世宗嘉靖元年正月庚戌，南京锦衣、江淮等卫，原设水军马快战船。永乐间迁都北京，遂专以运送郊庙献新及上供品物、军需器仗。其后管运内臣，假托虚增，肆为奸利。上登极，诏革其弊。进鲜船只如旧例，每起不过三只。南京兵部尚书乔宇因奏裁船数视弘治间减十之四，正德间减十之七，上皆从之。至是，诸监局内臣，竞请乞如正德中例。守备太监戴义以闻。兵部执诏书既出，不宜纷更。得旨，如弘治年例，以后不许再议增减。
三月癸丑，革南京锦衣卫巡江官校。癸亥，禁淮安民造曲，以户都言其糜费五谷，致米价腾贵也。总督漕运、尚书陶琰、总兵杨宏言：“直隶江北，原设把总一员，所管运船太多，地方太远，乞更增设把总三员分管。”从之。丁卯，命内外总督粮运等官，严禁科取分例，违者重治之。时巡仓御史刘寓生上言：“天下卫、所运粮四百万石，常额外加耗。有曰太监茶果者，每石三厘九毫，计用银一万五千六百两；有曰经历司、曰该年仓官、曰门官门吏、曰各年仓官，曰新旧军斗者，俱每石各一厘，共计银一万六千两，有曰会钱者，上粮之时，有曰小荡儿银者，俱每石一分，共计用银八万两，又有曰，救斛面银者每石五厘，计用银二万两。率一岁四百万米，分外用银一十四万余两，军民膏血，安得不困竭也。乞痛革宿弊，以苏漕运困若。”户部议如所言，请申饬禁例，故有是命。升南京右都御史崔文登为南京工部尚书。
四月己丑，改南京吏部尚书廖纪为南京兵部尚书，参赞机务。起原任巡抚，都察院右都御史俞练，总督漕运，兼巡抚凤阳等处地方。癸巳，命保定侯梁永福，协同南京守备，管南京右军都督府事；应城伯孙钺，专管南京操江。乙未，升吏部左侍郎罗钦顺为南京吏部尚书。丁酉，兵部复：“南京都察院右副都御史胡瓒，监察御史董云汉言江防六事：一，专委任。言新江口原设都御史管理，而事多关白守备、参赞，掣肘难行。宜令小者专决，大者会议，庶便责成；一、明约束。言新江口及扬州、仪真设官军守把，声势联络。今承平玩愒，江洋劫掠，了不相干。宜各照所辖，缉捕应援，违者参究；一、实行伍。言新江口官军舍余，原额一万一千六百余名，今役占老弱，耗减过半，请清查拨补，以备操练。其各卫所官舍旗军立功者，不得改回原卫；一、示激赏。言官军所以营求改差者，惮其劳也。恤其劳而优厚之，则人勤。宜查指挥等官勤能懋著者，超次擢用，军士赏赐布匹，全与本色，优免二丁，帮帖军装，增修窝铺，计处阅试赏犒之费；一、处船只。言江船原额三百四十，多不堪用。战船阔大，不利风浪。宜令南京兵、工二部会同操江验看修补；一、时操练。言新江口专习水战，宜将各船官军编定，不许差使更换。召募习水者百十名，分教各船。有风则习巡哨小船，无风则习大船，庶人船相得，缓急有赖。”得旨：“专委任、明约束，令南京内外守备、参赞会议行之，余如议。”
七月己酉，诏两京国子监及各省提学官修补残缺经史，禁书坊妄肆改窜。以南直隶旱灾，诏抚、按各官，讲求荒政，积谷豫备，务使穷民各沾实惠。乙卯，南京都御史胡瓒、御史董云汉议：“南京江操赏犒，兵部官帑不足，而法司岁报赎工罪囚，徒纳势要月钱，无补公用。宜听入银，月三钱，岁以三分之一属操江，发上元、江宁，贮以充赏。又新江口军士，昼操夜守，乃蹴屋以居，宜加存恤。以罪人所没入赀，增修铺舍，量可容万人，以居军士。”工部复：“请下南京工都会议行。”报可。乙丑，夜，南京大风雨，雷电震动民居房屋，至四更方止。己巳，是日南京暴风雨，江水涌溢，郊社陵寝，宫阙城垣、吻脊栏楯皆坏，拔树至万余株，大江船只漂没甚众。直隶扬州、淮安等府同日大风雨雹，河水泛涨，坏官民庐舍、树株，溺死人畜无数。壬申，南京巡江都御史伍文定，以江防久弛，请赒恤贫劳，以养士气；选补戎伍，以壮军威；修改船只，以便战操；增置器具，以习防御；假借事权，似励庸才。疏下所司。
九月癸亥，以水灾，命高淳、溧水二县兑军粮半征折色。
十月癸酉朔，工部复：“南京户科给事中陈江等奏，南京各卫快船，并各行铺户，差遣繁难。今富猾之家，或投充庙户及牺牲所、神帛堂、各监、局差役，内外守备写字、军办名目，倚势影射，独累贫户朋贴。如神帛堂，原额四百四十四户，今该监额外招收，积一千一百余户。他皆类此。宜行南京户、礼、工三部会同科、道官，查洪武、永乐年间旧额，酌量存留。但系近来夤缘投充者，悉革退编差。”上是之。令照前旨会议以闻。丁丑，以修治苏、松等处水利功完，赏总督粮储、尚书李充嗣：郎中颜如瓌，林文沛、参政徐赞各银币有差。庚辰，以苏、松、常、镇四府灾伤，各免正官朝觐。甲申，以淮、扬等府灾伤，诏免总督漕运、巡抚都御史、总兵赴京议事。辛卯，以南京应天灾伤重大，命户部发帑银二十万两，差官分给各巡抚都御史，令其躬亲巡历，委官设法，加意赈恤，仍各蠲免税粮有差。
十一月乙巳，诏南直隶被灾州、县草场子粒银，应征五分者，再免三分。先议派今岁马价加银二两者，止勿加，务使穷民得沾实惠。戊辰，以灾伤免淮安、扬州等府税粮有差。己巳，改工部尚书陶琰为南京兵部尚书加太子少保，参赞机务。
十二月丁丑，南京太仆寺卿潘希曾奏：“直隶淮安等府，应解依挂欠马匹，请照先年事例改征折色，每匹银一十八两。”兵部复议，以为便。从之。庚寅，南京守备、魏国公徐鹏举等奏：“南京大、小教场、神机营、新江口、浦子口等处操备官军并传操按伏等项，及把总、守哨、卫总、指挥等官，旧规俱听内外守备节制推委，与操江都御史原不关涉，观英宗、武宗前后诏条可考也。今都御史胡瓒等妄援专委任、明约束之言，欲以侵夺事权，变更申令，而又专嫉武臣，使独任地方失事之罚，非故事不可听。”兵部议复：“浦子口地方与新江口关，昼操夜守，及上下江旱巡按伏官军，先因彼此隔涉，守备官徒以文书遥制，不救缓急。故瓒等欲令操江兼辖浦子口，及与内外守备协同选委各营卫官军，事非为私，不足引他故以争也。其奏拟文武官失事情罪，揆之先年事例，亦略相同，臣等不敢复议。”疏入，上报如弘治年间例行。以弘治时，曾敕兵部尚书王继与守备、成国公朱辅公同计议军事故也。上意盖欲使权归本兵，不任操江都御史云。己亥，提督南京操江、襄城伯李全礼贪纵不检。家人刘宏倚势作奸，威逼指挥佥事华辅至死。事闻，诏逮宏。法司讯治充军，仍切责全礼，令带俸闲住。壬寅，漕运总兵官、都督佥事杨宏奏：“请以漕运轻赍银两，悉听各该运官沿途动支，为雇僦车船之用。不必装鞘印封，计算羡余，以苦运卒。”户科驳奏，以为此开以人冒破之端，非轻远之计。而御史向信则欲令运粮官军，凡领银雇脚，必先赴察院报数关支为籍，以记其多寡，不得擅动。下户部议：“宏所言，乃弘治、成化以前旧规，而科道官之论，至于救弊防奸，不为无见。大要漕运之法无他，惟在船不守冻、粮不挂筹、军不借债三事为急。若使官得其人，自无此弊。但轻赍折银，本以资转搬之费，今若虑官军侵耗，尽取其赢余归太仓，则以脚价为正粮，又非立法初意。今宜令有司如期征收余耗，如例解赴漕运衙门，候各总运船过淮，照数领给，运至通州，方许发封，听巡仓御史、管粮员外会同查核验给。仍酌量各项支用实数，著为定规，不许扶捏浪费。如有羡余，不必输之太仓，即将各总分各卫所，查开缺船应补者若干，敝船应修者若干，什物应办者若干，各发银修造。每银百两，令造新船一只。该管官旗侵欺花费别用者，参呈重治。果有三年，粮无挂欠，银有积余者，照例旌擢。”得旨，如议。
二年正月庚申，应天府府尹王震致仕，以南京科，道交论其不职也。辛未，南京守备、魏国公徐鹏举等奉旨会议应天府匠役人夫事条例以上：“一、南京司礼监神帛堂匠役，洪武时，定额四百户，后太监安宁奏增四十户，俱免杂差，奸民利之，夤绎窜籍其中，至一千一百十四户。顷奉明诏，以正德时投充者，革去百八十九名。而该监仍复护留，请查旧例，复四百四十户之数，余尽革之；一、南京内府九库，洪武时，额编库夫五十七名。宣德、成化间，有修理之役，暂借人夫百五十一名。工竣仅以二十三名发回两县，而占留百二十八名。南京里，外花园，原额匠九十名，而后复借占八十名。南京内官监，原额军民匠三千九百余名，天顺间复借占百五十五名，俱非制，宜尽革；一、各监、局人匠有逃故者，宜行原籍勾补，户绝者宜除。今使上元、江宁两县赔偿不便；一、南京鲥鱼厂，岁取里长二十名，索银二十两。正德时，复倍取其数。起运内臣索茶果银百二十两，水夫银二百两，及鲜船将发，又取夫四千三百有奇，民不堪命，宜有以禁之。”兵部复议。得旨，俱遵旧例行。
二月己丑，户部请定淮盐每引七钱，报可。庚寅，升广东布政司左布政使孙禄为应天府府尹。
三月甲辰，南京礼部尚书杨廉致仕。壬子，升户部侍郎秦金为南京礼部尚书。御史秦钺言：“顷以套虏征兵及辽左缺饷，尽发两淮正德十五年余盐七万九千余引于辽东开中。夫余盐不许开中，止令本商纳价输部济边，此御史卢楫之疏，先朝已著为令，诚于国课有裨。盖本商自纳，每引计银一两，各边开中，每引计银八钱。况正盐母也，余盐子也，正盐守支搬运，候久费多，故愿中者少。余盐勘合一到，即时有赏，故愿中者多。今若舍母求子，余盐无自而积矣。请以辽东所中引，改派嘉靖元年正额。嗣后申明前令，本商自纳余盐之价，慎勿开中，庶几上有定法，下有定守。”户部复议：“两边引目，业已发去，姑以淮北余盐积至七万九千余引，给所中商人，以全夫信。嗣后悉如前例。”上是之，敕余盐存留，纳价输部济边。辛酉，南京神乐观火，御制圣旨碑文二道皆毁。乙丑，改南京户部尚书杨旦为南京吏部尚书。
四月壬申朔，升南京刑部右侍郎王镇为南京户部尚书。戊寅，户部言：“遮洋一总漂流漕粮二万余石，布花银钞不赀，官军溺死者五十余人，请治把总王缵等罪。”诏下漕运都御史按问追偿。壬辰，户部尚书孙交等以参奏漕运把总漂粮千石以上者并论总兵杨宏，因自劾稽迟粮运，请罚治。上切责把总等官，薄其罪，宥杨宏等。以交等引咎自责，悉勿问。
五月庚寅，仪真、江都二县，有官塘五区，筑闸蓄水，以溉民田。后豪民规以为业，古迹废坏，真、扬之间，运道梗阻，御史秦钺请复之。得旨，命总理河道侍郎及管河郎中相视修筑，占种盗决者，处以重法，仍追地租入官。
六月乙卯，吏部复：“南京吏部尚书杨旦奏，南京国子监监生数多，拨历壅滞。请府、部、诸司量增历事人数，并请三月考勤附选，如在京例。”报可。
七月丁丑，南京大疫，军民死者甚众。巡按御史郑光琬以闻。命抚、按、有司加意优恤。戊寅，淮安、徐州、扬州等府、州、县大水，漂房屋六百家，溺死男妇八十余名口。甲午，南京监察御史陶俨以应天等府旱灾，民多流亡失业，请大发内帑及余盐、赃罚银两，以备赈恤。上敕巡抚、尚书，都御史李充嗣行之。南京兵科给事中鲁纶言：“南京官吏军匠共九万四千三百七十九人，每月食粮九万八千二百石有奇。今计京储止四十五万余石，仅可供四月。恐食尽军饥，患生不测。乞照正德十四年例，量留江西运米，及南京刑部诸衙门赃罚银以济。”下户部议。尚书孙交言：“漕运计程已过淮、徐，况系京仓四百万数，截留非宜。惟苏、松、湖州三府折色米解京者，可量留十万。各衙门赃罚在仓粮米，间月支放，各处屡年应解南粮，督令完纳。如催征辗转，无以济急，或将嘉靖三、四年苏、常诸府该运府、部衙门粮米，改拨一万石于南京。”诏俱从之。
八月戊戌朔，直隶苏州、松江、常州、镇江府大水没禾稼。己亥，改南京礼部尚书秦金为南京兵部尚书。辛丑，南京应天府等处大饥，民死徙相望。南京户部尚书王缜等以状闻，因条陈救灾十事。户部议：“缜等言皆是，惟漕粮渡淮，且京储也，不宜留。余如议行。”乙巳，升刑部左侍郎颜颐寿为南京礼部尚书。乙卯，命巡抚山西、都察院右副都御史胡锭总督漕运兼巡抚凤阳等处。己未，诏以两淮运司余盐银三万两，淮、扬二钞关船料银三万余两，补给淮安等卫所欠缺军粮。从巡抚都御史俞谏请也。庚申，刑科给事中沈汉言：“吴在春秋为荆蛮，朴野不文。赖吴公言偃，北学仲尼，而东南学者，始知圣贤之道。今其子孙微弱，下同编氓，祠守仅存，隘陋弗称。乞照颜、孟、朱熹例，官其子孙一人，以奉其祀，改建庙庭，为置祀田。”部议：“以子孙世远，难据授官，惟从其广庙给田之请。”报可。壬戌，升南京通政使司右通政闻湖为应天府府尹。
九月己卯，兵部议复：“南京进鲜等项船只，务照尚书乔宇所奏事例，每船内拣选纲头，给付花栏小票，明开船只装扛水夫之数，于经过管河等衙门投递验放，有司驲递，照票应付。如遇生事害人者，即申巡抚、兵备等官指实参奏。再乞敕南京内守备，戒谕各监、局进鲜官员，不准多带好徒生事，仍张榜于沿河地方禁约。”上是之。甲午，户部奉旨会议上赈恤事宜：“一、折漕粮。请将江南等处被灾地方，本年应纳改兑粮米准改折银九十万石，内直隶江南各府五十万石，江北各府四十万石，行各抚、按通融分派。每石连脚耗征银七钱，以备月粮折放。所余运船，听令修艌存恤；一、发内帑。请将内帑太仓银各发十五万两，直隶江南十万两，江北五万两，差官运送巡抚衙门，量灾轻重给发州、县官，与预备仓粮、赃赎相兼给赈；一，惩侵欺。言江南钱粮多被粮吏将已征在官者侵费，贿嘱官吏，捏作未征，冀幸赦免。请访拿到官，责限完解，违者从重问遣；一、任抚牧。请行各巡抚官捐停不急，专区处钱谷，择属分赈。其应征钱粮，听巡抚便宜从事，或酌丰俭均节，或即赈数代补，务于征派中存赈恤之意；一、行劝借。请于被灾地方，军民有出粟千石赈饥者，有司建坊旌之，仍给冠带。有出粟借贷者，官为籍记，候年丰加息偿之。不愿偿者，听照近例，准银二十两者，授冠带义民；三十两者，授正九品散官；四十两授正八品；五十两授正七品；各免本身杂差。仍禁有司逼强及饥民挟骗等弊；一、处财用。谓今议赈者，或欲捐赋发帑，或欲补官补吏，或欲借余财，省快船，或欲借抽分，折竹木，为说不一，均切民瘼。但事各有掌，擅难议覆。乞敕各部，隨宜详复施行。”议上。命发太仓银二十万两，分给赈济，余悉如议。乙来，兵部言：“南直隶地方灾伤，应天极重，派去马价，暂且停征。”从之。
十月辛丑，升工部右侍郎沈冬魁为南京礼部尚书。己未，命借留直隶、江、浙漕运京粮三十万石于南京给军，似南运粮每石折银七钱解补，不为例。
十一月丁卯朔，改南京参赞机务、兵部尚书秦金为户部尚书。庚午，以旱灾免镇江、苏州、常州、松江等府税粮有差。辛未，以应天等府灾伤，暂停征所欠马价。
壬午，改巡抚应天李充嗣为南京兵部尚书，参赞机务，太子少保如故。戊子，升南京户部右侍郎吴廷举为都察院右都御史、总理粮储，兼巡抚应天等处地方。升户部左侍郎边宪为南京刑部尚书，庚寅，先是，大学士杨廷和等以直隶江北水灾异常，疏请集议赈救，并蠲一应岁派额办钱粮。上令户部集廷臣条陈救荒八事。疏入，上曰，灾伤重大，军民困苦，存留起运粮米，岁办等项钱粮，尽与停免。癸巳，孝陵神官监太监杜震等以陵寝墙垣颓损，奏乞修理。命南京工部，会同内外守备官，即相度修理。甲午，命南京兵部右侍郎席书兼都察院右佥都御史，赈济江北地方。
十二月庚子，以灾伤免应天、淮、扬等府、徐州嘉靖元年、二年，未征草场子粒银两。甲辰，南京兵部右侍郎席书上言：“今岁南畿旱涝相仍，民饥殊甚，已经有司疏闻，下廷议赈恤。第饥民甚多，钱谷绝少，恐难给济。须别等第，酌缓急乃可。……考古荒政，可行于今者，惟作粥一法。不烦审户，不待防奸，至简至要，可以举行，……今总计南畿，作粥江南北，可四十二州县。大都、大县设粥十六所，中县减三之一，小县减十之五，诸所设粥处，约日并举。凡以饥来者，无论本处、邻境军民、男妇老幼口多寡，均粥给济。起今十一月半，抵麦熟止，计用米不过十六万石，可活人二十余万，扶颠起毙，未有急于此者。因作为赈粥活民事宜，开列条款，装潢成帙以献。”疏上。上即命书从便宜行于江北，仍谕江南巡抚一体施行。丁未，蠲免应天府等州，县并各卫、所被灾田粮有差。戊申，停征淮、扬、徐等府、州嘉靖元年、二年，未及三年额办牲口，俱俟年丰带征。己酉，赈济南京屯牧军余。
三年春正月丙寅，南京地震有声。丁亥，南京户部尚书顾颐寿奏：“南京官军匠役，月支米十万余石，今括各仓所储，才足十万之数。近蒙截留兑运粮米三十万石，并改苏、松、湖三府京库折银可备米十万石，合之仅有五月粮耳。目今米价腾贵，人心忧惶，及查各省逋欠数多，乞照户部原拟，差官四员，分行郡县。”户部复议：“仍行各抚、按官严限查催。”从之。壬辰，户科给事中张汉卿等言：“先该户部复题，应天等府地方亢旱，欲将淮、浙运司余盐银两，及南京折纳干鱼并变卖没产银两，动支赈济。但前项区处银两，类非现在。往赈官员何所措手。饥困之民，朝不谋夕，若俟文移往来，缓不济事。乞特发太仓银两，星驰往赈，庶几有济。”上曰：“直隶地方，灾伤重大，人民流离困苦，朕心恻然。户部即发太仓库银十五万两，付差去赈济侍郎，都御史等官，分赈应天，淮安等府，务使穷民各沾实惠。”甲午，南京兵部右侍郎席书以南畿地方灾重，乞借淮、徐二仓积贮支运粮米，及南京乌龙等仓续到粮米，急赈救民。得旨：“准拨淮、徐二仓米各五万石，南京户部截留漕粮十万石，命侍郎席书随宜给赈。”乙未，以灾伤免南京锦衣等四十二卫屯粮有差。
二月壬寅，提督漕运、镇守淮安总兵官杨宏以江南北大饥，条上三事：“曰宽商税。言淮、扬榷关米舟出入，宜勿征，以招徕之，曰弛盐禁。言两淮场盐，宜听民肩担背负，出境易米，勿禁；曰抚流移。言民转徙地方者，令所在收恤。”户部复议，从之。庚戌，夜，南京地震。辛亥，苏、常、镇三府地震。甲寅，户部言：“近该南京守备太监秦文、魏国公徐鹏举、侍郎席书、御史朱衣各疏报灾请赈。窃计今天下灾，应天、江北最甚，江南次之。江北人相食，死者遍野。顷又雷电非时，地震千里，昏雾四塞，其气如药，非小变也。文、鹏举请发银置牛具子粒，招集流亡，使就春耕；书请借发淮、徐二仓济急；衣请截留湖广、江西漕粮及革前现贮军器、料银，且军民一体赈济，无非忧世恤民之意。反伏为今日计，在朝廷宜敦节俭，慎爵赏，停织造，止工作，敕勋戚、内外群臣咸务修省，无事侈靡，上下交修，以答天谴。然后申谕赈济大臣，责实行之，以苏民困。”诏如议行。壬戌，南京前光禄寺少卿史后、监生杨谌、杨谦各出粟赈饥，抚臣以闻，上嘉其行义。赐后从四品散官服色，谌、谦视铨次量加一级。总督漕运都御史胡锭以江北赈饥，请鬻运米，以平市价。户部复议。从之，仍听截留正米连耗十四万石，贮各仓备赈，而扣今所发银七万两，抵输太仓。以灾免镇、苏、常、松四府税粮有差。兵部复：“南京守备、魏国公徐鹏举等议言，南京大、小教场及新江口季报官军三万四千二百，今鹏举等疏止称访求将领，挑选五千，其余安在。宜行南京内外守备，督率各属，悉所选军士，严加训练，有警以便宜调发。甲胄出守备府赎锾修之，火器工部铸式遣官造送。”诏如部议。甲子，以南京各府灾，暂免刷卷。
三月戊辰，增应天府廪膳生二十名。从御史陈伯谅请也。壬申，诏发两淮盐引，召商变卖，以助淮、扬赈济。从侍郎席书奏也。癸巳，以灾伤，停征镇江府拖欠粮米。
四月戊戌，崇明沙贼出掠江上，拒杀巡江指挥樊邦勇、千户刘钦。御史王杲以闻。兵部复议。诏：“罪其先逃及后期不援者。邦勇、钦子袭升一级，官军死者，恤其家。仍令操江、巡抚官各督所属克期捕绝，毋贻后患。”丁巳，以应天府灾，停岁造段匹。
五月甲戌，南京内官监太监王堂请拨孝陵等卫军三十名，看守房屋，已得旨许之。兵科都给事中安磐劾堂欺慢，谓：“本朝事例，私役军人过十名者，以法论。宜追寝前命，勒堂闲住，以示薄罚。”疏入，报闻。后，南京御史唐勋等合疏劾堂，乞明正其罪。章下所司。
六月戊戌，升河南道御史唐凤仪为应天府府丞。直隶镇江府生擒海贼董效等一百九十五人，斩馘一十五人。兵部拟上功罪。诏操江都御史伍文定赐敕奖励。己亥，升刑部左侍郎孟凤为南京刑部尚书。辛丑，裁革海州、盐城、宿迁、睢宁、清河、安东等税课局。从巡按御史刘栾奏也。壬寅，升兵部左侍郎李钺为右都御史、总督漕运、兼巡抚凤阳等处。庚戌，户部言：“去岁灾伤，惟庐、凤、淮、扬四府、滁、和、徐三州为甚，而应天、太平、镇江次之，其余府、州、县灾各有差。及席书所报，垂死极贫者四十五万，以疫之死者十之二三，则荒弃田土亦不甚多。恐所司不以国计为重，而藉口于是，征纳失期，使官民俱困。乞谕天下有司，先招来逃亡，给之牛种，令其复业。其绝户荒田，则召人佃种，而宽其徭赋。务在通融，不失原额。至屯田就荒者，亦为并处，军士流亡，不得冒支，积有余米，以补绝户屯粮之数。”上悉从之。戊午，以灾伤免应天府上元等县草场地租有差。辛酉，徐州蝗，令诸司悉计禳治之，仍核灾伤，如例蠲益。
七月丁卯，升南京太常寺少卿黄爌为应天府府尹。壬申，以旱灾免应天、苏州、松江、常州、镇江等府及太仓州夏税有差。
八月，改南京户部尚书杨旦为吏部尚书。
九月乙丑，改南京户部尚书颜颐寿为南京吏部尚书。庚午，升南京右都御史邹文盛为南京户部尚书。癸未，南京总理粮储兼巡抚右都御史吴廷举言：“应天诸府税粮逋负过多，请申明律例，通行遵守。”于是三法司会议，言：“征收税粮限期及罪名，律文皆已明载。至于条议，不过推广律意，因事立法耳。如违限一年，律称迁徒。今以迁徒之法不行，则有比流减半，准徒二年之例。又恐准徒无以惩恶，则有无故不纳秋粮，发附近及边卫充军之例。如官吏受财，律以枉法论，今以枉法满贯，止准徒五年，不足以禁赃污，则有满贯充军之例。律称提调管粮者处绞，今概拟绞则太重，准徒则非制。而掌印即提调，管粮即部粮，故又分职守等第，定为住俸、降级之例。律例轻重，大抵互相发明，盖欲法在必行，刑不轻用。臣等谓诸挟势积习奸弊，应严督追征者，宜悉如廷举议行之。然东南连岁灾伤，民困已极，有司供敛，多于税粮。甚有废革诏书，公自催科，致财尽民穷，良为可悯。宜下令有司，俾遵守律例，及时催征，勿因循误事。临期酷逼，有违法科敛者，罪之如律例。”上然之。命粮税皆时催征，如法稽考，不得因循误事，有滥行科扰者，严加禁革。
十月甲辰，时，新定运军行粮随正交兑之法，官军便之。惟苏、松二府原无额坐，江北行粮，势难加派。于是应天巡抚吴廷举请以各府该运凤、徐二仓粮斛，免民运纳到仓，即于水次兑与江北官军，以抵合用行粮。其淮、扬等府，原坐常盈仓粮，就近改派凤、徐二处，补还江南兑过苏、松等府粮数，庶起存之数，两不失额。户部复议。从之。
十一月壬戌，巡抚风阳都御史胡锭等言：“淮、扬、徐州先旱后水，又河溢漂没田庐人畜，请行蠲恤。”户部复：“以上年赈剩银、粮贮在仓库者，亟发备赈，两淮郡县漕粮十五万，余俱改折，应兑军船量留休息。丰、沛城池堤岸为河水冲溃者，下抚按议浚筑。”上曰：“朕览奏，心甚侧然，一切改折蠲赈，俱如所拟，灾伤分数，亟行查勘以闻。”庚午，命工部右侍郎姚谟兼都察院左佥都御史、总督漕运兼巡抚风阳等处地方。乙亥，以淮、扬等处岁饥，诏蠲免及缓征是年马价有差。
四年正月丁卯，升南京刑部右侍郎高友玑为都察院右都御史、总督漕运，兼巡抚凤阳等处。庚辰，总督漕运兼巡抚都御史胡锭，疏陈五事：“其一言、淮安以北地高，宜谷黍而少塘堰，一遇亢旱，则坐观枯槁。淮扬以东地下，宜籼稻而少堤圩，一遇水涝，则任其淹浸。故江北地利不尽，乞敕徐、颍兵备官督率所属，躬亲相度，随其高下，开浚修筑，使蓄泄得宜，旱涝有备，教民随地播种，一如江南，则无旷土，无惰民，而民食可足；其二言、山阳、宝应、高邮、江都诸州、县，地临白马、甓社、邵伯、黄子诸湖，延亘三四百里，兼以天长西山诸水，时为泛溢，遂至冲决运堤。其间田地多弃而不种，税粮无所从出，运船亦往往摧坏，其中为患甚巨。乞敕治河诸臣，乘时设法，坚筑运堤，量其地势，建立平水石闸，以为疏泄之计；其三言、抚属设立夫厂十有一所，应付往来官船，岁无虚日，法禁虽严，而间有顽悍之徒，取尽锱铢，肆其拷掠，困疲特甚。乞将两淮盐引，各处截角银两，尽行禁止，令于掣验所，每引量征备赈银一分，以济夫厂，少减州县之夫价，以苏疲民；其四言、各卫所官军舍余，占买民田，名曰寄庄。刍粮不输，遗累里甲，甚有田为己业，而粮遗原户，岁久人亡，则产去而粮存者，往往皆是。乞有司亟为清理官军置买民田者，令供赋役如民；其五言、淮安府所属山阳、盐城二县，相去三百余里，中有大湖之险。而支流委曲，尤易藏匿，民多聚而为盗，莫敢谁何。宜择道里之中，增设县治，或照沿海守御所事体筑立墩堡，量拨官军防御。”下户部议可，诏悉允行。
二月壬辰，以旱灾免南京锦衣等四十二卫屯粮一十万六千三百石。丙申，先是，南直隶苏、松、常三府大饥，岁赋诏缓征者计银三十八万两有奇，俟两年之后带征。至是，巡按御史朱实昌言：“凶灾之余，方值一稔，即输办岁赋，犹恐难之，奈何遽责宿逋，重为民困。”事下户部议复：“实昌言是。原定之数宜派为二分，岁征其一，其四年以后，带征钱粮。有可缓者，宜蠲之。”上从其议。命具可蠲者以闻。于是蠲苏州府银三万八千四百两，草一十四万包；松江府米一万九于八百石，常州府米五万五千石，草一千八百包。
三月丙戌，巡抚凤阳右副都御史胡锭奏：“徐、宿流贼李鸾、武惠等已就擒。”得旨，命即会官处决。地方官功足赎罪，姑贳之。
四月庚寅朔，先是，南京工部言：“岁供家庙制帛及内用纸札，以十年计，约费银二万两。今南京天财库告匮，请借扬州钞关课银，支给商人。”户部议复：“钞关船料所以备赏赐买办之需，且无赢羡，不可许。”上是其议。戊申，升工部右侍郎陈雍为南京工部尚书。
六月已丑，守备凤阳太监王德乞更换敕书，兼管凤、庐、淮、扬、徐、滁、和地方事。诏许之。兵部执奏：“祖宗设立凤阳守备，专供事皇陵，兼管皇城及高墙锁钥，督操八卫一所军马，初无管理地方之例。正德以来，始有夤缘兼管，顷已奉诏改正，岂可复许。乞收回成命，戒谕王德安静守法。”得旨：“凤阳守备所管地方依成化、弘治间例行。”辛卯，改右副都御史聂贤于南京都察院，提督操江。壬辰，以水旱灾，免淮安、扬州、徐州等处府、州、县正官朝觐。甲辰，升巡抚应天、都察院右都御史吴廷举为南京工部尚书。癸丑，升南京吏部右侍郎陈凤梧为都察院右都御史，总理粮储，兼巡抚应天等处。
七月壬戌，升礼部左侍郎朱希周为南京吏部尚书。
八月乙未，御史刘隅言：“江北根本重地，今以总督漕运者兼巡抚，权分地远，势固难兼。况今盗贼灾伤，政务尤剧。请如先年臧风提督漕运、丛兰专管巡抚故事，仍增官分管为便。”兵部复议，得旨：“令督运抚臣高友玑会官审议以闻。”乙巳，南京法司奉诏审囚，奏减大辟可矜者共四人。己酉，初，南京各卫军绝者，例许义男赘婿暂役，以待勾补。至是，南京户部以食冗移文查革。兵部又以军少，议量留之。魏国公徐鹏举言：“查革非便。”诏暂复如旧。诘责户、兵二部议查革者。
九月己未，以灾伤免淮安、扬州所属州、县及徐州等卫、所税粮有差。
十月癸卯，户部复：“费宏等议言内府所收江南粮，每石加二倍有余，请敕内官监及供用库，毋得额外多收。”上曰：“朕念岁灾民困，方意抚恤。今后各监、库，务遵前诏，每石第加耗一斗，有多收者，罪之。”己酉，以苏、松、常三府灾，免存留粮如例。仍折征兑军米四十万五千石。极灾县分，尽从折征，暂停征逋。
十一月丁巳，升都察院右都御史张瓒为南京工部尚书。辛酉，总督漕运、右都御史高友玑陈漕运二事：“一、议改兑以便交纳。言先年改兑粮俱民运淮安、徐州、临清、德州水次四仓，听官军支领，俱运通仓交纳。后又议令官军就各州、县水次随正交兑，上纳京、通二仓。但每年量与脚价，牵掣不清，反致挂欠之弊。乞以原拟京仓改兑四分，仍尽上通仓，其通仓原收兑运抵数，仍赴京仓，脚价银两俱照原拟，则京通之原额不失，而各总之查算易明；一、议交兑以复漕规，欲将瓜、淮水次仓兑行修理，行各司、府，州、县，将应该起运粮米，查照旧规，督令民户自备船只，运至瓜、淮水次，听候官军领兑，一则可省民间过江脚米之费，一则可免船户装粮骚扰之苦，一则可革运军虏船索钱之弊。”户部复：“从其改兑一事。其议交兑言，行之已久，官民两便，不必更改。”诏如部议。甲子，以灾伤免苏、松、常三府所属州，县正官朝觐。丙寅，以灾伤免徐州、淮安等府税粮有差。
十二月戊申，夺镇江府知府刘储秀俸二月，通判韩泾阳逮治。以户部员外郎张希尹劾其故违敕旨，不服催征，纵吏卖放粮犯故也。壬子，以灾伤免直隶淮安府、徐州并所属州、县及邳州等卫秋粮有差。
闰十二月己未，初，有旨添设南京守备太监卜春。南京御史王献等以为冗滥，疏请停革。兵部复议：“南京守备已增至三员，若添设愈多，则职掌不一。且南京岁灾民困，一切供用，皆取诸民，乞俯从停革，以重根本。”诏如前旨。
五年正月庚子，以蝗灾诏免镇江府丹徒、丹阳二县原带征嘉靖二年钱粮。金坛县带征已完，特令改折四年充军米，以苏民困。
二月戊午，盗起淮安之洪泽，转掠泗州，境中官军逐捕不获。事闻，兵部复请。得旨：令巡抚高友玑会同镇、巡官严督所司剿捕。庚申，初，御史刘隅请添设巡抚于江北，使专御盗贼，安军民。下漕运都御史等议。至是，以地方宁静议罢。从之。庚申，先是，巡抚应天都御史吴廷举请以南京马快船十分之四，改为操江巡哨船，可省派南直隶数十万。南京兵部尚书李充嗣议，以为南京江淮、济川二卫及锦衣卫，见船不过九百余只，每岁差用常六百余，往来守候，动经时岁，而又有年例钱及赔偿修理之费，每佥船甲，民甚苦之。然必船只有余，乃可稍宽人力，若去十之四，则存留应役之人，何以堪命。且旧制潞河听守船只，无事以通使客，有事以备征进。若减旧额，则停泊难久，失祖宗防微至意，非臣等所敢知也。得旨：“存留马快船及修造操江船如故。”乙丑，给事中管律言：“两淮盐课旧制七十二万引有奇，其常股四分以给工役赈济之需，其存积六分，非国家大事，边镇有警，未尝擅开。粮草皆输本色，未尝滥收银价。是以国不言虚，边不告歉。正德中改存积、常股皆为正课，破例生奸，遂令商人逯俊等自请开中，又皆折收银价，缓急无备。臣请自嘉靖五年始，尽复旧规，则公私两便。”户部复议。从之。
三月戊戌，时江北徐、沛等州、县，河徙不常，岁比告歉，总督漕运都御史高友玑，请浚山东之贾鲁湖，河南之鸳鸯口，令水势分泄，不得偏害一方。”工部复议：“今发卒浚河，未必能分河势，而物力工费，所损已不赀矣。藉令工成河徙，而从山东、河南，则山东、河南之民，又可保其不复为徐、沛乎？万一河流横逆，运道梗阻，则为害愈甚。为今之计，莫如捐治河之费，似恤被水之民，轻徭省赋，而徐、沛安矣，何必以邻省为壑哉？”上从部议。壬子，先是，巡抚应天都御史吴廷举建议：“高淳县原养马二百三十一匹，其后又领蒙城县马三百一十九匹。今宁国府独南陵县养马，宣城等县俱无之。而高淳荡田之利，宣城五县多侵之。宜以高淳县续领马改派宣城等五县，以苏民围。”已奉旨允行。至是，五县豪民何隆等聚众二万余人大噪。知府及宦恐，白巡抚都御史陈凤梧、巡按御史杨鏊，移檄省谕始散。事闻，下抚、按官会议，其改派马匹，仍会南京太仆寺审处，务令便民。于是，议以五县荡田尽还之高淳，高淳马匹亦不得复累五县。其驿传、杂差则令五县朋出，稍分高淳之困。兵部复如其言，因请按隆等劫胁官吏之罪。上是之。
四月癸亥，以南京都察院右都御史聂贤为南京刑部尚书。乙亥，先是，南京有盗，窃天地坛铜盘、漆器百余件。太常寺卿边贡以闻。上曰：“郊坛重器，亡失数多，典守官不得辞责，该署官吏，南京法司逮问。内外守备官严缉前盗，务在必获。”
五月壬寅，改巡抚山东、都察院右佥都御史张九叙为南京都察院右佥都御史，提督操江。
六月壬子，巡按直隶御史刘隅言：“南京沿江洲田，多为豪强占种，概输芦课于南京工部。宜令核实，果新生洲滩，仍输芦课，若地可艺五谷者，户部计亩起科，以广国储。”得旨：“令户、工二部各差官往视，果堪播种，方为起科，毋虚增以病民。”甲子，升南京刑部右侍部李承勋为本部尚书。丁卯，工部管河郎中陈毓贤言：“扬州宝应县范光湖，为粮运必由之路。湖面甚广，水势弥漫，仅以三尺之堤障之。一旦积雨水发，则横奔冲决，不惟阻粮运，而湖堤以东田土，俱成巨浸，此江北第一患也。臣以为障水固所当先，泄水亦不可缓。请于湖堤以东，修筑月河，以分水势。如以工费浩繁，财力有限，则请自淮安而下，自宝应至高邮，建平水闸数处，以泄其流，亦中策也。”得旨：“令治河都御史章拯、总督漕运都御史高友玑会议相度，果开筑月河有益，即定计为之，毋惜小费。”乙亥，应天府尹王爌奏：“本府灾伤，所欠内府及南京各仓税粮俱无征。乞尽赐蠲免。”下户部复议。上曰：“应天根本重地，灾伤重大，内府及各仓粮其尽除之，以示朕悯念小民之意。”戊寅，徐、沛河水溢，坏丰县城。
八月戊午，以水灾免南京应天府夏税有差。
九月戊子，凤阳巡抚都御史高友玑、巡按御史刘隅各奏徐州并丰、沛二县，水患异常。户部复议。诏免征兑军粮米三万石，淮、扬二府半令折银并将嘉靖四年赈剩各项钱粮及明年淮、扬钞关料银，俱准查出存留，以备赈济。上从之。仍令户、工二部议疏浚事宜以闻。乙未，以水灾免徐州丰县马价。己酉，先是，总理粮储、巡抚应天右都御史陈凤梧以苏松诸郡地滨大湖，水利兴废，关系尤重。疏乞仍添设工部官管理。部议谓：“先设郎中专管水利，近以民困停止，工役议罢。已备行浙江管屯佥事兼管，而巡抚总其大纲。宜仍咨都御史陈凤梧，督同佥事蔡乾并通判、判官、主簿、分属管理，庶有专责，官无滥设。”上曰：“佥事专管水利，若果得人，尽心干理，何必添设。巡抚宜督率各官，勤修厥职。蔡乾若才力未能办此，更调别用。”
十月壬子，以旱灾，诏兔征应天、镇江、常州、苏州、松江等府税粮。辛酉，以灾伤，诏免镇江等府丹徒等县带征逋税。甲子，以灾伤，诏免淮、扬二府税粮，停征应解物料，及留淮南盐价四万接济。
十一月戊子，以灾伤免仪真卫及泰州、盐城二所屯粮有差。
十二月丙子，先是，礼部尚书吴一鹏上言：“清河以北，兖州以南，水势瀰茫，田庐淹没。请访求涡河湮塞等处，或浚故道，以通其流，或开支河，以分其势。”巡按御史穆相言：“兖南徐北，去东海不远。于此相逐地势，开一渠河，立以坝闸，设以守官，遇水发，分流以杀其势；水小，锁闸以截其流，庶几水有所归，不为民患。且启闭有时，亦不伤运河也。”时，大学士费宏等亦言：“黄河之为祸久矣，禹治洪水，以河为先。汉宋以来，皆专设行河之使，讲求治河之策。我朝河势南趋，自入河南汴梁以东，分为三支。由亳、颍等州地方涡河等处，或出宿迁小河口，或从怀远县至泗州出淮河。其势既分，故虽有冲决之害，亦不甚大。正德之末，闻涡河等河，日就淤浅。黄河大股南趋之势，既无所杀乃从兰阳、考城、曹、濮地方，奔赴沛县之飞云桥、徐州之溜沟等处，悉入运河，泛滥弥漫，茫无畔岸。自徐州至清河一望皆水，耕种失业，递年租税，无从办纳。官民船只，通无牵挽之路，前数年河溢之患也。近来沙河至沛县，浮沙涌塞，随浚随涌，官民船楫，乃从昭阳湖取道往来。况昭阳湖积水不多，春夏之交，湖面浅涸，则运道必至阻塞。京师岁收四百万之粮，何由可达，官军数百万之众，何所仰给，此则可忧之甚者也。为今之计，必须涡河等河如旧通流，分杀河势，然后运道不至泛溢，徐沛之民，乃得免于漂没。若不速为计划，将来河复北决，意外之虑，又有不可言者。”巡按直隶监察御史戴金亦言：“黄河入淮之道有三：一自中牟至荆山合长淮之水，曰涡河。一自开封府至葛冈小坝、丁家道口、马牧集鸳鸯口至徐州，出小浮桥，曰汴河。一自小坝，经归德城南饮马池，至文家集，经夏邑，至宿迁，曰白河。弘治间黄河变迁，涡河、白河二道，上源年久湮塞，而徐州独受其害。若自小坝至宿迁小河一带，并贾鲁河、鸳鸯口、文家集壅塞之处，逐一挑浚，使之流通，则趋淮之水不止一道，而徐州水患可以少杀矣。”巡按直隶监察御史刘栾言：“曹县梁靖口南岸，原有贾鲁河，南至武家口一十三里，黄沙淤平，必须开浚。武家口下至马牧集鸳鸯口一百一十七里，即小黄河原通徐州故道，水尚不涸，须略疏浚，此系河南归德州地方，俱与徐州相连。乞行议处，兴工挑浚。时，提督漕运总兵官杨宏亦言：徐州上流，若归德州小坝河、丁家道口河、亳州涡河、宿迁小河等处，俱有黄河分流支派故道，宜于此开浚，或有捷路可辟，亦从其便，庶可分杀水势也。漕运都御史高友玑、河道都御史章拯亦屡以为言。俱下工部议复。言：“运河国计所关，开封、大名地方，多有黄河故道，不塞则害运河，此正今日急务。所以黄陵冈、金隆口一带筑浚之工，岁无虚日。所幸地居上流，河向东行，顺河筑堤，堪以保障，是以运道无虞。今徐与丰、沛，正是民患，又居下流，若一例施工，恐穷各郡之力，不能当全河之势。必欲修治，则惟塞支流之口，筑堤障水以护田庐、保城郭，以通漕运牵路。宜行各官勘议被淹之处，有无支流决口，可以筑塞。堪否筑堤障水，俾入正河，免致涝溢，及运船经行河岸，被水淹没，应否增筑高阔，以便牵挽。一一勘议，会奏施行。至于浚贾鲁之故道，开涡河之上源，则工大难成，未可轻举。”又言：“沛县一带，闸河筑浚之工，诚不容缓。宜令各官，逐一相度黄河水势向背，闸河地势高下，讲求疏浚之法。”诏如所议。又以章拯事权未重，命开工部右侍郎兼都察院右佥都御史。令其督同山东、河南、淮、扬抚按官，亲诣地方，逐一相度，将戴金、杨宏所奏事宜，斟酌应筑应浚，选委司府勤能官员，鸠工完事，以济漕运。
六年正月乙未，以灾免南京锦衣卫等四十二卫屯田子粒有差。
三月壬寅，总理河道侍郎章拯言：“西水支流，原自丰县漫溢至沛，横贯运河，冲决堤岸，其势径趋昭阳湖。以此运河南流势缓，停淤沙泥，几与岸平。今故道疏筑已通，面东岸势卑，土疏善崩，秋水泛涨，恐复淤决。乞佥复萧、砀原额浅夫，专令在沛，时常防守。仍令徐州管河通判督同沛县主簿、闸官，往来阅视，随宜疏筑。凡遇秋水时至，徐州管洪主事量调徐、吕二洪夫役，协力修浚。其管河等官，有能平治得宜，三年无患者，超格赏擢。”工部复奏。从之。
四月庚戌，先是，上俞太监梁谏之请，差官往南京织造。工部执奏不可。于是六科都给事中张嵩等、十三道御史程启充等各上言：“陛下初政，节用爱人，一切织造、采运之事，厘革殆尽，天下仰戴。奈何左右近臣，不知将美辅德，而争以生事炫能为功。动称供应不敷，奏蒙俞允，遣官南京织造。即今天象示异，水旱为灾，小民怨恣，江南尤甚。且差去官员，非贿不得计，非贪黩无以偿之，虽欲责令安静，不可得也。伏望皇上俯悯人穷，仍赐停止。”上曰：“言官以言为职。既奏乞停止，自合具实进言。如何始为谀词，终乃规谏，岂言官之体，且不究。”辛亥，命原任提督抚治郧阳、都察院右副都御史方良永总理粮储兼巡抚应天等府。乙卯，升南京吏部右侍郎胡世宁为南京工部尚书。己未，总督漕运都御史高友玑论劾太仓州知州王杨等兑运愆期，请究治。上以地方灾伤，诏夺各掌印官俸二月，管粮官提问如例。壬戌，户部复议：“总督南京粮储右副都御史韩荆言，应天、苏州等处，征解本部定场马草一百三十余万包，每包例折银二分二厘，岁输银辄余六千五百余两，俱系小民多纳之数。近年旱涝相仍，宜严行扣革，以后止征解一分八厘为则。”从之。甲子，升户部右侍郎王承裕为南京户部尚书。乙亥，初，命查各盐运司盐引。至是，钦定价值，两淮每引六钱，两浙四钱。从户部请也。
五月庚子，升浙江按察使陈鼎为应天府府尹。
六月癸亥，诏建河神司于沛县。时，漕河复通，议者以为神助，请复其故宇，春秋致祀。工部复请，从之。
七月丁酉，命南京都察院右副都御史郑毅总督漕运、巡抚凤阳等地方。庚寅，升总督漕运右都御史高友玑为南京工部尚书。
九月丁亥，改礼部尚书吴一鹏为南京吏部尚书。乙丑，以旱灾免淮安府存留夏税有差。
十一月丁亥，升总理粮储兼巡抚应天等府、都察院右都御史方良永为南京刑部尚书。丁酉，升浙江按察使欧阳重为都察院右佥都御史，总理粮储兼巡抚应天等府。
十二月癸丑，吏部尚书桂萼言：“臣闻祖宗漕运之法，必预储百万余米于淮安，乃令督运之官会计江南诸省岁入之数。有灾伤不足者，诸省自为通融补之，又不足，则继以淮安余米，此诚良法也。而今废之久矣。臣请以各关钞钱及南方诸省缺官银两，尽发淮安，乘丰积米，以备灾伤。”上令户部斟酌可否以闻。辛酉，升致仕南京刑部右侍郎周季凤为都察院右都御史，总理粮储、巡抚应天。
七年正月乙酉，总督河道右都御史盛应期言：“沛县迤北河道，地形卑下，泥沙易集，似故累浚累塞。今询之官民，咸称昭阳湖东，自北进汪家口，南出留城口，约长一百四十余里，可改运河。北引运河之水，东引山下之泉，内设蓄水闸，旁设通水门及减水坝，以时节缩，较之挑浚旧河，劳逸远甚，且可为永久之利。计用夫六万五千人，于山东、南、北直隶相近府分征调。仍量行雇募，用银二十万两有奇，取之两淮盐价，而以山东官帑所贮佐之，期六月而毕。”事下廷臣杂议，皆言应期议是。上乃命应期及春和督官兴事，且诫各巡抚等同心协力，共成大功。应期又请令管河郎中柯维熊、员外郎王大化于赵皮寨、孙家渡、南、北溜沟等处，役工挑浚，以杀上流之势。武城迤西，至沛县迤南，修筑长堤，以防北溃之虞。俱从之。甲午，太子太保、南京兵部尚书李充嗣复疏乞休，且荐兵部左侍郎伍文定自代。诏许之。以淮、扬连岁灾伤，诏以兑运米改折四万五千石，石银七钱，徐州改兑米一万八千石，于临清广积仓如数支运，俟丰征补。
二月乙已，修南京太庙前殿。甲寅，升太仆寺卿唐龙为都察院左佥都御史，总督漕运兼巡抚凤阳等处地方。丙辰，改提督三边、太子太保、兵部尚书王宪为南京兵部尚书，参赞机务。
三月壬辰，升户部左侍郎胡瓒为南京工部尚书。
五月辛巳，升尚宝司少卿杨璨为应天府府丞。
六月甲辰，户部复：“廷臣会议，两淮盐额数少，民食不充，灶户煎有余盐，置之无用，是以盐价翔涌。欲令漕运大臣兼理盐政，听将灶户余盐报官中商，量征十之二三，以救贫灶，则盐价可平。仍以征卖价银，分解水次仓场，遇丰年则收籴杂粮。若江南荒歉，则量征折色，而以所贮之粮转输入京，以充运额。仍以折银通解涫运，以为籴本，则轻重相权，远近相济，不三五年，国赋既足，而盐法亦大通矣。请漕运盐法衙门计其利便。”上谓：“户部典司国计，盐课盈缩，利弊兴革，仍其职守。今盐价腾贵，私盐盛行，将来恐酿大患。此议屡经廷臣论奏及巡盐御史建白，必有所见，果窒于行，亦宜明复。奈何数请行勘，以致经年不报，徒事虚文。其即查各官所议，酌量人情国法，当行当止，务求归一以请，但俾国计，毋泥旧文。盐法仍属巡盐御史管理，其征解籴置俟后行。”
七月壬午，是时，总理河道都御史盛应期，疏浚昭阳湖东一带新河，工已及半。会旱灾修省，言者多谓新河之开非计，诏罢其役，并罢诸治河者。应期请俟秋深，果旧河通流则已，如仍有阻碍，须终新河之工为经久利。户部请从之。且言河道总理官不可罢。得旨：“应期回京别用，另选忠诚才望大臣代之。”竟罢新河之役。
八月辛丑，工部右侍郎兼左佥都御史潘希曾疏言：“近年沛漕沙淤，旋挑旋塞。盖由秋水泛涨，黄河奔冲所致。尝考河流故道非一，其大而要者有三：一、孙家渡经长淮卫趋淮入海；一、赵皮寨经符离桥出宿迁小河入梅；一、沛县飞云桥经徐州趋淮入海。孙家渡、赵皮寨乃上流之支河，飞云桥乃下流之支河。弘治以前，三支分流会于淮而入海，故徐、沛亡患，漕渠不淤。今上流二支俱就湮塞，全河东下并归于飞云桥一支。下束徐、吕二洪，上遏闸河，流水溢为游波，茫无畔岸。于是决堤壅沙，大为漕患。今日之计，固当挑浚旧漕，以通粮运，加筑堤岸，以防冲决。然非疏其上流，秋来水发，沙虽挑而复淤，堤虽筑而复决。近因赵皮寨开浚未通，正在疏孙家渡以杀河势。第恐巡抚事繁，副使力寡，请敕都御史潘埙，严督管河副使，调集夫役，选委职官，亟为疏浚，克期成功。功成听臣阅实具奏。”上嘉其议，从之。乙巳，南京工部等官言：“南京神帛堂织造制帛，内官监成造竹器，先年各监朦胧奏添夫匠等三百七十五名户，及甲字等库近来奏添借拨人夫一百二十九名，岁勒上、江二县折银一千五百余两宜如诏裁革。其民匠优免，宜如正德六年例，系近年投充者听贴二丁，毋得影占全户。”下工部复议，报可。己巳，南京织造制帛丝料例坐上元、江宁二县铺户买办。后从应天府尹王爌议，请于南京丙字库所收贮丝内择取应用。至是，守备太监高隆疏言：“本库丝料不堪织造。”上曰：“制帛乃奉享祀至重仪物，宜照祖宗旧例行。”
九月庚午朔，罢总督河道、右都御史盛应期、管河郎中柯惟熊，俱冠带闲住。初，应期议开新河，惟熊赞之甚力。应期督工趋迫，人颇怨。朝议罢役，应期请缓一月，毋停工，保其终事。惟熊复甚言其不便，应期亦上疏自理。部议两罢之。应期果毅任事，既奏新河，因谬议纷起，欲急于成功，以杜众口。遂以言急兴怨，功未及成而罢。然其所开新河，后三十余年，卒循其遗迹疏之，运道至今蒙利云。丙申，工部复：“南京各衙门修省疏，言南京新江口战、巡等船四百只，每船费银二百余两，修理亦不下五十余两。例约五年一修，十年一造。守者漫不加意，易致损坏，徒耗官值，无裨实用。乞如正阳等门军器例，专委主事一人，朔望阅视。但事关兵务，恐非一部属所能独任。宜增差南京兵部主事、南京兵科给事中各一人，每季终会同阅视。有复踵前弊者治以罪。”从之。
十月癸丑，南京礼部等衙门右侍郎顾清等条奏时政：“其一、停差官以杜骚扰。言锦衣卫官职在侍卫祖宗庙，非机密重情不遣。正德间，营差四出，海内骚然，兹陛下所亲见也。近扬州府乡官高瀹，以奏争家财，蒙遣锦衣卫千户叶风仪勘问。窃闻其录记资产，羁囚妇女，惨毒备至。夫事始私家，赃无实迹，而即上烦诏旨，非所以教民睦也。自今现任官以墨败者，自当重惩，如居家触法，宜付所司治之，不必遣官远出，则体统尊而法纪正矣。”章下都察院复议：“清等所奏俱切事实。其差官一事，本以事干豪强，有司不能独制，故特命锦衣卫官会勘，欲得事状速明也。今千户叶凤仪与巡按御史王鼎会问杜氏奏词，延至半年之上，不与竟结，而肆意妄为，平人受害，以致各官会题前来。鼎为风宪之臣，才力巽懦，勘事失职，宜别遣御史一员往代。”得旨：“叶凤仪其令安静行事，依法勘处，作速还京，不许推求过当，敛怨地方。王鼎巡按未久，待差满照例考察。今后锦衣卫官校非十分重事，毋遣。”
闰十月丁酉，总理河道、侍郎潘希曾言：“漕渠庙道口以下忽淤数十里者，由决河西来，横冲庙道口之上，并掣闸河之水，东入于昭阳湖，以致闸水不复南流，而沛县飞云桥之水，时复北漫故也。今宜于济、沛间加筑东堤，以遏入湖之路，更筑西堤，以防黄河之冲，则水不散缓，而庙道口可永无淤塞之虞。仍于黄河上流分浚赵皮寨、孙家渡二处，夫二水兼通则横流以杀，而运道可保无虞矣。”工部复奏。得旨，允行。
十一月癸亥，升兵部左侍郎周伦为南京刑部尚书。
八年二月己丑，时，丰、沛苦河患，而南北往来津挽不绝，民力大困。都御史唐龙建议，清仍设夫厂于鱼台之瀔亭镇，以分布沛县民力。工部复议。从之。
三月甲子，升工部右侍郎章拯为南京工部尚书。乙丑，巡抚应天都御史陈祥等报：“海贼百余人，泊舟常熟，登岸剽掠，敌杀官军，势甚猖獗。时以官盐久滞，私贩者众故也。”上曰：“东南财赋取给苏、常，乃容盗贼肆掠。其先夺巡捕等官俸，行抚、按督属悉计剿捕防守。巡按即核诸臣误事情罪以闻。奏内称盐徒私贩酿成祸本，尤为确论。其令淮、浙巡盐疏通禁治，如致滋蔓，责有所归。”
四月己丑，升广西左布政使王大用为应天府府尹。
五月庚子，先是，户部从御史李佶议，以迩来余盐多于正额两倍，宜添刷引目，令商人在边报中。正盐一千引者许报中余盐二千引，定其价值，赴运司上纳。今既行，两淮盐商告称不便。于是巡盐御史朱廷立言：“近奉钦依，添刷引目，盖欲使市无高价，而民食免无盐之苦，盐皆有引，而商人无夹带之私，法诚善矣。乃商人莫肯应者，盖其故有二焉：商人往时余盐，待其掣过，然后纳价。今新例先纳银而后领引，既输于边，又输运司，必此人皆巨商而后可，非所以责之中商、小商者，其不便一也，旧例商人支盐，除正盐二百八十五斤外，余盐二百六十五斤，淮南纳银一两六分，淮北七钱五分，比时官盐疏通，尚无利息。今添中二引，共与盐七百五十斤，则除正盐外，余盐二引，才四百六十五斤，而淮南纳银一两九钱，淮北一两五钱。比旧之价，淮南增银四分，淮北一钱五厘。夫商人求利者也，有利则趋，无利则止，若使之负资本、涉边圉，而为无益有损之举，孰肯从哉！其不便二也。今宜以添设之引，先行给商，待其掣后纳价，以宽先期征并之急。其添中余盐价银淮南减四分，淮北减一钱五厘，以恤亏折之苦，庶商人无苦，而新法可行。”下户部复议，从之。己酉，升南京光禄寺少卿柴奇为应天府府丞。
六月甲戌，改南京礼部尚书刘龙于南京吏部。起原任巡抚宁夏都御史张睿为南京都察院右都御史，提督操江兼管巡江。丁亥，丰、沛二县河堤成，增设丰县管堤主簿一员。辛卯，升工部左侍郎何韶为南京刑部尚书。
七月壬寅，巡按御史王化言：“江阴盗侯仲金之乱，杀官兵二百余人，支解主簿，杀百户一人，请罪诸失事者，以为旷职之戒。”兵部言：“仲金之乱，守臣无言杀官者。”得旨：“江阴盔情，令直隶巡按御史作速勘报，巡江都御史严督所司，并力缉捕。似前怠慢坐视者，以名闻。”
八月庚午，复差南直隶清军御史。癸酉，升都指挥使崔文署都督佥事，充总兵官，提督上下江防，巡捕盗贼。初，兵科都给事中夏言等言：“镇江等处，盗贼纵横，沿江兵力单弱，全无备御。乞专设镇守江淮总兵官，于濒江要会处所驻扎，付以捕讨之责。”上是之。令推素有才望谋勇者二三人简用。兵部复言：“南京故有武职大臣，专管操江兼理巡捕事权，原重防御江洋，正其职守。止缘敕内开载不专，内有掣肘之嫌，外无节制之权，徒拥虚名，事难责成。今既欲添设总兵官，所理者皆操江、巡江之事，原设操江武职大臣，若复仍存，恐互相牵制，难以行事。宜将现任操江、安远侯柳文专在南京中军都督府佥书管事，别推一员，令其领敕专管操江巡捕。”上曰：“操江武臣仍旧，防御江洋盗贼总兵官，如前旨，会推二三人以闻。”因会推右都督马永、都督佥事杨锐，都指挥使崔文，特用之。丁丑，南京奉诏裁革冗员。丁亥，起致仕兵部尚书胡世宁为南京兵部尚书，参赞机务。
九月庚子，升南京刑部右侍郎边贡为南京户部尚书。甲辰，以淮安、扬州、海州灾伤，诏免存留税粮及折纳起运米有差。乙巳，改刑部尚书周伦于南京刑部。甲寅，以江南诸郡蝗，诏有司设法扑捕，毋令滋蔓，仍量发仓廉赈济。丙辰，以灾伤免应天府上元等县税粮有差。
十月甲子，革应天府及上元等五县管马通判、主簿，并马政于管粮官．革江淮巡检司。庚辰，以灾免应天、常、镇各府、州、县田粮如例，仍听折征兑军改兑南京仓米。
十二月丙子，升福建左布政使查约为应天府府尹。
九年二月壬申，更调总督漕运兼巡抚凤阳等处右副都御史毛思义及总理粮储兼巡抚应天等处右副都御史陈祥。初，祥为巡按直隶御史魏有本所劾。吏部言：“祥素有才望，虽督察似有苛细，而除贪祛弊，有益地方，舍短取长，不宜轻弃，请令祥与思义互调。”故有是命。甲申，吏科都给事中夏言言：“顷者，巡抚应天都御史陈祥劾奏苏州府同知徐州贪饕险坡，具有实迹，吏部已拟罢职。而巡按御史魏有本荐以为贤。及有本劾祥不职，而吏部盛称其才，不当轻弃，遂得调用。夫一徐州而抚、按之臧否悬殊，一陈祥而御史、吏部之毁誉迥别，陛下何所凭以为黜陟哉？臣窃谓州之贤否廉秽，不可不核其实；祥，有本之荐劾公私，不可不求其故，吏部之可否是非，不可不致其确。请下吏部、都察院核实以闻。”于是部、院复言：“祥扬历有声，抚吴有著。有本与之有隙，疏摭参奏，部初拟请改调，盖所以曲全言官之体。至于徐州赃污狼藉，抚臣持疏纠论。苏、歙密迩，岂有本独所未闻，实欲自异于祥，以致是非倒置，激扬之体夫岂宜哉！诚当核治。请解祥、有本任，回籍听抚、按官会勘，具实上奏。并请申饬天下抚、按，自今敢有私任喜怒，弹劾不实者，抵罪不宥；荐举非其人者，有罪必连坐之。”疏入。上以吏部右祥，责其不公。罢祥、有本，俱回籍听勘。丙戌，诏革应天府上元等县羊户。先是，巡抚都御史陈祥言：“南京光禄寺司牲司羊户凡二十六人，皆征银上元等县，不下三百余金。而岁办不过奉先殿荐新羊羔一只、司设监羊毛百斤耳。宜存句容、溧阳羊户各二人应役，余悉罢免。”从之。
三月甲寅，升山西右布政使江晓为应天府尹。
八月庚申，刑部复：“南京刑部主事萧樟所言三事：一、重民命。言凡南京五城兵马及各卫所所逮罪人，惟机密重大，关系地方者，乃关白内外守备，其争讼细故，则听巡城御史付法司案治；一、明律例。言《大明律》奥旨未易窥测，《问刑条例》类皆节去全文，意多未备。当责所司取近时颁布《律条疏议》及《律解附例》诸书，讲求参考，务求归一，然后请自圣裁，著之会典；一、清词讼。言诸曹各有职掌，其所司词讼，有当自理者，有当听法司理者，其事未竟，不当复诉他所，彼此牵制，以致事权不一，适资影射之计。”诏从之。甲子，以水灾，诏减应天府税粮有差。
九月乙未，以旱灾，诏免应天、苏州、松江等府秋粮有差。
十一月丁亥，命广宁伯刘泰提督操江。
十年二月甲戌，以水灾，免直隶淮安、扬州二府所属州、县并留守等卫、所秋粮有差。癸未，巡按直隶御史余勉学条陈江防二事：“一、饬武备以固江防。言留都所重，莫过江防。仪真而下，巡江军缺。卫不满四十人，所不满二十人，加以月粮不给，俯仰为累。乞敕兵部议处，将镇江卫原坐京操军士量留，以备江防，及行沿江卫分，凡巡江军缺，务足百名之上。应得月粮，务以时给，使其平居则常川操练，有警则互相应援；一、设营伍以据要害。言瓜州远在下流，与京口对峙。东控洋海，北接淮扬，甚为要害。虽有仪真守备往来巡历，然周岁不数至，其余奸细，何所踪迹。乞敕兵部议处，量于扬州卫调拨官军筑堡瓜州，常川守备，与仪真等处声势相接，以防不虞。仍行彼处量造衙宇，以便往来防守。”兵部复议：“拨军筑堡，难以轻议，余俱可行。”诏从之。
六月甲寅朔，先是，有旨令天下有司积谷备荒，视所积多寡，以为殿最。至是，巡抚应天都御史毛思义言：“应天府尹江晓等所积米谷，溢于原数；苏、松、常、镇等府知府聂豹等不及限，宜有旌别。”得旨：“晓等体国为民，分别等第旌举。豹等各守侥郡，反不及数，行政守己可知，其参究以闻。仍通行天下抚、按官查考，造册送部，以凭朝觐黜陟，勿事姑息。”丁巳，起户部尚书秦金为南京户部尚书。
闰六月戊申，裁革扬州府通判一员，海、邳、通、泰等州各判官一员，如皋、海门、砀山三县各县丞一员，宿迁、睢宁、安东、沭阳，赣榆、盐城、宝应、江都、兴化、泰兴十县各主簿一员，沭阳、沛县、及吕梁洪各税课局大使一员，高邮州仓、两淮运司马塘、莞渎、临洪三盐课司各副使一员，邳州、江都县各河泊所河泊一员，吕梁洪下闸闸官一员。改淮安府管马通判，山阳县管马主簿各—员为管河。
七月壬子，巡按苏、松等处御史胡体乾上言：“浙西诸郡，苏、松最居下流，即禹贡三江入海故迹。但今娄江、吴淞江已失故道。言者以为欲治水利，宜开二江，二江通则三江入海之故迹可复矣。至若苏州一府，以千里之地，纳诸路之水，东通大海，北通长江，其泄水也，有川。今者，潮汐迅疾，冲荡沙泥，而昔之开者已淤；其容水也，有区。今者，茭芦丛蔚，淤淀灰土，而昔之深者已浅，故水无所潴泄，泛滥为患。今欲疏治之，其策有六：一曰、开泄水之利；二曰、浚容水之湖；三曰、杀上流之势；四曰、决不流之壑；五曰、排潮涨之沙；六曰、立治田之规。其督理之官，又须专设，重其事权，假之岁月，以责其成。如今之右通政何栋，山东按察司副使陈文沛，昔治水吴中，材称干济，宜可擢任。”工部议：“行巡按官会直、浙巡按御史勘议具奏。”诏可。
八月丁酉，南京守备、魏国公徐鹏举、太监晏宏等言：“新江口乃京师咽喉，请以镇江卫原坐京操军士，仍旧存留操备，演习水战，以固江防。”从之。以旱、蝗免扬州、淮安二府各属州县田粮有差。
十二月庚辰，以灾例免直隶应天、苏州、常州、镇江等府粮税。辛卯，户部员外郎范韶、御史闻人铨各言：“宝应县范光湖为岁漕必由之道，而湖阔水汹，患尝不测，请开筑越河一道，使舟行河中，以免倾覆之患。若河堤不坚，决之甚易，宜建减水闸五座、浚赴海渠五条，筑堤节流，以防冲决之虞。”工部言：“韶生长湖滨，诠昔宰兹县，见闻必审，其说当从。”上是之。令总督漕运都御史等官会同勘视，计处至当以闻。
十一年正月戊寅，户部复：“直隶巡按御史钱学孔条奏三事：一，严追并以祛积弊。苏、松等府钱粮，豪猾侵欠者，动以万计。事发追赔，百方诡脱，名为监禁，替代居多，名为变产，占吝如故。及当比较，则又骗诈平民，为害滋甚。宜敕抚按官，严行所属，查有侵欺等弊，除年远产尽者，勘实除豁。其余务拘正身，立限追并，不许隐匿产业，攀累无辜。每季终，取其州、县追完钱粮数目，量其多寡，以示惩劝；一、时征解以杜侵欺。钱粮侵欠，多由奸徒包揽，或贿结官吏，凭藉势要，不即勘解，延至日久，官吏迁代，辄图埋没。宜行府、县，禁革包揽。凡粮长库役，每岁一更，钱粮既完，务严限起解。岁终以完解数目，籍报抚按；一、革赔补以便征纳。包赔粮石，经年累岁，虚数徒悬，宜革除旧额。惟清踏田粮，俾赋因田定，役与粮均。他如苏、常余米之征，池，太芦洲之课，或利归势豪，或地多坍塌，并行抚按，勘实蠲除，以苏民困。”诏如议。
二月丙申，升山东右布政使边宪为南京应天府府尹。
三月丙辰，革南京后军都督府署都督佥事陈璠提督操江。
四月癸卯，总督渭运都御史刘节奏：“黄河旧通淮河口，流沙淤塞，挑浚方完，粮运幸通。不意黄、淮二河伏水涨发，泥沙漫入河口，直抵淮安府城西浮桥一带，俱被沙淤，已兴工挑浚，以拯目前之患。更乞会议长久之策，或改河口，以避奔流，或筑长堤，以障巨浸。”疏入，工部议复：“令行节等以改河、筑堤二议，虚心访究，何者可以永保漕渠，杜绝后患。计定，即兴工挑浚，毋得后时。”得旨：“运河壅塞，堤岸坍塌，皆因近年管河官员不行疏导修筑所致。兹所议，俱依拟。通行各该管官员，用心修治。如仍前怠惰，御史参奏以闻。”
七月己未，户部复：“南京刑部奏，南京两法司入谷赎罪，今马豆不给，请令以豆易粟，每石二斗，当粟一石。俟有三年之储，仍复故便。”从之。南京都御史万镗奏：“南京各卫屯田，因无专官巡按，政多废弛。乞如在京巡屯御史例，无论在京在外各卫，俱隶南京巡屯御史管理。”户部复奏，从之。戊辰，以旱灾蠲免应天等府夏税有差。
十一月辛未，升吏部右侍郎许诰为南京户部尚书。
十二年三月丙午，升南京光禄寺卿张衍庆为南京都察院右副都御史，提督操江。
四月癸酉，命给事中王督催浙江及苏、松、常、镇四府积负织造缎匹。
五月已未，刑部左侍郎闻渊九年考满，升南京刑部尚书；改南京吏部尚书刘龙为南京兵部尚书，参赞机务。庚午，升应天府府丞柴奇为本府府尹。
六月乙卯，升南京光禄寺卿侯位为都察院右副都御史、总理粮储兼巡抚应天等府地方；改提督操江、南京都察院右副都御史张衍庆总督南京粮储。
七月丙午，升礼部左侍郎湛若水为南京礼部尚书。改巡抚辽东右副都御史周叙于南京都察院，提督操江。己未，以灾伤免淮、扬二府及徐州所属夏税及折征屯粮有差。
九月丁卯，初，广东巡检何儒常招降佛郎机国番人，因得其蜈蚣船铳等法，以功升应天府上元县主簿，令于操江衙门监造，以备江防。至是，三年秩满，吏部并录其前功，诏升顺天府宛平县县丞。中国之有佛郎机诸火器，盖自儒始也。
十月癸酉，以淮安等府灾伤，诏折征兑运米八万石，支运改兑米七万石，仍蠲免存留钱粮及折征各卫、所屯粮有差。
十三年闰二月乙卯，兵部复：“南京兵部尚书刘龙所陈江防事宜：一、操江官军，逃亡浙多，请令南京法司、甫直隶等处，凡谪戍不系极边者，俱发水军卫分，以补江操，三年而止；一、沿江兵卒，不习水战，无以防捕。宜令仪真，镇江、太仓、松江等选习水官军，为造轻船，备器械，使习水战，以备不虞；一、长江上下，舟舰通行，盐徒贼盗，混同出入，漫无稽察。宜行龙江等钞关抽分部官、仪真守备等官及所在通江有司，严为稽察，验引放行；一、沿江巡检司额设弓兵，不宜裁革。宜令所司，如旧佥补，及巡哨船只，有损坏者，宜即修造，以便追捕。”兵部议复，从之。
五月己丑，改巡抚陕西、都察院右副都御史王尧封于南京都察院，提督操江。甲午，诏除免直隶扬州卫泰州、通州二守御千户所新增无田子粒，从直隶巡按御史须澜奏也。
十一月甲申，户部复：“两淮巡盐御史陈缟所陈盐法事宜：一，招流移。淮，扬人户，多弃业逃徙，以兴贩为生。宜责成州、县招徕安集，或假与牛种，或免其逋负，岁终籍所招复之数，以凭黜陟；一、防漏灶。比来灶户，贫者流亡，而富者又复买脱，大非原额。宜以版籍为定，但有灶求归民者，按籍详核，毋得辄与改易；一、厚优恤。灶户各有盐课，而有司概以徭役苦之。宜照先年事例，灶田不许编派差徭。间有置买民田者，听其自输正赋。其有奸灶飞射、诡寄等弊，有司一体查究；一、免荡税。荡地原无赋入，且淹没不常，非岁稔之区。其已入赋额者勿论，余悉任其开耕，俟三年后，耕获有常，始开报起科；一、严引期。各边报中之商，但有违限者，核其年月久近，罪坐如例，毋得概罪；一、复食盐。淮扬所获私盐，许令各于本处鬻卖。如私盐之外，额引不及，照旧设立折盐铺户，于两批验所领买官盐，散各州、县，以资日食。”从之。
十四年二月丙辰，巡抚应天都御史侯位奏上应议事宜：“一、议盐法。苏、松沿海居民，兴贩私盐，聚党行劫，盖由官盐不通及余盐严禁之故。请以浙江运使官一员移驻松江府，将松江六场额盐，听商人收买。各灶纳课如期，课银既完，各灶得以余盐自卖，分司仍给照票，但不许私载出疆，则余盐既许通行，必无违法聚众兴贩者矣；一、处坍粮。查得直隶苏州府原额官民田地、山池、沟荡共八万六千三百九十七顷，正额秋粮米二百三万八千三百二十三石，课额视天下已为偏重。内有原勘坍荒田地七千四百九十一顷，该正米九万六千四百三十九石，递年皆里甲包赔。乞将坍湖、坍海田地额粮减豁除之；一、专责成。簿查苏、松二府，侵欠京库折银及布米之类，各以百万计，其余府、县，率皆有之。自今宜责成有司，凡掌印管粮官，三年、六年考满，必任内钱粮完足，方许给由到部，查明无碍，方准收考。仍申明秋粮违限事例，必行降黜。”章下部议谓：“盐法宜行浙江巡盐御史查议。坍粮系额征之数，俟勘明备造文册，奏请处分。其议专责有司，深切时弊。如拟施行。”报可。
八月癸卯，复设太仓州兵备副使一员。初，兵科给事中朱隆禧言，州地滨海，祖宗时额建太仓、镇海二卫，设兵备官一员以控制之。弘治间，巡抚朱瑄疏建州治而革兵备，事体不便。臣请复设兵备而裁革州治如故。”兵部复议：“兵备宜复设。州治沿革，应檄抚、按官详议以闻。”上乃命设兵备，州治不必革。
十一月癸未，旧以浙江佥事兼管苏、松等四府水利。至是，太仓添设兵备，巡抚侯位等言：“不但水利宜属兵备，及四府钱粮俱宜令其管理，庶事体归一。”部复。从之。
十五年六月丙戌，改南京礼部尚书湛若水为南京吏部尚书。壬子，升吏部左侍郎霍韬为南京礼部尚书。
十月乙酉，户部以淮、扬等府灾伤，议免是年田租如例。
十一月癸亥，命诚意伯刘瑜提督操江。甲子，升提督两广军务、兵部左侍郎钱如京为南京户部尚书。丙寅，命提督操江、南京都察院右副都御史欧阳铎，以原职总理粮储兼巡抚应天地方。壬申，升河南巡抚、右佥都御史简霄为南京都察院右副都御史、提督操江，兼管巡江。
闰十二月壬子，总督漕运右都御史周金言：“淮安清河口抵瓜、仪四百余里，乃运道咽喉，其闸座止藉白马、范光、高邮、邵伯诸湖津派，皆无源之水。以往黄河北徙，或由沛县飞云桥，或由谷亭镇流入漕渠，是以沽头诸闸，颇得其济。自嘉靖六年以后，河流益南，一支流入涡河，直下长淮；一支仍由梁靖口出徐州小浮桥，一支由赵皮寨出宿迁小河口，各入清河而汇，由新庄闸灌入里河，水退沙存，日就淤塞。访诸故老，皆言河自汴来本浑，而涡、淮、泗清，新庄闸正当二水之口，河、淮既合，昔之为沛县患者，今移淮安矣！兴工挑浚，公私劳费，动以万计，臣甚虑之。窃计新庄口南诸闸，一遇水发，必须筑坝，及贡使与试官经过，旋复掘放，恐非长计。请于新庄闸更置一渠，约长五丈，立闸三层，重加防护，水发即三板齐下，贴席封固，虽有渗漏，势亦微细，而挑浚不难。仍戒管河属官，毋得营求别差，擅离职业。”下工部议可，从之。
十六年七月壬午，升南京通政使司右参议杨麒为应天府丞。
九月戊戌，礼部尚书顾鼎臣言：“苏、松、常、镇等府，财赋甲天下。而里胥豪强欺隐洒派之弊，在今日为尤多，以致小民税存而产去，大户有田而无粮，害及生民，大亏国计。臣于往年两次具奏，经今十余年，未闻一人遵奉敕旨能清查者。”得旨：“行抚、按官各委知府，亲诣所属州、县，悉心清查，其虚应故事及延推迟玩者，劾奏之。”
十月丙寅，南京户科给事中曹迈等奏：“后湖收贮天下黄册。每一大造，则必添造库房三十间，添设库夫十名。计今库夫，遍之上元，江宁二县者四十五名，溧水、高淳等县者五十三名，每名岁费工食八两五钱，民苦之，乞尽停止。惟令上元、江宁二县招审京城居民充之。即以本湖驳问官吏锾金解赴应天府，贮库者每月给工银六钱，以后添编，永为定例。”户部如所请，从之。己巳，以灾免直隶苏，松、常、镇四府属州，县民屯粮有差。
十七年五月己亥，升陕西布政使袁槟为应天府府尹。
九月丁亥，升南京都察院掌院事、右都御史周用为南京工部尚书。
十八年六月辛亥，升浙江左布政使文明为应天府府尹。己未，大学士顾鼎臣，先为渝德时陈言：“苏、松、常、镇等府，供输甲于天下，而里胥豪强，蠹弊特甚。宜将欺隐、坍荒田土，一切检核，间为开垦，改正除豁。疏再上已十余年，不报。至是，巡抚欧阳铎、巡按陈惠籍上其所检核之数，计诸州、县坍荒共占田地四千四百二十余顷五十余亩，正米十一万五千七百五十三石有奇，请即以今所清出隐蔽田粮六万一千五百余石补之。其余无征者，乞于南京夏税、马草、盐钞诸色银内除豁。事下户部。部复言：“诸州、县坍荒地粮，不知从前以何抵补。今既欲抵以清出隐蔽之粮，复欲除豁南京夏税等银，宜更下彼处抚、按官熟议而后行之。”报可。
七月乙亥，命伏羌伯毛汉掌南京前军都督府印，兼提督操江。
闰七月癸卯，改南京刑部尚书闻渊于南京吏部。戊午，改南京工部尚书周用于南京刑部。庚申，升应天府尹文明为右副都御史、总督南京粮储，江西左布政使夏邦谟为右副都御史、总督粮储兼巡抚应天等处。
八月庚辰，裁革南京新设巡捕指挥一十八员，从御史利宾议也。
九月丁未，以水灾免直隶太仓、崇明、嘉定、上海、华亭、盐城、海门、通州，泰州、兴化、如皋及诸卫所盐场沿海一带税粮如例，仍议赈贷之。己酉，改原任提督抚治郧阳、右副都御史王学夔于南京操江兼管巡江。甲寅，以南京户部所贮各关余课银五千两，给南京工部铸造嘉靖通宝。丁巳，以水灾免直隶应天、苏州、松江田粮如例。
十月乙亥，以水灾，出两淮运司余盐银五万两，赈恤通、泰、淮诸灶丁及修理灶舍盐具。庚辰，修南京奉先殿。己丑，裁革两淮庙湾、白驹、石港、余中四盐场副使各一员，攒典各一名。补铸嘉靖制钱，命南京工部监造。初，南京吏部司务朱希皋奏言：“纳例开矿以济用，不若仿古采铜充赋，设官铸钱，严禁其伪，以行其真。新钱既成，贸易转输，赐予俸给皆于此，取之甚便。”章下户、工二部，复言：“今天下州县则壤成赋，为籍已定，若复采铜充赋，未免纷更。且两京俱有宝源局开铸，法未尝废，可特令补铸制钱之数，仍申严盗铸、阻坏之禁。”诏如议行。于是申令行钱地方，无论制钱及历代旧钱兼用，每好钱七十文，准银一钱，低者以二折一。有藏蓄私铸铅、锡小钱者，许自首免罪，仍依时估给与铅、锡之值。不首者，捕治如律。
十九年六月庚午，添设镇守江淮总兵官。初，嘉靖八年间，江洋大盗发，大学士夏言时为兵科都给事中，奏请专设镇守江淮总兵官，督兵剿捕。未几，贼平。兵部奏请以其责任仍归操江武臣如故。凡浙江粮运，自苏、常里河取道者，从来由镇江京口闸抵仪真，其闸河土疏易淤。府、县必岁时浚治，然后粮运无阻。是年，京口闸淤阻，漕粮咸拨民船出孟渎河，多为海寇所掠，甚至执戮官吏。南京兵科给事中杨雷以其事闻，请治镇江知府张珤、丹阳知县周宁失时不浚河道之罪。诏下其疏都察院，令并参守土巡江诸臣。于是院参珤、宁及守备仪真都指挥解明道、总督金山备倭指挥童扬、苏、松兵备副使王仪，及水利巡司等官，宜行巡按御史提究，操江都御史王学夔、巡江御史胡宾宜罚治。得旨：“珤、明道等俱如拟提问。夺宾俸二月，学夔一月。并诘兵部以先年所设江淮总兵官，何因革罢？”于是，兵部具以兴革本未查复。因言：“今江洋群盗，连艘比舰，横行镇江、崇明诸域。盛陈兵甲，凶焰甚炽，不异嘉靖八年时。宜设总兵官，给以旗牌敕符，俾驻扎镇江，提督沿江上下兵防，西自九江、安庆，东及淮、扬、苏、常诸郡，凡备倭守备卫所及有司巡捕官，悉节制之。”报可。遂以原任分守柳庆参将、署都指挥佥事汤庆，升左军都督府都督佥事充总兵官，提督江淮等处巡捕。已而兵科都给事中冯亮等复请重金山指挥、仪真守备官事权，各加以将领之号，分任江南、江北地方，凡卫所掌印、巡捕诸官，悉令服属。庶声势隆重，可以为总兵官裨辅。且参海盗充斥，而巡抚都御史夏邦谟不以上闻，玩寇废职，不宜置之不问。部复，得旨：“悉如拟，责邦谟，令捕灭江盗，不许坐视误事。’于是升大兴左卫署都指挥佥事李浚为浙江都司都指挥佥事，总督扬州地方备倭；南京府军右卫指挥使路正为浙江都司署都指挥佥事，守备仪真地方。乙亥，改南京礼部尚书熊浃为南京兵部尚书，参赞机务。己卯，以灾伤改淮、扬、徐等处本年马为折色。丙戌，升礼部左侍郎、翰林院学士张璧为南京礼部尚书；刑部左侍郎宋景为南京工部尚书。
八月甲子，命南京工部铸造嘉靖通宝钱。先是，户部议将未铸制钱，分派南、北工部监造，送太仓支用。至是工部复议：“铜、锡等料，俱出南京，且工巧而物贱，宜俱令南京铸造。”上从之。
九月壬寅，运粮千户李显条陈修筑运河三事：“其一谓，扬州南自瓜、仪，北抵淮安，俱藉宝应、范光湖诸水接济。乃湖南北相去三百里，广百二十余里，卒有暴风，漂荡不测。议于范光湖堤迤东开筑月河，以免水患，其一谓，北自淮安，南至瓜、仪，水势上下相去丈许，惟赖瓜、仪二坝关防。先年坝决水冲，河道淤浅，宜令瓜州陈家湾、仪真新城地方，并扬子桥及扬州东关各增一闸，若瓜州坝冲决，则下陈家湾闸。仪真坝冲决，则下新城闸。如二闸闭水不及，则下扬子桥闸，再不及，则下东水关闸，以留水利；其一谓，仪真下接扬子大江，商舶辐辏，河道壅塞，粮运阻误。成化年间，尝令将新城通江旧河疏浚宽广，亦置一坝，河道疏通，官民称便，后废不修。今宜仍前修浚，以裨漕政。”上命工都议行。丙午，以灾伤，诏免苏、松、常、镇四府正官入觐。
十一月戊戌，升总督陕西、兵部尚书刘天和为南京户部尚书。丙辰，先是，祟明盗秦璠、黄艮等出没海沙，劫掠为害。副使王仪大举舟师与战，败绩。副都御史王学夔遂称疾还南京。盗夜榜文于南京城中，自称靖江王，语多不逊。南京科道官连章劾仪等。上曰：“海寇历年称乱，官军不能擒，辄行招抚，以滋其祸。王仪轻率寡谋，自取败侮。夏邦谟、王学夔、周伦皆巡抚重臣，玩寇殃民。仪、学夔皆住俸，与邦谟俱戴罪会同总兵官汤庆，协心调度，刻期剿平。失事官俱令归锦衣卫逮系付狱。逆言无忌，揭播都门，留守不闻驰奏，守备太监潘真、萧通、魏国公徐鹏举、永康侯徐源、兵部尚书熊浃，责令对状。”既而，巡按御史赵继本又劾备倭署都指挥佥事童扬。诏罢扬，永不叙用。于是，江淮总兵汤庆条陈防剿事宜六事：“一、募精兵。谓官军怯战，难以应敌。今徐、邳之间，久罹早荒，相结为盗，募以为兵，诚一举两得也；一、截海路。谓贼据崇明南沙，若捣其巢穴，势必奔海。宜敕浙江海道，首尾相援；一、重将权。谓有司轻视武臣，兵粮不继，许容参治，庶馈运以时也；一、专责任。谓有司巡捕，多以首领委用，而铨注佐贰，乃畏劳巧避，请行禁饬；一、选民兵。谓民壮之设，专为防守，而近多役占，请得调集，以资截杀；一、设守御。谓瓜州滨江，请调扬州卫一千户所，永屯其地，以便防缉。”上皆从之，逾月，庆因督率官军出海口与贼战，贼拥二十八艘来迎敌，辄败去，追斩蹯等二百余人，夺获二十艘，余党远遁。上嘉之。
十二月癸未，守备凤阳太监张信奏：“淮安、扬州、徐州，皆风阳股肱之地，乞令统摄如前任太监黄准例。”兵科奏：“凤阳守备，责在奉侍皇陵兼管皇城锁钥、巡禁山场而已。军机重务，赈恤饥荒，自有职守者，不当令其兼管。”兵部亦言：“弘治以前，旧无此例。自正德间黄准始，则逆瑾纳贿纷更之罪也。陛下登极，已悉厘正，不宜复踵其弊。”上曰：“皇陵，祖宗根本重地，既设守备，宜有统摄，其如黄准例行，但不许干预民事。”
二十年正月壬寅，以灾伤免直隶淮、扬二府属州、县及徐州各卫、所税粮有差。乙巳，以灾伤免苏州、松江府属各州、县秋粮有差。仍准苏州兑军攒运米一十三万一千石，改兑米八千四百石；松江兑军攒运米四万六百石，改兑米五千九百九十石，俱折色。丁未，诏发两淮运司余盐银一万五千两，赈济本处被灾灶丁。
三月戊戌，以灾伤，诏扬州府所属州、县备用马匹改征折银。淮安府所属州、县灾伤尤甚，尽改折色二年。
四月乙亥，总督漕运左都御史周金奏：“黄河支流淤塞，徐、吕二洪水浅，并镇江等处河道阻滞，请及时挑浚，以济粮运。”总理河道右副都御史郭持平，巡抚河南、右佥都御史魏有本各奏：“黄河迁徙，大势自睢州野鸡冈至亳州入淮。其由孙继口并考城县至丁家道口、虞城入徐、吕二洪者，十分之二，此运道所关，非特河南一省之责。即今沙淤四十余里，疏浚之费，动计巨万。乞山东、南、北直隶桩草夫役银两数万于睢州贮库协济。”工部议复。从之。
六月癸亥，升贵州左布政使洪珠为应天府府尹。庚午，复设扬州府管马通判一员。
九月丙戌，升四川左布政使司柴经为都察院右副都御史，提督操江。
二十一年二月乙亥，升巡抚应天、右副都御史夏邦谟为南京户部右侍郎。丁丑，改南京刑部尚书周金于南京户部。
三月丙申，改工部尚书顾璘为南京刑部尚书；郧阳都御史喻茂坚总理粮储兼巡抚应天等处地方。
四月辛酉，诏增设松江府青浦县。从巡抚都御史夏邦谟、巡按御史舒汀奏也。
闰五月己卯，巡按直隶御史焦琏以两淮驿传罢敝，奏乞清理。下巡抚都御史王呆及巡按、巡盐御史高懋、胡植会议，将扬州府、徐州愿官当者，仍旧征银；淮安府愿民当者，亦听其便。仍宜查验关文，以禁冒滥。申明旧例，以禁横索。严征钱粮，以济支用。清理夫船，以便递送。兵部复奏。诏悉从之。
九月庚午，督理河道都御史王以旂条陈四事：“漕河仰给山东诸泉水，贵以时疏浚。近已会同各官清查旧泉一百七十八处，复开新泉三十一处，俱入河济运。但恐一失浚浚，寻以湮塞。主事一员，势难遍历，乞分隶各地方守、巡、兵备等官，兼理其事；一、徐、吕二洪为运道咽喉，山石险峻，非水深数尺，莫能行舟。闻旧曾置闸束水。乞于境山镇二洪下，各建石闸，旁留月河，以泄瀑水。沙坊等浅，由河广漫流，更宜筑四坝。武家沟、小河口、石城、匙头湾诸浅，预置方船，以防捞浚；一、漕河两岸，原有南旺、安山、马肠、昭阳四湖，名为水柜，所以汇诸泉济漕河也，被豪强占种，蓄水不多。而昭阳一湖，淤成高地，大非国初设湖初意。乞委官清查，添置闸坝斗门，培筑堤岸，多开沟渠，浚深河底，以复四柜；一、黄河南徙，旧决口俱塞，惟孙继口独存导河，出徐州小浮桥，下徐、吕二洪，此济运道之大者。近巳兴工挑浚。但黄河变迁无常，难保不复淤塞。乞于本口多开一沟，及时疏浚，庶上流有所受，下流有所泄，而二洪常得接济矣。”工部复议：“当从，但以管泉责之有司，事体不一，仍令各部官司之。惟于总理河道官加工部侍郎衔，以便督责。”诏悉如拟。
十月甲申，升张景华为左副都御史，总督漕运兼巡抚凤阳。戊于，操江都御史柴经奏：“南京新江口营，旧以镇江卫官军七百人轮班戍守，今奉旨掣回。请于南京留守及安庆、宣、庐、滁州等卫选舍余补之。其扬州、淮安、九江、安庆等卫、所官军赴镇江操备者，原额二千人，宜仿新江口之例，分春、秋二班，以休其力。”兵部议复。报可。
十二月丁酉，起原任户部尚书王尧封为南京兵部尚书，参赞机务。癸卯，扬州府泰州均摊田地共增粮五千五百六十余石。抚臣上其事，言宜置籍，以示久远。从之。
二十二年八月戊戌，故事，南北直隶决囚，原系刑部编定外号为一籍，用印给各府分贮。每遇秋后，则刑部先期奏请，遣官赴内府领精微批文，以批号比内号底簿。号同，赍诣各地方会同巡按御史审决。二十一年，刑部题遣主事戴楩往北直隶，吴元璧往南直隶江南，吕颙往南直隶江北，楩等各请批文辄行，而失与内号相验。于是，元壁至镇江府，与原给外号验不合，不可以行事。而楩亦称批号与籍号不同，各为巡按御史参劾。刑部复闻，得旨：“精微批号，乃朝廷用防奸伪，关系匪轻。该部关领不审，以致所遣官员不能举正更易，致误决囚大事。所奏，都察院按治以闻。”都察院复：“元璧等宜纳赎还职。”上以元壁等所领舛错，不行奏请举正，而隐蔽如此，令都察院查原差各官，俱调外任。遂调楩顺德府、元壁扬州府、颙河南府，俱通判。
九月戊午，以水灾免应天等府税粮有差。
十月辛巳，诏以直隶扬州府通州原额种马八百五十匹，免其牧养。每匹征银二十两，贮太仆寺市马。
十二月乙酉，以水灾免苏、松、常、镇四府州、县税粮有差。
二十三年三月己亥，户部议：“应天江浦县坍江田地五百余顷，照海门县改折轻则事例征纳，以苏民困。”诏可。
四月丙申，诏南京文武官俸粮，四月折绢，八月折布。
五月壬寅，命南京提督操江、伏羌伯毛汉挂印充总兵官，提督漕运，镇守淮安地方。刑都、都察院复：“刑科给事中罗崇奎奏，每岁五六月间，笞罪应释放，徒杖应减等发落者，宜加钦恤；枷号例亦暂蠲免，至六月终止。南京法司并如之。”报可。
七月丙午，周用兼右都御史，总督漕运，兼巡抚凤阳。
八月癸未，诏起原任刑部尚书唐龙为南京刑部尚书。戊子，升南京右通政欧阳塾为南京应天府府尹。己丑，户部言：“江南灾甚，请以南京应天十一府、州今年兑米百四十七万石内，除三分征银解纳，其余米一百零三万二千有奇，于内量准十五万石临、德二仓支运，每石折贴脚价银一钱五分。余八十八万二千余石，照旧征运本色。其南京长安等四门并各卫仓粮，无论本折，俱每石征银五钱。再将前项各衙门派剩米折银六万七百余两，并前京库米折银内，量除十万两，俱免派征，而以运司盐课银补足原额之数，俱不为例。其余南京并各衙门及扬州仓粮米，仍征解以备官军月粮之需。其各项现在并续收事例银两，与本处赃罚解边余银，具听籴谷备赈。”议入，从之。庚寅，命南京都察院逮问提督江淮总兵官汤庆。以私役军船，迎送过客，因溺死巡军故也。
九月丙午，以灾伤免南京锦衣等四十二卫、所屯粮有差。壬子，以淮安、扬州、徐州灾伤重大，命正兑米俱准折色。户部言：“南京各卫武职官八月俸粮，例当折布，今米价贵甚，乞许暂支本色，俟丰年仍添折一月，以补前数。”报可。丁巳，南京兵科给事中万虞恺疏陈江防事宜：“一、正体统。提督操江侯、伯、都御史，俱系大臣，领敕专任。提督正与京营提督大臣事体相当，在京坐营乃提督属官耳。南京守备、操江，均之为提督。况南京守备职司机务，其于操江，不过临时阅视，虽系提督，尤非专职，今乃以提督操江大臣比之坐营等官，遂致近来每遇阅操，都御史则先期出巡回避，其守备、参赞，操江武臣，勉强了事。序坐行事，具有成规，宜查复旧例；一、兼节制。谓南京京卫俱属南京兵部，而沿江一带军卫，则属操江，所以专统属，重江防也。今新江口近在城外，属操江，而浦子口远在江北，反属兵部。操江节制但行于新江营，而不行于浦子口营，形势相依，事权不属。宜令浦子口亦属操江，庶臂指相依，缓急有济；一、专汛地。江防相沿数千里，其形势上则安庆，下则镇江，尤为要害。镇江以下，即为海洋盐徒窃发。近总兵汤庆奉旨革任，宜令操江都御史当于镇江久驻，安庆次之；一、谨墩台。江洋上下，九江至苏州，盗贼出没无常。故十里设一烟墩，每墩设军快数人。近以无事废弛，宜修复以便传报。”兵部议谓：“正体统，兼节制二事，宜行南京多官会议，庶经久可行。其镇江厄塞要区，仍应推用总兵。至于修复烟墩，拨军守望，诚为要务。”得报如议。
十月甲戌，升户部左侍郎王为都察院右都御史，总督漕运，兼巡抚凤阳。辛巳，提督操江都御史杨行中奏：“请令沿江府、州、县佐贰巡捕官，悉听操江衙门委督，不许别差，误江防重事。”部复，从之。壬辰，总理粮储、巡抚应天都御史丁汝夔等奏赈荒事宜：“一、应天诸府灾甚民饥，请令有司委官于邻省平籴，所过勿得阻遏，钞关免纳钞。及南京三十六仓现贮廒米粮，量籴五万石以济灾民，且免耗浥，米价仍照前例买补；一、被灾州县境内富民，愿出谷百石备赈者，请给与义官冠服；百五十石者，阴阳、医官；二百石者正九品；三百石者正八品；四百石者正七品；俱散官，免本身杂差。出谷千五百石，银五百两以上者，除给官服，仍竖坊以表其门；一、各府、州、县起运先年南京户部未完钱粮，许折银征解。每米一石，除折银五钱外，其多余之银，类发籴谷赈贷及量补灾免粮石。”部复议，报可。
十二月己巳，升大理寺左少卿侍炯为南京右佥都御史，提督操江，兼管巡江。壬辰，改南京刑部尚书唐龙为南京吏部尚书。
二十四年正月戊午，升刑部右侍郎屠侨为南京刑部尚书。
闰正月壬申，巡按直隶御史吕光询条陈水利五事：“一、广疏浚以备潴泄。三吴之地，古称泽国。西南翕受太湖诸水，形势卑下，东北际海，冈陇之地，形势甚高。高田苦旱，卑者苦涝。昔人治水，于下流之地，疏为塘浦，导诸湖之水，由北入于江，东入于海。又畎引江潮，流行于冈陇外，故潴泄有法，水旱不为患。近来纵浦横塘堙塞，惟黄浦、刘家河存，故旱涝为灾，高下俱病。今宜治淀山引太湖之水，散入阳城、昆承、三泖等湖；开吴淞江、大石、赵屯等浦，泄淀山水以达于海；浚白茆港、鲇鱼口，泄昆承之水，开七浦、盐铁等塘，泄阳城之水，以达于江；又导田间水入小浦，小浦入大浦，流者有归，潴者有泄，下流治而涝无可忧矣。于是浚臧村等港，以溉金坛；澡港等河，以溉武进；艾祁通波，以溉膏浦；顾浦、吴塘，以溉嘉定；大瓦等浦，以溉昆山；许浦等塘，以溉常熟。冈陇支河，浚之深广，则上流治而早无可忧矣；一、修圩岸以固横流。苏、松、常、镇居东南下流，而苏、松又居常、镇下流，其水易潴难泄。虽导河浚浦，注之江海，每遇秋霖泛涨，风涛相薄，河浦逆行，田间冲啮为患。乞于每岁农隙，各出力以修圩岸，虽有霖涝，不能为害。而且足以制诸湖之水，不漫行矣；一、复板闸以防淤淀。江海水漫，浪涌沙随，势易淤塞。每岁修之，不胜其费。昔人曾于去江十余里，夹流为闸，平时随潮启闭，以御淤沙。又相岁时旱涝，以为蓄泄，亦宜仿而行之；一、量缓急以处工费。疏浚之役，宜先其大而急者，余以次及。借大户侵欺粮银及赃赎银以为工费，仿宋臣范仲淹募饥民修水利之法行之；一、重委任以责成功。先朝大臣，经理吴中水利，惟巡抚周忱功最著，以委任专而历年久也。迩者大臣，限以数月，虽有贤者，不暇远虑。乞申明委任事例，凡粮役工程，听以便宜从事。”疏入。得旨如议。仍诏巡抚丁汝夔，查开浚事宜，督率各属举行。己亥，总督漕运右都御史王奏：“淮、扬先以被灾，其正兑改兑米，已蒙折征及量拨支运，而所征米原无改兑，未获均沾支运之惠。乞留漕运折粮银数万济之。”户部复：“漕粮为京储重计，难以议留，听其所给两淮余盐银赈济。”得旨允行。丙子，起服阕右副都御史于湛总理河道。乙酉，起服阕工部尚书张润为南京吏部尚书。
二月己卯，以灾伤免海州岁用料价银两。癸未，令应天巡按丁汝夔、周亮等督率有司，以南京诸司及后湖库所贮无碍银钱，赈济应天等十一府、州饥民。戊子，升南京礼部右侍郎徐问为南京户部尚书。
四月戊午，改抚治郧阳，右副都御史欧阳必进总督粮储兼巡抚应天。
五月甲子，时，常州府知府符验以先任河南道御史，考察降调。福建道御史桂荣称其执法保民，被诬遭谤，因参南京考功司郎中薛应旂，系常州人，恣行胸臆，敢为报复，其所考察者，多非在任之人。乞容符验照旧供职，将薛应旃罢黜。得旨：“考察重典，不许轻变，以起后来援引救护之端。符验照旧降调。被斥人员，多系升迁事故去任之人，前有旨禁革此弊，部院全不遵守，聊取塞责。张润、王以旂且不查究，薛应旂调外任。”
七月丁丑，升李镛为应天府府丞。
八月甲午，并淮安府海州百十有六里为六十里。以罢敝不能办纳粮差，从知州王同奏也。迁扬州府海门县于直隶金沙场，割通州清干乡七团及利河镇北水荡附之，避水患也。诏留南京后湖及刑部余银二万五千七十余两备赈，更令自后问刑衙门，凡罪赎止许入谷备赈，不许折银。戊申，裁革扬州府通州通济仓副使一员。南京金川门外草场火，诏降监临官一级，调外任。丙辰，提督操江都御史傅炯言：“直隶太仓州强贼劫狱，入海为寇，势甚猖獗。顷虽剿获过半，未尽其党，宜督官军，及时扑灭，毋贻地方忧。”得旨：“强盗劫狱杀人，地方官俱宜逮治。姑令戴罪剿杀，务期尽获。事宁之日，巡按御史备查功罪差别以闻。”
九月乙丑，升光禄寺卿及宦为南京都察院右副都御史，提督操江。
十月戊戌，先是，海州灾伤，有诏贳民当出马者征其值三年，及是限满。巡抚风阳、都御史王帏言：“海州地小民急，逃亡过半，请以前所贳者，永著为令。”兵部复：“请展五年以示宽恤。”从之。戊申，户部复：“巡按直隶御史齐宗道所陈两淮盐法事宜：一、并茶、角斜、余东场盐课，向以海水沸溢，暂令富安，丁溪等场代办。今本场灶丁渐集，宜复旧；一、淮南掣盐不时放卖，请如仪真之例，旋掣旋放，以便商民；一、各场草荡多被豪民侵占，宜清查；一、近场遐检司听各分司判官严督所部，缉捕私贩，月终课其多寡；一、分别民、灶二户，其灶田系祖遗，真正者，方免赋役；一、各盐场濒海之处，多筑堤堰，以防冲决。”得旨，允行。
十一月辛未，巡按直隶御史吕光洵奏：“三吴水利，已次第开浚，乞以其事委之巡抚都御史欧阳必进，改降专敕，以责成功。”章下。会太仓州民疏称，弘治六年，别遣重臣治水之便。工部复言：“地方之事，惟抚、按威令易行，若官多责分，恐意见不同，反生掣肘。请如光洵议。”从之。
十二月癸巳，诏浚南京后湖。辛亥，升吏部右侍郎王学夔为南京礼部尚书。丙辰，南京礼科给事中游震得言：“南京城坊居民，自里甲正繇之外，复有各项铺户，纳办南京内府诸监、局物料，役苦费繁，有司不时给价，仍令分隶各衙门应役。以故占籍未及数年，富者必贫，贫者必转徙，请亟议宽恤。”疏下南京户部，复议：“铺役扰民，弊在审编之始，贫富失实。今宜尽蠲贫户，籍其稍赢者，隶名应天府。凡遇内府诸监、局制造及太常，光禄诸祭祀厨料，先一月移文应天府，按籍召买，如时价给银。其大小诸司用物料，取具本府印票出买，价银不得过三日。至于私家一切诸费，不得干扰铺行。”户部复可。诏从之，仍令南京都察院出榜禁约。