王纪，字惟理，芮城人。万历十七年(1589)进士，任命为池州推官，进入朝廷担任祠祭主事、仪制郎中。持礼公正无私，为一时众望所归。二十九年，皇帝要册立太子，变动了几回老是决定不下来。王纪上疏极力辩论。这年冬天，完成礼节仪式，提升为光禄少卿，称病辞官。
万历四十一年(1613)，从太常少卿提拔为右佥都御史，巡抚保定各府。连年水旱灾害，王纪想方设法救济灾荒十分周到。税监张晔请求征收皇恩已经免除的各税，王纪两次上疏力争，张晔竟然接受内宫旨意实行了。王纪弹劾张晔违抗诏书，阻止皇帝的命令，都没有批复。过了四年，辖境内治理得很好，提升户部右侍郎，总督运河漕运兼巡抚凤阳各府。庄稼欠收，采取在保定时的措施赈灾救贫。光宗皇帝即位，征召授官户部尚书，督察仓场。
天启二年(1622)代替黄克缵成为刑部尚书。这时正在议论“红丸案”的事情，王纪同侍郎杨东明一道共同上奏，说：“方从哲只知道有贵妃，不知道有皇帝、父母。李可灼进献药丸，皇帝驾崩，反而用皇帝的恩示来安慰他，送给他银币，这哪里还有国法？不逮捕李可灼，不能叫天下人心服；不逮捕崔文升，不能叫李可灼心服；不剥夺方从哲的官职俸禄，不能够发泄天地神人的愤慨。”奏议发出，大家感情非常肃敬。
主事徐大化这个人，一向是个无赖。每天奔走于魏忠贤的门下，阴谋陷害好人，又十分卖力地弹劾给事中周朝瑞、惠世扬。王纪非常气愤，揭发徐大化渎职的情形。于是说：“徐大化确实是朝廷痛击的贼臣，而大臣中有的结交有权势的太监，谋害忠良，就像宋朝的蔡京，为什么不进呈奏疏弹劾他，而跟正直的人一天天势同水火。”他所说的大臣，是指大学士沈翭。徐大化因此罢官离开，而沈翭及魏忠贤深感遗憾。御史杨维垣与徐大化有牵连，而且一向依附沈翭，于是帮助沈翭诋毁王纪，说王纪弹劾的大臣没有真名实姓，请求皇帝下令指实。王纪于是直接攻击沈翭，说：“沈翭与蔡京，生不同时，但性质相同。他勾结魏忠贤，跟蔡京投合童贯相同。哀求董羽宸，跟蔡京恳请陈馞相同。结盟死党邵辅忠、孙杰，跟蔡京交结吴居厚相同。驱逐顾命大臣刘一火景、周嘉谟，跟排挤吕大防、苏轼相同。排斥言官江秉谦、熊德阳、侯震..，跟贬职流放安常民、任伯雨相同。至于贿赂勾结宫女太监，玩弄职权，由宫中传旨不让皇帝知晓，阴谋纂权欺骗朝中大臣，这又跟蔡京欺上瞒下，扰乱国家，虽隔百年仍然是很相符的。”客氏、魏忠贤听见后很生气，替沈翭在皇帝面前哭着诉苦。皇帝嫌王纪口罗嗦，严加谴责他。
当初，李维翰、熊廷弼、王化贞下狱，王纪都处以极刑。又同都御史、大理寺卿呈上熊廷弼、王化贞二人刑事卷宗，稍微显露二人有可怜的情形，却说没有皇帝特别恩准，不是法官所能够从轻论处的。有千总叫杜茂的，携带着登州、莱州巡抚陶郎先的一千金，去召募士兵。钱用完了士兵却没有召募到，不敢回京城，返回蓟州和尚庙里，被巡逻的人抓获，供词牵连到佟卜年。佟卜年，辽阳人，中进士，历任南皮、河间知县，调任夔州同知，没去上任，经略熊廷弼举荐为登、莱监军佥事。巡逻人鞭打他。杜茂说曾经在佟卜年河间县衙做了三个月的客，同他商量策划叛乱，于是带着二个仆从去沟通李永芳。行边尚书张鹤鸣听说这件事，张鹤鸣原来跟熊廷弼有仇，想借佟卜年这事来加重熊廷弼的罪行。朝廷中人都知道佟卜年是冤枉的，没有人敢说话。等到镇抚已将官司了结，交给刑部时，王纪怀疑此案，向曹郎询问这件事。员外郎顾大章说：“杜茂既然与二仆从来往奔走三千里，又是审讯拷打时致死的，终于无法知道二仆从的姓名，他无辜服罪有什么疑问？佟卜年虽然不是间谍，可终究是佟养真的族人，可把他流放三千里。”王纪奏议听从了。巡逻官又抓到奸细刘一山献。魏忠贤怀疑是刘一火景和佟卜年，用刘一山献来陷害刘一火景。王纪都没执行。沈翭于是弹劾王纪保护熊廷弼，推迟佟卜年等人的官司，是二大罪状。皇帝责成王纪陈述详情，于是把他贬斥为平民。让侍郎杨东明管理刑部的事情，定罪佟卜年流放二千里。官司上报了三次退回了三次。给事中成明枢、张鹏云、沈惟柄，跟佟卜年同年进士，为了发泄愤怒，摘取其他的事情连累弹劾杨东明。佟卜年被长期拘囚，最后死在狱中，而杨东明也称病离职。
王纪已经被贬斥，大学士叶向高、何宗彦、史继偕上疏挽救他，皇帝都不听。后来阉党罗织罪名打击好人，王纪已经死了，得以幸免。崇祯元年(1628)，恢复官阶，赠少保、荫庇一个儿子、谥号“庄毅”。