6月4日下午晚些时候，和煦的阳光照在海面上，但展现在山本和宇垣眼前的是他们做梦也没想到的一派死亡和毁灭的情景。附近的日舰之间的联络也反应出局面混乱得令人寒心。
16：55，南云下令“滨风号”驱逐舰舰长折田常雄海军中佐“与‘矶风号’一起为‘苍龙号’护航，同时向西北撤退”。但5分钟后“矶风号”舰长丰岛俊一海军中佐却用无线电向第四驱逐舰分队司令有贺海军大佐请示：“‘苍龙号’已失去航行能力，我该怎么办？”
半小时后，有贺命令丰岛“在‘苍龙号’附近待命”，还问：“如果火势得以控制，它是否还能航行？”
等到18：00仍没有回答，有贺再次发报给“滨风号”以及“加贺号”的另一艘护航舰艇“舞风号”：“‘加贺号’和‘苍龙号’是否有沉没的危险，请回答。”2分钟后，忠实可靠的丰岛对第一个问题作了答复：“靠自身动力航行已没有希望了。幸存者都已转移至我舰。”
大约600名幸存者上了“矶风号”。由于该舰负载太大，丰岛不得不命令他们不要随意走动，以免发生倾覆。他的命令其实有点多余，因为从“苍龙号”上下来的几乎全是伤员，“矶风号”上一片凄惨的号哭与呻吟。许多人虽然从“苍龙号”上死里逃生，结果却在“矶风号”上命归黄泉。不断有人死去，尸体被一具接一具地抬进一个单独的舱室。
18：30，正当中途岛的轰炸机向机动部队的巡洋舰发动攻击时，南云收到“筑摩号”灯光信号报告说，4艘敌航母及其护航舰艇正向西航行。显然是由于这些令人不快的动向，有贺才无可奈何地给守护“赤城号”和“苍龙号”的驱逐舰发报说：“各舰要保护自己分管的航母，防止敌潜艇及特混舰队的袭击。如敌特混舰队真的来攻，就采用打了就跑的战术消灭之。”
这样的信任实在是令人伤心——命令两艘驱逐舰与一支特混舰队交战并消灭之，可是这两艘舰上满载着数百名死里逃生的幸存者，其中许多是伤员，而且舰体的吃水已齐到舷边上缘。
当落日开始把它那美丽的粉红色余晖轻轻地撒向太平洋时，保护“苍龙号”的驱逐舰正与它保持着一段距离，小心翼翼地绕着它航行。一架美PBY在炮火射程之外盘旋，跟踪这艘受创的航空母舰，但并无攻击企图。19：00左右，“苍龙号”上的大火似乎有所减弱。幸存者中官阶最高的军官着手组织人员灭火，企图回到母舰去拯救它。准备登舰的人员还没动身，该舰上又发生一次剧烈爆炸，把驱逐舰震得猛烈摇晃。一股通红的火苗直冲被夕阳映红的天空。它似乎是“苍龙号”的英魂，正挣脱那受伤的钢铁躯壳而直冲云霄。驱逐舰上有人本能地高喊着向它告别：“‘苍龙号’万岁！”听到这一声喊的人，个个热泪夺眶而出，都跟着喊起来。“苍龙号”渐渐无声无息地从海面上消失了。大约10分钟后，幸存者们又感到水下发生一次猛烈爆炸。随后海面逐步恢复了平静，夕阳把空荡荡的海面照得通红。
在几海里之外的蓝色海面上，“鹦鹉螺号”潜艇的潜望镜留下了一道白色浪迹。布罗克曼海军中校站在自己的岗位上，津津有味地看着这艘他已跟踪近3小时的航母逐步停下来。航母的舰体平稳，舰壳似乎没有受损。起初他看到的烈火和浓烟似乎得到了控制。他还看见舰首前方海面上有只小船，有人企图把一根拖缆甩上去，另外他还看见前甲板上很多人在忙碌着。
在布罗克曼面前有3个可供选择的攻击目标——受损的航空母舰和它的2艘护航舰艇。它们在那艘航母前方约2海里处，被布罗克曼当成了“巡洋舰”。他认为“鹦鹉螺号”靠蓄电池为动力，无法对两艘快速“巡洋舰”进行长距离追击，所以就决定结束这艘航母的性命，免得它的舰员把它修复或拖走。他谨慎地以潜望镜深度接敌，向航母靠舰桥的右舷方向迂回，以寻机攻敌。他和军官们反复核对日美双方航母侧视图，满意地发现那是一艘“苍龙”级航母。
实际上，布罗克曼对这几艘舰艇的识别是大错特错的。被他认为是“巡洋舰”的那两艘其实是“萩风号”和“舞风号”驱逐舰，那艘航母是“加贺号”，其上部结构和“苍龙号”一样在舰右侧。虽然“加贺号”比“苍龙号”大得多，但从潜望镜看到的“加贺号”很容易被误认为是“苍龙号”，而不会被当成“飞龙号”，因为“飞龙号”的上部结构在左侧。
13：59，布罗克曼在距那航母3400码处发射了第一枚鱼雷，又在稍近处发射了另外两枚鱼雷。他确信3枚鱼雷全部命中，因为14：10敌航空母舰通体是火。
这个错误不难理解，一厢情愿的如意算盘是个重要原因。实际上有两枚鱼雷脱靶。当一枚鱼雷直扑“加贺号”而来时，通信参谋三屋看见一道翻滚的白色浪迹，心想这下这艘航母要寿终正寝了，于是屏气默祷起来。他的祷告有了灵验，因为那鱼雷击中舰体后断成了两截，没有爆炸。它的弹头沉了下去，但后半截像一块巨大的软木浮出了水面。在附近踩水的几名幸存者向这只天赐的救生筏游去，感恩戴德地抓住它，其中还有个人爬上去骑在它上边。看见自己的同伴把美国鱼雷当马骑，这些落水者不禁哈哈大笑，一时忘却了眼前的烦恼。
布罗克曼看见的那场大火，也许是航空母舰上厚厚的油漆涂层燃烧所致。火从下午开始烧，接着蔓延至全舰。在随后的两个小时里，“鹦鹉螺号”的日子很不好过。它在全力规避“萩风号”长时间、近距离的深水炸弹的攻击。“萩风号”舰长岩上次一海军中佐熟练自如地指挥自己的驱逐舰，如果深水炸弹投放得再深一点，那么“鹦鹉螺号”的历险就到此结束了。实际上，潜艇里发生了几处小渗漏。艇员们曾听见潜艇上方一阵奇怪的响声，仿佛有人在艇身上拖了一根链条。甲板上曾两度传来重物撞击的闷声。声呐操纵手报告说，指示器上到处显示有螺旋桨的响声。原来这时正是“萩风号”从它上方驶过。
“艇长，真是诚则灵啊！”一个炊事值勤兵在“鹦鹉螺号”脱离危险海区后虔诚地说。在此后很长一段时间里，他每天都要准备一段布道的说教贴在布告栏里。
与此同时，“加贺号”上天谷海军中佐的消防人员与不断蔓延的烈火继续搏斗，但越来越无济于事。易燃的油漆把大火引向全舰的各个部位，诱发了炸弹库以及机库里炸弹和鱼雷的爆炸。剧烈的爆炸气浪把人，甚至把舰上的钢板，都像火柴杆一样掀进了大海。
病员舱里，一位年轻少尉带着几名卫生兵在奋战。大火阻断了他们同舰上其他部位的联系。少尉命令一个姓冈本的卫生兵想办法把伤员转移到安全的地方，冈本找了一通之后向少尉汇报说，所有通道都被阻断。少尉说了声“谢谢，你费心了”，随即无可奈何地闭起眼睛。
但一位老资格的士官说：“我们不能束手待毙，可以从舷窗出去。”卫生兵把伤员从舷窗往外推时，天花板已经着火。他们尽量多推出一些伤员，接着他们自己也脱了险。这名英勇的士官急中生智，救了许多人的性命，但他自己纹丝不动。他知道自己块头太大，不可能从舷窗挤出去。冈本爬出舷窗，纵身跳进海里，被一艘驱逐舰救起。
时间已刻不容缓，天谷必须作出决定，而且是个非常难作的决定。他不是海军，但凭自己的常识，他觉得他和他的航空兵弟兄们不但帮不了“加贺号”的忙，反倒成了累赘。他们对于这艘大型航母的复杂操作技术一窍不通，更何况这又是一艘受了重创的航母。现在谁也没时间教他们。不过富有实战经验的海军航空兵也是宝贵的财富，他们将来更加难得。天谷的理智和实事求是的爱国精神支配着他，要他带着飞行员们离开“加贺号”，准备重新战斗。
但是另一方面，天谷也感到一股难堪的压力，使他想到了自杀，因为处在他当时那种境况，自杀符合日本人的传统做法。不管他是航空兵还是什么兵，因为官阶最高，他担任了“加贺号”的指挥。在帝国海军中，当时仍保持着古代的传统：舰长与舰艇共存亡。日本男子认为，他们是神明所选中的，属于优等民族，比其他人有教养。他们头脑中的这一自我形象是根深蒂固的。他们认为任何结局都比成为众矢之的好。日本的宗教、法律及社会习俗都不反对自杀——而是恰恰相反。天谷想，人早晚总有一死。如果一死了之，他对“加贺号”及其舰员、对自己飞行员所负的责任就会一笔勾销，而且还能在靖国神社里占上一席之地，成为帝国的守护神受到天皇祭祀。他的全家也会因此得到荣誉，受到优待。如果逆此传统而行，则需要实事求是、思维清晰和勇敢无畏三者兼而有之的特殊品格。
天谷完全具备这几种素质。“加贺号”已无法挽救，这已越来越明显。天谷命令飞行员和地勤人员尽可能离开这艘航空母舰。16：40，他下令弃舰后，自己也跳进海里，向一艘驱逐舰游去。后来他曾解释说：“尽管我们一直受到这样的教育：日本海军军人即使在最危险的情况下也不能离开舰艇，我还是作出了弃舰决定，因为我认为，这些技术熟练的飞行员死了是无法补充的，应当把他们保留下来，将来他们可以再次参战。我认为这才能更好地为天皇效力。同时我还认为，舰艇的命运最好由舰长或在他阵亡后由接替他的指挥官来决定。”
17：15，“萩风号”电告有贺：“天皇的御像已安全转移到我舰。因水兵们都接到弃舰命令，我舰已将他们全部收容。”这项报告不很准确。航空母舰上有800余名人员或已阵亡，或被烈火封在甲板下无法脱身。
17：50，另一艘护航驱逐舰“舞风号”电告南云：“‘加贺号’已无法行动，幸存者都被接上我舰。”南云旋即将此惨讯向在西边很远处“大和号”上的山本作了报告。
10分钟后，“鹦鹉螺号”再度升起潜望镜观察战场的情况，看见那艘航空母舰上浓烟滚滚，黑色烟柱高达1000英尺。观察到这一情景的那位军官认为，这一场面与珍珠港事件中“亚利桑那号”遭袭后起火燃烧的情形很相似。从“加贺号”上下来的人看见航母上浓烟升腾，时而冒出长长的火舌，无不泪流满面、悲痛万分。“加贺号”也像“列克星敦号”一样曾经是一艘使人愉快、惹人喜爱的舰船。19：00，三屋看见它由于两次剧烈爆炸，似乎要跃出水面。接着，它开始下沉，但它的舰体始终保持着平稳。它于19：25完全沉没。
16分钟后，“鹦鹉螺号”浮出水面，发现那艘航母已不见了踪影。这时它的蓄电池电量已用尽，于是回到巡逻海区。42颗深水炸弹都没伤着它。潜艇上的人误认为他们击沉了“苍龙号”，个个喜笑颜开。
在“苍龙号”和“加贺号”沉没后的较长一段时间里，“飞龙号”还没到不可收拾的地步。21：00，“卷云号”驱逐舰还向南云报告说：“‘飞龙号’航速可达28节。”然而，由于舰桥上难以立足，无法进行驾驶，这艘军舰终于停了下来。舰桥外的悬吊弹盾着了火，山口、加来和参谋们被迫撤到飞行甲板上，聚集在靠舰桥后部左侧的地方，舰桥前面的飞行甲板上烈焰腾腾，钢质铆钉像雪一样融化，火舌透过铆钉孔向里钻。
“卷云号”尽量靠近“飞龙号”——可是由于靠得太近，它的桅杆被已向左倾斜15°左右的航母撞断。海面上波涛起伏，救援工作特别困难。伤员中有上午袭击中途岛后带着腿伤返航的加藤觉海军大尉。他被转移到驱逐舰上后，由于伤腿必须进行截肢，他们在舰上的洗澡间里给他作了锯腿手术。
久马尽量与他手下的轮机舱人员保持联系，但所有逃生通道全被大火封住，所以他只好通过传声筒大声鼓励他们：“要坚持！坚持下去！”他听到的最后一声回答是：“没有特殊情况要报告。”后来他又多次想恢复联系，都没成功。他认为机舱里的人已全部牺牲。其实这时他们已全部转移到附近一个没有传声设备的舱里。
大火唯一没有烧到的地方是飞行甲板的左后部。这时活着的人全部聚集在那里。久马向首席参谋伊藤建议，无论如何也要把山口转移到安全的地方，必要时拖也要把他拖去。
伊藤答道：“即使把他硬拖下去，我敢肯定这个意志坚强的将军以后还会自杀，因为他已决心与舰共存亡。比较妥善的办法还是让他自己决定。”
当时，所有参谋都表示愿和长官生死与共，并推举伊藤为代表将众人的意愿转告山口，但山口坚决反对，他对伊藤说：“诸位愿与我同生共死的美意使我不胜感动，甚为欣慰。但你们年轻人必须离舰。这是我的命令。”
5日凌晨02：30，加来下令“弃舰”。20分钟后，山口和加来向舰上大约800名幸存者作了诀别讲话。山口讲的大意是：他身为第二航空母舰战队司令官，对“飞龙号”和“苍龙号”的损失应负全部责任，因此他决意留下。但他命令他们全部离舰，以继续报效天皇。他讲完后，众人“对天皇表示了敬意，高呼万岁，随后降下了战旗和帅旗”。
仪式进行完之后，伊藤根据久马的建议，向山口将军求索一件纪念品。山口脱下军帽递给伊藤，接着又和加来一起与参谋们作诀别之饮，喝的是从旁边一艘驱逐舰上送过来的一小桶水。
加来于凌晨03：15，即宣布“弃舰”45分钟后，下令全体撤离。这道命令已不能再晚了，因为此时航母实际已成了一座“浮动的化铁炉”。不过，撤离工作进行得从容不迫，有条不紊。32伊藤和久马两人最后撤离。他们顺着挂在左舷边的一根绳索攀援而下，上了一只小船。这时久马再也忍不住了，眼泪扑簌簌地直淌。从1940年12月起他就跟着山口，在他手下工作的时间比其他参谋都长，他所崇敬的将军还在舰上，他是不忍心离开的。他说：“长期以来，我一直很崇拜他。我至今还认为，他是我一生中所遇到的最了不起的人。”
山口走上了天谷所勇敢否决的那条自杀道路，成了日本家喻户晓的传奇人物。哪个日本人要是对山口说三道四，那就等于承认自己不喜欢喝茶、讨厌樱花，是令人咋舌的。但是，只要不是感情用事的人都可以看到，山口让自己的参谋人员以及800名舰员在烟火弥漫、严重倾斜的航空母舰上站上半个多小时，一味地只想着杀身成仁，这无疑是帮了敌人的忙。在总结中途岛战绩时，历史女神克利俄把日本方面损失了山口这样有魄力、有前途的海军将领列入了美国方面的重大战果。
04：30，撤退完毕。05：10，“卷云号”发射鱼雷击沉“飞龙号”。“卷云号”舰长藤田勇海军中佐已无暇观察航母的下沉情况，因为他收到第十驱逐舰分队司令阿部俊雄海军大佐的命令，要他立即驶离，赶上联合舰队。
“飞龙号”的故事还没有到此结束。07：30，宇垣致电阿部：“‘飞龙号’是否已沉没？希望报告事态发展情况及该舰位置。”南云闻讯后立即派“长良号”上的一架飞机飞往击沉“飞龙号”的海面上空，以查明这艘被弃航母的现状。飞机到达该海域上空后，看到的只是一片汪洋。但是，与此同时，从奉“大和号”之命寻找机动部队的轻巡洋舰“凤翔号”上起飞的一架飞机，发现“飞龙号”仍然漂浮在海上，并且拍下了几张照片，更重要的是，该机还报告说，在烧坏的舰上还有人。
山本将此讯转告南云后，南云立即派“谷风号”驱逐舰去营救幸存者，并说如果“飞龙号”还漂在海上，就将它摧毁。但本书很快就要谈到“谷风号”遭到斯普鲁恩斯的俯冲轰炸机袭击的情况。等胜见基舰长摆脱敌机时，“飞龙号”已永远消失了。
当然，“飞龙号”沉没时，并不是在舰上的人都死了。6月18日，一架巡逻的美PBY向中途岛报告说，发现一个救生艇上面有人。赛马德立刻派水上飞机供应舰“巴拉德号”赶赴现场。该舰此行没有白跑，因为它抓到了一批俘虏。他们是“飞龙号”的轮机长和另外34人，其中大部分是机舱人员，少数几个锅炉房人员，还有一名电工。至少有两名俘虏跟美国人说的是假名字，因为“飞龙号”轮机长是相宗邦造海军中佐，而美国人审讯记录上写的却是荣造中佐。62几乎可以肯定，那个自称“梶岛”的海军大尉就是渊田的老朋友金崎和男。他后来对渊田说，他被俘虏后用了假名字。除此以外，在中途岛上接受为期两天的审讯中，他们都表现得非常坦率，问他们的问题也都只是些“有直接战术价值的”。
他们向美国人提供了准确而有价值的情报。不过，关于他们自己如何脱险一事也许更加有趣。他们显然还不知道“飞龙号”已被击沉，也不知道是什么把它击沉的。他们被轮机舱里的烟呛得实在憋不住了，就冲到上一层甲板。上去之后，他们发现舰上只剩下他们这些人了，以为上司把他们甩下不管了，心里很反感。其中“梶岛”更是如此。他们既没看见加来，也没看见山口，只看见“凤翔号”那架飞机，以为有了得救的希望，情绪有所好转。他们跳进海里，向一只救生艇游去。“飞龙号”这时正在下沉。他们有3个人的手表是日本时间06：07-06：15之间停的，由此可见，“飞龙号”的沉没时间是6月5日09：00左右。
救生艇上有硬饼干、奶油、水和啤酒。显然，轮机长认为，即使在救生艇上也是“官阶高的享有特权”，因为他自己“略有些多吃多占”，有些俘虏对审讯他们的人透露，他们曾因此而想把当官的扔进海里。这批人原有39个，后来有4个在海上的长期磨难中死去，还有1个死在“巴拉德号”上。其余的全部被空运到珍珠港，然后转送至美国本土各战俘营。战俘们都不愿再回日本了，也不愿让日本政府知道他们被俘的事，而宁愿被当成随航空母舰一起遇难的人。