道藏本及明鈔本刻本並無目錄，此畢氏所定，依意林為第十六卷，今從隋志，別為一卷。
卷之一
親士第一
脩身第二
所染第三魏徵群書治要引篇目同。
法儀第四治要引篇目同。
七患第五治要引篇目同。
辭過第六治要引此篇文并入七患篇，疑唐以後人所分。
三辯第七黃震、宋濂所見別本，以上七篇題曰經，蓋宋人所加。
卷之二
尚賢上第八治要引篇目同。漢書藝文志顏師古注引作「上賢」。
尚賢中第九
尚賢下第十
卷之三
尚同上第十一漢書顏注引作「上同」。
尚同中第十二
尚同下第十三中興館閣書目云「一本自親士至上同十三篇」，即此。黃震、宋濂所見別本，以上六篇題曰論，亦宋人所加。
卷之四
兼愛上第十四漢書顏注引同。
兼愛中第十五
兼愛下第十六
卷之五道藏本六同卷。
非攻上第十七
非攻中第十八
非攻下第十九
卷之六
節用上第二十漢書顏注引同。
節用中第二十一
節用下第二十二闕
節葬上第二十三闕
節葬中第二十四闕
節葬下第二十五
卷之七
天志上第二十六
天志中第二十七
天志下第二十八
卷之八
明鬼上第二十九闕。漢書顏注引作「明鬼神」。
明鬼中第三十闕
明鬼下第三十一
非樂上第三十二
卷之九
非樂中第三十三闕
非樂下第三十四闕
非命上第三十五治要引篇目及漢書顏注引，並同。
非命中第三十六
非命下第三十七
非儒上第三十八闕
非儒下第三十九
卷之十
經上第四十晉書魯勝傳墨辯注敘云「墨辯有上下經，經各有說，凡四篇」，即此。
經下第四十一
經說上第四十二
經說下第四十三
卷之十一
大取第四十四
小取第四十五
耕柱第四十六
卷之十二畢云：「舊云十三同卷者，梵本分帙如此。」詒讓案：此明人編入道藏所合并，非古本也。畢謂梵本，亦非。
貴義第四十七治要引篇目同。
公孟第四十八
卷之十三
魯問第四十九
公輸第五十
□□第五十一
卷之十四
僃城門第五十二明吳寬鈔本無目錄，其當卷篇目，以僃城門為五十四，僃高臨為五十五。冊末，吳氏手跋云「本書七十一篇，其五十一之五十三，五十七，五十九之六十，六十四之六十七，篇目並闕，當訪求古本考入」云。是吳所據舊本實如此，則當闕五十二、五十三二篇。末知孰是。
僃高臨第五十三
□□第五十四依僃城門篇所列攻具十有二，臨第一，鉤第二，則此篇疑當為僃鉤。
□□第五十五僃城門篇十二攻具，衝第三，則此篇疑當為僃衝。詩大雅皇矣，孔疏引有僃衝篇，蓋唐初尚未佚也。
僃梯第五十六
□□第五十七十二攻具，梯第四，堙第五，則此篇疑當為僃堙。
僃水第五十八
□□第五十九十二攻具（一）。水第六，穴第七，突第八，空洞第九，蟻傅第十，今唯闕僃空洞一篇，其次又不當列水突之閒，豈為後人所貿亂與？
□□第六十
僃突第六十一
僃穴第六十二十二攻具，穴在突後，此篇次與彼不合。
僃蛾傅第六十三
（一）原誤作「其」，據文義改。
卷之十五
□□第六十四十二攻具，轒轀第十一，軒車第十二，則當有僃轒轀、僃軒車二篇，其次當在此。
□□第六十五
□□第六十六
□□第六十七
迎敵祠第六十八
旗幟第六十九「幟」俗字，王念孫校改「職」。
號令第七十九章筭術衰分篇，劉徽注引篇目同。
雜守第七十一
畢沅云：桉舊本皆無目，隋書經籍志云「墨子十五卷，目一卷。」馬總意林云「墨子十六卷。」詒讓案：馬本梁庾仲容子鈔，見高似孫子略。則是古本有目也。考漢書藝文志云「墨子七十一篇」，高誘注呂氏春秋云七十二篇，疑當時亦以目為一篇耳。藏本云闕者八篇而有其目，節用下，節葬上、中，明鬼上、中，非樂中、下，非儒上，是也。當是宋本如此。而館閣書目云「自親士至雜守為六十一篇，亡九篇」，恐是八訛為九。又七十一篇亡其九，當存六十二，而云六十一，亦二之訛也。其十篇者，藏本并無目，亦當是宋時亡之。然則宋時所存實止五十三篇耳。詒讓案：荀子修身篇，楊注云「墨子著書三十五篇」，疑當作五十三篇。或唐中葉以後此書即有闕佚，篇數已與今本同也。然詩正義引僃衝篇，則尚存其目，而不知列在第幾。太平御覽引有僃衝法，正在此篇，則宋初尚多存與？詒讓案：御覽多本古類書，不足證北宋時此書尚有完本也。南宋人所見十三篇一本，樂臺曾注之，即自親士至上同是。而潛谿諸子辯云：「上卷七篇，號曰經，下卷六篇，號曰論，共十三篇。」詒讓案：此即中興館閣書目所載，別本書錄解題亦箸錄。黃氏日鈔諸子云「墨子之書凡二，其後以論稱者多衍復，其前以經稱者善文法。」又吳師道戰國策校注五，引兼愛中篇「楚靈王好士細腰」數語，云「今按墨子三卷中無此文。」三卷者，別本也，古墨子篇數不止此。是陳直齋、黃東發、吳正傳所見墨子皆止十三篇本也。又有可疑。夫墨子自有經上下、經說上下，在十三篇之後。此所謂經，乃親士、修身、所染、法儀、七患、辭過、三辯七篇，與下尚賢、尚同各三篇文例不異，似無經論之別，未知此說何據？以意求之，或以經上下、經說上下及親士、修身六篇為經。詒讓案：南宋別本不如是，畢說非。其說或近，以無子墨子云云故也。詒讓案：此說亦非，詳親士篇。然古人亦未言之。至樂臺所注，見鄭樵通志藝文略，而焦竑國史經籍考亦載之，似至明尚存，詒讓案：鄭、焦二志多存虛目，不足據。卒亦不傳，何也？若錢曾云藏會稽鈕氏世學樓本，共十五卷七十一篇，內亡節用等九篇者，實即今五十三篇之本，內著闕字者八篇，錢不深核耳。
洪頤烜云：墨子今本十五卷，自親士至雜守，凡七十一篇，內闕有題八篇，無題十篇。據陳振孫書錄解題稱漢志七十一篇，館閣書目有十五卷六十一篇者，多訛脫不相聯屬，是無題十篇宋本已闕，有題八篇闕文，在宋本已後。讀書叢錄。詒讓案：道藏本即從宋本出，有題八篇，宋本蓋已闕，洪說未塙。