不是说她给了他一些特别的念头和理念，而是说她仅仅通过她的生存的直接压力，这种压力超越了习俗、道德主义（Moralismus）和时代的趣味，也超越了凡夫俗子，而她的伟大的生命是与他一道完成的：“而这整个宇宙微不足道，或者说，我们在内心里认为自己是永恒的。”（1800年10月）[144]
在这位女士为他创造的新空间——仅仅通过她的此-在——内，他成长起来，也变得强健了，可以创造哲学之整体了，当然，这个整体只有到后来，才在他那里生长出来，并迫切地进行塑造。从写给谢林的一封信的一行文字中，可以看出这位女士本身所处的地位。[145]
在谢林本人看来发生着什么？他在《我的哲学体系的叙述》的“回顾”（Vorerinnerung）中表露心迹：“我多年以来都在尝试从两个完全不同的方面，自然哲学和先验哲学，来叙述我认之为真的同一个哲学，在那之后，现在我看到自己受到当前科学的情境驱迫，不得不先于我所期望的时间就公开提出体系本身，这个体系是我所作的各种不同的叙述的基础，我也不得不将迄今为止仅仅保留给自己，或许只与少数几个人分享过的一些东西，介绍给对这个对象感兴趣的所有人。”[146]
自然哲学与先验哲学或自我哲学的并行，要回撤到共同的基础之上去。在叙述的方式上，他自己“以斯宾诺莎为楷模”[147]。[148]
而且在这里，那种本质性的力量仍然没有大白于天下，这只是一个必要的过道（Durchgang），后者纯粹从方法上来看，在概念的穿透和问题格局的拟定方面还落在最后面。
在这个问题上，黑格尔已经在幕后另有谋划了。他在毫不动摇的沉静与信心下成长起来，与谢林那种激动不安和跳跃式的写作和推进形成了对照。