前文说到太平军抵达了桂林，他们在桂林城外围攻了31天未果，只得放弃，前往湖南。清军将领和春率7000人追击。此后，5月22日，他们攻占了兴安，6月3日又拿下了全州。江忠源判断太平军会从全州沿江行进直扑长沙，于是他紧急赶往全州附近的蓑衣渡，那里河道狭窄，岸边林木茂密，正可以伐木为堰，无须土石，便可阻挡太平军去路。如江忠源所料，太平军果然乘小船蔽江而下，行至蓑衣渡，便遇上了伏兵此地的江忠源楚勇部队，双方厮杀了两天两夜，太平军损失兵力逾千，冯云山也在交战中阵亡。楚勇官兵放火烧了太平军的船队，后者被迫改道陆路，前往永州和道州，并于6月12日攻下道州。
太平军在道州停留了一个多月，其间有数千人前来投靠，他们的队伍有了新的生命力。这次补充兵员至关重要，太平军最终能抵达江宁也得益于此，但是它还是弥补不了大军在蓑衣渡所遭受的损失。冯云山死了，太平天国失去了最后一个有能力的、头脑清醒的领袖，再也没有人能把洪秀全和他的同伴们拉上正轨。冯云山阵亡给太平天国带来的打击不亚于失去洪大全。他与洪大全共同创建了帮会，其见地很可能并不比后者逊色，更重要的是，他在世人面前的形象不错，这对洪秀全有利。从后来的情况看，北王韦昌辉和翼王石达开可能也还算清醒，但他们没有力量去和杨秀清、萧朝贵抗衡。于是，冯云山死后，权柄完全握在了宗教狂热派手中，他们所推广的宗教对中国人来说是陌生的，并不能被多数人所接受，因此，它最终产生了负面作用，导致了太平天国运动的失败。
除此之外，蓑衣渡一战让朝廷看到了一个可以有效镇压太平军的办法。他们曾两次派出高级将领，率大队人马围剿太平军，结果都让太平军逃脱了。而在这场战役中，勇军实力看似与朝廷军队悬殊，但他们却成功守住了阵地，在太平军形势一片大好之时拦住了他们的去路，为守卫长沙争取到了时间。正是这类军队在曾国藩手下发展壮大，最终帮助朝廷赢得了胜利。只有尽快乘胜进攻，或者再出现天德王或冯云山那样的领袖，太平天国才有存活的可能。如今朝廷利刃在手，终于能够弥补体制上的致命缺陷了。
朝廷军队聚集到了道州，把太平军赶到了郴州。郴州是广州通往北方的必经之地，太平军于8月16日攻克了这座重镇，而就在前一天，他们还拿下了贵阳。天王和大部分兵力留守郴州，西王萧朝贵率一支分遣队的死士继续北上，企图攻取长沙。他知道此时长沙城防务尚未完善，趁机攻破应该比较容易。
结果，太平军整整攻打了81天，毫无结果。这场攻防战开始没多久，萧朝贵就被城墙上的炮火击中身亡，太平军只得在洪杨的率领下倾巢而出赶来增援。当时的湖南巡抚骆秉章和洪秀全一样，也是花县人。朝廷军队逐渐沿江而下，如果他们都和江忠源的楚勇一样能征善战，就完全有可能歼灭太平军。随后，太平军分别于11月10日、13日和29日3次引爆地雷，长沙城墙两度被炸开缺口，太平军企图从缺口扑城，但都因城内守军抵拒而失败。
太平军油盐断绝，四面又都有敌军营地，他们别无选择，只好决定放弃长沙，转向别处。就在大军撤离之际，天王“在长沙南门制造玉玺，称呼万岁，妻称娘娘。封东、西、南、北、翼王，封王在前，天王呼万岁在后。制造玺成，攻城未下，计及移营，欲由益阳县欲靠洞庭湖边而到常德，欲取湖南为家”。
太平军派先遣队向湘潭方向行军，绕山而行，再与主力会合。主力部队已于11月30日夜搭浮桥渡过湘江，西进益阳。朝廷军队上当，果然火速沿东安赶往湘潭，太平军终于得以脱身。此时距他们9月开始围攻长沙已经快3个月了。
他们在益阳截获了几千艘渔船，便乘船过临资口，越洞庭湖抵达岳州。在岳州，太平军缴获了吴三桂在康熙朝的三藩之乱中窖藏于此地的军火。岳州城的多数守军听闻太平军前来，早已提前出逃。12月13日，也就是抵达岳州的4天后，太平军攻下了这座城池。除了吴三桂留下的军火外，他们还另外截获了5000多艘船只，装备大大改善。他们紧接着沿长江行至汉阳，12月19日破城。他们放火烧了通商口岸汉口，随后便渡江攻打武昌。总督以守湖南为由未至，湖北巡抚已尽全力防御，此时从湖南赶来的向荣援军距离武昌城不过3里开外，太平军被夹在援军和守军之间，但双方似乎都不愿与太平军交战，加之连日阴雨，正好给了他们消极作战的借口，而太平军则正好借机布下炸药。1853年1月13日黎明，武昌城门被炸开，巡抚拼死抵拒，最终还是不敌太平军，以身殉国。
此时赛尚阿已被革职，徐广缙接任钦差，但他抵达长沙时，太平军已经撤离，他赶到岳州时，武昌已经失守。徐广缙因此被革职，其职位由向荣接任。
听闻武汉未有恶战而连失三镇，朝廷非常震惊，决定命琦善从直隶、陕西和黑龙江挑选骑兵步兵前去河南驻守，严防太平军进犯京师。早在1840年鸦片战争爆发之时，林则徐被革职，当时前去接任钦差的就是琦善。向荣此时殊荣加身，这才开始积极应战，若他早有这样的态度，武昌也不至于失守。太平军自认没有长期守住城池的把握，便赶忙调集了数千艘船，于1853年2月8日离开武汉，夹江东下。据说此时的太平军人数，男女老幼都包括在内，已经达到了50万人。上万舳舻蔽江而下的场景必然产生了不小的震慑力，太平军就在向荣的眼皮底下向着江宁进发，去建立他们自己的天国。
在太平军沿江东进途中，沿岸所经城镇无一不遭其抢掠。两江总督原本已抵达其辖区边界武穴，准备在此迎战，却突然又决定撤回江宁，一方面是出于畏惧，另一方面是由于他手中兵力太少。他先派了一个总兵前去拦截太平军，但此人很快败下阵来，于是两江总督和江西巡抚仓皇出逃。2月17日，没有设防的九江被太平军一举攻下。过安庆时，安徽巡抚死于太平军之手，布政使守城失败，2月24日，安庆失陷，布政使逃亡舒城，仅一周后，舒城被克。太平军连战连捷的消息搅得京师的大员们惶惶不可终日。总督出逃，江宁城的防守便应由江苏巡抚负责，哪知这位巡抚也借口战事需要，逃到镇江去了。3月8日，太平军兵临江宁城下，9日破城，江宁失陷。朝廷称八旗军拼死保卫内城，但事不久后密迪乐便从太平军口中得知，实际上满人纷纷跪地求饶，要除掉他们就和宰羊一样容易。
△第二次鸦片战争后，清政府与列强签署的《天津条约》辟汉口为通商口岸，武汉正式开埠。自此武汉先后设立了五国租界。
对太平军来说，接下来的问题就是继续北上还是留在江宁。天王和东王都主张立刻进军河南，这样也好躲避钦差大臣向荣的追击。处理完武昌的事务后，向荣便出发追赶太平军，追到九江时，因为没有船渡江，因此耽搁了。如果太平军能成功拿下黄河沿岸城池，日后攻打京师便有很大胜算。但是正如前文所述，军中有个船夫以河南多险阻为由加以劝阻，还说江宁是帝王之家，力劝洪秀全在此定都。洪秀全竟然听信了这个船夫的劝阻，打消了北上的念头。
如果那时太平军乘胜追击，要攻克京城也并非难事。但也许那个船夫所表达的是多数太平军将士的心声，他们不愿渡过长江远赴北国。自古以来，这道天堑就将中国南北一分为二，往长江以北走几里地，周遭气氛便完全不一样了；你会感觉到自己来到了北方。相比美国的梅森-迪克森线，长江更具有分界线的意味。太平军从广西一路跋山涉水来到江宁，尽管他们所宣扬的宗教在中国土地上就是个异类，但他们还是受到了百姓的欢迎，因为在百姓眼里，太平军能把他们从满人的统治下解救出来。然而，一旦渡过长江来到北方，也许一切都会不一样。北方是敌军的天下，他们只是陌生人，他们将无处招募兵员，来自朝廷和民间的抵抗也会更激烈。那个船夫所说的就是多数人的担忧。
只要洪秀全稍微有些胆识，便会断然否决船夫的提议。实际上北方的局势与南方一样动荡，那时捻军已经开始作乱，假以时日就会对朝廷构成巨大困扰；西北边境的回民也是蠢蠢欲动，随时都有可能揭竿而起。只需稍有些胆识和魄力，懂得如何应付那些有心起事的团体，太平军便有望成事，将满人赶下皇位。如此情形，让人不能不设想，倘若天德王和冯云山尚在，历史又该是怎生模样。
天京建都并未花去太平军太多精力，与此同时他们还占领了镇江和扬州两处战略要地。镇江乃是南北要冲，京杭大运河和长江在此交汇；而百里开外的扬州，运河穿城而过。漕粮要通过运河运往京城，所以，这两座城池可谓扼住了京师命脉。奉命攻打镇江、扬州的将领是林凤祥。3月30日，他攻下镇江，留罗大纲镇守，自己则继续率部北上攻打扬州。1853年4月1日，扬州被攻陷。没过多久，他又拿下与江宁隔江相望的浦口，以及浦口与扬州之间的地带，以巩固太平军对镇江和扬州的控制。
与此同时，在九江耽搁了5周之久的向荣终于在3月30日赶到江宁城下。此时的太平军防守森严，还控制着镇江，因此向荣只能在城外扎营，再作逐步攻城的打算。此后，长达11年，天京便一直处于清军的包围之中，这11年间，双方冲突不断，其间的刀光剑影、输赢胜败，我们就不一一细说了。清军在城外扎营一事并没有引起太平军的恐慌，但经年累月，他们的生活必然受到了影响，他们不得不把天京当成一座大营，因为长年来战火不断，天京是经常处于戒严状态的。本来军队可以随意进出城门，百姓良民要通过也是很容易。1860年后，外国的舰艇在江面上频繁往来。但是天京曾一度取消了原先的贸易活动，紧闭城门，守卫森严。城内百姓靠政府配给的口粮生活，每户人家出男丁为兵，随军往来征战。城内法度十分严整。
镇江和扬州是要塞，朝廷自然一心想要收复。所以琦善与直隶总督、漕运总督一道，率领4000骑兵和30000步兵，迅速在扬州城外扎了营。无奈太平军严防死守，朝廷的军队久攻不下。林凤祥就在他们的眼皮底下肆无忌惮将妇孺财宝运出城外送往天京，然后便留下曾立昌镇守，他自己则于5月22日率大军离开扬州，踏上了北伐的征途。
林凤祥的部队经过了滁州和临淮关，于5月28日破了扬州西北300里左右的重镇凤阳。接着，林凤祥又派出6支部队去攻打六合，想把六合与浦口之间的地区都置于太平军掌控之下。但是，六合的民兵乡勇们奋力相搏，林凤祥派出的部队损失惨重，无奈之下只得退守天京。
东王杨秀清旋即派出援军，林凤祥的军队与援军汇合后继续北上。清军将领胜保从扬州出发追击太平军，但他动身时北伐军已走出很远，因此一直没能追上。6月13日，河南归德府被攻克。19日，北伐军抵达省城开封，但攻城未能得手。各部撤围后继续行军，官军在后穷追不舍。7月1日，北伐军抵达汜水，滔滔黄河就在眼前。
事到如今，朝廷再也不能敷衍逃避了。清军必须把太平军挡在黄河以南，这关系着京师的存亡。朝廷授直隶总督讷尔经额为钦差，命河南、山东和山西巡抚襄助，又火速召来察哈尔的蒙古部队，黑龙江和陕西的骑兵也受调遣前来援助。朝廷军队一时兵多将广，太平军自知阵地难守，决定暗地里迅速转移，于是他们乘煤驳渡过了黄河。7月7日，北伐军开始攻打怀庆，却反遭闻讯赶来的官军袭击。官军共向北伐军发起了10次进攻，都未能将其歼灭。最后还是一场大雨帮了清军，北伐军向西逃窜，官军在后面追击，太平军殿后部队折损3000余人。河南被朝廷平定，北伐军则继续前进。
太平军一路向西，抵达山西垣曲后开始北上，并攻下了平阳府。讷尔经额被革职，由胜保任钦差，咸丰帝特赐神雀刀，凡贻误军情者，副将以下可以立斩。此时北伐军仅剩20000余人，但朱锡琨和许宗扬率援军从天京赶来，与北伐军会师。
与援军汇合后，北伐军以神速横扫山西，连克数座城池，清军闻讯十分惶恐。9月29日，北伐军经临洺关入直隶。在直隶大省，太平军照样势如破竹，10月1日克任县，次日破隆平、柏乡，4日下赵州，6日踞藁城，8日攻陷栾城、晋州，9日抵达深州。短短10日内，太平军行军300余里，拿下5座城池。钦差大臣胜保一直在追击太平军，从扬州一路追到深州，还有怀庆的几位将领也在后面穷追不舍。21日，清军对太平军发起攻击，太平军突围不成，但第二天他们就退深州向东逃窜，31日又攻克了静海县。但是，静海和附近的独流最后却成了北伐的终点，百里开外就是天津，但他们终究没能踏上这片土地。
回想太平军从广西出发，一路挥师北上攻下江宁，最后差点兵临天津城下，清军之无能，官员之怯懦，已经一目了然。当年的《京报》对各级官员的谴责可谓毫不客气，上至将军、督抚，下至州县长官，一到紧要关头，个个原形毕露。有的弃城而逃，有的称病不出，有的到了太平军兵临城下的时候才慌忙招募新兵，还有些官员处决了个把掉了队的太平军士兵，或是进了太平军的弃城，便谎报军情，向朝廷告捷。就连向荣、胜保也多有失责之处。向荣本来有几次机会可以歼灭太平军，但他每次动手的时候都已经错过了最好的时机，太平军深入北方时，他在一门心思围攻天京，却久攻不下。胜保在天津郊外追上了太平军，却又与他们拉开了距离，就是不上前攻打，唯恐吃了败仗遭到贬黜。
到了这种生死攸关的时刻，咸丰帝也顾不上自己与蒙古的种种恩怨，急召科尔沁郡王僧格林沁，命其率蒙古劲旅出京清剿。蒙古官兵与清军一道，将太平军挡在了静海和独流不得前进。朝廷军人多势众，当时又值寒冬，在如此恶劣的形势下，太平军依然与朝廷僵持了两三个月，但最后还是支撑不住，节节败退，撤回到黄河边上。此时天京已派援军北上，林凤祥又与朝廷军对抗了一段时间，最终于1855年被俘，其部队全军溃散。
就在林凤祥率军北伐的同时，洪秀全又派出了另一支军队，重新去攻占他们北上江宁途中所放弃的城池。这支军队兵分两路，分别由赖汉英和石祥祯率领，他们首先向九江发动进攻，然后经鄱阳湖抵达南昌。
与此同时，江忠源因在广西和湖南作战骁勇，在朝廷军将领中才能凸显，被任命为湖北按察使，并受命前往江南大营。5月14日，江忠源率3000官兵从武昌出发，沿长江东进，途中他得知太平军西征部队已经抵达南昌。南昌是湖南的后门，江忠源闻讯火速从九江掉头赶往南昌救援。抵达南昌后，江忠源企图冲散太平军的包围，但7月7日，太平军还是将南昌城墙炸开了缺口。城内守军拼死抵抗，太平军未能入城。南昌的围攻长达三个月之久，最后一次攻城失败后，太平军决定撤离，前往九江。江忠源一路追赶，依然迟到一步，九江被攻陷。但太平军不打算在那里久留，攻下九江后便继续溯江而上，在田家镇击败湖广总督，经黄州抵达刚刚修复完毕的汉阳。
与此同时，太平军的另一支西征队伍取道陆路，攻下了安庆。在翼王石达开和将领胡以晃的率领下，大军穿过安徽境内，荡平了一座又一座城邑。当年年底，汉阳的军队回师皖北，安徽省被太平军置于鼓掌。在曾国藩等人的举荐下，江忠源擢升安徽巡抚，赶往庐州，与胡以晃率领的10万太平军对峙。刘长佑和江忠源之弟江忠濬想赶来增援，却遭到太平军堵截，无法前行。1854年1月14日，太平军开始攻城，庐州城内将寡兵微，双方兵力悬殊。守军殊死相抗，庐州城最终还是被太平军攻破，江忠源投水自尽。
江忠源殉国，清廷失去了一名不世之将才。因为英年早逝，江忠源未登得名人堂，然而，正是他在广西沙场上第一次告诉世人，乡勇也可以成为平定变乱的重要力量；正是他在蓑衣渡口挡住太平军的去路，救长沙于危难，为这座省城争取到了布防的时间；正是他在星城一役中亲率楚勇坚守城池；也正是在他的启发之下，曾国藩才创建了湘军，并编练了水师，成为华中地区水上作战的中坚力量。若是江忠源的戎马生涯没有那么早结束，他的名字一定会与曾国藩、左宗棠和李鸿章并列，甚至位于诸公之首。正是有了江忠源的铺垫，才成就了曾国藩一生的伟业。
安徽被扫平后，东王杨秀清亲率大军溯江而上，企图攻下武昌，从而控制天京上游地带的长江制水权。湖广总督吴文镕督师挺进黄州堵截太平军。当时正值新年，吴文镕以为太平军会放松警惕，便于2月7日发兵攻打，不料却被太平军击溃，吴文镕战殁。太平军避开朝廷军队继续向武昌进发，而朝廷军则在新任总督指挥下退守武昌上游的金口，而武昌除了有士兵把守城垣外便毫无防御。1854年6月26日，武昌失守，自此，长江流域从武昌到天京全部处于太平军控制之下。