宪宗成化元年三月庚申，总督扬州等处、都督佥事董宸奏：“所辖大沥、双套等营，凡十有五座，俱濒海要害，而岁久颓圮，请即时修筑。”事下兵部，请勘实修理。从之。
四月庚子，南京守备太监王敏奏：“南京内府城堞及报恩寺塔，各为雷雨所损。”命南京兵部会内外守臣兴工修补之。
五月庚午，总督漕运副都御史陈泰请修筑高邮湖岸，自杭家嘴北起，至张家沟镇南止，凡三十里有奇。从之。
六月丁卯，江北淮安等府大水，伤禾稼。
七月甲子，敕南直隶巡抚，赈济饥民。
八月丁卯，命右佥都御史吴琛往淮、扬巡视民瘼。甲申，以李宾为南京兵部尚书、参赞机务。丙申，免南直隶被灾府县该班人匠，候岁丰赴工。戊戌，巡抚南直隶右副都御史刘孜奏：“南京应天府并江南、北郡县，春涝夏旱，麦禾不登，已将上元等县饥民发粮赈济。”户部言：“南京根本重地，而卫仓乃军国所需，不宜轻发。请敕守备大臣督令诸县仓有粮者，悉发以赈济饥民，附近欲还者，给以口粮；道远者安置城中，俟岁熟遣回。此外更有救荒长策，听便宜处分。”从之。巡抚淮、扬右副都御史陈泰奏：“淮、扬、徐州等处，俱被水灾，宜在宽恤，而孳牧马匹，当进偿者数多，请暂停追。”上曰：“马政虽急，民方饥窘，姑俟丰年追偿可也。”
九月壬子，南京监察御史顾以山奏：“江北等处，连年水旱，人民流离，皆由诸司轻视人命所致。往往因挟仇而故勘，因报怨而妄指，罪疑者不为之辩，枉死者不为之伸。间有赴诉者，所司又以前官经问，文案已成，漫不知省，愁怨充积，皆足以伤天地之和，召水旱之灾。乞命官审录，情可矜疑者，奏闻区处。”诏议行之。癸亥，南京监察御史施谦言：“今岁水旱饥懂，江南有储积处，宜行巡抚、巡按官令有司验丁支给，江北无储积处，令各劝借赈济；预备仓有豪强规利之徒冒支者，令有司严加禁约，应天府都税司新增岁办课额，比于洪武、宣德中三倍其数，宜量减以苏民困。”诏悉从之。丙寅，发银四万两，赈济徐州等处饥民。辛未，户部会官议各处巡抚、漕运等官所陈事宜：“一、各处兑运军粮，近年每石暂加耗米五升，今直隶苏、松等府俱水灾，其耗米请停止；一、各处逃军、逃囚、不逞之徒，私造遮洋大船，兴贩私盐，每船聚百余人，张旗号、持军器，起自苏、扬，上至九江、湖广发卖，沿途但遇往来官民客商等船，辄肆劫掠。所在虽有巡检、巡捕官兵，俱寡弱不能敌。请敕南京守备、总兵等官，自镇江至九江，差拨操江官军；自孟渎河至苏、松、通、泰等处，差拨官军巡捕，给以口粮，候贼徒屏息，革罢；一、应天并直隶苏、松等府钱粮物料，差粮长、运户人等起解，往往侵欺费用，至京无以为纳，通同押解官吏，以勘合、关单于势要之家抵当借债，故累岁不得注销。请敕两京户、工二部，凡粮长、运户、解户解运物料毕，其关单勘合，务亲交领。如有抵当者，即为追出，责令办还私债；一、两淮地方擒获私盐船，先议大料者送提举司改造粮船；小料送所在官司变卖。近各处官军作弊，以大为小，概卖不获实用。宜令但获私盐船，无分大小，俱报所在官司相视印烙，径送清江提举司造船。”议上，从之。
十月壬午，巡视淮扬等处右佥都御史吴琛奏赈济九事：“一、现行纳米例，凡军民人等给与散官、监生、吏典、送部选拨、缘事除名文职官员、冠带闲住，纳米者，先因限以粳米，艰于籴买。今宜听其以杂谷如数抵纳，每米一石，麦增一斗，豆增三斗，谷一石算米五斗，俱于近便缺粮仓上纳；一、徐州洪往来之船，因其所载官职大小，货物多寡，劝米赈饥：方面、运司、府、卫土官，海船劝米一石；州、所、县官七斗；余官五斗。客商民人载货物者，上、中、下以是为差。其人载则自七斗递减至三斗，空者一斗五。起八月至河冻，可得米数千石。又陆行骡车，每辆劝米二石五斗，牛车一石，驴车五斗，至年终亦可得千数石。委徐州廉干官一员掌之，以候赈济。盖取之薄，于彼无损，而积之厚，于此有益，敢有恃强不与者，究治之；一、荒年舍禁，古人所行。今诸处官湖河泊、池塘山林，物产甚多，该征课钞，亦已例免。其中鱼、虾、菱、藕、柴、草之利，悉听军民采取食用；一、被灾军民户内，有凡军需买办杂泛差役，悉遵敕谕事理停免，听其自在营生。其该征粮草，候勘回日斟酌减免；一、盐场灶丁及诸人窃卖私盐，除肩担背负，其数不多，止营口食者不究外，他如豪徒聚众，车装船载，有犯盐禁者，照旧拿解；一、各学廪膳生员例米五斗，会馔者，暂令通将一石归赡其家，俟明年成熟，再举会馔。其屠户、膳夫供给之费，亦各停止；一、邻境及别郡人民流移入境者，所司善加存恤，亦照例验口赈济，抚令还乡。其不愿还者，听。仍谕民有空房及庵观寺庙借与暂住。有愿为佣者，亦从其便；一、凡军卫有司，查有司在官余银，不以多寡，选差富民或五人或十人赍于收成地方籴买，以助赈济。船车之费，官为办给。本地有储之家，官司劝借外，仍劝发粜，以济贫民。其无储者，劝令合赀于有产之处，来回发卖。仍委公正里老人等，督令均买，无为豪强截买图利，以病于民；一、淮安等府，被灾尤甚。今虽劝借米粮，一处或得三数千石，仅济目下两月之急，恐后冬春之交，愈益艰难。今将淮安府大军、东新二仓官粮，坐拨邳州一万石，宿迁一万石，桃源二万五千石，清河、安东各二万石，令其自具船载回，以安人心。及海州、沭阳、盐城陆路艰运，则以淮安官库赃罚等银，每处各给二千两，暂令备用，且以板闸所贮解部颜料铜钱四十余万文、钞二百一十一万七千贯助之。”奏上。命户部知之。丙辰，免直隶扬州等三府粮草，从巡视佥都御史吴琛奏也。巡抚南直隶右副都御史刘孜上言六事：“其一、直隶滨江府县民户，原种官田，俱被江湖坍没无存，而征税如故，欲乞蠲免；其二、苏、松等府佥补富户，现今连岁灾伤，民人艰窘，乞暂停免；其三、南京城内外廊房、铺店，其间有年久颓敝，不停商贾者，欲将该纳钞锭各与减免；其四、应天龙江里外河泊所，原有网户办课，采取鲥鱼荐新。后因数内网户，缘事充军，课额未除，乃于上元、江宁二县佥取农民补数。所居去江隔远，非其素业，乞行疏放；其五、应天府都税司及江东等门宣课司，原额税钞数少，后因节次增加，今客商鲜少，以致巡拦陪纳艰难，欲乞量行减免；其六、常州等府江阴等县临江冲坍及硗确荒芜田土，每岁各户陪纳税粮，困苦万状，欲为照例悉与分豁。”诏以刘孜所言，皆便民事宜，户部其定议以闻。既而户部条陈，复下五事于孜，令其核实，从宜处置，惟免佥富户如其请。巡抚南直隶右副都御史刘孜奏：“六合、江浦二县，原领养官种牛，每岁必追一犊，三年一命印烙。而种牛有老不生者，有犊生而风雪冻死者，有被盗走失者，每年按数追取，人民买补艰难。况印过小犊，未及一岁，不能成种，遽追其犊，民实不堪。乞今后种牛追犊，照依孳牧种马事例，二年一犊，及俵散犊定验，长成三岁之后，方许追犊，著为定例，庶为民便。”上是之，下该部核实以闻。丁巳，升巡抚南直隶右副都御史刘孜为南京刑部尚书。以湖广右布政使宋杰为右副都御史、巡抚南直隶苏、松等府。
十二月丙申，敕南京总督粮储、都察院右副都御史周瑄曰：“比闻南京米贵，人民艰食，兹欲发粜平价，以济民饥。敕至，尔同南京户部尚书陈翌，亟将仓粮四万石粜卖，价银收储在官。或仓粮不足，可将两京文武本色俸米，预卖一二年之数，量实定价，银一两米三石，或二石五斗，按季如数分给各官。其粜卖之际，务在斟酌得宜，尔其尽心整督，以副朕爱恤下民之意。”
二年正月乙丑，直隶丹阳县典史孟浩捏造妖言，诬陷人罪。上命即诛之，不必复奏。
二月癸巳，诏减徐州、淮安仓中盐则例。初，户部以风阳各处水旱，奏定中盐则例，于徐州、淮安各仓，召商中纳。至是主事张瓒以斗数太重，商人应募者少，请为量减。于是，徐州仓淮盐每引原定九斗三升，今减为八斗；淮安仓淮盐九斗，今七斗五升。其有常股盐引者，亦各视此量减之数。监察御史焦显等言救灾四事：“一、淮安等处开中盐米，近虽每引减至八斗，然现今米价腾贵，无应纳者。乞敕该部再减分数，召商上纳；一、各处僧道，例该成化二年关领度牒，前此亦有奏请令其纳米者。今乞申敕所司，查其现在曾经保勘起送者，填写度牒，遣官赍赴巡视。巡抚淮扬都御史林聪处定与地方每度一人，令其纳米十石；其未有勘结者，许赴都御史处告投纳完，俱与度牒；一、在京大小文官并武官都督以上俸禄，除折色月支食米外，其余该支南京本色俸米，通借一月或二月，行令管理粮储右副都御史周瑄、户部侍郎陈翌会计明白，差人运送林聪处，听其分拨赈济；一、淮、扬二处船料，旧俱收钞解京。今宜暂将在京一应俸给、赏赐钞贯，量加撙节，船料定例，改收米粮，以苏穷困。”上皆允之，且敕周瑄、陈翌分理二京文武俸米，仍敕漕运总督杨茂，将今岁支运米，拨与林聪十万石，以资赈济。
三月己酉，南京给事中王让言：“南京皇城守备卫卒，多老弱之人，器械俱朽钝之物，又于承天门前东西垣下锄为菜畦，沃为粪壤。都督等官，多不乘马，私役京操军士，肩舆出入，呵从实繁，将骄卒惰，非所以防未然而威不轨也。”上览奏，谓兵部臣曰：“南京，祖宗根本重地，法度废弛，一至于此。尔等其移文内外守备官，令简卫兵，修戎器，以振扬威武。禁中之地，敢有锄垦污秽者，重罪之。武职衰病不便鞍马者，令退任闲住。”辛亥，复南京官吏户口食盐之半，其数毋逾十五口。先是，以两淮运司盐课多缺，暂将南京官吏户口食盐停止。至是守备太监王敏等言，京师盐价踊贵，请复其旧，户部请折半与之，故有是命。壬戌，南京守备成国公朱仪等以江南、北被灾饥民流移，欲暂以南京两法司罪囚纳米赎罪及两法司应天府赃罚银货暂免解京，查送南京户部，委官收买米麦，以备赈济。从之。癸亥，礼部尚书姚夔奏：“南京参赞机务、兵部尚书李宾等，奉敕赈济南京流民，众议欲令浙江、福建、江西三布政司并南直隶府、州、县儒学廪增生员，及南京文武官员、军人等子弟，纳米送南监读书。窃惟国子监乃育才之地，朝廷资以致治者也。近因各处起送四十岁并纳草、纳马生员，动以万计，已不胜其滥。又行此令，将使天下以货为贤，士风日趋于弊陋矣！尚何望其有资于治理哉？宜别为处置。”上曰：“祖宗设太学，以教育贤才，非由科贡者不得滥进。今宾等建议欲令官民子弟出钱谷以赈饥民，补太学生，古无此比。且天下财赋所出，其途孔多，学校岂出钱谷之所哉。礼部议是，其勿许。”命礼部给度牒鬻僧以赈饥民，巡抚淮扬都御史林聪处一万，每名纳米十一石；南京礼部五千，每名纳米十五石。其各处僧现在京师者，每名纳银五两，从监察御史焦显、给事中侯祥、南京守备官议请也。
闰三月癸酉，总督南京粮储，右副都御史周瑄言：“南京军民饥馑，兼以四方未甯，恐有奸人乘机窃发。乞敕南京守备内外官操练马军，固守城池。其操江战船，宜令工部作急修理，不可因循误事。”又言：“淮安等府今岁饥荒特甚，乞敕该部计议，发淮安府常盈仓粮二十万石，赈挤淮安所属州县；发徐州水次仓粮二十万石，赈济本州属县。仍乞敕巡抚都御史林聪斟酌，各府州县饥民，下户许报五六口，上户不得过十余口，每口给粮一石，以苏其困。”又言：“应天居民，百倍他处，预备仓粮数少。乞不为常例，移文江西、浙江并南直隶儒学，廪膳生能备米一百石，增广生一百五十石，运赴缺粮处上纳者，许充南京国子监生。民人纳米一百石者，于本处司府州县充吏，三考赴京就与官带。南京各衙门三考役满吏，于应天府纳米五十石者，就于南京吏部给与冠带办事。”上以所言皆救荒防患之务，悉从之。丁丑，巡视淮扬等处民瘼、右佥都御史吴琛奏：“赈济饥民用过银五万七千五百五十九两有奇，金六两有奇，铜钱四十一万六千文，钞二百一十万七千贯，米麦三十二万二千五百石有奇。”丁亥，都察院右佥都御史吴琛，以罪下狱。琛奉敕巡视淮扬民瘼，不能禁革奸弊，且擅作威福，军民饿死道路，嗟怨流闻京师。上命都御史林聪代琛还，六科十三道交章劾其僭用导从，动众劳民，受赂妄荐属官，事多违法。遂下刑部鞫治，拟罪当赎徒，并请逮治所荐人知府杨昶、驿丞吴彝，及纵令作弊知州王显等。奏上，上以琛罪情既当，准拟。昶等，俱置之。丙申，发松江府粮十万石赈济淮、徐等处饥民，从巡抚都御史林聪请。庚子，命以南京文职五品以上、武职二品以上官四月六月俸米，运赴淮扬等处赈济，从都御史周瑄请也。
四月辛酉，调都察院右佥都御史吴琛于南京，以奉命巡视淮扬民瘼，为六科十三道所劾也。庚午，南京都察院右佥都御史高明言：“成化二年三月内有上元县民匠高名，同妻庞氏，将邻家十岁幼女缢死，烹而食之，实由饥死所逼。守备官虽尝奏请，将法司赃银籴粮赈济，然四方米贵，城中又无蓄积之家，虽有银两，艰于籴买。请发军储仓粮数万石借与贫民，候秋成之时，取米还官。”上命户部定议以闻。
五月辛卯，移南京大胜关廨宇于内地，以关旧滨江口，屡为风浪冲激故也。
八月丁巳，诛高邮卫指挥毕英。英手刃伤其父，因焚毁居室，被甲执刃，驰突出城，多斫伤人，已而被获。巡抚都御史林聪奏英恶逆，械赴高邮，依律处决示众。庚申，以苏州等府地方灾伤，召还清军御史。
九月丙子，户都会官议南京管粮都御史及漕运总兵等官所言事宜。一、各仓收粮旧例，一尖一平。但南京地卑湿，米易泡烂亏折，守支官攒往往因之得罪。原其所自，盖因收受耗米多寡不同。旧例收粮尖斛，约有五升，平斛三升，以备折耗。其后收受之际，抬斛军斗，有钱者则斛面减少，否则加增。今后每米一石，尖平通算，耗米八升，俱令平斛收受，纳户亲自行概；一、南京各仓并象、马草房，设立冷铺，差拨军余看守，遇有疏失，一律问罪。缘军余无有月粮，昼夜在官，艰苦多端，衣食不给，以致多逃。今后余丁半年一换，每月支口粮三斗；一、应天、横海、龙虎、沈阳右四卫仓廒，各有四五十间，前此修理，止令军夫自行办料。军夫虽有九十余名，中多老幼残疾，不能措办，仓廒损坏。今后修理仓廒，除沈阳右卫，止收本卫岁支粮米，照旧自行修理，其应天等三卫，于龙江、瓦屑二坝抽分竹木局支领应用；一、南京各卫仓场，相去或远或近，巡视官不能用遍，往往被入偷盗。旧例巡捕官军捉获贼犯，呈送总督粮储官处审实，通将监收官员并官斗人等，拿送法司究问。近各卫巡捕官军，辄将所捕获者于私家拷打，诓骗官斗、纳户财物，送与者私自疏放，不与者竟送别衙门问理。以此事体隔越，粮储难于查考。今后获贼犯，如旧例送总督粮储官处审实究问，不许别衙门干预。巡捕官军敢有仍前擅行拷打，私自诓骗者，照常例发落；一、南京三法司衙门俱在太平门外，其收粮仓廒，并在鍾山坡下，去其衙门颇远，仓廒年久倾斜，不堪收贮。况三仓共连一处，地方窄狭，无地安囤筛晾。看得法司衙门东西及后俱有空地，堪以盖造仓廒。将三法司板仓，各拆移本衙门修盖；一、南京各卫差拨运粮并驾使马快船只官军，例应支与行粮。今各卫委官不候户部坐放，先将官军行粮减价预卖，得银费用，其后买粮之人，通用委官人等，冒名赴仓关领，以致军士往来缺食，逃故者多。今后关支官军行粮，务差公正廉干官员，带领官军赴仓关领，不许通同私卖。违者听巡视仓场监察御史等官拿问。议上，俱从之。
十二月甲寅，有吕铭等八人投托势要，奏欲运米赴辽东中纳。成化二年，两淮运司存积盐五万五千引，有旨自中出，允之。旧例，中盐户部定例，出榜召商，方许中纳，无径奏得允者。时马昂为户部尚书，不能执正，盐法之坏自此始。丁巳，巡抚淮扬右副都御史滕昭奏：“淮安属县被灾，粮米无从措纳，乞代以黄、黑豆。”户部复奏，从之。
三年正月庚寅，升苏州府知府邢宥为浙江布政司左参政，仍掌府事。宥治苏州，公廉有为，以儒饰吏，豪横敛迹，民甚安之。巡抚都御史宋杰及其所属，累奏荐于朝，遂有是命。
三月癸未，巡抚淮扬等处右副都御史滕昭奏：“仪真至瓜州二处，盐徒出没，私盐盛行，及南京卫所并武进等县军民大户，常造千料遮洋大船，或卖与盐徒，或自行装载，率领人众，摆列军器，张挂黄旗，密通店主、牙行，窝藏发卖。甚至劫掠官军船只，杀伤人命。请备圣旨榜文禁约，若不悛改，盐徒并知情店主、牙行正犯处斩，家属发边充军。”上命都察院请给圣旨榜文，晓谕戒约，如昭所言。庚寅，命南京操江遂安伯陈韶、扬州都督佥事董良，各督所属，巡视缘江一带，擒捕盐徒、盐贼。韶自镇江、仪真至九江，良自常州孟渎河至通、泰州。
四月丁酉，南京守臣奏：“太平门外地名小团山，坍塌一处，逼近孝陵，宜加修筑。”从之。庚子，修南京端门、承天门损坏梁柱。
六月庚子，命苏州府丈量客船收钞。每船一百料，收钞一十五贯，钱钞中半兼收，以光禄寺缺钞供应故也。癸卯，命成山伯王琮往南京总操江。
七月戊辰，总督漕运右副都御史滕昭言：“仪真、瓜州、孟渎河诸处河港，乃贡赋必由之道。旧因浅滞，命傍近扬州、镇江、常州诸府卫兴工疏浚。自后著令三年一浚。然所司怠玩，浚不以时，直至穷冬，召众兴役，则手足皲瘃，虽浚无实，徒为劳耳。请自后每于冬初即为兴工。”从之。丙子，南京户部主事刘怀经监放南京留守左卫仓粮，锦衣卫委官千户喻瓛者，因私嘱不行构怨。寻有本卫百户陈琏，唐突仓门，为守者所执，怀经欲治其罪。瓛因令琏纠其侄及军士百余人，拥众直入仓，怀经走避。琏等候其出，毁其衣冠而痛殴之，驱至锦衣两指挥家，跪之门外，不见省。又至成国公朱仪处，仪亦不面折，但令送怀经收监。怀经诉本部以闻。命给事中左贤、御史贾俊、郎中何乔新往核实，仍命官会问。议瓛、琏及怀经俱赎杖还职，且请究仪罪。上宥仪，余准拟。时瓛、琏情重法轻，怀经被其箠辱，乃亦与同罪，而不得少伸，舆论不平，莫不以失刑为朝廷惜云。壬午，谪遂安伯陈韶辽东边卫立功。韶奉命南京操江兼巡捕盐徒，至仪真时，有发盐徒事者，韶因而询访，得其同党六十人，俱纳赂而纵之。后盐徒又恐事露，具首。巡抚都御史滕昭以闻，械韶至京，命官会鞫得实，故谪之。
八月己亥，监察御史刘敬等，以雷震南京午门之异，实因人事不修所致，劾奏成国公朱仪，南京兵部尚书李宾，才识凡庸，不称守备、参赞之任。上命姑举堪代朱仪、李宾者以闻。丙午，擢掌苏州府事、浙江布政司左参政邢宥为都察院左佥都御史、巡抚苏松诸处并总理粮储。辛亥，命成国公朱仪仍旧守备南京，泰宁侯陈泾协同守备。
九月癸酉，户都会六部等衙门官，议漕运总兵及各处巡抚等官所言事宜条奏：一、兑运成化三年秋粮三百二十六万石，淮安、徐州、临清、德州仓支粮七十四万石，如有灾伤停免，就令漕运官于淮安等仓照数支运；一、兑运粮米，正粮每石两尖加耗，平斛其加耗则例：江南直隶五斗五升，江北四斗五升，徐州四斗；一、官军攒运，如遇风水坏船，百里内府、州、县正官，百里外所在官司视验，申漕运官依例处分；一、运粮官军行粮，江南直隶卫、所并南京各卫，俱于本处支米三石；江北等卫、所并仪真、扬州等卫，俱于淮安仓支米、麦二石八斗；高邮、淮安、大河、邳州、徐州、徐州左六卫，俱于徐州仓支米、麦二石六斗；遮洋船并南京水军左等八卫于南京各卫仓，大河等五卫于淮安常盈仓，俱支米二石四斗；一、南京有无籍之徒，名为跟子，遇各处起解粮草布绢到京，先于舣舟处迎引赴官，每米一百石，草一千包，索收歇家银一钱。其歇家亦百端遮说取利。事败，法司罪如常例，人无所惩。请令南京法司，如有犯此徒罪以上者，枷号三月，谪戍边方；一、南京各卫应纳屯田子粒，已有定制。近多拖久不完者，盖征收之数少，管屯之官多，各假公营私，屯军应差，不能存业。请自今有屯卫所，但选老成廉干各一人总理，征粮之时，不许差人及诣搅扰。各卫仍照红牌例，无得擅科差。违者，听巡仓御史举劾；一、南京英武、飞熊、广武卫，初拨江北下屯，该纳原额子粒一万四千三百六十九石三斗有奇，除起运外，存留者俱各卫收。然既无监收之官，又无收贮之仓，故每月虽有俸粮文册，而无扣支之数。宜令本卫量修仓廒，付经历收支，岁遣主事一人监督；一、南京翰林院官吏及翰林院官员，该支南京三分、四分本色俸粮九百六十余石，每岁俱于礼部关支不便。请以本院空地修理仓廒，每年会计粮数定拨收支，庶事体归一。上皆准议行之。乙酉，南京济川卫署都指挥佥事杨榘言三事：一、造战船以御折冲。谓巡江之备，必须造多桨船，有风则众帆齐举，无风则众桨并发，旁立遮洋，中有敌台，暗设伏兵于内，而使外人不能窥伺。谨具图式进呈。乞敕廷臣议行南京守备内外大臣并工部等官，如法成造五七十艘，给与巡盐官军领驾。如此则遇警可以以团集杀贼，无事可以沿江操习矣；一、制利器以振威武。扬子大江，盐徒纵横出没，非得犀利兵器不足以御之。今南京内府兵杖局收贮飞枪，硝铳，实皆破贼之神器，一不如法，鲜不误事。乞敕守备等官辨验，堪否应用，仍置八头担竿等件，给与操江官军领用，如此则盐徒知警，而贼风日息矣；一、选精锐以备策用。南京操江官军仅有万余人，分为二班，昼操夜守，其间逃亡、老弱者多。今欲往来擒捕，必得精锐士卒。请于江淮、济川等卫，拣选平昔久便行船，诸晓风波，梢、水、旗甲、军余人等，兼同官军驾使巡捕，仍于各卫选拨官员钤束，如此则功必易成，而事无废弛矣。”上命兵部行南京守备内外官斟酌所言事理，行之。
十月丙申，命南京工部修孝陵殿及懿文太子灵殿。癸丑，申明禁盐事例。时私盐类多越境货卖，官盐不通，而盐法遂为所坏。两淮运盐监察御史左钰奏：“今后夹带兴贩官私引盐越境者，经该官司擒拿，追问买食者，依律问断。盐至二千斤者，问发充军，民终本身；军舍余丁腹里者，发边卫，沿海者发辽东铁岭卫。庶几奸弊革而盐法通。”从之。辛酉，南京司礼监内官家人阮权，盗南京太庙神御珠冠、金盆等物，事觉伏诛。
十一月癸亥朔，命南京操江、成山伯王琮自仪真至九江巡捕盐徒盗贼。戊辰，增设直隶江阴县县丞一员，于本县马驮沙分理县事。辛未，移直隶武进县小河巡检司于孟渎河口。
四年正月戊寅，应天府府尹毕亨奏，南京原差内外官于江浦等县督采修造红土，扰民不便。上命俱取回京，今后只令本处有司陆续采办。
二月壬辰朔，以水旱免直隶高邮州成化三年秋粮六万五百七十九石有奇，马草九万五百余包。戊申，敕南京右佥都御史高明，仍同太监王允中清理两淮等处盐法。
三月戊寅，免应天府旱灾无征田粮子粒、马草有差。癸未，免直隶淮安府一州三县、邳州、高邮二卫灾伤无征秋粮子粒共二万七千六百五十余石。
四月庚子，免南京鹰扬等十一卫无征子粒一万四千五百五十四石有奇，以去年夏秋旱灾也。
五月丙寅，命南京守备太监安宁、成国公朱仪、尚书李宾会同三法司审录狱囚，因时南京久不雨，应天府府尹毕亨以缓刑弛力为言，故有是命。庚午，先是，四月十七日夜，南京都察院重囚反狱者六十四人，至是闻。都御史林聪请逮署院事、御史赵琏及提监巡风御史王相、张鸾等治罪，复请移文南京守备等官，督捕反狱者。诏可。癸未，免南京和阳、金吾、府军、天策等卫无收屯粮一万三千石有奇。乙酉，南京都察院右佥都御史高明奏：“罪囚六十二人，皆下海贩盐，强劫拒捕，并巡逻受赇，私造军器为贼囊橐者，内当死者十四人，充边军者四十人，余八人法当立功守瞭，而情罪深重，并以上请。”诏皆从所拟，八人者亦发充边卫军。
六月乙未，修茸南京历代帝王等庙。
七月庚辰，召太监王允中、南京右佥都御史高明各还京。允中、明被命清理盐法利弊，颇见兴革。至是以岁旱河梗，商盐积滞，居民灶户多疫死者，奏言宜加存恤，不宜用法逼迫，间致激变。且乞令己还京。上曰：“两淮盐法既清理有渐，可俱令还京。”
八月丙申，南京守备成国公朱仪等言：“南京今岁亢旱无收，来春米值必至腾贵。乞令南京各卫官军于来年春季，俟浙江等布政司、直隶苏、松等府运粮至日，免其脚价、晒费，就于水次，兑支正粮三月，所省耗米，令俱送纳应天府预备仓，待青黄不接之时，平值粜卖，以苏民困。所卖钱银，仍候秋成，来米上仓。”事下户部，以为宜行南京户部会同仪等详加斟酌，果于军民有益，即听施行。从之。辛亥，南京监察御史王相以囚人反狱，械至京，准赎杖还职。
十月辛卯，增设两淮都转运盐使司副使一员，判官二员。
十一月辛未，南京吏科给事中王让言：“南京户部收粮委官，罔恤民困，专务剥削。每于收受之外，又行加罚，甚至纵容官斗，肆害百端。民困于下，怨归于上，召灾致祸，未必不由于此。乞敕都察院转以总督粮储都御史严加禁革，具实奏闻区处。年年春夏，南京处决重囚甚众，甚非法天用刑之意。乞敕刑部等衙门，凡遇该决重囚，除谋逆不拘外，其余务俟秋后会审处决。”诏下其言于其司。己卯，兵部复奏：“南京给事中朱清、监察御史杨智等言守备成国公朱仪，参赞机务、兵部尚书李宾事，乞罢免二人，以弭灾异。”上以朱仪、李宾，皆廉谨可用，但令移文使之尽心训练兵马，整理机务，毋仍因循怠慢。
五年正月癸酉，南京守备成国公朱仪等奏：“南京英武等卫屯田，旱灾无收，其地与凤阳府相连，今风阳府饥民皆获赈济，军民同体，亦乞给粮拯救。”从之。甲戌，命署都指挥佥事都胜镇守仪真，并提督扬州、通、泰等处军马。时兵部因锦衣卫指挥佥事冯珤言，沿江上下诸郡，宜置武官镇守。行令南京守备内外官安宁等，举可任者。宁等言，沿江巡视各有官守，惟仪真控临长江，为四方商旅之会，寇盗出没之区，宜得人往镇守。时胜方总南京诸卫漕运，佥谓胜廉介有守，都御史滕昭尝举镇其地，用胜为宜。议上，从之。
二月乙未，升南京户部左侍郎陈翌为本部尚书。庚辰，修理南京承天门。
三月甲辰，升南京总督粮储、都察院右都御史周瑄为刑部尚书。命南京户部尚书陈翌代瑄总督粮储，仍理部事。戊申，改立南京上新河钞关于河北岸，以旧关近江，泊舟风浪不便故也。
六月乙丑，南京右佥都御史高明言：“迩者，盐徒王胡子、艾英就擒，实镇江卫正千户李隆、小旗董恩之功，宜量加升用，以为将来之劝。”命各升一级。己巳，南京锦衣卫百户袁宁奏：“南京近多贼盗，守备等官别有职务，乞命大臣一员，专理其事。”下刑部议：“弭盗安民，守备等官先务也，乞移文谕之。仍选巡视御史一员，严督五城兵马司并锦衣卫军校缉捕，一如旧例。或守备官别有长策，自当议行。”从之。
七月丙戌，诏常州府应纳南京各卫仓夏税，改征银价，以水灾从巡按都御史邢宥请也。丁未，总督南京粮储、南京户部尚书陈翌奏：“初，南京工部奏准，法司所问囚人当纳米赎罪者，改纳灰瓦等料，以佐修理之用。今修理渐省，而仓廪已虚，欲令囚人杖以下纳料，徒以上仍旧纳米。”刑部尚书陆瑜请行南京户、工二部会法司议行之。诏可。
九月癸未，刑部郎中陈俨审录南直隶狱囚，出死罪之有冤者十人，皆为辩明，具狱上请。从之。
六年二月丙子，南京河南道监察御史吴禋奏：“南京两法司处决重囚，或一次止决一人，或二三人，俱要原委决囚御史、主事并锦衣卫官三员同赴京复命，水陆应付，民力艰难。乞将该决重囚，仍旧会官处决，止令御史一员复命，或具疏以闻，庶免下人劳扰。”上以处决囚人数少，只具奏闻，如十人以上仍如旧例行。
三月甲申，六科给事中潘荣等因灾陈言，请免南京造马槽送京，及灾伤之处成化五年分年例买办、采办，以纾民力；以银折内外官俸而存其米，以备赈济。壬寅，免直隶苏、松、常、镇四府、苏州、太仓、镇江三卫去年秋粮二十四万八千余石。以水旱灾伤也。
四月甲子，重修南京十庙完。守备太监安宁、成国公朱仪等请令词臣撰文刻石，以纪其事。上命吏部尚书兼文渊阁大学士彭时记之。丙寅，以水灾，免直隶溧阳、溧水、句容、六合、江浦等县税粮共三万六千四百余石。
五月乙巳，户部奏：“先因湖广乏粮，以仪真见收余盐五万引，运往赈济，然水陆远险，为费甚广。以如南京御史所言变价淮盐例，令原委官将未运之数，会巡盐御史变易价银，赍送荆、襄巡抚都御史杨璿，籴粮赈济。”从之。
九月己卯，命都察院右副都御史滕昭巡抚苏、松等处，总理粮储。戊子，改兵部尚书兼大理寺卿程信为南京兵部尚书，参赞机务，兼职如故。
十月戊午，南京守备、成国公朱仪奏：“江水泛溢，冲塌上新河口岸，河口坍入三十五丈，两岸军民房室灾者四十八间。”事下工部复奏，移文南京工部会守备等官勘议。
十一月壬辰，免南京大胜关及江东巡检司冬春二季所料钞之半，以河水淤浅，商船难行故也。己亥，应天府江浦县民居火，焚军民营房二百六十九家，飞火及江淮卫，马船焚十二只。刑部请逮管船指挥等官罪之。诏可。
七年正月甲申，总督漕运兼巡抚淮扬等处右副都御史陈濂奏，运河一带，济宁居中。而南北分流，久不疏浚，蓄水不多。况两京往来，向外官多不恤计，不候各闸积水满板，辄欲开放，以便己私，而南京进贡内臣尤甚。以此走泄水利，阻滞粮运。今欲会同山东巡抚、守臣计工挑浚，且请旨禁约。事下工部复，从之。
二月壬子，复设苏州府钞关，以户部奏京库岁用钞不足故也。戊辰，改注南京都察院右金都御史张鹏于都察院总督漕运兼巡抚淮扬等处。
三月丙子，南京守备、成国公朱仪请修理南京武学，欲用往年造常平仓所余木植，并各厂未支物料。事下工部，以为宜行南京工部核实，乃可如请。从之。乙卯，设应天府常平仓官，并除本仓粮湿腐亏折之数，仍计每石所亏，以为后例。先是，南京兵部尚书李宾奏，于应天府置仓贮米，而未设官。至是，户部因应天府民告所贮米湿腐，多有亏折，请为除豁，因请设官监守。从之。丁卯，礼部奏，南京江东门外江水泛溢，崩颓北岸，损坏民居。
五月丙子，增设两淮天赐场盐课司，置大使、副使各一员。时巡抚淮扬等处御史陈濂等奏：“天赐沟有古灶迹三处，地广水咸，宜设场煎盐。”故有是命。
八月戊午，免两淮富安等二十三场盐课司折盐秋夏税二万八千二百五十二石有奇，草四万四千五十六包有奇，计折小引盐六万五千三百九十五引有奇，以去年夏秋水旱故也。
九月乙酉，淮安府掌府事、参政杨昶，听漕运总兵杨茂、参将杨佑嘱，以造船木价银付民人傅诚买木，剩银千三百余两，有发其事者。法司请并逮诣狱，上从之。惟茂、佑令具实回奏。茂、佑抵讳，亦竟宥之，昶等皆赎徒还职。戊于，命南京协同守备泰宁侯陈泾佩漕运印，充总兵官，总督漕运，镇守淮安等处。
闰九月癸卯，免淮安、扬州二府所属州县官明年朝觐，以地方被灾也。丙午，吏部尚书崔恭起复至京，改南京吏部尚书。辛亥，开设直隶常州府靖江县。时巡抚都御史滕昭言，常州府江阴县马驮东、西二沙，地在扬子江心。以里计广逾三十，袤凡七十有余，其间旧有里分五十图。去江阴县治往回江面七十余里，风涛不测，乞于本沙旧土城内，开设县治，名靖江县，并立儒学，以训生徒。会官复奏，如所言。从之。
十一月丙午，免徐州萧、沛、砀山、丰诸县夏税麦、丝。
十二月辛未，蠲应天府浦子口官房税三分之一。洪武间，浦子口盖官房九十四间及水磨二所，油榨、酿具二副，军民就居，岁纳钞六千七百一十余贯。至是，房多被江水冲塌，地基荒弃，现存住者惟纳钞二千五十二贯，其余皆负累里甲包陪。南京户部尚书陈翌请以其地基七亩二分，召民佃耕，余蠲其税，遂有是命。甲午，以应天府尹毕亨为都察院右副都御史，巡抚南直隶并总理粮储。乙未，巡抚淮扬左佥都御史张鹏奏：“淮、扬近岁水旱荐臻，人民缺食，而各仓所储有限。今两淮所属富安等场，自成化三年至五年，现存粮草折盐，并仪真批验所续收私余、没官等盐共十一万五十引，请令委官变易时价，籴粮上仓，庶几赈济有备。”户部奏，各边粮少，先巳建议以此变时价解部，送边支给，今仍令摘拨五万引解部，余皆从其所言。上是之。
八年正月辛亥，给淮、扬二府浚河人夫口粮，日米一升，麦一升五合，俱于本府官仓及常盈仓开支。从管河郎中郭异请也。庚申，升顺天府尹彭信为应天府尹。
二月戊辰朔，以刑科都给事中白昂为应天府丞。丙戌，敕南京右副都御史罗篪督操江官军，巡视江道，起九江，迄镇江、苏、松等处。凡盐徒之为患者，令会操江王琮等捕之。所有误事者，俱听随宜处治。
三月庚申，南京三法司与锦衣卫奏，会审囚犯，有问拟斩罪者六人，皆情可矜疑。命免死谪戍。以星变修省故也。甲子，南京刑科给事中俞俊言三事：一、乞敕南京守备官选都指挥一人于安庆、九江往来提督巡江。安庆军士备操南京者，官遣回本卫操守，仍令守备。仪真署都指挥都胜，兼督扬州；一、乞淮安清江浦常盈仓增筑城堡，以防不测；一、乞禁漕运官员借贷权贵银物，因为结纳，逼勒陪偿，致耗粮米，及交兑受赂，卖于军役，私代物货，及收粮官多加羡米，堆晒官地，索取佃钱诸弊。而支运余米，宜量加以备折耗。其参将袁佑力小任重，宜行罢黜，别选能者代之。事下兵部、户部复议，以为南畿兵务，宜如所拟；淮安城堡，方值灾荒，未宜重扰，宜下府州县增筑仓墙，置立更铺，仍敕淮安等卫，量拨军余与仓夫火甲，分番巡守。漕运诸弊，宜申明禁约，惟支运加耗，旧例所无，及参将进退，亦难轻议。议上。诏俱从之。
四月乙亥，命南京兵部右侍郎马显巡视淮、扬等处。
五月甲寅，巡按直隶监察御史聂友良奏：“直隶崇明、嘉定、上海、丹徒四县并金山守御千户所，去年水旱及海潮泛涨，核实如诏，蠲其秋粮十二万五千七百石有奇，马草六万四千四百包有奇，及赈济过饥民，以户计者四万八千五百，稻粮以石计者，三万二千二百。”
六月甲申，命以应天并直隶苏州等府成化八年存留税粮，支买花素缎二万匹，以内承运库供应不给故也。
七月丙申朔，南京监察御史吴槿劾奏巡抚南直隶右副都御史毕亨擅入南京内府，宜究其罪。刑部移文南京刑部先逮其从人鞫法。从之。
八月戊辰，革漕运理刑主事。以扬州府知府周源奏，岁旱民艰，官多政繁故也。辛卯，南京守备等官奏称：南京锦衣等卫，现在内府工作旗军，余丁共七千一百九十九人，欲依前敕令其复伍操练，而诸司造作未完，请旨处分。诏仍旧工作。
九月戊申，改常州府江阴县马驮沙巡检司隶靖江县。
十一月戊戌，命南京文武官员折俸布暂改折豆，自成化九年为始。从之。己酉，升南京太仆寺少卿鲁崇志为应天府尹。辛亥，户部奏：“扬州府白塔河巡检司为巡察私盐而设，旧隶两淮运司，后改属扬州府。府官以为盐非所职，运司以为官非所辖，而不经意，奸弊日生。今运司副使柴秀以为言，下本部行巡按御史吕鍾勘，以为宜属运司，令其严督稽考为便。”从之。
十二月癸酉，南京监察御史戴琥以灾异奏言：“一、国家粮饷，全倚江南漕运。今管河、管运各委一人，事多牵制，宜令一人兼理之；一、安民之本，惟在任人。近者以民之未安，由官之不才，欲行淘汰，既黜之于巡抚、巡按，复黜之于朝觐给由，法网愈密，遂使小吏身未之官，而已心怀去计，为奸日甚。是则名为安民，而实病民。乞如旧制，以三载、九载为准；一、江南漕运，军民交兑之处，虽有各官监催，原无统属。乞敕管运御史严立兑完起程、过坝日期。所司各委官一员，提督催攒，违者治罪；一、将者三军之司命，不可不择。请于勋臣内择其才力壮健者，量授以兵，仍以经事久者参之，使听节制；一、江淮南北，民多流亡，乞丐不足，必行攘盗。乞敕所司，招抚赈济；一、江北浦口之地，为南京藩篱；镇江、建阳二卫，实上下流门户。曩因征进麓川，各卫官军遂有贴操之例，今遵为故事，遂使各卫缺人。乞将贴操者放回操备；一、我朝遇施恩例，虽正赋亦尝减免，岁辨之类，无不蠲除。但岁辨者非征在官，则入里胥之手，而小民实无与也。小民所苦者，丁夫盐钞耳。夫丁夫役作有时，盐钞征收无极。今里胥不征钞而征银，用一取十，其弊多端，然不过用以折俸而已。乞将成化九年钞出于民者停征，折于官吏者停给。”诏下其奏于所司。