朱国祚，字兆隆，秀水人。万历十一年(1583)中进士第一，授职修撰。进为洗马，为皇长子侍班官，不久，升谕德。日本攻陷朝鲜，石星被沈惟敬的话所蛊惑，力主封贡。朱国祚当面责问石星：“这是乡党小人无赖，为获奸利之计，您为何独独不考虑国家的荣辱呢？”石星不采纳他的建议。
万历二十六年(1598)朱国祚被破格提为礼部右侍郎。湖广税监陈奉横行霸道，朱国祚写信给巡按御史曹楷，命令揭发陈奉的罪行。皇上发了脾气，几乎将曹楷逮捕，陈奉也因此被撤走。尚书余继登死后，朱国祚管理礼部事宜。
当时皇长子储位未定，冠礼、婚期过了期限，朱国祚屡屡上奏劝谏。外戚之臣郑国泰请求先举行冠礼、婚礼，后册立。朱国祚表示反对，上疏说：“本朝，外戚不能参与政事。册立大典，不是郑国泰所应当说的。况且先册立，后举行冠礼、婚礼，其仪仗、冠服的制度、祝醮、敕戒的辞令，升降、坐立的位次，朝贺、拜舞的礼节，因名分加以区别，因区别制定礼节，很严明且易辨。一旦失掉顺序，名分将大乱。违背累朝祖宗的制度。皇上的明伦，为天下所议论，都是这个话。”又说：“册立之事，按理不可推迟。起初说小臣激变，所以推迟。后群臣没说什么，又说等到嫡长子。等到中宫很久都没有生出，于是说皇长子体弱，必须待他身体好之后，现在又等待两宫落成。自从三殿发生火灾，朝廷大政令都出自文华殿。三礼的仪式，在殿不在宫中。每岁办理珠宝，户部所进已超过皇上大婚的数倍。远近之人怀疑陛下借口珠宝没有齐备是要推迟典礼。而且皇上下诏采办珠宝限额二千四百万，天下的赋税每年定额才有四百万，即使不充国用，不给边境军需，六年以后才能收齐。若一定要等到定额后再举行大礼，几乎没有时间了。”不久，又说：“太祖、成祖、仁宗，即位初期就立了储君。宣宗、英宗册封为皇太子时，只有二岁，宪宗、孝宗仅有六岁，陛下也是六岁。没有听说过十九岁了还没有被册封的。”朱国祚任尚书二年，为立皇太子一事上了数十道奏疏，储位终于定下。
陕西狄道发生山崩，南部涌出五座小山，朱国祚请求修心、反省。社稷坛的枯树冒烟，他又上陈安定人心、恢复百姓希望、上下沟通、清理滥定冤狱四件事。云南巡抚陈用宾进贡土产，朱国祚弹劾他。不久，他转任左侍郎，改任吏部。御史汤兆京弹劾他纵酒逾制，皇上不过问，朱国祚称病回乡。
光宗即位，因为朱国祚曾在府邸侍奉，特下圣旨拜他为礼部尚书兼东阁大学士，入内阁参与机密要务。天启元年(1621)六月，朱国祚回到朝廷。不久，他又被加封为太子太保，进文渊阁。朱国祚平素清正廉洁，凡事坚持以国家为重，被人称为长者。第二年会试，按旧制，总裁只用内阁一人，这一科用何宗彦及朱国祚，有人讥讽他是因为迎合皇帝旨意而受到特别任用的。朱国祚完成有关事宜之后，便请求罢免，皇上下诏不允许。都御史邹元标侍讲经筵时被绊倒，皇帝派遣宦官询问有关情形。朱国祚进言说：“邹元标在先朝时因直言被廷杖，所以步履艰难。”皇上深为之感动。刑部尚书王纪被魏忠贤所放逐，朱国祚与人合作上疏申救，又单独上奏为他争辩。王纪做礼部侍郎时，曾因某事与朱国祚抵触。天启三年(1623)朱国祚晋封为少保、太子太保、户部尚书，改武英殿。上了十三道奏折乞求退休，皇上下诏加封他为少傅兼太子太傅，乘着驿车归家。第二年，朱国祚逝世，赠为太傅，谥号文恪。侄子大启，文选郎中，死于刑部左侍郎任上。