二月十九日（壬子），上命军机大臣传谕福康安、鄂辉、李世杰，成德曰：此次，福康安等带领官兵剿捕逆匪，自鹿仔港一带进兵解围，攻破贼巢，擒获贼首；经过各紧要地方，贼匪据险抵拒，经官兵奋勇攻扑，所向克捷。此等处，山川形势自必极为险要。着福康安即将北路一带险峻要隘处所，如平林仔、小半天、集集埔、斗六门、水并社、水沙连、大里杙及逆首林爽文被擒之老衢崎等处地形山势，详悉绘图呈览，以志战功。即日擒获庄大田，其南路险要地方，亦照此办理。再，四川屯练降番，屡经调派，此次随同官兵征剿，更为出力。现已有旨令军机大臣酌议，将川省额设土外委四十名，照从前金川之例，每名每年加给银二两。其屯练兵丁，即将此次随征之一千五百名，作为定额，令该督等按每名每月给银五钱。其余一千五百名，俟有缺出，以次拔补。并将此次随征之降番五百名，作为新屯练，每名每月给银五钱。其余番丁，亦以次挑补，俱作为定例。俾出力兵丁得以永邀恩赏。着传谕鄂辉即将现在加恩之处，传集该屯练降番明白宣示，咸使闻知，俾益加感激踊跃思奋；并着李世杰、成德于川省土弁降番一体晓谕知悉，以示鼓励。
二十日（癸丑），上命军机大臣传谕福康安、鄂辉曰：随征屯练降番，屡次打仗，或有阵亡者，尤堪悯恤。着福康安、鄂辉传集该番众等，俟回川后，于军机大臣议准二千额数之外，再将阵亡人等子弟，各赏给一两钱粮一分，以示格外体恤。若伊等家属在省先有闻知，未免哀悼，俟将来撤兵后，再行传谕李世杰等遵照办理。
二十一日（甲寅），李侍尧奏言：台湾剿捕逆匪，自前年十二月至今，先后拨运过米四十余万石、银四百四十余万两，为数繁多。前次当军务吃紧之时，内地祗将银、米源源解送府城及鹿仔港、北淡水等处，以期无误军行。但各该员于某项照何例支放若干，均未随时具报；即间有禀及者，亦无细数清册，亦难作为报销之底案。且查动用各项，除盐菜口粮外，尚有夫价、车价、拨船运价等项，多系例内所无，并有过于浮滥之处。虽屡奉驳查，兼经司道等节次移行催令造具清册，以便核算报销；其作何支用之处，均未将细数明晰开呈。现在蒇功伊迩，经臣节次饬局移催，迄今仍未据开报。臣思台湾造报之员，即系经手支用之员；若任其浮滥报销，势必辗转驳查。而地隔重洋，文檄往还动须累月，未免更形迟滞。抚臣徐嗣曾早抵鹿仔港，应请将动支款项，即交抚臣就近督同臬司李永祺逐款核实，以凭报销。其内地供支一切粮饷及夫船运脚等项，臣现在严饬总局司道府等，上紧核办，按款详请题销，不致宕延。又，二月初六、七等日，有船户杨兴利等称：『自林爽文拿获之后，鹿仔港各庙社演戏谢神，殆无虚日。附近田亩，已种一半。其被难归庄之民，现亦及时补种。将军参赞带领官兵往南路剿贼，连得胜仗。
现在凤山尚未收复』。初九日同知杨绍裘禀称：『现在府城附近各乡，已无贼匪；惟南路水底寮、金京潭等处，尚有潜匿。将军参赞带领镇将等分投搜捕。但贼首庄大田逃匿何处，尚未得确信。所有附郡义民，俱令归庄耕种。而各庄多已被贼残毁，现在亦有修葺』各等语。查阅福康安折稿，官兵往南，已在大武垅、大穆降等处，杀散大伙贼匪。则水底寮等处，虽尚未净尽，料不过逋逃潜伏，苟延喘息。庄大田想亦在此等贼伙中，决不能另有藏身之处。大兵一到，势如破竹。计该同知具禀时，距今又已十日，此时贼伙自已溃散，贼首、贼目，亦当渐次就擒。闻抚臣尚在北路部署一切，不日想亦前往府城一带料理安插，各庄民人自亦可次第复业。奏入，报闻。
二十七日（庚申），福康安、海兰察、鄂辉同奏言：十九日，杀散南潭、大穆降贼匪，擒拿活贼甚多；逐加讯问，俱称庄大田向南奔窜。鄂辉、普尔普拿获贼匪，所供亦属相同。随将匪犯正法，即带领官兵南下。行至冈山之大林庄，鄂辉亦自大武垅山内新丰搜剿前来。据普尔普报称：『十九日夜间，在大武垅隘口驻札，有贼匪潜来劫营。普尔普已早有准备，带兵冲出，杀贼一百余名，生擒七十余名。二十一日，与鄂辉在东势庄相遇，仍带兵往北面山内搜查』等语。臣等至下埤头一带，探知各处余匪纷纷奔逃南下，俱在枋寮聚集。并据派往水底寮安抚之副将张芝元、知府杨廷理等禀称：『官兵未到水底寮之前，有逃来贼匪数千人，复将该处占据』。随商令海兰察、鄂辉、恒瑞带兵进剿。臣福康安沿途搜查贼庄，随后接应。二十六日，海兰察等遇贼二千余人，沿山抄截官兵后路。一面令穆克登阿、梁朝桂、副将岱德、参将张朝龙防备南来贼匪；一面令许世亨、六十七、乌什哈达带兵迎击。海兰察等率领巴图鲁侍卫等，由蔗园内出其不意，横冲贼阵，射死贼目陈建平、曾大达及不知姓名骑马贼目十余人；夺获贼马三十余匹，杀死贼匪三百余人。乘胜追赶，匪众多人俱在海岸排列，因无船不能偷渡，复来拼死迎拒。官兵奋勇直前，杀贼一千余名，自行投海及入海中淹毙者，不计其数。所弃枪炮器械甚多，俱经官兵夺获。所有临阵生擒贼目蓝九荣等十九名、贼匪二百余名，业经正法。至海口一带，节经派兵防守，并将大小船只驱出外港，严行封禁。常青复添派弁兵自鹿耳门直至东港，梭织巡查，办理极为严密。再，此次官兵奋勇杀贼，带伤阵亡者甚少，惟义民首郑其仁引导，先行遇贼阵亡，殊堪悯惜！臣已将该义民首家属，给与银两，以资收殓。查郑其仁系恩赏守备职衔，并令以实缺补用之员，应请即照守备之例议恤。再查凤山县自贼匪复陷之后，衙署、义民房屋及莿竹围城，皆被焚毁。大兵进剿南路时，该处并无贼人屯聚，现已分派官兵前往驻守。再，臣等在枋寮打仗杀贼时，探知败逃贼匪尚有数千人在极南之琅峤潜匿，庄大田亦由山内窜往。该处路径崎岖，树木深密，若不筹截去路，大兵一到，必致惊窜远扬，缉 捕又稽时日。查琅峤地方，山内十八社皆系生番，直通傀儡大山。其山外之柴城、陇峦等处，逼近海岸，亦有闽、粤民人居住。随密谕该处民人，务将逃来贼匪伪为容留，毋令闻风惊散。一面传出琅峤各社生番，面加晓谕，在沿山隘口处处严密堵截。又有山猪毛义民首曾中立，招集傀儡山生番一千名，听候调遣。各处怖署已定，派令乌什哈达带领福建水师及广东兵丁，乘舟由海道前往；海兰察、鄂辉等带领大兵，由山路进发；臣福康安督催各兵前进。于二月初四日行抵风港，据柴城民人报称：『庄大田带同匪众俱在柴城，欲往蚊率社，经番众极力抵御，复行退回。现在居民等密相约会，官兵到彼，贼匪断难逃逸』等语。初五日黎明，由风港发兵，越箐穿林，道路极为逼窄；凡遇险要地方，俱酌量留兵扼守，以备接应。约行二十余里，贼匪多人从树林内突出。前队之侍卫博斌、副将岱德、参将张朝龙、都司张占魁等，带兵迎击；海兰察、鄂辉率领巴图鲁侍卫奋勇齐攻，杀贼三百余名，生擒一百四十三名。追至柴城，贼匪人数众多，惟恐我兵攻扑过急，贼目庄大田或临阵被杀，匪伙等或乘间窜逸，转不能悉数成擒。因派令穆克登阿带领屯练降番为一队；许世亨、岱德带领贵州官兵为一队；梁朝桂、张朝龙带领广东官兵为一队；恒瑞、王宣带领广西官兵为一队；山猪毛义民、副理事刘绳祖带领粤庄义民为一队；都司庄锡舍、北路义民首黄奠邦、郑天球、张元勋、蓝应举各带所管义民，共为一队；自山梁埃次排下，直抵海岸。乌什哈达所带水师兵丁，适值顺风，连樯齐至；将船只沿海密布，四面合围，水陆并进。海兰察、鄂辉带同六十七、袁国璜及巴图鲁侍卫，奋勇往来剿杀；臣福康安照料督催，令各队层层围逼；自辰至午，杀贼二千余名。贼匪情急，相率投海，被水师兵丁放枪击毙及没海淹杀者，尸浮海面，不计其数。贼目等拼死冲突，不能逸出重围，俱在树林山沟伏匿。随督令官兵、义民等，分投搜捕，将庄大田及有名头目庄大韭、许光来、简添德、许尚等四十余名，全数擒获；并搜获庄大田之母庄黄氏一口。此外，又生擒贼匪八百二十余名；柴城民人及各社生番缚献贼匪三百余名，俱即于军前正法。搜获大、小炮、鸟枪 、刀矛、藤牌、旗帜无算。查逆匪林爽文、庄大田，肆为不法，滋扰一载有余；兹首逆凶渠悉行俘获，即日解京审办，尽法处治。其余零星逸匪，并庄大田家属，臣等仍分派官兵各处搜查，务期净绝根株，不留遗孽。奏入。
上谕内阁曰：贼目庄大田等，于逆首林爽文就擒之后，尚敢窜匿山林，抵死抗拒；经官兵四路攻围，势穷力蹙，或竟情急自戕及投海毙命，俱属事之所有。今乃负嵎死守，被官兵、义民层层围逼，将贼目庄大田及有名头目悉数擒获，此皆由上苍眷佑，将士用命。而福康安等调度有方，怖置周密，是以南北两路贼首、贼目，悉就俘擒；台湾全郡平定，实堪嘉奖！特亲解本日手带汉玉扳指一个、小荷包一个，赐福康安；又亲佩小荷包一个，赐海兰察，以示优眷。福康安、海兰察、鄂辉俱着交部从优议叙。所有许世亨、梁朝桂、穆克登阿、袁国璜及在事出力之大、小将弁等，着福康安查明咨部从优议叙。其随征兵丁，并着福康安查明一并分别奖赏。至此次剿捕贼匪，该处义民等随同官兵打仗出力，现在擒获贼目庄大田，义民首等带领各庄民人分队堵截，尤属可嘉！此内，义民首曾中立前因屡次奋勇，已赏给同知职衔；今又招集生番听候调遣，着福康安即将曾中立酌量补以实缺。其余义民刘绳祖、郑天球、张元勤、蓝应举等，并着福康安查明如何加恩，或补以实缺，或加赏职衔之处，分别具奏，以示奖励。至前在下埤头一带剿贼之义民首郑其仁，遇贼阵亡；郑其仁前已赏给守备职衔，着交部加一等照都司职衔议恤。该义民家属，并着福康安从优赏给养赡。
上又命军机大臣传谕福康安、海兰察、鄂辉曰：此次官兵、义民分投搜捕，将贼目庄大田擒获，其首先擒拿者，究属何人，着福康安查明据实具奏。现在大功告竣，台湾地方一交三月，气候即已炎熟；屯练兵丁素不耐热，计此旨到日已属三月下旬，即应早行撤回。着传谕鄂辉即令原带屯练之总兵将官，率领屯练等先行内渡，取道回川。鄂辉亦即由驿来京陛见。其巴图鲁侍卫章京等，即令海兰察、普尔普等仍分起带领回京。至此外应撤各兵，着福康安遵照节降谕盲，次第令其渡回内地，各归营伍。此时，台湾全郡平定，其余零星逸匪陆续搜查，计三月内自可全竣。但应办善后事宜，最为紧要；常青现已革职，毋庸交办。着福康安与徐嗣曾悉心筹酌，将改建城垣、清厘地亩、添设官弁等事，妥为经理，务期一劳永逸，绥靖海疆。且不必急于来京瞻觐，务将善后一切事宜料理妥协，于八月万寿节前到热河瞻觐，亦不为迟。且福康安此次凯旋内渡，非如前此进剿时关系紧急、不得不冒险遄行者可比；亦应候风色平稳，方可渡洋，勿冒险轻涉。并内渡之各省将弁兵丁，均不可令其冒险，以副朕体恤眷念至意。
二十八日（辛酉），上命军机大臣传谕福康安、李侍尧、徐嗣曾曰：现在台湾全郡平定，大功告蒇，一切善后事宜，最关紧要。李侍尧现驻厦门照料撤回官兵内渡，及核办军需各款项，事务繁多，自未能前渡台湾会同筹办。昨已有旨令福康安同徐嗣曾悉心筹酌，将改建城垣、清厘地亩、添设官弁等事，妥协经理。徐嗣曾系福康安奏请帮办之人，且系本地巡抚，一切事宜，有福康安在彼会同商办，自能斟酌妥善，一劳永逸。至李侍尧系该省总督，如有履行会办之处，原可彼此札商，熟筹妥办。再台湾逆匪滋事一案，前因柴大纪在总兵任内骫法营私，废弛激变，福康安并未将其种种劣款指出参奏；李侍尧、常青亦并未据实直陈；是以将福康安严饬，李侍尧交部严加议处；常青即予罢斥。并将前任督臣富勒浑雅德革职拿问，俟解到时，并按律治罪。徐嗣曾身任巡抚，台湾营伍虽非所辖，但伊在闽年久，于柴大纪纵令兵丁私回内地贸易牟利及废弛营伍不加训练种种激变贻误之处，平日岂无闻见；乃竟视同膜外，缄默不言，将来自有应得之咎。并着徐嗣曾明白回奏。又台湾道永福，在府城率领兵民协同防守，虽有微劳，但该处地方官平日贪黩敛怨、酿成事端，皆系永福所属，已不得为无罪。且柴大纪近在同城，种种贪劣不职，如永福曾经揭报督抚，而督抚置之不办，应令据实指出；自当专治督抚以徇隐之罪。若永福并未揭报，则不得因其有守城微劳，稍为宽贷。倘伊平日亦有营私之处，则更不必言矣。着福康安即向永福切实讯问，据实覆奏。务使功罪两不相掩，以昭平允。至杨廷理原系同知，各州县非其专管，于此案尚无大过。且伊在府城带领义民等悉力守御，一得官兵打仗杀贼信息，即随时禀报李侍尧，尚为迅速。着福康安查明杨廷理如才具尚属可用，即据实保奏，候朕酌量加恩录用。
二十九日（壬戌），上谕内阁曰：柴大纪在任两年之内，已婪索金银五、六万之多；且因台湾逆匪滋事，预行寄信家中嘱伊子先为防备。现据琅玕在其屋后地平之下起出金锭银两，可见柴大纪居心狡诈，任意贪黩。若非私令兵丁渡回内地贸易牟利，并勒索所属、剥削兵民，焉得拥有巨赀？是柴大纪骫法营私、贪婪激变种种款迹，已确凿可据。柴大纪业经革职拿问，应俟解到后，交部按律定拟，明正其罪。向来朕办理庶务；一秉大公至正；赏功罚罪，尤务严明，从无成见。如柴大纪在嘉义县时，被围紧急，曾谕令不妨保护义民全师而出；柴大纪覆奏不忍将数万生灵委之贼手，仍督率兵民忍饥固守。朕以其甚有良心，览奏为之堕泪；是以即加封伯爵、赏给银两。而其种种贪劣捏饰之处，彼时尚未有人摘发，所谓君子可欺以其方者，此也。迨柴大纪在任各劣迹节次败露；前经福康安奏其为人狡诈不可信。福康安方抵该处，自未知其实在劣款；必因人言借借，故为此奏。后因德成复命，朕询出前情，节经前谕饬查询，始据李侍尧遵旨逐款查明属实，陆续参奏；因即降旨将柴大纪革职拿问。可见朕于臣下功罪，惟视其人之自取；有功即赏，有过即罚，从不稍存适莫之见。此天下后世所可共喻者，是以得邀上天眷佑。五十三年以来，屡集大勋，开疆拓土，未必不由此敬天勤民之念，有以启之也。
上又命军机大臣传谕李侍尧、毓奇、琅玕、何裕城曰：各省拨运米石，原以接济军糈；今台湾全郡平定，大功告蒇，各省业经运到闽境之米，既足敷应用，其未经运到者，自可毋庸再行拨运。所有浙江、台州等九帮，及湖南第二、三、四起，川省第二、三、四、五起米石，俱着停止起运。此内川省应行截留米石，现在面询书麟，据称该省仓储充足，无须买补。是此项米石亦可无须截留江苏。着同浙江、湖南二省停运米石，一体分年随帮洒带运通。如米数较多，不能于下年全数带交，即分作二、三年陆续洒带，亦无不可。该督抚必须饬属加意收贮，勿致霉变，方为妥善。