在万历时期，明朝政府成功地抵抗了日本的威胁，但几乎还没等到这一危险过去，他们又要面对满族人的威胁了。
满族人是一个跟女真人颇有渊源的通古斯民族。他们生活在满洲北部的森林空地中，在松花江流域，位于今天俄罗斯的普里莫尔斯克地区附近。这些森林猎人，生活在松树、冷杉和落叶松的浩瀚森林中，那里的气候寒冷而潮湿，最初被分裂为许多互相竞争的部落，但在17世纪初，一位强有力的首领努尔哈赤统一了这些部落，并建立了历史上的后金国。在那个时期，明政府占据着满洲南部，也就是奉天和辽东半岛。努尔哈赤发动了对明政府的战争，并在1621年和1622年占领了整个满洲地区。1625年，他建都奉天，在那里，今天依然可以看到他的陵墓。他甚至试图强行越过长城，但当他遭遇到耶稣会士们为明朝皇帝制造的大炮的时候，这一努力自然也就以失败而告终。
努尔哈赤的儿子皇太极（1627—1643年在位），是在远东历史上经常能找到的蛮族天才之一，他的身上，既有本民族的军事天赋，又有对文明生活方式的本能理解。他认识到，明王朝已经变得衰败堕落、根基不牢，于是公开表明了自己的雄心壮志：有朝一日要成为中国的皇帝。为了让人民配得上他所梦想的更好的命运，皇太极竭力给他们打上中华文明的光泽，就像另一位鞑靼征服者、伟大的忽必烈在三个半世纪之前所做的那样。在1629至1630年间的冬天，他进逼到了北京的城门口，但满族人在装备上尚未作好攻城的准备。然而，在撤兵之前，皇太极探访了从前女真金国的君主——12世纪的“金王”们——的陵墓，举行了庄严的献祭，他因为血缘关系跟他们紧密相连。这一意味深长的仪式，重新联结起了血族关系的传统纽带，宣布了满族人对北京城的皇帝宝座拥有合法的权利。在奉天，他的朝廷里有许多汉人顾问。1636年，皇太极登基称帝，成为大清王朝的第一位统治者。
然而，满族人的袭击无论给河北的乡村和不设防城镇带来了怎样的危害，但迄今为止对整个国家尚未构成严重的威胁。长城的东线堡垒（从山海关到宣化）依然被牢牢地控制在汉人的手里。要想把中原交到敌人的手里，还得继之以全面内战的国内革命。
北京城的明朝皇帝庄烈帝（1628—1644）是个温和文雅、好心肠、受过良好教育却又软弱的统治者。正像当中央政府变得软弱时中国经常发生的那样，叛乱随之蜂起，遍地硝烟。将士们不满自己的薪饷，农民们忍饥挨饿，由造反将领或大胆冒险家所率领的组织化大队盗匪开始劫掠乡村。这些冒险家当中，最富有才智的是李自成，他是一位受过教育的农夫。到1640年，他已经有效控制了河南和陕西，1644年，他挥师北京。当他逼近北京城的时候，发现皇帝的朝廷竟毫无准备。吴三桂将军所指挥的最精锐的皇家部队，驻扎在远离首都的山海关，在那里阻挡着满族人。李自成没有遇到什么正儿八经的抵抗，顺利进军北京城，叛臣们向他打开了城门。就在同一天，不幸的庄烈帝上吊自杀，以免活着落入敌手。
迄今为止，所有事情都朝着有利于李自成的方向发展，但这位大胆的冒险家并没有考虑到远在山海关的皇家大军，以及他们的指挥官吴三桂。刚刚听到北京陷落和皇帝自杀的消息，吴三桂就匆匆忙忙地与满族人缔结了停战协定。后者不但同意停止战斗，甚至还把一支精锐之师交给吴三桂，听从他的调遣，以惩罚叛乱者。当李自成听说边境上的大军已经和满族人联合起来一致对付自己的时候，不免大吃一惊，于是提出要跟吴三桂分享自己的权力。后者拒绝了这项提议，第一个回合就把李自成的大军打了个落花流水（在永平）。李自成为了泄愤，下令处死了吴三桂的父母；从那时起，这两个人就成了不共戴天的死对头。神圣的忠孝之情以及对复仇的渴望，使吴三桂丧失了最基本的审慎。他完全信任了满族人，与他们一起进军北京。就在他逼近京师的时候，李自成把皇家的国库洗劫一空，一把大火烧掉了皇宫，然后撤回了陕西。
吴三桂领着他的满洲盟军进入了北京城。接下来，他为满族人的合作对他们表示了感谢，并试图解散他们。但满族人很快就让他认识到了自己的错误：他们有10万大军在北京，同时来自奉天的新部队使这支大军不断得到增强。他们不理睬吴三桂的抗议，占领了北京的各城门。他们的国王皇太极在几个月前死掉了，留下一个6岁大的儿子作为继承人。满族人的首领们如今宣布这个孩子为中国的皇帝，年号顺治。这宣告了大明王朝已经失去了“天命”。
那位被满族人当枪耍的吴三桂将军，在形势的逼迫下也不得不接受现状，索性成了他们的同伙。满族人把陕西总督的肥缺给了他，条件是他必须把李自成赶出陕西。最近的一系列事件想必让吴将军深感愤怒，如今，他把怒火转向了他的杀父仇敌。吴三桂不依不饶地追击着李自成，迫使他后退到远离陕西的地方，最后，他组织了一场横跨河南、河北两省的名副其实的大围剿，以那位前强盗头子的死亡而告终（1644年）。
与此同时，北京城的摄政王大臣们（年幼的顺治皇帝的叔叔）正在组建满族人的政权。他们很明智地没有改变现有的政体，保留了各个不同的政府职位，并让原有的官员继续留任现职，只是在重要的职位上任命一位满族人官员，与汉人官员并列。剃光前额的习惯，被征服者强加给了汉人，这是标志鞑靼王朝继承大统的唯一符号。
北京清朝政府的权威，依然只是在华北才得到承认。一位明朝的皇子在南京称帝，整个南方都支持他。满族人在征服北京之后，首先关注的就是消灭这个抵抗中心。1645年春，清朝大军会师南京城下。那位新上任的明朝皇帝——等他想到求助于澳门的葡萄牙人的时候已经太迟了——在逃跑的过程中溺水而死。1645年5月9日，南京城被满族人占领。
中国明王朝的最后保卫者们躲到了浙江、广东等地，三位明朝皇子有幸逃过了这场降临在他们家族头上的灭顶之灾，他们试图组织抵抗。不幸的是，他们自己之间没能取得一致，在内讧中耗尽了他们最后的力量。就这样，满族人没费多大力气就征服了浙江和福建（1646年）。
在广东地区的腹地，抵抗力量坚持的时间更长一些。明朝的最后一位皇子朱由榔称帝，年号永历，定都桂林，那里是广西的山区。满族人进军桂林，但被明王朝的拥护者们给击退了，后者得到了葡萄牙人的增援，他们装备着大炮，在尼古拉·费雷拉的率领下从澳门赶来。事实上，正是因为葡萄牙人的介入，才保全了明朝的力量。葡萄牙人的插手不难解释，因为永历帝有一位最受尊敬的顾问就是个耶稣会士，名叫瞿纱微[1]。朱由榔的妻子也是个基督徒，施洗时取名安妮；他的儿子取名康斯坦丁，太后叫海伦。他们最忠诚的拥护者、英勇无畏的瞿式耜也皈依了天主教，取教名托马斯，这位基督徒军人，为南明王朝的末日增添了光彩。1650年，耶稣会神父卜弥格[2]离开桂林，代表南明王朝去欧洲请求基督教国家的帮助。但就在同一年，一支清军带着不惜一切代价征服两广的使命被派往南方。在他们逼近的时候，软弱无能的朱由榔惊恐不已，不顾瞿式耜的恳求，逃出了桂林。尽管被主子抛弃，手下的将士也逃掉了一半，但瞿式耜依然领着最后留下来的追随者保卫着桂林。城市最终还是被攻克了，战斗到最后的瞿式耜被俘。满族人遵循他们一贯的策略，试图获得他的支持，在毅然拒绝背叛主人之后，瞿式耜被斩首。由于他的英雄主义精神，征服者为他举行了隆重的葬礼（1650年）。不久之后，满族人攻克广州，朱由榔逃往缅甸（1651年）。
明朝大业最后的捍卫者是郑成功，荷兰人与葡萄牙人都叫他Koxinga（国姓爷，这是中国老百姓对他的称呼）。
郑成功是远东历史上最奇特的人物之一，是海上中国首屈一指的、也是与生俱来的代表，其在太平洋与印度洋各沿岸地区的扩张，是19世纪最重要的事件之一。郑成功的父亲郑芝龙是个普通渔民，后来成了一名海盗首领。郑芝龙的年轻时代是在澳门度过的，葡萄牙人在那里给他施洗；随后他生活在西属马尼拉，又从那里去了日本，在日本娶妻成家，郑成功就是这次婚姻的产物。回到中国后，郑芝龙成了一名为明王朝效力的海盗，在浙江、福建和广东沿海抗击满族人（1645年），后来被人出卖，成了满族人的阶下之囚，被押送到北京，从此再也没有回来（1646）。他的儿子郑成功发誓要为父亲报仇。郑成功扬帆出海，率领他神出鬼没的小舰队，16年来不屈不挠地对南部沿海各省的总督展开了海上游击战。
郑成功是从获取岸上的可靠根据地开始的。1653年，他建立了一支以福建的厦门岛为基地的海军。1656年，他攻占了崇明岛，那里控制着长江的入海口。1659年，他溯江而上，大胆地围攻南京城。被击退之后，他把注意力转向了台湾岛，自1625年以来，荷兰人就在那里扎下了脚跟。他在自己的厦门老巢集结了一支强大的舰队，于1661年4月30日在台湾岛登陆。1662年2月1日，在经过长时间的围攻之后，他攻克了荷兰人的热兰遮要塞。他爽快地授予总督所有的战争荣誉，却迫使荷兰人离开了台湾岛。正当郑成功计划以同样的方式从西班牙人手里拿下马尼拉的时候，1662年7月2日，竟以39岁之年过早地去世了。
郑成功的命运颇不平凡。一位华人基督徒与一位日本母亲的儿子，一位西班牙征服者的弟子，被外族入侵所迫而生活在本国的外部边缘，他的视野明显比他的中国同胞更为宽阔。他设想着在中国海上缔造自己的海上帝国，这一想法无疑是仿效西班牙、葡萄牙及荷兰的航海家们。他的这一努力，对历史学家来说颇有意味，它最早显示了此前的历史上绝不可能出现的某种东西：中国人的海上天赋。事实上，郑成功的冒险，可以说是开创了中国人大移民的新纪元，今天在南海的所有沿海地区都可以发现他们的足迹，从西贡到新加坡，从巴达维亚到马尼拉和夏威夷。这是一场极其重要的运动，其最终的重大意义迄今尚无法评估。
郑成功将其统治下的台湾传给了他的儿子郑经，郑经从1662年至1681年一直统治着台湾，未曾受到打扰。郑经死后，1683年，台湾被清朝的康熙皇帝统一。
【注释】
[1]瞿纱微（Andre Xavier Koffler，1603—1651），又名瞿安德，奥地利人，耶稣会传教士，1640年来华。
[2]卜弥格（Michael Boym，1612—1659），波兰人，耶稣会传教士。