大陆和平为督政府的专政提供了喘息之机，却未能使它取得群众的拥护。既然战争重起，人们便把责任归罪于它，其领导人自然首当其冲。随着战事的接连失利，由热月党创始的政权便陷于困境。内战又将重开，入侵威胁严重，新的救国措施已被提上议事日程。最后一场反雅各宾运动将为军人专政扫清道路。
一、共和七年牧月三十日（1799年6月18日）事件
直到共和七年芽月初（1799年3月末），法国打了几次败仗，但任何一次都不足以使人忘记征服那不勒斯之战的胜利。然而选举对督政府相当不妙；去秋以来，由战争威胁带来的商业停滞和捐税加重，特别是征集新兵，使不满情绪更趋强烈。茹尔丹法的成效甚微表明了人们对服兵役的恐惧，且不谈这项法律在各地使骚乱闹得越来越凶。早已因宗教冲突而动荡不安的部分比利时乡村，无论在瓦隆地区或在弗拉芒地区，都发生了暴动，这场“农民战争”延续了两个月，局势陷于一片混乱。在法国本土，人们十分担心出现新的旺代叛乱，因而允许政府在西部暂不执行茹尔丹法；舒安党的活动仍有加强：夏托–贡蒂埃城于3月遭到突然袭击。在各地，抗命士兵和逃兵结帮成伙，凶杀事件日益增多。
广大舆论责备督政府挑起了战争，而雅各宾分子则指责督政府备战不力，听任反革命为敌人效劳。两院的多数议员对来自不同方面的责备并非无动于衷，他们对督政府的专政尤其不能容忍。督政府照例揭发王党和乱党的狼狈为奸，并为讨好资产阶级而把攻击矛头首先指向后者。弗朗索瓦·德·纳夫沙杜在一篇通告中说：“难道你们愿意看到最高限价法的再次出现吗？”人们仍按老办法准备选举，但已不如共和六年那么起劲，这大概因为官吏们觉得施加压力并不十分有效。候选人若是由官吏们推荐，往往在选举中反而落榜。那么，是否能再搞一次花月二十二日行动呢？两院的态度使人们不能作这样的考虑。有些选举人再次想搞分裂的选举人会议，但他们选出的议员都遭到排斥，缺额仍由原议会议员充任。
既然督政府主要同雅各宾派为敌，督政府的失败势必被看作是雅各宾派的胜利。实际情况却并非如此。人们将会看到，热月党仍占多数。他们起劲地反对督政府，甚至同雅各宾派协商推翻督政府，但他们并未改变自己政治和社会的倾向。危机将分三幕展开：第二届督政府的垮台；左翼表面上的胜利；猛烈的反雅各宾运动的胜利。
在选举后的几个星期里，共和国的形势变得十分危急：米兰和那不勒斯先后失守，瑞士已遭敌军入侵。对督政府的指责越来越凶：无能，犯罪，甚至叛逆。各州纷纷发来信件，明确指控原国防部长谢雷有罪。吕西安·波拿巴厉声斥责各驻军特派员，得到了将领们的响应。将领们同反对派的勾结不仅见诸报刊和演说，五百人院在危机期间提出的督政候选人名单中军人所占的位置也是一个明显的佐证：在名单的十名候选人中，陆海军将领就有七人。到了芽月末，当必须审查政府的财政措施时，督政府与两院的关系已紧张到了极点。谣传将发生新的果月事变，尽管这在当时是不可能的，因为政府同将领们的关系搞得很僵，而将领们也因吃了败仗而威信尽失。
在新的两院于牧月一日开会前，形势已对它们有利：勒贝尔离开了督政府，元老院让西哀士接替了他。大家知道西哀士与现领导势不两立，两派的敌对马上公开化了。大家还知道西哀士希望修改宪法，巴拉斯为他的当选助了一臂之力：特洛伊木马被送进了城。从柏林回来后，巴拉斯于牧月二十一日（6月9日）开始全面进攻，不到十天就达到了目的。人们可以怀疑，这只“革命的鼹鼠”大概早已策划了阴谋。
牧月二十八日（6月15日），普兰–格朗帕雷突然指出，要求督政府报告形势的牧月十七日咨文至今没有答复，五百人院应继续开会等待；元老院仿效五百人院，也不肯休会。当晚，特雷拉在共和六年的当选受到了攻击，理由是他离开立法团未满一年。这种意见在去年已被否决，因为期限的计算应从离职到任职为止，而不是到当选为止。特雷拉终于被赶走，终审法庭庭长戈叶进入了督政府，此人在共和二年曾任司法部长，被认为属于雅各宾派。牧月三十日，攻击再起，这次，矛头指向拉雷韦里埃和梅兰。前一天，西哀士和巴拉斯已敦促他们辞职，以免遭到弹劾。元老院也派出了代表团，劝说他们退让。梅兰首先屈服，拉雷韦里埃跟着顺从。接替他们的是由西哀士保举的罗热–迪科和由巴拉斯推荐的穆兰，后者是个默默无闻的将军和雅各宾分子。各部部长跟着全部开缺，塔列兰也不例外。
共和七年牧月三十日（1799年6月18日）事变不是一次政变：两位督政不敢无视合法的弹劾。这是热月九日事变的重演，它使两院能监督行政权，但又不凌驾于行政权之上或削弱行政权，正如当年国民公会对待热月党的救国委员会一样。在西哀士的坚持下，葬送旧政权的计划终于实现了；他所表现的灵活坚定与他在雾月十八日那时的委琐软弱恰成鲜明对照。
牧月三十日事变也是将领们所希望的。贝尔纳多特接任了国防部长，儒贝尔担任了意大利军团司令；尚皮奥内被释放出狱，负责组建准备同苏沃洛夫作战的阿尔卑斯军团。驻军特派员终于失去任何权力：拉皮纳提出了辞职。儒贝尔到达意大利后，将罗蒙遣送回法国。
最后，牧月三十日事变表示对花月二十二日事变的反动。三位新督政在花月事变中曾受处分。原救国委员会委员罗伯特·兰代出任财政部长具有象征意义。许多官员被解职，并由众所周知的雅各宾分子所取代，更加深了人们的印象。在元老院批准恢复出版自由以前，报纸已纷纷复刊。俱乐部也重新开始活动；其中最著名的一个就设在骑术院；五百人院已于共和六年从这里迁往原波旁宫。该俱乐部的第一位“召集人”正是曾卷入巴贝夫阴谋案中的德鲁埃。
二、雅各宾法
左派以共和国处境危急为理由，让议会通过了一系列法律，这似乎证明了雅各宾派的胜利；其实，正如国民公会时期一样，多数派的部分议员对此并非毫无觉察，加之他们受反对督政斗争的激发，已经意识到了这一点，他们正朝着新的革命政府的方向滑去。
由茹尔丹提议的穑月十日（6月28日）法实现了“大举征兵”：五批新兵已征召完毕，替代服役已被取消。据估计，应征入伍的新兵为二十二万三千人，实际出发的仅十一万六千人，约占总数的百分之五十一。一个月后，又一项法律规定改组国民卫队：这不是一句空话，因为国民卫队是用于镇压叛乱的机动部队。
在征兵的同时也征用财产。实物征用制如今已公开推广，督政府为此向各州当局发了通令。茹尔丹在建议征兵的同时，还让立法团同意发行一亿强制性公债。经过诸多周折，公债发行办法于热月十九日（8月6日）才确定下来。公债在缴纳地产税三百法郎以上的纳税人或流动收入在一万法郎以上的公民（收入数字由不需认购公债的公民秉公评议）中累进摊派，对投机收入从严要求，甚至可以责令其主人全部认购公债。
接着是穑月二十四日（7月12日）的惩治法或人质法。当立法团宣布某州全部或部分发生暴动时，中央当局应在流亡者和叛乱者的亲属中挑选若干人质，予以监禁；如有官吏、军人或国有产业购买者遭到杀害，督政府就把四倍的人质发送流放；此外，其余人质一概处以罚款或负责赔偿全部损失。政府发布了一项赦令，规定所有叛乱者，除为首者外，只要交出武器均可免予治罪；否则，捕获后立即解送军事法庭，一经验明正身，格杀勿论。
最后，在同一天，根据各方面的要求，提出了一项弹劾报告，确定对四位已开缺的督政官和谢雷进行弹劾。五百人院同意据此定罪，但按法律规定，需在三十三天预审期后，案件方可移交元老院。反对派有足够的时间进行抵制。
三、最后一次反雅各宾运动
在穑月末，反对派的力量已很强大；二十六日（7月14日），西哀士提出了第一次警告。他对救国措施并无反感，多数派也是如此，但有一个条件，这些措施必须由他自己执行，以便严格控制。雅各宾派惊呼，如果不在人民中唤起往日的热忱，新法律仍将是一纸空文；由此得出的结论是，他们要与人民共掌政权，至少也要让革命委员会再现。上面提到的牧月十八日报告建议像8月10日后那样派专人去外省促进地方当局，并特意补充说：这些人应在“正直和富裕的阶层”中选拔，“他们应保护人身和财产的不受侵犯”。在反对派方面，拉马克的话讲得同样明白：“一些人希望动员民众力量去打退野蛮人；另一些人害怕使用这股无比强大的力量，也就是说，他们怕共和派群众甚于怕北方的蛮族。”
大举征兵征实无疑在全国使恐惧和愤慨倍增；但这些情绪在唯一受到强制性公债打击的大资产阶级中特别强烈。兰代让一些银行家和军需商同意在账面上耍个花招，把一部分公债利息折算公债，培勒戈首先接受了这个要求。但一般说来，怨声载道和消极抵抗预示着公债必将失败，实际完成的认购额只到预计额的三分之一。许多有钱人将职工解雇，动身离开巴黎，一些手工工场即将关闭。
督政府及其拥护者最担心的还是有人对牧月下台的一伙人扭住不放，因为这会有重立断头台的危险。巴拉斯和西哀士开始成为攻击的对象；尤其是西哀士，有人说他在柏林同意放弃全部或部分新占国土和让奥尔良公爵或不伦瑞克复辟君主制。在多数派议员和将领中间，有人的确想到了复辟。但这个罪名对西哀士则无论如何也是担当不起的。大部分报刊、小册子和张贴都对着穑月的法律破口大骂。俱乐部分子也蠢蠢欲动，不惜采取挑衅行动，发表敌对言论；例如，茹尔丹在7月14日的祝酒词中公然提议“为举矛起义干杯！”纨袴青年前来骑术院门前闹事，双方大打出手。在卢昂、亚眠、卡昂等许多城市，类似的冲突扰乱了社会秩序，波尔多甚至发生了流血事件。尽管敌人说这是新的5月31日事件，左派却不能组织和举行一次群众性行动，因为群众在经历了长期的反动后已灰心丧气和麻木不仁。参加左派示威行动的仅有几百名依恋往日革命的手工业者、小店铺主和小职员。政府把全部行政机构抓在手里；在果月十八日后，它在巴黎留下了一支二万人左右的卫戍部队。唯一需要采取的预防措施是让多数派处于警戒状态，并以坚定的态度防止多数派出现分裂。这正是西哀士果断地去做的事情。
热月八日（7月26日），西哀士的一名同党科尔内突然要求元老院作出决定，任何政治团体不得进入立法团所在地。由于骑术院是元老院院址杜依勒里宫的一所附属建筑，俱乐部便迁往巴克街的教堂开会。继科尔内之后，给丹东帮过倒忙的科多瓦断言有人阴谋行刺督政官和召集国民公会开会。为此成立的调查组于热月十三日仅找出两张被认为煽动叛乱的公告，但仍提请督政府“执行宪法”。两天前，警务部长已由富歇担任，马尔波将军于二十四日（8月11日）被撤职，所遗第十七师师长的职务交给了勒费弗尔。就在那天，对“牧月下台的一伙”是否起诉的问题开始最后一轮辩论。富歇于二十六日封闭了俱乐部，起诉的提案于果月一日（8月18日）以二百一十七票对二百一十四票被否决；这就表明，如果西哀士没有采取果断行动使犹豫的人坚定起来，这个提案有很大可能被通过。从此，俱乐部便无声无息，左派的抱怨也纯属徒劳。西哀士同雅各宾派终于彻底决裂；两面不讨好的巴拉斯陷于孤立。
左派还有两次反扑的机会。在前将军鲁热和博罗伯爵的领导下，王党于热月十八日（8月5日）突然在上加龙州及其附近地区举行了暴动。暴动来势很猛，图卢兹一度被包围，但叛乱毕竟孤立无援：布尔蒙只是在8月底到达法国西部，起义日期确定在10月中旬。图卢兹自共和四年以来一直掌握在雅各宾派手里，轻易不能攻下；附近地方的共和派官吏又坚决抵抗，叛乱者在占了一点便宜后便逐渐溃散。最顽固的一伙于果月一日（8月18日）在蒙特雷若打了一仗，彻底失败。
消息于热月二十六日传到巴黎，正是俱乐部被封的那天。两院当即准许在一个月内实行按户搜查，后来又宣布许多州区处于暴乱状态，但未真正实施人质法。西哀士下令根据共和五年果月十九日法将三十四家王党报纸的主编遣送流放，但他乘机一箭双雕：第二天，另一项命令又以阴谋活动罪逮捕了十六家其他报纸的人，雅各宾派的报纸也被列入这个名单。
热月二十八日（8月15日），诺维一战失败，但其影响比果月十日（8月27日）英军在荷兰登陆为小。如果英军迅速向南挺进，就有入侵法国的危险，情况相当紧急。茹尔丹于二十七日（9月13日）建议五百人院宣布祖国在危急中。会场出现了混乱，议员上台发言受到了干扰：这是大革命中最后一次戏剧性的冲突。吕西安·波拿巴转而反对雅各宾派，多弩要多数派表明立场：宣布祖国在危急中或者纯属夸大其词，或者只是为了进一步采取已有先例可援的革命措施。布莱终于使五百人院同意推迟宣布的日期。然而，群众越聚越多，雅各宾派猜测贝尔纳多特或许会断然采取行动。平时好说大话的贝尔纳多特却害怕冒险，为自己留有退路。西哀士当机立断，用书面通知贝尔多纳特，督政府已接受他的辞呈，尽管他本人并未提出辞职。茹尔丹的提议于二十八日被否决。突然，法军接连打了几个辉煌的胜仗，从而使局势发生彻底改观，并使左派威信扫地。
四、秋季战役
卡尔大公在离开瑞士前，曾于8月17日试图打垮马赛纳，但未成功；法军30日的一次进攻也告失败。到9月初，卡尔只得服从命令，沿莱茵河南下，离开了战场。在英军的一再要求下，图古特同意让卡尔大公的部下霍兹率军二万五千人留守原阵地。霍兹守着林特河，科尔萨科夫进占苏黎世和利马特河。与此同时，勒克布在来自瓦莱的图罗部队的帮助下，已夺回格里姆赛尔和圣戈塔德两个山口，再次控制了罗伊斯河谷，前锋莫利托尔部抵达格拉里斯。苏沃洛夫直到9月11日才离开意大利，但退路已被切断。马赛纳暂时已无后顾之忧，等卡尔大公一动身，便袭击了利马特河的渡口蒂埃提孔，把科尔萨科夫的部队截成两段，将其右翼驱逐到莱茵河一带，把左翼围困在苏黎世。科尔萨科夫勉强脱逃，率领残部渡过了莱茵河。第二次苏黎世战役自共和八年葡月三日至五日（1799年9月25日至27日）持续了三天。
然而，苏沃洛夫在通过圣戈塔德山口后，步步进逼，紧追勒克布至阿尔特多夫。由于沿湖没有道路可通，苏沃洛夫只得翻过大山，与莫尔蒂埃部发生遭遇，刚打了胜仗的马赛纳赶来支援莫尔蒂埃。苏沃洛夫让罗森贝格对付马赛纳，自己率军进攻莫利托尔，莫利托尔沿林特河背水作战，在内费尔斯击退了敌军的冲锋。苏沃洛夫终于获悉霍兹打了败仗，便想取道阿尔卑斯山逃跑，全靠罗森贝格的奋力抵抗，挡住了马赛纳的前进道路，苏沃洛夫总算全师退回。已很疲劳的俄军于10月7日到达莱茵河边的伊兰兹，接着进驻福拉尔贝格。
英国远征军于果月十日（8月27日）在荷兰的赫尔德登陆；巴达维亚舰队不战而降，这是英军在远征中取得的唯一的一点便宜。俄国援军来到后，由约克公爵指挥。约克公爵的攻势于9月19日在贝尔根被布律纳指挥的法国和巴达维亚联军所阻。10月2日，布律纳撤向卡斯特里康姆；但在6日，他再次击退了敌军。奥伦治分子准备举行的暴动未能实现。海堤决口、阴雨连绵、供应不足和疫疾蔓延使登陆部队无法坚持下去。约克公爵于共和八年葡月二十六日（10月18日）在阿尔克马尔签署了一份撤军协议。俄军被运往泽西，准备在布列塔尼重启战端。
保罗一世对苏沃洛夫的失利十分不满，于10月23日下令召回俄军，同时致函奥地利，宣布断绝关系。反法同盟开始瓦解。
在一片胜利声中，法国又得到另一个奇迹般的消息：波拿巴于葡月十七日（10月9日）在弗雷儒斯登陆，正在返回巴黎的途中。这个消息引起了举国欢腾。“常胜将军”的回国终于使人确信，共和国已经得救了。
自从战争开始以来，局势似乎总离不开这样一个节拍：吃了败仗后要采取极端措施，打了胜仗又使这些措施成为多余；局势危急时，雅各宾派的地位必然上升，因为他们勇敢坚定；一旦危险过去，稳健派便轻而易举地取得胜利。如今，反动派又开始强硬起来。五百人院决定修改人质法和惩治流亡者法令。在元老院，一份报告于雾月九日（10月31日）建议用增加直接税的办法代替发行强制性公债。勒萨日–塞诺惊呼：“反革命已大功告成。”辩论在十六日和十七日继续进行；十八日那天本应接着辩论，想不到却发生了政变。