光宗泰昌元年九月乙酉，罗朝国为南京刑部尚书。
十月己未，淮安府地震，雷火击毁城楼。大雨如注，平地尽成巨浸。巡按御史孙之益以闻，言：“淮安咽喉重地，有此灾警，变不虚生。且黎民重罹昏垫之苦，千里尽同鱼鳖之区。兼之重征叠派，按册诛求，血肉飞于箠楚，枷锁充斥街衢。疫疠盛行，十人九病，应比之穷氓，悉鬼形而鹄面。守催之胥役，亦下泪而伤心。”语甚痛切，章下所司。卫一凤为南京兵部尚书。丁卯，起升原任礼部右侍郎孙慎行为南京礼部尚书。癸酉，汪应蛟为南京户部尚书。
十二月己未，起升吏部右侍郎兼翰林院侍读学士周应宾为南京礼部尚书。
熹宗天启元年二月庚戌，升光禄寺少卿黄运泰为应天府府丞。
闰二月甲戌，命御史易应昌巡按应天。甲午，起原任兵部尚书，掌都察院左都御史孙玮为南京吏部尚书。
六月丙辰，改南京都察院右都御史何熊祥为南京工部尚书。
七月乙巳，添设松江等处巡海兵备道一员，专治沿海卫所营哨。丁巳，起原总督漕运、户部侍郎陈荐为南京刑部尚书。升南京户部侍郎魏养蒙为南京户部尚书。
八月庚午，命苏、松四府武举，是科倍取五十名。先是，戊午岁以乏按臣停试。至是，巡按御史冯英请补前额。许之。南京操江、右佥都御史孟养浩议增兵船，以资防守。言：“新江营原额兵一万五千二百八十名，今仅存五千二百名，兵船原额三百只，今仅存大小船一百六十只。逃亡损坏，其来已久。臣今会同内外守备，兵部、巡江御史设法招补，务足原额外，至所专辖水兵，上自芜湖、安庆、荻港，下至圌山，巡江八营，止兵四千七百有奇，大小船一百三十五只。臣挑选精壮，督修沙、唬、楼船，业有次第。该先臣朱洪漠题准，各兵散处江营，防守汛地，上下千五百里，增募标下家丁三百名，隶太平营，日夕操演，以中军环列都城。臣再招力能挥戈挽强三百二十余名，并旧兵共五百二十名训练。其粮饷于梁税兵饷内查给，令可尝继，仍监造铁甲及器械、营房，于巡江赎银设处。至镇江、瓜、仪、白龙庙等要害，亦宜增兵设将，以复旧额。”从之。丁亥，应天府府尹徐必达为南京右佥都御史，提督操江。丙申，升应天府丞郑璧为应天府尹。
十二月庚寅，命东宁伯焦梦能为南京协同守备；诚意伯刘荩臣为南京提督操江兼管巡江。
二年正月乙丑，改南京户部尚书魏养蒙为南京兵部尚书。
二月丁亥，南京巡视营务兼管巡仓御史谭锴以留都重地，绸缪宜周，条为六款：“一、修甲器。各军盔甲器械，朽敝已极，欲一一制造，工部空虚难办。今兵仗局贮有铁盔、铁甲、刀枪，铳炮等器，请容领出修理，无创造之费，而又坚利有用；一、增战马。请敕南京兵部差官于产马处所，选取二千匹，分给各营演习，以备驱策；一、增水兵。沙船、唬船虽称便捷，不堪乘风破浪。乞敕南京兵、工二部，比照圈山式样，造大战船三十只，并募惯习风涛水兵二千，庶不至望洋心怖；一、增教习。练兵必从教师指授，各营虽不乏人，犹存见少。宜增募数十人，平居用以教士，有事藉以冲锋；一、南粮勿复改折。南粮七十余万石，官军之命，胥悬于此。今以边警之故频议改折，致仓廪空虚。此后无轻议改折，庶根本重地可恃无恐；一、水兑勿骤更官。南米有仓收，有水兑，并分司监之。仓差三年，水兑仅三月，席未煖而担旋弛，弊窦相蒙，谁剔夙蠹。宜准仓差之例，积习可新，军民受福。”部复如议。戊子，遣御史林一柱巡按应天。乙未，改南京刑部尚书陈荐为南京户部尚书。
三月甲寅，差潘士良巡按苏、松。
四月壬申，李长庚任南京刑部尚书。
七月庚戌，应天府尹郑璧为时事多艰，陈列五款，亟收人心，以固邦本：一曰、免加派，二曰、禁朘削，三曰、重教化，四曰、练民壮，五曰、时巡历。上可其奏，着该部看议来说。丁巳，升南京光禄寺少卿桑学夔为应天府府丞。辛酉，先是，织造李实以袍价不敷，疏参松江府知府张宗衡、同知杨姜俱各住俸。应天巡抚王象恒疏言：“李实虽参宗衡与姜，意本在臣。盖钱粮出纳，虽在府官，而总理在臣。皇上不督责臣，而薄罚二臣，臣何幸，而二臣何辜？乱激扬之令典，窃太阿之大权，无一可者，且当三空四尽之时，为用一缓二之计，此正二人苦心。于时苏州已解一万八千，松江已解五千矣，续发续解者尚在拮据络绎于途，而乃更蒙罚，则循良何足以措手足也。乞严谕李实，特为安静，勿旁生枝节，贻累地方。更将臣速赐罚处，以为不能承顺织造者之戒。”报已有旨。从御史易应昌议准，改折溧水县漕粮，他处不得为例。
八月辛巳，改兵部尚书王在晋为南京兵部尚书。
九月甲午，改南京户部尚书陈荐为南京吏部尚书。庚子，南京都察院掌院事、兵部尚书祁伯裕以衰病乞归。许之。改南京刑部尚书李长庚为南京户部尚书。升吏部左侍郎黄汝良为南京礼部尚书。
十月乙丑，升总督漕运、户部右侍郎李养正为南京刑部尚书。丙寅，遣河南道御史周邦基两淮巡盐。庚午，南京御史吕鹏云请练乡兵，命于本地处饷。乙酉，先是，嘉靖四十二年两淮巡盐御史徐爌，题设灶勇二千八百余名，分布三十场，以备倭警。承平日久，徒有其名。漕运总督李养正、巡盐御史房可壮以昔年白莲妖教先煽于扬，近闻滕之遗孽，焚劫至徐，则扬非无事之地。议欲改灶勇，另募壮丁二千，而以灶勇之饷饷之，设将立营，专司训练。部复，从之。
十二月癸未，改南京工部尚书何熊祥为南京吏部尚书。
三年二月己巳，升南京工部左侍郎张辅之为南京工部尚书。丙子，起升原任漕运总督、户部尚书李三才为南京户部尚书。
四月丁丑，以乏饷，裁冗员淮安府知事，训导各一员，邳州儒学训导一员，沭阳县县丞、山阳县河泊各一员。
六月丁亥，遣御史张文熙往苏、松巡按。
八月戊辰，巡视南京京营、吏科等衙门给事中等官姜习孔等条陈营务：“一言、南京各营皆有操场，独巡逻营无之。宜于御马场右偏空地建营厅，而前即小教场之余地，可作操场；一言、水兵弓矢之操，必于陆地。水兵营救场坐落定淮门，沿江原系民田，每年各兵醵还租银，时有争执，兼地连沮泇，入夏潮涨，一望汪洋。各衙门阅操，暂借关庙前发放，每年亦纳地租。如欲比艺，又率而之六营，营垒无定，奔走不遑。该营原有赎房银两解都贮库，合查发前银与教场原主，绝买其地，改作操场。周围筑埂，沿堤裁树，以防倾圮、涨淹之患；一言、近因倭警，添募水陆兵二千四百名，食粮已久，尚无营房、船只、器械之备。今已拨兵一千名，隶操江防守，仍一千四百名各为水、陆二营。陆兵宜量添营房四十间，水兵宜量添抄唬船二十只及器械、遮阳之属，皆不可缺；一言、各营止选锋有官给什物，而常伍则自备器械，尽是朽钝。查得内库及三山官库，见贮器械颇多，日就浥烂。合敕兵仗局及巡视九库科道，每营查发千件，遇操给军操演，歇操营官收贮，如有损失，责令经管陪补；一言、各营火器虽有，官给不多，皆各军自备。合敕内库及兵部，每营量给鸡脚百子鞭、鸟嘴等铳若干门，每操量给火药、铅弹若干斤，随时演习。又查神机营神枪为诸艺最，今皆常伍演放，而选锋止习杂艺，且辰刻领出，未刻即送入内库，演习不常。合敕内库量发若干在营，将本营选锋，改立火器若干队，常川演放；一言、国初，京军十有余万，今仅存四万余耳。现在之数，占役买闲，求其执矛走阵者，不过十之五六。而又多赢弱生疏，强半象人涂马。请自今以后，各衙门之投充规避者，俱以卫册指名清出。若内厂、府第、坐营、把卫，照依钦定名数，除军伴之外，不得另有输拨。”得旨：“留京营务要紧，所奏俱依议，严行各衙门加意振刷，不得怠玩。”
九月癸巳，南京国子监祭酒黄儒炳奏：“留雍倾圮日久，请即行会估修理。其各项拖欠钱粮，照考成例查参。”报可。
闰十月甲午，南京兵部右侍郎沈儆炌，三载考绩，以抚滇有功，升南京工部尚书，照旧管事。庚子，差南京户部广东司员外田敦俭管应天四卫仓，山西司主事陈锺衡管扬州钞关。庚戌，升陕西三边总督李起元为南京户部尚书。乙卯，命河南道御史刘大受巡按淮、扬。
十一月甲子，遣御史樊尚燝两淮巡盐。戊辰，两淮巡盐御史樊尚燎言：“两淮盐课，足当天下之半。无奈额课之后，继以套搭而商困。即今套搭渐解，私贩盛行，致官盐壅而商息微，因而亏损额课而国亦困。甚至私贩不已，加以乘机高抬，利不在商、不在民，并不在国，徒以饱奸宄之腹，而国与商民交困。诚欲格额课，无如行正盐。欲行正盐，无如先禁私贩。而欲禁私贩，无如慎重行盐之官，而运使其最要者也。一切引目之收发，岁课之征解，何者不经其手？于此而清，何所不清？然而清之，亦最难矣！引目有新旧之混淆，商皂有好良之杂沓，就中猾胥乘间利之，所在百孔千疮，非真得廉明敏练，有定识，定力者予以澄其源而障其澜，安令商苏弊绝称愉快乎！自今以后，断宜酌定成规，运使官果有洁守长才，能率其属以苏商裕国者，即查照三品官阶一体升迁。无豫拟其前途之不远，无概弃其后效之有成，当此三空四尽之日，必不可无此激扬之一法。而运同副判以下，不肖者诚无辞不简，果有清勤自好，能效—官者，亦宜照级叙升。无以财赋之地，尽视为擅秽之场，令一入其中，竟而埋没，斯有鼓舞之大权也。他如委掣盐斤一节，求委之官，必非自爱之官，皆缘情面太多，流致寡廉鲜耻。至北来各船，动多夹带私盐，而回空粮船为甚，舳舻百千，扬帆冲关。倘搜缉消息，持挺放火，群拥拒捕，莫可呵阻。夫百万淮课，九边急需，而粮艘敢公然搀贩，大损国储，此其目中宁有三尺哉？合无请敕会同督漕抚按申饬各卫官，遇船交卸，必亲自押空回南。更敕户部行文天津、直、沽各地方官，出示晓谕，仍立石：“奉旨禁贩私盐，违者依律处治。’凡各船到彼，听委官验明无弊，方准放行。各取押运官结状，如前途有犯事发，一并连坐。如是委掣得人，以清于内，又押空有官，以清于外，内外交清，私贩路绝。然私盐之禁，总期官盐之行。而行盐之官在外，自行盐道而外，莫亲于守令，亦莫急于守令。其间行盐之口岸与引盐之数目，皆其职掌。令以后务实令府、州、县官照引行盐，盐完引销，更汇销汇缴，由县而府、而道、而院，确查其销缴之分数，以为殿最。有不及额者，照例参处。庶督责严而商本、国课有其实济乎！”得旨：“盐法关系甚大，运司官屡有旨精择优升，如何不遵，还申明着实行。其余并即议奏，务绝奸弊，以充国课。”丁丑，南京御史游凤翔言：“南都钱法大坏，咎在工部司官。尚书张辅之不能指名参处，庇属抗旨，不堪司邦土。”上以辅之方简任留工，何得轻行指摘。不允。
十二月丁未，差户部陕西司员外郎程士奇管通州大运仓，江西司员外郎赵铉管淮安仓。南直应天府、苏、松、淮、扬等处同日地震。扬州倒卸城垣三百八十余垛，城舖二十余处。
四年正月戊寅，苏州府同知杨姜削籍。以织监李实奏其减袍服，得严旨。巡抚周起元言：“姜守官清正，时谒织监，不行属礼，亡罪被诬，竟夺职。”起元之祸蘖矣。（《两朝从信录》：姜素廉直。会织监李实，恶其强项，诬以迟误织造，严旨逮之。抚臣周起元力诤，得夺归职里。又是年三月，应天巡抚周起元奏口：“苏、松袍段四十万，分为十八运，按运支银，原编正额，止有此数。同知杨姜奉法急公，并未擅减。乃李实来苏、杭，一味营利兼饶辣，讲属吏之礼，罚府官之俸，开密访之门，捉民机为匠，人甚苦之。又背违成宪，侵渔岁改，擅增袍船。镇、徽、宁、广各府向无貂珰之迹，一旦添一中涓骚动其间，不但参随络绎，驿递怨咨，万一奸民构出事端，诚恐祸生不测。臣之所虑不徒在为有司存累年之规，而深为地方防意外之隐患。近来数郡中攫取，已收去银巨万，并未闻一缕解京济用，则无益公家，而有害于地方，不再计而明矣。且太、安、池等府四司料银，陵工与惠、桂府第及买铜筹钱等事，坐给予此，皆累奉有明旨，实图兼并，挟有司尽停诸项急需，不敢起解，是实以一岁改而妨国家一切公务者也。袍船每岁八支，神宗已裁定着为例，刘、吕二监行之久矣。今忽增造二只，岁岁加派修造之费，驿驿要设处夫廪之费，李实不过得奸猾船头等些小微利，而有司加派之扰不顾也，万里挽曳之苦不恤也，漏关闸万千之税不念也。大凡管织造之官，多劝皇上奢侈，少劝皇上节约。臣何敢以盛德事望实，但望其照旧例循行，不至格外作耗，足矣！仇士良言，固宠之术，必使其人主广侈其耳目，而后我辈可以得志。吕强每事直谏，力求先裁一切之虚冒，实自视于此二人者何？则所谓不敬莫大乎是。伏乞皇上严谕李实，岁改袍船，但令照旧，勿听宵人拨置，恣意更张，此江南之大幸，皇上之至明至断也。杨姜虽已飘然远引，甘为圣世逸民，更当论其无擅减之罪，曲赐轻处。则职言见采，地方蒙休，虽加三褫，臣有余荣矣。”（《熹宗旧记》：苏州府同知杨姜，忤织造太监李实。苏松巡抚周起元，发实侵渔违禁诸罪。）不报。
二月丁酉，沈儆炌仍南京工部尚书。癸卯，总督两广、兵部右侍郎胡应台为南京刑部尚书。戊申，南京贡鲥、鲟限十三艘，毋扰驿。
三月壬戌，太仆寺少卿魏说为应天府尹。
五月戊申，江南大水，巡按应天周起元告灾。壬戌，总理河道南师仲为南京礼部尚书。
八月辛亥，李维祯为南京礼部尚书。
十月乙酉，余懋衡为南京吏部尚书。
十二月己丑，周希圣为南京户部尚书。乙巳，巡抚应天、右佥都御史周起元削籍。以疏救同知杨姜，悖旨曲庇及前劾苏松道朱童蒙也。
六年正月癸丑，升太常寺少卿李逢节为应天府府尹。甲子，改南京右都御史毕自严为南京户部尚书。庚午，升南京太仆寺少卿胡东渐为南京都察院右佥都御史，提督操江。
二月庚辰，升礼部右侍郎来宗道为南京礼部尚书。戊戌，提督苏杭织造太监李实，参原任应天巡抚周起元：“违背明旨，擅减原题袍段数目，指勒袍价，又不容臣驻彼地方，故纵苏、松二府连年误运。且起元抚吴三载，善政罔闻，惟以道学相尚，引类呼朋，而邪党附和逢迎者，则有周宗建、缪昌期、周顺昌、高攀龙、李应昇、黄尊素，俱与起元臭味亲密。每以私事谒见，言必承顺起元之意，不日内监文移何足准行，则曰袍臣钱粮足宜缓处。起元因是愈恣暴慢，乃假名铸钱，以太、安、池三府协济袍段银十余万两，铸造滥恶薄钱，眩人耳目。将皇上急需之袍价，尽入私囊，致机匠苦于陪累。迄今吴民恨不能食其肉而寝其皮也。然黄尊素愈为可恨，辄与臣掌案司房黄自新以其桑梓甘为侄辈，俾自新倚势西台，凌轹机匠。臣业将自新严刑拷鞫，正拟具疏，候旨定夺，而自新惧法缢死，则尊素之罪固可逃乎？更如周宗建等，罪恶多端，奉有明旨提问，乃敢肆无忌惮，不拜龙亭，不服讯勘，色衣方中，公行出入，目中何知有君父，亦何知有法纪耶？周顺昌等俱系奉旨削夺官诰，不思潜身引咎于林泉，尤然冠盖招摇于故里。仍复布散流言，簧惑机匠，闭门逃躲，不行机织。臣恐再罹误运之愆，若不预为奏明，临时何以解溺职之罪也。”得旨：“周起元背违明旨，擅减原题袍段数目，又掯勒袍价，以致连年误运。且托名道学，引类呼朋，各立门户，一时逢迎附和，有周宗建、缪昌期、周顺昌、高攀龙、李应昇、黄尊素，尽是东林邪党，与起元臭味亲密，干请说事，大肆贪婪，吴民恨深切齿。除周宗建，缪昌期已经逮解外，其周起元等五人，都着锦衣卫差的当官旗，扭解来京究问。李实仍安心供职。”
四月丁丑，应天巡抚毛一鹭、巡按徐吉疏言：“本年三月十五日，因削职为民犯官周顺昌，奉旨被逮。星夜谕苏州知府寇慎着落吴县知县陈文瑞将顺昌拘到，发县周心提防，候期开读。随据钦差锦衣卫千户张应龙、文之炳约以十八日午时开读。臣等同赴公所，沿途见士民如堵，车拥不前，汹汹嘈杂，莫辨声语。随进公所，正开读间，纷纷士民号呼，一拥而入，疾声大噪。事出仓卒，臣等以身捍蔽，率道、府、县谕以名法，惕以祸福，奈奔雷掣电之势，几成斩木揭竿之形，彼时心口俱穷，智勇交困，陵厉叫号，莫可名状，冲突撞击，势甚决裂。谨将犯官周顺昌，仍前拘获候解外，似此仓卒异变，情景可骇。除一面安辑人心，查缉倡乱，以俟另疏报闻。”得旨：“周顺昌逮到朝廷，自有酌量处分，小民无知，何得拥众呼号，几成鼓噪，法纪何在？如本日解散，姑不深究，再有抗违，为首者定行拿究正法，且益重本犯之罪。抚按官另疏奏闻。”乙酉，应天巡抚毛一鹭、御史徐吉复奏：“周顺昌之被逮也，主持自有宸断，勘问自有法司。分宜逮到之日，官旗即行开读，而不虞其以三日淹也。比传开读，臣等亟趋公所，见聚观者如堵，即行呵斥，而各官以为向者周宗建等开读日，光景亦是如此。且传鼓相催，遂辟除从人，上阶行礼，不意呼号之声，如疾雷响应，莫可向迩，执香稠众，一涌而上，势如鼎沸。臣等相顾错愕，唯以身为捍蔽，力谕道、府诸臣喊示功令，幸顺昌拘系无虞，而奉差官旗辈遂把捉不定，惊溃却走。众益挥号攘臂，直入后堂，致涌跻践踏，攀援扑跌，几成狼狈决裂。臣等速调防御官兵，以次鳞集，众稍稍奔轶，乃乌合之众，乘风鹤之惊。复闻河下有旗从需扰若辈，遂如狂如颠，随奔哄城外。臣等复急促府、县正官立刻严拿禁戢，而旋亦散逸，此十八日情景也。次日，讹言偶语，遍街塞巷，臣等惟有密加防护，严行申饬，自辰至酉，方始解散。距三日，而从役内有李国柱者，因惊窜独先，踏伤偶毙矣。窃念事莫凛于王言，法莫严于三尺。讵意清平世界，有此异常大变，举国若狂，几于不可收拾，何人情之汹汹，而时事之叵测至此甚也。方周顺昌奉旨被逮，县官往即就系，当令府、县力促开读，而官旗不应，逗留需索，订期十八，致生远迩之心，此变之所由肇也。苏郡法纪陵夷，已非朝夕。臣等德不足以绥民，威不是以肃众，抑何辞于溺职之罪。除一面将犯官周顺昌交发官旗，即日起解至京，伏候圣明处分外，仍次第擒缉倡乱渠魁，另行正法，以重国典。”得旨：“愚民狂逞，至挤伤旗尉，虽云变起仓卒，抚按等官平日禁约谓何？据奏犯官既已前来，姑不深究。还着密拿首恶，以正国法，不得累及无辜。其苏、常等处，私造书院，尽行拆毁，刻期回奏。”锦衣卫百户张国栋等疏言：“臣同史宗邦带领旗尉提拿黄尊素，至苏州地方经过，即闻城内周顺昌家属人等倡变，集众多人，分布城外，将臣等拦截乱打，分尸抛水，并将驾帖、信牌、衣服抢毁一空。臣等身带重伤，央本处寇知府找查，旗尉六人杳无下落，臣等昏迷前往，行至平望桥，又遭众恶截打无路，只得雇觅小船，从小路逃生，奔赴入京奏闻。”得旨：“黄尊素，着彼处抚按速差的当员役，扭解来京究问。”丙申，漕运总督苏茂相疏言：“海州、徐州并赣榆、桃源二县，俱荒旱异常，人民饥死，流离贼盗，日不聊生，漕粮无措，当一体改折。其余州县虽被灾而未若此甚者，臣督令忍死输纳本色，不敢渎陈。”部复，从之。
五月戊申，命王珙巡按苏、松、常、镇。
六月戊子，两淮巡盐御史陆世科疏言：“户部近议，两淮每年额行边引七十万五千一百八十引，又行积引二十九万余引，盐利颇饶。每引量增银八分，共银七万九千六百一十四两四钱，俱于天启六年为始，照例春秋追征解部，转解工部助工，工完即与豁免。但据商人苦恳，运司酌议，谓自立纲法以来，盐斤视昔不啻减十之三，盐课视昔不啻加十之三，循此不变，商已难支。今又不论新旧，加银八分，绝流而渔，势将无鱼。各商欲比宁夏加饷，每引五分，带盐十斤。今每引八分，带盐十六斤，但如近日加银一钱，带盐十六斤例也。合无稍为裁减，每引八分带盐十三斤少补商膏，亦其势之可从者也。至若高邮行四十引、宝应复行一千五百引、泰兴复行一万一千引、江都加增二千引，臣前已取其银助工，今又每年征其助袍价，则额设已定，似难更改。所当请明立石，永远遵守者也。”章付户部。甲午，南京御史何早疏言：“商民困苦已极。一、请罢免新复商税，即各关额征者，亦稍令其宽然有余，则逐末者多，输纳自裕；一、请凡一切带征钱粮决意停止，即州县借支者，亦并为明禁，则旁收者少，额派自完。”疏下该部。
闰六月丁巳，南京户部尚书毕自严言仓庾之弊，禁戢补救，其说有六：“一曰、官攒之养耗当清。每收正米一百石，加耗米八石，每年每石除耗一升四合，扣至五年八个月一十七日而原耗减尽。此后每年每石将正米减一升，不意此辈机智日熟而养耗之弊生焉，每支放米数千石，仍存米数十石，延数年始放尽，至算耗则以放尽月日为据矣。曩者仓粮数多，犹曰守支日久，今仓粮已少，而遇耗如昨且加多焉。今后宜细查收支月日，不许总算总减，永著为令；一曰、正米之亏折当追。耗米以五年八个月一十七日除尽。从来定例，不可易矣。扫盘亏折正米，例应官攒、军斗三分均陪。今两次蠲免，已四万余石，惟以额外亏折为固然，以俟诏赦而已。此等弊窦，概置不问可乎；一曰、官攒之冒俸当革。乌龙潭等二十七仓，仓俸官攒二百二十七员名，江北应天等四仓，仓俸官攒四十员名，除现任守支应支俸外，其已经扫盘，不论有无过耗，俱应住俸，岁省折银一千五百九十六两；一曰、耗米之赢余当还。凡收米未及五年支尽者，耗米原未减尽，仍当存贮在仓；一曰、司属之收纳当慎。省、直解到仓米，多被积解插和，惟恃钻刺打点。今后监收官照例筛晒，务期干洁，以异日亏折之多少，追论当年监收之优劣；一曰、仓庾之盖藏当谨。省、直解粮原有本折席竹银，各卫修仓原有余丁上纳银，各官扫盘，又有还官碎席价值，若果收纳干洁，照例铺垫如法，谓尚有亏折逾额，臣不信矣！”疏下户部。辛酉，逮原任应天巡抚周起元至，下镇抚司狱。随奉旨：“周起元受杨姜多贿，阻挠上供袍服，今已拿到，着送镇抚司，照李实原参指称，铸钱冒破十余万两赃私，勒限追完，以助大工。”南京户部尚书毕自严疏言：“国用告匮，借南济北者，权也。济北而不至厉南者，则权而不拂乎经也。今留计匮诎，束手无策矣！江西天启四年份应解南粮，尽以抵浙、直改折之数，改运于北，仅得浙、直漕折银二十二万二千两。续经原任总督仓场侍郎魏说搜括助饷，并及此漕折之数。又以江北浦口仓每年该屯粮一十二万石，天启四年荒旱改折。户部酌议，移咨臣部，将浙直漕粮及浦口仓屯粮，各改折银两，尽改北起解充饷。夫南户部者，北部之外府也，数年以来，挹彼注兹，不下百万，岂至今日而自分畛域？缘臣部困穷已极，仓中现存之米才七十余万石，仅足支军饷一岁之用，转眼脱巾可虞，不得不据实控陈。乞敕户部从长酌议，仍将漕折银二十二万二千两、屯折银三万两，准令臣部留作军饷应用。”疏下户部。丙寅，南京兵部尚书许弘纲言：“南京水陆军兵，除防守、差拨及操江宪臣专辖外，春秋操练尚四万二千有奇。然脆者或鼓之不前，骄者或驯之未服。夫士卒之骄脆由于将领之不廉，将领之不廉，由于选举之未当也。今一缺出而若群蚁之附羶，争借贷钻谋以攘攫。一到手而若饥鹰之求食，竞科派克减以取偿。卒之视将，平居固若敌国，一朝有急，欲其可生可杀而必不可使为乱，岂可得乎？故求之于土卒，不若求之于将领，求之于将领，不若求之于部司。臣今亟与武选、职方二司约，备查向来职掌，摘作简明书册，先将各缺之上、中、下分为三项，衡以资格，注定某项员缺，定以某项某官顶补，截然而不可逾。次将各官之履历、贤否，定为三等，某某为上上，某某为上中，某某为中下，资俸、荐奖、戒饬，查核开载，亦雁行鱼贯，截然而不可逾。开卷即了，举目便知，刊刻成书，颁布营卫。凡同事内外守备、操、巡、科、道衙门，人执一本，互相觉察。仍置夤缘簿一，煽犯者重加戒饬，书名簿内，永不叙用。庶源流既清，选举各当，上焉者以公生明，而将领不敢不格心；下焉者以廉生威，而士卒不敢不用命，庶可祛骄脆之积习乎。”得旨：“这条陈有裨枢政，着兵部复议行。”
七月丁丑，应天巡抚毛一鹭奏：“原任御史方大任追赃拟徒。”从之。辛巳，下扬州知府刘铎诏狱。先是，魏忠贤逻者于什方寺僧得诗扇，有“阴霾国是非”之句，谓铎所作。系僧鞫问，词连户部主事欧阳晖。谳者以诗非铎笔，并晖俱得释。忠贤意未厌，罗织其罪，令旗尉缉获其家人刘七与刑部书办史大仁等，谓铎在狱中，原任御史方震孺谋脱原任都督李承恩斩罪。承恩，宁安大长公主子也，捏其子李瑞以公主金册玉带为贿。遂拟震孺原绞加斩，铎遣戍，史大仁等与李瑞并戍。又词连刑部郎中翟师偃、李陞问，主事冯士渠三人，俱削籍，夺诰命。忠贤意尚未厌，令旗尉缉获铎家人曾云龙、方士方景阳等，谓铎遣云龙延景阳于家，镇压诅咒，欲死忠贤。刑部郎中高默、徐日葵，主事陈振豪、汤本沛拟铎书符咒水左道为首者，绞；云龙等为从，徒三年。有旨：“此责默、日葵、振豪、本沛，俱降三级，调外任。”刑部尚书薛贞遂拟铎谋杀尊长律斩，云龙等绞，竞弃市。当铎鞫时，拷掠无完肤，厉声谓谳者曰：“一时功名易尽，千秋公论难逃。”谳者悚然，士类伤之。
八月甲辰，南京户部尚书毕自严请酌定差规，以一政体。言：“北新、淮安、扬州三关与银库及督税分司，当用俸深者，以示优劳之义。其江北仓及水兑两差，当用俸浅者，以示先劳之尝。人情政体自合如此。比岁以来，资俸不必相应，觊觎别有夤缘。于是一时物议沸腾，非谓堂官爱有独锺，则疑司官意偏左袒，宜著为令本政谱一书，而酌其至当。不得先期托假以避，亦不得临时越序而争，所为教忠、教让、教廉，胥系之矣。”上曰：“差规既定，尔部即永为遵守。”丁未，内监李永贞题：“南京颜料十年一解，自万历二十八年至今，例应两次解纳。”有旨：“二次年例颜料，不必办纳本色，照依应解数目折价解进，以助大工。”工部尚书张鹤鸣疏称：“原无额征之银在库，并无十年一次之例。自嘉靖二十四年至万历二十八年，五十余年才取一次，若仍议派，不但民穷财尽，皮毛不存，且旷日持久，恐大工难济。计惟将拖欠臣部钱粮，严催续解。”得旨：“颜料折价，内监十年一题，旧册可据，如何说五十余年方取一次，显是上下朦胧推诿，急公之义安在？今除解过三万五千两外，其余照内监原题数目，勒限解进，不得违延误事，责有所归。”庚申，南京户部尚书毕自严，备陈留俯出入之数，并商补救之术：“以岁入本色言，省、直额解各仓及水兑屯米共八十九万有奇，除湖广近改黔饷外，实止起解六十三万七千有奇，乃南京锦衣卫等、各寺、监、局及神机、宿卫等军通共支米八十四万四千余，此南户部本色岁出入之确数也。以岁入之折色言，应、安、徽、宁等各处杂项银两，通共四十三万三千有奇，乃南京之公侯、府部等衙门，并锦衣卫、所等官吏支销通共该银四十四万四千有奇，此南京户部折色岁出入之确数也。总面计之，本色之出浮于入者，每岁约二十余万石，折色之入歉于出者，每岁约一万余两。况入数有逋欠，无加征；出数有岁增，无岁减。然则留都库帑，虽欲不日殚日匮，岂可得哉！臣前为本色计，请归楚赋；为折色计，求还漕折。今日夜思维，求所以裕入之孔，则积逋当追。查自天启元年至五年，各省、直拖欠折色共一百余万两，本色共八十余万石，容臣一并提催，务期通完，以纾燃眉。求所以清出之窦，则冗食当节。案查天启元年正月实支月粮官军，匠役人等止七万人．今增万人，一年便多支米八万石。留都旧制，有祖军，无募兵；有额粮，无增饷。历年经倭警虏氛，兵部操江，俱各募兵，另立奇兵一营，增额遂满六千，增饷岁需三万二千余两。夫增兵补伍，谁非根本至虑。第足兵先须足食，节流要在穷源，则今日讲求节缩，固臣部所急讲者。乃若以北分南之入，而入孔愈少；以南供北之出，而出孔益多。如辽折一项，臣又窃有请焉。南粮额派，原不甚充，纵令本色稍有赢余，亦听南部自折自用，成案可稽。迩因辽饷无措，搜括南粮，于是仓米改折既多，充饷愈穷。且楚中南解折色，该省并借供黔，五年以来几及十万。况近来织造孔棘，岁额倍增，辽折所留，尚苦不足于供。截长补短，剜肉医疮，此则臣部一段不可语人之苦情，今日不得不彻底吐露，以仰冀宽恩于君父也。”得旨，下部酌议。
九月庚午朔，南京总督粮储、户部右侍郎林宰以京仓积贮出浮于入，胪列救弊之法：“一、严部运，以免稽迟。旧例应解南粮，布政司官一员董其役。该府通判督所属州、县佐，依期赴京交纳，明旨昭然。今何废格也？藩司无论矣，府佐不行，而委之首领；县佐不行，而委之仓巡。至苏、松等处，直付之解户之手，半属豪奴揽棍，银米任其辗转朽腐以充数。逾年累月，无从究诘。乞敕各抚按今后起解南粮，总部必责府佐，分部必责县佐押运，依期交纳，违限严行参究；一、省转解，以免挪移。有司按会计催科于南粮，何尝宽免一分。顾民间之输将已完，州县之挪借百出，移甲供乙，久假不归，化为乌有。乞敕各省抚按，令委官立限，径行赴部交纳，以除转折停留之弊。仍严追实投批回查照，以防解官侵没之奸；一、贮改折，以备不虞。天启五、六年二月，例应大粮放银。前任部臣以库贮空虚，米价腾涌，改支本色，以济时艰。折色待八月补支，而今无有也，两月又多出米九十五万石，仓米安得不匮。臣愚以为如永折一项，自应归仓支用，其各省、卫、所追补未完米价银两，管库司官相应另贮，专备仓中之乏，不在别项支销。乞敕臣部，著为永例。”上命该部速复。壬申，淮、扬各府属，春夏旱蝗为灾，入秋霪雨连旬，河溢海啸。滨海之邑，如泰兴一县，海潮江浪，一夜骤涌，庐舍冲没，人民溺死者无算。总漕苏茂相具状乞赈。下其疏于部。己卯，升南京兵部右侍郎谢启元为本部左侍郎，巡抚应天。辛巳，升户部左侍郎靳于中为南京刑部尚书。癸未，应天府府丞祝以豳为应天府府尹。戊子，升南京光禄寺少卿陆梦祖为应天府府丞。辛卯，起升太常寺少卿李待问为都察院右佥都御史，总理粮储、军务，巡抚应天地方。
十二月壬戌，升总督两广、兵部右侍郎兼都察院右佥都御史商周祚为南京工部尚书。甲子，谕吏部：“淮扬道王化行、扬州府推官许其进，虽经升任，但地方应解钱粮及汪承爵等赃银俱在两臣任内，着照旧料理，完日方许离任。”
七年正月壬申，总督漕运郭尚友、巡按直隶宋祯汉勘报：“淮、扬、徐州等处州、县灾伤，议请漕粮改折。”戊子，盗入桃源县，劫库开狱，杀知县管九功家属三人、典史林天相家属一人，九功、天相仅以身免。总督漕运郭尚友疏闻。命失事捕官住俸严拿，仍查失囚、失银名数，分别参处。丙申，应天抚按毛一鹭、王珙，请建魏忠贤生祠于虎丘山普福胜地。得旨：“据奏，三吴灾沴频告，物力困于输将。厂臣虑周国计，心轸民艰，一应茶果铺垫等费悉行蠲免，机匠沾薄征之惠，供用无贻累之烦。该地方择胜建祠，尸祝以报，朕心嘉悦。其远年逋赋，除上供急需者照旧催解，余何项应免，该抚按还议妥具奏。”
二月辛丑，加南京户部右侍郎林宰为左侍郎，准回籍养亲。壬寅，应天抚按毛一鹭进追过吴养春赃银。得旨：“据奏，追过吴养春赃银一万一千两外，其代认赃银二十三万七百六十九两，郑一诚所领本银七万余两及估变本犯产业银两，俱着勒限严追，务足原题数目，作速解进，以助大工。如有徇情延缓，将该地方官参来处治。”壬子，升刑部右侍郎潘濬为南京刑部尚书。丙辰，户部复：“总督漕运郭尚友灾伤改折疏，分别被灾轻重，如海州、桃源，准折五分；徐州、邳州、清河、宿迁、睢宁、盐城、准折三分；泰州、砀山、兴化、泰兴，准折二分。其余被伤稍轻，仍令征本色。”从之。
三月庚辰，南京户部左侍郎倪思蕙疏言，留都本折二色钱粮，省、直拖久数多，因条例五款：一、置簿以查完欠；一、别积逋以行参罚；一、专差官以重责成；一、惩衙猾之侵没；一、严批解之程限。得旨：“留都根本重地，本折二项钱粮，系军民储糗及各项供应急需。乃各省、直拖欠本色杂粮至八十五万五千三百石有奇，折色银至九十三万四千八百两有奇，库藏匮乏，何以经费？条陈诸款，具见苦心筹划，有裨国计，着即与详议具复。”壬午，南京户部左侍郎倪思蕙言：“南粮岁支五十二卫官军，当七十余万，今黔饷割去楚赋二十六万，几割南粮之半矣。前次臣部具题犹有九十余万之积，今止四十五万有奇，算至五六月而粮尽矣，七月后作何支应？黔事未平，即不敢望节年借过之数，尽数还归，乞就本年二十六万量还本部。”得旨：“南庾告匮，根本之忧，急在眉睫，这本所奏索还楚赋，情事迫切。第偿部额与济邻饷楚又在两难中矣，着该部悉心酌复回奏。”丁亥，礼部右侍郎韩日缵为南京礼部尚书。甲午，户部员外李桂芳劾镇江府知府贺仲轼、江都县知县胡敬辰，怠玩马场变价，有“厂臣急公之念，可容草莽委之”等语。得旨：贺仲轼、胡敬辰，各降三级。
四月庚申，升宜大总督、兵部右侍郎兼都察院右佥都御史张朴为南京户部尚书。
七月丁亥，巡视屯马御史李时馨奏：“今日马价，庐、凤、淮、扬欠至二十万有余，镇江、应天欠至三万四千九百有余。今日屯粮，南京四十二卫、所麦米欠至二十三万有奇。在军也，或诿于荒歉之数；在官也，实明犯自盗之条，皆由查参之法不行故至此。今后当檄各该地方管粮官，接比严催完解，仍按季报该道分别参处，屯、马二政庶有裨乎！得旨：“屯、马二政，俱系军国重务。乃马政既多逋负，屯政亦多侵欠，总缘查参不严，废阁巳甚。这本说慎举刺、严考成，以责实效，最得裕国计，肃官常之法，俱如议，着实申饬行。”南京巡仓御史蒋守藩奏：“南京为丰，镐重地，各菅、各卫官军所系命者，此二十七仓之储积也。乃楚赋二十五万割而饷黔，今已六年，各仓所积几何？黔局未结，不能遽尔拨还，则南京营卫官军，将奚以为糊口计也。窃计此二十五万者输之三楚，储之京仓，是南粮非楚粮也。黔之罪人未讨，黔之疆宇未宁，是天下所共亟，非南京所独急也。奈何独割南京额以饷，使根本之地，以黔故空虚，而营卫官军，以黔故枵腹也。倘外解不接，脱巾而呼，东南隐忧，有不忍言者。”得旨：“南庾告罄，军需急在眉睫，累经彼中诸臣迫切陈请，该部还宜悉心区划。或别策急黔，而楚赋仍归南；或别策急南，而黔饷仍责楚，要须从长计议，酌量挹注，用固根本。”
十一月己丑，止苏州织作。谕曰：“朕自御极以来，民力艰苦，思与休息。惟是封疆多事，征输重繁，未遑苏豁。织造虽上供急需，朕痛念连年加派络绎，东西水旱频仍，商困役扰，民不聊生，朕甚悯焉。今将苏州现在织造，地方官解进，梁栋不必候代，即回，员阙暂停。朕不忍以衣被组绣之工，重困此一方民。稍加轸念，用示宽仁，俟东西底定之日，方行开造，以称朕敬天恤民至意。”
十二月戊戌，谢文锦为南京右佥都御史，提督操江。
毅宗崇祯元年正月壬午，以常州去年水灾，折绢有差。
二月丁未，苏、松、常、镇、应天水灾，折光禄寺白粮一年。吴江民诉灾，下户部议折征。
三月壬戌，商周祚为南京兵部尚书。
四月癸巳，南京仓库告匮，命拨江西、湖广漕运济之。薛三省为南京礼部尚书。丙申，黄克缵为南京吏部尚书；杜士金为南京工部尚书；吕图南为南京户部右侍郎兼右佥都御史，总督粮储。
五月庚午，郑三俊为南京户部尚书。
六月丁酉，胡应台为南京兵部尚书。
七月己巳，改周嘉漠为南京吏部尚书；李待问为户部右侍郎兼右佥都御史，提督漕运、巡抚凤阳。丙子，曹文衡为右副都御史兼理粮饷、巡抚应天。
八月辛卯，吕兆熊为南京户部尚书，摄右侍郎事兼右副都御史，总督粮储。
十月戊戌，李养正为南京刑部尚书。
二年闰四月己未，熊明遇为南京刑部尚书。乙亥，武进人蒋渊等诉白粮之累。万历时，定米百石，加耗五石，铺垫等定七两九钱。今加耗五十一石，增费三十六两，乞复其旧。不允。
六月辛酉，邹维琏为南京太仆寺少卿，摄应天府丞。
三年四月庚戌，吕维祺为南京户部右侍郎兼右佥都御史，总督粮储。辛未，起靳于中为南京工部尚书。
四年五月庚辰，沈演为南京刑部尚书。
六月丙辰，淮安、扬州大雨，坏民居田稼。
十二月甲戌，李孙宸为南京礼部尚书。
五年五月甲寅，南京吏部尚书谢陞言：“贼屡以抚啖我，而我坚以抚自愚。今狼狈如此，闻抚之一字尚坚持不化，屡堕贼术中而不之觉。咽喉要地，岂堪再掷也。”
九月壬寅，康新民为南京刑部尚书。
六年二月丙戌，应天解缎段四千三百三十四匹，承运库太监周礼验退二千六百七十八匹，责改造。于是，应天府尹詹士龙言通判成克延督织造，亦引咎。
四月乙亥，姚士慎为南京刑部尚书；刘定国为南京工部尚书。
九月庚戌，改唐大章为南京礼部尚书。
七年正月丁巳，南京兵部尚书吕维祺言：“淮、徐，京师之咽喉也。乞敕淮南巡抚杨一鹏急宜豫备，贼势果东，似宜移驻。”
二月癸酉，先是，南京工部尚书刘定国铸钱恶滥。南京兵部谓不便。大学士王应熊以定国座师也，拟旨庇之。大学士钱士升以南铸样钱约重一铢，俸钱约重九分，余皆带铸，千文值七钱五分，民间苦之。盖私钱不难禁，而以官铸济其私，犹私盐不难禁，而以官掣行其私也，禁之为难，业草揭。温体仁读之曰：“不必揭。”第拟严旨上之，曰：“钱法系朝廷大权，近闻留都铸局除样钱外，夹带私铸，非铜、非铅，纯用伪物，薄小轻脆，如同鹅眼。以致祷息竟饱蠹腹，民间绝小制钱，增局虽多，徒增滋弊孔。该部委任何官，其查奏。”于是，司官概罚俸。盖南部都督铸司官匠，领铜在外私炉鼓铸，每干钱取息亦千数，且并其工食扣之，尚书类养望，不能问也。
四月壬戌，常州、镇江雨雹伤麦。
九月乙丑，赈淮安、徐州。
十月己亥，旌华亭光禄寺署正顾懿德，父置义田四万八百余亩助役。懿德又置青浦义田万亩。
十二月丙申，巡按淮扬御史刘兴秀言：“山阳、海门、沭阳、桃源、睢宁、盐城、兴化，各县灾极，乞蠲折。”不许。
八年正月甲子，修南京文庙。
四月癸巳，申南京各衙门滥讼私罚之禁。
八月丁未，谕：南京武备废弛，着范景文同内守备兼行整饬。
九月壬戌，谕南京操江右副都御史王道直曰：“南都武备废弛已久，战船朽坏，器械锈钝，兵多虚冒，沿江上下辽阔，奸宄易生。尔到彼会同操臣李弘济及内外守备、户、兵二部，互相商榷，各期振作。向来南官但养资俸，今须实心任事，大破情面，以副委任。又南方最苦滥词牵累，极宜治刁息讼，以安民心。已经面渝，惟恐遗忘，特再申明，勿得泛视。”
九年正月戊辰，寇陷萧县。留两淮盐课十万，饷客兵。
三月甲子，叶灿为南京礼部尚书；程国祥为南京户部右侍郎兼右佥都御史、总理粮储。
七月癸卯，南京户部右侍郎兼右佥都御史、总督粮饷吕图南罢。先是，京官、卫、所官以粮迟，数百人诉户部。司官陈梦璿、图南乞留漕米一万石，再截二十万石，不候旨，被责。丁巳，免应天五年以前逋租。
十二月戊戌，户部类报两淮盐课，崇祯六年以前积亏二百余万。巡盐御史所以有分别议处之旨，盖淮盐在天启五年新旧额银止七十余万，崇祯三年加至百二十一万有奇，四年加至百三十万有奇，六年加至百五六十万有奇，因列各官亏完之数，程其功罪。
十年正月壬子，苏州府知府陈洪谧、扬州知府韩文镜、淮安知府周光夏，各逋赋，夺官视事，勒限完复。
四月辛卯，起李玄为南京户部右侍郎兼右佥都御史，总督粮储。
九月丁卯，张献忠掠仪真，扬州告急。命督理太监刘元斌、卢九德选勇卫营万人往。
十一月，徐石麒为应天府丞。
十一年正月己巳，核武进县田额。
十月庚寅，常自裕为南京户部右侍郎兼右佥都御史，总督粮储。
十二年正月丙戌，巡按苏、松、常、镇御史王志举荐地方人才王在晋、许誉卿、周镳、贺玉盛等。上责其私滥。
四月甲午，免高淳去年旱蝗田租。
八月壬子，朱继祚为南京礼部尚书。
十月戊子，涂国鼎改南京吏部尚书。
十三年正月戊辰，黄希宪为右佥都御史，巡抚应天。
三月己丑，苏州知府陈洪谧、松江知府方岳贡并稽赋。洪谧削籍，限六月完额，否则解任；岳贡夺官，核上海逋额，限十月。
七月辛巳，禁应天私钱。
八月辛亥，定淮、扬海运五万石。
九月庚子，王铎为南京礼部尚书。
十一月壬寅，仇维桢改南京兵部尚书。
十二月丁巳，张慎言为南京户部尚书。
十四年四月癸丑，御史金兰为应天府丞。
五月乙亥，命淮安、徐州诸镇总兵护漕防河。庚子，土寇犯徐州，焚北关。其掠南沙河店者，毁漕船十六艘。
六月乙卯，刘广生为南京刑部尚书。
十一月甲戌，余瑊为南京兵部尚书。
十五年正月丁亥，许淮安、扬州输麦抵漕粟。
二月戊申，徐州知州纪天佑逋赋，惧罪自杀。甲寅，许嘉定、上海豆、麦折漕。
三月庚午，祁逢吉为应天府尹。松江知府方岳贡，治郡逾十二年，为政清直，以诬被逮。
四月癸卯，南京大理寺火。乙丑，梁云构为南京右佥都御史，提督操江。
五月戊子，复松江知府方岳贡官。
六月庚子，广应天科额诸生解额十人，监生解额五人。庚戌，崇明盗平。兵道程峋散其党二千余人，籍其兵四百四十人。
八月癸丑，胡应台为南京工部尚书。
九月己卯，李遇知改南京吏部尚书。
十月丁巳，郑煊为右佥都御史，提督军务兼巡抚应天。
闰十一月庚申，倪思辉为南京户部右侍郎兼右佥都御史，总督粮储。
十二月癸未，建虏围海州。癸巳，建虏陷赣榆。
十六年二月戊子，漕运总督朱大典免。南京左军都督府忻城伯赵之龙劾其贪婪，命抚按核实。
三月丁巳，胡应台改南京户部尚书。
七月辛亥，史可法为南京兵部尚书；高弘图为南京户部尚书。改胡应台为南京刑部尚书。
八月己巳，应天府教授何九云奏会试，许之。辛未，裁南京操江都御史。时罢镇远侯顾肇迹，以诚意伯刘孔昭代。孔昭因召对泣陈文臣掣肘，事权不一，故有是命。
九月庚申，程註为南京工部尚书。
十月癸亥，徐州副总兵金声桓讨萧、砀诸盗，平之。初，萧县盗王道善等陷县城，焚徐州北关，桃源盗程继孔合之。永城余寇朱安世、燕青等相煽于徐、宿、归、永间。声桓以九月丁巳会兵分讨，程继孔请降，以兵守之。是日拔诸寨，斩首二千八百。