唐伯元，字仁卿，澄海人。万历二年进士。历任万年、泰和二县知县。为政有利于民，两县人民为他建立生祠。后调任南京户部主事，晋升郎中。
伯元受业于永丰吕怀，言行踏实，深恶王守仁的新学说。朝廷将守仁供于文庙祭祀，伯元上疏反对，并请求从文庙中去掉陆九渊的神位，而将有若及周敦颐、程颐、程颢、张载、朱熹五人列入十哲。在各乡祭祀罗钦顺、章懋、吕木冉、魏校、吕怀、蔡清、罗洪先、王艮。其奏疏刚下部议，就遭南京给事中钟宇淳的反对，伯元也因此被贬为海州判官。后调任尚宝司丞。吏部尚书杨巍，很不喜欢王守仁的学说，同意伯元的奏疏，因而调伯元为吏部员外郎，后历任考功、文选郎中，辅佐尚书孙丕扬澄清吏治，杜绝贿赂。任期满后推荐为太常少卿，但未被朝廷任命。当时吏部推荐的陈奏皆被扣留，不进呈皇帝，伯元说：“贤愚同被滞留不提拔任用，朝野为之叹息，这是因为臣所提建议不当所致，呈请准于辞职。”皇帝很不高兴，特准他辞退，并把他的奏疏扣留下来，不交廷臣议论。过了两年，在甄别吏部诸郎中时，看到伯元的名字，命改南京吏部任职，此时伯元已过世了。
伯元生活清苦淡薄，别人难以忍受，他却能怡然自乐，成为岭南士大夫的表率。