康熙三十八年二月初三日癸卯，上南巡阅视河工，是日启行。辛酉，御舟泊张八腊口，尚书马齐、侍郎于成龙、常绶等勘视河工回奏：臣等查勘桑额所奏邵伯镇南金湾、小海场、鲍家庄等处挑浚引河，建造草坝俱无益，应毋庸议。惟虾须沙沟及兴文闸、草堰等处应酌量挑浚。部议从之。丁卯，御舟泊流潦涧。戊辰，上阅视黄河以南高家堰、归仁堤等工，回至清（江）口。
三月，原任左都御史郭琇迎驾于德州。庚午，上奉皇太后舟渡何。壬申，驻跸准安府。丙子，驻跸扬州府。癸未，至苏州府。辛卯，至杭州府。戊戌，上回銮，论大学士阿兰泰等曰：原任左都御史郭琇前为吴江令，居官甚善，百姓至今感颂。其人有胆量，无朋比，可授为湖广总督，令驰驿赴任。琇既至，以黄州、武昌二府属兵米二万七千有奇，运给荆州、郧阳诸汛，地隔千余里，岁费挽输不赀，疏请改为折色。江夏等十三县有故明藩产，田瘠赋重，数倍民粮，复请照民粮一例起征。江夏、嘉鱼、汉阳三县濒江地亩，积岁水啮土移，有赋无田，并请豁免地租三百余顷。得曾允行。
六月，户部左侍郎田雯、右侍郎卢伯赫疏言：收买废钱，奸商射利，多买红铜小钱，交炉搀铸多耗，请停止收买，令民间家有废钱，自行销毁，违者治罪。 从之。上以于成龙所绘河图示大学士等曰：今四海太平，最重者治河一事，朕前巡视，知水之不治，由洪泽湖水势甚大，既不能泄，又加黄河、运河两水合并，势愈浩瀚，以致泛滥。昔时原有归仁堤，遥为捍御，此法最善，今已淹没不可考。靳辅则筑减水坝，名为减水，而四处奔泻，漂决甚多，彼但顾上河而不顾下河，水何以治？朕意惟有导河稍北，使彼不得侵入清水，而疏泄洪泽湖使之下流，全用清水，以刷沙淤，如此则水自无不治矣。今岁南巡，见黄河逼近清口，黄水倒灌，以致淤垫，洪泽湖水不出自高家堰减水坝，流入高、宝诸湖、自高、宝诸湖流入运河，以致下河田地尽被淹没，朕深为轮念。又曰：斩辅、黄安国、于成龙但知筑堤御水，至于改河身使北，俾清水流通，并未言及。若不令清水流通，虽修筑堤岸，黄水终至倒灌，焉能御之？
八月，两江总督陶岱疏言：圣主南巡省视，惟恐民贫艰食，截留漕米十万石，照时价减粜之，贮十万石备缓急。前因淮、扬等处米贵，请将留贮米动用四万石，照前减粜，荷蒙俞允。今淮、扬等处小民仍艰粒食，且督修河工人等群聚，需米甚多，请将所余米六万石，照前减价发粜。疏入，格于部议，特允所请行。
十月，谕吏部：比年京堂悬缺者多，翰林官甚众，升迁壅滞，尔等将现出京堂之缺及翰林官职名，一并开列。
十一月，御史鹿祜疏参顺天乡试正副考官修撰李蟠、编修姜宸英以宾兴之典为行私之地。奉上论：此科考试不公已极，且闻代倩之人亦复混入，着将举人齐集内廷覆试。寻覆试举人等去留有差。又奉上谕：顺天中式者童稚甚多，物议腾沸，着将李蟠等严加议处，鹿祜题参可嘉。
谕大学士等：于成龙奏称清江浦西界黄水高于淮水一尺，淮水高于运河之水七尺，运河水高于平地七尺，合而观之，淮水高于运河［西］堤外平地共一丈四尺。今惟以济口自河之下流注武家墩，由清江浦之北，另行改移，中间河身留**十丈空地，两旁坚筑石堤，俾清水畅达。此所当急议者。但如是改移，朕恐别有所碍，尔等确议具奏。寻遣侍郎常绶查勘，回奏云：于成龙等言遵旨改移清口，则清水自是易出，但水泛时两边堤（高）［岸］倘致冲决，保护为难。若将高家堰减水坝堵塞，加帮修筑，似有裨益。于成龙寻病故，令九卿科道等确议允行。
陕西道御史李先复疏言：科场之弊，与其既萌而严其罚，何如未发而绝其根。向例会试及顺天乡试内帘设满、汉御史各一员，不预衡文之事，专察场中情弊，嗣经停止，后科场往往滋弊，应复设以杜弊端。下九卿议，从之。
康熙三十九年二月，吏部议覆湖广督郭琇疏言：臣生父郭景昌即墨县学庠生，郭尔标并无妻室，何有子嗣，伊投充黄宗昌家为奴，合邑皆知。臣伯父郭尔印无子，以臣承嗣，于康熙十五年正月病故，有丁艰呈词可查，不知佛伦何所闻见，而诬臣欺君，冒认祖父，滥膺封典，拟以革职追夺诰命，部臣不俟行查，遂立时追缴，伏乞饬问。寻据大学士佛伦供认，舛错是实，应将诰命给还，佛伦事在赦前，应免议。从之。
四月，吏部等衙门会议各省举人，吏部于每年四月十五日考试，以知县用，并无去取，亦无分职衔大小之处，考试无益，应行停止，俱照中式年分名次注册，挨次选用。从之。
六月，礼部题御史郑维孜奏冒籍举人令其自首，议准行。又贡监回籍考试，议不准行。上曰：此二事俱着依部议，主试惟在于得人耳，若谓贡监在京考试，必（至或）生情弊，岂令回籍即不生情弊乎？部议不准，深为得宜。给事中满晋条陈科场积弊，总督郭琇条陈学校弊端，并下九卿等详议。上以大臣子弟遇科场考试即中者多，诏另编立字号，不致妨孤寒进身之路。时九卿议上命录示巡抚李光地、彭鹏及总督张鹏翮、郭琇，谕曰：四臣皆持行清廉，李光地为学院时官声最好，令阅九卿等所议，果否得当，如何方能除去弊端，永远可守，各抒己见具奏。
寻李光地疏言：皇上垂念大臣官员子弟，夤绿幸进，恐妨贫寒之路，特谕另编字号，均数额收，仰见天地无私，不遗侧陋，询足永远遵守。至点名授卷后，即入号房，不许出号行走，及踰墙混乱，俱应如所议以塞弊端者也。臣又推广三条：一、势要勒收关节，许考官据实出首，即与优升，则不惟无所惧，而且有所劝，可慑营竞者之心。一、贡院墙垣卑矮，巡绰及瞭望守门军役，无一非受赂传递之人，若漫无防检，势必收受之卷，半属假伪，乞敕外帘监试，嗣后务精密严肃，尽绝弊窦。一、数科以来，乡会试场中用儒士八人，以充分卷扣数填名写榜之役，某卷入某房，既可暗行其奸，而考官声气不接者，亦皆此辈往来联络之，近经言官论春部覆未准，臣深知此辈积惯作弊，宜永行革逐，临期行文各衙门保送缮写书手应用。此三者科场之事，臣管见所及也。至于学校弊端，九卿议如督臣郭琇所奏严定处分矣，臣亦推广四条：一、学臣职司文教，遇点差之时，宜经御试择其议论有本者差遗。一、教官未选之前，宜令督抚会同学臣考验，若岁贡之年老目昏及捐纳人员之文理不顺者，均给衔休致，年未壮者，令至三十岁以外再行考验。其现任人员，亦按此会同澄汰。一、生员虽有切己之事，止许子弟家人代告，自贿卖者多，专以为护身之具，不读书无行义，保官告官，抗粮包粮，兴灭词状，武断乡曲，甚至窝盗藏奸，故贿卖生员之弊，不但孤寒为之不伸，而风俗因以潜坏也。今学臣纳贿处分已定严例，而生员恶习亦宜惩禁，乞敕礼部推广旧时卧碑，详明剀切，作为诫条，令学校师生恪谨遵守。一、迩来学臣率多苟且从事，致士子荒经蔑古，虽四书本经不能记忆成诵，仅读时文百十篇，剿亵雷同，侥幸终身，殊非国家作养成就之道。前岁旨下，学臣使童子入学兼用小学论一篇，其时幼稚见闻一新，就中顿明古义，此以正学诱人之明验也。然书不熟记，终非己得，宜令学臣于考校之日，有能熟诵经书小学讲解四书者，文理粗成，便与录取，如更能成诵三经以至五经者，更与补廪，以示鼓励，庶几人崇经学，稍助圣世文明之化。又童生既令熟习小学，以端幼志，生员及科场论题，专出孝经，每重复雷同，似当兼命性理、纲目，以励宏通之士。疏入，仍下九卿等，与张鹏翮、郭琇、彭鹏三疏参合定议，乡试另编官字号，以民卷九官卷一为额，论题以太极图说、通书、西铭正蒙，一并命题。
七月，上谕大学士等曰：闻博霁自江宁将军移任西安时，军民哭送，直至浦口，彼若不善，何能如此，诚可谓将军矣。上谕大学士等：前张鹏翮赴任时，朕即指（不）［示］以必毁拦黄坝，挑浚芒稻河、人字河。今张鹏翮毁去拦黄坝而清水遂出，浚通海口而河势亦稍减，观此则河工大可望也。时海口浚通，督臣张鹏翮奏请将拦黄坝改名大通口，建海神庙。从之。
八月，谕大学士九卿等：今科乡试，曾令宗室考试，宗室朕素加恩，何患无官，嗣后停其考试。又谕大学士等：朕观翰林官及庶吉士内有极贫者，衣服乘骑皆不能备，将此等查出作何施恩，有益供职，其丁忧告假回籍之翰林院庶吉士，有生计艰难无力至京者，着该督抚酌量资助，令其来京。又翰林官员专司文翰，更无他事，各省学道员缺，应与郎中并差，任满之日，仍各回衙门或掣签，或作何差遣之处，尔等会同翰林院议奏。寻议各省学政缺出，翰林官内自侍读、侍讲以下，开列职名，仰候钦点，及翰林官内贫者月给银三两具奏。上曰：翰林官等所学优长，朕固知之，但其为人尚未深悉，难以简择，此后学道缺出，除告假在籍日期不计外，较俸派用翰林贫者给银之处，着依议。
九月，论大学士等曰：给事中穆和伦条奏服用奢侈本章，尔等拟票申饬，朕意言官专任耳目之职，若因言而罪之，谁复敢言？又曰：今惟以大开言路为要务，况设立科道，专为求言，所言当则行之，不当但将原本发还，如此则内外臣僚，亦俱知儆戒矣。朕听政四十余年，言官有为人（言）而言者，有受贿陈奏者，有报私仇而颠倒是非者，此等条奏，朕无不知。至于服用奢侈，或丧祭时恐（有）［其］僭用，朕屡经传谕，（服用有制）族长（者）［着］不时查察，今日久渐弛，容或有之，亦当禁止，此本着不必申饬。御史刘珩疏言：直隶永平、真定等府田地，应令巡抚李光地视其近河处（示民）引水耕种。上谕大学士等曰：水田之利，朕所洞悉，己交李光地现令附近居民引水耕种，但不可太骤耳。今若竟定一例，诸处克期齐举，该部复行催查，则事必至难行矣。惟兴作之后，百姓知有益，自然鼓舞，今此处亦不必另开田地，惟如宁夏水田，开浚沟渠，潦则撒田水自渠出，旱则放渠水入田，灾荒无虞矣。策妄阿喇布坦处尽是水田，所以全无水旱。虽或一年谷米变蚊而飞，或谷熟时穗内忽然成血，此则彼处之大灾也。又盛京有一种蚂蚱名曰污虫，更甚于蝗虫，此处蝗虫，食苗后尚飞去，污虫必将田禾之穗连根及叶罄食无遗方止，此朕所亲见者。
十月，谕大学士等曰：臣下贤否，朕处深宫，何由得知，绿朕不时巡行，经历之地，必咨询百姓，以是知之。因此朕欲开风闻言事之例，科道官以风闻题参，即行察议，督抚贤者留之，不贤者去之，如此则贪暴敛述。嗣后各省督抚将军提镇以下，教官典史千把总以上，官吏贤否，若有关系民生者，许科道官以风闻入奏。倘怀私怨，互相（周）［朋］比，受嘱托者国法自在。着谕满、汉掌印与不掌印科道官员知之。
皇太后六秩圣寿，上恭进佛三尊，御制万寿无疆赋围屏一架，万寿如意太平花一枝，龟鹤遐龄花一对，珊瑚进贡一千四百四十分，自呜钟一架，寿山石群仙拱寿一堂，千秋洋镜一架，百花洋镜一架，东珠珊瑚金珀御风石等念珠一九，皮裘一九，羽缎一九，哆啰呢一九，哔叽缎一九，沉香一九，白檀一九，降香一九，云香一九，通天犀珍珠汉玉（珠珠）玛瑙雕漆官窑等古玩九九，宋、元、明画册卷九九，攒香九九，大号手帕九九，小号手帕九九，金九九，银九九，缎九九，连鞍马六匹。并令御膳房具粒米一万粒，作万国玉粒饭，及肴馔果品等物进献。
左都御史李楠疏言：皇上一日万机，常勤宵旰，事关重大，必下九卿会议，期归允当。而近来会议每于前一日薄暮传知，次日齐集，惟主稿者及都察院先有科抄揭帖，其余诸臣未详端委，半就主稿者议，唯唯画题，是虽会而未尝议也。请自后令主稿者先期以所拟稿分送预议诸臣，求其尽善，如所见未合，改拟另写，临时互阅，同定一议或两议，仰候睿裁。或所见出两议外，亦存其议，以备稽核。如奉旨取阅，亦可见其不苟雷同。至届期患病者，竟勿列名，其托故不到，倩人代画，并请敕部申禁，庶立法可垂久远。疏下部议，以先期送稿，易致迟误，循旧为便，余皆如所议行。又疏言：各省亏空，钱粮不可胜计，每因布政使升任巡抚，所缺库项，受代者概为担承，一时需用辗转挪移，分派属员，致州县渐皆亏空。伏思布政使内升寺卿，数转然后至副都御史，则布政使外升巡抚，乃超擢非循存也。请自后停其开列巡抚，先令内升，以备召询，果能熟悉利弊，才品优长，数月后始简用巡抚，当其甫经内升，人不敢信其必为巡抚，彼亦不敢以巡抚自信，藩库未完，谁与出结，自免侵梛之弊。至州县钱粮近例，令知府岁终盘查，难保无邻封移取过后仍虚之弊，惟当盘查时核明应留应解各欵，除存留外，限三日内悉行起解，司库则完欠无由隐匿。臣前佐理户部，见州县亏空败露甚多，追完甚少，若司库亏空，鲜有发觉者，盖藩司易借之属员，州县难取足于家产，故欲绝流弊，惟在清其本源而已。得旨，下部确议，布政使开列本省巡抚业经停止，应再申明定例，遇他省巡抚缺，必确查钱粮无欠，始行开列，交代清结，方准离任。州县应解钱粮，令于知府盘查后，限三日内起解，逾限者即予应参。
十二月，左副都御史励杜纳疏言：督抚大吏朝廷畀以百余城，吏治数千里，民生责任至重，若托词镇静，渐成悠忽，所综理不过期会簿书，难保无忝封疆之寄，请敕诸督抚年终汇奏，若何察吏安民兴利除弊，以备清览，或开注不实，治以欺罔之罪，庶诸臣时时警勉，不敢优游草率，贻误地方，其所辖之藩司专掌钱谷，臬司专掌刑名，州县之钱粮有无亏空，定案之爰书有无驳审，详实并列，则藩臬之优劣亦无遁情。下部议从之。两广总督石琳奏：琼州生黎出犯宝停营，伤害兵丁，由文武各员婪索起衅。上命侍郎凯音布、学士邵穆布往勘。刑科给事中汤右曾疏言：臣阅揭帖，有琼州文武官遣人往黎岗采取花梨沉香，滋扰起衅多欵，总督石琳、巡抚萧永藻、提督殷化行平时毫无觉察，恣其贪毒。且黎人拒斗事起于上年十二月，迟至一载，始行题报，其扶同掩饰，希图欺隐可知，请严加处分。得旨：令石琳、萧永藻、殷化行回奏，各自引罪，下部议降级有差。