穆宗隆庆元年正月丙寅，户部复：“南京户科给事中岑用宾奏，其一言南京供用库、酒醋面局并光禄四署所积米谷豆麦，足支数年，宜暂征折色解部。其后以三年为率，征本色二年，折色一年，庶无虚费。其一言锦衣卫乌龙潭等三十六仓，每仓有看仓余丁少者十名，多或二十名，月饩不给。宜仿正统十四年例，每丁月粮三斗，于各仓耗米内支给，以示优恤。”得旨：“折色银两征解户部济边，余如议。”
二月戊申，命南京工部修葺孝陵殿柱。
三月癸酉，直隶巡按御史周弘祖言：“淮安府所属十一州、县水灾重大，种马人户流移未复。请仍以三年为限，将逃户种马折价悉与蠲免，俟其归复，仍旧征解。”兵部请从其议，并行有司加意招复。是之。
四月庚戌，改南京刑部尚书赵大佑为南京兵部尚书，参赞机务。
五月乙卯，改南京礼部右侍郎裴宇为南京吏部右侍郎，巡抚应天等处。丙辰，初，南京应天等五卫军人，防守浦子口，其食盐俱赴买于龙江关。已而，江浦县知县李天澜谓：“浦子口隶本县，令买食本县引盐，不得越江，以启私贩。”巡盐御史已主其议。而浦口守御江平及诸军坚执以为不便，相持久之，遂互相攻讦，诸军大噪，击杀部民，天澜仅以身免。至是，南京兵部尚书郭乾言：“二臣本以私忿相斗，法当究治。仍乞酌议盐地以杜争端。”得旨：“买盐地方，仍旧行事。于军民有不便者，自宜奏诉。守御官乃敢纵军暴横，殊不畏朝廷法度。平及军人首事者，南京兵部逮至法司重究以闻。”庚申，升提督四夷馆、太常寺少卿林润为都察院右佥都御史，总理粮储，巡抚应天等处。辛未，改南京工部尚书刘采为南京吏部尚书。
六月庚寅，上命南京工部解织造余积料银等济边。应天府未解者，仍照旧数追征，准明年料价；南京工、户二部未解者，悉行停止。从南京工部奏也。庚子，时帑藏空虚，诏书多所蠲免，经费不足。户部条上其议：“南京户部折粮等项银三十万，南京兵部马价二十万，南京工部、太仆寺料价等银并地租各十万，宜令量留三分之一，以备本处支用，其二分尽起运入京。”
七月丙辰，南京户科给事中岑用宾言：“南京内织染局往年因积负数多，司局长随陈宪，妄以添机雇匠为名，加派于应天府属者逾万金，此非先帝意也。请自今罢工匠之召募，仍免派征未输者，以苏畿民之困。”诏可。甲子，改直隶常州府、镇江府清军同知为练兵清军同知，铸给关防。
八月癸卯，裁革应天府属溧阳、溧水二县各税课局大使一员；江浦县东葛驿驿丞一员；苏州府织染局大使、副使各一员；太仓州茜泾、唐茜泾、长洲县塘浦、吴县横金、吴江县因各巡检一员；昆山县巡盐主簿一员；松江府上海县税课司大使一员；镇江府丹徒县新港坝官一员。
九月丙辰，裁革淮安府大军、东新二仓副使各—员；徐州治农判官一员；桃源、宿迁、沛县治农主簿各一员；徐州卫知事一员；桃源、宿迁、盐城、沭阳、萧、砀、丰、沛八县各训导一员；仪真县清江闸闸官一员。庚辰，以应天府进呈试录不谨，夺府尹徐应俸二月。
十月癸未，升南京吏部右侍郎裴宇为南京工都尚书。乙酉，以协同漕运参将、署都督佥事福时为提督漕运总兵官，镇守淮安。辛未，升南京大理寺右寺丞史朝宾为应天府府丞。
十二月丁亥，户部复：“巡抚应天等处都御史林润条陈复粮额、议改折二事，谓各省粮额，俱以夏税、秋粮、马草为正赋，差徭、增编为杂派。惟是苏、松诸郡不分正、杂而混征之，名曰平米。其中如马役、料价、义役，原非户部之加增。如轻赉脚米、户口盐钞，亦非粮额之正数。杂派渐多，常赋反累。诚有如润所言者，宜令逐项清查旧额，所增之数，通行造册送部，以凭裁减。至于两京各衙门俸银改折之议，则当斟酌轻重，事难尽从。盖南京水路四通、米谷饶裕，便于改折。若一概施之北地，有如运道告阻，内鲜蓄聚，缓急之际，何以为谋。请将南京各衙门官吏人等月米及嘉靖四十年以前积欠京储，尽行改折，每石七钱。在北者量折十分之二，每石一两，若米贵仍复本色。”得旨允行。乙酉，命南京工部修茸孝陵殿宇。
二年正月己卯，铸给松江府青浦管粮通判关防。
三月壬午，总督南京粮储都御史游震德言：“各省布政司督粮官、应天府正官，请以南粮完负多寡，参治降罚，如漕运议单事例。南京广洋、龙骧等仓各监收主事，注选四员，使得久任，无辄更易。”户部议复，允行之。丁亥，南京工部尚书裴宇以诏书停造军器，因言留都根本重地，即有缓急，守备不可不豫，请如例补造。从之。丙申，光禄寺卿赵锦言：“直隶江阴县，岁例进新子鲚鱼万斤，路远数多，不堪上用，徒以累民。请自今止贡五十斤，余皆折色。”从之。
二月丙寅，改南京工部尚书裴宇为南京礼部尚书。
四月癸卯，以南京东安门四仓移附复成桥仓，并裁革官攒六名。从总督南粮都御史游震德请也。己酉，巡抚应天都御史林润、勘上御史董尧封所奏丈量、出兑、优免事宜，其略言：“苏、常等府田地已经丈量，止按册清理。松江等府未经丈量者，已属良有司董其事，完有日矣。所谓宦籍大户自兑者，盖于各水次增设仓廒，粮五十石以上者，每年如期上仓，官为验收。俟运军至时，官为交兑。是漕卒无久候之费，而粮长免包赔之患也，所谓优免者，如张承赉言：每亩以三升为率，粮以品免，田以粮免，法亦甚平。而品级之中，亦非概论。以京朝、外任相参，其致仕、闲住与现任等，监生、生员、吏典人等，更加斟酌。又丁田有多寡，田亩有饶瘠，其应免之内，当以丁田相准。每丁一名，准粮一石，止及其身，无概庇其族人。官田二亩，准民田一亩，山荡四亩，准民田一亩。皆以实征粮册为率。”户部复请。从之。
五月癸亥，南京户部尚书刘体乾条上六事：“一、各仓关防不严，亏耗殊多。宜令甲斗诸役，均数赔补。典守官攒抵罪；一、贮库、各关钞料、茶引、屯仓折席、赃罚，岁久易于干没，宜令科道官查刷。管库旧止主事一员，宜如太仓例，每十日轮郎中一员，协同收发；一、衙门歇家书皂，因缘为奸，宜酌量汰革，犯者如议单遣戍；一、杭州北新、淮安、扬州各钞关，宜比南关例，给赐关防敕书。其司局等官，俱听各关定贤否，以备考察；一、都税司折钞银仅一百一十两，而官攒、巡拦俸粮、工食岁费，反不下四百余两，应议裁革；一、各卫苜蓿地及没官房税一千二百余两，岁久侵没，并宜查核征解。”户部议从其言。因请征杭州北新关买钞余银，接济边饷。其他存留，以备修理诸费。及浒墅、九江、临清、河西务，并给关防敕书。惟都税课司费多入少，疑有侵匿，不当议罢。得旨：“赃赎修理如近例行。钞关宿弊多端，其司、府、州、县，隐匿钱粮，亦不止税课一事，户都及工都各设法厘革清查，条议以闻。”戊辰，南京户部言：“故事，铸钱工费，取办芦课。今芦课不足，所费船料银亦复不赀，亦行停造。”工部请从其议。因请属迢江御史及管洲主事清核芦洲，隐占者，征其课银解送该部。上从之。令严行查勘，势豪阻挠、请托者，具劾以闻。
七月壬申，诏蠲苏、松、常、镇四府近年移借工部料银。以巡按御史谭启言东南征赋繁重之故也。
八月乙未，南京户部尚书刘体乾条议凤阳仓粮六事：“一、苏、松、常、镇，旧派粮四万有奇，近漕司奏留该府兑军，而以淮安仓粮抵还，为其转输均便。今淮安全无征解，积欠至五十余万，请查复此旧额为便；一、淮安旧征本仓折色每石六钱。昨议扣留一钱，事出权宜，当仍复旧数所借之银，令其陆续补还；一、高墙庶婿衣粮，儒学师生俸廉，自有正阳关科税及岁派存留以为常供。乃今悉仰给仓粮，于名实无当，请行改正；一、九卫停俸武职，旧不关白仓场，朦胧混支，今后并宜查革；一、本仓米麦，近以灾伤改折者，此后当复征本色；一、管仓主事，宜比漕司理刑，给以关防，视京仓监收例，满三岁，方得更代，庶几出入有稽而人无玩愒。”从之。庚子，清理屯盐、右佥都御史庞尚鹏，劾奏淮扬巡盐御史孙以仁侵匿盐银千余两。得旨：“风宪官身自犯赃，何以纠正官邪，禁革奸弊。以仁姑先褫职听勘。自今御史差满当严加考察，毋得概令回道管事。”
九月己酉，兵部复：“操江都御史吴时来奏，南京水操舟楫，皆脆薄无用。乞将二百料与一百五十料以下者，遇坏易银贮库，候有缓急，听其随便改作，不必仍拘旧式。”从之。癸亥，以水灾折征直隶高邮等卫、所屯粮有差。
十月戊寅，以旱涝灾免淮安、扬州、徐州秋粮子粒有差。丙戌，南京报罪囚处决者九人，矜疑宥死发戍者四人。癸巳，以淮、扬等处灾伤，暂免原派砖价一年。
十二月辛丑，铸给淮安、扬州钞关关防。
三年二月甲申，起原任兵部尚书郭乾为南京户部尚书。癸巳，裁革南京游兵都司并三江会口委用把总各一员。从操江都御史吴时来奏也。考察南京不职官员，上元县知县袁伯雅等二人素行不谨，黜降如例。
三月丙午，命南京上关榷税兼抽本折，以苏商困。
五月丁未，户部奏：“南京盐引铜版，岁久文不可辨，引目增多，印给失时，乞加数铸造。”报可。
六月丙申，升提督誊黄、通政使司右通政海瑞为都察院右佥都御史，总理粮储、提督军务兼巡抚应天等处。
闰六月甲子，淮、徐大水，坏城垣、淹田舍、漂人畜无算。
八月丁巳，以苏州、松江二府水灾，给赈有差。
九月丁丑，诏改折南京锦衣并直隶仪真等卫所屯粮，以被灾伤轻重为差。壬午，以苏、常二府水灾，诏许常熟县漕粮改折十之五，昆山县十之二，宜兴县十之三。壬辰，以水灾，诏南直隶太仓州、崇明、靖江、嘉定、溧阳、吴江、高淳、六合、长洲、丹徒等县改折漕粮有差。无漕粮者，停征租一年。
十月甲辰，户部复：“河道都御史翁大立、都给事中刘继文、御史王友贤等奏，请令淮安、扬州二府所属州、县及徐州属县改折漕粮，各以被灾轻重为多寡。仍各酌量免其存留者，兑运每石七钱，改兑六钱。嘉靖四十五年以前带征并隆庆二年以前应征者暂停，以俟丰岁。其淮安、高邮、徐州、仪真、扬州等卫，海州、泰州二所，亦视灾伤重轻，改折屯粮。”诏如议行。辛亥，以水灾，免征淮安、扬州二府及徐州铁、麻料价银一年。丙辰，两淮巡盐御史李学诗以盐场水灾，请扣留商人正盐纳银每引一分及挑河银二万两，赈恤灶丁。从之。丙寅，户部复：“御史王友贤奏请除豁高淳、溧水二县寄养磨乳犍母牛，以苏被灾之民。”从之。
十一月戊子，裁革溧阳县上兴埠巡检司巡检一员。辛卯，诏免应天等府今年芦课之半。以南京工部奏也。乙未，以苏州、松江、常州三府水灾，诏改折额解禄米仓粮一年。
十二月辛丑，诏以淮、扬二府及徐州兑运改兑粮，俱征解折色。仍留两淮盐课银二万两，淮、扬船税银三季，以赈饥民。从抚臣赵孔昭请也。庚申，以水灾，改折松江府华亭县漕粮十分之五，存留蠲免亦如之。戊辰，以灾伤，诏免淮安府、徐州、高邮州岁征追补民壮军银三万四千四百余两。从操江都御史吴时来奏也。
四年正月己巳，命总督京营戎政、镇远侯顾寰挂印充总兵官，提督漕运，镇守淮安。丙子，南京提督操江都御史吴时来言：“新江口营水操官军内，有建阳、新安、镇江三卫，请各分为两班，一班京操，一班防汛，而量减操军行粮，归之南京户部。”报可。
三月庚寅，巡按直隶监察御史李绍先言：“江洋群盗四起，杀掠泰兴县等处，皆徐、沛、通、泰间被水饥民及江南所散遣浙、福水兵，相引为非，滋蔓可虑。乞饬守臣多方抚剿，以安地方。”上可其奏，诏各该巡抚严督兵备等官，克期荡平，毋容怠误。壬辰，裁苹总督南京粮储都御史，以其事属之南京户部侍郎，仍设巡仓御史一员佐之。丁酉，直隶巡按御史张问明，奏留苏、松、常、镇四府罚赎银一万两，济河工用兼赈饥民。许之。
四月甲子，总理河道都御史翁大立奏：“高邮等处，河堤剥蚀。请将徐州仓现贮截留漕粮二万六千余石，移置淮南，召集饥民修筑。”从之。
五月辛巳，裁革高淳县主簿、淮安府治农通判、扬州府管马通判。乙酉，诏以漕运各总过江、过湖脚银之奇羡者，解贮淮安府库，为军船置办什物之用。每船给以四两，如再有余，则以助修船之费。仍著为令。己丑，升南京都察院右都御史刘自强为南京户部尚书。
七月戊辰，户部寿：“两京十三省，积逋京库银至二百万，苏州、松江、常州三府为甚。请行催解。”得旨：“切责有司勿怠玩，令户部移文抚按，如期征解，有延缓者以名闻。”丁丑，起用南京刑部尚书黄光昇。以衰病疏辞，不允。
八月丁酉，升南京都察院右都御史曹亨为南京工部尚书。
九月己巳，改南京吏部尚书吴嵌为南京兵部尚书，参赞机务。寻以病乞致仕。许之。壬午，改巡抚应天等府都察院右副都御史朱大器为南京大理寺卿。乙酉，以水灾，免直隶徐州、高邮、兴化、宝应、清河、桃源、宿迁、睢宁、安东十州、县正官朝觐。丁亥，命提督操江兼管巡江、南京都察院右佥都御史陈道基，以原官总理粮储、提督军务、巡抚应天等处。
十月辛丑，初，以应天巡抚海瑞议，裁革江南募召客兵。已而，巡按御史张问明言：“各兵业有安居，遣之适以滋盗。”乃复命抚按官从宜选留。至是，抚臣朱大器言：“苏州、常州、松江共有主客兵三千六百有奇，其余水陆兵，亡论主客共七千七百有奇，势不得尽遣。而前所遣者，仍以各处军余、民壮调补，合之盖一万五百六十五人。又岁于防汛时，募沙、土兵八千，是皆不可削。计兵饷当用银十二万二千有奇，而存者仅五万，不能充一岁之给。宜稍加派，以安众心。”事下兵部，请留用官兵如大器言。户部议许加派兵饷银三万。上报可。甲辰，改南京户部尚书刘自强为南京兵部尚书，参赞机务。壬子，升提督五军营都察院左都御史曹邦辅为南京户部尚书；原任吏部左侍郎兼翰林院学士、掌詹事府事潘晟为南京礼部尚书；提督神机营、都察院右都御史兼兵部右侍郎陈其学为南京刑部尚书。
十一月戊辰，应天抚臣议，以织造龙袍，复设苏州府织染局大使一员。从之。
十二月丁酉，升总督陕西三边军务、都察院右都御史兼兵部左侍郎王之诰为南京兵部尚书，参赞机务。
五年二月壬子，南京广积、广惠二库火。
四月丁酉，以直隶淮安府所属州、县灾伤，诏停征积逋马价。辛丑，以天气暄热，命两法司并锦衣卫，狱囚笞罪无左验者，释之；徒流以下，即从末减；重囚情可矜疑并枷号者，具录以闻。并令南京法司一体审恤。
五月壬戌，升南京礼部右侍郎秦鸣雷为南京礼部尚书。
六月甲午，命掌南京右军都督府事、永康侯徐乔松提督南京操江，兼管迢江，掌府事如故。
七月庚午，升直隶苏州府知府蔡国熙为湖广按察司副使，整饬苏、松、常、镇兵备。
八月辛亥，以热审赦减南京重囚沈永等二十八人。
九月庚申，复设山东布政司参政一员，专理苏、松、常、镇四府粮税。
十月癸巳，以水灾，命改折南京锦衣等卫、所及直隶扬州等卫、所屯粮有差。甲辰，升刑部左侍郎王国光为南京刑部尚书。南京法司奏：“是岁会审重囚之数，情真当决者三人，矜疑减死戍边者二人，有词更讯者二十四人。”报可。戊申，御史吴道明劾奏应天巡抚都御史陈道基不职状。得旨，令回籍候勘。甲寅，以徐、淮等处灾伤，计改折蠲免各项粮钱有差，仍令有司赈济如例。乙卯，免南京各卫，所掌印官运粮。从尚书王之诰奏也。
十一月戊辰，复设徐州洪主事一员。以御史张宪翔言，漕务劻勷勃一官，难以兼理故也。
十二月丁未，漕运都御史王宗沐奏：“运船漂失数多，请先将运粮坐派淮安各州、县，贮藏常盈仓，以充来年海运之数。然后行各厂造船。”报可。癸丑，许改折应天府高淳县兑改漕粮一年。以湖田淹没，从巡抚陈道基奏也。丙辰，两淮巡盐御史张守约奏言：“两淮密迩南京，积年商匠往往表里为奸，挠坏盐法。乞敕南京户部岁委司官一员，专理盐引。但遇各运司起纸输到之日，严束匠役，计纸分工，不许任其预刷及夹带等项。”又言：“引价太重，内商有高价之苦，而边商有守候之难。乞酌议量减原价五分。”户部复奏。从之。
六年正月辛未，工部尚书朱衡疏请修筑徐州至宿迁长堤，凡三百七十里，并缮治丰、沛大黄堤。从之。
闰二月己未，南京户部尚书曹邦辅奏：“南京各卫仓粮，临江水兑三十万石，支放以三月为率。今军伍消乏，辄延至五月不得完，令输纳者有守候之苦。且水兑之月既增，则仓支之月自少，计在仓积陈二百万石，至七年始尽。其红腐不可食之患尤为甚者。请令自今水兑，惟以三月为限。仍照嘉靖九年例，止以二十一万充三月支放，余一十六万五千石改为折色。四年已尽，复征本色，则可以疏通仓粮，暂苏输纳之民。”户部复奏。从之。
三月丙申，礼科给事中蔡汝贤奏请宽恤东南民力：“其一、复废县。言华亭、上海人户繁衍，有司管豁不及。旧于二县适中地，设青浦县，未几辄废。遂致地有抛荒，粮多逋负。宜亟复旧县，建置官署，责令招抚流移，开垦荒芜；其一、议改折。言苏、松等府，额运粮米往议改折二分，官民称便。已乃尽征本色，水陆转输，公私耗费，不甚其苦。宜将二分折色，永著为令。其闲散官员应给禄米者，悉令本折兼支；其一、蠲旧逋。言粮额积负，请将嘉靖四十五年以前逋负，悉从蠲免。其隆庆元年以后，如数征解。”疏下户部，请以复废县一事，下抚按熟计；其改折，候会计日议处；积负钱粮，仍遵原数带征。惟戒谕有司，毋事朘削。诏如部议。工部复：“直隶抚按御史刘曰睿疏请苏、松水利，敕应天兼督。”报可。庚子，南京湖广道试监察御史陈堂奏言：“国制，十年大造黄册。凡户口田赋之役，新旧登耗之数，无不备载，所以重国本而存故实也。今沿袭敝套，取应虚文，奸吏得以那移，豪强因之影射，其弊不可胜穷。臣尝询之，盖有司征钱粮、编徭役者，自为一册，名曰白册。而此解后湖之黄册，又一册也。有司但以白册为重，其于黄册，则推付之里胥，任其增减。凡钱粮之完欠，差役之重轻，户口之消长，名实相悬，曾不得其仿佛即解之后湖。而清查者，以为不谬于旧册，斯已矣，安辨其真伪哉！臣窃谓欲理图籍，必严综核，必专责成。夫书算豪猾，类非守令之法所能制也。顷苏、松、常、镇添设督粮参政一员，请赐之敕，责令兼理黄册事务，凡人丁事产，照悉白册攒造。其欺隐脱漏者如例问迫；驳回者，依限完报。田至一万亩以上者，仿古限田之法，量为裁抑。如势要阻挠，有司阿纵，听抚按官参奏，庶册籍清而赋役可均。”部复。诏如议。
四月辛酉，巡按直隶御史姚光泮劾奏原任翰林院编修曹大章、原任苑马寺卿韩子允诈取平民财物万余，应天府府丞丘有嵓入其重贿，赃迹颇著，宜究治如法。吏部请革有嵓职为民，并大章、子允俱行南京法司逮治、具奏。从之。乙丑，升光禄寺少卿杨标为应天府府丞。