搜查总部把剧作家曾根晋吉视为杀害芝村美弥子的嫌疑犯是根据下面几点：
晋吉与美弥子有男女关系，两人利用芝村参加游艇比赛的时间，到京都旅行，这一点晋吉已坦白承认。
不过，他说在饭店屋顶观赏大文字之间，美弥子不知不觉失踪，这说法不自然。
就算她要单独去别的地方，应该会先告诉他一声，这一点晋吉自己也感到费解。假定她在屋顶遇见熟人，担心泄漏与晋吉同来的事实而暂时躲开过后也一定会回来。况且她的皮箱留在旅馆房间，这一点晋吉和搜查当局同样感到不明白。
然而，她在屋顶失踪的事实没有第三者知道，这件事只根据他的供述而已，他并没有告诉饭店的人，翌晨大约八点，双手提着女伴和他自己的皮箱，一声不响的离开。
这岂非不自然？不错，正如晋吉所说，因为是秘密的情爱旅行，不能告诉人，这是可以了解的心理状态。但这情况不寻常，是女伴失踪了。她对京都的地理不熟，当然也没有认识的人，这晋吉也知道，这个女人不声不响的失踪之后，一直没有回来，所以应该想到这女人发生了重大的变故。然而，他却没有采取任何对策。至少，他应该告诉侍者或女服务生，让饭店方面寻找。这方面的行动，他完全没有做。只打电话给柜枱，说妻子好像外出，是否有留言？而这只是他片面之词，柜枱方面并没有记忆。并且翌晨就单独逃避似的离开了饭店。
抵达东京站后，晋吉把美弥子的皮箱寄放于车站，为什么不带回家呢？大皮箱不容易处理，随便丢弃马上引起麻烦。他是打算杀人后再从容的取回皮箱去处理吗？事实上，到目前为止尚未取回来。
美弥子被绞杀的尸体，在晋吉家附近发现。
再说，他的行动可疑的是，十七日回到东京以后，管家妇说，晋吉回来时脸色苍白。不但非常疲乏，而且神经兮兮，一副焦虑不安的样子，这是典型的行凶后凶手的态度。
行凶时间认为是在十七日晚上，晋吉于下午六点左右离开家里，坐计程车到有乐町，进入电影院观赏洋片“消失”。约两个钟头后出来，到△△大楼屋顶的啤酒屋喝了三杯生啤酒，然后坐计程车回到家时是十一点左右。电影院和啤酒屋都客满，没有遇见熟人。这是晋吉的说明。
经过调查，当夜电影院和啤酒屋确实都告客满，尤其是啤酒屋，挤满了人，没有人记得晋吉的容貌。电影院的售票员、收票员，以及观众都不认识他。除非他奇装异服，或言行怪异，否则平凡的他，如同空气一样，不会引人注意。电影“消失”演了很多天，也许晋吉去京都以前就看过。他知道电影的故事和各种场面，并不能绝对证明是十七日晚上去看的。计程车司机也同样不记得每位乘客的容貌。换句话说，这些情况都不能成为不在现场的证明，同时也不是被怀疑的人可以主张不在现场的条件，即使晋吉看准这些条件，也并非不当的推测。
晋吉单独居住，白天虽然有管家妇在，但她到傍晚就回去了，晋吉所说的在电影院和啤酒屋的十七日晚上，家里只有他一个人。不论他做什么事，都没有人看见。即使八点左右事先约好的美弥子到家里来，消磨一段时间后，于十一点左右路上无人时，带她到附近的杂木林中散步也同样没有人知道。
搜查总部方面认为晋吉有杀害美弥子的动机，与有夫之妇的恋爱容易发生这种事故。女方对男方产生爱情时，对丈夫的背信感往往会促使她奔向对方，燃烧生命。不道德和不健全的行为总是随伴着甘美的绝望感。
在这方面，男人则会保护自己，恋爱的方式是以男的追女的开始，后来就反过来。男的于是害怕女的，最后不得已，只好消除她才能永远摆脱她，这种例子的犯罪太多了，尤其是有知识的中年男人，极端害怕会引起身败名裂的麻烦。
那么，这次的情形是怎样的？问题是在晋吉为何单独从京都回东京，为何在观赏大文字的晚上，美弥子不和晋吉在京都的饭店度过？
这情况可能从开头就在晋吉的计划之中。换句话说，一起住在饭店，一起回东京的话，杀害她的形迹就历然显现。如果是在屋顶突然失踪，不再出现，事后他就可以辩称完全不知道她的行踪。为此他故意提着她的皮箱离开饭店，坐新干线回东京，把她的皮箱寄放于车站，也解释为是他要让人以为美弥子真的在京都的饭店突然失踪。
晋吉为了这个计划，找藉口说服美弥子，让她当天晚上单独住在大阪或附近的饭店吧？她对晋吉所说的话，一定盲目相信。
京都的饭店无法确认美弥子是否走出去，因为那天晚上参观大文字送火的人太多，玄关和大厅都是人潮，第一次住宿的客人不说一声就离开，旅馆方面无法知道。因此，美弥子听从晋吉的话离开，一定是在大文子开始点火后，也就是下午八点至九点之间。然后第二天，美弥子依言抵达东京，于下午八点至九点之间单独访问晋吉家。换句话说，美弥子想必全部依照晋吉的话行动。从饭店屋顶失踪的行动，第三者愈觉得不可解，晋吉的安排愈具真实性。
基于这些因素，搜查总部推测是晋吉所犯的罪。
然而，同时出现反论，最大的原因是没有任何的证据。因此，在不得已的情况下，想到是否是别人所犯的罪行？
换句话说，假定晋吉有谋杀美弥子的动机时，那么，杀人动机更加强烈的，应该是美弥子的丈夫芝村。如果他知道妻子的行为（虽然芝村说他完全不知道），那么，他杀死妻子，把杀人罪转嫁给偷妻者是十分有可能的事。
在搜查会议席上，听到此说时，大部份的人都笑了。动机方面是不错，可以了解。然而，扬帆到三宅岛回来的芝村，于午后一时半抵达油壶港口，报告同船的上田伍郎落海的事后，就因疲劳与沉痛而昏迷，然后直接被送入横滨的A医院，在医院住了三天。到美弥子遇害的十七日午后一点半以前，他是在海上，其后就在医院。病房除了医师以外，护士频频进出，芝村的公司职员也有数人在休息室，要偷偷溜出医院是绝对不可能的。
纵然身为老板的芝村想收买职员证明他不在现场，一个人也许可能，好几个人一致共谋是极为困难的事。一定会泄漏秘密，而且将来这些职员之中必定有人对老板产生反感。这样的风险，芝村不至于不知道。
再说，从横滨到目黑，车速再快，往返也要两小时以上，如果路上车辆多时就更费时间，加上行凶时间至少也要二、三十分钟，总共大约要三个钟头，不可能离开病房这么久。即使职员肯帮他做证，也无法掩饰频频出入的护士们的眼睛。此外，芝村累得昏倒的程度，当天不可能偷偷离开医院去杀人。芝村的杀妻之说，当然就这样被一笑置之。
搜查人员严厉地追问晋吉，但晋吉始终否认，他说美弥子在饭店屋顶失踪时，未通知饭店的原因是基于他的特殊立场，而详细叙述他当时的心理状态，一再辩称未把美弥子的皮箱留在饭店，以及寄放东京车站，都是这种心理的延续，绝非如搜查方面所猜测的是预谋。他并且强调十七日晚上到有乐町看西洋影片“消失”，和到啤酒屋喝啤酒都是事实。他说如果找到载他到有乐町的计程车司机，就可以得到证实。
虽然警察也在寻找，却尚未找到那两名计程车司机。
搜查人员确实尚未掌握强而有力的证据，晋吉的嫌疑，几乎都是搜查人员根据推测组成的。因此，即使送检恐怕也不会起诉。
虽然如此，搜查方面仍不能释放晋吉，因为尚未有嫌疑比他重的人出现，除非发现更可疑的人，否则暂时不能释放他。
在留置所中的晋吉非常昂奋，期待他在昂奋中泄漏某些真相的刑警也不少。
更糟糕的是完全查不出被害人的行踪，她到底从京都的饭店屋顶到什么地方去了？假使正如猜测，十六日晚上是单独住在大阪附近的饭店。然而，到目前为止，尚未有旅馆或饭店来通报有类似她的女性住宿的消息。此外猜想她是当夜单独回东京，所以调查过东京和横滨一带的旅馆，却得不到证明。当夜北上的新干线、特快车等各班车的服务人员也都查问过，毫无结果。
如果假定晋吉是在十六日晚上在京都杀害美弥子，然后带回东京，那么，从他单独回东京的行动来看，这假定就不能成立。把尸体包装后，从京都运回东京，再拿到目黑的杂木林掩埋的想像，从搜查的情况来考虑时，更是荒唐无稽。