政学系的许多要人，在抗战之前还不是国民党员，如吴鼎昌、张公权、翁文灏等都是抗战中期才加入国民党的，但在政治上却占重要地位，得到蒋的亲信，因此引起国民党内部的不满，不断发生磨擦。甚至有许多党棍，屡次提出“政学系篡党”的说法出来，并利用政学系包办对日交涉（屈服投降），把亲日妥协的责任统统加到政学系头上去。但无论怎样叫嚣，蒋介石对政学系的信任、倚重并不改变，政学系的势力没有缩小而且相当扩大。政学系与蓝衣社的磨擦较少，因蓝衣社的势力行政方面的发展还小，没有较大的利害冲突，只是在下面宣传政学系对外屈服妥协的责任，目的是为了减轻蒋的责任、提高蒋的威信，至于蓝衣社的上层份子则大家都明白，政学系是为蒋办事的，一切都是蒋的主张。宋孔与政学系则因财权的争夺，矛盾较多，容下面再述。与政学系矛盾最烈的为CC，因CC的喽多，单在党务方面活动，油水不多，要向行政方面发展，于是就易于短兵相接，时常发生为了争夺位置而互相倾轧，互相攻讦的纠纷。下面举一个例子：
民国二十二三年江苏省政府改组，陈果夫代顾祝同为主席，省府委员及各厅处长名单拟定后电告南昌蒋介石，请求批准（形式上只要行政院通过即任命，实际上则要蒋介石决定了，再在行政院会议办一手续，然后由行政院呈请国府任命），两次去电均不答覆，陈果夫知道其中必有缘故，就去一电呈，说：“如有更适当胜任者，请钧座直接指定。”蒋介石回电了，对周佛海连任教育厅长，赵棣华任财政厅长，叶秀峰任建设厅长，项致庄任保安处长均同意，原定的民政厅长程天放改为秘书长，民政厅长则要陈果夫在辜仁发、唐肯两人之间择一提请任命。唐、辜两人都是“剿匪省分”的行政督察专员，陈果夫知道是杨永泰捣鬼，一打听，知道唐肯是江苏人，老练圆滑，不易应付，辜仁发是山西人，比较戆拙，于是决定选择辜仁发，提请任命为江苏省民政厅长，江苏省政府改组成功了。政学系虽得了一个民政厅长，但委员中绝大多数为CC，凡是辜仁发提出案子，省府会议均不予通过。而陈果夫要民政厅办的事情，辜仁发也置之不理，这样僵持了几个月，便宜了一些本来应该换掉的县长、公安局长，他们虽失去靠山，准备下台，却多做了几个月，多刮一些地皮。最后陈果夫打听到辜仁发在山西原籍有一个老婆，又在外面娶了一个，就派他的喽到山西去把辜仁发的元配嗾着南下，与辜仁发吵闹，辜仁发最初以为乡下女人来了，给她几个钱，就可以打发回去的，不料背后有人操纵，除向法院控告辜仁发重婚罪外，还在南京大发传单，把辜仁发骂得一钱不值。这件事闹得很大，CC又动员各地有关的报纸加以渲染，弄得辜仁发不能下台，只好丢掉民政厅长不做。在这一纠纷中，CC打了一个胜仗，但程天放却因没有做到民政厅长（陈果夫虽同时推荐程天放与余井塘两人继任民政厅长，但他却当面向汪精卫声明，要程天放做秘书长，故行政院会议通过了余井塘继任），一怒而离开陈果夫，后来竟倾向到政学系一面，靠政学系之力做了一任驻德大使。