五月十七日（癸未），琅玕奏言：前准李侍尧札会，奏拨浙省米石，业于杭州等府属酌拨仓谷，碾米十万石，运赴闽省。兹又采买米六万石，俟小暑节后，风顺派员分起押送，由乍浦赴泉州、厦门二处交收。奏入。
上命军机大臣传谕李侍尧、琅玕曰：前因闽省内地及台湾支给口粮、抚恤难民，均需米石应用，是以谕令琅玕于拨运米十万石外，再行察看情形，宽为筹备。今该抚又于杭、嘉二府地方，采买米六万石，派员陆续运闽，是浙省所办米石，不为不多。现在台湾剿捕逆匪，已可将次蒇事，且尚有江西采办之米运往接济，尽足敷用。况闽省本年麦收丰稔，内地民人自不虞乏食。着李侍尧务须樽节办理，不可恃邻省协助，无虞匮乏，致有糜费。
上又命军机大臣传谕常青、李侍尧曰：昨据福建委员将林家齐一犯解到，当令军机大臣审讯，据供：林爽文作事，仗族弟林泮主谋，并有军师陈奉先及董姓等。若不能得胜，即逃往内山，投奔生番处藏匿。又大里杙后二十余里，就是生番地方。该犯与林爽文等家口，仍在阿必罗庄居住，林爽文怕官兵查拿，派人把守等语。现在，常青自已统领大兵，廓清后路，直捣贼巢，与蓝元枚等会合夹攻，但林家齐供有林爽文预商逃往生番之语，大里杙距生番地方止二十余里，易于窜入，不可不严行防堵。常青统兵到后，务须将大里杙庄四面围绕，严行搜捕，毋使逆犯得以乘间窜匿，又须向生番处查拿；不致要犯漏网。常青务即遵奉昨降谕旨，令明白通事晓谕生番，如林爽文等逃入内山，即生擒献出，必当奖赏花红布疋，使生番贪利乐从，不致收留藏匿，此为最要。其林爽文、林家齐等家属，将来皆应缘坐，必须按名搜捕。今据林家齐供出，皆在阿必罗庄居住，常青亦务须逐一搜捕，查拿净尽，不可稍留遗孽。至林爽文之谋主林泮、陈奉先及董姓，俱系紧要逆犯，擒获后，必须派员解京，尽法惩治，以彰国法。
上又谕内阁曰：武职大员，如或心存私见，于所属弁兵有需索不遂及挟嫌专戮情事，不但当革职治罪，即予以抵偿，亦所应得。若行军之际，纪律专在严明，绿营恶习，最为可恶，平时则强取民物，临阵则恇怯退回，此而不诛，其何以昭军令，而肃戎行！柴大纪将临阵退缩之弁兵，立正典刑，并将私取民物之兵丁，亦按军法从事，是以将弁兵丁共知儆惧。而郝壮猷驻守凤山，不惟不能策励士卒抵御贼匪，且畏怯幸生，从而逃回，是以身伏刑诛。朕于军务，从来信赏必罚，其奋勇出力者，必从优甄录，而畏葸退缩者，亦必重治示惩。国家累洽重熙，兵可百年不用，不可一日无备。前于甘省剿捕逆回蒇事后，曾命军机大臣会同该部，将行军纪律，择其紧要数条，颁发各营操演讲习，乃尚有郝壮猷等之畏葸偷生者。着将柴大纪用法严明，得邀奖叙，郝壮猷怯懦逃回，按律正法之处，补行载入，通行训谕各营伍，俾专阃大员晓然于敌忾大义，共矢荩忱，而后将备兵丁，人人有勇知方，恪遵军纪，尽成劲旅，以副朕整饬戎行，谆切告诫之至意。
臣等谨案行军之道，全在纪律严明，斯弁兵等整肃用命。我皇上特命将严整之员邀叙，怯懦之员重惩，补载入行军纪律，昭示营五，信赏必罚，所以策励之方无微不至。故弁兵等感惕奋兴，战无不捷也。
二十日（丙戌），李侍尧奏言：恒瑞所带满兵一千，于四月二十九日全抵厦门登舟。浙兵即随满兵之后由蚶江配渡之二千名，于本月初七日已经全到；提臣蓝元枚已于初六日赴蚶江，带兵配渡。尚余浙兵一千，昨准将军常青札称，南路贼匪甚多，是以臣亦令由厦门前往台湾府城，计初八日可至厦门登舟。总兵梁朝桂已先在厦门待渡；一得顺风，两路官兵俱可速到。至台湾近日情形，臣参核各官所禀，自四月初十日，贼匪庄大田等攻扑府城，被官兵杀退之后，十五日草店尾、三坎店两处，又有与贼打仗之事。庄大田旋又率众至府城外十五里之南潭庄窥伺，欲待天雨官兵难施枪炮，即来攻城；适粤兵四千已到，常青正欲先剿南潭。而二十五日贼又来攻小东门及草店尾、桶盘栈等处，被官兵杀退。此府城四月二十五日以前情形也。诸罗一带，三月二十九日，贼首林爽文率众来攻。总兵柴大纪亲率弁兵，冲出直追，杀至火烧庄地方，因日暮兵单，始回。四月初十、十二、十八等日，林爽文又来攻扰，俱被杀退。常青又于十六日，令参将潘韬前往助剿。潘韬因陆路贼多，不能前进，回至府城由海路前往，于二十日到诸罗。其鹿仔港一路，自三月二十以后，林爽文留贼目陈泮、林庆守大里杙、虎仔坑等巢，自率群贼南攻诸罗，是以鹿仔港稍得宁息。近日常青因柴大纪报称，林爽文尚团聚于大埔林、斗六门等处，饬令普吉保与柴大纪夹攻。普吉保即于四月二十六日带兵前往。今蓝元枚又带浙兵赴鹿仔港接济，正觉事机相及。再查该道府所禀，府城一处，但请支给乡勇雇价，未有抚恤难民之条；鹿仔港一路，则请难民照灾赈之例，支给口粮，并声明本折兼支，令其兼买番薯凑食；其乡勇则请照出征兵丁，每日给米八合三勺、盐菜钱十文，另加给钱三十文，挑选壮丁，以备征战。是府城只应解银，鹿仔港应银、米兼解。但米石一项，臣到任后，当即派闽省各州县碾运米十五万余石，合之原派四万五千石，共成二十万石之数。继又因台米到少，恐将来有需平粜等事，复奏请拨运浙省米十余万石在案。因闽省各州县运米，有山溪之阻，是以所派二十万石，虽屡次严催，到泉厦者，仅十二万余石，余俱未到。而所拨浙米由海道解运，亦非一时所能猝到。现在泉、厦两仓仅存米五万石，自宜留备兵粮，今府城与鹿仔港各解银十万两前往。查该道府等所请银十万两，原非专为府城乡勇，另有夫价等项，亦在其内，得此银两，一切俱觉宽裕。而鹿仔港难民，臣前已米薯兼办；兹复有银十万两，以作赈恤之资及乡勇雇价；俱听其或米、或薯，自行买食，则乡勇难民，均可赡济。其泉、厦两仓现贮及将来续到各州、县所解并浙省运来之米，俱留备兵粮及地方平粜。如此，则台地乡勇、难民可不至乏食，而接济军糈民食，亦俱不至缺少。
同日，蓝元枚奏言：臣于五月初五日到泉州，浙兵亦于是日抵泉。初六日到蚶江配船，臣亦即配船候风放洋。均奏入。
上命军机大臣传谕常青、李侍尧、蓝元枚曰：台湾近日情形，业据该总兵将打仗杀贼之处奏报。已明降谕旨将柴大纪交部议叙。至四月二十五等日，贼匪复攻府城，经常青率领官兵，堵御剿杀情形，尚未据该将军奏到。彼时，台湾新调官兵尚未到齐，常青等督率将弁，尚能将窥伺贼匪奋力杀退；此时，各路官兵全数到彼，声势更为壮盛，常青等统领进剿，必当势如破竹。其鹿仔港一路，据李侍尧奏，贼首林爽文率群贼南攻诸罗，该处稍得宁息。现在，蓝元枚于本月初五日带浙兵二千名，在蚶江配渡，该提督扬帆直达该处，声势益觉联络，自可会同柴大纪、普吉保将大埔林、斗六门等处贼匪，先行歼戮，俾南北道路廓清。至常青派令潘韬带兵一千，前往诸罗助剿，该参将因陆路贼多兵少，由海道绕至诸罗，尚无不是。与其轻率前进，致有挫失，自不若绕道行走，虽到彼稍迟，而添兵协剿更为得力也。至李侍尧奏报解银、米前赴台湾一折，自应如此办理。此项银、米，若该道府等果有冒滥，将来事竣后，李侍尧自能严行查核，据实参处。此时，惟当照彼所请，如数给与；若过于靳惜，则承办之地方官有所借口，而难民口食无资，势必去而从贼，岂非借寇兵而资贼势耶？又，现在台湾戌守兵丁，经常青等带领追剿，正当得用之时，若应轮届换班，遽行撤回，转将未历行阵之兵，派往更替，于事实属无益，自应俟事竣后，再行照例办理。
二十三日（己丑），李侍尧、徐嗣曾同奏言：闽省内地米谷，近因台湾商贩稀少，漳、泉府属市价稍增，经臣李侍尧于浙省筹拨米十万石，并酌筹平粜。兹复仰蒙圣谕，必须多为筹画，有备无患。现准浙江抚臣琅玕咨称，该省可以及时采买，臣等一面咨会浙省妥为筹备，约以十万石为率；一面委员前往会同该处地方官，妥协办理，由海道陆续运回。所需米价，应请即向浙省动支发值，既免解运之烦，复省水脚之费，更觉便益。至闽省筹办米石，固多多益善，而浙省春收虽稔，秋成尚远，诚恐贩运过多，致该处市价增昂，亦不可不为虑及。现在台湾军威壮盛，可期克日蒇功，臣等饬令该委员到浙省后，不拘买运多寡，一得此地捷音，即停止采买，庶于浙省粮价，不致有妨，而闽省民食，亦足资接济。奏入，报闻。
二十四日（庚寅），常青奏言：粤省官兵，惟总兵梁朝桂路远未到，此外镇将、弁兵俱已先后到齐，兵数较前已增。乃贼匪丑类众多，自府城十里之外，如虎尾寮、嵌顶埔、布袋尾、仑仔顶、大穆降等庄，先已被贼盘踞，到处焚劫，虽经派拨将弁带兵搜捕，犹敢恃众抗拒。于四月二十五日辰刻，南路之贼约有万余，围攻城外东、南、北三处营盘；其小南门外之桶盘栈营盘，有贼四、五千人来攻。臣在小南门城楼指示调遣，分拨副将官福、游击蔡攀龙率领弁兵，枪炮齐发，战至午刻，贼人退败。其大南、小东、大北各门，俱有贼千余人，俱被枪炮打回。共计是日枪炮打死贼匪四百余人，夺获贼械三十余件。又于二十九日卯刻，贼复纠众来攻城外三营盘。臣仍照前在小南门城楼指示，分拨堵杀，将弁兵民夺勇夹击，至巳刻，贼众败退。是日，枪炮打死贼匪约计四、五百人，夺获枪炮、刀牌等项。官兵、义民伤亡者，俱一并记功、赏恤注册。臣查贼人初起，为数有限，故大兵未到之先贼来犯郡，义民、乡勇尚能保护。乃数月以来，贼人党羽日积日多，蔓延肆扰。臣察看现今府城八门周围堆卡并城外三处营盘，势必留兵防御。原调现存及挑出凤山溃回各兵内，除拨给柴大纪一千一百余名外，酌留分派驻守，只有粤兵四千名；于进剿事宜，尚觉不敷应用。计算恒瑞所带之兵，旬日之内，即可到台湾。臣一俟满兵一千名到时，即同恒瑞起兵前赴南路跟踪搜剿。督臣李侍尧奏拨浙江兵一千名，随到即赶赴军营，则兵力益厚，军威益壮，南路之贼，定可迅速歼除。至满兵未到之先，仍派奋勇将弁酌带兵二千余名，在府城附近搜捕贼伙。再诸罗屡有贼扰，亦被柴大纪督率官兵杀退。但诸罗、彰化、淡水等处，因道路未通，兵分力薄，故柴大纪、普吉保等，尚未能进捣贼巢，直擒首恶。臣将南路扫除净尽，即乘势星赴诸罗一带，并力合攻，自可一举蒇事。
同日，柴大纪奏言：四月十六日寅刻，贼匪万余分作两路来攻诸罗城东、北二门营盘。臣饬令官兵、义民堵御，自寅至巳，贼尚不退，随将大炮联络轰击，打死执红旗骑马贼一人及贼匪数十名，贼始披靡。臣复率游击杨起麟、守备邱能成、陈明德、杨彲、把总蔡开祥、署诸罗县陈良翼并武举陈宗器、黄奠邦等各官兵、义民奋勇追杀。守备邱能成望见骑红马贼，认为林爽文，急欲生擒，带兵冲入贼队，兵丁邱文俊、胡得长放枪打倒贼马，贼即坠地，把总蔡开祥、罗勇赶上，认非林爽文，随将贼砍死。余匪被枪炮打死者约有八、九十人，贼众遁逃。官兵随至牛椆溪边，贼众先将上流溪水筑住，官兵追至时，贼众已将上流溪水尽发，官兵不能过，随收共回营。其冲入贼队内之右营兵丁沉朝佐、周振纲等十名，义民蔡群一名，俱被贼杀死。生获贼陈候、林允二名，杀获贼首四十二颗，夺获马匹、旗号、弓箭、药铅、竹牌等项。将获匪二名，审明正法。十八日黎明，北边贼匪数千蜂拥前来，臣督率弁兵奋勇迎敌，与贼对放枪炮，自卯至未，贼匪被大炮打死者百余人，贼稍退去。正在率军往追，见东边有贼匪千余突出，西边亦有数百，遂飞饬游击林光玉、李隆并各义民，一齐出战，贼匪被枪炮打死并杀死者甚多。至申刻，三处贼匪俱皆奔窜，追过牛椆溪，日暮收军。杀获贼首三十一颗，夺获子炮二门、火药一桶、绵被二条、大小旗杆、竹牌、半斩刀等项。惟是，首恶林爽文纠众复来侵犯，臣临阵未能即获，不胜忿恨。现经查探该犯，实在潜居何处，一得确信，自当竭力擒拿，并飞移总兵普吉保速即拨兵会拿。奏入。
上命军机大臣传谕常青、李侍尧、蓝元枚、柴大纪曰：看来，南路贼匪蜂屯蚁聚，势尚蔓延，常青发折时，只有粤兵一千名，于进剿事宜，似不敷用。计此时恒瑞所带满兵一千名及李侍尧奏拨浙江兵一千名，早抵台湾，兵力益厚，军威愈壮。常青、恒瑞亲督率前赴南路，跟踪搜剿，廓清后路；并拣派得力将备于贼匪出没各要隘驻兵守御，防其绕出来犯凤山郡城之路，最为紧要。至贼匪日积日多，蔓延滋扰，皆无借贫民迫胁从贼，一将林爽文擒获，自必纷纷溃散，所谓聚易、散亦易也。至乡勇、义民随同官兵昼夜防范，奋勇杀贼，实属可嘉！其阵亡受伤者，前经降旨照兵丁之例，加倍恤赏。本日柴大纪折内：有武举陈宗器、黄奠邦等率领义民奋勇杀贼，此等武举、义民非弁兵可比，能打仗出力，更应格外优奖，着即查明将陈宗器等拔补千总等官，以示鼓励。其有奋勇出众者，即超擢守备亦无不可，并着常青一体查明！义民向有实在出力者，必须迅速嘉奖，破格振擢，庶伊等共知奖劝，用命争先，于剿捕更为得力。其署诸罗县知县陈良翼，堵御贼匪，甚属奋勉，即着实授。柴大纪、普吉保果能将贼首林爽文生擒解京，其功甚大，必邀不次之赏。但该总兵等若自审兵力尚单，不能率兵深入、捣穴擒渠，亦应持重，不可冒昧轻进，究应俟常青统领大兵到时，会合夹攻为是。其逆犯王芬首级，既据常青查究明确，所有砍杀王芬之义民郑岱等，俱应酌量奖赏。
同日，李世杰奏言：请于苏州、松江等属常平仓贮项下，动拨谷二十万石，碾米十万石，由松、太一带海道运至闽省泉州，听候拨用，以济军需。奏入。
上命军机大臣传谕李侍尧、李世杰、闵鹗元曰：昨据李侍尧等奏，委员前往浙省购办米石，不拘多寡，一得捷音，即令停止采买。是浙省续办之米，尚可备而不用，又何须江省动拨仓谷，碾米运闽。惟是，闽省粮米向借台湾接济，今台湾贼匪滋扰，小民耕种失时，不但该处所产之米，不能运至内地，且漳、泉等属，因商贩稀少，市价稍有加增，兼以台湾支给口粮，抚恤难民等事，需用浩繁，转须由内地运往，此时或不妨宽为筹备，俾民食、兵糈益资充裕。现在江省仓谷，业经李世杰等动拨出碾，且毋庸配船起运。着李侍尧察看情形，如兵粮、民食足敷应用，不须邻省协济，即咨会李世杰等停止起运；倘闽省粮米尚有未敷，必须广为储备，亦即一面咨会李世杰等，令其委员押运，一面奏闻。
二十六日（壬辰），上命军机大臣传谕常青、李侍尧、蓝元枚、柴大纪、普吉保曰：现令军机大臣审讯林小文供：『林爽文所住之大里杙山，纵横皆约有五里，可容万余人。比内林姓聚族而居，共有三千余丁。庄内以大毛竹为墙垣，墙外有溪水环绕』等语。将来擒获首犯、剿灭贼巢后，所有林姓各犯三千余人，俱系党恶附逆，必须搜捕净尽，不可使一名漏网。但据供大里杙庄，以毛竹为墙垣，周围又有溪水环绕，且贼匪盘踞已久，其防守自必周密；常青到彼时，务须四面围绕，设法攻砍；此等毛竹围墙，当以火攻为上策。所有应用火药，不可不多为预备；设有不敷，即当由内地调取。至筹备军械、火药等项，源源接济，着交李侍尧专办；倘有短绌，惟该督是问。至林爽文屡次攻犯诸罗，似因柴大纪任台湾总兵日久，稍有威望，是以专力侵犯。使柴大纪不能抵御，为其所图，则此外诸人，更可不以为意，得以肆行无忌。柴大纪能悉力堵御，奋勇杀退，甚属可嘉！常青令参将潘韬带兵一千余名，前往协剿，助其声势，甚合窽要。但普吉保驻扎鹿仔港，距诸罗甚近，自亦必有贼匪来扰，断无坐守之理，何以未据该镇奏及？着普吉保即将近日鹿仔港有无贼匪滋扰及堵御截杀情形，据实速奏。蓝元枚带领浙兵前抵鹿仔港，固不可冒昧向大里杙贼巢进攻，但诸罗、彰化、斗六门、大武陇等处，南北通衢皆为贼人占踞，蓝元枚至彼，当会合普吉保整顿兵力，先至诸罗帮同柴大纪设法歼擒，以便常青将南路贼匪除尽，直由中路、北路进抵大里杙，不致中途少有阻挠，方为上策。至本日解到四犯，皆系义民擒获；又解到贼匪蔡纲供称：『跟随赖树打仗伙党共五、六百人，后遇义民四、五千前来攻剿，即被杀散拿获』等语。是乡勇义民不仅奋勉可嘉，而且较之官兵数多；着常青即行查明，加意奖励，破格赏擢，俾伊等益知激劝，于剿捕更为有益。