桂王之立及广州之降明自福王南渡，而黄河流域久非其所有。自南都瓦解，而长江流域复失太半；及鲁、唐继败，而后东海沿岸亦尽入于本朝之版图。三年之间，形见势绌，于时朝野人物死亡略尽；而尚有崎岖危难之中折而不挠、穷而益奋者，湖南则何胜蛟，而两广则瞿式耜。唐藩之覆也，式耜与两广督臣丁魁楚方在肇庆，议所当立，乃共迎桂王由榔（神宗孙）于梧州。顺治三年十月，王称帝，颁诏湖南、云、贵诸省，以魁楚、式耜及故尚书吕大器为大学士；腾蛟闻之，亦与云、贵督师堵允锡联署劝进。先是赣州受围，唐王遣大学士苏观生至南安募兵助战；及汀州之败，观生撤兵退入广州。会闻魁楚等置君，欲与共事，而魁楚虑其以旧相居己上，拒不与议。吕大器亦以其非进士，叱辱之；观生颇不平。俄而唐王弟聿■〈金粤〉诸遗臣自福建浮海至广州，粤人有倡兄终弟及之议者，观生因利用之，拥聿■〈金粤〉自立，与肇庆对抗。于是二百里内两帝并树，日治兵相攻，不暇外御。大军之下漳州也，博洛遣副总兵李成栋率偏师取广东，以佟养甲督之。潮、惠两州相继下，而广州尚瞢无所闻。十二月，成栋军突至，聿■〈金粤〉方会观生等视学，仓卒不知所为，君臣皆自杀，宗室诸王死者二十余人。成栋分兵徇高、雷诸府，而自督大军进攻肇庆。桂王立未三月，宦官王坤复用事，数干涉军务；及闻广州破，乃趣王溯西江走入桂林。
桂林之坚守顺治四年（一六四七年）正月，成栋克肇庆而西，连下梧州、平乐，桂林大震，丁魁楚等皆引去；而武冈镇将刘承允方引兵至全州，王坤请桂王弃城赴之。式耜极陈桂林形势，固谏不听，因自请留守，与城存亡；桂王许之，而自走全州。三月，成栋攻桂林，时腾蛟经略衡、湘，宿将重兵悉屯湖南北，声援不及。式耜独毅然誓众，督参将焦琏拒守，累战皆捷。会积雨城坏，而刘承允所遣援兵复与焦琏军龃龉，大掠以去，城几破者屡矣。式耜意气自若，众无叛志，成栋不能拔。早而广东遗臣陈邦彦、张家玉、陈子壮等先后起兵高州、东莞、端州间，约合趋会城。广州危急，佟养甲檄成栋回军东救，式耜乘间遣诸将四出，尽复所失广西境内诸城，根据略固；而湖南复为大军所扫荡自岳州至宝庆，列城风靡，刘承允以武冈降。同时，广东诸军亦悉为成栋援师所破，家玉等，或走或死。时四年八月也。
湖南之平定先是是年春，朝廷以何腾蛟厉兵湖广，为南部劲敌，不可不以全力图之，乃命孔有德为平南大将军，偕尚可喜、耿仲明大举进讨。腾蛟所设十三镇，故皆盗贼之余，不乐受节制；及桂王之至全州也，刘承允挟之作福威，矫诏封拜，权力远陵腾蛟上，诸镇益解体。有德等以三月出岳州，益阳守将王进才闻大军渐逼，遽还长沙，扬言乏饷，纵兵四掠；腾蛟不能守，单骑走衡州，长沙、湘阴并下。承允闻之，胁桂王自全州移居武冈，阴有贰志。五月，有德进克衡、永，分道击诸镇，所至披靡，以八月越祁阳而西，桂王自武冈走柳州。腾蛟辗转入桂林，与式耜会诸将议画地分守，乃移镇全州，督湘、粤诸将连营拒战，横亘二百余里，式耜馈饟不绝。大军引退，桂王得还桂林。明年二月，大军已定湖南全境，闻桂林内讧，全州重兵还救，乃复乘虚南进。而金声桓、李成栋之变作，江西、广东皆叛附于明；朝廷乃令可喜、仲明移军救江西，而诏孔有德班师。
金声桓、李成栋之反侧及其影响初，金声桓之平江西、李成栋之平广东也，王、贝勒以辽藩旧臣章于天，佟养甲监之；行间之功，多出声桓、成栋。及事平，而于天任江西巡抚、养甲任广东总督，声桓、成栋仍以武员受其节制，意不能平。于天及巡按董学成尤与声桓有隙，裁抑过当。声桓密与其党副总兵王得仁谋通款桂林，事为学成所觉；两人惧祸及，先发制之。以顺治五年正月，举兵袭杀学成、执于天，而迎故明大学士姜曰广以江西叛；李成栋闻之，亦以四月胁养甲以广东叛。各拥众十余万，移檄远近，通表桂王。桂王各授以爵秩，势力骤增。于时大兵屯湖南者悉分援江西，仅以少数之守兵属总兵徐勇，留镇长沙。腾蛟乘隙，复发兵攻永州，以久围力战破之。遂分军徇衡州、宝庆、常德等府，湖南大部复为所据。而蜀中故将李占春及义勇杨大展等亦起兵分据川南、川东，附桂王，请置官吏；桂王设巡抚其地，而复以吕大器总制诸军。于是桂藩有两广、云、贵、江西、湖南、四川七省之地，驻跸肇庆。同时大同镇将姜瓖反侧于山、陕，鲁王遗臣张名振出没于闽、浙沿海，皆遥相应和，中原之骚乱达于极点。朝廷以军务蔓延，非二、三将帅所能兼顾，乃迭命重臣分地任事。于是都统谭泰及和洛辉自江宁赴九江，会耿、尚二王征江西、广东；郑亲王济尔哈朗、顺承郡王勒克德浑，会孔有德征湖南、广西；端重郡王博洛、敬谨郡王尼堪，讨姜瓖于大同。而吴三桂、李国翰分任陕、川之远征；洪承畴仍镇江宁，任沿海之经略。此顺治五、六年间事也。
江西、湖南之再定声桓之变，江西列城响应，独赣州守将不从。声桓、得仁已陷九江，欲顺流突江宁，而惧赣兵之议其后，乃回军攻之。守赣副将高进库故与声桓同隶左良玉部，宽约降期，以缓其攻。会江宁大兵于五月复克九江而南，进围南昌；声桓闻警，遽引还突围入，而得仁直趋九江，冀断大军饷道，使南昌之围不战自解。姜曰广以围急，欲引与共守，日发檄召之；得仁不得已，亦敛兵入城，坚壁不出。大军徐复旁近州县，征收赋税，安坐以待其毙。既而李成栋踰岭攻赣，谋北援，进库复用缓兵策绐之，成栋还屯岭上。至十月，南昌粮尽告急，成栋复悉众簿赣，岭行艰难，士卒饥困。赣兵突出击之，成栋退屯信丰，南昌势益孤。至六年（一六四九年）正月，遂为大军所拔，曰广、声桓、得仁并死。二月，大军援赣，进逼信丰，成栋谋应战，而军溃过半，战斗力尽失，走死城东川中。江西复定，而郑亲王及孔有德之军亦以是春进湖南。时常德、宾庆间诸镇内讧，所在焚城剽掠，莫有闹志；腾蛟自衡州亲往抚之，进次湘潭。长沙守将徐勇知湘潭无备，引兵突入，拥腾蛟去，杀之，明军气夺。自三月至八月，有德督诸将转战南下，连克衡、永；郑亲王亦席卷辰、宝，分兵定沅、靖，复有湖南全境。
两广之复定及瞿式耜之死李成栋败死信丰后，桂王以杜永和为两广总督，驻广州，严兵守庾岭；而声桓、得仁部下溃卒亦亡入闽、粤山林间，出没不测。江西大兵不敢进，还屯吉安将一载；会明镇将有纳款大军、愿为向导者，可喜遂由间道入庾关。至七年（一六五○年）二月，进围广州，相持十阅月不下，士卒以溽暑疫死者无算。已而江西诸军复大至，可喜督战益力，卒以十一月二日破之永和走琼州；而孔有德亦以是月六日破桂林。先是，大军再定湖南，式耜使戎政总督张同敞督诸将扼守全州；同敞兼资文武，每战辄跃马为诸将先，即战败，同敞常危坐不去，军中以是服之。顾广西地小而瘠，正赋所入，不足以供军饷，式耜虽理钱法、行盐政、募屯田以补助之，而事多掣肘，不能尽行，战守日棘。九月，大军克全州而南，诸将皆退入桂林乞饷，列戍一空，大军益深入。至是，式耜檄诸将出战，皆不应，相率遁去，城中无一兵。独同敞自灵川至，式耜与痛饮待死，并为大军所执；两人犹隔屋赋诗相唱和，阅月余，始见杀。桂王以是年正月自肇庆奔梧州，比闻桂林破，复走南宁。明年（一六五一年），诏郑亲王班师，而以尚可喜镇守广东、孔有德镇守广西，两广州县次第毕下。
山、陕之复定姜瓖既据大同，分兵陷忻、朔；近自山西境内，远至陕、甘，遗臣宿将起兵应之者所在皆是，太原、西安先后告警。六年正月，尼堪督兵至太原，首克忻州，而博洛复破姜瓖骑兵于大同城北，寇氛稍稍衰。同时，吴三桂等自汉中北定延绥、榆林，于是山、陕督抚声援始接，河东诸郡并下，大同孤立。至八月，城中食尽，而英亲王复督师继至，城兵斩瓖出降。山、陕既定，乃诏三桂回镇汉中，进规四川。会川中义勇不相一致，而明巡抚李干德复构之仇杀，益涣散不足用，李占春等来降，三桂乘间收成都、重庆、叙州地。是时，本朝已定江西、湖南、两广，桂王穷投土司境，旦夕奏凯；而孙可望、李定国之事复作。
孙可望、李定国之乱先是张献忠之败也，其党孙可望、李定国、刘文秀等自川南拥众入云、贵，推可望为长，袭夺明镇将兵权，据有其地。已而定国、可望交恶，可望乃纳款桂藩，求封号，欲藉以服众。顺治六、七年间，屡使求封，迄不获命。至是，大军四迫，桂王不得已，封可望为秦王，趣之出兵。可望乃遣兵三千，扈桂王居安隆，使文秀等分出叙州、重庆以攻成都，使定国等由武冈出全州以犯桂林。九年（一六五二年）三月，文秀连陷叙州、重庆，三桂战败，敛兵入保宁，旋回汉中；而李定国之军亦陷沅、靖、武冈，乘胜袭桂林，有德不能守，死焉。梧州、柳州继陷，乃分兵还攻辰州，杀总兵徐勇，寻屯守武冈。于是四川、广西、湖南军务同时告急。
孙、李之冲突及孙可望之降定国已连陷湘、粤诸郡，兵力寖强，不复禀可望约束；可望愤甚，阴欲除之，然以其将兵在外，未敢轻发，而尚可喜乘定国之在湖南，遽发舟师自西江而下，尽复梧州、桂林。定国弃武冈，还据柳州，威望骤减，惧可望之袭其后，益思拓地自固，乃将兵东犯，据有平乐、高、廉诸府。至十二年（一六五五年）春，复为尚可喜所破，走保南宁。而刘文秀亦以是年谋犯岳州，大败于常德，自贵阳还云南。于是定国、文秀两军皆衰，湘、粤告平。而可望独雄视贵阳，益跋扈不可制，擅杀从臣宗室，自设内阁六部，立太庙，制朝仪。桂王自安隆闻之，大惧，密敕封定国晋王、文秀安南王，与相抵制，而召定国兵入卫。可望微闻之，以十三年（一六五六年）春，发兵袭定国于南宁，且遣使谋劫迁桂王，置诸肘腋之下。事未发，而定国已自田州抵安隆，奉桂王入云南，与文秀联合；可望大怒，以十四年（一六五七年）秋，大举攻桂王；与定国、文秀同盟军夹三盆河而阵，诸将皆不直可望，阵而不战；定国悉锐攻其中坚，诸军皆解甲大呼欢迎之，可望反走，率十余人至湖南乞降。时十四年十月也。
贵州之征方可望之未降也，朝廷令经略洪承畴移镇长沙，守湖南；川督李国英驻保宁，守川北；尚可喜等分驻肇广，守两粤；而姑以川东南及云、贵诸省为桂藩君臣苟安之地，不复穷追。及承畴受可望降，尽得敌中内讧状，请乘机大举；朝旨是之，军略复一变，视线集于贵州。于是一军自湖南出其东，承畴及宗室罗托督之；一军自汉中、四川出其北，三桂等督之；一军自广西出其南，都统卓布泰等督之。三道之师并以十五年（一六五八年）春向目的地进发。而李定国既兼并贵州，属马进忠守之，自返云南，坦然以为无患；朝官有进谏者，谓『今内患虽除，外忧方大，而我酣歌漏舟之中，熟寝爇薪之上，能旦夕安耶』！定国愬之桂王，方欲罪言者以取快，而三道败书并至；即承畴等以二月会师常德，四月出沅靖、镇远抵贵阳；广西之师旋历南丹、那地、独山诸川来会，而三桂亦克重庆入遵义，会信郡王铎尼复奉命为安远大将军，总统三道，以九月抵贵州之平越府，遂大会诸道将帅，议令承畴罗托留贵阳理饷，而自督诸军三路入滇。
云南、贵州之平定定国闻贵阳已失，乃苍黄遣诸将分道迎敌，而亲扼北盘江之铁锁桥，以断黔、滇间之大道。寻诸将各败走不相顾，定国亦撤寨西遁；大军毕会于普安，桂王奔永昌。十六年（一六五九年）正月，大军遂由普安入云南省城。二月朔，铎尼复令诸军西进至大理府境。定国发兵扈桂王走腾越，而自伏精兵于怒江西岸之高黎贡山。高黎贡山者，雪山山脉之一支，与怒江相平行，自永昌府城入腾越所必由之道也。定国度大军累胜，当越岭穷追，乃缘径设伏，约俟大军深入后，首尾环攻，必获全胜。大军既渡怒江而西，道不逢一敌，谓定国窜远，稍稍纵兵入；适明臣卢桂生来，泄其计，大军且退且战，仅亡都统以下十余人，丧精卒数千，而伏兵亦死伤略尽。定国退归腾越，闻桂王已西行入缅甸界，亦弃城他去。于是四川、贵州、云南一律荡平，朝廷颁诏宣示中外，而以镇守云南之事在诸吴三桂，铎尼等先后班师。
缅甸与桂藩之关系缅甸在明时，故为云南诸土司之一，领地约当伊腊瓦底（Ｉrrar-waddy)河上中流沿岸。其北别为孟养宣慰司，其东别为孟密宣抚司及木邦宣慰司。木邦东为孟艮土府。嘉靖中，缅酋莽瑞体数侵诸部，朝廷不能讨，自是贡使渐绝。及桂王之困于云南也，群臣或请北走四川、或议南入交址，而黔国公沐天波独谓缅甸粮糗可资，主张西幸。桂王遂以顺治十六年正月，自腾越出铁壁关，进次蛮莫（Bhams)。会莽瑞体曾孙本他格利（Pentagle)王缅，闻桂王至，乃具舟迎王，浮伊腊瓦底河南行，居诸赭硁（Jagaing），与缅都阿瓦（Ava)隔川相对。是时云、贵诸将刘文秀已前死，而李定国及白文选等亦以战败相失，诸从行者皆文吏，无威重，颇为缅人所轻。已而文选入木邦、定国据孟艮，皆治兵谋假道迎跸，缅人不允。顺治十七年，文选乃移书孟艮，求与定国同盟攻缅。定国悉众而西，两军共至锡箔河上，邀击缅兵，大破之。因议乘胜以舟师薄阿瓦，遣人于上流造船，为缅人所烧，而暑疫复作，乃移军摆古（Pegu），以避瘴疠。未几，文选兵溃走锡箔，定国亦引还孟艮。
吴三桂之阴谋云、贵既平，朝廷以桂藩无足为患，议撤兵节饟，不欲复问缅事；而三桂包藏祸心，欲假手本朝兵力尽翦明宗，以绝遗民恢复之忘想，而后营窟滇南，徐养兵马，以俟本朝之隙。遂于顺治十七年（一六六○年）四月，上疏极陈边患，恐吓朝廷，谓：『定国、文选窥我边防，兵到则退藏，兵撤则进扰，此其患在门户。土司反复，惟利是趋，一被扇惑，遍地蜂起，此其患在肘腋。降人革面，尚未革心；永历（桂王年号）在缅，岂无系念，万一入关，若辈生心，此其患在腠理』。因请及时进兵，早收全局。朝廷不虞其有他志，乃命内大臣爱星阿为定西将军，赴滇会剿。明年（一六六一年）八月，大兵十万自腾越出边，严檄缅人，令献桂王自效。时缅人数受定国、文选军之蹂躏，皆不悦其王之纳明遗族，王弟巴哇喇达姆摩（MahaPavaraDhammaRaja）遂弒王自立。然以定国兵尚强，未敢肆虐；而三桂檄适至，缅人因发兵围行在，从官无少长贵贱皆杀之，凡杀宗室诸王以下四十余人，其自缢死者尚不在此数，独留桂王及后妃二十余人，以待三桂之至。明室之悲运，至是极矣！
桂藩之末路大军以是年十一月自木邦进次锡箔，白文选度兵力不敌，已先遁。三桂乃分兵追之，而自督大军抵阿瓦，索桂王益急。缅人为自卫计，即劫王并其家族，渡河送诸军前。三桂凯旋云南，而文选亦为追兵所执，以其余众降，惟定国尚在景线。先是桂王自蛮莫舟行，从官犹千余人，其以无舟不能从者，率崎岖散入他国。方是时，缅甸虽役属东北诸土司，而暹罗、古刺、景迈诸国为世仇。古剌者盖今喀伦，当缅甸东南。而景迈者又元、明以来所谓八百息妇国者也，其居景迈者曰大八百，居景线者曰小八百，皆思乘间倾缅甸。定国既以阿瓦之役不能得志，因欲利用诸国联兵攻之。会桂藩遗臣马九功在古剌、江国泰在暹罗，暹罗王室妻国泰以女，数与定国通殷勤，而九功亦为古剌募兵得三千人，致书定国，愿奉约束。谋定将发，而三桂已拥桂王北去，两国之师并失望而退，定国竟以愤懑病死猛猎。桂王居云南数月，三桂严兵守之，而八旗将士有阴谋推戴者；三桂大惊，立出桂王于市绞杀之，并杀其太子。时太子年十二，临难大呼曰：『我朝何负于汝，我父子何仇于汝，乃至此耶』！时康熙元年四月也。
航海以后之鲁王自鲁王航海以后、郑成功渡台湾以前，此十余年间闽、浙沿海之军事，适与桂藩之局相始终，故复类记之。鲁王之自台州入海也，石浦守将张名振以舟师从，欲于东海沿岸列岛中求一地利可用者以为根据，徐图进取。而是时舟山为黄斌卿所据、厦门又为郑成功领地，皆不乐受鲁藩命。名振不得已，奉王走南澳，浙中遗臣自钱肃乐、张肯堂、阮骏以下，渡海奔赴者复十余人。顺治四、五年间，数遣兵改福建，连下建宁、邵武、兴化、福宁三府一州地，军势颇盛；然未几又为大军所迫，诸守者皆力战以死。至六年九月，鲁王既尽失闽地，复欲图浙东，以舟山扼钱塘江门户，不可不争。于是张名振、阮骏合军次之，斩黄斌卿，鲁王乃得入。温、台、宁、绍间遗民闻之，乘防兵之赴闽也，争起兵自保，依山为险，列寨以数百计，而上虞张煌言之军为之魁；海陆内外相援系，大军颇为所疲敝。当时浙闽总督陈锦奏报，言『海寇登岸，则山寇为之接应，山寇被剿，则入海以避兵锋。交通闽、粤，窥伺苏、松，久为东南之患』。所谓「海寇」者，指张名振；所谓「山寇」者，指张煌言辈也。名振恃舟山之险，谓大军必不能至，乃以八年秋留兵六千，属张肯堂等居守，而自与鲁王大举薄吴淞。会陈锦以全力扫荡山寨，尽破其众，乘大雾渡海。阮骏以舟师逆战，全军尽覆；肯堂等犹坚守十余日，乃死。名振闻变，急回军赴援而城已破，乃与张煌言共奉鲁王赴厦门依成功。
久之，名振病殁，以军事付煌言。于是鲁藩之势衰，而郑成功独强。
郑成功之沿海「侵略」郑成功者，芝龙之子，而其母故日本肥前人田川氏之女也。唐王之立于郑氏也，成功以年少材武得幸，赐国姓，世谓之国姓爷。芝龙既降，成功慨然去儒服，航巨舰，走厦门，出没闽海，与张名振舟山之师相犄角。朝廷数以芝龙书招之，竟不能致。成功虽自以唐藩遗臣故，始终不乐奉鲁监国，而与二张交甚睦。名振卒，煌言以其余众属之，任浙海之向导。成功既连年侵扰福州、兴化间，遂以十三年转略温、台。桂王闻之，自云南遣使航海，封为延平郡王、招讨大将军，便宜封拜。成功益治兵谋大举，戈船之士十七万，以五万习水战，以五万习骑射、五万习步击，以万人来往策应，万人被铁甲，绘以朱碧彪文当前锋，金火不能入，纵横海上。会飓发，碎巨舰数十，漂流士卒数千，乃还守厦门。已而闻大兵三道入贵州，度江南无备，乘机复出。十六年五月，由崇明入江。时沿江要害皆置重兵，设大炮，横铁索，阻守甚严。成功以十七舟径进，蔽江而上。六月，遂破瓜洲，犯镇江。于是江宁、苏常诸道援师毕集，以二十二日战于杨篷山，成功兵上陆者二千。诸会援者皆一时宿将，提督管效忠尤以善战闻，所部凡四千人，他镇兵不在此数；而是日激战之终局，援兵存者仅十之一耳。镇江不守，成功留五日，引兵而西。其部将甘辉请北取扬州，断山东之师，南据京口，绝两浙之漕，严扼咽喉，号令各郡，南畿可不战自困。成功不听。七月，抵江宁，谒孝陵。而煌言别率所部，由芜湖进取徽、宁诸路，安徽列城望风纳款者凡四府三州二十四县，东南大震。世祖幸南苑，集六师，议亲征；而崇明总兵梁化凤以七月二十四日出成功不意，大破之于仪凤门外，擒杀甘辉，成功遂以余舰扬帆疾归。煌言军亦为贵州凯旋兵所败，走航钱塘江出海。成功经营海外十余载，进取之志卒不能达，乃退据台湾，越年竟死。同时鲁王亦薨于台；煌言被执，以不屈见杀（并康熙元年）。由是，沿海防务稍稍息肩。而成功竟以台湾之战，使国姓爷之名（Koｋsing,Koxiga）显于欧洲云。