曹学亻全，字能始，侯官人。万历二十三年(1595)，他二十岁就中进士，授户部主事。调南京添注大理寺左寺正。闲居七年，致力于学习。后历任南京户部郎中、四川右参政、四川按察使。蜀王府失火，估算修建费七十万金，要求拨款，学亻全根据《宗藩条例》拒绝。天启二年(1622)任广西右参议。
当初，万历四十三年(1615)发生“梃击案”，刘廷元等主张将凶手作为疯癫奸徒之罪处置。学亻全著《野史纪略》一书，记述事件的本末。天启六年(1626)秋，学亻全调任陕西副使，尚未起程，刘廷元依附于宦官魏忠贤而受到宠幸，弹劾学俭私撰野史，淆乱国法。将学亻全削职为民，烧毁《野史纪略》的雕板。巡按御史王政新，因曾荐举过学亻全，也被勒令闲住。广西大吏估计学亻全将来必有大祸，把他留在广西，后来知魏忠贤无意杀学亻全，才放他回家。崇祯初年，起任广西副使，学亻全力辞不肯受任。
学亻全居家二十年，著书于所居之石仓园，其《石仓十二代诗选》盛行于世。他收集经、史、子、集，按类分辑，进行了十余年，尚未完成，北京、南京相继陷落。唐王在福建即位，起任学亻全为太常寺卿。不久，转为礼部右侍郎兼侍讲学士，进升尚书，加太子太保。南明亡，学亻全避入山中，自缢而死，年七十四岁。
学亻全诗文甚多，总名为《石仓集》。万历年间，福建文风颇盛，实为学亻全提倡的结果。