康熙十四年七月丁亥朔，命将军阿密达等速定平凉。阿密达奏言：王辅臣亲领精锐及秦州逃出余孽毕集平凉，庆阳群盗依山结垒。臣以孤军前进，恐未易奏功。乞敕将军贝勒洞鄂等酌量留兵驻守秦州，余兵尽会平凉；提督陈福及鄂尔多斯兵，令其攻取定边、固原并遏贼庆阳之援。臣率在泾兵出白水，由平凉东面进攻，则下平凉较易。上谕曰：兵贵神速，机不可失。平凉逆贼闻大兵克取秦州，众心惊扰；我兵宜乘胜长驱，攻取平凉。将军阿密达逗留不前，殊属非宜！前曾添发兵马，近总督周有德又将红衣炮运送平凉，阿密达当克期攻取；如势有未便，当移会大将军贝勒等会商夹剿之策。再敕提督陈福速取定边、固原，将军毕力克图等急定延安，移师平凉会剿。
庚寅，谕赦耿昭忠等罪。上谕吏、兵二部：耿精忠背恩附逆，煽乱闽疆，荼毒生灵，罪恶重大；兄弟亲属，律应不赦。但念其祖耿仲明于太宗文皇帝时航海归诚，效力行间，着有劳绩；其父耿继茂于世祖章皇帝时亦效力行间，镇守边陲。今精忠虽行同禽兽，上负国恩；其弟昭忠、聚忠及亲属下人等道途越隔，实未同谋，竟尔株连，朕心不忍！其概从宽典，尽释之。所有官爵，悉令如故。
臣谨按：负国之贼，必加以族诛，用惩乱逆。耿精忠世受深恩、叨袭王爵，不思竭诚守节、报塞高厚，乃妄行煽乱、荼毒封疆，恶极罪大；戮及九族，于法允宜。况昭忠等系精忠亲弟，尤不可赦。而我皇上犹悯其先人曾经效力，且念昭忠等道途隔远、未与同谋，免死宥■〈自上辛下〉，俾服职如故；即其它逆犯族属、法应同坐者，往往予之宽贷，不忍悉诛：如天好生之仁，诚度越千古矣。
将军毕力克图奏复延安。毕力克图率兵自绥德趋延安，六月二十五日逼城而陈贼宵遁，遂入延安；乃分兵追贼，于宜川县斩获甚众，连复宜川、保安、塞安、安定诸县。
申谕王辅臣。敕曰：吴三桂为逆，人心惊扰，怀疑瞻顾者多；惟尔知守臣节，出首逆书，遣子继祯入奏，朕甚嘉之！是用锡尔世职、官尔子卿贰，以励忠悃。后经略莫洛率师进蜀，调遣失宜，变生仓卒；尔被逼胁，陷于叛乱。朕闻之，未忍加诛，即遣尔子往谕。盖谓尔封疆旧臣、屡受国恩，自当悔祸来归；不意尔反生疑畏，窃踞如故，殊负朕至诚恻怛之怀。近大将军率诸将已破秦州，蜀寇相率窜遁；平逆将军又取延安，兰州、巩昌以次底定。大兵云集，平凉灭在旦夕。但平凉兵民皆朕赤子，克城之日必多杀伤；以尔之故而驱民于锋镝，朕甚不忍！今复勒尔自新；若果输诚而来，岂惟洗涤前非，兼可勉图后效。尔标下官兵及地方文武官民，诸当坐者，概行宽宥；其拘留祝表正之罪，悉赦除之。朕为百姓主，务期保全，以靖民生；慎毋惛瞀，自干天讨。负此殊恩，虽悔曷追！尔其钦哉！
臣谨按：行师之道，抚剿不同；至于戡乱安民，其意一也。时王辅臣负恩反叛，称兵秦、陇之间；六师致讨，无难扑灭。而皇上念叛寇固当歼除，但陷贼良民皆吾赤子，虑兵威所及，玉石俱焚；故先遣其子往彼宣谕，旋颁敕旨特行招抚。迨辅臣执迷不悟，复陈利害以晓示之。谆切再三，必开以自新之路者，盖欲免秦民之涂炭，亦所以保全辅臣也。使辅臣稍有人心，捧诵德音，自当感泣悔罪，束身请降。夫何反复成性，狙诈多端；累次招徕，终不悛改。皇上鉴度情事，谓非以兵威重创之，不能使之革面；乃授图海为大将军，往督官军，大败其众于平凉城北。辅臣惶迫，始俯首来归。皇上抚剿兼施、恩威并用，神武不杀之概，于兹益着矣。
丙申，命都统噶尔汉为镇安将军，帅师驻河南；副都统龚图等帅师自河南赴荆州，尚书科尔扩岱等帅师守兖州。时理藩院尚书阿穆瑚朗奉命调科尔沁等部落蒙古兵三千人，期以八月先后入京。上谕：授都统噶尔汉为镇安将军，率每佐领护军一人、蒙古兵一千七百人驻守河南。令副都统龚图等率见在河南满洲蒙古兵赴荆州；此兵到日，或遣往彝陵、成分荆州兵遣往，听大将军顺承郡王等酌量以行。复令散秩大臣博罗特率蒙古兵六百人赴兖州，付副都统额赫讷管领；其后至蒙古兵七百人，尚书科尔扩岱率往兖州驻防。寻噶尔汉将行，上召人，面谕之曰：尔所率蒙古兵马虽不甚肥健，今野多青草，必不误师行。闻前发蒙古兵卒沿途颇肆扰掠，此行尔其加意严禁，毋侵夺民物；凡行军驻营，俱令与满兵相近，勿得远离。
癸卯，西宁总兵官王进宝奏复兰州。官兵围兰州，贼数路出，进宝率官兵分御力战，贼大败，奔入城；又造木筏百余，将渡河遁，进宝设兵沿河邀之，贼计穷，伪总兵赵士升等于六月二十六日率伪官兵以城降，原任布政使成格同笔帖式二人来归。寻命逮成格等至京师，拘禁之；后伏诛。
甲辰，将军侯张勇等奏复巩昌。叛贼陈可等窃据巩昌，张勇与巡抚华善围之，两月不下；会秦州已克，将军穆占等率兵来会，贼知势穷援绝，遂降。
乙巳，提督陈福复定边。陈福同蒙古贝子达尔扎各台吉、郎中额业图等围困定边，擒叛将朱龙父子于沙家涧，斩之；定边遂平。
丙午，命诸将分道攻平凉。时王辅臣再疏奏言：皇上念及兵民，概从赦宥；但如何抚辑，天语未及。在事兵将，未免瞻顾。上谕曰：前颁敕谕，官兵百姓一概免罪，炳若日星。且秦州诸处投诚官兵俱已安插得所，逆贼王辅臣岂不闻知！若果倾心投诚，当遣伊子王继桢或标员赍奏；今不遣来，而本内之词又复骄倨，是则借端推托，特为缓我大兵之计。着将军侯张勇速赴秦州，会同大将军贝勒洞鄂等酌量留兵防守秦、巩等处，速行进取平凉；提督陈福速取固原，夹攻平凉；将军毕力克图统领官兵，速赴将军阿密达军前；都统海尔图等速运红衣炮赴平凉，仍固守陇州，断贼后路。
命纪大将军安亲王岳乐等失利罪。岳乐等既克建昌，欲平附近余孽，令都统霍特等取石峡村；六月二十五日，霍特等率兵至石峡，时天暑甚，贼伏兵从两山出，我军陈乱奔却，署副都统雅赉等战没，霍特等退保新城。岳乐以其状闻，上命事平察议。
臣谨按：初，安亲王岳乐之既克建昌也，上以时方盛暑，命率大将军还南昌息兵秣马，俟秋凉候诏指挥；此诚审时度利、万全之胜算也。岳乐宜恪遵成命，俟时而动；乃狃于小利，遣兵急攻石峡，卒以冲热致人马疲困，损将丧师，无不如睿虑所料者。皇上于万里之远，瞭若目前；而岳乐身在军中，昧于从事。于此益见圣算如神，非诸将所能仰窥也。
戊申，戒谕大将军贝勒洞鄂等。上谕洞鄂等：国家仰承天眷，秦州、巩昌、兰州诸处相继收复，朕甚嘉悦！此皆保宁还旆之兵间关跋涉，戮力效命之所致也。尔等当时时轸念劳苦，方见恤下之恩。尔等将兵在外，谙练已久；事无大小，务期协和持平而行，乃克有济。亦知尔等必体朕意，不为己利；但所虑如此，故加告诫。将军张勇劳绩甚茂，慎勿轻侮，致滋嫌隙。尔等殚心谋国，运筹制胜；尚期一德同心，早奏荡平，以副朕倚毗至意。
己酉，调兵守潼关险要。总督哈占奏：兴安游击王可成等于本月初八日复叛，总兵官党塞及道官兴永朝奔至西安。请移潼关绿旗兵守商州，遣臣标绿旗兵守旧县关及子午、太乙二峪，分省城满洲兵守潼关；总督鄂善、巡抚张德地停赴延安，留守省城。上谕：先因将军毕力克图自延安赴将军阿密达军前，延安系新复之地，安抚残黎、保固疆土，事极紧要；故遣鄂善等速往。今省城见有副都统德业立等兵，鄂善等至今未行，殊属不合！谕到，鄂善等仍着速赴延安。兴安兵既叛，潼关地属最要，应檄驻太原将军乌丹分兵潼关，同夸兰大鄂尔博西等协力固守。余悉如哈占请。
辛亥，诏增荆州彝陵兵。时大将军顺承郡王勒尔锦奏：荆州兵少，今虽调副都统龚图兵援荆州，未能即至；乞令龚图移驻南漳，更调南漳、襄阳满洲蒙古兵就近来援。上从之。既勒尔锦又奏：彝陵贼进据江渚，火器甚多；我兵须多用鸟枪居前、步骑续进，乃可长驱。乞调发绿旗鸟枪手三千人并就近拨满洲兵速赴军前。上谕：逆贼吴三桂见在松滋，大将军贝勒尚善疏言廖、祖二贼复以贼七千余前至松滋，则荆州、彝陵兵力似属单弱；拨岳州兵内每佐领一人速赴荆州，着见驻兖州护军统领察哈泰尽率满洲汉军兵、河南提督佟徽年选标下鸟枪手三千人并赴荆州，听大将军顺承郡王勒尔锦调度。
壬子，命平南亲王尚可喜等讨叛贼祖泽清。总督金光祖奏：总兵官祖泽清以高州叛。上谕：将军尼雅翰见统兵驻广东、前锋统领舒恕亦率兵前往，着平南亲王尚可喜、将军尼雅翰、总兵金光祖等会商扑剿，毋使贼得滋蔓；仍严饬沿边将弁固守地方。
癸丑，将军侯张勇请还师防边，上不允。张勇奏：彝情叵测，久蓄内犯之心。今闻大草滩帷幕满野麾不去，实因臣奉命东征，乘虚窥伺。乞许臣还驻庄浪，以便兼辖。上谕：秦州、巩昌、兰州诸处虽次第恢复，而底定全陕惟在速取平凉。逆贼王辅臣一日不灭，则秦省百姓一日不安。将军侯张勇应同大将军贝勒洞鄂等会商速灭辅臣、定平凉，不宜还驻庄浪。如彝人果显然作恶、扰害边民，即令总兵官孙思克回甘州防御。