康熙十三年七月丁卯，命提督张勇严饬边防。上谕张勇曰：边陲重地，恐奸宄窃发。卿乃封疆大臣，朕所简任，可率所属总兵等官固守地方；有妄行为乱者，严行缉治，以副朕倚任股肱之意。
癸酉，命江南绿旗兵习水战于黄浦江。先是，将军王之鼎疏称：耿逆潜通海寇，煽乱地方；沿江沿海，亟宜熟筹剿御。请于崇明沙船一百艘留三十以备巡逻，余尽泊黄浦江；遣满洲汉军兵配绿旗兵操演，以备策应。奏入，上敕将军阿密达等公议酌行。既阿密达等疏称：江南松江黄浦一带，现无警息。若拨满洲汉军往驻，则沿途百姓有供亿之累；派取民房居住，则土著之民有失业之虞。请止拨绿旗官兵不时练习。若黄浦江诸处有警，相机应援。上允之。
命大将军贝勒洞鄂等各率所部速进四川。经略莫洛奏言：大兵在保宁与贼相持，恐运馈日久，秦民必致疲苦。臣今亲赴汉中，酌量分路进发；贝勒洞鄂等若率众尽行，虑致迟滞。请敕贝勒洞鄂以所将骁骑并入康亲王军内，自率所部轻骑赴西安，旋进四川。上谕：洞鄂部下无多，所将骁骑既入康亲王军内，轻骑入川，兵力单薄；可令贝子、公等亦各率所部轻骑并力前进。
杨富谋叛，伏诛。时南瑞总兵官杨富隐匿在官盔甲、私置竹炮器械，暗招闽兵千余练习滚牌；与贼潜通，谋为内应。江西巡抚董卫国与将军希尔根等密商，于是月十一日以计擒之，实时伏诛。
乙亥，命将军希尔根等固守赣州、袁州。先是，巡抚董卫国奏：闽贼出犯杉关，新城失守。至是，又奏：贼攻破石城，声犯宁都。上谕：赣州乃入粤孔道，将军希尔根、巡抚董卫国等务会同商酌固守之策，并趣副都统干都海、署副都统公沃赫等速赴江西。复谕兵部：袁州与湖广接界，亦属要区；可令将军希尔根、哈尔噶齐、根特巴图鲁等，协心商酌守御之策，务期保固。寻以袁州副将赵应奎为袁临总兵官，驻防袁州。
丙子，命副都统喇哈领速赴衢州。总督李之芳疏奏：贼兵合力来犯衢州，臣标兵单可虞；请敕副都统拉哈统兵亟进，以壮声援。上谕：拉哈兵不必留驻杭州，速赴衢州与将军赖塔并力剿御；将军拉哈达、侍郎达都、副都统玛哈达、雅塔里等仍驻杭州防守。副都统吉勒塔布之兵，视何处警急，即往应援。
戊寅，命平南王尚可喜等备交趾。总督金光祖奏：交趾知孙延龄叛逆，乘机蠢动，陈兵边界，其情叵测；请加防御。上敕平南王及总督、提督等严饬边将，不时侦察，仍增官兵防守险隘。
壬午，命副都统伯穆赫林率喀喇沁土默特兵速赴浙江。先是，上命副都统苏朗、署副都统额思赫率蒙古兵二千之江宁，即留付将军阿密达，令之驻防；其原驻江宁喀喇沁土默特兵，令苏朗等率赴浙江。至是，浙江贼寇蜂起，衢州告警；将军拉哈达奏闻。上谕：衢州正在危急，令副都统伯穆赫林率喀喇沁土默特兵自江宁速赴浙江，与将军拉哈达等会同剿御；副都统苏朗等仍率蒙古兵镇守江宁。将军拉哈达、赖塔、侍郎达都、总督李之芳既同任剿抚之事，一应军务，须共同商确，毋分彼此。如浙地何处有警，即相机应援。
命平南王尚可喜等固守梧江诸处。总督金光祖奏：梧州失陷，我兵据守梧江。上谕：将军根特巴图鲁等兵由袁州取长沙，进广西以袭贼后；则取道广东，必致迟久。可令平南王尚可喜、总督金光祖、提督马雄会同酌议，添发官兵规取梧州；否则，固守梧江诸处，相机剿御。
命经略莫洛等措置进川官兵机宜。将军瓦尔喀等奏：征四川总兵官王怀忠标兵因饷匮逃散，今欲剿贼，兵力单薄，运馈不至；乞发兵救援。上谕：康亲王杰书及贝子准达所部骁骑，俱令贝勒洞鄂率之以行。其大兵或仍据壕堑围守保宁、或因粮运艰难暂还广元，命经略莫洛、将军瓦尔喀等公同商酌。王怀忠标下逃兵，姑宽其罪；应如何抚纳，亦令莫洛商酌速行。
丁亥，大将军顺承郡王勒尔锦奏，官兵败贼于岳州。是月十一日，贝勒察尼、将军尼雅翰等分部满、汉官兵水陆齐发，进攻岳州。伪将军吴应麒等率贼七万余，列鹿角、牌铳，陆路相拒；我兵奋击，大败之，斩首万级。舟师抵七里山，以炮攻贼，沈其船十余艘。
己丑，大将军康亲王杰书帅师之浙江、大将军贝勒洞鄂帅师之四川。先是，杰书奉命征讨，候调蒙古兵到同发。至是，杰书奏；浙江告急，宜速往援，若俟蒙古兵同行，恐稽时日；请率兵先往。上遂命于是日启行。洞鄂亦同日率兵之四川。
辛卯，诏收葬耿精忠祖父骸骨。上谕兵部：耿精忠虽背恩反叛，其祖父投诚效力，累世旧勋，朕岂以精忠之罪，及其先人。大兵平定闽省之日，其祖父骸骨，仍许收葬。
八月癸已，命给大将军等分兵印信。上谕兵部：诸路大将军止各给一印，倘分兵赴剿别无印信，则招抚贼寇、宣谕百姓及调遣防守地方两军移会机宜，何以为凭？其再给大将军顺承郡王勒尔锦印二。至大将军康亲王杰书处有将军赖塔印一，再给印一。大将军贝勒尚善处有将军尼雅翰印一，再给印一。大将军贝勒洞鄂处既有将军赫业、瓦尔喀印二，不必另颁。若分兵他往，即以所颁印信付统兵者；复合一处，则收回所颁用大将军印。
命科尔沁公图纳赫严禁兵卒。上谕图纳赫曰：我太祖、太宗以来，尔祖父同心效力，佐定天下；尔国赋税，听尔自取。若尔国穷困，朕加意抚养。今闻调至尔所属兵卒，有掠取民物者；在京尚如此，况离此远去，岂不益肆抢夺！尔久历行间，务宜严禁兵卒，毋得恣行强横。如有乱法者，即会同贝勒议行惩治。且中夏炎热，尔众早晚饮食各宜自慎，以副朕轸恤军士之意。
命将军希尔根调署副都统公沃赫兵赴江西。巡抚董卫国奏：饶州营兵变余干，贼势猖獗。上命将军希尔根速调公沃赫兵赴江西，同副将军哈尔噶齐、巡抚董卫国、提督赵国祚商议剿灭贼寇，平定地方；仍檄江南总督阿席熙、安徽巡抚靳辅于饶州接壤所在增设官兵，严加防守。
甲午，大将军贝勒尚善等帅师之岳州、贝子准达等帅师之荆州。
乙未，命总督蔡毓荣率所部兵协同大兵进剿湖南。上谕兵部：王师进剿湖南，须用绿旗官兵；总督蔡毓荣管辖通省，可率所部兵随王师协力平定地方。又荆州地关紧要，进兵时大将军顺承郡王勒尔锦宜酌拨官兵防守。
丁酉，谕福建总督郎廷佐剿抚机宜。郎廷佐奏：耿逆背叛，勾连海寇虚张声势。但海寇止习水战，陆地非其所长！宜剿抚兼施，乘机底定。上谕：廷佐入闽之日，海寇宜用抚、精忠宜用剿，或用间；相机便宜以行。
壬寅，命海澄公黄梧子芳度袭其父爵。时芳度遣官黄蓝间道奏称：臣父于本年三月二十六日病故，臣不得已权以父命送敕印贼处；仍密行招募，合旧兵共得六千余人。六月初四日，斩伪城守都督刘豹等三人，拒守漳州。惟望大兵入闽救应；臣侦知来路，随往迎接。上谕：海澄公黄梧自海上归诚，殚竭忠荩，镇守岩疆，劳绩茂着。据奏于三月二十六日病故，朕心深为轸恻！应得恤典，从优议奏。黄芳度设计全城，招集兵卒斩伪都督刘豹等三人，固守地方，以俟大兵；具见芳度能继父志，克笃忠贞，殊为可嘉！芳度应令袭公爵。今大兵由浙江、江西、广东三路进闽，芳度侦何路兵先到，即来迎会。既芳度兄一等侍卫芳世自陈生长闽地，深知道里情形；乞随大兵进剿，救援伊弟芳度。上因授芳世为随征福建总兵官，令同平南王尚可喜兵进剿福建。
命副将军哈尔噶齐为平寇将军。时平寇将军根特巴图鲁卒于军，副都统席布以闻；故有是命。
命治理历法南怀仁制火炮。上谕南怀仁曰：大军进剿，亟须火器。尔可铸造火炮，务加意精工，俾越山渡水，轻便利用。于是，南怀仁多造木炮等火器，陆续解送军前，以资征剿之用。
甲辰，增陕西绿旗官兵。先是，经略莫洛以秦省兵单，请添设绿旗兵万余，以资战守。上谕：增兵必须增饷，国家钱粮止有此数，兹大兵进剿浙江、江西、湖广需饷浩繁，尔经略所知。前因馈运不给，以致王怀忠等兵逃散。秦民供亿入川兵饷，已极劳苦。若增兵万余，贝勒、经略又统诸军深入；万一糗粮难继，恐禁旅有匮乏之虞，而绿旗兵复蹈前辙矣。经略身在地方，洞悉情形。或不烦增兵，即亲行入川；或必须议增，方可进发；或以秦省重要，不必亲行，遥措兵饷：其逐一详议以闻。至是，莫洛奏：陕西旧兵内王怀忠所率四千悉已逃散，今王辅臣又率二千以行。除此六千外，所增无多。盖增则战守调遣均有裨益，陕西得以保固；故臣以为增之便。若四川速定，则钱粮有资，而秦民又得息肩。臣仍宜亲统官兵协力进剿，平定四川。疏入，下议政王、贝勒、大臣集议，悉如所请行。上允之。
己酉，命将军赖塔等剿御宁海诸路贼。提督塞伯理奏：黄岩围困，请援甚急；又宁海、象山、新昌、余姚四县贼众蜂起，恐贼窃踞宁海，断我粮道：请速救台保宁。上谕：黄岩危急，杭州将军拉哈达已发兵赴援。今大将军康亲王已领兵赴浙，无庸别遣。其宁海等处贼众作何剿灭并救台、保宁之策，康亲王未到之先，听将军赖塔、拉哈达等商酌以行。
庚戌，申饬蒙古官兵。上谕图讷赫等：近闻蒙古兵违法扰掠，其严加禁饬。嗣后有不遵纪律者，自饶骑校以下，即审明正法。
辛亥，谕护军统领桑格进兵机宜。时桑格参赞江西军事，上手敕谕之曰：江右为粤东咽喉、江浙唇齿，所关綦重。今兵民之心或怀两端，若不先灭地方小丑，大兵难以前进。至袁州、吉安、赣州，尤属要地；若有失陷，则广东声息必至梗阻。广东梗阻，则势益危急。今令满兵驻袁，相机进取长沙；否则，固守地方，庶三府可保无虞。将军当亲统重兵以行，毋使兵力单薄，致有疏失。
臣谨按：吉安、赣州南通岭外，而袁州与湖南接壤，乃逆贼必争之地，均关要害。皇上预料贼必来犯，若守袁州，既可为吉、赣声援，又可以内捍西江、外略南楚；乃密授桑格以战守机宜，复命将军等统重兵往驻。未几，逆贼果侵轶袁州，赖兹兵力大创其众于西村之地，江西得以保固；而大兵亦长驱无梗，直抵长沙。皇上先机洞察，诚所谓坐照如神者也。
己未，命将军尼雅翰帅师由江西规取长沙、岳州。上谕议政王等：闻岳州三面临湖，贼于陆路一面浚壕筑垒，拒守颇坚，难以进取。应令将军尼雅翰率兵沿流赴江西与副都统干都海兵合并，率袁临总兵官赵应奎由袁州进复长沙，夹攻岳州，相度便宜以行。