九年正月丙辰，镇守淮安漕运总兵官、平江伯陈锐奏：“各都司运粮把总、都指挥、千百户等官，多有不畏法律，贪赃害军者。乞皆退回原卫，带俸差操，别选廉干者代之。”
三月甲午，敕南京都察院右副都御史胡拱辰提督操江。癸卯，免淮安府诸州县夏税一十八万七千八百五十余石；徐州诸县六万七千一百五十余石，丝六万四百六十余两；徐州、高邮、邳州、大河、淮安等卫并海州千户所三万七千余石。以灾伤故也。丙辰，南京监察御史陈壮等言：“南京文武官月俸盐、麦、绢布，间月折支。”从之。
四月，移置南京神机营于城外大教场。辛巳，诏修南京功臣庙殿、庑门、库房屋七十六间，并祭器之不堪供祀者。从南京守备、参赞等官议也。
五月壬辰，以旱灾免高邮、仪真、扬州等卫去年秋粮谷草有差。庚子，南京司礼监等监奏：“三月十五夜，风雨拔太庙、社稷坛树。礼部以去秋风雨摧伤各坛庙树及垣宇，已令有司修理，事尚未完，乞令各官通行修理。”从之。癸卯，改派直隶真定府额办供祀牛犊五十只于应天府江浦县并直求和州二处。癸丑，以灾伤免南京豹韬等卫去年屯田子粒一万一百三十余石。
七月辛卯，南京盗因风雨入都察院院狱，劫死囚三人以去。守备、成国公朱仪等以闻，右副都御史胡拱辰因劾提牢巡风御史郭经、陈壮并司狱等官罪，仍自劾。刑部请差锦衣卫官逮至京鞫。至，上曰：“有罪官吏就令南京刑部取问，经、壮仍令戴罪捕囚，拱辰姑宥之。”庚戌，以水、旱灾免应天府所属上元等县去年秋粮。癸丑，复设苏、松、常、镇四府所属长洲等县劝农通判、县丞各一员。
十月庚申，增设淮安、扬州二府通判各一员，徐，邳、高邮等州判官各一员；宿迁、宝应、江都等县主簿各一员。
十二月甲申，命金吾右卫指挥佥事宋纲守备仪真。时署都指挥佥事都胜，自陈所统地广，综理不周。都御史胡拱辰举纲可任，从之。
十年二月己未，南京大雨雪伤麦。乙亥，户部奏，请行南京文武官以本色两月份支绢布。从之。
三月丙戌朔，免淮安等府及徐州所属去年夏税六万三千石有奇，丝二万一千三百余两。以水旱灾也。丁未，免南京旗手卫成化九年分子粒三万二千七百余石。以水灾故也。
四月甲子，南京协同守备、定西侯蒋琬奏：“比奉命总督操江，所统官军，永乐间初置八千。宣德间增至一万二千，調逃亡之余，止遗六千九百。天顺初，复调建阳卫官军五百，镇江卫官军七百，轮番操习，今俱散逸。乞令所司追补旧额。镇江军士素习水战，乞仍与建阳军士调用。”从之。丁丑，免淮安、扬州等府所属州县及两淮运司安丰等场、邳、寿、庐、扬四卫秋粮子粒米、豆、马草，以去秋水灾故也。
六月壬申，南京户部奏请会同内臣盘皇城各门仓粮。奉御梁鉴等与户部员外郎张顺会盘，过期不至，有误卫卒日食。成国公朱仪以闻。下南京刑部究治，请坐顺罪，而宥鉴等。上从其拟，仍命南京户部与盘各门仓粮，各委一官分理之。
闰六月庚子，命南京管操、武安侯郑宏代蒋琬，兼总操江。兵科右给事中章鉴等因言：“宏已掌南京后府事，兼管操备，今又令管操江，以一人而兼三事，且宏猷为勿著，不可兼任，宜举能者。”上谕：“郑宏管操，止是协同朱仪，以此就令兼管操江，不必更任。”
九月乙卯，免直隶苏、松、常、镇四府所属吴江等十四县并苏州卫秋粮子粒共四十三万四千六百石，马草一十六万九千八百九十余包。以水灾故也。癸亥，户部以淮安、徐州、临清诸水次京储借拨已尽，宜及时措置，以备不虞。遂定拟开中盐引随纳米麦则例。临清、广积二仓，两淮盐十万引，引粟米五斗，麦则五斗五升，淮安常盈仓，两淮盐十万引，引粳粟米五斗，麦五斗五升；两浙盐十万引，引粳粟米五斗，麦四斗五升；徐州广运仓，两淮盐十万引，引粳粟米五斗，麦五斗五升；两浙盐十万引，引粳粟米四斗，麦四斗五升。得旨，从之。
十月壬寅，守备仪真等处指挥佥事宋纲言：“仪真、扬州，高邮三卫及泰、通、兴化、盐城四所京操军士，每遇放班休息，有贩鬻私盐者，不预禁之，惧生他患。乞行巡按御史严加约束，军士有违及所司故纵、同谋者，具闻究治。”上是之。己酉，南京刑部、都察院会官审录死罪囚，总十有三人。其二人殴詈父母，余十一人以杀伤人及故纵强盗抵罪，情可矜疑者，俱具狱上请。诏以殴詈父母者罪恶深重，宜如律诛之，余悉减刑，充边军。
十一月甲子，守备南京、成国公朱仪等奏：“南京旗手等卫正军数少，故其余丁概应差役。今南京锦衣卫奏，以例不勾丁校尉、力士、厨役所遣子男并各卫、所丁多无用军余人等，令充其卫军役。故各卫余丁之无赖者，辄弃原役，诡作无用多丁，觊图粮赏。乞下所司处之。”于是兵部请移文稽核，自校尉、力士、厨役所遗子男之外，凡诸司舍余己告充锦衣卫军余者，俱还原卫补伍，不得滥收，仍究所收若已满千数，即寝其例。”报可。
十一年正月丁卯，应天府府丞白昂奏：“本府上元、江宁二县，每年拨人一百二十名于南京光禄寺养羊。缘地方卑湿，羊多死者，责民赌补甚艰。乞以见养及后该纳者，估价变卖，用羊之日，支给办买供应，如不足，令本府支给官钱补办。旧养羊之户，量存三四名，守视公廨，余悉放免当差。”从之。
二月壬午，改定淮安常盈仓所中盐课则例。先是，仓乏粮，开中推、浙等处盐共五十八万引。至是，户部以米价增贵，则例太高，奏请更之，两淮盐每引原拟粳粟米五斗，今减五升。
三月甲寅，敕南京吏部尚书崔恭参赞机务，仍理部事。
四月丁巳，增设南直隶泰、海二州、赣榆等三县劝农官。事凡裁减衙门及地广民众之处，各增一员，其余俱令现任及管河、管马官兼领。议上，从之。
五月己酉朔，免直隶镇江府秋粮五万四千八百余石、镇江卫屯田子粒五千二百余石，以水灾故也。辛未，免应天府之上元、江宁、句容、江浦、六合县去岁屯田子粒，以水灾故也。
六月壬午，增设应天府上元、溧阳、溧水三县主簿各一员。庚子，敕南京右都御史林聪，不妨院事，提督巡江并巡捕官军。
七月丙寅，命修理南京太庙。从南京守臣奏请也。辛未，免南京锦衣等十三卫屯田子粒四万二千五百七十余石，以去年水旱故也。
十月癸巴，南京监察御史任英言：“南京军士，常操不息，往往逃窜。宜照京营例，更番操习。”又言：“教场试用把总，不询平日才能，惟取一时武艺，多不得人。”兵部复奏：“番操事，近守备官议处未报；试用把总，宜行守备等官询访才行，兼取武艺。”上曰：“练习士马，国家重事。朕于严冬盛暑，已悯其劳而休息之。使复更番，恐益怠惰。其仍令常操，或遇风雨则免。余如议。”
十一月戊午，南京后军都督府掌府事、武安侯郑宏奏：“奉敕兼管新江口并督捕盐徒贼盗，获则解送巡江、巡按御史究问。但御史出巡，路远事繁，所送贼徒，淹禁日久。况新江口牢狱不固，难于监守。自今宜径送都察院收问。”刑部以其言为宜。如御史现居南京，或出巡不远，仍如敕旨解送。议上，从之。
成化十二年二月甲午，南京六科十三道各以南京正月阴霾蔽日，地震有声上言。诏曰：“南京根本重地，灾异之事，必有所自。君臣上下，务在同心修省。政事缺失，各衙门其即举行，毋仍玩愒，妨废职务。”
七月丙午，总督漕运、右副都御史李裕等奏：“新开扬州府白塔河，潮水往来，恐久而淤浅，宜下所司与瓜州、仪真诸河道，三年一浚。”又言：“江南孟渎河亦多淤浅，乞下巡抚、巡按等官勘验疏浚，以便漕运。”工部复奏，从之。辛亥，升巡抚山东左佥都御史牟俸为右副都御史巡抚苏、松等处。壬子，移置扬州府钞关于湾头。甲寅，增设直隶江都县留潮、通江二闸。庚午，南京监察御史崔廷圭言：“南京各卫仓，现贮小麦足给十余年，惟所贮布少，不足给赏，请暂以麦折布。”事下户部，以在京官军俸粮，每岁五月、十一月，麦多则全支，少则兼支。今南京兼支，但以四分、三分为率，是以麦积有余。请令以今年该赏军士布三匹者，内一匹折以麦一石；官吏人等十月份折俸布，每匹亦折与麦一石。自后每岁俱如在京例，务以麦全支两月，侯麦少，量数多寡兼支，勿令多积，致不可用。”从之。
十二月癸酉，南京礼部左侍郎倪谦升本部尚书。
十三年壬戌，开应天府六合县道会司。
二月丙子，命守备凤阳、宣城伯卫颖管南京后府事，协同大教场练兵，兼总操江。
四月丁未，工部奏：“南京十三道御史因灾异陈言，谓今岁雨雪，蚕丝必贵，欲节省一切赏赐，以苏民困。而南京给事中亦言，南京、苏州等处织造、买办宜暂停免。本部查自成化十二年正月起，至次年三月止，赏赐夷人等须纻丝三万七千五百五十八匹，天下司、府每年额造止该二万五千七百四十一匹，计所费已过一年额数之半，若更减免，恐国用不足。”命段匹既缺用，仍照旧造办。戊申，命都察院右都御史原杰改南京兵部尚书。丁巳，工部奏：“南京守备、参赞等官，会勘南京奉先殿大庖厨、库房、井亭等损坏，兴工修理，合用杉、楠等木，坐派苏、松等府买办。缘各处还派岁造段匹，既增数倍，又兼连年灾伤，材非土产，民不堪命。宜令民办一半，余于龙江、瓦屑二坝抽用。”从之。
五月丁卯朔，免淮安、扬州、徐州成化十二年夏税麦八万九千余石，秋粮十一万五千四百余石，丝两万五千余两，草十七万一千六百余包，凤阳等十八卫屯田子粒十七万四千二百余石，以是年水大故也。
七月癸酉，命南京前军都督府管府事、定襄伯郭嵩，专督操江。
八月辛亥，诏免淮、扬等府、州、县正官明年朝觐，从巡抚都御史李裕言，民被水灾，宜留正官赈济招抚之也。
丁巳，诏留巡盐御史雍泰抚恤两淮灶丁。时灶丁逃亡，多数盐课消乏，其存者又多单丁，有老死无妻者，以饥寒无倚，生育不继。泰为设法于正课外，劝借盐引赏银，官为给娶成室家者，凡二千余人，其未婚配者尚多。雍泰期满当代，巡抚副都御史李裕请复留一年，以毕其事，故特许之。
九月，淮水溢，淮安府所属诸州县坏官民屋舍，淹没人畜甚众。南京都察院奏：“守御南京浦于口都指挥李信，坐受所部殴杀人者赂，不发其事，罪当留减赎徒，不得管军、管事。”法司奏请如所拟。从之。
十月壬戌，命南京参赞机务、右都御史王恕兼巡江。
十二月丁巳，以水灾免直隶苏、松、常、镇四府并苏州、镇江二卫夏税子粒二十三万一千石有奇。
十四年正月癸未，以水灾免直隶苏州府秋粮。丁亥，守备南京城朱仪奏拟官军寒暑歇操条例，下兵部议。以每年俱于二月、八月起操，至五月、十一月大暑、大寒而操止。其歇操之时，仍十日一赴教场点视。从之。
二月己酉，敕南宁伯毛文往南京操江。丁巳，免直隶徐州所属县夏税小麦六万七千一百五十八石，夏丝折绢三千二十五匹，秋粮七万九千八百五十八石，并徐州两卫夏麦五千四百七十四石，秋粮豆二千七百三十六石有奇。以去年水灾故也。
三月丁卯，以南京参赞机务、右都御史王恕为南京兵部尚书，仍参赞机务。辛卯，太监汪直言：“高邮、邵伯、宝应、白马四湖，每遇西北风作，则粮运官民等船，多被岸边桩木冲破漂没，宜筑重堤于堤之东，积水行船，以避风浪。”工部议，合行漕运总兵、巡抚等官相度增筑。从之。
四月丁酉，以水灾，蠲直隶扬州府、卫、所去年夏麦四万四千一百余石，秋粮一百四十六万五百五十余石，草二百五十一万九千四百三十余束，棉花一万六千七百二十余斤，盐五万六千四百余引。丁未，户部奏：“南京旗手卫西仓火，延烧暑字等廒。巡视仓粮、南京御史郭经、监督主事林表及总督粮储、副都御史胡拱辰防范不严，俱宜逮问。”既而拱辰上章服罪。上以拱辰不行严督，宜置于法，既服罪，姑宥之，经等仍逮问如律。庚戌，免直隶淮安府所属州、县并六安、淮安等七卫、所成化十三年夏麦二万五千七百七十余石，秋粮十四万九千四百三十余石，草三十万六千六百七十余包。以水灾故也。
五月癸未，应天府府尹鲁崇志等奏：“马政条例，岁终太仆寺官较复马不充敷者，府、州、县正佐官各笞二十。臣等忝任在京官，宜有差等。”得旨，两京府尹、丞止令纳米赎罪。
六月丙申，免直隶镇江、苏州夏麦。
九月辛酉，免南京横海等十六卫屯田子粒四千三百六十石有奇，以大水故也。壬午，南京总督粮储、户部右侍郎潘荣奏：“凤阳仓储支给官军俸粮不足，户部议请开中两淮运司存积盐五万引，招商纳银，兼半支给。”从之。
十一月丁卯，诏修南京棕殿。
十五年正月壬申，改参赞机务、南京兵部尚书王恕为兵部尚书兼都察院左副都御史、巡抚苏松等处，致仕户部尚书薛远为南京兵部尚书，参赞机务。
二月甲寅，命南京工部修开国功勋臣坟墓。开平王常遇春、岐阳王李文忠、宁河王邓愈，东瓯王汤和、郢国公冯国用、黔国公吴复，虢国公俞通海、蕲国公康茂才、梁国公赵德胜、济国公丁德兴，蔡国公张德胜、越国公胡大海、靖海侯吴祯、江阴侯吴良诸勋臣坟墓，俱在南京城外。文忠曾孙萼等，以岁久颓坏为言。南京礼部具奏其事。上曰：“崇德报功，国之重典，开国诸勋臣出万死以辅成大业，爵土弗嗣，已可悯念，今坟墓颓坏，而有司不加之意，其可乎？工部其即命工修治，无子孙者，复其坟邻一人守护之。
四月戊戌，免应天府秋粮马草，以去年水灾故也。
五月癸未，以旱灾免直隶崇明县去年秋粮一万九千三百余石，草二万五千六百五十九包。
七月己巳，户部侍郎张瓒为都察院左副都御史、总督漕运、兼巡抚凤阳等处。
九月壬申，诏修南京内外河道。先是，南京监察御史何舜宾奏：“南京城内外河道淤浅，宜发丁夫疏浚。”下南京工部暨守备等官按视，以为宜如所奏。其工力于京民丁多而家富者，量役之，及江、浙、苏等府大户运粮至京，亦令量助。仍令舜宾等管理，听其设法，以补不给。从之。
十二月壬申，以水灾免苏州府崇明县夏税六千八百五十石有奇。丁丑，改南京户部尚书陈俊为兵部尚书、参赞机务。复设甫京东、西、北城并中城兵马指挥司副指挥各一员。
十六年正月癸卯，升吏部左侍郎黄镐为南京户部尚书。
二月壬戌，命南京工部修理孝陵殴宇房屋九十八间。甲子，工部奏：“修理南京棕殿，例行应天府收买物料。缘今见修孝陵等处物料不下数十万，虽称支纳官钱买办，其实皆京民出备。宜候各处工程将完，然后于各该局厂查会支用，庶宽民力。”从之。
九月甲午，罢两淮运司新设副使等官及令商人引钞折银。时，巡盐御史杨澄以两淮运司额设五员，近从都御史高明议，添设副司、判官三员，冗滥扰民，可为裁省。又旧例盐商照引纳纸，解南京刷引，寻以纸有余，改纳钞。近解户于商人纳钞，百计需索不便，仍请改钞二贯收银一分，类解如旧。户部复议，从之。
十一月壬辰，总督漕运、右副都御史张瓒奏：“直隶徐州左卫新调未久，而岁造军器，与徐州卫等。军少料缺，往往逋负。请令减半成造，以苏军困。”从之。癸巳，申革关支户口食盐积弊。南京户部奏：“南京鹰扬等卫委关户口食盐吏，违限年久。其初，多因通同富豪势要之人，包银买钞上纳。后遂以官盐卖出，及夹卖私盐，辗转营利，至有数年不还者。其册大率誊写上年所造丁口，任情增减，有以三四年前未关，因人包钞造册补支者，弊端不一。今宜通行南京内、外守备等官究问，但夹带私盐二十斤以上者，并发戍边，次者戍于近卫所；违限一年者，原籍为民；三年以上，一千里外徭役终身，余俱发遣如例。其册务于卫所一年内，自下而上，从实造报；未支逾一年者，不容补支。”事下户部，以为严禁盐弊，累有成例。但此奏所拟徭戍，比之成例太重。今宜于官吏及包钞同行犯带私盐二千斤以上者，如旧发戍；次者及盗卖官盐，一如律例发遣；违限逾一年者，俱发原籍为民，他悉如所请。惟引目不许出给其该支盐数，及差人姓名，俱造册预发运司收照。去人止开职役姓名、批文、照身，至司填注告投月日，仍给存照。外开盐数批文，定限下场开支。两批违两月者各问如例。疏上，从之。
十二月戊午，协同守备南京、丰城侯李勇病笃，上命修武伯沈煜往代之。
十七年四月庚戌，南京十三道监察御史陈金等言：“南京地震有声，白毛顿长，猛虎近城，伤人害物。且当春阳和煦之时，而寒风凄雨，有类秋冬。”
五月庚辰，南京工部员外郎吴珵言：“近御史何舜宾建议：‘乞疏浚南京河道，以便粮运。’今天时亢旱，人心靡宁，乞暂为停止，以苏民困。”事下工部，复奏请如珵言，候丰年再陈区处。上曰：“河实淤浅，宜在疏浚，惟慎择官董之，不必止也。”辛巳，诏南京复设都指挥一员，专捕盗。南京各卫屯田在近畿者，旧设武官一员董其事，后都御史黄镐奏遣御史督察之，而罢武臣。至是，南京守备等请复设武官管屯田兼捕盗。兵部议：“屯粮每岁先期输纳，若复设官董之，徒多烦扰，惟宜选都指挥一员，职专捕盗。”从之。戊戌，南京守备、成国公朱仪，巡江、南宁伯毛文等各奏，强贼刘通等三百余人，扬旗驾舟，沿海劫掠，拒捕官军，千户王彪为所执。守备仪真指挥宋纲等因循玩寇，令坐以罪。事下兵部复奏，得旨：“宋纲不能防御，致贼拒捕，且不问。降为事官，戴罪捕贼。仍敕文等严督提备，务期获贼乃已。”
六月戊辰，南京守备等官奏：“敕旨审录罪囚，其死罪情真罪当者，依例监候听决；情罪有可矜疑者，会奏处置；徒流以下减等。但其中有枉法满贯，监守自盗，常人盗犯该杂犯斩绞罪，又有略卖人口，诓骗财物，坑陷纳户等情，该徒杖罪名，例应充军，恩例俱不该载，乞裁处之。”下法司议：以前所犯情重，旧例俱不减等，惟依例发遣为是。奏上，从之。
十月癸卯，总督漕运左副都御史张瓒言：“宋儒胡瑗，扬州府如皋县人。布衣时与孙明复、石守道读书泰山，明圣人体用之学，以经术教授苏、湖，当时取其学规，行于太学。所著有《资圣集》、《景祐乐议》、《中庸解》、《春秋口义》、《言行录》，皆有益后学。仰惟圣朝，崇重儒术，凡前代诸儒有功吾道者，悉已例之从礼。如瑗者，独在所遗，是缺典也。乞下礼官考瑗功行，或升从祀，或建专祠，祭于本土为当。”事下礼部知之。
十一月壬午，南京都察院左佥都御史白昂，九年考满，升本院右副都御史，仍兼督操江。
十二月乙丑，改南京文官并公、侯、伯明年俸禄折银。时，巡抚南直隶兵部尚书王恕奏：“苏、松、常三府被水，禾稼不登，请以米一石五斗折征银一两，以给俸禄。”从之。
十八年正月壬辰，命南京粜常平仓粮。时，岁饥，米价踊贵，而常平所储粮八万六千余石，南京户部请减价粜以济民，候秋成平籴还仓。其粜于民，多不过五斗，务使贫民得蒙实惠。奏可。丙申，南京成国公朱仪奏：“南京米价腾踊，民庶艰食。请以各卫官军今年秋夏三月俸粮，候有司运至，令于水次兑支，以其所余工脚米，平价粜卖济民。仍以所粜钱物，贮于有司，候丰年秋成，则籴米上仓。”户部议如所奏。从之。
二月辛丑，南京户部尚书黄镐等，议复南京监察御史徐完建言二事，以为宝钞提举司钞匠，宜仍于各库管带，并存本部拣闸钱钞，不必附籍二县；其铺行买办，宜按月时估给，定限送纳。仍三年一次，造册送应天府，以备指考。从之。
三月庚午，敕巡抚苏、松等处都御史王恕，淮、扬等处都御史张瓒赈济饥民。时南京六科给事中刘玑等言：“苏、松、常、镇、淮、扬去岁春夏不雨，秋冬霖潦，米价腾踊，民不聊生。臣惟诸府乃东南财赋之区，祖宗根本之地，不可不预为措置。乞敕该部于灾伤之处，岁额税粮重与开豁，逋负物料宜暂且停征。仍遣官分方赈济。”
八月乙丑，升南京刑部左侍郎张瑄为本部尚书，以九年秩满也。
闰八月丁卯朔，南京留守前卫百户高洪、赵颙、唐恺已用荐管事，后谋管屯田，事觉。兵部言，近例军政管事官，不得辄行调遣，请治洪等罪。仍请通行南京各卫，申明管屯官数，惟全伍下屯诸所如旧，其屯军百人以上者，用百户一人；三百人以上，用千户一人；五百人以上，用指挥一人领之。官多无用，令悉还本卫所。上曰：“国家仿古屯田之法，用戍卒耕守，盖寓兵于农之意也。地之给其人者，各有定业；官之治其事者，亦有定员。行之既久，其法渐废。戍卒多役于私家，子粒不归于公廪，管屯者有积蓄之利，而无差操之苦，所以启后来者之谋也，洪等宜加究治。自后当如尔兵部言，官有滥设者，悉退出差操。”
十一月戊午，是夜，南京国子监火，焚监生号房八十七间。
十九年正月丁巳，总督漕运兼巡抚凤阳等处、右副都御史徐英奏：“淮、扬频年旱涝，仓库无积，人民饥窘，恐来春流民四集，酿成别患。乞将淮、扬船料及各府商税课钞，每贯收米一升，两季而止。其各府、州、县考满官、役满吏，并照旧例，纳米备荒，准给田办事为便。”从之。
十月乙丑，南京兵部奏：“正统间，马快船岁以五十艘北上听差，半年一更，驾船军粮则于南京官仓尽与之。尔后快船余丁仅支两月行粮六斗，其往返计逾十月，率多匮乏，弃船以逃。乞仍旧例，应支月一石者，内除家小米四斗，按月支用。其听守六月，每月六斗，共三石六斗。并余丁止支两月，凡六斗者，今加再倍，为六月，共一石八斗，尽数给之，庶船运无误。”事下户部，以为军夫守役于北，而粮月给于南，诚为非便；余丁粮给诚少，宜如所请，一一预给，或逃则如数追之。报可。壬申，升南京太仆寺少卿于冕为应天府府尹。
十一月丁未，直隶苏州府儒学生赵汴等二十人，俱以骂太监王敬坐罪。初，敬与千户王臣等以购书为名，乘传南至苏州府，令生员抄录所谓《子平遗集》者，初以为献御，皆不敢违。后复使抄录他书不已，众以妨废学业辞。敬即令有司迫遣至驿中，乱箠之。于是汴等骂曰：“汝辈扰害百姓不已，又欲害吾儒生耶！”敬还京，遂诉于上，以诸生不遵礼法，恣肆放诞为词，命下巡按御史执问具奏。至是二人事以败，特拟诸生以赎仗罪奏上。从之。
十二月乙酉，南京户部奏：“自洪武初，原设军储仓于本部，设正、副使、攒典、民佥脚夫及坐铺军余守视，专收法司罪囚赎罪米，以为送船行粮及囚徒口粮。后工部奏囚徒纳木料，以致仓储空虚。寻会议令刑部、都察院，徒罪以上该纳赎罪米者，仍送军储仓，笞杖以下，及巡抚、巡按等官问过轻重罪囚，则送工部纳料。后竟无囚徒纳米者。缘是仓之设，乃祖宗旧制，况本部粮用实多，无所支给，请敕该部如前议行为便。”户部复奏。从之。
二十年二月辛未，应天府民张成等代人充后湖库役，累受人财，改洗黄册。事觉，南京户部因奏：“国初以天下版籍为重，令有司十年一造黄册，于后湖不通人迹之处，建库收贮。其后法制渐备，特设给事中、主事二人总理其事，及巡视防守之人，更番不缺。凡天下军民奏告户籍不明者，于此查验。其库锁钥藏于内府，有开船过湖者，赴内府关领，事毕交收，法至周密。近岁怠忽，以致小人乘机为弊，是宜置之重典，比盗制书，不分首从皆斩律。后有犯者，并依此例处罪，仍揭榜禁约为便。”事下都察院，以所奏宜从。既而以成等具狱上，上命即诛之，仍枭首示众。辛巳，南京都察院奏：“南京沿江上下，多凶恶之徒，为道路患。乞如旧例禁治。”下都察院议，以旧例两京城内外，有称刺虎等名者，犯笞杖罪，如常处罪；徒罪以下初犯，免枷项，军发边远，民发口外；原系边军、边民，杖一百发极边，常年守哨；其职官议拟奏请定夺。若初犯累次抢夺及再犯、累犯者，枷项一月，各发充军为民守哨。今南京沿江上下之人有犯，依此禁治为是。奏上，从之。
四月癸未，改南京参赞机务、兵部尚书陈俊为南京吏部尚书，巡抚南直隶兵部尚书王恕于南京兵部参赞机务；升南京礼部左侍郎李本为本部尚书；南京都察院左副都御史胡拱辰为南京工部尚书。甲申，以贵州左布政使彭韶为右副都御史，巡抚南直隶苏、松等处，总理粮储。
九月壬辰，升户部左侍郎潘荣为南京户部尚书。
十二月辛未，南京兵部尚书王恕等复勘巡抚都御史徐英所奏，南京太仆寺成化十一年至十三年，民间种马死者七千余匹，宜免追偿兼免应偿半价及逐年应追马驹，其所免空闲人户，则给以牝驹，使牧养补种。诏可。
二十一年三月甲午，南京中军都督府掌府事、成国公朱仪等应诏言事：“一、各卫百户，乃亲军之职，旧制以其姓名，注为所分印信，传之子孙，非有大故，不轻改易，欲其上下相亲信也。迩来，百户袭职，拘于考选、保勘，所掌印信，多令他官代管，事涉纷纭，有乖初意。自后百户子孙承袭到卫，乞免其保勘，仍旧现任；一、工匠以充造作，军士仍备操练，此盖宁定之制。迩来，南京内官现于各卫操军内奏取琉璃匠二百名，筛簸匠一百九十八名，乞退还操练。”事下兵部复议，诏可。琉璃、筛簸匠仍各留一百名。戊戌，工部议复：“南京吏部尚书陈俊等应诏陈言事，其一言、差去内官匠作，成造摆朝军器者，宜如所言，取回已派物料，令南京兵仗局造完解京；其二、直隶苏、松等府买办年例供应物料，令宜有司径解、折价，转送应天府官库收候支用。中间或有积出余银，明立簿籍，准作下年之数。”奏上，上曰：“差去内官匠作都取回，军器造完者，就令解来，未完者令守备太监督造，陆续解京。买办物料，俱准议行。”甲辰，礼部议复：“南京吏部等衙门应诏陈言内一事，欲将各处纳银米入监者，分送南北二监，自具薪米肄业，请止限以坐监二月。如自愿具薪米以留者，听。其年十三四或十六七，则俱行各处提调学校官收入本学肄业，满十年仍复监。”从之。四月辛未，免直隶徐、淮二府州，邳、徐等卫、所夏税小麦子粒二十万一百四十余石。以去年水旱灾故也。
五月庚午，工部奏：“南京守备内外臣言，修理九五等殿，工费浩大，现存木植不足于用，宜移文南京工部，取各局、厂所积足之。”上命先修其急者，余俟积有木料日再闻。
八月户部奏：“南京金川门草场火，焚草三十九万八千包有奇，监收员外郎袁宏、巡视郎中周郁、御史张贯俱宜逮治。”从之。
十一月丙子，南京钦天监以南京吏部等衙门会奏天文生、阴阳人原额量减二分，奏陈本监原奉高皇帝圣旨，并引大明律例。礼部复议：“旧例皆无以女婿、外孙、义侄、别姓补充之令，宜行南京礼部仍照近例举行。”从之。
十二月庚子，先是，应天府以南直隶应试者太滥，乞定额数。礼部定以二千二百名。至是，南京礼部、国子监并南直隶提学御史俱乞量增其数。礼部拟以二千八百，内监生人等，俱令南京礼部会考入试。上命仍以二千二百为额，应试该考者，令南京都察院定之。甲辰，诏巡抚南直隶右副都御史李嗣粜松江余米九万石，以平米价。时，嗣上言应天等六府旱荒，来年米价必贵故也。
二十二年正月壬戌，南京守备、成国公朱仪、兵部尚书王恕等奏：“应天府及锦衣等卫屯种地方，去年久旱，至十月以后，方得雨雪，然已过期。即今江北诸处流民四集，南京米价愈增。臣等议得南京常平仓现有粮五万六千余右，及各处每年起运，其数亦不下数百万石，若暂行平粜预支，亦可平米价。乞照先年事例，先将常平现储并各卫仓粮共十万石减价粜卖，俟各处起运到日，临船兑支各卫官军俸粮三月。仍于运到新米内，每月拨一百五十石，分送各处，以济乞食之人，麦熟而止。”奏上。下所司知之。甲子，户部奏：“比巡抚南直隶右副都御史李嗣，以应天府去岁旱荒，欲分粜南京现在仓粮赈济本部，以为难行。惟松江府存留粮数几三十万石可粜。得旨命别议以闻。今查应天府及属县仓粮有五十余万石，镇江府亦各有积储，况客商舟楫可通，富民劝借可举，比之庐、凤诸处终易为力，乞移文李嗣斟酌措置。”从之。
三月庚午，应天府丞杨守随以征收赈济仓粮所具奏疏，字有涂改事，下南京刑部问罪。拟赎杖还职。
六月乙酉，免应天等府县秋粮三十万八千八百余石，以去年旱故也。
八月己亥，升南京都察院右都御史李裕为工部尚书、巡抚苏、松等处。免邳州、徐州并所属县去年夏租十万四千二百余石；邳州、徐州卫子粒八千七百余石，以雨雹灾故也。
九月丁巳，改兵部尚书马文升于南京兵部，参赞机务。
十月丙子。南京守备、成国公朱仪奏：“新江口操演战船，俱于中、下二新河住泊，以避风涛。今二河为泥沙淤塞，至秋深水涸，出坞为难。请敕工部循往年例，督军修浚，庶船出入便利，遇警不致误事。”从之。
十二月戊戌，命修南京玄武门城楼。
二十三年二月甲戌，以旱灾免直隶镇江府、卫及丹徒等三县二十一年秋粮子粒十一万一千六百七十余石，草十万五千九百八十余包。
三月甲子，巡抚南直隶右副都御史李嗣奏：“上元、江宁二县，原拨南京光禄寺并惜薪司抬柴人夫，宜改派各府、州、县并邻近布政司佥解。”守备太监钱能等参奏，以为南京祖宗陵庙所在，岁时供给膳差，俱属大庖，造办柴炭，日不可缺。其抬柴夫，洪武年间坐派应天一府，原额三千名，以后减至三百名，皆派南京二县。今若改派他处，恐供应后期。光禄寺亦称，本寺抬柴夫虽例取南京二县，其脚价银则取于句容、溧阳、溧水三县。今二县领出雇夫，尚累年拖欠，若又改派，愈加迟滞。工部复议，从之。
四月丁丑，诏南京运粮军余月粮，仍给一石。初，漕运京军月支一石，而外卫止支六斗，至是成国公朱仪等以为言，故命如旧云。
六月己巳朔，直隶徐州蝗。癸未，以旱灾免南京留守左等三十二卫屯粮共五万二千八百三十余石。
十月甲戌，升户部左侍郎王佰为南京户部尚书；刑部左侍郎何乔新为南京刑部尚书；南京吏部左侍郎黎淳为南京工部尚书。
闰十月甲申，礼部言：“南京各衙门，俱因事简，官不全设，其僧、道录司、教坊司，事务尤简，欲准近日裁革事例，僧录司留右善世，右讲经，左、右觉义各一员，道录司留右至灵二员，左、右玄义各一员管事，俱用升职在前，保举相应者，余皆带衔闲住。教坊司留右韶舞二员，左、右司乐各一员管事，亦各用升官在前者，余皆革职。其寺观住持，择年深戒行老成，给劄在前者，敕建寺观留二名，敕赐寺观留一名，余皆革罢。僧道系纳银赈济等项，度牒明白，及本地寺观出身者，许令本处寺观住坐，不许仍前四外云游。教坊司俳长，于精通乐艺、年深补充数内，照额挨次留四名办事，余皆革去。俳长仍充色长食粮，协同俳长办事，候有缺，挨次收补。其余传奉补充者革去，止照原役食粮当差，并各色长，系精通乐艺者留四名，其余传奉补役及老疾不堪之人，尽行革去。”俱从之。
十一月乙巳，改南京礼部尚书耿裕为南京兵部尚书，参赞机务。
十二月乙酉，户部复奏：“南京礼部郎中李谅所陈二事，其一曰理财用者，谓成化末年，常差太监宋玉支长芦运司盐十万引，卖之两淮等处，以所得价银织买上供段匹于南京。近已奉诏停止织造，其前后所支引盐，所卖银两，所织段匹俱无的数，请差官稽考。其二曰清屯田者，谓各处卫所屯田，多被势要官军占为己业，军丁开作逃亡，子粒不行上纳。请行各巡抚，巡按等官核治。”得旨，织造内官已取回，不必差官查勘。余准议，辛卯，南京礼部郎中李谅奏请禁马快船只附载私货、骚扰驿递者。兵部复奏，从之。