七月，伴随芦沟桥事变，抗日战争爆发。
九月，告别湛山寺诸僧，乘船返回上海。弘一大师抵沪后，会晤挚友夏尊，并合影留念，又与夏尊、丰子恺、钱君等人在觉林蔬食处共进午餐。三天后，不顾友人之苦苦劝阻，毅然返回面临战火威胁的厦门，同行者有传贯、圆拙法师以及由苏州来的妙莲法师。
抵达厦门后，大师即居于万寿岩。不久，大师移居中岩，静修讲律。此间，厦门一带局势渐趋平静。
十二月，大师离开厦门赴泉州晋江草庵寺，妙莲法师陪同前往。
一九三八年一月，在草庵宣讲《华严经·普贤行愿品》，至二十日结束。
二月，移居泉州承天寺，复讲《华严经·普贤行愿品》。而后，应泉州梅石书院之请，在书院作《佛教的源流与宗派》之讲演。
三月，在泉州开元寺讲授《般若波罗蜜多心经》。十三日在开元寺慈儿院作题为《释迦牟尼佛为法舍身》之讲演，由吴栖霞记录并整理。
四月，在泉州城内清尘堂讲授《华严大意》。
五月，刘绵松居士代表漳州佛教界邀请大师去龙溪说法，大师遂于四日抵达漳州，挂单于南山寺。五月八日，厦门便告沦陷。
六月，离开南山寺，去漳州东乡瑞竹岩避夏。
七月，十六日在漳州七宝寺作题为《佛法大意》之讲演。
八月，于出家二十周年之际，回到漳州城内尊元经楼，宣讲《阿弥陀经》。
十月，性常法师来漳州迎请弘一大师回泉州，途经安海，在此弘法一月，在金墩祠宣讲《佛法十疑略释》、《佛法宗派大概》、《佛法学习初步》，此三文后辑成《安海法音录》问世。
十一月，回到泉州承天寺。是月，在清尘堂、光明寺等处宣讲《药师如来法门略录》、《药师如来法门修持方法》。
十二月，大师在浙一师任教时之学生、时安溪县长石有纪来访，师生相见，感慨万端，后大师书唐代诗人李益诗寄赠石有纪。
是年冬，在泉州开元寺作题为《劝念佛菩萨求生西方》之讲演。
是年底，泉州防区司令、有“嗜杀之名”的钱东亮来承天寺拜谒大师，大师劝其戒杀向善，钱东亮恭敬领教。
一九三九年一月，在南普陀佛教养正院作题为《最后之□□》之讲演。
是月，在泉州城郊清源山的一个石洞中，静居三十余天，方回到承天寺。
二月，在承天寺闭关静养。其间著《云洞岩鹤鸣词记》一文，以纪念明代大儒蔡鹤峰。
三月，在泉州光明寺作题为《药师法门修持课仪略录》之讲演。
四月，大师由性常法师陪同，乘车于十四日抵达永春，准备在此入山闭关静修。十五日，由李芳远等陪同，游览永春著名风景区环翠亭。十六日，在永春桃源殿作题为《佛教之简易修持法》之讲演，李芳远记录并整理，后在当地印行流传。十七日，由性常法师、普济寺妙慧法师及在普济寺旁隐居学佛的林奉若居士陪同，弘一大师移居蓬壶普济寺山中，并未居于普济寺，而是居于林奉若为其安排的茅篷小屋内。自此，大师于是处安心静修，共居五百七十二日，编著有大量佛学著作，如《四分律删繁补缺行事钞》、《盗戒释相概略问答》、《南山律在家备览略编》、《华严疏分科》、《受十戒善法》等，并撰《护生画集续集题词》等文。
五月，在永春普济寺作题为《药师如来法门一斑》之讲演，由王世英记录并整理。
八月，自阴历六月二十日起，在茅篷内掩关静修，为期一年。此间各方信件一概原封退回（极重要者由性常法师代为拆阅回复），亦不接待任何人的来访。
十月二十五日，系大师之受戒纪念日，由性常法师代为约请普济寺诸僧在寺中会面晤谈。
十一月一日（农历九月二十日），系弘一大师六十寿辰，是间，各方人士纷纷赋诗著文为弘一大师祝寿。广洽法师在新加坡请著名画家徐悲鸿为大师作油画像以作纪念。
十二月，致信李圆净，探讨《护生画集续集》的出版事宜。
一九四零年一月，继续于普济山中闭关静修，因与外界断绝音信已久，各地遂风传“弘一大师业已在永春山中圆寂”，后由林奉若及《觉音》杂志出面辟谣，谣传方渐渐止息。
二月，八日（农历春节）起，恢复向求书者写赠书件，“凡本月三日前交来之书件现即书写，本月四日后交来者，须待夏季放香时再写”。
三月，《戒律系统科表》编著完成。同时拟编著《南山律学苑丛书》，上海哈同花园主罗迦陵愿出资为之影印出版，遂将《盗戒释相概略问答》交之付印，并拟将《南山律在家备览略编》分《宗体编》、《持戒编》、《忏罪编》三册，陆续编就出版。
是年春，在编著大部律学要著之余，还写有《为傍生说三皈依略仪》等短文。
是年春，大师肺病时有复发，身体状况每况愈下，每日由两餐改为早晨一餐。
八月底，掩关圆满结束，会见王梦惺等来访道友。
九月一日，在永春普济寺作题为《普劝净宗道侣兼持诵〈地藏经〉要旨》之讲演，由王梦惺记录。
十月，请性常法师致函在菲律宾弘法之性愿法师，建议在永春普济寺修建化身窑普同塔。