何腾蛟，字云从，贵州黎平卫人。天启元年(1621)在乡试中中举。崇祯年间授官南阳知县。当地道路四通八达，贼寇经常在那里出没，多次被打败离去。后来，跟从巡抚陈必谦在安皋山击破贼兵，斩获四百多首级，又讨伐削平当地贼寇，因此更加出名，升为兵部主事，又升为员外郎，然后外放出任怀来兵备佥事，后来调往口北道。腾蛟才智敏锐，所到之处都受人称赞。在他为母亲守丧期间，巡抚刘永祚向朝廷推荐他有本领，请让他放弃自己的孝心，出来担任职务。腾蛟没有同意，坚决谢绝，回家去了。除去丧服后，得到起用担任淮徐兵备佥事，削平了当地的贼寇，使自己的辖区内一无战事，格外平静。
崇祯十六年(1643)冬天，担任右佥都御史，代替王聚奎巡视湖广。这时湖北地盘大多失陷，只有武昌在手，驻扎着左良玉的大批部队，骄横不法。腾蛟同良玉友好相处，双方总算相安无事。第二年春天，他们两个派遣将领惠登相、毛宪文收复了德安、随州。
五月，福王即位。诏书传到时，良玉正驻守汉阳，他的部下对此有异议，不想宣读诏书。腾蛟说“：国家的安危全在这一下了。如果大家不接受诏书，我就只好以死殉国了。”他抵达良玉的驻所，良玉已经听了正纪卢鼎的话，按照礼仪宣读了诏书。正纪是良玉设置的官名。八月，福王命令加封腾蛟兵部右侍郎，兼管巡视湖南，取代了李乾德。不多久朝廷又让他以原先的身份总管湖广、四川、云南、贵州、广西的军务，把总管杨鄂召了回去。第二年三月，南京发生了北来太子一事，京城内外都以为是真太子，朝中大臣都认为是假的。腾蛟极力说不能杀他，同当权的人大相违背。
没多久，良玉率兵造反，邀请腾蛟同行。腾蛟没有同意，良玉就以杀尽城中百姓相威胁，士民都争着隐藏到他的官署中，腾蛟坐守在大门口让他们进去躲避。良玉毁坏院墙放了一把火，避难的人们全部被烧死了。腾蛟赶紧解下官印给家人，命令他们迅速逃走，自己打算自杀，被良玉的部将劫持走了。良玉想同他坐同一条船，腾蛟不答应，就把他放在别的船上，让四个副将守住他。船行到汉阳门，腾蛟乘机跳入江中。那四个副将怕被杀头，也跳入水中。腾蛟在水上漂了十几里，被渔船上的人救了起来，上岸正好就到了汉前将军关北缪侯的庙前。带着他的官印的家人正好这时也到了，相互见面后都非常吃惊。回头寻找渔船，也忽然不见了。远近各地的人们都说是因为腾蛟为人忠诚得到了神的保佑，从此对他更加归附了。
腾蛟于是从宁州转浏阳，抵达长沙。聚集过去手下的僚属堵胤锡、傅上瑞、严起恒、章旷、周大启、吴晋锡等，大家痛苦地订立盟约、誓言。他们分配马匹、船只、粮草，建立几支武装分别担任首领。命令胤锡代理湖北巡抚，上瑞代理湖南巡抚，章旷为总督监军，大启监管学政，起恒原本是衡、永道官员，就让他督管二郡的军粮，晋锡以长沙推官的身份代理郴、桂道的职务。接着就派章旷调遣副将黄朝宣、张先璧、刘承胤的兵力。朝宣从燕子窝，先譬从溆浦，承胤从武冈先后到来，军威稍稍振作起来。而这时良玉已经死掉了。
顺治二年(1645)五月，大清兵攻克南都，唐王朱聿键在福州自立为王。福王居住在南阳时，本来知道腾蛟能干，这时就更加重用他了。李自成在九宫山被打死以后，他的将领刘体仁、郝摇旗等因为没了主帅，打算归附腾蛟。他们率领四五万人突然间进入湘阴，与长沙相距只一百多里。城中的人们不知道他们是来归顺的，非常害怕。朝宣就率兵回燕子窝去了。上瑞请求腾蛟出去避一时，腾蛟说“：死在左良玉的手中，同死在贼手，是一样的，为什么要逃避呢？”长沙知府周二南请求前往侦察他们，腾蛟派了一千人为他护行。贼兵认为他们是来迎战的，就用箭射死了他，随行的士兵也都死了。这下城中更加惧怕，士绅百姓、男男女女全都逃跑了。腾蛟同章旷谋划，派遣部将万大鹏等两个人前去招安。贼寇见只有二匹马，就迎接他们进入演武场，用酒肉招待他们。他们两个没有说一句话，只跟贼寇痛饮。饮酒完毕，贼寇问他们的来意，二人回答说，督师认为淮阴狭小不能够容纳大军，请你们就移驻长沙好了。于是拿出腾蛟的手信招请他们说：“何先生等待着你们归顺的那一天，他发誓永远保证你们享受富贵。”摇旗等人非常高兴，立刻同大鹏一道到了长沙。腾蛟开诚布公地对他们加以安抚和慰问，设宴饮酒狂欢，并且用牛肉和酒犒劳了他的随行官员。腾蛟命令先璧率领三万士兵演习骑射，大小军旗遮天蔽日。摇旗等又非常高兴，招集他的党羽袁宗第、蔺养成、王进才、牛有勇等都来归顺，一下子增加了十多万士兵，军威大振。
不多久，李自成的将领李锦、高必正带领几十万部队逼近常德。腾蛟命令胤锡把他们招安了，安置在荆州。李锦是李自成的侄子，后来朝廷赐给他的名字叫赤心。必正是自成的妻子高氏的弟弟。高氏对李锦说“：你愿意当一个无赖的贼呢，还是愿意做大将军呢？”李锦说：“这话什么意思呢？”高氏说：“要做贼就不说了，假如要以身许国的话，就应当爱护人民，受主将节制，就是死也不能有二心，这就是我所希望于你的。”李锦说：“是。”腾蛟害怕李锦骄横不法，后来有一天经过他的军营，就拜见高氏，拜了两拜，礼节很是恭敬。高氏十分高兴，告诫他的侄子不要忘记何先生。李锦从这以后不曾有过不规矩的动机。
自成在天下造反二十年，攻陷皇都，颠覆庙社，他的几十万士兵最终全归附了腾蛟。而腾蛟上书只说罪魁祸首已除掉，稍微发泄了神灵的一口怨气，应该到郊庙去祭告神灵，始终不谈自己的功劳。唐王非常高兴，立刻任命他为东阁大学士兼兵部尚书，加封他为定兴伯，仍然统帅军队，但是心中怀疑自成之死不真实。腾蛟肯定自成死了，尸体都已经腐烂了。腾蛟不敢以有功自居，因而坚决辞谢给自己加封的爵位。唐王不准他辞谢，命令他谋划攻取江西以及南都。
在这个时候，投诚的士兵已经很多了，腾蛟打算把原有的部队掺进他们中间去，于是题写、授予朝宣、先璧为总兵官，与承胤、赤心、郝永忠、宗第、进才以及董英、马进忠、马士秀、曹志建、王允成、卢鼎等一并在湖南、湖北开设军镇，这就是当时所说的十三镇。永忠就是摇旗，董英是腾蛟的中军，志建是以前的巡抚刘熙祚的中军，其余的都是良玉的旧将领。
腾蛟态度坚决地想举兵东下，就上表给唐王要求出兵作战。第二年正月与监军御史李鹰品率先开赴湘阴，约定时期与其他将领在岳州大会合。先璧在原地逗留不肯赶来，其他的各军也在相互观望，只有赤心从湖北到来，被大清兵打败，然后返回，各镇的出兵于是都成了泡影了，腾蛟的威望也因此受到损害。当时各位将领都骄横贪婪而且残忍，朝宣尤其突出，他抢劫了人还要剥掉人皮，永忠也仿效他，没有一天不杀人，腾蛟不能制止他们。旧总督杨鹗过去因克扣军饷失去军心，现在又向上巴结当了偏沅总督。腾蛟对此说了话，朝廷才把杨鹗召回。
唐王多次讨论出关，被郑氏阻止。腾蛟屡次请求唐王亲临江西，以便联合力量攻取江西。唐王派遣使者来征集兵力，腾蛟派永忠的精锐骑兵五千人前去应征。永忠不肯前去，五月份才抵达郴州。恰好大清兵攻下汀州，聿键被俘而死，赣州也失陷了。腾蛟听说唐王去世，非常悲恸，但还是像平常一样整治军队保守边境。
后来听说永明王即位，心里才稍稍安静下来。不久永明王让腾蛟做武英殿大学士，加封太子太保。王进才本来在把守益阳，听说大清兵渐渐逼近，竟然回到长沙去了。
四年春天，进才扬言缺乏军饷，在当地大肆抢劫，并且一直抢到湘阴。恰好大清兵到达长沙，进才逃往湖北。腾蛟不能把守，单枪匹马逃往衡州，长沙、湘阴一同失陷。卢鼎此时把守衡州，而先璧的军队突然到来，大肆掳掠。卢鼎不能抵抗，逃到永州。先璧于是挟持腾蛟到祁阳，又从小路到辰州。腾蛟半道逃脱回来，到了永州。立足未稳，卢鼎部下的将领也开始大肆抢劫。卢鼎逃往道州，腾蛟与侍郎严起恒跑到了白牙市，大清兵于是拿下了衡州和永州。当初，腾蛟建立十三个军镇用来保卫长沙，到现在各军都自己做了盗贼，谈什么保卫国家呢？大清兵进入衡州，守将黄朝宣投降了。大清兵列举他的罪行，把他肢解了，周围地区的人民都拍手称快。大清政府让一个知府把守永州，副将周金汤探察到守城力量薄弱，夜间率兵击鼓大喊着登上城墙，知府弃城逃跑，金汤于是进入了永州。
六月，腾蛟在白牙。永明王暗中派遣中使告诉他刘承胤的罪行，命令他到武冈除掉他。腾蛟于是前去拜见永明王，永明王和王太后都召见了他。承胤起初是一个小校，凭腾蛟推荐做到了大将，现在已经渐渐地骄傲起来。腾蛟在长沙征调他的兵力，承胤非常愤怒，说：“你以前调遣朝宣、先璧的军队时，都是章旷亲自过去说好话，现在倒来军令使唤我。”于是派骑兵到黎平，抓住腾蛟的儿子做人质，向他勒索了几万饷银。腾蛟的儿子逃跑回来告诉他，腾蛟派遣章旷去，承胤才会率领军队来。腾蛟并且同他约为儿女亲家，承胤这一来更加骄横。到这时加封爵号为安国公，勋阶为上柱国，赐了他尚方宝剑，他更加坐地自大。承胤忌妒腾蛟位置在自己之上，想夺取他的权力，请求朝廷封他做户部尚书，专门管理粮饷，永明王没有同意他的建议。永明王召见腾蛟谋划收拾承胤，但腾蛟没有兵力，永明王就命令把云南援将赵印选、胡一青兵力交给他管。等到他辞别时，又赐给他银币，命令朝廷大臣在郊外为他饯行。承胤埋伏了一千骑兵袭击腾蛟，印选的士兵奋力作战，全部歼灭了他们，腾蛟才得以返回到白牙驻守。
八月，大清兵打下武冈，承胤投降了。永明王先逃往靖州，后来又到了柳州。当时常德、宝庆已经丢掉了，永州也再次陷落。永明王打算返回桂林，而桂林城中只有焦琏的微弱兵力，腾蛟率领印选、一青的部队进城支援他们。可是南安侯郝永忠也突然带着一万多兵力到来，打算同焦琏的军队作战，恰好宜章伯卢鼎的军队也到了，腾蛟三下里为他们相互调剂，桂林才安定下来。于是腾蛟派遣焦琏、永忠、卢鼎、印选、一青分别把守兴安、灵川、永宁、义宁各州县，腾蛟率领五位将领联合抵御。
五年(1648)正月，永明王居住在桂林，加封腾蛟为太师、进爵为侯，子孙世袭。二月，大清兵打下全州，到达兴安。永忠的军队大败，逃往桂林，逼迫永明王西走，纵使士兵在桂林大肆抢劫。腾蛟从永福赶到桂林。大清兵知道桂林发生事变，直抵北门。腾蛟督使焦琏、一青等人分别把守三道城门，大清兵才返回到全州。恰好金声恒、李成栋背叛大清兵，率领军队归附了永明王。在湖南的大清兵只好暂时退回，腾蛟于是占领了全州。又派保昌侯曹志建、宜章侯卢鼎、新兴侯焦琏、新宁侯赵印选攻打永州，围困了三个月，经过大大小小三十六次战斗，十一月初攻下了永州。不久，监军御史余鲲起和职方主事李甲春攻取宝庆，别的将领们也攻占了衡州，马进忠打下了常德，丢失的地盘大多又恢复了。
腾蛟打算进兵长沙。恰好督师堵胤锡讨厌进忠，招忠贞营李赤心的军队从夔州到来，让进忠把常德让给他。进忠非常愤怒，把居民全部驱逐出城，烧毁房舍，移驻武冈去了。宝庆守将王进才也弃城出走，其他守将都战败而退。赤心等将领所到之处都把城镇扫荡一空，接着就弃城而去，向东直趋长沙。腾蛟当时驻军衡州，听说这些后非常吃惊。六年正月，传令让进忠从益阳出军长沙，约定各位将领前往会合，然后亲自到忠贞营去，邀请赤心入驻衡州。腾蛟部下六千名士兵，因为害怕忠贞营合力袭击，不敢让他们为自己护行，只携带了三十名属吏和士兵一同前往，眼看快到了，听说赤心率兵东去，就跟着他到了湘潭。湘潭是一座空城，赤心未加防守就离开了，腾蛟于是进去暂停。大清兵得知腾蛟进入这座空城，就派遣将领李勇引兵进城。李勇过去是腾蛟部下的将领，他进城后就率领他的士兵围住腾蛟行礼，劝腾蛟投降。腾蛟破口大骂，李勇于是把他劫持走了。腾蛟绝食七天，大清兵只好杀了他。永明王得知这个消息后痛加哀悼，多次予以祭奠，追赠给他中湘王，谥文烈，让他的儿子文瑞做了佥都御史。