五月十一日（丁丑），上命军机大臣传谕常青、李侍尧、蓝元枚曰：昨据李侍尧奏，黄仕简、任承恩业经委员起解。伊二人既经送回内地，而蓝元枚未抵台湾，所有水师、陆路两提督印务，是否遵照前旨分交柴大纪、普吉保二人署理，何以前此常青折内未经奏明？又阅常青初到台湾奏到情形折内，称任承恩虽未能向前，但北路避贼人民俱在鹿仔港，若遽行撤动，恐贼人乘虚窃发，请暂留任承恩带罪督兵等语。常青既因鹿仔港紧要，欲留任承恩在彼，嗣因接奉谕旨，即将任承恩解任，送回内地，是该处止有普吉保一人，势力单薄；何以常青于送回任承恩时，并未将如何传旨将伊解任，是否需人协助之处，筹画奏及？且阅李侍尧折内，称接据普吉保咨称，但能于打仗出力，至调度筹画实非所长，是普吉保亦自知限于才力，不能独当一面等语。又似常青令彼暂署任承恩之任矣。朕早经虑及该镇到任未久，于地方情形未能熟悉，且不通闽省语音，遇有调遣官兵及晓谕乡勇义民等事，恐多未便。是以谕令蓝元枚不必在漳浦留滞，速即前赴鹿仔港。今蓝元枚尚未奏报放洋日期，而该处止有普吉保一人，鹿仔港距大里杙贼巢最近，恐贼匪闻而生心，乘虚窃发，深为廑念。已节次降旨令蓝元枚星速前赴鹿仔港，以资守御。昨又念及蓝元枚所统领之浙省兵丁，素性脆弱，殊不足恃，特谕蓝元枚到鹿仔港时，止须合同柴大纪、普吉保整顿兵力，遥为声援，牵缀贼势，总俟常青到彼，定期夹攻。蓝元枚务须凛遵前旨，迅赴鹿仔港，审察迟速缓急机宜，养精蓄锐，以期并力会剿。再常青前奏贼匪占踞斗六门，我兵南北两路信息梗阻，此事最关紧要；蓝元枚尤应会同柴大纪、普吉保先将斗六门、大武陇等占踞之贼匪，尽力歼除，以通南北大路，庶常青统兵前进全无阻隔，可成破竹之势。再常青前次奏到之折，有彰化、诸罗、凤山等县被抢掠一空，闻官兵将至即舍城而去，官兵既已入城，即以克复城池咨报。并闻彰化城中仍有贼人来往，何得谓之克复等语。所奏自属实在情形，凤山一县得而复失，业将郝壮猷治罪，而彰化、诸罗，前柴大纪、陈邦光等，亦俱称率领兵民奋勇杀退贼匪、克复城池，亦不免有冒功谎报情事矣。但现在该二县究竟 有无贼匪往来占踞？况从前陈邦光恢复彰化后，自必领兵在彼驻剳，兹常青查奏，该处尚有贼匪往来，是陈邦光恢复后又舍此何往？断无与贼同在一城，互相坐视之理。该镇、将等从前有无借事铺张捏饰之处，常青何以尚未据覆奏？若此时该镇、将等，皆知过奋勇效力，又当以功赎罪。总在常青善为驾驭，鼓励用之而已。再副将徐鼎士前经常青等派令带兵剿贼，而该副将复以艋舺民人恳求留驻，尚在未行。曾谕常青严查，该副将有无托词规避之处，亦未据查明具奏，着常青一并详查，不可稍存姑息之见。
十二日（戊寅），上命军机大臣传谕常青、李侍尧、蓝元枚、普吉保曰：常青初抵台湾，存城兵数无多，贼匪分路攻犯府城，常青亲率官兵、乡勇迎捕截杀，斩获甚多，贼匪败退。续调官兵未到以前，尚能如此连得胜仗，现在大兵云集，军威壮盛，常青统领廓清后路，无难将窜聚贼党，尽数歼除。是此时南路情形，尽可无虑。惟北路鹿仔港一带，前据常青奏称避贼难民俱在该处，恐贼人乘虚窃发，欲留任承恩在彼带罪督兵。今既将任承恩遵旨送回内地，则该处止有柴大纪、普吉保二人，恐兵势单薄，难以支持；且兵民人等见提督解任送回内地，未免心生疑惧。而鹿仔港距大里杙贼巢最近，深虑贼匪闻而生心，乘间窃发，着传谕蓝元枚速赴鹿仔港，会同柴大纪、普吉保整顿兵力，遥为声援，牵缀贼势。蓝元枚未到以前，北路系专交柴大纪、普吉保二人在彼办理，柴大纪、普吉保皆系总兵大员，虽调度筹画非其所长，而临阵打仗情形，亦应随时奏报，何二人近来无一折奏耶？况前据常青奏，柴大纪驻札诸罗，屡有胜仗。贼匪既至诸罗滋扰，柴大纪与之打仗；普吉保驻剳鹿仔港，与大里杙贼巢尤近，自亦必有贼匪来扰，断无互相坐视之理，何以俱未据该镇等奏及？着再传谕柴大纪、普吉保将现在北路堵剿及贼匪曾否在鹿仔港滋扰，暨官兵有无剿杀打仗情形，各行迅速据实奏闻。
十六日（壬午），常青奏言：四月十九日将郝壮猷押赴军前正法，在军将弁无不儆惧。并飞剳柴大纪、普吉保令其戴罪图功，奋勉出力，以郝壮猷为前鉴。至凤山退归之兵，其初止存四百余名，现奉恩旨贷其一死，尽皆感戴输诚，愿效死力。其余尚有未回官兵，是否阵亡抑系溃散躲避，容即逐一确查办理。从此，军令益明，士气倍奋；现在南北贼匪稍知敛迹。但察看各路镇将遇贼侵犯，尚能杀获取胜，而俱未能扫穴擒渠，固由从前彼此观望，亦由道路未通，势分力薄。兹福州将军恒瑞、提督蓝元枚亲身领兵，前来台湾会合进剿，俱各授为参赞大臣，正可与之悉心筹画。惟立定主见，不以零星打仗，致稽时日。惟俟粤省兵四千名及驻防满兵一千名，不日到齐后，即亲自统领，厚集声势，严整纪律，一鼓作气，从南路以至中路、北路，务期乘胜长驱，克期蒇事。再查游击郑嵩，在凤山杀贼阵亡；此外，尚有游击延山，在南门山埔御敌，被贼围害；原任同知王隽，在凤山之石佛头地方，骂贼被害，理合附奏。至总兵普吉保，自调赴北路后，在八卦山打仗尚知出力。柴大纪保守诸罗，屡据该镇禀报贼众来攻，该镇亲督将弁，带领兵丁、义民将贼杀退。臣覆查无异，是柴大纪、普吉保，尚无畏葸情事。副将徐鼎士前抵淡水，经任承恩调赴鹿仔港，以艋舺民人恳留未行。查淡水地方辽廓，亦有贼匪啸聚，现无文武大员在彼，则该处民人请留弹压，尚系实情；臣到台湾后，节经札查。兹于四月十九日，副将徐鼎士、游击吴秀等禀报，三月初二、二十一等日，在淡水属之三貂、金包里等处，与游击易连、护参将罗礼璋等，带领官兵、义民剿杀贼匪，俱各得有胜仗等情。自是由淡水至台湾府城南路梗塞，所以禀报稽迟。但淡水距府既远，所报打仗杀贼，尚须确查；如有捏饰，定按军法惩治。再调赴台湾之粤兵四千名，总兵陆廷柱所带之二千五百名，已到。派往鹿仔港之一千五百名，檄令全赴鹿耳门，现已陆续改赴，已到一千三百余名。其二百余名，以及总兵梁朝桂，俱计日可到。臣现于旧存及散回各兵内，挑其壮健可用者，间入新兵，令勇往之将弁各带领数百名，于附近府城贼匪往来之处，先行逐一搜捕，除俟添调内地官兵到
同日，柴大纪奏言：自本年正月二十二日克复诸罗，贼匪四散窜匿，当将城内安抚，随剳营北门外田洋，就附近村庄遍处搜捕。至二月初八日，有奸匪张慎徽假充义民，先将与逆首林爽文不和之伪先锋吴聪擒交武举黄奠邦解献，以为凭信，是日带匪伙三十八名前来，求在军前效力，希图内应。臣见其形迹可疑，令张慎徽一人进见，余人俱在营外。询其言语枝梧，随密饬将备将匪伙尽行擒获。臣将张慎徽擒拿研讯，据供实系谋为内应，随将该犯等尽押教场枭首示众。当差把总李春魁带兵并县役林秀等，往该犯家中拿获该犯之母吴氏、妻董氏、子张振传、女随娘并幼子一口；搜出林爽文约单一纸，内开「速拨勇伙一千名，候齐攻取诸罗」字样。随将该犯家属人等，发交署诸罗县收禁。又十二日探得贼匪聚集二千余人，离诸罗县城二十里之大坪顶，随饬游击杨起麟、林光玉、守备陈明德、邱能成带兵八百名，又武举陈宗器、黄奠邦带领义民，臣带兵二百名随后接应，于十二夜五更起行，黎明齐赴大坪顶围拿。杀毙贼匪多名，生擒蔡庆、翁月等七名；又义民县役获贼黄专等，共十七名。除蔡庆一名伤重，旋即身死；其翁月等十六名，审明随贼打仗、烧庄，即行正法。又二十五夜、二十六日，贼匪蔡福约会南路贼匪陈灵光，两路夹攻诸罗。蔡福贼众先来攻北门营盘，臣督率官兵、义民，奋勇力战，自亥至卯，贼被枪炮打死者数百，杀获首级三十余颗，生获贼匪张淡等二十三名，抢获行营炮一门，百子炮二门，余匪远逃。正在追赶间，适南路贼匪陈灵光等数千人，来攻东南门营盘，随即将兵收回，与游击李隆、林光玉合兵一处，协力剿杀。自未至酉，贼匪被枪炮打死者百余人，余匪四散奔逃；生获贼匪林洗、谢蒲、许进三名。因近黑夜，不敢远追。其许进被枪伤重，解至军营身毙，枭首。是日，两处获贼张淡、林洗等共二十五名，其张淡、林洗、黄润、胡炎、张力、吴道、王沉、周春、杨辅、王玉、周文、谢蒲等十二犯，解送提臣究办。其黄光兴、陈洪、卢力、卢罕、李圭、林砚、陈光弼等七犯，因受伤重，越日身死，戮尸。又三月初二日，探贼目李阿七并南路贼目陈灵光等，率众数千人，聚集牛稠山北势庄。臣酌留游 击林光玉仍守营盘，督率游击杨起麟、李隆、守备邱能成等，带领兵丁、义民，前往剿拿，枪炮打死贼匪数百名，杀死者亦多。内杀死骑马贼一名，搜出伪辅国帅印一颗，余匪四散奔逃。生获贼匪张炎等十七犯，审明正法。其伪印暂存另解。再三月初八日，南路凤山县复被贼陷，逆首林爽文复肆鸱张，于三月二十九日，纠众数万，分路复攻诸罗。臣飞饬驻剳东门外游击林光玉、驻剳南门外游击李隆，实力防御；又派署把总蔡开祥、孙朝亮带领枪炮兵丁，赴西门外要路截拿；臣亲督游击杨起麟、守备陈明德、杨彲、邱能成等，仍在北门外田洋堵御。贼众将近营盘，臣率将弁兵丁向前抵御，连放大炮轰击，自卯至未，打死贼匪甚多，贼众奔逃。随率将备、兵丁、义民乘势追过两条溪，至火烧庄地方，因日暮收军。夺获百子炮一门、火药一桶、布帐房一架，斩获贼首八十六颗；生获贼匪蔡瑞等一十名，又诸罗县役生获贼匪萧光明一名，俱审明正法。再四月初四日，逆匪林爽文等纠众数万，分作三路来攻，东、北、西三门营盘。臣督率将弁兵丁齐放枪炮，自卯至午，打裂大炮二门。贼匪虽被枪炮打死数百名，尚冒死前来，臣亲率杨起麟、邱能成，饬将大炮往前上紧连轰，官兵并各义民及壮番一齐奋勇冲杀，贼始败退。追至白石庄，贼被枪炮打死者数百，贼匪奔逃。又南门外草店尾贼匪数千来攻，即收兵带赴南门，督率官兵、义民向前力战，打死贼匪百余名，贼匪逃遁。追至火烧庄，因天晚收军。番民阿里稍被伤，吧咆阵亡。夺获炮一门、器械等项，斩获贼首三十余颗。生获贼匪陈全、陈立、吕宪等三名，审明正法。再安平右营兵丁陈恩成，私往云霄厝强取民人张陈氏衣服，拿解研讯属实，随将衣服追出，给还张陈氏领去，即将该兵丁正法示众。并将管束不严之署把总黄春阳，捆责示儆。又四月初十日卯刻，贼匪万余人，分作三路来攻东、西、北三路营盘。臣督令各营官兵、义民抵敌，自卯至未，我兵连放大炮数十门，打死贼匪数百名，贼尚恃众不退。臣率游击杨起麟、守备邱能成等并武举陈宗器、黄奠邦、监生徐宜玉、贡生杨振魁、武生王得禄等，各义民壮番一齐向前力杀，连放大炮，打死骑白马贼一名、骑红马贼一名，余贼 被炮打死甚多，贼众向北飞逃。臣分兵三路直前进杀，杀死贼匪数十名，追至牛稠山后，贼匪四散逃窜。将贼匪所搭草寮，尽行焚烧。因营盘空虚，未便远追，随即收军。查镇标外委刘钦、兵丁程忠、吴森三名，遇贼惧怯，不放枪炮即行逃回，以致贼冲入队，兵丁郑得洪、林义、傅起龙、张应选、李日全等五名，被贼杀死。当经游击杨起麟、把总陈洪猷等，奋力杀贼，队伍得以不乱。似此临阵退缩之弁兵，若不速正典刑，无以儆戒将来，随将刘钦、程忠、吴森等三名，在军前正法，将首级遍游各营示众。夺获大、小旗十五杆、铅子一篓、帐房二架、牛皮牌、竹牌、半斩刀等项，斩获贼首五十八颗。生获贼匪萧全、刘科、郭元、林清元等四名，审明正法。十二日寅刻，贼众万余复来攻西、北二处营盘，先放枪炮。臣督令将备官兵义民与贼对放枪炮，自寅至午，贼被大炮打死百余名，我兵奋勇前进，又打死骑马贼二名。内一名身边搜出伪单一纸，写股头陈葛名字。贼随退怯。臣督率将弁、官兵、义民，向前追杀，至火烧庄地方，贼匪四散飞奔。又据报南边贼匪数千来攻南门。臣见北路贼众逃去已远，随将兵收回，赶赴南门，督令奋勇力战，齐放枪炮，贼被大炮轰死甚多。督饬游击李隆等带领兵丁、义民，前往追赶至八奖溪边，贼匪遁远，日暮收军。夺获马蹄炮一门、铅子一包、牛皮牌、竹牌、长枪等项，斩获贼首四十八颗。生获贼匪陈谐、洪干、郭苞、刘浅、李俊、黄鲁、吕送、李报，又县役拿获简宗一名，共九名，审明正法。伏思诸罗地居台湾之中，为南北要区，逆匪林爽文复纠南路贼目陈灵光等，日来侵犯，虽经臣叠次杀败，乃匪徒尚多。诸罗陆续收到溃回兵丁五百余名，俱无器械，惟就地设法制办长枪配用。臣所带之兵，共止一千九百余名，若统带北剿，诚恐县城难守；如酌留守城，则臣之兵亦觉单薄，难以剿捕。现已呈请督臣常青拨兵来守诸罗县城，随即督兵长驱直前，会合总兵普吉保并剿贼巢，擒获渠恶，以期迅速蒇事。又台湾额兵并外委额外共一万二千一百六十八名。内北路协中左右上淡水等四营额兵共三千零二十二名，当逆匪滋扰之时，该四营兵丁自守不敷。南路营、下淡水营两营额兵共一千五百一十四名 ，北路既被贼扰，南路亟宜防备，惟有饬该两营严加守御，所有兵丁，难以抽调。镇标中左右三营额兵，共二千五百四十五名，内先经调拨镇标中营游击耿世文等带兵三百名，赴彰化查缉；续又拨镇标左营游击李中杨、千总苏明耀、魏大鹏等共带兵六百名，往诸罗接济；又臣带本标兵三百名，在盐埕桥堵御外，尚有兵一千三百四十五名。臣前奏调度水陆官兵四面守御，俱系离城稍远之各总要处所剳营，而城内地方辽阔，亦不得不再加防范。城守两军额兵共九百三十二名，内派拨左右两军守备带兵五百名，驻剳小东门外旧万寿亭，尚有兵四百三十二名，不敷分守，东、西、南、北，大小八门。且府城周围所安木栅，原属稀疏，每根俱离数寸，处处可以偷钻。当与台湾道永福相商，饬署中营游击守备王天植，会同左右营将弁，将镇标三管所存兵丁一千三百四十五名，除管理火药军装外，俱令添防各城门，并于城内挨靠木栅节节安兵，昼夜严守。台协水师三营额兵共二千二百九十七名，内游击杨起麟、林光玉共带兵七百名，跟随臣在盐埕桥营盘，又游击郑嵩带兵一百名，在郡城巡查弹压外，尚有兵一千四百九十七名，分防鹿耳门并北路鹿仔港、南路打狗、东港等处；各洋面口岸，均关紧要。澎湖协两营额兵共一千八百五十八名，内调游击蔡攀龙带兵七百名，来台湾驻扎南门外桶盘栈，余兵仍守澎湖。上年十二月，臣在盐埕桥御贼，实仅有兵一千余名，此实在情形也。当时急忙，未将台湾原设兵额一万余名，奏明现作何用，实属糊涂，咎无可辞。兹蒙总督臣常青转饬，理合明白具奏。均奏入。三十二名，不敷分守，东、西、南、北，大小八门。且府城周围所安木栅，原属稀疏，每根俱离数寸，处处可以偷钻。当与台湾道永福相商，饬署中营游击守备王天植，会同左右营将弁，将镇标三管所存兵丁一千三百四十五名，除管理火药军装外，俱令添防各城门，并于城内挨靠木栅节节安兵，昼夜严守。台协水师三营额兵共二千二百九十七名，内游击杨起麟、林光玉共带兵七百名，跟随臣在盐埕桥营盘，又游击郑嵩带兵一百名，在郡城巡查弹压外，尚有兵一千四百九十七名，分防鹿耳门并北路鹿仔港、南路打狗、东港等处；各洋面口岸，均关紧要。澎湖协两营额兵共一千八百五十八名，内调游击蔡攀龙带兵七百名，来台湾驻扎南门外桶盘栈，余兵仍守澎湖。上年十二月，臣在盐埕桥御贼，实仅有兵一千余名，此实在情形也。当时急忙，未将台湾原设兵额一万余名，奏明现作何用，实属糊涂，咎无可辞。兹蒙总督臣常青转饬，理合明白具奏。均奏入。三十二名，不敷分守，东、西、南、北，大小八门。且府城周围所安木栅，原属稀疏，每根俱离数寸，处处可以偷钻。当与台湾道永福相商，饬署中营游击守备王天植，会同左右营将弁，将镇标三管所存兵丁一千三百四十五名，除管理火药军装外，俱令添防各城门，并于城内挨靠木栅节节安兵，昼夜严守。台协水师三营额兵共二千二百九十七名，内游击杨起麟、林光玉共带兵七百名，跟随臣在盐埕桥营盘，又游击郑嵩带兵一百名，在郡城巡查弹压外，尚有兵一千四百九十七名，分防鹿耳门并北路鹿仔港、南路打狗、东港等处；各洋面口岸，均关紧要。澎湖协两营额兵共一千八百五十八名，内调游击蔡攀龙带兵七百名，来台湾驻扎南门外桶盘栈，余兵仍守澎湖。上年十二月，臣在盐埕桥御贼，实仅有兵一千余名，此实在情形也。当时急忙，未将台湾原设兵额一万余名，奏明现作何用，实属糊涂，咎无可辞。兹蒙总督臣常青转饬，理合明白具奏。均奏入。
上命军机大臣传谕常青、李侍尧、蓝元枚、柴大纪曰：柴大纪驻守诸罗，在大里杙贼巢之南；普吉保驻守鹿仔港，在大里杙贼巢之北。若柴大纪一俟添兵到彼，即率领进剿，直捣贼巢，设贼匪一面负嵎死守，一面分布党羽，从山僻小路绕出官兵之后，复滋扰诸罗，则柴大纪前后受敌，退无所归，兵心未免惶惑，于事大有关系，不可不虑。前经有旨谕令蓝元枚一到鹿仔港，祗须会同柴大纪、普吉保，整顿兵力，作为进攻大里杙，以牵缀贼势，无庸念于进兵，想常青亦见及此矣。此时，柴大纪即有常青续拨官兵来到诸罗，仍应固守该处；或会同普吉保先将南北通衢斗六门、大武陇等处之占踞贼匪，剿除廓清。总俟常青统领大兵到时，合力直捣贼巢，无难一举集事；不可冒昧轻进，置诸罗于不顾。行军之道，有欲速而反迟，似缓而转急者，该镇不可不审度机宜，权衡悉当也。现在，审讯贼伙林家齐，有：贼首林爽文事势穷蹙，欲逃往内山；生番不爱银两、只爱花红布疋之语。虽系贼匪混供，不足凭信，但贼匪将来势穷力极，明知一经官兵擒获，万无生理，或窜入内山勾结生番，希图苟延残喘，亦事理所有，不可不预行筹办。生番伏处内山，性同禽兽，未必通晓理义，但利害或知所趋避。常青即可先趁此时，悬立赏格，令其缚献首伙各犯，即给以花红布疋，生番贪图货利，自必踊跃乐从。并广行出示，开诚晓谕该生番，以贼匪数千人窜入尔境，必将占踞尔之地界、侵夺尔之牲畜，日久受其扰累；若能擒获献出，既可得受恩赏花红布疋，又可免贼人侵害。如此，令明白通事恺切宣谕，生番自为生计，贪图利便，自不致容留藏匿。常青仍应拣派奋勇能事将领，带兵于通内地各要隘处所，严密防堵，将来进兵时四路截拿，更可一鼓歼擒，搜捕净尽，不留余孽。至凤山溃回兵丁，常青处前后有一千一百余名；柴大纪处，又称有溃回兵五百余名，想来，自系在凤山败逃之数。如果该兵丁等，逃后仍敢去而从贼，查获自当即行骈诛；今竟尚知大义，不敢从贼，仍自行投到，随同官兵打仗出力，尚有一线可原，自可贷以一死，令其戴罪图功。至副将徐鼎士，所禀被百姓留于艋舺剿捕贼匪之处，是否确实，统俟事竣之后查明；如有捏 饰，再行参处；尚可从缓，非此时之急务也。再柴大纪折内，称所获贼匪张淡等犯，解送提督黄仕简究办，黄仕简曾否审讯明确，作何办理，并着常青查明，据实覆奏。
上又谕内阁曰：柴大纪驻守诸罗，两月有余，贼匪屡次滋扰，连得胜仗，斩获甚多；并能识破内应奸匪，擒拿正法，柴大纪前此保卫郡城，及此次驻守诸罗堵御贼匪，始终奋勉出力，朕心深为嘉奖！并将私往村庄强取民人衣物之兵丁陈恩成，审明正法，衣物给还原主，所办尤为得当。柴大纪着交部议叙，并赏大小荷包。仍赏常青、恒瑞奶饼各一匣；蓝元枚、柴大纪、普吉保奶饼共一匣，着各查明打仗出力将备官员，分散赏给，俾得均沾恩赉，以示鼓励。至常青所奏，游击郑嵩、延山，在凤山杀贼阵亡；又委解兵饷之原任同知王隽一员，骂贼被害，俱属可悯！郑嵩、延山、王隽，均着交部照例赐恤。又柴大纪连次打仗，所有阵亡受伤弁兵，俱着该部查明照例赏恤。至乡勇、义民随同官兵昼夜防范，奋勇杀贼，实属可嘉！其阵亡受伤者俱着遵奉前旨，照兵丁之例，加倍恤赏，以示鼓励。又番民吧咆被贼炮打死，阿里稍被炮受伤，较之乡勇、义民更当优赏，着常青分别妥为赏恤。其随同柴大纪打仗出力之武举陈宗器、黄奠邦，亦着常青酌量奖赏具奏。