遵义府，就是播州。秦朝时该地为夜郎的且兰，汉朝时隶属于....郡。唐朝贞观中年，改为播州。唐朝乾符初年，南诏攻陷了播州。太原的杨端响应招募收复了播州城，为播州人所信服，经历了五代十国时期，杨端的子孙都世代占有该地。宋朝大观中年，杨文贵向朝廷缴纳其领地，朝廷便在该地设置遵义军。元世祖授予杨邦宪宣慰使的官职，给杨邦宪的儿子杨汉英赐名赛因不花，将其封为播国公。
洪武四年(1371)朝廷平四川，派使者带皇帝的诏谕去见他们。五年，播州宣慰使杨铿、同知罗琛、总管何婴、蛮夷总管郑瑚等，相互率领土军归顺朝廷，向皇帝进献土产，缴纳元朝政府所授予他们的金牌、银印和铜章。皇帝下诏赐予杨铿衣服、钱币等物，在播州仍设置宣慰使司，让杨铿、罗琛仍任旧职。播州宣慰使司下属有二个安抚司：草塘、黄平；统领有六个长官司：真州、播州、余庆、白泥、容山、重安。何婴等人任长官司长官。七年，中书省向皇帝上奏说：“播州的土地既然已经归入我中央王朝的版图，就应当征收他们的赋税，每年应让他们缴纳粮食二千五百石作为军用储备粮。”皇帝认为他们率先来归附朝廷有功，他们的田地赋税随他们自己贡献算了，不必规定所交数额。之后，又设置播州黄平宣抚司。播州江渡的蛮族人黄安作乱，贵州卫的指挥张贷将其讨伐平定。八年杨铿派遣其弟弟杨钅奇来献贡物，皇帝给他赏赐衣服钱币。从此，他们每三年向朝廷献贡物一次。十四年皇帝派使者带诏谕给杨铿说“：近来我听说你听信浮言，对朝廷产生疑心。现今大军向南征伐，用的多是战骑，你应率兵二万、战马三千做先锋，以表示你对朝廷的忠诚不二。”十五年明军在播州的沙溪筑城，派官军一千人，当地土兵二千人守卫该城。不久，朝廷将播州宣慰司改为由贵州统领，将黄平卫改成千户所。十七年，杨铿的儿子杨震在京城逝世，朝廷命有关官府将其送回老家安葬。二十年，朝廷征杨铿进京朝觐，向皇帝献贡马十匹。皇帝将守土保身的方法告诉杨铿，并赏赐给他钱钞五百锭。二十一年，播州宣慰使司和其下属的宣抚司的长官，各派遣他们的儿子来朝见皇帝，请求朝廷让他们进入太学学习。皇帝命令国子监的官员应好好地训导他们。
永乐四年(1406)，朝廷免除了播州荒田的田租，设置了重安长官司，隶属于播州宣慰司。因张佛保在招抚和睦蛮族百姓，让他们向往朝廷，接受汉化上有功劳，就任命张佛保为重安长官司长官。七年，宣慰使杨升招抚了草塘、黄平、重安所辖的当科、葛雍等十二个寨子的蛮族人，并让他们归附朝廷。
宣德三年(1428)，杨升没有按规定日期前来祝贺万寿节，礼部讨论说给杨升一半赏赐就行。皇帝则认为他们路途遥远，不要减少对他们原有的赏赐数额。七年，草塘所属的谷亻散等四十一个寨子的蛮族人作乱，总兵陈怀前去进剿和招抚，不久即平定了。
正统十四年(1449)，宣慰使杨纲年老有病，以其儿子杨辉代理他的职务。景泰三年(1452)，杨辉上奏说：“湖广、贵州所辖的臻、剖、五坌等地的苗人，纠集草塘、江渡等地的苗人黄龙、韦保等，杀害掠夺人民，屡次招抚他们又屡次反叛，请求朝廷派军队征讨剿灭他们，清除百姓的祸患。”皇帝命令总督王来、总兵梁瑶等人，会同四川巡抚前去进剿。七年，朝廷征调杨辉的军队去征伐铜鼓、五开等地叛乱的苗人，皇帝下诏给他们颁布奖赏。
成化十年(1474)，因播州的贼人赍果等每年为患，皇帝下诏责究四川、贵州的镇巡官。正统末年，苗族人聚众侵犯边关，土官同知罗宏上奏朝廷，说杨辉有病在身，请求让杨辉的儿子杨爱代理其父的职务。皇帝命令杨爱继承其父的官职，让他带兵跟随总兵官去剿灭贼人。此前，杨辉曾上奏，说他下属的夭坝干地区的五十三个寨子和重安所管辖的湾溪等寨子，屡次被苗人占据，请求朝廷让湖广、贵州两地会兵征剿。皇帝下令就按杨辉所说的去做。兵部讨论认为杨爱年幼，无法承担重任，请求皇帝仍然起用杨辉，让其暂时处理军务；又认为杨辉也难以独自承担如此大的重任，应当让都御史张瓒亲自赶赴播州监督处理军务，激励杨辉等人振奋军威，准备出征，而具体的征讨时机全听从张瓒的裁决。
十二年(1476)，张瓒监督各路军队和杨辉一起进攻并打败了湾溪、夭坝干等地的苗人，攻破山寨共十六座，斩获首级四百九十六个，招抚男女九千八百多人。皇帝将此事交兵部讨论，兵部认为这次招抚的苗人数量多，应将他们分开安置为宜。张瓒建议设置一个安宁宣抚司和怀远、宣化二个长官司，建立靖南、龙场二个城堡，命令杨辉监督管理这些机构事务。杨辉征调土兵和百姓五千多人，建立治所，委托所属的黄平各长官，分别用砖砌筑城墙。这些工程将要完工时，杨辉上奏说：“各寨子的苗族人，近来已颇知畏惧，但是一旦大军撤走后，难保不会出事。播州向来操练守卫的土兵一千五百人，现今已调拨去守卫怀远、靖南、夭漂、龙场各二百人，调拨去守卫宣化一百人，守卫安宁六百人，他们的家属应与他们一起迁徙，共同居住，以巩固土兵的守卫之心。工程中还没有完成的，可任命我的儿子杨爱去监督完工，让我像以前一样辞官在家。”皇帝同意。此时湾溪已经设立安宁宣抚，烂土等地蛮族人厌恶他的压迫，就带领赍果等人攻陷夭漂、靖南等城堡，包围安宁。杨爱刚继承其父的职位，还无力支撑这种局面，便向四川、贵州的镇巡官求援。兵部上奏皇帝，起用杨辉再统兵进剿，又命令四川、贵州的军队协助杨辉。十五年，贵州巡抚陈俨上奏说“：苗族贼人赍果更加骄横恣肆，请求调拨四川、湖广等地的官军五万五千人限期到贵州会合，听从我陈俨的节制。”兵部说：“贼人是在四川作乱，而贵州的守卫大臣却想节制各军，恐怕有邀功之人在替他做主张。而且调动五万军队，以半年时间计算，须储备军粮十三万五千石，该地区山路险峻，运送军粮的劳力需要二十七万人，何况天气将转向暑天，瘴气瘟疫不可不做考虑。”皇帝认为兵部的奏章是对的，故不予调动军队。
二十二年(1486)，杨爱的兄长、宣抚杨友在上奏时攻讦杨爱，皇帝命令刑部侍郎何乔新前去审核。二十三年，何乔新上奏说：“杨辉在位时，溺爱其妾生的儿子杨友，想让杨友继承他的官位，长官张渊阿谀奉承顺从杨辉的意图。安抚宋韬认为杨氏的家法是嫡子继承父位，所以应该立杨爱。杨辉不得已立了杨爱，又想割地授予杨友，便去与张渊谋划此事。他们想以夭坝干是本州怀远的故地，现被没有汉化的苗族人所占据，请求出兵去攻取该地。容山的长官韩蠧认为当地的土族百姓和睦安处的时间已经很久，不应该出兵征讨。张渊便与杨辉用计谋将韩蠧捆起来，用杖打死。前任巡抚张瓒接受了杨辉的贿赂，设置了安宁宣抚司，让杨友冒充出任宣抚。杨辉生前曾立下券证，他所有的金玉、衣服用具、庄稼田产都要招集各儿子前来均分。杨辉死后，张渊与杨友密谋刺杀杨爱，张渊的弟弟张深也参与了此一阴谋，没有成功。杨友于是上奏朝廷，说杨爱的居处、器物用具都是僭越礼规、模拟朝廷的，杨爱勾通唐府，彼此之间有秘密书信来往，而且杨爱私自学习兵法和天文，图谋不轨，等等。这些事都是诬告。”皇帝下令斩杀张渊和张深，认为杨爱听信谗言薄待其兄，杨友假公擅杀，且谋害嫡亲，偷盗官钱，都有罪。杨爱赎罪后可再任原职，杨友须迁到保宁接受管制，并让何乔新从宜处治。
弘治元年(1488)，朝廷在该地区增设重安守御千户所，命令播州每年调拨土兵一千人前去该所协助守卫。七年，因平定苗族人有功，皇帝下诏犒劳杨爱。十四年，朝廷从播州调拨了五千人前去征讨贵州的贼人女首领米鲁等。
正德二年(1507)，播州宣慰使杨斌晋升为四川按察使，仍掌理宣慰事务。按照原先的制度，土官有功劳，朝廷给他赏赐衣带，或用旗帜奖赏他的部众，没有升官衔的。杨斌狡猾专横，不受两司的节制，唆使安抚罗忠等人上报他平定普安的战功，用重礼贿赂刘瑾，终于得以升职。过了一年，巡按御史俞缁说不应该授予杨斌四川按察使的官衔，便将他裁了，让他仍任原职。
早先，杨友既已被迁到保宁受管制，杨爱就更加恣意妄行，用从百姓中收刮来的财物贿赂中央的贵族，然后出兵夺取杨友以往的居住地凯里。同知杨才居住在安宁，乘此机会压迫剥削百姓比以往更甚，苗人很怨愤。凯里的百姓替杨友上奏要求恢复杨友的官职，不得，便潜入保宁，将杨友抢了回来，然后纠集众人作乱，攻打播州，焚烧了杨爱的居所和公私官邸，杀了杨才，还残戮了许多其他人。杨爱为此屡次上奏朝廷，皇帝命令镇巡官调拨军队前去征讨。此时杨友死了，于是军队便缓出。不久镇巡官说：“杨友的儿子杨弘能够悔过自新，而且善于招抚驾驭百姓，蛮族群众愿意听从他的号令约束。以前被杨友所焚烧杀害的，都已随当地习俗折价赔偿，同时还归还以前侵夺的东西给官府。我们请求朝廷授予杨弘冠带，封他为土舍，让他协同播州经历司招抚各族。他的家属已迁移安置到保宁的，允许他们回凯里，仍隶属于播州，受播州管辖。并谕告杨斌和杨弘通和，不得再制造争端。”该提议上报朝廷后，朝廷同意了。不久，播州安抚宋淮上奏说“：贵州凯口烂土的苗族人与凯里草塘诸寨子里的番族人结婚，暗地里相互勾结，诱使山里的苗人作乱。请求朝廷给杨斌颁敕谕，令他每年巡视边境，会同湖广镇巡官一起安抚处置。”兵部讨论认为土官中向来没有带着皇帝的敕谕出巡的，便谕告杨斌应安抚妥当当地的百姓，与亲族和睦相处，不辜负朝廷对他的优待。接着给已辞官在家的宣慰杨爱授昭毅将军的称号，皇帝给他颁布授官的诏令，赏赐绣有麒麟的衣服。这时杨斌又出面替他父亲请求晋升官阶和服装的颜色，礼科驳回他的请求，认为服装的颜色是等级威仪的象征，不能掺假。兵部则认为杨爱以前剿贼有功，答应了杨斌为其父亲所提的请求。杨斌又请求让其儿子杨相进国子监学习，得到朝廷的同意并得到皇帝所赐的冠带。
十二年(1517)，播州安抚罗忠、宋淮等人给朝廷上奏：“杨斌有父丧在身，想援引朝廷文官的例制替父亲守孝，但边关防务很重，请求朝廷让他在父丧期间仍掌管官印处理事务。”原初，杨弘回归凯里，与重安的土舍冯纶等人有怨。杨弘死后，冯纶诱使苗族人进攻凯里，这样双方便构怨仇杀，其祸害超出了贵州边境。巡抚邹文盛向朝廷描述了相互仇杀的状况，请求朝廷移文到四川，让贵州、四川的官员会同一起去招抚处理此事。该请求过了一年没有消息。邹文盛便派遣参议蔡潮进入播州，督促已辞官在家的杨斌出面安抚平定这场仇杀。因此邹文盛又上奏说：“应该恢复安宁宣抚，让杨弘的子弟承袭这个官位。杨斌还未衰老，应该再起用他，让他节制各蛮族人居住的寨子。蔡潮有招抚蛮族的功劳，应根据其功劳提升他的官职。”兵部讨论说“：安宁宣抚已经革除了就不能再恢复了，杨斌的儿子既然已经代理了其父的职务，杨斌自然也不能再起用了。土官是否应该继承原有官职，属于四川的事，不能由贵州说了算。邹文盛的请求难以施行，但其功劳不能抹杀。”十六年，朝廷赏赐给杨斌绣有蟒纹的衣服和玉腰带。
嘉靖元年(1522)，皇帝听从宣慰杨相的奏章，给播州儒学赏赐了《四书集注》。杨弘已经死了，他的弟弟杨张请求继承杨弘的职务，不得，便时常在边疆地区抢劫，抢走了白泥司的印信，又与杨相构兵为仇。当地守卫大臣请求朝廷将凯里改为隶属于贵州，以杨张为土知州。兵部讨论说：“杨张学得了其父兄的恶习，幸免于被杀；现在竟敢公开抢夺印信来要挟朝廷，应当命令四川、贵州的守卫大臣按其以前和最近所犯的争夺财产、杀人等罪状，按理处置。要是杨张能够向朝廷表示悔过，归还其所获的印信，尚可按情况授予他一个官职，让他听从朝廷的调遣去杀贼立功，赎自己的罪。要是他坚持作恶到底，必杀他以为那些玩弄法律者戒。”后来，答应让杨张继承宣抚官职，将安宁改为凯里，隶属于贵州。
当初，杨相的祖辈都是因为庶子与嫡子之间的争端，遗祸几世。到杨相时，他又宠爱庶子杨煦。杨相嫡子杨烈的母亲张氏，为人剽悍，与杨烈一起带兵赶走了杨相。杨相逃跑后，死在水西。杨烈到水西去索回父亲的尸体时，宣慰安万铨就要挟杨烈，要他将水烟、天旺两个地方归还给安万铨，然后再还尸体给杨烈。杨烈表面上答应了。等杨相的尸体归丧以后，杨烈吝惜土地坚决不给安万铨，于是便与水西方面结仇，还杀死水西的长官王黻。这是嘉靖二十三年(1544)的事。
杨烈继承父亲的官职之后，便与王黻的党徒李保带兵互相攻击，时间延续近十年。总督冯岳调拨总兵石邦宪将他们讨伐平定。真州的苗族人卢阿项也长期作乱，石邦宪用七千军队将其击败。有传言说贼人已向播州求援，石邦宪说：“我刚调遣水西的军队，说杨烈有帮助叛逆的罪行，杨烈还有功夫去救别人吗？”不久，石邦宪生擒了卢阿项父子，斩杀和俘获敌人四百多。原先，在嘉靖初年时，朝廷商议将凯里分出来，让其隶属于贵州。后来，又因为播州的土地大多都在贵州境内，就将凯里改成隶属于思石兵备。真州的盗贼被扫平以后，地方安宁了，播州人认为将凯里划归思石兵备很不方便。四川、贵州的守卫大臣也因意见不同无法决定，朝廷便命令总督合同两地的大臣前去审核。总督便向朝廷上奏，说仍将播州归四川管辖，而让贵州的思石兵备仍兼管播州、酉阳、黄平、邑州等地的土司事务。皇帝同意这种安排。
隆庆五年(1571)，杨烈死，其儿子杨应龙请求继承父亲的官职，朝廷同意了。万历元年(1573)，皇帝下诏书任命杨应龙为宣慰使。八年，皇帝同意杨应龙的请求，赐已故宣慰杨烈祭葬仪式。十四年，杨应龙向朝廷进献大木七十根，木材非常好，皇帝给他赏赐绣有飞鱼的衣服。杨应龙又援引其祖先杨斌的例子，希望朝廷赏赐他绣有蟒纹的衣服。礼部讨论，认为杨斌以前立有军功，又是出于边远地区，皇帝才特别恩赐，才赏蟒纹衣服，杨应龙不能比照杨斌的例子受赏。皇帝便命令给杨应龙授予都指挥使的官衔。
万历十八年(1590)，贵州巡抚叶梦熊上疏朝廷，谈了杨应龙为凶作恶的事情；巡按陈效也上疏一一诉说了杨应龙二十四条大罪状。此时正好是加强松潘的防卫，播州的土兵已调遣到松潘，协助当地的守卫，因此四川的巡按李化龙便上疏朝廷，请求暂时免于审核杨应龙，让杨应龙戴罪立功。从此事起，四川、贵州的抚按官上疏朝廷时就判然有别，四川的抚按官认为杨应龙没有什么可以审核的罪状，而贵州的抚按官则认为四川官员有徇私隐瞒杨应龙罪行的意图。于是给事中张希皋等人认为此事非同小可，事关四川、贵州两省的利害，请求朝廷会合两省官员从公心出发，一同审核此事，不要造成成见。十九年，叶梦熊主张播州所管辖的五个司全改由流官治理，隶属重庆，与李化龙的意见又绝然不同。李化龙于是因有嫌疑而遭排斥。杨应龙原本就是一个猜忌狠毒之人，倚仗自己有兵好杀人，他所管辖之下五个司的七大姓都叛离了他。他的宠妾田氏不仅屠杀了他的妻子张氏，还累及到张氏的母亲。他妻子的叔叔张时照与部下的何恩、宋世臣等人一起向朝廷报告紧急事变，密告杨应龙谋反。叶梦熊请求朝廷发兵征剿，而四川的士大夫都认为四川三面与播州相邻，杨氏家族的后代和属下的人数在四川是以十以百计，全靠杨应龙来管束弹压的，况且杨应龙的土兵骁勇善战，朝廷数次征调他们都立有功劳，将他们剪除掉不是长久之策。因此，四川的抚按官员一致主张招抚。朝廷讨论后命令对杨应龙进行勘查，杨应龙表示愿意到四川去接受审查，而不愿到贵州。
二十年(1592)，杨应龙到重庆接受审讯，按法律他应当被斩首，他请求愿出二万金赎罪。御史张鹤鸣正辨别审问他的罪状，碰到倭寇大举入侵朝鲜，朝廷广征天下的军队，杨应龙便上奏朝廷，愿带五千军队前去征讨倭寇以替自己赎罪。皇帝下诏释放了他。他率军队已经启动出发了，不久下面的官府上报说杨应龙已罢兵不出了。巡抚王继光，严厉提审调查此事，杨应龙抗命不出。张时照等人又到朝廷上奏此事，王继光对杨应龙用兵的提议便被通过。二十一年，王继光到重庆，与总兵刘承嗣等人分兵三路向娄山关进发，屯驻在白石口。杨应龙假装约定日期投降，而带领苗族土兵占据关隘冲击官军。刘承嗣兵败，其部下被杀死杀伤一大半。碰到王继光被定罪罢官，官军即撤兵，丢弃的辎重几乎都被抢光。贵州的军队前去协助进剿，也无功而返。这时，四川新上任的巡抚谭希忠与贵州的镇巡官和巡抚再商量进剿事务，御史薛继茂主张招抚他。杨应龙向朝廷上书自白，派遣其同党携带金子进入京城行贿，将原奏者何恩绑到綦江县。
二十二年(1594)，兵部侍郎邢..总督贵州事务。二十三年，邢..到达四川，察觉永宁、酉阳都有杨应龙的姻亲，黄平、白泥等地则长期以来对杨应龙有深仇大恨，觉得应该剪除杨应龙的余党。于是他便发檄文给杨应龙，只要他前来认罪，可以不处死他。此时正好又碰上水西宣慰安疆臣替其父亲安国亨请求举行抚恤典礼，兵部尚书石星写下手札出示给安疆臣，要他到杨应龙那里催促杨应龙到官府认罪，便可赦免杨应龙的罪行。安疆臣便带着手札前往播州招抚杨应龙。此时，七姓大族害怕杨应龙出去后得以赦免罪行，因为四方的亡命之徒都逃窜、藏匿在该地区，倚仗杨应龙的反叛从中取利，因此，对朝廷官府过往的驿卒和文书，总是设置障碍阻拦。邢..便传文给重庆知府王士琦，让他到綦江催促杨应龙到安稳听候审讯。杨应龙派其弟弟杨兆龙到安稳，建好馆舍，储备好干粮，到郊外叩头迎接王士琦，按礼仪隆重地向他敬献猪牛羊等礼物，并说：“杨应龙已将下面的罪魁祸首绑缚起来，在松坎等待判罪。杨应龙之所以不敢到安稳来，就是害怕坠入安稳的仇人所设下的无法预测的灾祸之中。请求阁下到松坎去接受杨应龙的认罪。”王士琦说“：松坎以往也是上奏勘查之地。”便一个人骑马前往。杨应龙果然双手反绑着立于道旁，见到王士琦后哭着请求免己死罪，情愿帮朝廷收执其他罪人，献上罚金，让自己享受安国亨的境遇。安国亨，也是以往遭到攻讦，因对自己的罪行感到害怕而不出自己的地界的人，所以杨应龙引用他的例子来比照自己。王士琦为此向邢..请示，邢..答应了杨应龙，杨应龙便将黄元等十二人绑缚起来献给官府。官府验明以后，将黄元等人抵杨应龙的死罪，判杨应龙输送四万金子帮助采伐树木以赎自己的罪，革去杨应龙的官职，让他的儿子杨朝栋代理他的职务，他的次子杨可栋留在官府追赎其父的罪行，黄元等人在重庆闹市被斩首，总督将此事处理结果上报朝廷。此时倭寇还没有消灭干净，兵部想对杨应龙缓一手以专事东方的倭寇；朝廷也因为杨应龙以往积有功劳，就同意了总督的处理结果，在松坎设置同知来治理该地，任命王士琦为川东兵备副使，负责弹压、治理该地区的事务。
杨应龙获宽大处理后，对所犯的罪行更不思悔改。不久，杨可栋在重庆去世，杨应龙就更加痛恨官府。他敦促官府将其儿子的尸体送回来归葬，没有结果。官府传文书给他，要他交完赎罪的金钱，他大言不惭地说：“我的儿子能活过来，银子就送到。”他带兵驱赶一千多僧人替他儿子招魂；分别派遣土目据守关隘。他还以优厚待遇招抚各地苗人，将苗人中的健壮者称为硬手；播州百姓中家底稍殷厚些的，财产都被他没收以供养苗族人。苗族人全都愿意出死力为他效劳。
二十四年(1596)，杨应龙带兵残害了余庆，抢劫了大阡、都坝地区，对草塘、余庆二个司和兴隆、都匀各卫所实行焚烧抢劫，还派其同党包围黄平，杀戮了重安长官全家，其势又大为旺盛。二十五年，流动抢劫了江津和南川，兵临合江索讨他的仇人袁子升，将袁子升用绳缒到城墙下车裂而死。此时，兵备王士琦被调派去征讨倭寇，杨应龙便统领苗兵大肆劫掠贵州洪头、高坪、新村等屯。之后，又侵犯湖广的四十八个屯，阻塞驿站交通。他还刺探原先上奏要求惩罚他的仇人宋世臣和罗承恩的下落，知道他们带着家属隐藏在偏桥卫，便攻破该地，在城中大肆搜索，杀戮他们的父母，奸淫他们的妻子女儿，其行为非常悲惨残酷。
二十七年(1599)，贵州巡抚江东之命令都司杨国柱带领三千士兵进剿杨应龙，争夺三百落。贼人假装败北，将官军诱入三百落全部歼灭，杨国柱等人全部战死。江东之为此被罢官，以郭子章代理江东之的职务，起用李化龙节制四川、湖广、贵州等地的军事，调拨东征的刘纟廷、麻贵、陈瞞、董一元等将领南征。此时杨应龙乘大军还未集结，带兵进犯綦江。綦江城内新招募的士兵还不满三千人，贼兵八万人掩杀过来时，游击张良贤带兵与杨应龙展开巷战，结果战死，綦江陷落。杨应龙尽杀城中百姓，把尸体投入江中后把江面都盖满了，江水也全被血水染红。杨应龙还勾结九股地区没有汉化的苗人和黑脚苗人协助自己，屯兵官坝，声称要伺机进攻四川。不久，他又带人焚烧了东坡、烂桥、湖南、贵州等地的路标。
二十八年(1600)，杨应龙率兵五路齐发，攻破龙泉司。此时总督李化龙已移驻到重庆，所征调的军队也已集结，便在二月十二日誓师，分八路进军。这八路军队中，每一路约有三万人，其中朝廷所调拨的官兵占三成，土司地区征调的土兵占七成，旗鼓甲仗森严壁垒而列，苗人大为惊慌。总兵刘纟廷攻破其前锋，杨朝栋只身逃脱，贼人为此丧胆落魄。于是官军便连续攻克桑木、乌江、河渡三个关隘，夺取了天都、三百落等地的粮囤。贼人遭受连续失败后，乘间隙突然进犯乌江，诈称官军在水西的陇澄会师，诱骗永顺的土兵进入该地后，突然斩断桥梁，淹死将士无数。不久刘纟廷攻破九盘，进入娄山关。娄山关是贼人的前门，关上万峰耸天，中间只有一条小路可通。刘纟廷从山间小道上攀藤而上，破除栅栏，攻陷了娄山关。四月初一，官军屯驻在白石，杨应龙率领各地苗兵与官军决一死战。刘纟廷亲自勒马冲击杨应龙的中坚苗兵，又派兵从两翼夹击，将杨应龙打败，追击到养马城，又连续攻破龙爪、海云等险要的村屯，直逼海龙囤。这些都是贼人所倚仗的天险，所谓飞鸟和猿猴都过不去的地方。此时，偏、沅两地的官军已攻破青蛇囤，安疆臣也夺取了落氵蒙关，到达大水田，焚烧了桃溪庄。贼人见形势危急，父子相互抱头痛哭，上囤死守并给每路官军递投降书，以缓官军进兵的速度。总兵吴广进入崖门关，扎营在水牛塘，与贼人力战三天，打退了敌人。贼人施诡计，让一个女人在囤上拜表痛哭，边哭边说“：田氏向官军投降。”又诈称杨应龙已仰头喝药而死，将此报告给吴广。吴广轻信此言，按兵不动。不久，吴广发现了贼人的诈计，用兵猛攻，焚烧了二个关隘，夺取了贼人砍柴汲水的道路。八路大军集结到海龙囤，筑起了长长的包围圈，轮番向贼人发动攻击，贼人知道此次必死无疑。碰上李化龙的父亲新近逝世，皇帝下诏让他在军中带孝作战。李化龙认为贼人所居的前囤地势太险无法逾越，命令马孔英率领劲兵猛攻后囤。天气老是下雨，将士们在泥淖中苦战。六月四日，天气忽然晴朗，刘纟廷身先士卒，攻克土城。杨应龙感觉更加紧迫，散发金子招募死士为他抗拒官军，没人响应。杨应龙起身，提着刀到堡垒上巡视，看见四面火光冲天，大批官军已登上囤，攻破土城杀了进来。杨应龙便仓皇地同二个爱妾一起在室内自缢，并引火自焚。吴广抓获了杨应龙的儿子杨朝栋，急忙寻找到杨应龙的尸体，冲出火焰。贼人的叛乱终于平息。
从出师到消灭贼人历时一百一十四天，八路大军共斩敌人首级二万多个，活捉杨朝栋等一百多人。李化龙将此大捷公开上报，将俘虏献到朝廷，用锉磋磨杨应龙的尸体，将杨朝栋、杨兆龙等人在闹市车裂。播州从唐朝归入杨氏，传了二十九代，达八百多年之久，到杨应龙手上终于灭亡。
三十一年(1603)，播州残余的逆贼吴洪、卢文秀等人又发生叛乱，总兵李应祥等人带兵讨伐平定了他们。朝廷于是便将播州一分为二：属四川的部分称为遵义府；属贵州的这一部分称为平越府。