己亥（顺治十六年）
正月，成功驻沙关。
二月，成功到磐石卫。
三月，成功催各提镇限本月二十五日到磐石（卫）听令。
四月二十八日，成功率将士齐到定关。二十九日，入宁波港。
五月初一日，成功抽兵下船。初四日，至舟山烈港。十七日，成功至羊山，诸将请先取崇明，以为老营，成功不许。十八日，成功至崇明。十九日，成功差监纪刘澄密书通江南提督马进宝。
六月十四日，成功合张煌言诸军至焦山。十六日辰时，成功集诸将议曰：“瓜镇为金陵门户，宜先破之。”
成功进兵攻瓜州。我操江都御史朱衣佐率游击左云龙领满汉兵数千扎营城外迎敌。成功乃令右提督马信、前锋镇余新进夺谭家洲。督左右武卫居中、中提督居左、左提督居右、后提督抄瓜州之后，两阵相对，隔一小港，铳矢交击。
成功令材官张亮督善泅者荡舟斩断滚江龙，挥兵大进。满兵列大铳守岸。左冲镇周全斌挥兵下水，直渡小港；水深铁重，兵从水底行，没顶，多溺死。突上岸，守兵不意海兵至，惊骇，全斌直冲其阵。左云龙及右协杨富率兵会战，背而军，战未合，云龙已阵亡十余人。全斌率兵直抵城下，诸军直逼而进，满兵退走入城。正兵镇韩英乘胜夺梯，奋力先登，左先锋杨祖继进，城遂破。已时，遂克瓜州，左云龙阵没，朱衣佐被擒，斩首数千。
是日，右提督马信攻夺谭家洲大炮，张兵官罗蕴章等攻满洲木城三座。木城用大杉木板钉平竖栅，内容兵五百人，火炮四十门，火药、火礶不计其数；从上流压下，船遇之立碎。至是歼焉。
成功以全斌轻渡港，失兵多，欲斩之；诸将跪请，乃许戴罪立功。朱衣佐至镇江，乞归养亲，成功赐路费遣之。以援剿后镇刘猷镇守瓜州、监纪柯平督理江防，管州事。委张兵官、杨戎政督水师入芜湖，牵其战船，直逼金陵，以分其势。
十九日，成功督师进泊镇江南岸七里港。二十日，登岸扎营。时我提督管效忠以步兵驻守银山，海师扎于银山对面山上，相距只隔一港。满洲骑兵惊，移大路扎营，留绿旗兵数百守银山。成功于二十二日二更，移营到银山下。寅时，传令登山开队，以银山迫府治，先争地，夜引兵夺之。
迟明，大军分五路，三叠压垒而军。海师日逼，镇江告急。副将高谦守镇江，江南总督郎廷佐檄吴淞提督马逢知以兵赴援。满帅哈哈木发满兵一千援镇江，逢知将骑兵三千至丹阳，闻成功兵盛，返斾松江，三檄不至。副将高谦将兵二千，惧不敢战。援剿林副将将闽兵二百五十人跳荡敢战。海师益逼，林副将曰：“我辈赴援至此，闭城不战，何以拒敌？请以所部为诸军先。”
开西门出战。高谦以兵继之。闽将挥兵，奋勇陷阵，入海师营，击杀数百人。成功亲督右武卫周全斌、左虎卫陈魁等四面围之。周全斌直冲其锋，以长绳介阵后曰：“兵退至绳者斩！”
于是奋勇争先，满兵披靡。诸将继之。林副将血战，部曲杀伤过半，仅余七十余人，决围出。高谦不战而走。时西门道狭，止容一人一骑，且沟港甚多，自相蹂践，死者不计其数。后军阻于道狭不能进，故败退入城。明日，合满汉兵复战，汉兵居前，鸟枪弓矢待敌。
海师火器先发，铳鸣，我师皆伏地，声毕皆起。海师发火筒，烟眯目不得开，烟过，海师已短兵接。鸟枪弓矢不得施，刀击藤盔簰皆不入，大败走，海人逐之，尽奔入城。提督管效忠将披甲八百援京口，欲与成功战，将士皆退缩不战。效忠曰：“战而胜，一军尽为忠义；若不胜，我乞援走江宁，不复入此城矣。”
将士复不应。效忠单骑入海师阵，血染甲裳而还。我师见，气壮，亦开营出战。有旗将奋勇入阵，军士见红旗，气百倍；须臾，旗仆，海师乘之，我师大败，一军尽覆，仅余数十骑，走江宁。海师进逼城，总镇高谦大集绅士问战守，相顾皆默然。一武生起曰：“海师势大，将军当为一郡生灵计。”
谦曰：“提督管公期坚守二日，提师必至，踰二日不至，当如诸生言。”
武生群哗曰：“瓜州且立破，焉能二日待？”
高谦推案仆，绅士失色，谦脱帽掷地，痛哭曰：“我子已登武科，驻云闲，事急不复能相顾，请从诸君以纾祸乎》！高谦率知府戴可进遂通款。成功大喜，送文武各官红袍冠带各一袭，犒师白金三千两，罗列于案，藉以红罽，鼓吹舁入城，士民夹道观。各官遂冠带。
父老耆宿，高巾、宽衣、大袖满江市，日夜张乐歌舞。衣工缎肆顿增价，浙中昂邦阴遣人持数百金买缎匹于京口，潜通款成功。周全斌身带重伤，成功令镇守镇江，以工官冯澄世为常镇道、兵部事李胤为知府，以监纪林若霖为司理。时诸州县多来降。太平府守将刘世贤献地降。芜湖一路俱送款。庐凤以上，望风归附。
成功议取金陵。中提督甘辉进曰：“断瓜州则山东之师不下，据北固则两浙之势不通，但坐镇此南都，可不劳而定也。或请从陆路进兵，以为乘破竹之势，一鼓可下；或攻取外面州郡，以绝援兵，则城孤亦难守。若水路，恐风信稽迟，则援兵四集，江上又难冲锋矣。”
诸将多以天时炎热久雨，沟河难通，成功因此不听，遂由水路进发。
七月初四日，成功督诸军下船。初七日，成功至观音门。初八日，令右冲镇黄安总督水师守三■〈氵义〉河口。十二日，成功令前锋镇余新、中冲镇萧拱辰扎狮子山，堵御凤仪门；左提督翁天佑为应援，中提督甘辉、后提督万礼、左先锋杨祖俱离前锋镇之第二大桥头山上屯扎；右提督马信、宣毅后镇吴豪扎旱西门。
成功督左武卫林胜、左虎卫陈魁、右虎卫陈鹏、五军张英屯扎岳庙山。甘辉以守御既固，恐难猝拔为谏，成功不听。时宁国府、池州府、和州、滁州等州县俱降；杭州及江西九江等处俱有密谋通款者。成功遣监督高绵祖、礼都事蔡政往苏松通好提督马进宝，约其同时会师。马信齎书于崇明总镇梁化凤，化凤许纳，约下金陵后即纳版图。
江南提督管效忠调集各府兵将齐备，谋欲冲营。成功舟师营江上，将士登陆，逼城为营，因山树栅，环金川、神策、凤仪三门，城中震恐，文武将吏，皆怀二、三。唯满帅哈哈木、总督郎廷佐、提督管效忠坚持战守，飞章告急。成功逼城，大造望楼冲车。
罗将军自广班师至，明爱达里自浙至，援师渐集江上，见成功兵盛不敢战。廷佐檄调崇明总镇梁化凤入援。化凤将步骑各三千至江宁，哈哈木令屯江上。见梁兵战马雄壮，令兵夺之。梁兵汹汹思叛。
管效忠言于哈哈木曰：“江广援师既败，外援已断，惟化凤一军，远赴危城，谓必有以慰劳之，奈何夺其战骑乎？军心苟变，为祸弥速矣！速犒之，归其马。”
哈哈木即命效忠劳化凤军，归其马，开城纳江上兵。成功屯岳庙山上，军容甚盛。廷佐集满汉诸将议出战，满兵惧，诿候旨进兵。
化凤曰：“必待命而战，贼已逼城，人心一变，大事去矣！”
廷佐乃严整部伍，刻期待战。
十七日，甘辉请成功速攻城，恐援兵日至，师老无功。成功定于二十二日安炮进攻。
二十一日，成功营将关尚贤犯令当斩。夜亡抵金川门，缒而入，尽以营中虚实告城中曰：“营中令双日尽解甲，明日又成功生日，诸将上寿，必置酒，若欲破敌，不出此日。营中地雷、伏弩、大炮、长枪，随鹿角以密布，无隙可入，必从中而起，出不意，始可破之。”
郎廷佐集诸将谋曰：“成功营抱三门，中央神策门，自明初塞之，近三百年，凿之出兵，直捣中坚，彼自溃矣。”
昧爽，穴神策门，去其土石。梁化凤以所部五千人为前锋，关尚贤导之，升屋踰垣，直入先锋余新营。新兵不及甲而战，举火焚营，火器迸发，伤一二百人。化凤兵大呼奋击，营中大乱，生擒余新，萧拱辰泅水而逃，全军覆没。后提督万礼扎于桥外，救应不及。满兵见汉兵胜，其气亦倍，遂蜂拥出城外扎营。
二十二日晚，甘辉、林胜以金陵守御既固，恐难猝拔，劝成功收兵回至观音山。成功欲再决一战。令杨祖、姚国泰、杨正、蓝衍等扎营于山上，甘辉、张英等伏于山中，林胜、陈魁等列于山下；成功督陈鹏、万禄等扎观音门为声援，万礼、万义等堵御大桥头大路，马信、吴豪、韩英由水路蹑其后，黄安专督水师防江。
二十三日，满汉兵大队抄出山后，直冲左先锋杨祖之营。杨祖兵尽藤簰，就地滚杀。化凤用枣木大棍，概以棒之，执簰者乱倒于地，弃甲曳兵而走。时成功传令，无令不许轻战，而山上、山下又隔远不相联属。我兵矢发如雨，杨祖众寡不能当而走，蓝衍战没。
成功遣陈鹏、万禄往援，山高不得上。满兵从山后出其背，前后夹攻。甘辉、张英等在山上被围，力战不得出，张英阵亡，甘辉且战且走，至江擒焉。林胜、陈魁在山下战败，全军俱没。万礼等在大桥头，满汉兵首尾合围，万礼东西驰突不得出，亦被擒焉。万义泅水而逃。成功见大势已去，扶创收兵下船，顺流返京口。满汉水师舣集，共追成功。成功挥黄安火炮御之，击沈数艘，渡载诸眷姬及诸残兵出港。
成功查失将领中提督甘辉、后提督万礼、五军张英、亲军林胜、陈魁、镇将蓝衍、魏标、朴世用、副将洪复并户官潘庚钟、仪卫吴赐等数十人。后甘辉等解至金陵，总督固山会审，万礼、余新皆跪，甘辉以足蹴之曰：“痴汉尚欲求生乎！”
大骂不屈，俱被杀。
海师之入长江也，大江南北，无不争先献册上印，南及徽宁，西及九江，俱遥通款。禁中闻风思动，两浙人心摇摇，将吏坐观向背，满兵望风退缩，不敢争锋。江南巡抚弃句容走，丹阳筑堰自守。报至北京，举朝震骇。诸王固山议出师，逡巡莫敢任。当局决计亲征，召前海澄降将苏明问之，对曰：“海兵不能持久，不数日常有捷音。”
后三日而江宁捷报至，乃罢。
二十四日，成功至京口，察战士痍伤者疗治之，分派各镇补缺管辖，令五军都督忠明伯周全斌将甲士五千入镇江，列营待战，追者不敢逼。
二十八日，诸将领俱下船，驾入长江。成功徐发镇江所寄家口载舟中。高谦及诸武生主款者尽携家口从之。将发，大掠城中乃行，载粮数十万石，出焦山口。
张煌言将舟师屯巢湖，身率亲信数百人登陆招抚各邑。闻成功败，舟师全军东下，乘风顺流过三山，无敢撄其锋者，遂出镇江口。煌言闲道走山中，宵行，倍道自广德趋独松关，渡余杭至台州下海。
八月初一日，成功率师回至狼山上沙。初四日，成功泊吴淞港，遣蔡政往见马进宝，入京议抚。初八日，成功至崇明，以作老营。先是，梁化凤以海人连败，出海必攻崇明以抒愤，连夜提师返崇明。十一日，海师攻围甚急，城崩数丈，适梁化凤兵至，内外夹攻，海师大败。正兵镇韩英、监督王起凤云梯登城，俱被炮伤死。成功欲令诸将再攻，周全斌曰：“城小而坚，难以骤拔，得之亦无用。”
适马进宝差中军同蔡政来劝退师，以待奏请，看抚局成否；成功从之，乃遣蔡政往京。十八日，成功回师至浙江，以杨富管正兵镇，分派各提镇就温、台、舟山各港口屯扎操练，仍拨数镇屯扎蓁屿、三都、兴化、南日沿海地方。
九月初三日，成功令开船。初七日，至思明州。
十月，援剿后镇刘猷屯温州，深入内地取饷，被诱战没。
十二月，蔡政自京回，云抚事不成，系同安侯郑芝龙于狱，并逮马进宝到京问罪，遣满洲将军达素带披甲万余前来剿海，并令三省水师会剿。
庚子（顺治十七年）
正月二十一日，报满洲统兵将军达素头站兵至福州。
二月，成功调回北汛诸提镇，候拨防守。
三月，将军达素到泉州，催促船只配兵。成功调回南下各兵，分派屯扎。
四月初三日，成功改右提督马信为提督亲军骁骑镇，传令各提镇将士眷口搬往金门所，委英兵镇陈瑞保护，同户官郑泰一同管辖。初四日，遣中卫镇萧拱辰等泊崇武，堵御泉港；委辅明候林察为水师总督，共商机宜。派援剿右镇林顺、礼武镇林福防守海门，派右武卫周全斌、骁骑镇马信防泊裂屿尾。派游兵镇胡靖、殿兵镇陈璋为陆师，守高崎等处；援剿后镇张志为水师，抛泊高崎应援；拨林福防守倒流寨。
二十六日，泉州官船二百余号驾到洋芝澳；陆师山上扎营放炮，水师依山边而行，遂进至围头。成功令林察、萧拱辰等泊刘五店，遏止围头官船不得入同安港会合；命行户官郑泰，将前派守围头兵丁船只一尽防守金门，抛泊城保角，以防广海许龙等船。
成功拨右虎卫陈鹏守五通、高崎东一带，拨援剿前镇戴捷守高崎寨，殿兵镇陈璋、前冲镇刘俊、智武镇颜望忠防守蠏保寨并赤山坪，游兵镇胡靖防守东渡寨。仍委戎政王秀奇总督高崎等处，协理戎政杨朝栋总督东渡等处，临期商酌调遣。成功令神武营康邦彦扎崎尾，兼管神前一带；拨宣毅后镇吴豪、后冲镇黄昭、援剿后镇张志并陈广、吴裕水师应援高崎、五通等处，堵截邀击。
五月初一日，成功驻演武亭。拨忠靖伯陈辉、闽安侯周瑞、援剿右镇下杨元标铳船、前提督下方左荣等船泊海澄港，以截漳州大队水师。成功亲督前提督黄廷、右武卫周全斌、援剿左镇黄昌、右镇林顺、正兵镇杨富等屯海门准备迎敌。
初八日，漳州港中先选大船一百号配汉兵，总督李率泰同海澄公黄梧督之，出海澄港、同安港收拾小船；将军达素同同安总镇施琅以小船配满兵，横渡高崎；俱下船，约初十日进兵。
初十日早，成功令五军陈尧策传令陈辉等碇海中流，不许起柁，欲得漳州船出而乘其后。倏忽闲，官船乘风蔽江而下，以数船攻一船，用铁链牵住，炮矢齐发，梯而登。陈尧策、周瑞一船及方左荣一船皆被烧死。陈辉一船，官兵蜂拥而上；辉走入官舱，发火药从下冲上，船撼飞裂，官兵在船上俱死。其船未沉，为海兵夺回，陈辉得活。
时成功坐熕船，继令何义督之，而下八桨船往来督战。时官船乘风直进，海船渐渐退缩，直压至厦门港口。将午，南风乍发，海潮渐长，黄廷、周全斌等奋力迎击，同正副龙熕两船破■〈舟宗〉而入。龙熕受大弹子一丸，重十余斤，小弹子一斗；副龙熕照样新铸者，各以一船专载之。
龙熕所及，船中人顷刻间不见形影；遂夺满先锋昂邦章京红眼二船，生擒侍卫一二等虾十余员并乌沙一船。黄廷擒梅勒耿胜一船。户官郑泰自金门率鸟船五十号乘势冲入，宣毅镇黄元从鼓浪屿后冲出夹攻，炮声如雷，隐隐不绝，烟火迷江，咫尺不辨，共擒官船十三号，又追满先锋三船至圭屿，满先锋弃船登岸，马信招之降，夜溺杀之，惟留红带梅勒士心秀并随身披甲三人。
是日辰时，达将军总督满汉兵船至牟尼屿，从赤山坪登岸。殿兵镇陈璋挥兵于水中逆战，兵少，渐不支。守高崎右虎卫陈鹏密通我同安总镇施琅，谋为内应。其副将陈蟒，璋之侄也，见势急，欲出兵救援；陈鹏止之，不许，成功总督王秀奇速令陈蟒赴之。满兵见金龙甲兵至，以为迎己也，及下水砍杀，始慌乱，而前协万宏、领兵林雄、领旗协刘雄继至合击，前冲镇刘俊亦从东冲出，协力拒敌。
俄而水师吴豪赶至。满船向前迎敌，诸水师分路冲下，击沉数只，满兵先登岸者被杀及溺水不计其数，生擒巨马喇及披甲三百余人，皆断手掌放回。达素率全师回省。数日，尸浮海岸万余，长发者十二三，短发者十七八。成功磔陈鹏，杀其家属，以陈蟒为虎卫右镇，何义为虎卫左镇。
六月，成功驻金门后埔，令思明州将士兵丁眷口移住金门，百姓搬移过海，听其自便。拨诸提镇分扎汛地取粮。
七月，成功命兵官张光启往倭国借兵，以船载黄蘖寺僧隐元及其徒五十众；时倭人敦请隐元，故载与俱往。成功书与倭国王而不及上将军主国政者，故倭人兵不发。
九月，诸兵民家眷俱回思明州。
十月，中朝调达素回京问罪，达素在福州闻之，吞金而死。满兵回京，水师船只俱调入港阁岸。
监国鲁王殂于金门所。
辛丑（顺治十八年正月，世祖晏驾，圣祖即位，改明年元为康熙）
正月，成功议取台湾。台湾者，在东南海中，东倚山，西薄海，北界鸡笼城，与福州相峙，南则河沙矶、小琉球近焉。周袤三千里，与土番杂处。万山环抱，中有膏腴平地数百里。故无君长，饶布粟桑麻，百物互相贸易。山多金银，无所用，人民饶乐，不知甲兵战鬪。山口百里皆危礁，两山夹水如永巷，潮长舟轻，始可入。
天启年间，郑芝龙与群盗出没其地，后为欧罗巴红夷所占，于港口筑城，与中国、日本、广南贸易。海边贫民流寓者，种蔗煮糖为业，殆数千户。时红夷亦恐郑氏动兵，及庚子春，先遣通事何斌及其酋长同来议贡。何斌密进地图，盛言“台湾富饶，为四省要害”，且言可取状。
成功陈兵自镇南关至院东，依山布阵，凡十余里，甲兵数万。周全斌统辖戎旗兵七千，皆衣金龙甲，军威甚盛。夷人震慑。成功欲进兵，诸将虽不敢违，俱有难色。宣毅后镇吴豪曾到其地，力言“港浅，大船难进，且水土不服，多瘴疠”；成功不从。惟协理戎政杨朝栋倡言可取，成功纳之。
二月，成功驻兵金门，整理船只。以兵官洪旭、前提督黄廷居守思明州，户官郑泰居守金门所。
三月初一日，祭江。成功督文武官亲军武卫周全斌、何义、陈蟒、提督马信、镇将杨祖、萧拱宸、黄昭、陈泽、吴豪、林福、张志等作首程先行，令守澎湖。游击洪暄引港，各船俱驾到料罗湾，听令开驾。
二十二日午时，成功自料罗放洋。
二十四日，各船齐到澎湖，分各屿驻扎。成功扎营内屿。
二十七日，开船到甘吉屿，阻风而回。
三十日晚，风雨未息，成功以行粮已尽，传令一更后开驾；三更后，晴霁风顺。
四月初一日天明，成功至台湾外沙线，各船络绎俱至鹿耳门线外。此港甚浅，沙坛重叠，海道纡折，仅容数武，大船从无出入，故夷人不甚防备。是日，水涨丈余，成功令小船由鹿耳门登岸。午后大小战船齐进，泊水寮港，登岸扎营。令陈泽督虎卫将坐铳船扎鹿耳门，牵制红夷甲板船，并防北线尾。守赤嵌城夷长猫鸡实叮发炮死击营垒并焚马厩粟仓。成功恐焚及赤嵌卫，令杨朝栋督张志统兵防御。
初三日，陈泽扎营北线尾。守台湾城夷长揆一见海师未齐，遣头目拔鬼仔率鸟铳兵数百直前邀击。陈泽迎战，一鼓歼之。拔鬼仔战死，余夷退走。
初四日，赤嵌城夷长猫鸡实叮以孤城救之，成功遣杨朝栋招谕之，遂率夷人三百余人出降。成功令赤嵌夷招夷长揆一等来降，不从。时夷人尚有甲板船在港，令陈泽、陈广等攻之，沉其一只，焚其一只，走回一只。成功督师移扎七鲲身以逼之，筑土台架炮攻台湾城。揆一等于附城、铳城齐放大铳，顷刻土台崩坏，海兵退回。
夷人出城夺炮，马信、刘国轩率弓箭手射之，乃退。成功遂令赤嵌降夷架铳击其铳城，崩之。派马信等扎台湾卫固守不攻，俟其自降，成功又使人告之曰：“此地乃先人故物，今我所欲得者地耳，余悉以归尔”；红夷乃降。
成功派各镇分扎汛地屯垦。
五月初二日，二程黄安、刘俊、颜望忠、陈瑞、胡靖、陈璋等到台湾。
成功集文武各官，审宣毅后镇吴豪抢夺民财，兼匿米粟，斩之；右虎卫陈蟒同罪，革职捆责，以黄安管右虎卫。
成功既得台湾，制律法，兴学校，改台湾为伪安平镇，赤嵌城为伪承天府，委杨朝栋为府尹；一为天兴县，委庄文烈知县事；一为万年县，委祝敬知县事。
六月十六日，铜山守将蔡禄、郭义抢掠居民，胁忠匡伯张进投诚。进诈许，置酒请会，欲发火药与之俱焚。蔡、郭知之，不赴。张进遂纵火自焚。初，后提督万礼密约海澄公黄梧，欲据思明州投诚，后随攻南京被获而死，已祀忠臣祠矣，事泄，成功撤其木主；蔡、郭是其党也，故惧而叛。大兵入铜山城，兵官洪旭会忠勇侯陈豹统水师追之，蔡、郭同大兵退走。报至，成功拔总监营翁天佑镇守，而厚恤张进之家。
七月，红夷会甲板船至。成功调右武卫前协裴德协守台湾。
张志、黄昭等激变大肚社土番，杨祖与战，中标枪死。土番围张志营，黄安、陈瑞等击走之。
八月，红夷率甲板船来攻。成功令陈泽同戎旗左右协水师击败之，获甲板二只、小艇三只。自是甲板退入台湾港，不敢复出。
朝命户部尚书苏纳海至闽，迁海边居民之内地；离海三十里村社田宅，悉皆焚弃。先是，达素兵至，成功令思明州撤空，其北人来降者，家眷乘隙皆渡海逃去。成功右提督班秀奇亦逃回江南，埋名不出，而原任漳州知府房星晔者，为索国舅门客，遂逃入京，使其弟候补通判房星曜上言，以为海兵皆从海边取饷，使空其地而徙其人，寸板不许下海，则彼无食而兵自散矣；遂从其策。升房星晔为道员，病死无嗣。至是，上自辽东，下至广东，皆迁徙，筑短墙，立界碑，揆兵戍守，出界者死。百姓失业流离，死亡者以亿万计。
苏纳海归，荐同安总镇施琅为水师提督，移镇海澄。
十月，同安侯郑芝龙为其家人尹大器出首通海，时今上新即位，四辅苏克萨哈与郑芝龙有隙，以初三日磔芝龙于菜市，杀其子孙家属凡十一人，囚郑芝豹于京师，锢守之。报至台湾，成功叱为妄传，然中夜悲号，居常郁悒。
十二月，守台湾城夷长揆一等乞以城归成功，而搬其辎重货物下船，率余夷五百余众驾甲板远去。成功遂有台湾，改名东宁。成功以各社田土分与水陆诸提镇，而各令搬其家眷至东宁居住。兵丁俱令屯垦。初至，水土不服，瘴疠大作，病者十之七八，死者甚众。加以用法严峻，果于诛杀；府尹杨朝栋以其用小斗散粮，杀其一家；又杀万年县令祝敬，家属发配；于是人心惶惧，诸将解体。
壬寅（康熙元年、海上称永历十六年）
正月，成功严谕搬眷。郑泰、洪旭、黄廷等皆不欲行，于是不发一船至台湾；而差船来调监纪洪初辟等十人，分管番社，皆留住不遣。岛上音信隔绝。
三月，成功令周全斌调铜山、思明州兵攻南澳，欲擒陈豹。豹短小精悍，号《三尺陈》，守南澳近二十年，许龙、苏利皆畏之；但骄傲专恣，数违藩令。兵至，仓猝率众搬眷下船，不敢十分迎敌，扬帆入广东投诚，朝命封为慕义伯。未几，病疫而死。
四月，成功有宠妾董夫人在思明州，长子经乱之，生子。子生，报台湾，成功大喜，高宴累日，问所自出，皆云不知。既而微知之，大怒，命工官杨都事齎令箭到思明州，欲杀董夫人及长子经，并左右五人。首洪旭，经妻父也。黄廷与洪旭密谋；“国姓以盛怒命杀其子，国姓无他子，倘后而中变，喜怒不可知，不若姑缓之，须后命。”
遂杀杨都事，不奉令。又讹传周全斌奉密谕欲杀诸将十余人，于是人人自危。洪旭等候周全斌船回厦门港，即执而拘之。黄廷劝郑泰杀全斌，全斌求救于董夫人，洪旭亦依违，乃得免。
五月初八日，成功病卒于台湾，遗命“子经不肖，不堪负荷，文武各官俾辅幼弟为台湾主》。提督马信、镇将黄昭等宣遗命，以其弟郑世袭护理大将军印。未几，马信、黄安皆物故，世袭以黄昭、萧拱宸为腹心，拔刘国轩管镇事，谋自立。报至思明州，郑泰、洪旭、黄廷、工官冯澄世、参军蔡鸣雷等皆不从，立郑经为嗣，称世子，发丧即位。
时靖南王耿继茂移镇福建，与总督李率泰遣中军王明、赏功李有功至思明州议抚，郑泰等议照朝鲜例冠带不薙发复耿、李，使疏请，而泰遣中军官杨来嘉同入京待命；后不报，释杨来嘉回。
八月，京中差户部郎中贲岱、兵部郎中金世德入闽安城招抚。凡海中文武官投诚者，依例照品级升降补用。
十月，洪旭、郑泰等以兵千余人配船，送郑世子入台湾。郑经以周全斌为五军，冯锡范为侍卫（澄世之子），陈永华为谘议参军。至澎湖，其将李思忠船飘至台湾，知诸将有谋，逃回；郑经随即防御，因乘风入鹿耳门登岸。全斌令连夜伐木为寨扎营。次早，黄昭、萧拱宸谋奉世袭拒经，值大雾，昼瞑，咫尺不相见，诸将多迷误失期。惟黄昭兵先至，攻其前。黄昭攀木而登，为流矢所中，堕下。
全斌令斩其首，大呼示众，军士皆迎降。大雾忽晴，日已晌午。钟宇等至，皆反戈而迎。郑经入安平镇，请世袭至，待之如初。世袭委罪于其仆蔡云，云自缢；郑经收萧拱宸、李应清、曹从龙等斩之，余皆不问。诸将营兵，拨守汛地如故。
十一月，郑经率周全斌等同其叔世袭回思明州。后世袭入京归命，授精奇尼哈番；颜夫人、郑芝豹自戍所发回，准在京同住。
癸卯（康熙二年）
正月，郑经驻思明州。时洪旭守思明州，郑泰守金门，黄廷守铜山。郑经得郑泰与黄昭往来书，欲袭取之，郑泰不自安，称病不出。
张煌言党伪靖波将军阮英率文武各官，诣温州投诚；浙督赵廷臣以闻。
三月，郑经命周全斌船入海澄港取粮，欲袭金门，见有备，乃止。
四月，参将陈永华谋以郑经将回东宁而请郑泰为居守户官，统辖诸镇，资其饷给兵，铸《居守户官》印，遭协理吴慎齎至金门。泰遣其弟鸣骏入谢，郑经慰谕之。见陈永华，与鸣骏情好甚密。鸣骏回，永华力劝其行，泰遂于六月初六日带兵船并饷银十万至思明州。是晚，入城赴席，郑经以其前通书黄昭，面质之，遂交与洪旭监留。周全斌率兵并其船，独蔡璋一船得脱。天未明，至金门，鸣骏仓猝与泰之子缵绪率诸将及兵丁眷口下船，入泉州港，向总督李率泰投诚；船凡二百余号，兵八千余。全斌等追之不及。后京中封鸣骏为导义侯，缵绪为慕恩伯，文武官吏班赏叙用有差。
初十日，郑泰见其子弟家眷兵众皆入泉州港，遂自缢而死。
七月，郑经以黄而辉为思明州知州，黄廷之子也。
苏利反叛。二十七日，朝命兵部侍郎硕图、郎中沙海、正黄旗副都统木克必兔、刑部郎中希福往广东征苏利。广东总督卢崇俊奏报：“八月十二日，兵至南塘，苏利亲领万众迎敌。平南王尚可喜合兵击之，贼始溃散。将军提督督阵，贼尸满野，官兵驰围碣石，贼夜开门潜遁，我兵抢门而入，提督兵丁李起鸿阵斩苏利，验明尸首，投诚员役认项有疙疸是实，臣捐银三百两、马一匹、袍帽缎疋赏之，以示鼓励。苏利家口，先期出城下海遯去。”
黄廷自铜山入见，郑经慰谕之。
海中自郑鸣骏入泉州，人心解体，镇将多叛。右武卫杨富、左武卫何义、精忠伯陈辉等，文官参军蔡鸣雷、礼官都军陈彭等，皆先后投诚。
九月，荷兰国王纠集甲板船十六只，番兵数千，会靖南王耿继茂、总督李率泰，约共攻两岛，候事定之日，欲求浯屿筑城贸易，如广东香山澳例（后准纳贡互市）。李率泰遂议平岛。
十月，调齐水陆官兵。陆路提督马得功督郑鸣骏以船数百号出泉州港，水师提督施琅同海澄公黄梧出海澄港，靖南王耿继茂同荷兰国王扎营于同安港之刘五店。至期下船渡海。守高崎正兵镇陈升先约降。
尚可喜奏：“十月二十二日，蛋贼李荣、周玉称奉永历勒印，号《恢粤将军》，直犯广东省城。臣随同抚、提二臣，调令现在船只，前往击贼。周、李二贼，扬帆遁走，炮船追袭八十里，至鱼珠缆尾海面，贼援已至，与兵船对敌。地多沙浅，贼乘上风顺水，烧哨船三、炮船十及水师舟一。暮夜收兵。
二十三、四日，贼船东西抢掠。
二十五日。贼攻顺德县南门，捆知县王允下船。贼悬张伪示，沿海乡村，为其造船。
二十八日，臣据镇臣张国勋报，会同密遣摆牙喇参领刘国保统马步兵一千，协镇将军标下甲兵五十，提督甲兵五十八，擒烧村寨船只。臣密谕镇臣张国勋、班际盛统领战船，水陆并进。T十日，周、李二贼率船一百二十三迎敌，镇臣张国勋、参领刘文焕两镇，各营游击薛成虎等，提标游击苗英等，统领头敌船，直前冲杀。左翼镇臣班际盛、协镇将军王运昌、水师游击张友才、参将刘光宗、提督守备文自炳等，统二敌战船抄出夹攻。
自午至申，飞跳贼船，擒斩贼众，抛掷火罐，焚烧贼船，各贼踉跄落水。马兵往烧村寨，从大石海旁邀击，奔岸之贼尽歼焉。刘文焕生擒伪《恢粤将军》周玉，夺回杻鏁知县王允。本标官兵生擒伪军师林辅并周玉母粱氏。各标共擒贼二百七十人，获贼大船二十四，快船二十八，铁盔甲、绵甲七百四十一，大炮、班鸠、子母、三眼、百子鸟枪四百六十九，虎叉、大刀、枪、藤簰一千九百一十六，火药五十坛；烧贼船六十四，斩首二千六百三十七，遁去三十余舟。
刘国保统步骑至市桥，陆路贼放炮对敌，炮伤甲兵马匹。我兵奋力追剿，贼逃至河边，潮田泥淖，步骑难前，斩首二百三十四级，焚烧已未成大小船只一百三十一。随收兵大石海旁，见水师方与对敌，夹攻逃岸之贼，尽行剿杀。粤东环围皆水，兵船不过七千，陆兵盈万，势难飞渡。逆首李荣夜遁，必将纠合复来。逆船尚多，未可轻视。伏乞亟造战船，以收缓急之用。”
靖南王耿继茂统陆兵趋浔尾，总督李率泰统陆兵次嵩屿，提督马得功统泉州各标水师自围头进，提督施琅统漳澄各标水师自海门进。十月初二日，继茂先发；旗下都统王大用、纛章京夏有功等将步骑自泉州发；别遣驻防漳州左翼总兵徐成功、右副都统江元勋等自漳州发。初五日，两军俱次浔尾，对厦门高崎。
郑经率黄廷、周全斌等立营对海。荷兰国船高而大，一船有大小炮铳千余号，横集中流，为耿王、李总督藩蔽。贼望见我师驾游奕数十艘，炮击我营，营中亦发大炮击贼舟。
初六日午时，郑经、周全斌统大■〈舟宗〉往来转战，炮攻我营。我兵发兵相持。初六日晚，贼精锐千余，乘夜潜渡登陆，直逼游击史定国营，火器弓矢并发，向营盘垛口枪刀砍刺。定国带甲兵杀出营门，都统王大用督兵策应，刀箭砍射，炮伤落水贼无数，夺盔甲十一副，火筒喷筒二十余，贼败奔舟走，经■〈舟宗〉引去，余舟仍扎高崎岛上立营。
靖南王耿继茂督发泉州、闽安水师，及藩旗都司陈一明将甲兵六百，又投诚同安伯郑鸣骏、忠靖伯陈辉标下总兵杨富水师数十艘出海，听马得功调度。十二日，俱次浔尾。李率泰屯漳州，遣漳澄水师兼陆路官兵，亦于十二日同海澄公黄梧、中路总兵王之鼎俱驰至嵩屿海口。海舟俱撤回厦门，止以数十舟游徼海面。靖南王耿继茂大集兵丁快船及同安水师大小战船，总督李率泰别遣一军夺鼓浪屿，屯扎架炮，整兵渡海，刻期二十一日水陆四路官兵齐攻厦门。飞檄围头水师，二十一日子时开洋至厦门白石头会师。
十八日，夹板船八只，先泊金门外港。十九日，马得功亲统各路水师大小四百艘，夹板船七只，径至金门乌沙头。伪提督黄廷等挥巨百■〈舟宗〉余迎敌。我兵首尾相应，协力攻打，海兵大败。郑鸣骏、陈辉、陈一明等犁沉贼舟三，夺获大舟二，斩百三百，生擒四十余，炮伤溺死无算。杨富炮击伪总兵谢福船，折其桅，过船杀贼二百人，生擒十八人。闽安水师游击郑洪、中军守备孔应贤获鸟船一，赶船矰二，水底熕二，杀贼八十余，余皆跳水死。
二十日晨，郑经率周全斌、黄廷等亲督巨舰，蜂涌挑战。马得功挥夹板船扬帆出御，大炮叠发，打碎贼舟数艘。是日，炮声如擂鼓，从辰至酉，相续不绝，不啻如雷声霹雳。郑经见夷船多炮，众寡不敌，乘潮渐渐退出浯屿，屯厦门港。周全斌等十三号船在后，迫于潮长不得出，遂直遶我船之后，冲大■〈舟宗〉而入。荷兰国兵炮矢齐发，无一中者。
马得功坐鸣骏中军船，全斌误以为鸣骏也，直前攻入。黄廷中军将吴朝宰，郑经亲军将萧乘龙前后夹攻，挥兵过船，得功亲随铁甲精兵三百人皆被杀下水，得功顿足自投水而死。再攻杨富一船，焚之；杨富投水，遇小艇救之，得免。所遇之船，多被攻没。我兵小战船齐起碇扬帆，竭力应援死战，打伤贼船数艘。全斌不知马得功之死也，乃引去。
耿继茂屯浔尾，虑贼尾我之后，突犯浔尾，令游击范维杰以千人扼高崎海口，副将李之珍以千人扼浔尾海口，两岸俱设大炮，大营仍扎浔尾嵩屿。继茂令王大用、徐成功、夏有功、江元勋等，同摆牙喇参领徐文耀、王蟒、汉参领马九玉、阿达哈哈番张元德、田养民、拜塔喇布勒哈番王梅、噶卜什、章京朱怀德、吴效忠、副将马化麒、游击郭文可、史定国、牛虎等，统摆牙喇蒙右步骑官兵四千，及同安总兵黄翼与杨富副将辛球等，衔枚夜渡。李率泰亦发标下游击谢四、海澄公标下副将吴淑、游击戴亮、总兵蔡禄、郭义等，合营夜渡。
两路官兵同登，郑经不能拒，二十一日寅时，直捣厦门中安山，长驱度岭向城下。荷兰出海王统夹板船抵大担扼海面。率泰令提督施琅统督标参将徐登第、公标总兵魏茂，会合蔡禄、郭义、柯义、林祖等并进。继茂发同安水师总兵杜永和俱出鼓浪屿。率泰选轻捷炮船五十为前锋，发炮击贼。贼屯教场分布抵敌，忽见步骑大兵蔽岭下，惊溃，奔舟不及者窜伏山峒。
我师环布海岸，策应舟师击贼。郑经披靡，退屯浯屿。我师以炮火击之，经船退泊浯屿之外，尚有大船七、八百，小者无算。耿继茂发藩标、督标、并延、建、邵三府兵焚剿山峒余寇。复令提督施琅领漳、泉两路水师，同郑鸣骏、陈辉、杨富等会合夹板船，二十四日直抵浯屿，贼弃船宵遁。黄廷议欲再守数日，周全斌以为船多被夷炮打坏，不如退屯铜山南屿，遂弃厦门、金门两岛而去。
先是，李总督出示，准岛中百姓入界。思明州知州黄而辉启郑经，准岛民渡海。下令三日，而陈永华复启郑经禁之。至是大兵入岛，尽收厦门、金门城垣房屋焚毁，遗民尚数十万，多遭兵刃，男妇系累，童稚成群，若驱犬羊，连日不绝。而投诚兵所至搜掠财物，发掘家墓，至剖建国公郑彩之棺而残其尸。堕城焚屋，斩刈树木，遂定其地；而《嘉禾断人种》之谶应焉。
十二月，兵部差郎中纪振疆、笔帖式布兰颂赏福建将士。
靖南王耿继茂奏：“郑成功在台湾，因其子郑经拥兵抗拒，骤发颠狂，于五月初八日齩指身死。”
郑经在铜山，人心离散，营镇多叛，而厦门、金门之旧将、残兵、官员、绅士无船可泛者，或投诚，或逃遁，流离失所，死亡殆尽矣。
甲辰（康熙三年）
正月十三日，兵部奉上谕：“郑芝豹母在福建投诚，尔部即传谕芝豹，念豹母投诚，宽其罪，即行释放安插，归旗居住。”
郑经驻铜山，诸军乏粮。周全斌欲袭洪旭而并其船，洪旭亦防之。值海风大作，船各飘开，全斌遂率其众入漳投诚，后封承恩伯。而洪旭以杜辉守南澳，辉亦掠其辎重投诚。
二月，授海岛投诚将士阮美、郑绳安左都督，郑嘉玉、阮骅右都督，焦华岳都督同知，林鸾、陈大兴、杜卿、王鼎勋、高捷、李隆、陈忠义、阮复曾、林朝褒、张太都督佥事。
福宁总兵吴万福报：“伪逆阮春雷据长腰、东蚶外岛，阻海为巢；浙寇张煌言近复与之合■〈舟宗〉。福宁向无水师，艰于航海。臣万福招抚伪镇林国梁等兵丁船艘，我兵借以利济一时，水陆并进，分头夹剿，擒斩贼将，焚其巢穴。积年负固之贼，殄灭无遗。煌言、春雷仅以身免。阵擒伪将阮定、江春、王尊等，解赴军前正法。”
靖南王耿继茂疏报大捷，奉旨：“阮春雷、张煌言窃据长腰、东蚶等岛，合■〈舟宗〉狂逆，官兵奋勇擒斩贼将，夺获船只，焚毁贼巢。伪镇林国梁斩煌言弟张嘉言，杀兵夺船，带领家口投诚，身虽负伤，奋勇自救，以所带兵船同官兵捣贼巢穴，克奏虏功，深可嘉尚，与寻常投诚不同，着从优议叙。”
三月，郑经同冯锡范、陈永华等率余众回东宁。工官冯澄世一船为其家丁所迫，自投海中死。洪旭以二十舟候黄廷同行。时黄廷部下兵将多不欲行，议欲使其子而辉、婿吴朝宰率众投诚，而自已带家眷与洪旭往东宁。适黄梧遣陈克竣来招降，黄廷遂入漳投降，后封慕义伯。洪旭独往东宁。
七月，宁波水师左路协镇常□塘报：“本月投诚效用将孙惟法等，于普陀山先遣兵丁扮作僧人，擒获伪兵部张煌言，银印一颗，铜印九颗，并伴当人等。”
二十六日，差官二十员获送到省。二十七日，部院赵廷臣于公衙门见煌言，问：“屡屡相请归顺，因何不从？”
煌言答：“我已立意出家为僧，不愿再用。今被擒，惹万民笑骂，惟求速死。”
部院言：“既系谋臣，我朝必有重用。既立意为僧，何不先缴敕印？”
煌言不答。九月，煌言不食，病不死，在杭日赋诗见志，并赋满江红等词，人多传诵之。初七日，奉旨腰斩煌言于市。煌言角巾、朱履、葛袍，从容就戮。投诚将士请收葬煌言，赵廷臣不许。子张奇观，镇海大将军刘之源收为养子，年十余岁，亦奉旨见杀。
七月十九日，内大臣会议，以福建水师提督施琅为靖海大将军，以承恩伯周全斌为副，同慕仁伯陈辉等合营往剿台湾。差内院他赤哈哈番奈松尼、兵部笔帖式敖恺齎敕谕一道、银印一颗，往福建商议军机。
靖南王耿继茂奏：“荷兰出海王于八月十六日带番船十只，番兵一千抵闽安镇外，臣等会同延请至公衙门，优礼款待，约定九月二十边开驾至围头取齐，于十月初旬往澎湖攻打贼巢，候风便进取台湾。理合奏闻。”
己已（康熙四年）
四月，靖海将军施琅等出洋，未至澎湖沟，飓风大作，各船飘散，不能相顾，皆引还。未几，召施琅入京，加伯衔，为内大臣归旗。其余降将，亦多以协镇副参游守补用。
丙午（康熙五年）
丁未（康熙六年）
部议分拨海上投诚兵移驻外省。先拨慕义伯黄廷驻河南邓州，随召承恩伯周全斌入京。遵义侯郑鸣骏病故，其子缵成袭侯。慕恩伯郑缵绪病故，其子修典袭伯。皆召入京归旗。其标下兵及别镇兵各给行粮，分驻于浙江、江南、江西、湖广、河南、山东、山西、四川诸省，屯垦荒田，给其牛种，免其六年租税。将领或督垦，或拨在督抚提镇等衙门效劳。文官赴部候补。
戊申（康熙七年）
已酉（康熙八年）
郑经在东宁，以陈永华理国政，冯锡范管侍卫，刘国轩管镇兵。忠振伯洪旭病故，其子洪磊及永华之侄陈绳武等皆任用。
郑经改天兴、万年二县为州，置凤山、诸罗二县。课耕种，通鱼盐，安抚土番，贸易外国；向之惮行者，今喜为乐土焉。
浙江投诚将都督佥事孔元璋请往台湾招抚。朝议遣兵部尚书明珠、侍郎蔡毓荣至泉州议款。明珠遣加卿衔兴化府知府慕天颜与孔元璋同渡海至台湾往议。郑经宴犒甚盛，请通市封贡如高丽。冠带不薙发，遣柯平、叶亨到泉州同议。明珠留其使不遣，再遣天颜入台湾申前命，必薙发如内郡。经怒，折辱使臣，困苦之，以留使为辞，将发兵扰闽地。明珠命归其使，款议遂绝，而数年之间，海上亦相安无事。