余佑，字子积，鄱阳人。十九岁拜胡居仁为师，居仁将女儿许配给他。..于弘治十二年(1499)中进士，授南京刑部员外郎，因得罪太监刘瑾而落职。刘瑾被诛后，又起任佑为福州知府。镇守太监购物不付钱，民众向余佑控告，佑安慰他们，答应将此情形上报朝廷，镇守太监害怕了，稍有收敛，但却怀恨在心，遣人入京告诉其党羽：“不除去余佑，镇守什么事也办不通。”但佑素来清廉，抓不到把柄。不久，调任山东副使，父亲去世，归家守丧。三年期满，起任徐州兵备副使。宦官王敬运宫廷所用之物入京，多挟持商船，因与知州樊准、指挥王良不和，王良揭发他携带违禁物品，王敬畏罪，去求佑为他解脱，佑不允。敬诬奏樊准等殴打他，一并将余佑逮捕，被贬为南宁府同知。稍后，调任韶州知府。他投呈自劾，辞官而去。嘉靖初年调任云南布政使，因太仆寺召他回京而未成行，改为吏部右侍郎，此时，佑已去世。
佑墨守其师胡居仁的学说，在狱中著《性书》三卷，其中说道，程朱专以“诚敬”二字教人，学者若真能去掉不诚不敬便可，否则不能达到古人的修养境界。当时王守仁著《朱子晚年定论》，认为朱子之学最终归于存心养性。余佑则认为“：朱子论心学有三个阶段的变化，存斋记述他的话，是他年少时的见闻，后见到延平，才感到过去所说的不对，聆听五峰之学于南轩，其言论又有变化。最后改定了已发表或未发表的言论，然后本质与现象不偏废，动静交相作用，这就是朱熹最后的定论。怎能把朱熹少年时的见识说成是晚年的定论？”这种见解公开后，守仁的门徒也不敢非难。