与法国对峙的英国并没有忘记，为了压倒对方，必须在大陆重新燃起战火。尽管德意志国家迟迟不肯动手，远征埃及和成立罗马共和国却为英国重建反法同盟提供了机会。已成为土耳其盟友的保罗一世从此能进入地中海，并以马耳他骑士团和那不勒斯王宫的保护人自居。那不勒斯已在纳尔逊的鼓励下开始了敌对行动，意大利的局势再次不稳，图古特也接受了俄国人的帮助。
一、俄国进入地中海
保罗一世同他的母亲一样憎恨法国革命。在康波福米奥协定后，他豢养了孔代的军队，并准许路易十八在米塔瓦安居。有人向他报告说，一些波兰的重要人物混迹在波拿巴的军队中，并受到法国驻维也纳大使的款待。他的近臣——其中就有约瑟夫·德·梅斯特尔——挑拨他对法国的仇恨。他同试图说服他皈依天主教的耶稣会教士结为朋友，并于1797年置马耳他骑士团在他的保护之下：他对该岛的陷落深为震怒，开始调兵遣将。1798年10月，骑士们推举他任大首领。鉴于那不勒斯处境危险，他决定给国王以支持。
这个方针并非纯属一时任性的产物。自从叶卡特琳娜扩张到黑海之滨以后，俄国的目光便转向地中海。保罗一世把克里米亚辟为对外的商埠，让希腊的商船在港口从事贸易；他十分希望能打开海峡的通道。这一经济政策只是自凯纳吉条约以来向奥斯曼帝国进行渗透的必然后果，这项条约给了沙皇为保护基督徒而进行干预的权利。土耳其的瓦解使沙皇有了得寸进尺的可能。塞利姆三世自1793年以来一直致力于建立一支现代化的军队，但他在许多省并不掌握实权。阿里·泰布兰在阿尔巴尼亚和埃皮鲁斯割据自立；帕斯万·奥格卢占有维丁，向亚得里那堡进军，并自封巴夏；杰扎尔统治着叙利亚；瓦哈比教派的首领阿卜杜勒·阿齐兹已征服了内志，并威胁着圣城和巴格达的巴夏。希腊人，特别是塞尔维亚人，也让人很不放心。前者利用土耳其在战争中的中立，趁机在地中海各大港口积极活动，并在那儿建立商业据点。他们从柯勒爱斯和来格斯的作品中知道了法国革命，并且看到了飘扬在爱奥尼亚群岛上的三色旗。至于被土耳其近卫军所激怒的塞尔维亚人，他们早已帮助了约瑟夫二世：卡拉–格奥尔吉和奈纳多维奇只求充当俄国人的帮手。
远征埃及使莫斯科的扩张取得意外的成功。土耳其在向法国宣战后，认为必须同俄国结盟，而这正是保罗一世求之不得的事。1798年12月23日协定为俄国开放了两海峡和奥斯曼帝国各海港，双方同意让进入地中海的俄国海陆军攻占爱奥尼亚群岛；科孚岛于1799年3月3日最后陷落。俄国在奥斯曼帝国的欧洲部分有了立足之地，取得了前所未有的有利地位。马耳他和那不勒斯已唾手可得，还有意大利的其他公国，这都将为保罗一世称霸地中海提供基地。
与此同时，那不勒斯的马丽亚–卡罗莉娜听信了纳尔逊的保证，下达了入侵罗马共和国的命令。此举使保罗一世深受鼓舞，他于1798年12月29日同那不勒斯和英国结为同盟，答应派兵前往那不勒斯和伦巴第。
二、意大利战争和帕尔瑟诺佩共和国
那不勒斯军队在奥地利将军马克的指挥下，于1798年11月26日占领了罗马，又取得纳尔逊的协助，在里窝那登陆。这一行动为革命宣传达到最大的成功作了准备。督政府向那不勒斯国王及其同谋撒丁国王宣战，撒丁国王退守卡利亚里。皮埃蒙特全境被占领。尚皮奥内带领其小部队自罗马退回台伯河。他在契维塔–卡斯台拉那一举歼灭了进攻的敌军，重返罗马，转而采取攻势，于1799年1月23日占领了那不勒斯。他对文职特派员费布尔特故意不予理睬。军队和许多军官一路上滥施劫掠；那不勒斯的凡尔赛——卡塞特宫——被洗劫一空；将领们夺占了那不勒斯全部的公有金库。尚皮奥内表明他以南意大利的波拿巴自居：他同资产阶级和开明贵族一起宣布了帕尔瑟诺佩共和国的成立，让资产阶级和开明贵族组织政府，自己只要一笔六千万的贡金。费布尔特提出了异议，要尚皮奥内尊重他的职权和督政府的意图。督政府不希望成立新的共和国，要把占领地留作交换的筹码，并下令进行深入的搜括，也就是说，恢复1796年的政策。费布尔特责令上交战利品，封存王室和追随西西里国王的流亡者的财产，并要全国按月纳贡。尚皮奥内予以拒绝，并把费布尔特逐走。督政府召回了两人，经调查后，下令逮捕将军，解送军事法庭审判。尚皮奥内的多名部下遭到了同等的命运，均被革职。督政府第一次对将领们采取强硬手段：将领们将为推翻督政府出力。
三、奥地利参战，反法同盟的性质
为了向共和国进攻，反法同盟必须有德意志国家的帮助。
格伦维尔本希望普鲁士能够出力，但普鲁士却闪烁其事。弗里德里希–威廉三世对督政府于1798年5月派来游说的西哀士也不予理睬。在“分界线”背后的普鲁士蒸蒸日上，居北德意志诸邦之首，它一面窥伺汉诺威，准备吞并纽伦堡，一面耐心地等着因放弃其贫瘠的莱茵属地而取得应有的补偿；它坚持中立，毫无内疚地为促使德意志帝国寿终正寝助一臂之力，戈尔不无嘲弄地为帝国填发了死亡证书。
图古特长期不肯表态，因为皮特对提供军费补贴很不积极。奥地利首相暗中同那不勒斯互通声气，却不给任何帮助。在没有普鲁士的条件下，他要确有把握地取得俄国的支持。在保罗一世出动第一支军队后，他终于作出了决定，让俄军从奥地利借道。当督政府以此作为宣战理由时，一个月的时间已经过去：共和七年风月二十二日（1799年3月12日），督政府向奥地利宣战，奥地利也就在未经签署任何条约的情况下，加入了反法同盟。法军立即占领了托斯卡纳，把庇护六世裹胁到瓦朗斯，庇护六世于8月在那里去世。
在革命的法国看来，4月28日的流血悲剧具有冲突的性质。那天晚间，当法国全权代表离开拉施塔特时，遭到了奥地利轻骑兵的袭击；其中一人让·德布里受伤逃命，另二人罗伯若和布尼埃当即丧生。督政府高呼“报仇”，指出谋杀事件是国王和贵族对共和国盲目仇恨的表现。其目的无疑是要使德意志帝国卷入战争，至少也要把南德意志的诸侯牵进去，因为普鲁士坚持置身事外。图古特知道这些王公根本不想打仗：符腾堡公爵弗里德里希二世陷于同省三级会议的纷争中不能脱身；于1799年接替查理–特奥多尔就任巴伐利亚大公的马克西米利安–约瑟夫担心哈布斯堡王朝不承认他的继承权。
第二次反法同盟终于形成了。瑞典的古斯塔夫四世最后加入，但不提供参战部队。图古特未签署任何协议。这次反法同盟比第一次更加脆弱。英国始终是同盟的轴心，至少应向俄国提供一笔二十二万五千英镑的现金军费，还有每月七万五千英镑的饷银。反法同盟一开始就有裂痕，在其拼凑过程中又增加新的裂痕，终于导致同盟的瓦解。格伦维尔向保罗一世保证，英国围困马耳他，但不打算占有该岛；格伦维尔终于争取到两海峡对英国商船的开放。人们怎能相信，英国资助莫斯科军费，竟是让后者称霸地中海？至于图古特，他之接受援助，却是为了夺得意大利。但保罗一世又怎肯拱手相赠？英国并不比沙皇笨，他只想从法国那里夺回荷兰，而奥国首相又对此不感兴趣。
反法同盟拥有足够的兵源；尽管俄国因距离太远仅派八万人前来西欧，同盟军在兵力上仍占优势。但他们的军事组织和作战方法没有任何进步。卡尔大公计划改编奥军，实行师团编制，因战争发生而未及贯彻。金钱尤其缺乏。保罗一世在位期间把债务从四千三百万卢布增加到一亿三千二百万，他还发行了五千六百万纸币。奥地利每年都有财政赤字，债务自1792年的三亿七千万盾上升到1798年的五亿七千二百万盾，军费开支全靠发行银行券，其流通量自1793年的二千七百万提高到1801年的二亿。
作为反法同盟的支柱，英国经济在1799年遇到了困难。随着金本位制的暂停执行，铸币在逐渐减少，小面额的银行券越来越多，通货略有膨胀；这与地方银行的增多有关，这些银行增发了货币和扩大了信贷。此外，汉堡在冬末发生的危机波及到了英国：伦敦一地至少有二十起破产事件；工业受到了影响；面包价格因年成不好而上涨。鉴于工人的骚动，皮特决定强化镇压措施，并把范围扩大到无产者：1799年7月12日的“结社条例”重申禁止罢工、结社以及旨在筹备或支持结社的募捐。年关将近，政府不得不向国外购买粮食，为此支出了三百五十万英镑。虽然如此，英国资本主义在政府的巧妙支持下，总算经受住了冲击。皮特被迫放弃了银行券的兑现办法，堵住了通货膨胀；但通货仍在增加，随着价格的上涨，企业避免了使督政府摆脱不了的那种银根紧缺的沮丧局面。国家财政状况仍然健康，银行通过接受适当数量的财政证券支持了国家的财政预算。
四、督政府的战备工作
从秋季开始，共和国立即准备抵抗，但其努力程度不能同救国委员相比。督政府不愿仓促投入战争也就可想而知了：当春天到来时，它还没有准备好。果月十八日使全民武装的问题重新提上议事日程；当时任议员的茹尔丹于共和六年雪月二十三日（1798年1月12日）提出了一项草案，经退回修改后，于果月十九日（9月5日）才被通过。茹尔丹法或征兵法规定，除共和六年雪月二十三日前结婚者外，二十至二十五岁的男子均有服兵役的义务。这项法律使1793年8月23日的征兵令具有永久的性质。应征服役的新兵登入国防部的名册，并根据出生日期分作五等。如果需要用兵，立法团先确定人数，国防部长则从最年轻的开始，按数召用。另一项法律取消了1793年以来采用的各项免征规定。
不久，共和七年葡月三日（1798年9月24日），决定征发新兵二十万人。征兵工作又一次遇到了极大的困难。户籍登记已经散失或者不很完整；体格检查没有具体规定。国防部长在适龄青年家长中找人组成审查委员会，产生了众所周知的弊端。开列全国的应征名单实际上是不可能的。共有十四万三千名新兵经审查合格，留下的缺额依旧很大。可是，真正前往兵站报到的仅九万七千人；新兵按小分队向各军团输送，这为逃兵开了方便之门。最后，约七万四千人到了部队，占总数的百分之五十一。共和七年芽月二十八日（1799年4月17日），立法团下令补足缺额，同时对征兵法作了重大修正：允许应征青年提前集中，实行自愿报名或抽签决定。被确定的人选可找人替换。这也就回到了1793年2月的征兵办法。可是，仅七万一千人应召报到，其中五万七千人去了前线。
督政府时期的军队早已是一支职业军队，随着新兵入伍和实行混编，军队又有了共和二年那时的某种平民性质。但是，在会战开始前，新兵尚未完全到达，因而部队也就不像以往那样在兵力上占有优势。军需供应不能令人满意；为解决新兵的服装、装备和武器等问题，立法团出售了价值一亿二千五百万的国有产业，共和七年的增税法大体上也反映了这方面的努力。时间已经太晚，供应仍嫌不足。新兵不能整装出发，原有的军队在备受搜括的附庸国和敌国驻扎，生活条件十分困苦。在意大利，军需物资主要来自占领不久的皮埃蒙特，那里也已被罗掘俱空。
五、1799年的春季战役
新的战争在作战方针上没有一点新思想。茹尔丹率领多瑙河军团四万五千人进入南德意志，贝尔纳多特率三万人沿莱茵河中段掩护其左翼。谢雷从意大利驻军十万人中只能抽调四万五千人沿阿迪杰河列阵。处在两人中间的马赛纳将占领格里松斯州，继而进逼蒂罗尔。法军全线出击，没有利用瑞士的地理位置，在那里集结大量机动兵力；而这本可以使法军任意向意大利或德意志扑去，从而稳操胜券。人们可以想到，奥地利军队是同样的守旧。卡尔大公率七万五千人驻巴伐利亚，克雷率六万人驻威尼西亚，另留二万人守蒂罗尔。他们似乎不知道他们兵力的优势，等着俄军到来，再采取进一步行动。图古特的外交考虑使战役迟迟不能全面展开，这种零敲碎打的作战方法同旧时代的战争一模一样。
相比之下，马赛纳打得最出色：他占领了格里松斯州；但在进入福拉尔贝格后，即在费尔德吉柯失利。茹尔丹步步为营，前锋抵达康斯坦次湖，于3月25日在斯托卡克向卡尔大公进攻，失败后率军退回莱茵河，并提出辞职。卡尔大公没有乘胜追击，因为图古特派他前往瑞士。谢雷攻下了帕斯特朗戈和里沃利两个要塞，但他向维罗纳的包抄行动却因配合不周遭到了重大损失。4月5日，谢雷在马尼亚诺遇敌军进攻，未决胜负即行撤退，不加抵抗地一直退到阿达河，接着把部队交给了莫罗。克雷并未紧追不舍，他等着苏沃洛夫率俄军一万八千人前来主持军事指挥。苏沃洛夫这位老将因在俄土战争和在波兰作战中屡战屡胜而闻名，他带兵有方，但不是一位战略家。他于4月25日至27日向阿达河的渡口进攻，在卡萨诺等处强渡该河，歼灭了塞律里埃师团。莫罗撤出米兰地区后，在亚历山德里亚收集残部。苏沃洛夫在米兰举行了隆重的入城式，派出相当数量的部队分散布防，于5月12日才向莫罗进攻，战果不大。与此同时，法军再次后撤至热那亚和康尼奥。督政府的对内和对外政策使法军在意大利吃了亏。主张意大利统一的人通常持雅各宾派的观点，他们因对督政府的立场感到失望，转而站在反法同盟一边。拉贺兹将军向法军开了火；皮埃蒙特的雅各宾分子组织了暴动，与旧制度的拥护者并肩作战。
莫罗指望同麦克唐纳会师，后者正历尽艰辛把那不勒斯军团从暴乱丛生的意大利半岛带回。莫罗没有要麦克唐纳直接向自己的防区靠拢，而让他在亚历山德里亚附近等着会师。麦克唐纳翻越了亚平宁山后，在特雷比亚河岸被苏沃洛夫阻住去路。自6月17日至19日激战三天，麦克唐纳未能突破防线，便重新翻过大山，沿海岸曲折前进，到达热那亚。已经进抵马伦哥的莫罗率军后退，同麦克唐纳会合。
德意志和意大利前线战事的失利牵动马赛纳跟着后撤；他退出格里松斯后，由于卡尔大公已渡过了莱茵河，便继续退至利马特河后方。6月4日，面对敌军的进攻，他赢得了苏黎世首次战役的胜利；但为谨慎起见，他又回渡利马特河，放弃苏黎世城，而在莱茵河和楚格湖之间布防，侧翼以利马特河和苏黎世湖为掩护。然而，由于勒克布被迫放弃了圣戈塔德和罗伊斯河谷，马赛纳的后方可能被来自意大利的军队所包抄。
夏季到了，人们以为会有几场大仗要打。结果却完全不是如此：同盟诸国的政府花了几个星期讨论作战计划，在计划未定前，各支部队便在原地作战。苏沃洛夫围攻的几个要塞，包括曼图亚在内，纷纷投降，其迅速程度令人难以置信，这在法国激起了人们对背叛的厉声斥责。苏沃洛夫接着粉碎了儒贝尔的反攻，后者已前来担任意大利军团司令，莫罗留任副职。儒贝尔因急于返回巴黎——西哀士准备让他扮演政治角色——尚未完成军事集结，便于8月5日攻打诺维。战斗刚开始，儒贝尔率先阵亡。莫罗挡住了敌军，但损失兵员近三分之一，不得不连夜撤退。苏沃洛夫占领皮埃蒙特后，遵照沙皇的旨意，让查理–埃曼努尔的官吏复职，并准备入侵多菲内。
苏沃洛夫的做法不合图古特的心意；在图古特的眼里，苏沃洛夫只是一个普通的帮手，他打算独自主宰意大利的命运。奥地利的文职官员拒绝承认撒丁国王派出的接收人员。图古特对意大利南部的局势也深感不安。麦克唐纳在那里仅留下少量部队，一支英国舰队进入了那不勒斯港口；吕复主教正发动农民起义；俄国和土耳其军队从科孚岛源源运到。首都的守卫部队被困在堡垒中，于6月终于投降。纳尔逊撕毁了协议，对爱国的资产者和贵族进行残酷镇压。但国王费迪南并不以此为满足：他想部分地或全面占有教皇的领地。他的部队于9月开了进去，奥军也立即从北方侵入教皇领地。
英国倾向接受沙皇关于扶植意大利正统王公的主张，但它尤其希望反法同盟诸国集中力量夺回瑞士和尼德兰。伦敦开始希望复辟波旁王朝，反革命分子如同以往一样积极卖身投敌。维克海姆又回到瑞士居住，他正准备在弗朗什–孔代和法国南部发动暴乱；布尔蒙准备再次挑起西部的叛乱；还有人打算收买巴拉斯。英国政府坚持要把法军逐出瑞士，并从勃艮第入侵法国。英国把意大利交给了图古特，换取卡尔大公同意对马赛纳作战，又说服保罗一世派科尔萨科夫率另一支俄军二万八千人接受同一项任务。为了抄法军的后路，它还建议苏沃洛夫离开意大利和向圣戈塔德推进。这正合图古特的心意。人们对沙皇说，解放瑞士各州的功绩堪称欧洲的救星，这个理由把保罗一世说服了。
这一计划尚未执行，英国却用另一个计划相阻挠：夺回荷兰和比利时。沙皇早在5月已同意派兵一万八千人参加约克公爵准备的远征。图古特对奥属尼德兰的兴趣本来不大，但这些领地一旦从法国手中夺回，他当然要据为己有：7月30日，卡尔大公接到离开瑞士和向美因兹推进的命令。由于俄军在9月才能赶到，卡尔大公并不急于去冒危险，整个8月仍用于讨论作战计划。
同1793年一样，同盟诸国的行动迟缓给了共和国找出对策的时间。法军将领不顾督政府的命令，坚持认为在夏末前不能采取任何行动，而在此期间，战争早已使法国国内局势发生了决定性的变化。