五月二十七日（癸巳），柴大纪奏言：四月二十一日，探得南路贼匪千余潜聚于离县十余里之柴头港、萆麻庄两处，欲截盐水港往来之路，使文报不通，军需难运。臣查两处地方相近，随即带领署游击邱能成、守备杨、武举陈宗器并义民等，驰赴柴头港；饬游击林光玉、守备黄象新、武举黄奠邦并义民等，驰赴萆麻庄；两处一齐围拿，炮打死贼匪各数十人，贼俱向西北奔逃。追至水牛厝地方鸟枪打死贼匪数十人；赶过八掌溪尾，贼众四散远窜。该处竹围错杂，又多溪坑，恐有埋伏，收军。惟兵丁陈连、熟番海山二名阵亡，义民黄奇、许杏、蔡平三名受伤。夺获贼旗、炮子等项。生获贼匪李兴一名，审明正法。又探得林爽文纠众复蚁聚于离县十余里之打猫、东势湖等处，妄图截路以禁薪炭入城。臣于二十三日黎明，亲统官兵往拿。正起行间，贼匪数千分路来犯东北营盘，随排列队伍对敌。又据游击李隆报称，南路贼匪千余来攻南门营盘，即飞饬守备黄象新将所带兵丁，并武举黄奠邦、监生李百川、武生钟习信等各义民，随游击李隆协力剿击。臣督率游击杨起麟、林光玉、邱能成、守备杨彲、陈明德、署诸罗县陈良翼、武举陈宗器、贡生张明义、生员吴正兰、监生徐宜玉等各义民，在东北一带截杀。连放大炮，贼亦对放枪炮，自卯至午，贼被大炮打死约有百余名，尚抵拒不退。臣见东边贼势散漫，枪炮亦少，即饬游击林光玉、守备杨彲等，冲去剿杀。其正北一带，贼匪稠密，枪炮且多，料林爽文或在其中，随飞马直冲；游击杨起麟、邱能成等并各义民一齐跟随，奋勇向前，杀贼十余名。贼见官兵勇猛，皆拼命飞奔。追赶过牛稠山后，值大雨，收军。其南边游击李隆、守备黄象新等，当贼匪来攻，即率领弁兵义民放炮打死贼匪十数人，杀死骑马贼一人。追过八掌溪，贼又被枪炮打死十数人，贼随远遁。东边游击林光玉等，俱能奋力追杀，皆因雨收军。兵丁余振干等二十八名及义民李魏、何潘二名被伤。斩获贼首三十二颗，夺获鸟枪、炮子、长短刀等项。生擒贼匪陈光喜、黄阿进、颜凤等三名，审明正法。又于二十七日，探得南路贼匪复聚于离城十余里之竹林脚、龙山脚、枫树脚一带地方。该处，惟竹林脚最为险要，易于藏奸，亲统本标官兵、义民等进剿，由中路火烧庄前往竹林脚。派令游击李隆、参将潘韬等，带领弁兵并武举黄奠邦、各义民等，从赤兰埔至龙山脚；派令游击杨起麟、林光玉等带领弁兵并武举陈宗器各义民等，由录麻散至枫树脚，三路官兵，一齐进剿。贼众抵死分头抗拒，被官兵枪炮打死贼匪各数十人，贼随败走，由中埔山脚四散逃窜。因山菁丛杂，又值大雨，收军。兵丁惟陈志朝等三名、义民胡阿里等五名，受伤。生获贼匪李祥、魏满、郭天来、陈牛、曾老，共五名，审明正法。并获大旗一杆、九龙袋、火药等项。奏入。
上命军机大臣传谕常青、李侍尧、蓝元枚、柴大纪曰：贼首林爽文纠集党羽，蚁集于诸罗城外之柴头港、竹林脚等处，潜图拦截，复分路攻扰县城。看来，竟系心恨柴大纪，是以专力侵犯，其鬼蜮伎俩，甚奸狠可恶。至蓝元枚于本月初七日在蚶江配渡，约计于十三、四，可抵鹿仔港。着蓝元枚将到鹿仔港后作何调度剿贼情形，即行迅速驰奏。至李侍尧现驻厦门一带，离台湾较近，声息相通，且该处地方官自必时有禀报，所有台湾近日情形，一得禀报，即随时奏闻。
上又谕内阁曰：柴大纪自驻守诸罗以来，贼首纠合匪徒，屡次攻扰，该总兵督率官兵、义民，奋勇击杀，连得胜仗，贼匪败退，实属可嘉！柴大纪着交部议叙。其随从打仗出力之游击杨起麟、林光玉、邱能成、守备杨彲、陈明德、署诸罗县陈良翼、武举陈宗器、黄奠邦、贡监生张明义等，着交常青查明具奏，候朕降旨议叙奖擢，以示鼓励。
二十八日（甲午），李侍尧奏言：闽省兵额本少，所有台湾戍兵及调往征兵，经去冬贼匪滋扰及本年凤山再失之后，伤亡失散者多，应及早募补，以实营伍。第台湾戍兵、征兵，本由内地各营派往，所有缺额，应查明何营何兵之缺，方可令原营募补。现在各营，本有余丁待缺挑补。兹于二月十九日，即饬台湾镇将查造，又屡次檄催，嗣据柴大纪与游击孙全谋造报前来，均系约略总数，内地各营无由知某营缺少若干，难以悬揣挑补。十四日，准将军常青移送台湾镇中军守备王天植所造清册前来，系就现在府城各营并班满未回留用兵内，所有伤亡、病故、散失无着各数，一一开造，俱有营分及战守名目可查，共四百六十六名。臣思常青接奉谕旨，自应于义民内接补，臣若又令内地各原营补额，恐致一缺两补。因咨常青于去岁所调征兵内，如有缺额，就近于军营余丁或台地义民接补。其旧时轮班驻守之戍兵，臣即檄饬各标营查照缺数，速将余丁内挑补；如有不敷，再行召募补足。其诸罗、鹿仔港、北淡水、南淡水各营，该备因信息未通，尚难查造，应令于大兵进剿，道路相通时，随处查明造报，即照此分别办理。再，提臣蓝元枚带兵前往鹿仔港，其水师提督印务，奉旨令漳州镇总兵常泰暂行署理；查水师提督驻扎厦门，常泰应即前往该处。现有金门镇总兵罗英笈在彼弹压，且地近泉州，一切地方营伍事件，臣就近可以照料；惟漳州一带，民情慓悍，易于生事，并据蓝元枚访知会匪多系漳属之平和、长泰等县人，是该处不可无大员弹压，理合奏明，令常泰驻扎漳州兼办水师提督事务，转属有益。再，将军恒瑞于初八日在厦门开洋；浙兵由蚶江配渡者，副将琢灵阿带兵一千于初三日开洋；提臣蓝元枚续带兵一千于初八日开洋。其最后之一千，总兵魏大斌带领，亦已在厦门登舟。兹探得恒瑞将至澎湖洋面，被风折回，于十一日仍收泊料罗；其前行各兵船有收入澎湖者；蓝元枚、琢灵阿等船，欲沿海戗驶至金门，趁南风斜渡鹿仔港，十一日亦因东风甚大，寄泊深沪，俱俟风色稍顺，再行开洋。至漳浦械斗一案，据报现多畏罪逃匿，该镇、道等正在设法缉拿。臣料理过兵，今已竣事，即于十六日起程前往察看情形，指示办理 。其浮山社许姓借尸强抢一案，已拿获四十四名提解审讯。适抚臣徐嗣曾巡查口岸亦到泉州，就近督同藩司各道审办。臣到漳浦查办械斗之案，回至泉州，计此案亦可审有就绪，臣与徐嗣曾再行会同严讯，从重定拟具奏。再巴图鲁侍卫章京乌什哈达八员，于本月十一、十二等日，先后到泉州，十四、五日可到厦门登舟。所需锣锅、帐房、战箭等项，臣先饬中军希当阿预为备办，交该员等带用。又因台湾营中本无马匹，亦于就近营分挑选臕壮马，每员各给三匹，以备到彼打仗之用。再前拨银二十万两，分路解往府城、鹿仔港两处，以作雇价赈需。其泉、厦两仓现贮之米，暂留作兵粮等用。今蒙增拨江西米石，则闽省军糈、民食，均已宽裕，所有台地乡勇、难民等项，自须银、米兼放，更觉有益。除已拨银八万两分解外，又先拨米五万石、银八万两，各半分解台湾府城及鹿仔港两处。其鹿仔港内难民一顶，臣前所买薯干，已解往十万斤，今又买得五万斤解往，搭配米粮，均匀散给。计府城、鹿仔港两处，所有乡勇既可银、米兼支，而难民并有银、米、薯干三项，匀配支放，亦俱不致失所。再各省备贮火药定例，于额贮三年数内支出一年操演，仍照动支之数，逐年委员采买补足。本年闽省因预买乾隆五十三年额硝，现因台湾剿匪须用火药甚多，若照例于冬季委员按额采买，不免稽迟，且不敷所用，自应及早多为采买，拟即行委员于岁需军硝一十六万八百九十斤十四两零并带买从前缺硝一万一千斤外，添办二十万斤。内于山东省添买十万斤，湖北、湖南两省各买五万斤。并乘委员赴湖南购硝之便，带办硫磺二万二千五百斤。一面行文各该省督抚，一俟该员到日，作速催令购办齐全，运回应用。其动用价值、水脚等项，俟办回时，饬令据实造报核销。再于本月十二日接奏谕旨，令江西碾米十万石，运往福建。闽省得此接济，一切军粮、平粜等项，均属充裕。至此次米石，应于何处接收，以及雇船装载等事，饬司道查议。据称：『江西入闽之路有三：其广信府之铅山县一路，有陆运四、五站；宁都州之瑞金县一路，更系山僻小路，挽运维艰；惟建昌府之新城县，由五福地方陆运八十里至闽省邵武府光泽县之上水口，即可用竹牌及小 船剥运。此系向来解运铜、铅之大路，由上水口再四十里至光泽县，又可换大船运至省城，再用海船装运至泉、厦』等因。是江西省之米，应在光泽县之上水口交兑。查五福起岸系江省新城县地方，雇夫挑运应由江省办理；自上水口雇船及竹牌剥运，应由闽省办理。仍各委大员在上水口公司交收。所有脚价各归本省报销。除一面札商江西抚臣，确按该省情形，如果此路较便，即由该处解运，臣酌委道府前往接收、转送。奏入。
上命军机大臣传谕常青、李侍尧曰：现在台湾调往征兵所有额缺，常青自应先于义民、乡勇内，择其奋勇出力者拔补。至台湾曩时轮班驻守之戍兵，向例本由内地各营派往，朕思此等戍兵，由内地调遣，既不免往来繁费，而该兵丁等一经调派戍守，更不免繁念家室，必多顾恋；若专用台湾本地民人充补额缺，又恐日久该处情形内地不能熟悉，亦非万全无弊之道。朕意，嗣后此等换班兵丁，一半用该处土著，一半仍由内地各营抽调派往换班，则内地既可稍省调遣繁费，又能熟悉台湾风土人情，实为一举两得。且游手无借之徒，得以归伍食粮，更可化无用为有用。着常青、李侍尧于剿捕贼匪事竣后，共同熟商，遵照办理。又昨据林小文供称：『天地会名目，上年系林爽文倡起，由台湾而至内地』等语。林爽文设立天地会名目，纠约多人，肆行不法；且现据蓝元枚访知会匪多系漳属之平和、长泰等县人，是林爽文不但窥伺台湾，并欲勾结漳、泉一带，蔓延滋扰，显有先得台湾便可渐入内地之意，甚为奸险可恶。但此时不可遽行查办，以致人情惊扰，至将来剿贼事竣后，常青、李侍尧务将结会根由及附从入教者，详悉查明，痛加惩创，不可稍留余孽。再恒瑞、蓝元枚带领满兵、浙兵于初八日开洋后，被风折回，朕心深为焦急。着李侍尧即将恒瑞、蓝元枚究于何日得风遄渡之处，迅速具奏。其漳浦县强抢械斗两案，既已获犯多名提解审讯，当以速行审办完结为要。至漳州镇总兵常泰，已令暂署水师提督，现在漳州正需大员弹压，自未便即往厦门，遽离该处。朕于披阅折片之初，即行批示，后见该督奏明，令常泰驻扎漳州兼办水师提督，与朕意吻合，所见甚是。至本日柴大纪賫折把总郑士胜来至行在，随令军机大臣询以该处情形，应对尚为明晰。并据称，曾随柴大纪在诸罗与贼打仗数次，看其人尚明白奋勉，着常青即将郑士胜拔补千总。如将来该弁回至台湾，再能出力，即擢授守备，亦无不可。
臣等谨案台湾驻守兵丁，向例由内地轮班而往，此番因正值剿匪之时，未及遽行更替。我皇上以戍卒远涉重洋，不免系恋家室；专用本地民人充补，又恐该处情形内地无由熟悉；因酌为两用之道，不特稍省调遣之繁，兼令游手无借之徒，皆得食粮归伍，地方更可阴受其益。曲体人情，随宜措置，圣照所周，逈非浅虑所能计及也。
上又谕内阁曰：常青自抵台湾，即慰抚义民、乡勇，俾伊等共知激劝，用命争先。至贼匪攻犯府城，预先设法防堵，并督率官兵、乡勇迎捕截杀，屡次克捷，甚合机宜，朕心深为嘉奖！常青着交部从优议叙。至李侍尧驻扎厦门一带，照料官兵配渡，迅速办理军需粮饷，均能先事预筹，源源接济；孙士毅挑备粤兵遄赴闽省，所有火药、铅弹等物，均能宽裕筹备，解送应用，皆属急公可嘉！李侍尧、孙士毅着交部议叙。
二十九日（乙未），上命军机大臣传谕常青、李侍尧曰：将来剿捕事竣，柴大纪屡着劳绩，自应即实授提督。但该镇任台湾总兵，已经数年，该处情形较为熟悉，且领兵剿贼，屡次克捷，威望较着，即日贼匪荡平，所有善后事宜，皆须该镇随同常青悉心筹办。而台湾经此次贼匪滋扰，官兵平定之后，尤宜加意整顿，若将柴大纪授为提督，则须驻扎内地，台湾即无熟手经理之人，朕意将来事竣后，应令柴大纪以提督管台湾镇总兵事务，在彼弹压料理二、三年，再调回内地，于绥靖地方，更为有益。所有内地提督员缺，着常青、李侍尧于梁朝桂，陆廷柱二人中，察其才具，并何人最为打仗出力之处，酌举一人可以署理提督者，据实具奏。至常泰现署提督留驻漳州，虽未经领兵打仗，如量其才具堪胜提督之任，并着一并奏闻，候朕酌量简署。至台湾远隔重洋，屡有械斗抢夺之案，今林爽文等竟敢立会纠众，劫县杀官，自系历任道府废弛阘冗，扰累地方，以致养廱敛怨，激成事端，不可不严加治罪，以儆将来。着传谕常青、李侍尧于剿贼事竣，即将历任道府严切查明，据实参奏。
三十日（丙午），上命军机大臣传谕常青、李侍尧曰：朕披阅蓝鼎元所著「东征集」，系康熙年间台湾逆匪朱一贵滋事，官兵攻剿时，伊在其兄蓝廷珍幕中，所论台湾形势及经理事宜，其言大有可采。如所称诸罗一县，地方辽阔，鞭长莫及，应划虎溪尾以上，另设一县，分驻半线地方。并于各要隘处所，增添巡检、千、把总、员弁，以资防守等语。后从其说，添彰化一县。至该处迄今又越六十余年，土地日辟、户口日滋，酌量情形，有须添设文武员弁，以资控制抚驭之处，前经降旨令常青、李侍尧于剿贼完竣，办理善后事宜时，一并筹酌。今阅蓝鼎元彼时即有此议，是台湾增设官弁，实为最要。又覆阅总督满保「经画疆里」一书内称：『台湾地方，地土广饶，糖谷之利甲天下。过此，再四、五十年，即内山山后，皆将为良田美产。若划定疆界，将人民驱逐，不许往来耕种，势难禁止』等语。所言亦属有理。台湾疆土既开，民安耕凿，处处皆成膏腴之地。自杨景素议立界限之后，则界外良田美产，转界生番，而生番以射生为业，不事耕种，势必内地民人仍往偷垦，日久徒滋事端。是定立界限，究恐不无流弊。又「与提督施世骠书」内称：『贼众至三十万，其中畏死胁从，非尽出于本愿，或有挂名贼党，以保身家者。若尽诛之，多杀生灵，亦属无益；似应止歼巨魁，反侧皆令自新』等语。现在林爽文纠合匪众，所到村庄，以势迫胁，如有不从者，即行焚杀，小民畏死偷生，出于不得已，勉强附从，以致日积日多，前后自出一辙。朕于此事初起时，即经降旨谕令该督等，惟将渠魁首逆及实在党恶不法者，皆应歼戮无遗，其被贼迫胁出于无奈听从者，准其悔罪自新，以解散贼党。蓝鼎元之语，适与朕意相合。常青于整齐兵力进剿时，不妨先将此意出示晓谕，使被胁良民及从贼伙党，得以畏罪投诚，亦解散贼党、先声夺人之一法。此外，书内所列各条，尚多可采者。蓝鼎元籍隶漳浦，所著「东征集」，闽省通行必多，着常青、李侍尧即行购取详阅。于办理善后时，将该处情形细加察核，如其书内所论各条，有与现在事宜确中利弊窽要者，不妨参酌采择，俾经理海疆，事事悉归尽善，以为一劳永逸之计。