黄佐，字才伯，香山人。祖父黄瑜，曾任长乐知县，以其学问、德行闻名于世。佐于正德年间乡试第一名，至世宗即位后才举进士，选为庶吉士。嘉靖初授编修，陈奏世宗即位后应进行的重要政务，又建议实行新政，这些奏章均被扣留下来未进呈皇帝。不久，省亲回家，便道拜见王守仁，与他谈知行合一的学术理论，相互辩驳，守仁也认为佐耿直信实。还朝恰逢朝廷要将诸翰林调出京，在外任职，于是佐调任江西佥事，很快又任广西督学。闻母病，请求退休，不等朝廷批准就走了，朝廷将他交巡抚林富问罪。林富认为，佐擅自离职确实有罪，但这是为亲受过，情有可原，只令退休就算了，不必判罪。
佐在家住了九年，又起任为宫廷官员，命为编修兼司谏。不久进升侍读，掌管南京翰林院。后召回北京为右谕德，又升南京国子监祭酒。母亲去世，他服孝期满，起任少詹事。佐谒见大学士夏言，与他讨论河套的事，两人意见不合。这时吏部左侍郎缺任，有人推举黄佐及礼部右侍郎崔桐。给事中徐霈、御史艾朴都认为“：桐与左侍郎许成名竞争该职位，以至于相互辱骂；而佐与同官王用宾也争想谋此职位，唯恐对方占先；最好都不任用。”夏言做堆积出决定：都不任用。
佐的学问是以程朱理学为指导思想，但关于理气之说，独持一论。平生著述有二百六十余卷。其《乐典》一书，自称透露了自然界之奥秘。终年七十七岁。穆宗诏赠礼部右侍郎，谥文裕。