以上略述朱子之经学，以下当续述朱子之四书学。
在宋代理学家心中，四书学亦即是经学，而四书地位，尚尤较其他诸经为重要。首先提出四书而赋以极崇高之地位者为二程，朱子毕生，于四书用功最勤最密，即谓四书学乃朱子全部学术之中心或其结穴，亦无不可。
《大学》是否当分经传，其所谓经，是否为孔子之言而曾子述之。其所谓传，是否为曾子之意而门人记之。《中庸》是否为子思所著以授孟子。古代儒家传统，是否乃是孔曾思孟一线相承，如二程之所言，朱子之所定。此皆大有论辨余地。但四书结集于程朱，自朱子以来八百年，四书成为中国社会之人人必读书，其地位实已越出在五经之上。而读四书，则必兼读朱子之《论》《孟》集注与《学》《庸》章句，已定为元明清三代朝廷之功令。据此事实，朱子四书学所影响于后代之深且大，亦可想见。本章则只略述朱子完成此四书集注与章句之经过。
朱子有言：
语孟工夫少，得效多，六经工夫多，得效少。
此一条，即已把宋以下之孔孟并重代替了汉以下之周孔并重，把四书地位来代替了五经地位。换言之，乃是把当时之理学来代替了汉唐之经学。所谓六经工夫多，得效少，据上述朱子经学一章，已可明得其大概。至谓语孟工夫少，得效多，此语似更易明白，不用多讲。但朱子一生所用于语孟之工夫实不少。较其所用于五经者，实更多出百倍。朱子乃是效法汉儒经学工夫而以之移用于语孟，逐字逐句，训诂考据，无所不用其极，而发挥义理则更为深至。我所谓朱子乃给经学与理学而一之者，亦于此益见。盖朱子之四书学，乃是其理学之结晶，同时亦是其经学之结晶。朱子以前之理学家，其说语孟，多是以孔孟语作一起头，接着自发己意，缺乏了一种经学精神，其势将使理学与儒家传统脱节，亦如先秦诸子之自成一家而止。朱子四书学，重在即就语孟本文，务求发得其正义，而力戒自立说。而后孔孟儒家大传统，得以奠定。此即是一种经学精神。然在朱子语孟集注学庸章句中，终不免有许多自立说之处，此乃是一种理学精神。故曰朱子之四书学，乃是给经学与理学而一之。使经学益臻于邃密，理学益臻于深沉。
朱子年十三四时，即从其父松韦斋获闻二程说语孟义。至年三十四，成为《论语要义》一书，是为朱子四书学之最先著作。先乃遍求古今诸儒说，合而编之。后则独取二程与其门人朋友数家之说，而曰毋牵于俗学，毋惑於异端，此为朱子独遵二程以求孔孟大义之第一步。
至朱子四十三岁，又成《论孟精义》。此书仍如《论语要义》，独取二程及其朋友门人凡九家之说。惟由《论语》扩及《孟子》，又改要义称精义。然当注意者，朱子至其时，仍只采前人说，不自立意。又于二程门下诸家，谓其浅深疏密毫厘之间，不能无少异于二程。然又谓读语孟，不可便谓其所收诸家精义都不是，都废了，须借它做阶梯去寻求。此时朱子在大体上，仍是从程门上窥二程，从二程上窥孔孟。惟于程门诸儒，已渐悟其有失师旨。
至朱子四十八岁时，《论》《孟》集注《或问》成书。此时，朱子已认《精义》中说得没紧要处多，故只约其精粹妙得本旨者为《集注》，又疏其所以去取之意为或问。至是而朱子始自出手眼，尤于二程门下诸家说多所摆弃。
《或问》中于诸家说多有驳正，为恐使学术风气趋于轻薄，故不以示人，独在其门人间私相传录。但其后《集注》屡有删改，《或问》不及随之不断增修，故遂中止。今于朱子四十八岁后《集注》之不断删改，与其对诸家之续多驳正处，只有读《语类》，尚可窥寻其一二。
前所收之精义，至朱子五十一岁时，又改称为要义。盖至其时，朱子已见所收精义未必精，而仍不要都废了，故又改称要义，乃与其三十四岁时作为《论语要义》时取名要义之意又不同。盖先之称要义，表其重视。后称精义，表其更重视。后又改称要义，则表其不复如称精义时之重视。反复之间，却可表出朱子学识思想之与年而俱进。
今再综述此一番经过，其先为《要义》与《精义》，皆是一依二程为主，而旁及二程之朋友与门人者，最多只九人。嗣为《集注》，乃始自出手眼。其《论》《孟》集注与其《学》《庸》章句之最后定稿，征引诸家，自汉以下凡五十余人。专就《论语集注》言，亦有三十余家。较前为《精义》时增出甚多，此是一大转变。又其引诸家，或因其说有病，而加增损改易，非其本文，此已不得专以会集诸家视之。又有同时引两说，因其皆通，故并存之，惟每以列前者为稍胜。又于注下用圈，圈下复有注，则多认为是文外之意，只于正文有发明，或是通论一章意。其价值自不如圈上之注为正式阐明孔孟本旨者之更重要。而所引二程说，亦多列在圈下，此是朱子亦不认二程说为尽得孔孟之本旨与正义也。故朱子又自说：
集注乃集义之精髓。
集义乃是精义要义之最后改名。此时乃既不称精，亦不称要，只称集义，则只是集此诸家之说而已。自有理学，伊洛以来，谈孔孟义之诸家说中，《集注》则为其最后之精髓，此为朱子之自负语。盖至其时，朱子乃始自信能直从孔孟阐孔孟，与以前之必从二程上窥孔孟者有不同。
朱子又曰：
某于论孟，四十余年理会，中间逐字称等，不教偏些子。
此在两汉经学诸家中，似乎亦无人真能如此用心。
又曰：
某旧时用心甚苦。思量这道理，如遇危木桥子，相去只在毫发之间，才失脚，便失落下去。圣人说一字是一字，自家只平著心去秤停他，都使不得一毫杜撰，只顺他去，如今方见分明。
此乃朱子六十一岁时语。其先是从伊洛诸儒语中求孔孟，至是乃从孔孟自己语中求孔孟，又仔细从一字一字上求，要如在秤上称，不高些，不低些。自说到今时，方略见得道理恁地。但朱子自六十一岁后，《集注》《章句》尚是不断修改。至六十八岁时又说：
今年颇觉胜似去年，去年胜些前年。
是年元旦，朱子在其藏书阁下东楹书曰：
周敬王四十一年壬戌，孔子卒。至宋庆元三年丁巳，一千六百七十六年。
据此楹书，可以想见朱子当时之心情，上追一千六百七十六年而重见古圣人之大义，此其踌躇满志为何如。而《集注》《章句》，此下仍是不断有修改。但朱子又说：
三十年前长进，三十年后长进得不多。
此是朱子六十九岁时语。三十年前，乃是朱子从童蒙初学直到《论语要义》成书，而又转步走向《论》《孟》集注、《学》《庸》章句路上来。此时立基础，开识见，逐年长进。三十年后，乃是《论》《孟》集注成书，而一路一字一字称等，不教偏些子，常如在危木桥上行去，一失脚便落下，故谓长进得不多。朱子此条语，或可说在当时，并不专为其四书学言，然四书学乃是朱子毕生学问一主要骨干，以此说朱子此条意，应无大误。朱子先又曾说五十后长进不多，五十后正是《论》《孟》集注初稿完成后两年，故知此数条主要皆是指此一事言。
朱子又说：
某尝说，自孔孟灭后，诸儒不仔细读得圣人之书，只是自说他一副当道理，硬将圣人经旨说从他道理上来。圣贤已死，又不会出来和你争。正如人贩私盐，担私货，须用求得官员一两封书，掩头行引，方敢过场务，偷免税钱。今之学者正是如此。
此为朱子最晚年语。其时理学风气好自立说，而多错解古人意，朱子譬之如贩私盐汉。其目为《四书集注章句》，则正是要为圣人来争此道理。又说：
中庸难说。缘前辈诸公说得多了，其间尽有差舛处，又不欲尽驳难他底，所以难下手。不比大学，都未曾有人说。
又曰：
理学最难。可惜许多印行文字，其间无道理底甚多，虽伊洛门人亦不免。
朱子于经学，不欲尽量发疑，恐倒了六经。其于四书学，亦不欲尽量驳难当时诸儒说话，恐使学风转薄，其实亦恐将倒了理学。理学与经学之主要集中点，应在能发明孔门义理。朱子四书学，正是在此一目标上努力。再细论之，朱子于四书，惟于《论语》一书无间然，于《孟子》《学》《庸》三书，亦尚时有所评隲。惟今读其《集注》《章句》，似是只将古人言语重述一过，无己见，无创论，在朱子像是仅作一引渡人，只教人对此四书，一字一句，明得其意义所指而已。然而碎义与大道并呈，圣言与己见交融，苟非细参，实难深解。若更能进而遍读朱子之文集，又先之以《或问》，继之以《语类》，可以见其锱铢必较，毫厘必争，曲折递进之经过。并有同一条注文，二十余年来，屡经修订改易，即今可考，有达于四五次以上者。直至其临卒前三日，尚修改《大学·诚意》章注，此则为人人皆知之事。
然朱子为《四书集注章句》，虽常戒人要一依本文正义，勿下己意，而朱子本人亦明明多自下己意处。如《论语》得罪于天无所祷也，《集注》天即理也四字，明属朱子意，非孔子意，已在前说过。又如《大学》，《格物补传》一百三十四字，朱子自称是窃取程子之意以补之，其实重要处仍是朱子意，非程子意，此亦在前论过。又如《论语》夫子喟然叹曰吾与点也一语十字，此在文字上似无难解处，而《集注》花了一百三十七字来解此十字。此非自发己见而何？然朱子为此一百三十七字，几经曲折迂回，大段改动可考者有四次，此外尚有改动一二字一二句者不计。至其费了几许文字言说，散见于《文集》《语类》，来对此十字所涵蕴之义理作发挥，作辨难，更是不计其数。
即就上述三事言，此皆当时理学上重要问题所在。理学兴起，本为复兴儒学，并亦极多新义。而流弊所及，大家竞创新义，不免于孔孟大传统精神时有走失。朱子四书学主要工作，乃在发明孔孟精义，而使理学新说与孔孟精义紧密贯通。其《集注》《章句》中，所包理学新义极丰富。朱子亦屡言，程张所说，有为孟子所未曾道及者。朱子仅求以理学来扩新儒学，却不喜理学于儒学中有走失。所谓扩新与走失，则亦一衡之于义理之至当，非是孔孟所未言，即认之为走失。故朱子之四书学，一面极富传统精神，另一面则又极富创造精神。凡属理学新义之有当于创造性者，朱子亦已尽量纳入其《四书集注》与《章句》中。凡朱子认为于孔孟大传统有走失而无当于创造性者，虽程张所言，亦不阑入。或则仅收于圈外，不列入注之正文。使读者辨别其虽有发明，而非本义。故其《集注》与《章句》，实乃朱子自出手眼，确然成为一家之言，纵谓皆是朱子之自出己意，亦无不可。惟朱子自认其一家言，于孔孟大传统有创新，无走失，如是而已。若使后人能继续获有创新，则朱子《四书集注》与《章句》，自亦可谓其中尚未一一尽臻于定论。即如上述吾与点也一百三十七字长注，其实是朱子受了明道影响摆脱未尽，后来黄震东发另作一说，始为获得了孔子当时之真意。若使朱子复起，亦将承认。