《黄檗山寺志》初修于明内阁首辅叶向高重兴山寺之后。清顺治九年(1652年)，隐元禅师在圆悟、通容禅师和居士林伯春、僧行玑所襄辑的旧志基础上重修本志。清道光三年(1823年)，住山僧清馥、道暹再次重修。现存的本志系民国十一年(1922年)的重刻本。
